北海道旅客鐵道

北海道旅客鐵道在日本國鐵分割民營化後，自原本的日本國有鐵道承襲了21條共3176.6km的鐵道路線，113.0km的鐵路渡輪航線，以及相關的公共汽車路線事業。與四國旅客鐵道、九州旅客鐵道同樣，由於經營北海道這種偏遠地區的公共運輸事業，使得JR北海道先天的營運基礎就很薄弱。為了解決問題，國鐵拆分時特別成立了獨立行政法人鐵道建設運輸設施整備支援機構國鐵清算事業本部（設置當時原稱日本國有鐵道清算事業團），由該單位100%擁有JR北海道的股份，而成為股票沒有上市的特殊營運事業體。

在接手之後，北海道旅客鐵道進行了大規模的路線整頓，包括將所有特定地方交通線在內、共764.0km長的8條鐵路線廢止，與新開2條共90.4km長的新線，以及修改特定路線而減少了3.2km長的距離，使得總路線長度剩下2488.3km（2020年5月7日統計）。其中包括1條新幹線共148.8km，5條幹線共1311.8km與9條地方交通線共1027.7km。 ^[4] 

鐵路渡輪航線青函航路，則是在青函隧道開通之後於1988年時廢止。2000年4月1日時，JR北海道將旗下的公共汽車事業全部轉交給子公司“JR北海道巴士”（ジェイ・アール北海道バス）營運。

1987年4月1日，日本國鐵分割民營化，北海道旅客鐵道成立。

1987年7月13日，幌內線（巖見澤站~幾春別站）廢線。

1988年2月1日，松前線（木古內站~松前站）廢線。

1988年3月13日，海峽線開通，卧鋪特急列車“北斗星”與快速列車“海峽”開始營運。

1988年3月14日，青函航路（青森站~函館站）廢止。

1988年4月25日，歌志內線（砂川站~歌志內站）廢線。

1989年4月30日，標津線（標茶站~根室標津站、中標津站~厚牀站）廢線。

1989年5月1日，名寄本線（名寄站~遠輕站）、天北線（音威子府站~南稚內站）廢線。

1989年6月4日，池北線（池田站~北見站）廢線。路線的經營權移交由非營利法人北海道池北高原鐵道（北海道ちほく高原鉄道）經營，命名為“故鄉銀河線”（ふるさと銀河線），但最後卻因營運資金調度困難，在2006年4月21日再次廢線，北海道池北高原鐵道也隨之解散。

1990年9月1日，使用785系電聯車的特急列車“超級白箭號”（スーパーホワイトアロー）開始營運。

1992年7月1日，千歲線支線（南千歲站～新千歲機場站）開始營運。

1994年3月1日，使用281系柴聯車的特急列車“超級北斗號”開始營運。

1994年5月16日，函館本線上砂川支線（砂川站~上砂川站）廢線。

1995年9月4日，深名線（深川站~名寄站）廢線。

1995年12月4日，JR北海道本社自原本的札幌車站內移出至桑園車站前的新本社大樓。

1996年1月10日，包含北海道旅客鐵道、九州旅客鐵道與四國旅客鐵道在內的三個離島鐵路公司修改了新的票價制訂政策，JR集團不再遵循單一票價結構，與本州島上的諸JR公司之間開始有票價差產生。

1997年3月22日，使用283系柴聯車的特急列車“超級青空號”（スーパーおおぞら）開始營運。

1998年11月21日，導入自動補票系統。

2000年3月11日，使用261系柴聯車的特急列車“超級宗谷號”（スーパー宗谷）開始營運。

2000年4月1日，旗下公共汽車事業轉移由子公司JR北海道巴士（ジェイ・アール北海道バス）經營。

2001年6月22日，修正版的JR公司法開始施行（2001年6月15日通過），將本州島上的JR三社排除，主要是針對北海道旅客鐵道、九州旅客鐵道、四國旅客鐵道與日本貨物鐵道四家公司進行協助，以輔導全部的JR集團成員完成股票上市完全民營化為最終目標。

2002年12月1日，使用789系電聯車的特急列車“超級白鳥號”（スーパー白鳥）開始營運，快速列車“海峽號”廢止。

2003年3月6日，位於札幌車站南口的車站大樓“JR塔”（JRタワー）啓用。

2006年3月18日，北海道內起訖的所有列車全面禁煙化。

2011年5月27日，石勝線特別快速列車在隧道內脱軌傾覆併發生大火，造成39人受傷送醫治療 ^[5]  。9月12日，北海道旅客鐵道社長中島尚俊在留下遺書給親友與公司相關人士後，在石狩市海岸線投海自殺。 ^[6] 

2014年5月12日，江差線江差站~木古內站廢止。 ^[7] 

2016年3月26日，北海道新幹線新函館北斗站~新青森站開通，與東日本旅客鐵道東北新幹線開始直通運行。江差線木古內站~五稜郭站移交道南漁火鐵道的道南漁火鐵道線運行 ^[8]  。12月5日，留萌本線留萌站~增毛站廢止 ^[9]  。

2018年9月6日，北海道地震，JR北海道管內全部路線停止運行。7日路線逐漸恢復。 ^[10] 

2019年4月1日，石勝線夕張支線（新夕張站~夕張站）廢止。 ^[11] 

2020年5月7日，札沼線北海道醫療大學站~新十津川站廢止。 ^[12] 

北海道新幹線：新函館北斗站~新青森站：148.8km ^[13-14] 

函館本線：函館站~小樽站~旭川站：423.1km+大沼站~渡島砂原站~森站：35.3km

室蘭本線：長萬部站~追分站~巖見澤站：211.0km+室蘭站~東室蘭站：7.0km

根室本線：瀧川站~帶廣站~釧路站~根室站：443.8km

石勝線：南千歲站~新得站：132.4km

千歲線：沼之端站~白石站：56.6km+南千歲站~新千歲空港站：2.6km ^[13-14] 

留萌本線：深川站~留萌站：50.1km

宗谷本線：旭川站~名寄站~稚內站：259.4km

石北本線：新旭川站~北見站~網走站：234.0km

釧網本線：網走站~東釧路站：166.2km

富良野線：富良野站~旭川站：54.8km

海峽線：中小國站~木古內站：87.8km

札沼線：桑園站~北海道醫療大學站：28.9km

日高本線：苫小牧站~鵡川站：30.5km ^[13-14]