清統一準噶爾之戰

“大一統”是在中國古代佔據主導地位的思想，歷朝歷代以實現大一統為其治國的終極目的。“大一統”也是清朝統治者所孜孜追求的目標。清軍入關，“既得中原，勢當混一”已表明他們鋭意進取，一統全國的決心。遷都北京，表明清為“正統”。“正統”可説是一種精神紐帶，“正統”即是“大一統”的擔當者。清朝如果不是以中原為基點對全國進行統治，就不能稱為“正統”，就不可能號令中華，統一邊疆。滿洲貴族統治者以“夷狄”入主中原，要統一中華，必須得到“諸夷”的支持，失去邊疆各民族的擁護和支持，清朝對中原的統治就不能穩定，同樣將失去“正統”。對於滿洲貴族統治者來説，底定中原和征服邊疆是實現“大一統”目標的兩個重要方面，缺一不可。滿洲貴族統治者以“大一統”為“世界觀”，制定了統一全國的目標。清朝入關之初，雖投入重兵征服中原，但沒有放棄邊疆，而是把自己的命運與遙遠的邊疆各民族緊緊地聯繫在一起。 ^[48] 

準噶爾原屬於和明朝對峙的蒙古瓦剌，後來瓦剌部在崛起的蒙古韃靼部打擊下向西遷移併發生分裂，在歷史上又被稱為衞拉特，下面又分為準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部和杜爾伯特部四部，也稱為漠西蒙古（厄魯特蒙古）。其牧地，西北不斷向額爾齊斯河中游、鄂畢河以及哈薩克草原移動，西南向伊犁河流域推進，東南向青海遷徙。準噶爾部初遊牧於額爾齊斯河中上游至霍博克河、薩里山一帶，後以伊犁河流域為中心。杜爾伯特部遊牧於額爾齊斯河沿岸。土爾扈特部原遊牧於塔爾巴哈台及其以北，西徙後，輝特部居之。和碩特部遊牧於額敏河兩岸至烏魯木齊地區。諸部分牧而居，互不相屬。所轄地區北至額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游地區，南至天山，東到阿爾泰山和蒙古杭愛山分界線，西包巴爾喀什湖地區。 ^[6] 

天聰九年（1635年），衞拉特盟主固始汗就遣使至盛京向後金（清）統治者貢馬匹、方物。固始汗遣使表示歸順後金，就代表衞拉特歸順後金政權。 ^[7]  順治元年（1644年）滿洲貴族的軍隊在明朝將領吳三桂的帶引下大舉進入山海關內，擊敗李自成、攻佔京師（今北京），開始取代明朝成為統治中國的中央政府。在這樣的大背景下，順治三年（1646年），包括準噶爾部在內的衞拉特各部首領二十二人聯名奉表貢，清朝皇帝賜以甲冑弓矢，命其統轄諸部，準噶爾部和清朝之間確定了主權關係，青藏高原和新疆等地正式納入清朝的主權版圖。

準噶爾為早期衞拉特聯盟的綽羅斯部，17世紀，準噶爾部強大起來。 ^[8-9]  17世紀初葉，衞拉特各部迅速發展，人口增多，畜羣增加，各大兀魯斯(即封建領地)的封建主開始擴展土地，尋找新的牧場。1628年，土爾扈特部首先向伏爾加河下游遷徙，佔據了從烏拉爾河到伏爾加河，自阿斯塔拉罕到薩瑪爾河的廣闊土地。1637-1639年間，和碩特部顧實汗和綽羅斯部巴圖爾琿台吉一起率衞拉特各部聯軍萬餘人進入青海。在擊敗喀爾喀蒙古部綽克圖台吉後，顧實汗率部分和碩特部眾留在了青藏。綽羅斯部在進軍青海時，屬左翼軍，蒙古語左翼的原文為：“準噶爾”，巴圖爾琿台吉帶領左翼軍，也就是準噶爾聯軍返回天山北路。土爾扈特部與和碩特部的遷移為準噶爾部的發展創造了條件，由於牧地充足，內部矛盾緩和，黃教傳播廣泛，準噶爾部加快了對衞拉特各部的統一進程。 ^[48] 

天聰八年（1634年），準噶爾部的首領哈喇忽剌去世，其子巴圖爾繼任首領，對外擴張疆土，並在崇德三年（1638年）在博克塞裏（今博克賽爾蒙古自治縣）建成自己的城；崇德五年（1640年）參與制定《喀爾喀—衞拉特法典》。 ^[10]  巴圖爾被稱為巴圖爾琿台吉，連續兩次擊退俄羅斯的侵略，迫使俄羅斯承認了準噶爾汗國，兩國互通貿易。此前後金已於崇德元年（1636年）改國號為大清。順治五年（1648年），巴圖爾琿台吉授命喇嘛咱雅班第達將過去的蒙文改造而制定成“託沁”文字，作為準噶爾的統一文字。

順治十年（1653年），巴圖爾琿台吉去世，其第五子僧格繼承台吉，但其眾兄弟不服，起兵反叛，內戰爆發，至十七世紀六十年代，僧格才平定了叛亂，但在康熙十年（1671年），他就被自己的兩個哥哥車臣和卓特巴巴圖爾暗殺，他的三個兒子都年小，台吉位難以得到延續，正在西藏學習佛學的噶爾丹（僧格之弟）徵得老師五世達賴喇嘛的同意，還俗，快速回國，在和碩特首領兼衞拉特盟主的鄂齊爾圖車臣汗援助下，擒殺了車臣，並將卓特巴巴圖爾趕往青海。 ^[11]  噶爾丹自立為準噶爾汗。噶爾丹首先統一了西蒙古諸部，隨後，他起兵進攻葉爾羌的黑山派和喀什噶爾的白山派，征服了這個察合台汗國。又於1681年征服了土魯番汗國的察合台汗。 ^[12] 

準噶爾貴族統治厄魯特蒙古各部後，與清政府仍保持着地方與中央的隸屬關係。準噶爾首領巴圖爾琿台吉、僧格等，每兩年都要向清政府遣使“朝貢”。清政府也賜予大量財物給準噶爾，並經常遣使通報情況。

但是，在準噶爾貴族內部，也有一部分人堅持分裂主義立場。康熙九年（1670年）僧格死後，他的異母弟噶爾丹殺害了他的子嗣，奪得了準噶爾的統治權。噶爾丹是個野心勃勃的陰謀家和賣國賊。在他自任為準噶爾汗以後，康熙十六年（1677年）用計襲殺了和清政府關係最密切的厄魯特首領車臣汗鄂齊爾圖，強佔了河套和碩特部，並在該部強徵兵丁，準備侵犯青海地區。康熙十七年（1678年），噶爾丹出兵天山南路，佔領天山南北廣大地區，把廣大維吾爾族人民置於其統治之下。噶爾丹取得準噶爾的統治權後，一反其父兄抗擊外來侵略、捍衞民族主權的立場，而逐漸走上與沙俄相勾結的道路。噶爾丹在沙俄的挑唆和指使下，開始把注意力轉向東方，把矛頭指向喀爾喀蒙古。 ^[13] 

康熙二十七年（1688年），正當蒙古族人民英勇抗擊戈洛文率領的沙俄侵略軍時，噶爾丹竟突然率兵越過杭愛山，大舉進攻喀爾喀的土謝圖汗，從背後向喀爾喀蒙古軍民施放暗箭，迫使喀爾喀蒙古諸部南遷。噶爾丹的有恃無恐與沙皇俄國的慫恿和支持密切相關。從康熙十三年到康熙二十二年（1674—1683）間，噶爾丹幾乎每年都派人與沙皇俄國相勾結，並“企圖同俄國訂立軍事同盟和求得俄國給予‘軍隊和槍炮’的援助” ^[14]  。噶爾丹出兵喀爾喀蒙古時，正是喀爾喀蒙古土謝圖汗率領蒙古軍民抗擊沙俄侵略者幷包圍了沙俄軍隊於色楞格斯城堡內的關鍵時刻。結果由於噶爾丹從西面向喀爾喀部發動進攻，使其腹背受敵，迫使土謝圖汗只得撤退包圍沙俄侵略者的軍隊，噶爾丹替沙俄侵略者解了圍。康熙二十九年（1690年）6月，噶爾丹以追擊喀爾喀為名，又向漠南喀爾喀蒙古進攻，俘掠人口，搶劫牲畜。 ^[15]  他還公然向康熙帝提出“聖上君南方，我長北方”的要求，妄圖把中國北部置於他的統治之下。清政府為了保衞邊疆的安寧，反抗沙俄的侵略，對準噶爾部封建主噶爾丹進行了堅決的鬥爭。

康熙二十九年（1690年）五月，康熙帝玄燁得知“噶爾丹將借兵鄂羅斯（俄羅斯）”，立即傳諭在北京的俄國使臣吉里古裏、伊法尼齊：“噶爾丹迫於內亂，食盡無歸，內向行劫，今仍揚言會汝兵同侵喀爾喀，喀爾喀已歸順本朝，倘誤信其言，是負信誓而開兵端也” ^[16]  。既揭露了噶爾丹勾結沙俄的無恥行經，又警告了沙皇俄國。但噶爾丹仍一意孤行，遂於康熙二十九年（1690年）六月，率軍兩萬，以追擊喀爾喀蒙古為名，大舉南犯，深入漠南蒙古烏珠穆沁一帶。由於理藩院尚書阿喇尼等“違命輕戰”，以至清軍初戰失利，噶爾丹軍隊得以乘勢渡過西拉木倫河，深入到距北京僅700裏的烏蘭布通（今內蒙古昭烏達盟克什克騰旗南境）。

噶爾丹深入喀爾喀蒙古後，康熙帝就謀劃剿滅這個與己爭奪蒙古高原霸權的強大敵手。 ^[17]  清政府在外交上與沙俄侵略者展開針鋒相對的鬥爭，同時在政治上和軍事上也作了一系列準備。康熙帝認為，若聽任噶爾丹荼毒塞外，將勢成毒癰。要使邊境得以安定，國家得以長治久安，不能貪圖一時苟安之計，而必須順其民心，消滅噶爾丹叛亂分子，才能保障國內安定。因此，康熙帝決計親征。

康熙二十九年（1690年）六月，康熙部署是分兵兩路出擊：左路軍出古北口（今河北灤平南），右路軍出喜峯口（今河北寬城西南），從左右兩翼迂迴北進，消滅噶爾丹軍於烏珠穆沁地區。 ^[18]  康熙親臨博洛和屯（今內蒙古正藍旗南）指揮。 ^[18]  同時令盛京將軍（治所今遼寧瀋陽）、吉林將軍（治所今吉林市）各率所部兵力，西出西遼河、洮兒河，與科爾沁蒙古兵會合，協同清軍主力作戰。右路軍北進至烏珠穆沁境遇噶爾丹軍，交戰不利南退。噶爾丹乘勢長驅南進，渡過西拉木倫河，進抵烏蘭布通（今內蒙古翁牛特旗西南）。清左路軍也進至烏蘭布通南，康熙急令右路軍停止南撤，與左路軍會合，合擊噶爾丹於烏蘭布通，並派兵一部進駐歸化城（今內蒙古呼和浩特），伺機側擊噶爾丹歸路。

烏蘭布通位於克什克騰旗（今內蒙古翁牛特旗西南）之西。該地北面靠山，南有高涼河（西拉木倫河上游的支流），地勢險要。噶爾丹背山面水佈陣，將萬餘駱駝縛蹄卧地，揹負木箱，蒙以濕氈，擺成一條如同城柵的防線，謂之“駝城”，令士兵於駝城之內，依託箱垛放槍射箭。清軍以火器部隊在前，步騎兵在後，隔河佈陣。八月初一中午，交戰開始。清軍首先集中火銃火炮，猛烈轟擊駝陣，自午後至日落，將駝陣轟斷為二，然後揮軍渡河進攻，以步兵從正面發起衝擊，又以騎兵從左翼迂迴側擊，噶爾丹大敗，倉皇率全部撤往山上。次日，遣使向清軍乞和， ^[19]  乘機率殘部夜渡西拉木倫河，狼狽逃竄，逃回科布多（今蒙古吉爾噶朗圖）時只剩下數千人。 ^[20] 

噶爾丹自烏蘭布通戰敗後，仍盤踞科布多地區，集合殘部，休養生息，以期東山再起。他一面派人去沙俄活動，企圖獲取更多的軍事支持；一面煽動內蒙古科爾沁等部作亂，並殺害清政府官員，不斷騷擾邊地安寧。針對噶爾丹的騷擾滋事，清政府除加強軍備外，主要是展開政治攻勢，以期政治解決。康熙三十四年（1695年）5月，在沙俄的慫恿和支持下，噶爾丹率騎兵3萬向東進犯，到達巴顏烏蘭一帶，又點燃起叛亂的戰火。 ^[20] 

康熙三十五年（1696年）2月，康熙帝發兵10萬，分三路大舉出擊：東路由黑龍江將軍薩布素率黑龍江等地軍隊越大興安嶺出克魯倫河進剿；西路由撫遠大將軍費揚古率陝西、甘肅兵勇由寧夏北越沙漠沿翁金河北上，以斷準軍歸路；中路為主力，由康熙帝親率出獨石口，直奔克魯倫河，與東西兩路協同夾擊。康熙帝做了出征前的具體部署，任命各路將領，分配軍隊名額，並精心籌備戰馬、軍糧、武器等項。中路大軍由康熙帝親自統率，決定於康熙三十五年二月三十日 （1696年4月4日）由北京出發，直奔克魯倫河，發起主攻。中路大軍包括京師八旗滿兵、漢軍火器營、盛京兵、黑龍江兵、寧古塔兵、宣化府綠營兵、古北口綠營兵，加上喀爾喀諸扎薩克兵1萬，約4萬多人。 ^[21]  另有預備兵及廝役1. 7萬人。 ^[22]  六位皇子、皇兄裕親王福全、皇弟恭親王常寧，諸內大臣、侍衞、大學士、都統、前鋒統領、護軍統領等隨軍從徵。 ^[17]  康熙帝與士卒共甘苦，每日一餐，時常“俟眾軍士結營畢，始入行宮。營中皆炊飯，然後進膳” 。 ^[23]  由於中路軍準備充足，康熙帝事必躬親，行軍極為順利，幾乎未遭損失。

噶爾丹得知康熙皇帝親自統率大軍進抵克魯倫河時，不敢迎戰，盡棄廬帳、器械，乘夜西竄。清軍進抵巴顏烏蘭時，撲了個空。康熙帝為了捕捉噶爾丹叛軍主力，一面命總兵嶽升龍、馬進、白斌等率精兵輕騎窮追噶爾丹叛軍；一面密諭西路軍統帥費揚古堵截噶爾丹叛軍脱逃之路。撫遠大將軍費揚古正率西路軍北進，得報噶爾丹蹤跡，即令署前鋒統領碩岱等且戰且退，將噶爾丹誘至昭莫多（今蒙古國烏蘭巴托宗莫德市），昭莫多北依肯特嶺，東峙丘陵，西臨河水。十三日，費揚古分兵4隊：東翼為京城及西安八旗兵、察哈爾蒙古兵，屯營高處；西翼為大同總兵康調元所率綠旗兵及右衞八旗兵、喀爾喀蒙古兵，沿河佈陣；將軍孫思克率綠旗官兵居中佔領山頭，大將軍費揚古統軍列後。遵照康熙帝預授之策，清軍一律下馬步戰，待令再行衝鋒。在清軍浴血奮戰下，自午至暮，大敗噶爾丹軍，殺死叛軍3000餘人，生擒百餘人，噶爾丹僅率數騎逃脱， ^[24]  清軍在此戰中擊斃噶爾丹之妻阿努可敦。 ^[25] 

昭莫多一戰，基本上殲滅了噶爾丹的叛軍力量，清軍取得平叛戰爭的決定性勝利。噶爾丹戰敗後，率殘部流竄於塔米爾河流域，成為一股走投無路、日暮途窮的流匪。但他頑固到底，拒不接受清政府的招撫，繼續堅持分裂祖國的叛亂，作最後的垂死掙扎。

為了徹底消滅噶爾丹勢力，康熙帝認為必須乘其新敗之後，搗其巢穴，以其“萬年之計”。康熙三十六年（1697年）2月，康熙帝舉行第三次平叛的軍事行動，命費揚古、馬恩哈分別統率兩路大軍，共6000人，由寧夏出發，進剿噶爾丹殘部。4月，康熙帝親赴寧夏，指揮這次軍事行動。正當清軍進發之時，噶爾丹集團內部分崩離析，眾叛親離，軍隊只剩下五六百人，噶爾丹成了孤家寡人。在清軍征剿下，噶爾丹走投無路，遂飲藥自盡。 ^[26]  至此，沙俄支持下的噶爾丹的民族分裂叛亂被清政府平定下去。噶爾丹敗死後，他的侄子策妄阿拉布坦繼續任準噶爾部台吉，準噶爾部又逐漸強大起來，和清政府發生矛盾衝突。

康熙五十四年（1715年），策妄阿拉布坦在沙俄支持下，又發動叛亂，率兵2000人竄入哈密北境，侵掠五寨。後見哈密戒備森嚴，無法佔據，又改為竄擾西藏。清政府得知策妄阿拉布坦派兵往西藏，即令出兵圍剿。

康熙五十七年（1718年），康熙帝命皇十四子愛新覺羅·胤禵為撫遠大將軍，統帥大軍，駐節西寧，指揮進藏平叛的各路清軍。康熙五十九年（1720年），清軍兩路從青海和四川出發，進軍西藏，大敗準噶爾軍，大策凌敦多布狼狽而逃，率殘部逃回伊犁。

康熙帝沒有能徹底平定準噶爾貴族的叛亂就於康熙六十一年（1722年）去世了。他所制定的政策，由他的兒子雍正帝、孫子乾隆帝繼續推行並得到貫徹。

雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼為準噶爾領袖。他的內外政策基本上遵循其父的路線，對東邊也沒有放棄向喀爾喀擴展的意圖。雍正七年（1729年），雍正帝決定發兵征討，命侍衞內大臣傅爾丹為靖邊大將軍，屯阿爾泰，出師北路；命川陝總督嶽鍾琪為寧遠大將軍，屯巴里坤，出師西路，分進合擊。噶爾丹策零聞訊驚恐，忙遣使要求清廷緩兵一年。雍正帝恩准。在緩兵期間，準噶爾出兵2萬突襲西路清軍大營，清軍損失很大，清政府與準噶爾貴族之間的關係進一步破裂。

康熙逝世後，雍正繼續堅持平定準噶爾貴族割據勢力的鬥爭。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼位後，在沙俄支持下，繼續進行叛亂活動。從雍正六年（1728年）以後，清朝多次出兵平定噶爾丹策零叛軍。雍正年間的西征準噶爾之役，從雍正七年（1729年）起，到雍正十一年冬準噶爾遣使求和止，歷時4年半，經歷了4次大的戰役，即科舍圖之戰、和通泊之戰、鄂登楚勒之戰和光顯寺之戰。 ^[27] 

雍正九年（1731年）五至六月，清朝出兵平定噶爾丹策零叛軍，噶爾丹策零派出士卒向清軍詭稱，準噶爾有一支孤軍在察罕哈達，引誘清軍離開科布多大本營，深入到瀚海之中，然後圍殲。清朝靖邊大將軍傅爾丹中計，挑選精兵萬人，沿科布多河西進，在博克託嶺、和通泊等處中伏，損失慘重。七月初一日，清軍僅存2000餘人退至科布多。 ^[28] 

在和通泊之戰中大敗清軍後，遣部將大、小策零敦多布率兵2.6萬東攻喀爾喀蒙古。清廷遣喀爾喀親王丹津多爾濟偕額附策凌率兵1.8萬（一説2.8萬）將其擊敗。隨即下令於拜達裏克河、翁金河一帶築城屯兵，與察罕廋爾（今蒙古國烏里雅蘇台南）大營互為犄角，加強喀爾喀西部的防守。 ^[29] 

雍正十年（1732年）七月，噶爾丹策零率兵3萬，自額爾齊斯河（在今新疆境）上游，取道阿爾泰山南麓，繞避察罕廋爾清軍大營，潛至杭愛山厄得勒河（依德爾河）地區，攻掠喀爾喀首領哲卜尊丹巴領地。策凌等奉命率兵疾馳本博圖山（烏里雅蘇台東南）阻擊。八月初，準噶爾軍偵知策凌西出，即突襲其塔米爾城（今車車爾格勒西南）牧地。策凌途中聞警，回師馳救，率所部2萬人（一説3萬）乘夜繞道出山背向塔米爾逼近，黎明時督兵從山上突下，突襲準噶爾軍營地。準噶爾軍人不及甲，馬不就鞍，倉皇向東南潰逃。清軍追至喀喇森齊泊，激戰二日屢捷。繼追至杭愛山南麓，該地右阻山，左逼水，道路狹窄，光顯寺（今烏蘭巴托西部哈拉和林額爾德尼昭）橫亙於中，大軍不易通行。清軍趁準噶爾軍慌亂之際，設伏兵萬餘于山側，又遣一部背水列陣，誘其往攻。旋佯敗，棄甲沿河而走，待準噶爾軍進入谷地，伏兵突起衝殺。準噶爾軍頓時大亂，被擊殺萬餘人，欲渡河逃生者又被對岸清軍擊於半渡，溺死甚眾。噶爾丹策零率殘部乘夜拼死突圍，盡棄輜重牲畜塞滿山谷，遲滯清軍前進，自鄂爾渾河逃遁。此戰，準噶爾部元氣大傷。雍正十二年（1734年），噶爾丹策零向清廷請和罷兵，乾隆初年議和告成。 ^[30] 

乾隆十年（1745年），噶爾丹策零死去，策妄多爾濟那木扎爾繼位。

乾隆十五年（1750年），策妄多爾濟那木扎爾被殺，其兄喇嘛達爾扎篡位。乾隆十七年（1752年），沙俄派人慾收買和碩特拉藏汗之孫阿睦爾撒納和準噶爾部大策凌敦多布之孫達瓦齊來推翻喇嘛達爾札，妄圖使他們取而代之，建立傀儡政權，陰謀未能得逞，後達瓦齊和阿睦爾撒納叛逃至哈薩克。同年底，阿睦爾撒納唆使達瓦齊暗選精兵一千五百行，採取買通內奸和突然襲擊的手段，殺死喇嘛達爾扎，篡奪了汗位。 ^[31]  乾隆十九年（1754年），阿睦爾撒納被達瓦齊打敗，率領2萬餘人投奔清朝。清政府認為統一西北地區的條件已經成熟，決定命將出師，消滅準噶爾貴族割據政權。 ^[32] 

1754年，清政府決定分兵兩路遠征伊犁，平定達瓦齊割據勢力。乾隆二十年（1755年）二月，乾隆調集五萬兵、十四萬匹馬，派阿睦爾撒納為定邊左副將軍、薩喇勒為定邊右副將軍，分兩路向準噶爾進攻。 ^[33]  阿的一路，由烏里雅蘇台出發，歸定北將軍班第節制；薩喇勒的一路，由巴里坤出發，歸定西將軍永常節制， ^[34]  由巴里坤向伊犁地區進發。由於厄魯特和西域各族人民對準噶爾貴族的內訌和殘暴統治十分不滿，希望早日實現統一和安定局面，也由於清朝政府制訂和貫徹了對準噶爾比較穩妥的政策，因而清政府統一西北的行動，受到牧民和各族人民的支持和擁護。當清軍往徵達瓦齊途中，準噶爾部大的封建主有的數千户，小的數百户，都拿着奶酪、羊馬，絡繹不絕前來迎接清軍，沒有一個抵抗清軍的。 ^[35]  達瓦齊沒有料到清軍會提前行動，部下的不戰而降使其陣腳大亂，僅帶親信七十餘人逃往天山以南投奔烏什，結果為烏什城阿奇木伯克霍集斯擒獲送交清軍。 ^[31] 

清廷消滅達瓦齊勢力後，決定“將衞拉特分封四汗，賞功策勳，用獎勞績”。封車凌為杜爾伯特汗，阿睦爾撒納為輝特汗，班珠爾為和碩特汗，噶勒藏多爾濟為綽羅斯汗，並晉封阿睦爾撒納為雙親王，食親王雙俸。但阿睦爾撒納並不滿足。他歸附清朝，本就是一個策略，現在借清廷之手已把自己最大的對手達瓦齊勢力消滅，統治四衞拉特成為他下一個目標。 ^[36]  阿睦爾撒納在率領清軍進兵伊犁前，就通過班珠爾、納噶察等親信製造他要當四部總汗的輿論。達瓦齊被擒後，他便以總汗自居。他雖貴為清朝的親王、定邊左副將軍，但不用清纛（古代軍隊中的大旗），不穿官服，不戴清廷所授黃帶孔雀翎，不用清朝所頒官印，並啓用噶爾丹策零時琿台吉菊形篆印行文各部，並“用鈐記行文，調兵九千”至布魯特、哈薩克邊境，擁兵自重。 ^[37] 

對阿睦爾撒納的這些行為，清廷和乾隆帝早有察覺，便指示定北將軍班第力促阿睦爾撒納早日入覲，欲在其到達內地後將其剪除。詭計多端的阿睦爾撒納亦察覺到事情有變，他於八月初十日從伊犁起程入覲，一路遲延不進，窺測局勢，行至烏隆古河時，阿睦爾撒納便公開反叛，並急馳至伊犁。八月二十九日，阿睦爾撒納軍包圍了班第的鎮守軍，清軍只有500人，班第、鄂容安兵敗自殺，薩喇爾被俘。 ^[38]  面對突變的形勢，乾隆帝及時採取了一些措施。乾隆二十年 （1755年）九月，乾隆帝重封衞拉特四部汗王，噶勒藏多爾濟為綽羅斯汗，車凌為杜爾伯特汗，沙克都爾曼濟為和碩特汗，巴雅爾為輝特汗，台吉3人封公，4人授扎薩克一等台吉，7人授扎薩克，宰桑2人授內大臣，5人為散秩大臣。 ^[39]  這一措施旨在穩定衞拉特貴族之心，解除後顧之憂。隨即令策楞為定西將軍、達爾黨阿為定邊左副將軍、扎拉豐阿為定邊右副將軍，組織第二次遠征伊犁。 ^[40] 

乾隆二十一年（1756年）二月，西路軍由策楞、玉保統率，北路軍由哈達哈等統率，向伊犁進發。阿睦爾撒納反叛後，並沒有出現如他所預期的紛起響應反清的局面。許多首領反叛不久就倒戈相向，與阿睦爾撒納為敵。準噶爾部再次陷入混戰之中。阿睦爾撒納面對清廷大軍壓境，無法組織有效抵抗。為緩兵計，他曾兩次偽裝投誠，並取得清軍信任，停止對他的追剿，贏得了喘息時間，卻使清軍在近一年的追剿中無所進展。乾隆二十二年（1757年）二月，清廷調整統帥，決心全殲阿睦爾撒納。命成袞扎布為定邊將軍，兆惠為定邊右副將軍，車布登扎布為定邊左副將軍，調集滿洲、索倫、蒙古、察哈爾、吉林等地兵馬，兵分兩路，再次征伐準噶爾。 ^[41] 

此時，準噶爾內叛亂的諸台吉、宰桑等，內訌不已，加之部落內瘟疫流行，人畜大量死亡。六月，清軍幾乎兵不血刃順利抵達伊犁。阿睦爾撒納再次逃入哈薩克阿布賚汗處。當時，阿布賚懾於清廷的威力，恐招致清軍的攻擊，就遣使向清廷表示願將阿睦爾撒納擒獻清廷。此舉被阿睦爾撒納覺察，乘夜帶妻子親隨8人，盜馬沿額爾齊斯河投奔俄國。 ^[42]  沙俄一直在密切關注着準噶爾的形勢，並屢屢向阿睦爾撒納表示歡迎其投誠，故阿睦爾撒納投奔俄國絕不偶然。乾隆二十二年（1757年）九月，阿睦爾撒納染上天花病死，時年35歲。當阿睦爾撒納逃往沙俄時，乾隆帝即命理藩院行文沙俄外交部進行交涉，要求其按兩國商定的彼此不納逃人的協議，交出阿睦爾撒納。沙俄則推延不交。直到阿睦爾撒納死後，沙俄才將其屍交給清朝。 ^[43] 

1759年8月，清軍抵達喀什噶爾，平定了支持阿睦爾撒納作亂的大和卓波羅尼都和小和卓霍集佔兄弟的叛亂。這年秋天，天山南路完全平定，結束了西北地區長期以來的分裂局面。

清軍平定準噶爾貴族的叛亂，維護祖國統一、反對民族分裂。鞏固了清朝對西北邊疆地區的統治，打擊了沙皇俄國的侵略勢力。清軍粉碎噶爾丹的分裂企圖，驅逐入藏的準軍，平定青海羅卜藏丹津的叛亂，粉碎達瓦齊、阿睦爾撒納的叛亂活動，將北疆地區納入中國版圖。乾隆皇帝把這片失而復得的疆域命名為“新疆”，立碑紀念。乾隆二十六年（1761年）至四十四年（1779年），清政府設立最高行政、軍事長官伊犁將軍，修建“伊犁九城”。 ^[44]  其中保存完好的惠遠城曾經是伊犁的政治、軍事中心伊犁將軍府所在地，總管天山南北、巴爾喀什湖以東以南地區的軍政事務。

清政府平定準噶爾貴族叛亂，消除了西部邊疆的分裂割據狀況，加強了對西部邊疆地區的管理，進一步促進了全國的統一。平叛之後，廢除了準噶爾遊牧封建貴族所實行的農奴制統治，促進了西部邊疆地區社會經濟的發展。清廷在平定天山北路準噶爾部和天山南路的“回部”之後，隨即採取一系列措施，加強清廷對新疆的統治 ^[47]  。

清朝強化了新疆地方的統治機構，乾隆二十七年（1762年）設置“總統新疆南北兩路事務”的伊犁將軍，駐紮伊犁，統轄全疆軍政事務。然後在新疆北路設置烏魯木齊都統和塔爾巴哈台參贊大臣，管轄烏魯木齊、巴里坤、吐魯番、塔城諸處軍政；又在新疆南路設置喀什噶爾參贊大臣，下轄葉爾羌、和闐、英吉沙爾、烏什、阿克蘇、闢展、巴里坤、哈密等處的辦事大臣，以及吐魯番的領隊大臣。對於天山南路的“回部”維吾爾族聚居區，仍承襲原有的伯克制，各城仍設阿奇木伯克（即正城主）和伊什罕伯克（即副城主），但均由參贊大臣奏請皇帝簡放，品級自三品至七品不等，管理當地的回城民政事務。

為了發展新疆經濟和加強對新疆地區的統治，清廷在新疆各地大力開展屯田。東起巴里坤，西至伊犁河，廣泛墾田開荒。早在康熙、雍正年間用兵準噶爾時，即於新疆屯田，乾隆年間，屯田範圍日廣。據不完全統計，乾隆三十一年（1766年）僅新疆綠營軍的營屯畝數已達179290 畝；到乾隆四十年（1775年）時，僅新疆募民屯墾的户屯畝數已達280253 畝。在大興屯田的同時，為了繁榮工商業，清廷在阿克蘇設鑄錢局，鑄造“乾隆通寶”銅幣，發行新疆各地。

新疆地處西部邊陲，交通不便，為了及時傳遞消息，清廷在天山南北主要交通線普遍設立“軍台”。 ^[45]