京九直通車

1956年12月，鐵道部調整了鐵路運行圖，增開武昌北站（原徐家棚站）至廣州站（原大沙頭站）的29/30次直通旅客快車，經由粵漢鐵路運行。

1957年10月15日，武漢長江大橋建成通車，京漢和粵漢兩條鐵路接軌，合稱為京廣鐵路。

從1958年5月21日開始，29/30次列車延長至北京，經由京廣鐵路運行，車次不變。

1959年，中國鐵路運行圖作出了一次較大的調整，29/30次列車車次變更為23/24次列車。

1964年至1968年間，23/24次列車運行區段調整為鄭州至廣州，車次改為81/82次。

1969年調圖，81/82次鄭廣直快列車重新延長至北京，並啓用車次47/48次，列車等級不變。

1981年，中國鐵路運行圖再次進行了調整，47/48次直快列車升級為特快旅客列車，由中國鐵路北京局集團有限公司擔當，車次不變，自此47/48次列車就成為與15/16次列車（今Z35/36次列車）齊名的京廣特快列車。 ^[1] 

1990年，47/48次列車開始使用25A型客車。後來又更換為25G型客車。

1995年，47次從北京站至廣州站需運行33小時31分，48次從廣州至北京需運行33小時43分，且均為第一天晚上出發、第三天早上到達。

1996年1月21日，47/48次改進北京西站後也只是將始發時間提前了7分鐘。 ^[2] 

1996年7月，因應香港迴歸中國，市場需求及內地來港人數增加，兩地交流頻繁，開行京九直通車的計劃被中國鐵路北京局集團有限公司上報鐵道部。1996年8月鐵道部專門成立了工作組，與香港九廣鐵路公司多次商談。

1997年3月26日，時任鐵道部部長韓杼濱簽發了《關於開行北京、上海－九龍直通旅客列車有關問題的請示》，並正式呈報國務院，並制定了《北京、上海－九龍直通旅客列車辦法》（鐵外函【1997】28號文件）和《實施細則》（鐵外函【1997】70號文件）。國務院迅速批准方案，並要求中國鐵路北京局集團有限公司全力以赴，確保在1997年7月1日香港迴歸之前開行京九直通旅客列車。

1997年4月1日，中國鐵路實施第一次大提速，在新編運行圖中，47/48次列車延長至九龍，改為北京西至廣州東、九龍隔日開行，車次改為97/98次。但當時因開行京九直通車的準備工作未完成，故暫時未實行，仍然終到廣州站。 ^[3] 

1997年5月18日，籌辦歷時一年的京九直通車及滬九直通車正式開通，國務院副總理吳邦國出席了在北京西站舉行的開行典禮並剪綵。早上7時30分，首班97次京九直通車由北京西站發車，列車於次日下午13時10分抵達香港，全程29小時40分；5月19日下午15點整，98次列車由九龍站（今紅磡站）發車，5月20日晚上20時55分到達北京西站 ^[4]  ，全程29小時55分。京九直通車由中國鐵路北京局集團有限公司北京西客運段（京局西段）擔當，採用當時最新型的高質量25K型客車。當時列車會停靠東莞站（今常平站）一個多小時，乘客需攜帶所有行李，在該站辦理內地出入境手續。而乘客也可以在除常平站以外的中途站上下車，包括廣州東、廣州、韶關、郴州、長沙、武昌、漢口、信陽、鄭州、石家莊等10個車站。京九直通車的首張車票於1997年5月12日售出。 ^[5]  實際上，由北京開出並直通香港的列車在1988年9月24日即已出現，但並非圖定列車，而是為紀念日本富士電視台成立30週年而開行的東方快車'88，這班特別列車由巴黎經波茨坦、華沙、莫斯科、伊爾庫茨克、後貝加爾斯克、滿洲里、北京、九龍（紅磡），再由香港裝船運至日本，莫斯科－北京段的徑路與K19/20次列車相同，而在京港間的徑路為京廣、廣九線（包括九廣東鐵）。如不計京廣線改線，京九直通車在長陽村線路所－紅磡段的徑路與東方快車'88基本相同。 ^[6] 

1998年10月1日，中國鐵路實施第二次大提速，車次改為K97/98次。

2000年10月21日，中國鐵路實施第三次大提速，京九直通車由快速列車升級為特快列車，車次改為T97/98次，全程時間縮短到27小時58分。

2003年9月1日，根據國家質檢總局、鐵道部、公安部、海關總署四個部委決定，京九、 滬九直通列車旅客及其行李物品辦理出入境手續程序，由原來的東莞常平口岸改為列車運行在廣州東站至深圳站途中辦理。廣州東站海關、天河出入境邊防檢查站以及天河出入境檢驗檢疫局等出入境查驗單位人員會在廣州東站或深圳站上車，在廣深線運行途中為旅客辦理手續，列車不再停靠東莞站。出入境旅客無需下車即可辦理有關手續，節約了一個多小時的時間。 ^[7-8] 

2003年10月2日，北京西站的出入境聯檢廳啓用（原為北京西站第一候車室），乘客只需在始發站及終到站辦理出入境手續，於9月開始執行的過渡性方案取消，運行時間進一步減少。 ^[9]  列車實行封閉運行管理，來往京港的旅客不能再於中途站上下車。

2005年，北京西客運段和北京客運段合併，列車改由北京客運段（京局京段）擔當。

2006年10月起，京九直通車執行票價浮動優惠，同時北京西站提供團體票優惠。優惠幅度按淡旺季不同而有所區別（每年的淡旺季的界定和優惠幅度大小按港鐵和中國國家鐵路集團有限公司港澳台辦公室公佈為準）。這個優惠政策一直使用。

2007年4月18日，中國鐵路實施第六次大提速，京九直通車全程時間縮短到約24小時。

2007年9月25日，根據鐵道部安排，原來由中國鐵路北京局集團有限公司北京客運段和北京車輛段擔當乘務的京九直通車，改由廣鐵集團廣深鐵路股份有限公司廣九客運段和廣州車輛段擔當，列車在石牌客技站進行整備。

2008年1月1日，京九直通車提升車廂等級，改用最高時速可達160公里的25T型客車，並改用韶山8型電力機車作為廣九段的牽引機車，最高時速可達140公里（只限廣深鐵路） ^[10]  。原有的25K型車底隨後轉配中國鐵路呼和浩特局集團有限公司，並用於包頭至杭州的T282/283、T284/281次列車（今Z282/283、Z284/281次列車）。

2008年1月27日，受中國雪災影響，一班原定於1月26日抵港的T97次列車被困長沙，於當天下午13點整抵達紅磡站，晚點23小時59分，為京九直通車自1997年開行以來，時間最長的一次晚點。

2009年4月1日，鐵道部實行新運行圖，京九直通車在京廣線上按直達特快級別排點（最高速度160km/h），全程時間縮短到23小時48分（下行）與23小時36分（上行）。

2014年12月10日，京九直通車升級為直達特快列車，車次改為Z97/98次，原太原—上海Z98/Z97次車次改為Z198/5 Z196/7次。 ^[11] 

2017年12月28日起，持53個國家護照的旅客搭乘京九直通車，並提供144小時內確定日期、座位前往第三國（地區）的聯程客票，且從北京鐵路口岸入境或出境的，可在北京市、天津市、河北省行政區域內免籤停留144小時。 ^[12] 

2019年4月1日，中國鐵路總公司售票系統中，港鐵“九龍站”更名為“香港紅磡站”，城際直通車車票上的打印名稱由“紅磡（九龍）”改為“香港紅磡”。

2019年10月6日，北京西開Z97次、Z98次旅客列車改為當日在廣州東站，同時Z98次香港紅磡—廣州東間臨時停運。 ^[17] 

2020年1月30日，由於疫情原因，香港西九龍站及紅磡站口岸關閉，2020年1月30日起廣州東隔日開Z98次、1月31日起香港紅磡隔日開Z98次、2月1日起每日北京西開Z97次停運。 ^[14-15] 

2023年7月1日，北京西～廣州東 Z395/8、Z397/6次隔日延長至香港紅磡終到始發，車次改為Z97/Z98次 ^[16]  同時，滬九直通車Z99/100次列車也即將恢復。

北京西站設有邊檢及海關後，取消東莞站停靠，旅客在北京西站辦理出入境手續。來往香港的車廂會採用口岸管制的方式進行封閉管理，旅客不能在中途站上下車，但乘坐Z97/98次（內地段）往來北京西和廣州東之間的旅客仍可在中途站上下車。

2019年3月1日前，京九直通車車票預售期為60天，自2019年3月1日起，直通車車票預售期改為30天。

為了區別進港直通車（北京西－香港紅磡）和內地運行（北京西－廣州東）的Z97次票額，在中國鐵路客票發售和預訂（TRS）系統中，對進港的京九直通車車次以“P”代替“Z”，變成“P97”（P是虛擬車次，另有W、V等虛擬車次字頭），但在行車中車次仍然是Z97。在售票時，售票員直接輸入P97即可銷售京九直通車車票。

京九直通車使用配屬中國鐵路廣州局集團有限公司廣州車輛段與長沙車輛段的25T型客車，採取19節車廂編組，設有高級軟卧、軟卧、硬卧、硬座，另有餐車、行李車及郵政車。而進入香港的Z97/98次（直通車段）列車共有7節車廂（1~7車），其中硬卧3輛，軟卧、高級軟卧、餐車及行李各1輛；而後面的12節車廂（8~19車）為北京西~廣州東的Z97/8次（內地段），其中硬卧7節、硬座3節，軟卧及郵政車各1節，會在廣州東站與進港的7節車廂解編（下行）或加掛（上行），進港車廂與內地段車廂不允許互通。而在進港班次開行期間，內地段車廂旅客的餐食亦會由乘務員推車供應。

直通車段：

內地段：

京九直通車由中國鐵路北京局集團有限公司北京機務段使用和諧3D型電力機車或中國鐵路廣州局集團有限公司廣州機務段使用和諧1D型電力機車擔當北京西至廣州東間機務交路，北京/武昌南/長沙/廣州司機在鄭州站/武昌站/長沙站換班；廣州東至香港紅磡由中國鐵路廣州局集團有限公司廣州機務段使用韶山8型電力機車擔當，由廣州機務段機車乘務員值乘，列車在港鐵東鐵線境內由港鐵監察員帶道。

2012年10月21日下午13時54分，由北京西開往廣州東的T97次列車運行至京廣線涿州站至松林店站區間時，由於大貨車司機不慎將鐵路邊的大樹撞倒，導致5號車廂（硬卧車）被砸中。列車晚點52分鐘，所幸未造成人員傷亡。 ^[13]