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單核苷酸多態性
鎖定
- 中文名
- 單核苷酸多態性
- 外文名
- single nucleotide polymorphism
- 性 質
- DNA序列多態性
- 引起原因
- 由鹼基的插入或缺失所致
- 外文簡稱
- SNP
- 特 點
- 既可能在基因序列內,也可能在基因以外的非編碼序列上
單核苷酸多態性知識介紹
單核苷酸多態性(SNP)(4張)
理論上講,SNP既可能是二等位多態性,也可能是3個或4個等位多態性,但實際上,後兩者非常少見,幾乎可以忽略。因此,通常所説的SNP都是二等位多態性的。這種變異可能是轉換(C←→T,在其互補鏈上則為G←→A),也可能是顛換(C←→A,G←→T,C←→G,A←→T)。轉換的發生率總是明顯高於其它幾種變異,具有轉換型變異的SNP約佔2/3,其它幾種變異的發生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點。轉換的幾率之所以高,可能是因為CpG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中最易發生突變的位點,其中大多數是甲基化的,可自發地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。
在基因組DNA中,任何鹼基均有可能發生變異,因此SNP既有可能在基因序列內,也有可能在基因以外的非編碼序列上。總的來説,位於編碼區內的SNP(coding SNP,cSNP)比較少,因為在外顯子內,其變異率僅及周圍序列的1/5。但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義,因此cSNP的研究更受關注。
從對生物的遺傳性狀的影響上來看,cSNP又可分為2種:一種是同義cSNP(synonymous cSNP),即SNP所致的編碼序列的改變並不影響其所翻譯的蛋白質的氨基酸序列,突變鹼基與未突變鹼基的含義相同;另一種是非同義cSNP(non-synonymous cSNP),指鹼基序列的改變可使以其為原本翻譯的蛋白質序列發生改變,從而影響了蛋白質的功能。這種改變常是導致生物性狀改變的直接原因。cSNP中約有一半為非同義cSNP。
先形成的SNP在人羣中常有更高的頻率,後形成的SNP所佔的比率較低。各地各民族人羣中特定SNP並非一定都存在,其所佔比率也不盡相同,但大約有85%應是共通的。
單核苷酸多態性SNP在基因組內的形式
一是遍佈於基因組的大量單鹼基變異;
二是分佈在基因編碼區(coding region) , 稱其為cSNP,屬功能性突變。
SNP在單個基因或整個基因組的分佈是不均勻的:
(1)非轉錄序列要多於轉錄序列
(2)在轉錄區非同義突變的頻率, 比其他方式突變的頻率低得多。
單核苷酸多態性SNP的特點
單核苷酸多態性密度高
單核苷酸多態性富有代表性
某些位於基因內部的SNP有可能直接影響蛋白質結構或表達水平,因此,它們可能代表疾病遺傳機理中的某些作用因素。SNP自身的特性決定了它更適合於對複雜性狀與疾病的遺傳解剖以及基於羣體的基因識別等方面的研究。
單核苷酸多態性遺傳穩定性
單核苷酸多態性易實現分析的自動化
SNP標記在人羣中只有兩種等位型(allele) 。這樣在檢測時只需一個“ + \- ”或“全\無”的方式,而無須像檢測限制性片段長度多態性,微衞星那樣對片段的長度作出測量,這使得基於SNP的檢測分析方法易實現自動化。
單核苷酸多態性數量分佈
單核苷酸多態性適於篩查
組成DNA的鹼基雖然有4種,但SNP一般只有兩種鹼基組成,所以它是一種二態的標記,即二等位基因(biallelic)。 由於SNP的二態性,非此即彼,在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析,而不用分析片段的長度,這就利於發展自動化技術篩選或檢測SNPs。