X檔案

　　聯邦調查局探員Scully接受了一個新任務，去見一個整個調查局“最不受歡迎的人”。她敲門進去看見一個人坐在一張桌子前擺弄幾張幻燈片，凌亂的辦公室貼着很多張UFO的照片，還有一張印着飛碟的大海報，下面有“我想要相信” (I WANT　　TO BELIEVE)的字樣。這個“最不受歡迎的人”正是Mulder探員。Scully探員在大學主修物理學，後來又進入醫學院。Mulder探員對她很不信任，更對Scully探員試圖用科學理論解釋一切的態度嗤之以鼻。這一集就是他們7年合作的開始。他們接的第一個案子是發生在俄勒岡的高中生死亡事件。Mulder相信這個案子和外星人有關。

　　Ellens空軍基地一名空軍試飛員在出現異常精神病症狀之後突然消失。Mulder探員和Scully探員前往該基地調查這一案件。這時，一個自稱深喉的人約見Mulder探員，聲稱掌握調查靈異事件所需要的機密信息。

　　Scully探員在調查局學院的前同事然找上門來，希望Scully探員能夠幫助他們調查一件奇特的謀殺案。在這件案子裏，兇手沒有留下任何蛛絲馬跡。Mulder探員回憶起在X檔案裏類似的案子每30年就會發生一次。他也加入了調查，試圖打破這個循環。

　　調查局一位主管Blevins表達了他對X檔案調查方向的擔憂。同時，Mulder探員開始着魔似的想解開一宗失蹤案。Mulder探員的妹妹 Samantha在他幼年時期奇異失蹤，而Mulder一直堅信是外星人所為。“在我小的時候有個儀式，我會閉上雙眼走進我的房間，因為我想有一天，我一開門，我的妹妹就會在裏面，躺在牀上，就好像什麼事情也沒發生過。而我這一生中的每一天，都在走進那個房間”。這就是Mulder永無止境的惡夢。

　　一個無家可歸者被謀殺了。Mulder探員發現，這個案子同1947年的一宗謀殺案在細節上極為相似。而那間舊案，據信同出沒於大西洋城附近森林裏的野人有關。

　　一個年輕女人見證了好幾起不知名力量的謀殺案。Mulder探員認為那個女人的前僱主的幽靈在保護她，Scully探員則認為她的前僱主根本就沒有死。

　　一台計算機已經不再能夠勝任一棟辦公樓裏的工作，將要被淘汰。為了不被淘汰，這台計算機裏的一種不知名的高級人工智能開始行兇殺人。

　　一個極地探險隊在創造了最新的冰芯掘進紀錄之後，突然開始了莫名其妙的自相殘殺。Mulder探員和Scully探員同一隊科學家和醫生前往調查。他們在冰芯裏發現了一種微生物，任何感染了這種微生物的人都會變得異常憤怒和偏執。調查隊剛到不久，就有人感染。究竟誰會成為兇手？

　　一股神秘力量破壞了一項NASA的發射任務。Mulder探員和Scully探員開始了調查。

　　一個UFO墜毀了。軍方迅速封鎖了事發地點。Mulder探員前往調查，但卻危及了X檔案的未來。

　　兩位父親在同一天被謀殺了，作案方式幾乎完全一樣。Mulder探員發現，這兩位父親都有一對8歲的雙胞胎女兒。他們意識到案件的背後有更奇怪的事情發生。

　　Mulder探員在牛津大學時的前女友找到他，希望他幫忙調查幾個英國重要人物的國際謀殺案件。這時，一個雙手能夠發火的殺手出現了。

　　Scully探員的一把梳子擁有靈異能量，讓她看到了自己不久前去世的父親。一個Mulder探員很久前抓獲的一個死囚，忽然聲稱自己是個占星師，能夠提供給他關於一個連環謀殺犯的線索。

　　Mulder 探員和Scully探員調查的一宗謀殺案，把他們帶到了Massachusetts州的 Stevenston鎮。Mulder探員和Scully探員發現，案犯似乎同時擁有男性和女性的特徵。在該鎮，有一羣人在鎮外的森林裏建立了一個小村莊。他們從來不和外人交談。他們從不與外界溝通。平靜的生活被打破了，他們選擇集體消失。

　　FBI探員Jack　　Willis在處理一個銀行搶劫案時被嫌疑人打傷，而嫌疑人Warren　　Dupre則傷重不治。Scully探員對Willis探員實施了急救。然而，康復的Willis卻莫名其妙的表現出很多Dupre特有的行為。

　　Mulder 探員剛加入聯邦調查局時接到的第一個案件是一件珠寶店搶劫案。他成功地將案犯John Barnett抓獲歸案。在本集故事發生時，John Barnett已經在4年前死於獄中。然而，Mulder探員發現有人想置他於死地，而這個人正是John Barnett。

　　深喉通知Mulder探員和Scully探員，一架飛碟在伊拉克被擊落，並正在秘密運往美國。

　　一個年輕人擁有一伸手就治癒病人的神奇天賦。然而，那些經他治癒的病人，竟然開始接連死去。

　　一個印第安保留地發生了一起謀殺案。被殺的印第安人被誤認為是一隻動物。Mulder探員和Scully探員發現這個人可能就是印第安人傳説中的狼人，一種可以隨意變化外型的生物。

　　華盛頓州立森林公園的一羣伐木者失蹤了，他們失蹤的方式同一羣在50年前失蹤的伐木者如出一轍。Mulder探員和Scully探員前往調查，卻發現自己被困在一座木屋裏，而木屋外卻充斥了夜晚時分出來活動的吃人昆蟲。

　　基因突變人Tooms被精神病院釋放了。他需要吃一個人類的肝臟，才能開始另一次為期30年的冬眠。Mulder探員清楚這一點，於是設計把這個殺人狂抓獲歸案。

　　一個探長和他的前搭檔被神秘的謀殺了。一個小女孩目擊了這兩起謀殺案。Mulder探員認為，這個小女孩是一位生前被自己搭檔謀殺的前警察再次轉世。

　　一個研究高級推進系統的研究及後發生了一連串的謀殺案件。所有的線索都指向曾經精神不正常的清潔工Roland。Mulder探員和Scully探員發現，這個人有着極不尋常的背景。

　　深喉給Mulder探員和Scully探員提供了一條非常含混的線索。追蹤下去，Mulder探員發現了一項代號為“純度控制”的*秘密研究計劃，研究的內容是外星人與地球人的混血人。

　　墨西哥叢林裏的雷達收到外星文明的訊號。Mulder隻身前往，險些喪命，又落得一場空。

　　水蛭人變種驚現下水道。Mulder被趕去調查。

　　小鎮實驗農藥，一個人被農藥影響的人出現幻視，遵循電子儀器的顯示瘋狂殺人。

　　軍方實驗的對象二十幾年不能睡覺，懂得了控制人的反應思維，開始報復殺人。Mulder見到了Mr. X。Alex　　Krycek首次出場。

　　精神病院的前FBI探員聲稱被alien劫持過，因為不願再次被劫持，綁架了精神病院的醫生。被請來幫忙的Mulder自願成為人質。

　　Duane Barry逃跑並綁架了Scully，Alex　　Krycek原來是CSM的幫手。最後Scully在UFO出現的強光中失蹤了。X檔案重新開啓。

　　洛山基出現殺人取血案件，Mulder認為是吸血鬼所為，還跟其中之一Christen有了一夜情。

　　Scully被悄悄送了回來，但生命垂危。Mellisa就像個靈媒。

　　研究火山的幾個科學家紛紛死於喉嚨裏長出硅基孢子植物。

　　盛產美味牛肉的小鎮的孩子們被綁架，發現的屍體上都有“he/she　　is one”的字樣。Mulder和Scully以為是鎮上的教徒所為，但其實是和alien計劃有關的人體實驗。

　　老人院裏鬧鬼了。Mulder和Scully沒看到鬼，倒是發現些讓人恢復精力的小蘑菇。

　　幾十年前的殺人狂有個後代繼承了他的殺人基因，現在基因被激活了。Mulder和Scully能否阻止新的慘劇發生？

　　法斯特是個戀物癖，挖掘年輕女性的屍體，把她們的頭髮和指甲全部剪下來收藏。當屍體已不足滿足他的時候，只有殺人。法斯特的下一個目標轉向了Scully。

　　在一個小城，一個少年被謀殺了，而謀殺過程像一個儀，少年心臟和眼睛被挖掉了，居然出現在老師的課桌抽屜裏。Mulder探員和Scully探員發現，當地學校的家長教師協會舉行一種秘密儀式，而一個代課教師擁有神奇的能量。

　　在一個海地難民營，幾個陸戰隊員神秘死去。Mulder探員和Scully探員發現，這是難民營首領虐待難民，一個巫師反抗的結果。

　　Mulder探員收到一封電子郵件，信中包括三個不同城市醫生的訃告。正在此時，一個CIA特工通知Mulder探員和Scully探員，一個俄羅斯殺手已經潛入美國境內的醫療機構，目的是為了除掉冷戰時期潛伏在美國的俄羅斯克隆人。Mulder妹妹突然出現回家，妹妹Samantha和克隆人有説不清的關係。

　　一個來自外星的職業捕手綁架了Scully探員，用她來交換Mulder探員在幼年時期被綁架的妹妹Samantha。交易失敗後，Mulder發現Samantha居然是克隆人，今兒繼續跟隨這個外星人到了北極冰雪下的潛艇中，逼問關於Samantha的真相。然而Mulder再一次失去了Samantha的線索。

　　在一個UFO經常出沒的地區，動物園中發生了隱身的動物攻擊事件。Mulder探員和Scully探員奉命去調查這樁奇案。

　　一艘美國海軍船隻失事，艦上只有一半成員成功逃生。18個小時當他們被一艘漁船發現時，他們看上去比事發前至少蒼老60歲。Mulder探員認為，該艦進入了未知的時空，因而加速了他們的老化，沒想到的是Mulder和Scully到達軍艦上，他們也莫名其妙的老去，衰老使他們已經快要死亡了。Mulder和Scully能否發現使他們衰老的秘密？能否活着等到救援？

　　佛羅里達州的Gibsonton 城充斥了馬戲團和雜耍藝人。一個以鱷魚表演為生，名叫Jerald　　Glazebrook 的人被謀殺了。Mulder探員和Scully探員在調查這宗謀殺案時，遇到了形形色色的奇怪人物，甚至包括當地的警長。

　　一個2歲大的嬰兒神秘死亡。Mulder探員和Scully探員介入調查。他們發現了一種與死者有關，源自羅馬尼亞的的驅魔儀式。驅魔人告訴他們，死者是被其未出生的孿生兄弟附身。在驅魔儀式過程後，Mulder被驅魔人嚴重警告，“現在結束了，但你必須小心，它認得你了”！

　　在一座警備森嚴的監獄，一種瘟疫一樣的疾病開始流行，造成10人死亡。Scully探員留守監獄，摸清疾病的源頭。而Mulder探員則連同聯邦司法官員一起追蹤兩名可能已經感染該疾病的越獄者。

　　一項關於暗物質的試驗造成了驚人的後果－該試驗可以把人的影子轉化為一種致命武器，任何接觸到這種武器的人都會被轉化成能量。

　　一個小城發生了數起失蹤案。Mulder探員和Scully探員在該城一條小河裏發現了數以百計的人骨。該城最富有的人擁有一座雞肉加工廠。此人找到了一種吃人肉而延長壽命的辦法。

　　Mulder探員意外獲得了一些關於外星生命的原始資料。但他的敵人卻想讓他看到，發現真相是要付出沉重的代價的。