神盾局特工

在這個繁忙的都市，隱藏在這裏的人們，他們中間有一些怪物，同時也有些拯救世界的英雄。神盾局是一個秘密的特工組織，它的成立是為了保護正常世界人們與超然世界之間的關係，保護人們的正義之師，讓人們重新認識和適應這個新的世界。紐約之戰死而復生的庫爾森特工組織一些能力強悍的特工，如冷靜機智的特工梅，專門設計各種高科技武器物理學的菲茲特工，生物學家高科技武器設計者西蒙斯特工，身手矯健的獨行俠沃德特工，成立一個特殊小組來調查一個叫做漲潮的神秘組織。在他的記憶中，曾經死去的幾秒鐘，是在一個叫做大溪地的美麗地方，可是似乎事實並非如此，有些他不知道的東西被隱藏着。在一次大爆炸中，一個叫做皮特森的超能力者為了救人暴露了自己的能力，他的手臂上有個“蜈蚣”樣子的能量供應器，實際上他也是個可控炸彈。斯凱是一個黑客高手，她對超能力的皮特森很感興趣，意外黑進了神盾局，同時發的帖子正好與漲潮組織的秘密標籤一致，被庫爾森他們抓來調查。皮特森着急了，有人發現了他，他趕緊向博士求救但是沒有效果，在失去工作等多重壓力之下，皮特森的能量越來越不受控制，神盾局希望能夠及時找到並救他。斯凱也希望可以幫助他，運用音頻技術，菲茲利用物理高科技，還原了爆炸前的畫面，原來爆炸是從人身體裏面發出的。庫爾森想要找到可以救邁克的方法，幾個小時後邁克的身體就會爆炸，斯凱被邁克劫走了，斯凱用黑客告訴了庫爾森她的位置。終於，在皮特森不受控制爆炸前，庫爾森他們將他制服。在這件事上，庫爾森發現斯凱是個人才，想招賢納士。

斯凱進入了神盾局，成為了他們的一份子，但是剛進來斯凱有各種的不適與反對的聲音，因為斯凱曾經是漲潮的一份子並黑進他們的系統。庫爾森他們在調查一種來源不明的神秘物件，除了知道這東西代號0-8-4之外，他們對它一無所知，故而他們前去秘魯找尋線索。庫爾森帶着他的團隊見到了一個古老建築中的裝備0-8-4，並且有1500多年的歷史，一隻反對組織對他們展開激烈槍戰，在庫爾森的前任女友卡密拉的手下幫助他們逃脱，他們帶着裝備好不容易來到了飛機上。在萬米高空中，卡密拉的手下突然發難以菲茲的生命威脅抓捕了他們，卡密拉與庫爾森交談中，曖昧的氛圍，主動的感覺，讓庫爾森突然發現不對勁，但是為時已晚。原來卡密拉代表秘魯政府，她們也想要這個設備，他們知道這個設備是武器，他們想要用這個設備來對抗反叛勢力，所以要對庫爾森下手。但是機智的特工哪是這麼容易被抓起來的，梅是原來神話“騎士”的一員，她的能力嚇傻了菲茲斯凱他們，終於發揮團隊精神和無畏精神，他們打開了一個突破口解開了繩子，並且運用0-8-4發出射線打穿飛機艙打破了一個洞，強大的氣流把卡密拉的手下捲走，在激烈的打鬥中，卡密拉也要被捲走，庫爾森還念舊情，緊緊抓住了卡密拉的手，斯凱發揮聰明才智及時打開了忌酒充氣船堵住了飛機上的洞，救了將要被捲走的沃德，終於庫爾森他們成功自救。一切安靜下來，庫爾森他們要把裝置放在安全地帶，卡密拉被扣押在神盾局扣留處，庫爾森希望秘魯政府會出面交涉，這樣卡密拉才不會有很久的牢獄之災。庫爾森的特工在這一過程中，也慢慢接受了斯凱，斯凱成為了外勤特工，夕陽西下，整個團隊看着0-8-4被髮射進入太空，就這時候漲潮組織發給斯凱短信告知情況。

一輛紅色級別的卡車和兩輛保護車在公路上馳騁，但是不明白的是，汽車被不明物體高空拋棄墜落，沒有人知道劫持的是什麼，好像如空氣般看不到摸不着，霍爾博士被綁架劫走。斯凱在沃德的訓練下做着特工應有的訓練，神盾局收到解救計劃，他們前去科羅拉解救。證人特工無法形容是什麼東西劫持的，在犯罪現場，他們找到了影響重力的小型儀器，庫爾森覺得這件事不一般，立馬加緊解救的進程，一步步的線索他們查到了伊恩奎恩。原來，伊恩想要博士建造出來一個大型的重力質子素儀器才來綁架博士，霍爾博士認為這個元素過於危險，但是在奎恩的騙局和這一生努力追求東西的誘惑下，博士還是有些動心。神盾局想盡辦法也進不去，神盾局不允許被進入而且還有各種國際法規矩，可是斯凱決定身先士卒，並瞬間黑進系統拿到了網絡邀請函，準備隻身進去，但是成員們都很擔心斯凱教會她各種格鬥技巧和儀器的使用，這點點滴滴的關懷和保護一寸寸的融化斯凱的心。斯凱盛裝出席，進入奎恩的酒會，想要找到系統，可是卻被奎恩發現，斯凱聰明的假裝出賣神盾局騙過奎恩，成功的解除了奎恩的防禦系統。庫爾森和沃德趁機進入奎恩的住宅，沃德去解救斯凱，庫爾森去到實驗室找到博士，發現博士已經被慾望收買，想要啓動儀器。儀器被啓動起來，大地顫動，重力顛倒，庫爾森沒有辦法在千鈞一髮之際把博士扔進儀器之中與重力質子素融合在了一起終於使儀器停了下來。庫爾森解救了所有的人，重力質子素被放入了神盾局專門保管機密物品的保管室中，而在空蕩蕩的保管室中的重力質子素中伸出了一隻手……

一些穿着一模一樣的頭戴面具的人，每人手中都拿着一個箱子，沒有人知道里面是什麼也沒有人知道誰的手裏拿着。地鐵中，阿瑪多爾趁着地鐵一瞬間的黑暗找出拿着寶石的人砍斷了他的手拿走寶石，就這樣阿瑪多爾發生了很多的案子。神盾局開始着手調查這個案子，懷疑這個女子是有什麼心靈感應，要不然根本就無法解釋這個事件。阿瑪多爾曾經是一名神盾局的特工，但在一次行動中因為不信任自己的隊友，導致了行動失敗，之後便不知所蹤。庫爾森想要找到她解救他，讓她學會合作精神，一睜眼她就能發現隔離幾米以外的人和事物，非常不可思議。趁着庫爾森和沃德調查阿瑪多爾，斯凱黑進系統，沒想到黑進了阿瑪多爾眼球中系統，更沒想到的是她就在他們附近開車給她們個警告撞下山坡。原來，阿瑪多爾的眼球就是一個監視器也是一個死亡控制開關，她曾經被一個組織控制，痛苦的被折磨和監視着。庫爾森想要把她救回家，想要給她一次機會。這時候梅來到阿瑪多爾的住址，想要把她帶回飛機上讓她接受公平的審判，阿瑪多爾告訴她只有一個人可以離開這裏不是她死就是梅亡，幸虧庫爾森及時趕到。把阿瑪多爾帶上飛機，庫爾森利用黑客技術，迷惑系統，讓監控的人以為很正常。這麼多年，阿瑪多爾一直為曾經的事情而內疚着，告訴庫爾森這些年的經過，庫爾森希望阿瑪多爾能夠幫他拿到感應片。庫爾森決定親自出馬找到主謀，這邊斯凱和沃德完成着阿瑪多爾的任務這樣可以利用控制者發出的信號反追蹤。阿瑪多爾成功被解救，很感激庫爾森給了她收到第二次審判的機會，終於得到了寧靜，臨走前她對梅説庫爾森曾經死亡的時候他們對他做了什麼，這讓梅覺得很奇怪。

在一個繁華的街頭，一個叫做陳浩然的魔術師在表演着關於火的魔術，穿着花裙子的女子瑞納去到陳浩然的家裏，想要讓他將這種魔法公之於眾，她就是利用陳浩然的這種心理將他綁架到了一個實驗室裏，進行着不為人知的陰謀。飛機上，特工們已經逐漸接受了斯凱，可是庫爾森知道斯凱隱藏着些什麼。這時候，火焰能力者陳浩然被綁架的消息傳達到了庫爾森特工們的這裏，是漲潮組織乾的。漲潮組織黑進神盾局套取的數據，斯凱受到懷疑，這時候大家很需要斯凱的幫助，斯凱本可以不幫但是還是出手找到黑客來源邁爾斯。邁爾斯逃脱了庫爾森的追捕，是斯凱通風報信的，斯凱質問邁爾斯為什麼要黑進神盾局，原來邁爾斯是斯凱的前男友。庫爾森找到了斯凱他們，他們對斯凱爭論不休，似乎斯凱背叛了他們的信任，他們都很生氣。斯凱並不想背叛神盾局，在努力勸説着邁爾斯合作。瑞納利用陳浩然的夢想，讓他參與實驗並承若放大他的能量。實驗室裏，陳浩然的力量變大，正在興奮的時候，他不知道有一個更大的陰謀向他一步步走來。原來，漲潮組織想要利用陳浩然的血小板完善蜈蚣組織的計劃，因為他的血小板中有防火的血清，利用這些就可以避免蜈蚣戰士自爆現象，就這樣陳浩然的血小板再不停的被抽離，陳浩然崩潰了，在最後時刻大開殺戒最終自爆。庫爾森給了邁爾斯一個電子追蹤手鐲放他走，斯凱想要留下來，邁爾斯臨走之前祝福她得到自己想要的一切，斯凱想要努力重新贏回大家的信任。

消防員一家人在度假，夜晚圍着篝火講着鬼故事，克洛斯似乎聽到了嗡嗡聲，可是其他人都沒有聽到。克洛斯決定去看看，就這時候奇怪的事情發生了水杯居然漂浮了起來，這時候傳來克洛斯痛苦的吶喊聲，發現克洛斯已經死亡恐怖的是他浮在半空中。庫爾森在做着體檢，西蒙斯奇怪的問他不是還有三個月才到體檢，庫爾森怕西蒙斯擔心含糊過去。斯凱想贏回大家的信任做了很多的努力，聽從一切命令又是背條文的，雖然大家表面對斯凱的謊言耿耿於懷但是大家心底已經原諒了斯凱。庫爾森組特工開始着手調查克洛斯死亡的事件，可是在西蒙斯和菲茲雙重合作下還是找不到原因。他的死因是被一種不為人知的力量在改變着，就在這個時候另外一場靜電出現，庫爾森和梅趕緊趕到現場，但還是晚了一步，又一名男子惠倫死亡，死狀和之前男子一樣懸浮空中腦部被電擊。奇怪的是，斯凱在調查中發現兩個人來自同一個消防隊。原來齊塔瑞人入侵後他們是被派出的消防員，庫爾森聯想到這可能跟他們被殺有關係。庫爾森和梅趕到他們所在的消防隊，西蒙斯這時候發現原來電擊是從腦部內部產生，西蒙斯查出點頭緒，這時候靜電信號再次發出，來自庫爾森所在的消防站，庫爾森覺得消防員迪亞茲不太對勁就上前詢問，原來之前他們撿過一個頭盔當做紀念品，頭盔是個病毒傳染源是造成他們死亡的原因。迪亞斯知道自己也活不長久了，在彌留之際庫爾森説了一些話讓他離去的安寧些。西蒙斯一直在調查這些死者腦細胞，結果也沒感染，菲茲一直陪在她的身邊不離不棄，努力為她找尋抗原，結果不惜面臨自己也被感染的危險孤身進入實驗室，其他特工更是為束手無策而自責。最後一個方法，最後一隻實驗鼠，菲茲以為老鼠死了想要跳下飛機不想成為大家的負擔，老鼠沒死只是暈過去了，沃德飛身跳下飛機救回西蒙斯。菲茲很自責，他當時沒能跳下飛機，但西蒙斯告訴他在她絕望時陪着她幫她的人不是沃德是菲茲他，菲茲聽了也安慰不少。

庫爾森被某個類似軍隊的組織綁架到了某個地下倉庫，就在這時梅、沃德還有肖探員及時出現將庫爾森解救出來，並且在西蒙斯的幫助下成功取出肖探員鼻腔內的情報，庫爾森決定啓程回到神盾局總部將情報完整送回去。斯凱想要藉助神盾局的電腦存檔來查詢她親生父母的資料，但是她沒有權限，庫爾森答應她會幫她。下一個任務，需要庫爾森的兩個特工前去解除某戰亂的一方勢力研發某種大規模殺傷武器，並且其中一個人需要能夠識別和解除炸彈的機械專家，就這樣沃德和菲茲當選被派去執行任務，併為了安撫他們告知會有撤退小組及時接應他們。西蒙森非常擔心菲茲，幫他準備好各種抗毒血清，還給他做了最愛的三明治，整個團隊都為他們擔憂而鼓勵着，但是斯凱總感覺哪裏不太對勁。斯凱直覺覺得總部再隱瞞着些什麼秘密，去找庫爾森瞭解更多的關於沃德和菲茲的任務，看到更多的人員去參加那個活動，決定和西蒙斯入侵了總部的8級權限，得到消息總部根本就沒有派遣任何救援小組前去支援，他們已經做好要讓沃德和菲茲犧牲的準備。斯凱趕緊把這個消息告訴庫爾森，庫爾森前去質問局裏這個情況，説他們的命運應該由自己選擇不應該被欺騙，庫爾森特工小組非常默契開始前去支援。沃德和菲茲九死一生，終於拆除了裝置，但是卻被團團包圍，沃德告訴菲茲不會有撤退小組支援他們的，讓菲茲先行離開，菲茲不走和沃德並肩戰鬥，就在這危機關頭，庫爾森的飛機從天而降成功將夥伴們解救出來。庫爾森在這其間已經幫斯凱查到身世資料，但是很是殘忍，庫爾森決定只告訴她部分事實隱瞞着些東西。

庫爾森所有的手下在清理着外星物品，不能讓任何外星物品流落到不法分子手中，那是極度危險的。可是在挪威國家公園裏，一對挪威異教徒的男女找到一棵被巨石環繞的古樹，切開古樹，那裏面藏有刻有奇怪花紋的一節銀色棍子，奇怪的是在女人握住棍子後竟然擁有無窮的力量。神盾局開始着手調查這件事情，還原棍子的模型以後，查到這跟棍子跟仙宮戰士有關係，並且在這時候，這對男女並沒有消停四處作案。庫爾森拿着棍子來找到一個權威的歷史學家和神話學家，教授告訴他關於這個棍子的歷史，是仙宮戰士的武器，武器被分成三個部分遺落在世界各地。就在神盾局四處尋找第二根棍子的下落時，庫爾森發現教授也在試圖尋找並帶走棍子，卻被之前的異教徒搶走了，沃德無意間碰觸到棍子後小時候痛苦的回憶全部湧現出來，痛苦不堪。庫爾森和沃德終於探聽出來，教授就是選擇留下的仙宮戰士，傳説其實是教授在幾百年前自己泄露出去的，但是他也沒想到會變成神話。教授説這根棍子會給人們帶來暴怒力量並且折射出內心最邪惡的部分，教授答應會幫庫爾森找到剩下的棍子以幫他隱藏身份為條件。在愛爾蘭，最後一根棍子橫空出世，卻是被異教徒捷足先登，一下插入教授的心臟，庫爾森一下插入教授的心臟用另類方法救活了教授。沃德救教授的過程中握住了棍子，能量爆發，痛苦的打敗所有的人，然後脱力倒下。異教徒女子出現，梅要幫助他們，握起地上的棍子，棍子帶來的力量與痛苦讓她戰勝了異教徒的女子，並使仙宮戰士斧子合體。沃德問她如何克服的痛苦回憶，梅説她每天腦海中都會經歷一遍這段回憶。庫爾森問教授他不記得曾經一部分的記憶，想握住棍子，但是最後還是沒有。

漢娜來到一家超市買東西，店主質問漢娜，傑克本森是他的好朋友那件事情是不是她乾的，漢娜無話可説，想要離開，但是她好像擁有的隔空移物的本事不受控制，毀了超市發生了爆炸，這讓漢娜也還不怕不已。庫爾森組隊員開始着手調查漢娜“意念控制”的案子，全城的人都在責怪漢娜，並在事故發生地發現粒子加速器等線索，庫爾森組決定接受這個案子並把漢娜安全帶走，因為這個時候眾多市民都圍在漢娜的周圍想要把她趕走，讓漢娜也很痛苦，她真的什麼都不知道。粒子加速實驗室裏面，西蒙斯和菲茲在調查着這些，想從中發現一些意念控制的線索。漢娜被帶到飛機上，庫爾森、梅和沃德想要使勁辦法讓漢娜冷靜下來放鬆，但是漢娜覺得那裏面的人的死都是她自己造成的，她很是內疚和自責。這時候奇怪的是，漢娜自身的一切數據都很正常，她因內疚而精神崩潰，而且未知的某種力量讓她會變得很是危險。斯凱想要進去和她談，正在和庫爾森和梅談話間，桌上的物品奇怪的掉落，但是大家沒有懷疑什麼。斯凱用電腦查數據的時候，發現了一個男子，是爆炸現場死亡的一個技術員託拜厄斯，找到些什麼線索。西蒙斯在拿聯軸的時候，西蒙斯的身後突然出現了一個什麼，似人非人，似鬼非鬼的傢伙，這傢伙在毀壞着飛機上的各種儀器設備和系統，飛機處於極度危險的時刻。關鍵時刻，鬼魂威脅着所有的人，特工發現原來託拜厄斯一直在找尋方法接近漢娜。梅趁此機會將漢娜帶出了飛機，將計就計，以漢娜作為誘餌，將惡魔引誘了出來，隨後便廝打在一塊，之後，漢娜認出那個魔鬼便是託拜厄斯，及時地阻止了他們，而令人意想不到的是，託拜厄斯其實是漢娜的追求者，他尋找漢娜並不是為了害她，而是為了保護她。漢娜求託拜厄斯，放下一切，託拜厄斯因為想吸引漢娜的注意，一直在做錯事，想求得漢娜的原諒，梅告訴他，如果你在乎漢娜，就放手離開她，終於託拜厄斯終於解開思想包袱，魂歸地獄。斯凱在大家的口中得知了關於梅的過去，知道為什麼梅在那之後再也沒有笑過，斯凱有一種特殊的能力，可以深入人心的瞭解事物，庫爾森發現了斯凱的這種能力，並在斯凱的勸説下梅的臉上終於出現了久違的笑容。

銅牆鐵壁的聯邦監獄中，三個蜈蚣士兵從天而降，以無窮的力量瞬間不到兩分鐘的時間打敗了看守員們，把一個犯人愛迪生·波前將軍劫走了，成他為sir.斯凱覺得謝恩探員可能是自己的親身母親，一直在很激動的查探着，看是誰把她放入的孤兒院可是庫爾森知道這件事背後的答案卻又不能多説些什麼。庫爾森特工小組接受了關於蜈蚣劫人的案子，並且從中瞭解到蜈蚣士兵由陳浩然的血清已經解決了會爆炸的問題，也就是説現在的蜈蚣士兵已經不會爆炸，蜈蚣實驗室又重新開始。庫爾森決定要儘快找到波和這些蜈蚣士兵以免犯罪進一步擴大，同時庫爾森也找來一個人回來幫忙，以彼之道還施彼身，這人就是皮特森。皮特森重新以不同的身份進入神盾局飛機，想和大家一起合作解決這個案子，皮特森不明白他的能力會用到什麼地方，庫爾森告訴他會用在適當的地方。西蒙斯和菲茲幫助皮特森測量一些身體的狀況，不明白他之前是如何穩定下來爆炸的，皮特森告訴他們是他們原來設計的槍打中了皮特森穩定住了血清，從而救了他，但是西蒙斯和菲茲羞愧不已。西蒙斯和菲茲重新為皮特森設計了一套戰服，以助於他能更好的的發揮力量而投入戰鬥，這時候庫爾森已經查到關於蜈蚣實驗室的具體位置開始行動。斯凱感謝梅也幫她找尋失散多年的父母，順便斯凱把監獄的探監的錄像調出來，從而知道了這件案子和千里眼有關係。潑和瑞納來到蜈蚣實驗室，想要製造更多的蜈蚣士兵，並且準備開始正面迎擊神盾局。在實驗室中，蜈蚣士兵與神盾特工正面戰鬥，皮特森受了很嚴重的傷但是同時也制服了一個蜈蚣士兵，但是主謀用電腦控制蜈蚣士兵的死亡開關而殺死了他。就在蜈蚣士兵死亡前的錄像中，瑞納和波發現了沒注射營養劑卻還沒有死的皮特森，他們都認為皮特森是他們通向第三階段的鑰匙。庫爾森問為什麼自從上次聯合車站見兒子一面以後就再也沒見過，庫爾森鼓勵皮特森讓他有勇氣重新面對兒子。皮特森好不容易鼓足勇氣給兒子艾斯打電話，卻發現瑞納就在兒子旁邊並提出人質交換。可就在人質交換過程中，他們發現，瑞納的目標並不是皮特森而是死過一次的庫爾森，皮特森很內疚決定回頭救出庫爾森的時候，爆炸了，皮特森支離破碎。

庫爾森被瑞納綁架走以後36小時，庫爾森手下的特工小組開始展開全面的行動實行營救計劃，找到和蜈蚣組織相關的範查德，想借助他的信息而找回庫爾森，就在開會的時候，有人黑進了神盾局的系統。斯凱提議説，資金流向是找到庫爾森的關鍵她想從範查德的資金賬户追查到庫爾森的所在地。漢德特工認為她違反規定要把她趕下飛機，諮詢梅，梅也説要趕下飛機讓其他人非常不理解。原來，梅認為只有下了飛機斯凱才能發揮自己的長處不受限制的幫助他們找到庫爾森。庫爾森做着美夢，想象自己還在大溪地的樣子，醒來後發現波在自己旁邊，波一直在用儀器強行進入庫爾森的大腦想要探知當初當時庫爾森死亡時候所遇到的事情在這期間庫爾森飽受折磨。庫爾森還不容易逃出一次，卻發現這裏是在沙漠的中央，一個迷你的小鎮，全部是假的玩偶。斯凱由交通事故，車主信息，拉士滿先生等等，還假扮特工梅，好不容易通過調查範查德的資金找到蜈蚣組織藏身處。漢德特工責怪我的沃德沒有按規矩審問犯人，同時她也不明白為什麼一個8級特工會會有如此大的影響力動用這麼多的資源，沃德告訴她庫爾森就是這麼的重要。庫爾森一步步受着折磨，就在這個時候，千里眼打來電話讓瑞納接電話，原來千里眼要遠程殺死波，瑞納全權接手波的一切工作。瑞納告訴庫爾森，要恢復他的深層次潛意識記憶，如果再次反抗他的腦子將會燒燬，告訴他神盾局一直再隱瞞他真相。瑞納不停的在旁邊這時已經很受刺激的庫爾森，庫爾森終於點頭同意開啓儀器。就在這儀器開啓以後，慢慢的，庫爾森死亡時痛苦的回憶一點點的回憶起來，很是痛苦不堪，就在崩潰的邊緣，救援小組終於趕到救下了庫爾森，但是庫爾森也知道了他死亡時候的細節。

在神盾學校的一個游泳池裏，一個學生在旁邊用着電腦，三個學生為考試完成而在慶祝着。突然，從泳池一邊開始快速冰凍着，速度難以想象，兩個在水裏的學生趕緊出來，但還是有個學生的腳被凍在裏面，但幸虧玩電腦的唐尼急中生智用角落的棍子敲開冰面救出同學。神盾局特工小組開始就這一事件進入學校展開調查，認為是學校中的壞種子造成的。庫爾森一種為記憶中的事耿耿於懷，因為他記不起來了，只記得塔西提島，只有痛苦的印象卻沒有記憶，梅勸説庫爾森放下。梅對庫爾森説她已經找到當年把斯凱放在孤兒院被槍殺的艾弗裏特工的搭檔理查德·拉姆利，他已經出現，梅梅和庫爾森決定找到他。在逮捕的後，理查德告訴庫爾森這件事情的經過並且還説明了一些0-8-4和斯凱的關係，斯凱就跟死神般周圍的人一個個的都死了。菲茲和西蒙斯在母校進行演講，他們的成功使得他們深受學生們的歡迎。就在演講過程中，突然間，一個學生被冰凍起來，菲茲和西蒙斯成功找到解救學生的方法並且獲得熱烈的掌聲。被冰凍的學生唐尼是一個高智商的學生，但是由於他的性格和遇上的事情，讓沃德決定開始着手調查他。菲茲看着這個孤僻有性格的小夥子唐尼就想起來曾經在學校的自己，在交談的過程中卻意外的幫助他找到了製造超級風暴機器的能源方法。原來，唐尼和賽斯是這次冰凍事件的主謀，他們想把這個裝置賣給幕後黑手奎恩，唐尼主攻技術，賽斯聯繫買家，奎恩騙賽斯要在神盾局面前展示這個裝置的威力，唐尼因為安全問題動搖，但是賽斯為了金錢很是堅持。裝置被啓動，它造成的結果是唐尼和賽斯難以想象的，在以學校為中心的地方形成了暴風中心，他們創造了一個超級風暴，唐尼想要收手，兩個人趕緊想辦法解除裝置，但是為時已晚，在這過程中賽斯被電死，唐尼被救走但是因為賽斯的死被內疚纏身，唐尼被帶到沙盒監視，意外具有了點物成冰的本事，而在科爾森與奎因的通話中，發現奎因也屬於千里眼的組織。

庫爾森想要追捕千里眼就要從奎恩入手，眾特工決定想要攔截下奎恩的秘密運送物品找尋線索，意大利當局決定全力配合，於是庫爾森、沃德、梅、西蒙斯和菲茲斯凱等人登上了列車，庫爾森和西蒙斯裝作父女，沃德和梅裝作夫妻，其他人則實施監控和配合任務。但是在追查過程中，他們發現了些不太對勁的事件，原來賽博科技早有準備，一切都是他們的陰謀和陷阱，他們用干擾設備先干擾他們全部的電子通信設備，然後假扮列車員的沃德慘遭“美女”暗算，在被賽博科技追殺之中趕忙帶着因通信問題來巡視的科爾森跳出了列車。但是奇怪的是，賽博科技人員投擲出一枚手榴彈釋放出樹眼睛蛇毒素麻痹了克爾森與沃德的神經，庫爾森和沃德不知道的是時間已經過了很久，卻感覺列車一下子就消失了，並且發現了一輛偷車這讓他們覺得很幸運。其實，特工梅在火車頂也慘遭埋伏，她跳下火車時發現庫爾森和沃德中毒在軌道旁邊，但是生命沒有威脅，梅當機立斷，給他們備好偷車先行追查內奸。原來拉索先生就是這個內奸，他想要利用信任的時候殺了庫爾森等人，梅被關押起來受盡折磨，好不容易逃出來趕回飛機上，就在這關鍵時刻梅身負重傷及時趕到在背後將拉索殺死。斯凱與菲茨意外發現奎因等人在進行秘密交易，決定進行下一步的行動。斯凱決定潛入內部讓菲茨在外接應，在進入了一個地下室後，她發現了以為犧牲了的皮特森，而他身上的短腿被接上了一條高科技的假肢，受眼球科技所迫他只得進行任務。奎恩突然出現並對斯凱的腹部開了一槍，她倒在了血泊之中，庫爾森其他成員趕到急忙進行救治但是結果如何尚未可知。

斯凱中槍以後，西蒙斯急救先把她放入高壓箱中，但是搶救的並不順利，庫爾森不想讓斯凱等死，這時候他想到曾經救治自己的地方，於是庫爾森小組決定前去救治庫爾森的地方，尋找救治的方法和良藥，希望能有奇蹟出現。知道斯凱馬上就不行的消息，全員氣憤難當，梅一更是時氣憤，將奎恩打的受傷，庫爾森雖然制止，但是他明白奎恩的後面還有人，決定先行救人。這時候總部命令把奎恩移交總部，並派出加勒特將奎恩帶回總部，但是庫爾森堅決立場先扣押奎恩，除非斯凱脱離生命危險，否則誰也不能將奎恩帶走，必須讓他血債血償。加勒特也並非不講人情，他的手下也多名喪命在奎恩手下，加勒特決定先幫助庫爾森救治斯凱。菲茲和西蒙斯在庫爾森的授權下破解部分機密文件，找到了庫爾森曾經所在的救治地點，找到了給庫爾森做手術的地方。他們想要和平進入尋求救治，但是這個地方似乎沒有想象中的那麼簡單，沒有辦法他們強行進入基地，殺了兩名特工，無意間他們觸碰了機關，佈滿整個基地的炸藥即將爆炸，他們決定分頭行動。西蒙斯菲茲找到解藥，準備要離去，但庫爾森想要找尋關於塔希提的秘密，就在這個房間裏，他發現了半截外星人，原來那個良藥325是從外星人身體裏提取的，庫爾森震驚了，趕緊回去想要阻止西蒙斯給斯凱注射325，但是為時已晚，藥物已經被注射進斯凱身體裏，神奇的是，斯凱的心率已經逐漸平穩，她活過來了。

庫爾森自從發現了外星人以後，一直很擔心，他開始擔心自己究竟是從哪裏來，或者曾經死去的時候究竟發生了什麼事。這時候，一個叫做羅蕾萊的邪惡之女在四處迷惑人類成為自己的人，從而幫助自己做事。斯凱終於醒了，西蒙斯在盡心盡力的照顧着取了很多血液，沃德也一直關心着，談論到皮爾森，皮爾森讓斯凱發生這樣的事不能原諒，而且皮爾森好像要參加一個叫死亡戰士的計劃，斯凱想要幫助他。西蒙斯因為沒有留下足夠的良藥樣本，只能從斯凱體內抽取血液，但是還是沒有發現什麼同時庫爾森還要西蒙斯對研究保密，這讓西蒙斯很奇怪不知道庫爾森在基地究竟看到了什麼。在神盾局附近的天空中採取到大量的能量，可能是雷神，神盾局出發前去“迎接”，沃德和梅覺得最近庫爾森的行為都很反常。這時從天而降一個仙宮戰士希芙女士，她是地球的朋友並警告大家説大家有危險了，原來羅蕾萊逃跑了並利用時間隧道逃到地球，她曾引起多個王國的混亂，她的能力是魅惑，能使任何男人按照她的意願做事。希芙戰士趕來，想要阻止羅蕾萊並且把她帶回天宮，搜尋中發現羅蕾萊不斷的劇集金錢士兵和黃金，她在準備建設一支軍隊。神盾局特工和希芙戰士來到羅蕾萊這裏，因為男人都為她賣命，發生了激烈的槍戰，混亂中沃德也被羅蕾萊魅惑並且帶走，斯凱也加入戰鬥想要幫忙尋找沃德的下落。西蒙斯因為GH-325的事情追問庫爾森想要總部的支援，可是庫爾森下令嚴格保守秘密。沃德受到蠱惑拜倒在羅蕾萊的石榴裙下，雖然梅表面沒什麼，但是自己在乎的人受到別人蠱惑而背棄家人朋友的感覺。這時候，沃德並沒有帶羅蕾萊逃走而是想要排除希芙，接管飛機，在機艙裏希芙與羅蕾萊展開了正面戰鬥，終於，希芙打敗了羅蕾萊將她帶回仙宮，但是這次事件他們都蒙受了很大的損失梅也是一樣。庫爾森告訴了斯凱這個藥物的來源，他很是內疚，斯凱告訴他只要我們活着就夠了，並開始合同斯凱找尋這件事的答案，沒想到的是他們的對話被人監聽，是梅，並且和秘密 線路回報：庫爾森知道了。

在澳大利亞，約翰·加勒特特工和安託萬·特里普利特入住安全屋，加勒特懷疑千里眼在被拒名單裏面，半機器人邁克闖入。漢德特工等一些高級特工進入庫爾森的飛機，他們停留在北極的正上方開始關於千里眼的秘密會議，北極光可以阻止信號的傳遞。因為千里眼總是快他們一步，所以他們不得已要採取進一步的行動，尤其是那些被神盾局拒之門外的超自然能力者。庫爾森正式任命斯凱為神盾局特工，斯凱激動不已。在這一過程中，沃德也改變了很多，斯凱改變了沃德，沃德也在團隊中有了全新的視角。西蒙斯還是在不停的研究斯凱的血液，怕gh-325會有什麼副作用，庫爾森在保密着，可是梅卻給總部秘密彙報着什麼，gh-325看來沒有那麼簡單。所有特工開始投入到搜尋千里眼的過程中去，一個個調查一個個排除。邁克找到布萊克和梅，並且把布萊克打成重傷，死亡戰士的威力不容小覷，打槍已經毫無用處，並且死亡戰士還具有強大的火力。西蒙斯要進入總部對死亡戰士進行更深一步的調查，離開飛機，也就意味着要離開菲茲，臨別臨近，菲茲感覺他有點捨不得她了。在追蹤死亡戰士邁克時，斯凱發現邁克的半身以上都由機器構成簡直已經算不上人類了。庫爾森一行人找到了類似千里眼的人，一個癱瘓只能靠機器説話的人，説出了斯凱和庫爾森之間發生的事，庫爾森也是很迷惑，但是知道的是斯凱絕對不是普通人，就在所有人仔細聆聽的時候，沃德突然開槍射殺了千里眼，所有人都很是詫異不明白沃德為什麼那麼做。庫爾森對納什產生了懷疑，覺得納什可能並不是千里眼或者納什本事就是假的。庫爾森突然意識到，千里眼並不是讀心術怎麼樣的，只是有安全限制所以才會知道部分內容，千里眼就是神盾局裏面的人。菲茲在調查過程中，發現飛機上有多餘的加密線在駕駛艙，這説明梅在秘密和某個人聯繫着。梅的秘密通話被菲茲暴露了，她向菲茲開槍，庫爾森和斯凱趕到梅對他們解釋不是他們想的那樣。漢德特工下令要把飛機上所有人幹掉只留下庫爾森特工，難道漢德特工才是千里眼？

庫爾森拿槍直指梅讓她放下槍，梅趕緊解釋説她的加密線絡是通向富瑞局長，而菲茲也用了一根加密通話和西蒙斯通話，其實西蒙斯一直都在檢查血液想要弄清楚來龍去脈，庫爾森趕緊調查看看西蒙斯通話時旁邊都有誰，如果是不能相信的人西蒙斯就有危險了。如今現在神盾局網各處都是噪音，同時這個時候加勒特在空中也受到無人機的攻擊，加勒特尋求庫爾森的幫助，庫爾森千鈞一髮打下無人機救了加勒特，加勒特也進入了神盾局飛機。這個時候大家都在懷疑漢德就是千里眼，神盾局飛機癱瘓的系統上突然出現HYDRA字樣，這是九頭蛇組織的代號，可以肯定的是這些消息都是從神盾局內部泄露出來的。特里普和西蒙斯都還在總部，這個時候總部大部分已經被九頭蛇組織的人所攻陷，庫爾森一行人想解決辦法並且也想救出西蒙斯他們，庫爾森放出梅給富瑞局長打電話可是這時候得知富瑞局長已死的消息。其實從當初組建隊伍到現在梅做這一切都是為了庫爾森。九頭蛇的人全面攻佔庫爾森飛機，庫爾森他們知道九頭蛇的人是想要飛機上的資料，庫爾森下令斯凱把數據拷到硬盤並清除飛機上所有的數據資料。漢德特工找到西蒙斯，告訴西蒙斯庫爾森才是九頭蛇的人，説出了庫爾森隱瞞的種種，西蒙斯混亂了不知道究竟是漢德是九頭蛇的人還是庫爾森是九頭蛇的人。沃德殺了假的千里眼其實都是為了斯凱，他怕斯凱受傷，斯凱説如果我們能逃出去就去喝一杯好好聊聊，感情早在他們不知不覺中萌發。加勒特勸説庫爾森找到漢德立馬殺了她，説多錯多，庫爾森無意間發現漏洞知道了原來八級特工加勒特才是九頭蛇的人。多虧了斯凱製造的混亂他們反敗而勝成功逃脱，可是這次事件加勒特的事情讓所有人都震驚不已。沃德請求親手把這個罪犯關進監獄，漢德絲毫沒有懷疑，可是在飛機上沃德突然發難把包括漢德在內的所有人無情槍殺。

沃德在飛機上射殺了漢德特工救走了加勒特，並且放出了蕾娜，原來加勒特就是千里眼，他不是有真正的超能力而是有神盾局的高級權限而已。表面上九頭蛇的高官開始四處着手反擊，神盾局特工也要開始整頓特工對抗九頭蛇組織，可是如今全世界的政府都在尋找神盾局特工，神盾軍特工越來越少，神盾局飛機受了重傷，儘管一直在進行恢復但是情況很不樂觀，庫爾森要斯凱把所有資料全部刪除，從此之後就再也不會存在神盾局特工了，斯凱她們此時還不知道沃德是千里眼的人還在給沃德通話，加勒特警告沃德不要因為感情的事而耽誤任務。加勒特之所以把蕾娜救出來是因為他想了很多辦法都無法把偷來的外星藥物讓人起死回生，但是蕾娜有這方面的天賦，加勒特給了蕾娜無盡的資源讓她着手開始研究。加勒特還趕到要關押他的寒冰監獄，攻破監獄，加勒特覺得會有意想不到的東西。蕾娜問沃德真的對庫爾森他們一點感情都沒有嘛，即使他所有的一切都是加勒特給的，庫爾森的看中，斯凱的感情，梅的執着難道沒有一個人能夠給我的心裏留下些什麼嘛。沃德和加勒特攻破寒冰監獄，沃德想把從西蒙斯那裏的數據打開可是斯凱弄得機密讓他們無可奈何，只得派沃德繼續潛伏到庫爾森身邊。富瑞讓梅上飛機是因為他懷疑庫爾森的腦裏植入脈衝被九頭蛇控制着。庫爾森一行人來到冰天雪地之地尋找神盾基地，可是走了很久卻沒有發現任何生命跡象，這是富瑞在臨死之前發給庫爾森的，庫爾森他用所有的一切代價來到這裏終於找到神盾基地，這是他們能夠起死回生的唯一機會。駐守基地的人秘密告訴庫爾森富瑞局長還活着，這在現在是最高機密。

沃德他們因為無法打開加密文件而回到了神盾局的秘密基地，沃德説自己是被加勒特打成重傷但是還是沒有能阻止他逃跑，庫爾森一行人因為團結和信任相信了他。寒冰監獄被摧毀大範圍的逃犯逃走其中包含很多的精神病和超能力者，這對社會和民眾都是強大的威脅。其中有個超能力罪犯叫做丹尼爾斯，這個人不僅具有強大的超能力，並且是個心理變態的人，殘忍心細是個極具危險的人。庫爾森他們想要離開基地去阻止這個人，可是基地管理者並不讓他們離開，除非他們能通過一項測謊儀，這個高端測謊儀包含96種精密測試。沃德心理很是擔心，於是他在自己的手指中插入一根極細的針，這根針可以讓他異常的疼痛，這樣就會干擾測謊儀，但是在測謊儀中還是顯示出了他的不太對勁，管理者拿出手槍逼問他，沃德説他回來是為了斯凱，不是他愛戀斯凱而是加勒特讓他帶斯凱回來，他給管理者造成了這樣的誤解逃脱一劫。斯凱想要利用電腦黑客進去把衞星雲圖掉入進來，可是一旦這樣做加特勒的位置也將會曝光，沃德痛下殺手把埃裏克殺了藏了起來。斯凱之前無意識間發現埃裏克在每個人的進出卡上安裝了追蹤儀器，斯凱就利用這個找到了被殺害的埃裏克，斯凱震驚萬分，這時候在儀器中還看到了沃德往這個方向來，斯凱知道了原來沃德是內奸，但是斯凱知道現在不能輕舉妄動假裝沒事發生，但是沃德現在要把斯凱帶到加勒特那裏去，斯凱只能跟隨。丹尼爾斯的超能力被其他組織的人刻意放大，這對他造成了不小的傷害燒壞了他的腦袋，其中奧黛麗·內森是丹尼爾斯極度在意的人，庫爾森覺得找到這個女人就能找到丹尼爾斯。庫爾森千鈞一髮救出了奧黛麗·內森，可是因為丹尼爾斯超能力很是強大他們無法對其進行追捕。菲茲建議説利用丹尼爾斯對奧黛麗的痴迷對她進行抓捕，本來庫爾森並不同意，因為奧黛麗對庫爾森有很深的的愛戀，庫爾森也不忍心傷害她，但是這也是沒有辦法的事情。丹尼爾斯終於出現，最後還是庫爾森出馬救出了奧黛麗，但是他卻沒有辦法解釋自己為什麼死而復生，只能繼續隱瞞他的存在。

梅來找希爾特工，想讓她幫助庫爾森，當初富瑞局長也是受人指示，那麼這幫人修改了庫爾森的記憶，她的擔心就很明確了，她還前去庫爾森的墓地找到了秘密文件但是機密等級十級她打不開文件。庫爾森他們回到基地，所有的錄像都被清除，凱尼格消失不見，梅先離開基地，後來沃德和斯凱手拉手離開基地，庫爾森迷惑了，他懷疑內部有內鬼。西蒙斯發現了凱尼格屍體，經過屍檢，人確實是沃德殺死的，菲茲他們都無法相信沃德是內奸。因為斯凱和沃德手拉手離開基地，庫爾森也懷疑斯凱一直在演戲她也是內奸。庫爾森囑託菲茲儘快修復追蹤系統追尋他們的下落，他不明白為什麼沃德回來了卻不是回來要他們的命，除非他們手上有什麼東西，原來沃德回來是為了斯凱的，斯凱對機密文件加了密碼。托爾伯特上校來到基地找庫爾森，是希爾特工帶他們來的，要和他們做交易，希爾特工不知道沃德已經叛變，她知道以後決定彌補自己的過失打暈了上校和他們一起去救斯凱。斯凱本來想要利用混亂逃離，可是沒想到邁克也來了親手抓住了她，斯凱很心痛他們一起經歷了那麼多的事情，怎麼能背叛我們，背叛我們的感情呢沃德保證他絕對不會傷害斯凱的，他是真的喜歡斯凱的。沃德的真心現在對於斯凱就是個笑話，斯凱怎麼能夠在這個時候原諒他呢。希爾的飛機拖延了沃德他們的飛機，庫爾森利用這個機會潛入了沃德的飛機，利用之前的騎車飛下了飛機上，成功救出了斯凱，沃德不要邁克傷害斯凱，可是邁克堅持要完成任務。神盾局已經解散，他們都好像是無家可歸的孩子一樣。梅回來找庫爾森，把機密文件帶給他，打開文件原來塔希提實驗的庫爾森，出於良心的譴責他決定終止這個實驗，並且利用記憶移除的方法拯救那個復仇的人。

十五年前，在少管所加特勒把沃德從裏面弄出來，鍛鍊他考驗他，才造就的今天能力超凡的他，可是他唯一的弱點就是善良，那僅存的一點點善良。死亡戰士在波哥大摧毀了和九頭蛇有關的毒梟，庫爾森分析他們這樣做的原因，很有可能是他們想要獲得資料讓他們能夠利用GH325來複活他和他的蜈蚣士兵們，而斯凱硬盤上的資料是至關重要的一部分。庫爾森他們想利用斯凱編寫的程序入侵千里眼的系統中，他們把目標定在了賽博科技，只要他們能成功假扮混入奎恩公司那麼他們就有找尋資料的機會。庫爾森和梅成功進入公司，可是沒想到的是他們把資料都是弄成紙質資料，全組人互相配合成功潛入進去把一個巨大的箱子偷了出來。他們發現原來加勒特是第一個死亡戰士試驗品，他找尋GH325的目標還是為了自己可以返老還童，而這時候的加勒特已經越來越控制不住自己身體的發作，他只有兩個月的生命，他所有的器官不斷衰竭。在加勒特生命岌岌可危的時候，瑞納給加勒特注射了最後一劑組成品，GH325但是沒有任何人能估計它的後果是什麼，雖然加勒特暫時活了但是未來有很多不確定。加勒特在生命受到威脅的時候給沃德下命令，讓他殺了菲茲和西蒙斯，他們堅信沃德還有良知還有善良，就像當初他放走了曾經陪伴他的狗一樣，沃德因為有令再身還是選擇打開機艙，讓菲茲他們躲藏的倉庫從飛機墜下，掉入海洋。

加勒特自從注射了GH-325的藥物，變得不僅是力大無窮能力超羣，並且還有很多奇特的想法在正常人看來都是不可思議的，他還在一塊玻璃上畫了許多奇特的圖案，沃德他們看了都是一頭霧水。庫爾森他們潛入加勒特死亡戰士的控制系統，斯凱負責潛入他們的電腦，梅負責會打的沃德，他們配合默契成功的潛入了進去。西蒙斯醒了過來，她發現他們從飛機上掉下來沒有死，但是菲茲在她之前清醒過來經過精密的計算沒有逃出的可能性，他們都很是失望。兩個人聊了很久，在菲茲的啓發下，西蒙斯突然意識到他們還有一種逃出的可能性，他們利用化學材料爆破，可是逃生的東西只有一個，兩個人都不願意拋棄對方，菲茲還是堅持要把東西給西蒙斯並且終於在生死的最後關頭鼓足勇氣和西蒙斯表白，西蒙斯感動的哭了，就在菲茲終於打開玻璃的時候，西蒙斯還是不願意拋下菲茲把他拉上海迷案，這時候正好富瑞局長在海面上等着救了他們。加勒特他們想要和美國將軍做交易的時候，庫爾森他們及時趕到，和加勒特展開了生死搏鬥，富瑞局長及時出現給了庫爾森新型武器，但是還是打不敗加勒特，加勒特實在是太強大了況且還有馬特的貼身保護。幸虧斯凱潛入進控制中心，救出了馬特的孩子，並且把這消息輸入進馬特的腦部系統讓他知道，馬特不在受牽制對加勒特大打出手打死了加勒特。富瑞把一個秘密的盒子給了庫爾森，他唯一相信的人就是庫爾森了，並且他任命庫爾森為局長，讓他自己重組神盾局。（第1季全劇終）

1945年，奧地利。一箱編號為084裝有方尖碑的危險物品被帶回德軍基地。當天，布朗寧向神盾特工隊提供了084號箱子的照片，希望能夠達成交易，但是布朗寧違反了交易條款，多帶了兩名保鏢，交手間，一名鋼鐵之刀槍不入的神秘人成功逃脱，神盾局意識到九頭蛇可能已經盯上了他們。電視上正在播放托爾伯特將軍的專訪，將軍保證會將神盾特工局斬草除根。神盾隊員回到基地，局長庫爾森要求特員梅去報告今天的戰況，梅向庫爾森報告，庫爾森本打算離開去倫敦找盟友，但是看到梅帶回來的084箱子的照片後，決定留下來。特員從現場帶回了神秘人身上掉落的鐵屑，打算去做檢查。逃脱的神秘人正在和上級接頭，上級送給他一個珍惜寶石，神秘人能夠講寶石物質吸收到自己體內。 菲茲還為從創傷中恢復過來，暫時的失語症讓他不能夠正常表達自己。菲茲正在和自己幻想中的西蒙斯對話。梅和菲茲看到從現場帶回來的鐵血竟然變成血，講DNA 鑑定出來，發現此人正是九頭蛇約翰加勒特手下的卡爾克里爾.庫爾森和斯凱談話，詢問最新的情況，庫爾森派斯凱去和沃德談話，從沃德口中套出九頭蛇組織的情況。斯凱詢問卡爾克里爾的情況，沃德趁機和斯凱寒暄，沃德告知斯凱卡爾克里爾能夠講任何他接觸的物質轉化為身體的肌肉，沃德還提示能夠通過九頭蛇發送的信號頻段能夠找到卡爾克里爾。通過沃德告知的方法，神盾局找到了卡爾的所在。托爾伯特正在和妻兒在公園裏散步被卡爾盯上，神盾局趕到救了他。托爾伯特被帶回神盾局，庫爾森和他談條件，希望他能夠放神盾局一馬，作為交換，神盾局會幫他抓壞人，但是托爾伯特並沒有答應。卡爾被帶回海軍隊關押，但是中途逃跑。 庫爾森命令所有人一定要找回那個084號箱子，特工隊成功進入海軍隊，哈特利特員找到了084號箱子，並且打開了箱子。此時卡爾趕到，準備搶走箱子，情急之下，哈特利拿起了方尖碑，但是方尖碑灼燒了哈特利的身體，庫爾森命令他們趕快撤退。為了能夠保住自己的命，哈特利切掉了自己被灼燒的手。看到菲茲變得越來越孤僻，庫爾森決定要背水一戰。克里爾攔住了正在逃亡的哈特利，搶走了方尖碑，而哈特利在車禍中犧牲。

梅看到受傷的亨特，給了他一把工具講自己從翻掉的車解救出來，梅準備追殺克里爾，但是庫爾森命令她不要固執己見。斯凱告知庫爾森自己在方尖碑上看到了複雜結構，但是庫爾森並不在意。亨特被扔在了路邊，此時托爾伯特出現，將他帶走。菲茲看到正在研究的飛機隱形設備，但是失語症讓他不能夠正常交流，菲茲因此十分受挫，大家都擔心他回不到從前了。托爾伯特和亨特談條件，亨特答應只要托爾伯特能夠給自己兩百萬和哈特利一個體面的葬禮，自己就將庫爾森交給托爾伯特。 斯凱找到庫爾森，表達出勤的意願，聽説哈特利和愛達荷已經犧牲之後，堅持要去擒拿克里爾，庫爾森讓斯凱去打包好哈特利的物件。菲茲因為隱形飛機的事情自責不已，突然間在打印機處看見了克里爾的檔案。克里爾正在餐館裏等人，服務員不小心碰到了他的胳膊，最後整個人變成了鋼鐵。在外跟蹤的梅想要報告庫爾森，庫爾森命令她現在就歸隊。亨特責怪庫爾森沒有保住哈特利和愛達荷，但是庫爾森直言都是哈特利自己的錯。斯凱正在收拾哈特利的遺物，看到了哈特利和她姐姐的合影。此時亨特趕到，拿走了哈特利的媽媽送給哈特利的一條項鍊。菲茲看到克里爾的檔案，想出了能夠暫時對付克里爾的方法。克里爾回到自己的據點，試圖治好自己胳膊上因為方尖碑留下的傷口。約翰聯繫到克里爾，命令他立馬前往第二個交接點。克里爾因為約翰不顧自己死活十分生氣，此時蕾娜出現，拿出了卡拜恩寶石。蕾娜聯繫到庫爾森，告知他自己在卡拜恩寶石上安裝了追蹤設備，這樣就可以找到克里爾。通過追蹤，庫爾森定位了克里爾，克里爾正在和接頭人交易，此時亨特突襲了自己的隊友，打算自己獨自去殺了克里爾，但是亨特並沒有得逞，而裝有方尖碑的箱子在混亂中被蕾娜帶走。菲茲提示自己之前已經設計出了能夠中和克里爾力量的設備。克里爾追殺亨特，庫爾森及時趕到，講菲茲設計的裝備嵌入了克里爾的背後。哈特利的葬禮上，亨特將那條項鍊還給了哈特利的母親。庫爾森邀請亨特能夠加入神盾局為自己效力，亨特答應。菲茲意識到西蒙斯其實已經消失，自己看到的西蒙斯只是一個幻象。斯凱意識到庫爾森最近不正常，梅找到庫爾森，庫爾森在牆上可除了方尖碑上的複雜符號，而梅則拍了照。斯凱的父親讓蕾娜拿起方尖碑，蕾娜十分害怕，但是方尖碑並沒有傷害她，斯凱的父親讓蕾娜找到斯凱。庫爾森找到托爾伯，將克里爾交給他。庫爾森希望能夠能夠和托爾伯特達成交易，但是托爾伯特覺得神盾局的設備並不夠先進，此時神盾局的隱形飛機出現，帶走了庫爾森，托爾伯特看得目瞪口呆。

霍特懷爾博士正在洗腦神盾局33號探員，希望她能夠屈服於九頭蛇。早上六點，西蒙斯起牀之後去九頭蛇的實驗室工作。上級領導特金命令她趕快做完手頭的工作。梅正在訓練探員斯凱，亨特過來問斯凱是否有上過神盾學院，斯凱回答沒有。亨特試圖跟斯凱聊天，梅將他趕走。梅看到庫爾森回來，便問她去見托爾伯特的情況，庫爾森説情況並不妙。西蒙斯的上級要向巴克希彙報進展，西蒙斯無意間看到了吉爾的檔案。吉爾正在馬克拉什藏身，而九頭蛇已經派人去追蹤他，吉爾知道後，立馬使用自己的冰凍技能將九頭蛇的人冰凍。西蒙斯回到家，突然間發現又人藏在自己家裏，原來此人正是庫爾森。庫爾森此行是為了聽西蒙斯的工作報告。西蒙斯向庫爾森報告了九頭蛇想要招募吉爾的情況，庫爾森希望孤僻的西蒙斯能夠在九頭蛇阻止交到朋友，但這恰好是西蒙斯所不擅長的。庫爾森希望能夠在九頭蛇之前找到吉爾，希望曾經和吉爾事同學的菲茲能夠幫忙。斯凱正在拷問沃德，我的提到九頭蛇如果不能夠成功招募那些天賦異稟的人的時候，便會毀了那些人。吉爾正在卡薩布蘭卡港口，使用自己的超能力將海水凍結。西蒙斯正向和特金先生交朋友，巴克希派人來調查西蒙斯。幸好西蒙斯巧妙地回答了巴克希的問題，巴克希懷疑西蒙斯曾經是神盾局的探員。為了能夠評估西蒙斯對九頭蛇的衷心，巴克希命令西蒙斯前去招募吉爾，神盾局也出發去尋找吉爾。菲茲意識到大家都將他矇在鼓裏，而身邊的西蒙斯只是自己的幻覺。菲茲來到了關押沃德的房間，為了報復沃德帶個自己的傷害，菲茲在沃德的隔間裏製造了低壓環境來折磨沃德。西蒙斯一行人來到卡薩布蘭卡港口，神盾局也空降到港口。斯凱找到吉爾，希望能夠説服他加入九頭蛇，但是吉爾並不願意。菲茲通過和沃德的對話意識到吉爾之前就是九頭蛇的僱員，只是暫時性失控而已。梅為了防止亨特不能受控制，先擊倒了亨特，梅開槍準備殺了吉爾，吉爾追着西蒙斯，巴克希成功再次洗腦了吉爾，命令吉爾能夠凍住梅一行人，此時斯凱朝吉爾開槍，吉爾掉入海里。為了表明自己的衷心，西蒙斯幫巴克希躲過一槍。斯凱告訴梅現在吉爾的屍體一直沒有被發現，而且實則庫爾森將西蒙斯置於如此危險的境地。庫爾森找到菲茲，責備他不應該差點殺了沃德。經此一役，巴克希徹底對西蒙斯解除了戒心，打算提拔西蒙斯。斯凱找到沃德，希望沃德能夠提供更多的信息給自己，最後沃德提到斯凱的父親其實還活着，斯凱離開。

一座教堂起火，裏面一幅500年前的西班牙古畫是唯一倖存者，而這幅畫的背面有方尖碑上相同的符號。神盾局來到弗洛裏達這幅畫的展覽現場，梅和庫爾森成功進入現場。梅和庫爾森偵察清楚周圍的情況，突然間發現托爾伯特也在現場，庫爾森為了不暴露身份，找到托爾伯特，希望他能保守秘密，托爾伯特答應。梅和庫爾森來到儲藏室找畫，沒想到地下室裏面佈滿了紅外。由於已經被敵人發現，梅大搖大擺地走了進去，觸動了警報，但是畫根本不在儲藏室，凱斯查到畫已經被美國政府帶走了。托爾伯特給懷特霍爾博士打電話，告訴他畫已經到手，但是神盾局出現了。沒有拿到畫的梅和庫爾森準備離開，托爾伯特出現，希望庫爾森能夠和他們合作解出方尖碑上符號的意義，庫爾森答應。斯凱和亨特正在説話，西蒙斯鼓勵菲茲去和她們説話。梅打算去偷畫，看到33號探員，已經被洗腦的33號打暈了梅，而托爾伯特正是巴克希假扮的。33號探員假扮梅去抓庫爾森。菲茲將自己藏在車庫，不願意和別人交流，西蒙斯勸他。假扮的梅來到神盾局，直接叫走庫爾森去和托爾伯特談判，假扮的梅在神盾局裏裝上了病毒炸彈。庫爾森和假扮的梅在車上談話，庫爾森懷疑假扮的梅。菲茲意識到梅醒過來，巴克希希望將她洗腦。梅趁機掙脱，將巴克希打到。而庫爾森識破了假的梅，兩人動手。梅趕來幫忙，真假兩梅打架，而庫爾森則去找畫。梅成功打敗33號探員，而庫爾森擊倒巴克希，將畫拿走。病毒炸彈啓動，菲茲意識到問題的所在，趕緊和亨特一起將炸彈拆除，神盾局的飛機安全。庫爾森找到梅，兩人撤離。亨特要和菲茲慶祝今天倆人的成功合作，而菲茲也卸下心結，和大家打成一片。庫爾森和托爾伯特將今晚的情況討論一遍，托爾伯特希望能夠和庫爾森面談，庫爾森拒絕。庫爾森意識有人和他一樣也知道方尖碑上的符號，將之刻在了那幅畫的背面。原來梅已經給庫爾森準備好了後路，如果庫爾森不能夠勝任神盾局長，梅就會將庫爾森送去澳大利亞。庫爾森對這樣的安排十分感動，但是庫爾森命令梅現在就殺了他。 懷特霍爾找到雷納，命令她兩天之內將方尖碑還給九頭蛇。

九頭蛇使用新研發的武器襲擊正在舉辦婚禮的海軍，殺死了其中把人。得知此情況的庫爾森正在等西蒙斯能夠給神盾局送來信息。雷納找到斯凱的爹，希望能夠拿回方尖碑，但是斯凱的爹並不同意，詢問是誰要拿走方尖碑，雷納答應是懷特霍爾，斯凱的爹不同意送走方尖碑，因為這是最後找回斯凱的唯一希望。巴克希召集西蒙斯開會，而懷特惠爾正是會議主持人。懷特惠爾將自己最新的計劃公開，詢問西蒙斯的意見，西蒙斯的回答讓懷特惠爾印象深刻。斯凱看着古畫背後的符號，亨特建議她去找沃德揭秘。沃德告知斯凱雷納認識斯凱的爹。沃德告訴畫背後的符號是加勒特刻上去的。雷納在九頭蛇大樓裏看見西蒙斯，西蒙斯正將信息傳送給神盾局，在一旁的雷納看在眼裏。庫爾森懷疑西蒙斯是外星人，這時候雷納打來電話約見庫爾森。巴克希來到實驗室，直言實驗室裏有間諜，西蒙斯被懷疑，但是最後在特金的抽屜裏找到了和神盾局聯繫的證據，特金被帶走。雷納和庫爾森見面，庫爾森希望雷納能夠將方尖碑給他。雷納將西蒙斯是九頭蛇間諜的照片給庫爾森看。由於特金和西蒙斯是實驗夥伴，巴克希懷疑是西蒙斯栽贓給特金。作為刪掉照片的交換條件，雷納想要帶走斯凱去見她的親生父親，庫爾森並沒有答應。看到此景，斯凱想要衝出去阻止庫爾森，但是梅將她攔住。雷納將西蒙斯的照片發給了九頭蛇的所有僱員，西蒙斯被人追殺，沒想到被卧底在九頭蛇的芭比所救。雷納眼看自己計劃失敗，想要投靠神盾局，但是庫爾森並不答應。庫爾森希望雷納能夠將斯凱的爹的地址告訴他，然後利用雷納設法接近懷特霍爾。斯凱在地下室的地板上看到了她父親的照片，庫爾森趕來。在外面監視這一切的斯凱父親眼見自己的親生女兒憎恨自己，怒火中燒。西蒙斯回到神盾局，看見菲茲，倆人終於團聚。而芭比探員正是亨特的前妻，看到自己的父親是壞人，斯凱決定要捉拿自己父親。庫爾森將自己畫的符號顯示給斯凱看，斯凱迴應自己知道這符號背後的意義，其實是一幅地圖。斯凱的父親來到九頭蛇見懷特霍爾，把方尖碑交給懷特霍爾，希望能夠聯手毀掉神盾局。

托爾伯特將軍正在電視上講述神盾局給世界安全帶來的威脅，突然間九頭蛇衝進會議室，傷害了現場的的議員，而且還冒充事神盾局。此時電視上正在報道神盾局攻擊政治議員的事，庫爾森看到報道立馬意識到就是九頭蛇的陰謀，先派梅一行人去東京找製造生化武器的增田，而西蒙斯則負責去九頭蛇總部找有關生化武器的硬盤資料。西蒙斯和斯凱正在討論沃德，梅衝進來説是九頭蛇的陰謀。庫爾森派亨特和前妻芭芘一起行動，但是亨特並不願意。沃德的哥哥原來就是托爾伯特的上級，看到托爾伯特如此行事不利，竟然被神盾局偷襲，十分生氣，要自己親自出馬消滅神盾局。 亨特和芭芘兩人聊天，不歡而散。菲茲正在自言自語，西蒙斯進來。西蒙斯從九頭蛇總部偷來了關於生化武器的硬盤。 西蒙斯告知硬盤在運輸過程中損壞了，菲茲提供幫忙。斯凱找到沃德，希望沃德能夠提供關於他哥哥的信息。沃德知道自己的哥哥心狠手辣，並不合作。梅一行人到達東京，芭芘找到增田，希望能夠看一眼生化炸彈。九頭蛇的人發來信息告知增田芭芘就是神盾局的探員，亨特十分擔心芭芘的安全，衝了進去擊斃了增田。菲茲覺得西蒙斯在自己需要的時候離開了神盾局，不願意再接受現在的西蒙斯。庫爾森找到沃德哥哥克里斯蒂安的辦公室，通知沃德現在被關押在神盾局的地下室。斯凱找到沃德，沃德告知克里斯蒂安事心口不一的人。沃德告知是九頭蛇的人殺害了斯凱的母親，而庫爾森已經和克里斯蒂安達成協議，將沃德轉交給克里斯蒂安關押，而克里斯蒂安會撤回對神盾局的控訴。菲茲和麥克正在翻看之前的資料，西蒙斯發現了和懷特霍爾有交集的貝克爾斯。在比利時，貝克爾斯抓住了神盾局的一名探員，此時亨特一行人進來和九頭蛇大打出手，成功幹掉對方。 西蒙斯找到麥克，麥克覺得都是因為西蒙斯的來開才讓菲茲變成今天的樣子。亨特准備離開神盾局，芭芘和他一番交談。沃德被轉交給克里斯蒂安，而克里斯蒂安也在電視上公佈了自己的弟弟就是九頭蛇的一員。

一名在紐約的神盾局探員將陌生人帶回家，沒想到陌生人身上竟然有方尖碑一樣的紋身，最後這名陌生人殺掉了這名探員。庫爾森正在牆上刻畫，這時候斯凱進來，兩人希望能夠找到這畫背後的意義。庫爾森得知沃德已經逃脱，梅一行人正在費城跟蹤沃德。沃德知道自己被跟蹤，立馬逃跑。庫爾森知道紐約的探員被殺害的事情後，發現這名探員的屍體上竟然被刻上了方尖碑上的圖案。庫爾森決定屍檢這名探員，看能不能找到兇手的線索。沃德已經乘坐大巴來到了亞特蘭大，接着搭乘大巴去了達拉斯。在大巴上，沃德搭訕了旁座的一名女生，原來這個人就是庫爾森派來跟蹤的芭芘，沃德立馬掉頭去了開往波士頓的大巴。西蒙斯屍檢結果判定是兇手為了完成某種儀式，才會在死者身上刻畫。西蒙斯還發現死者血液裏有GH-325,為了能夠找出兇手，庫爾森決定親自進入記憶儀器找出記憶。庫爾森回憶中正在和死去了斯蒂文森探員談話，而且裏面一共有6位病人。在記憶中，和庫爾森談話的人都畫出了方尖碑上的圖案。沃德成功逃往波士頓，九頭蛇聯繫沃德，希望雙方能夠合作。庫爾森回憶起了所有的畫面，最後還有一個病人活着，庫爾森決定親自去找到此人。庫爾色找到最後一名病人漢克，準備將此人帶回神盾局並希望能夠找回漢克的記憶。但是漢克並不記得前世的記憶，這時候兇手出現，將庫爾森和漢克兩人都綁了起來，兇手拷問庫爾森方尖碑上圖文的意義，但是庫爾森也並不知道，正在兇手準備殺了庫爾森的時候，漢克掙脱，斯凱和麥克趕到現場，救下了庫爾森。庫爾森和兇手代裏克在漢克家裏找到了方尖碑上圖案的最後一片，原來方尖碑上的圖案是一座城市的地圖。庫爾森意識到九頭蛇也在試圖解開這個謎底，神盾局一定要趕在任何人之前找到這座城市。沃德打電話給斯凱，告知自己即將和庫爾森見面。而在這之前，沃德會先解決和自己哥哥之間的恩怨。

1945年，奧地利，萊茵哈特博士使用方尖碑做實驗，希望能夠解密出方尖碑的秘密。萊因哈特發現了一個能夠在方尖碑下存活的中國女人。懷特霍爾找到斯凱父親，期望能夠解密方尖碑。庫爾森派芭芘拷問巴克希，但是巴克希並不願意透露。巴克希無意中透露懷特霍爾和70年前的懷特霍爾有關係。庫爾森帶人來到夏威夷。西蒙斯找到了關於萊因哈特的資料，發現懷特會兒和萊因哈特有聯繫。1945年，萊因哈特被美國抓獲，乞求第二次機會。萊因哈特解釋方尖碑的存在就是為了征服人類。斯凱父親提議可以將懷特霍爾帶到方尖碑中城市的寺廟。沃德綁架了他哥哥克里斯蒂安，沃德責怪克里斯蒂安當年的水井事件，兩人為此時爭執。菲茲竭盡全力要完成庫爾森交代的任務，西蒙斯發現1945年的萊因哈特就是現在的懷特霍爾，梅發現當年萊因哈特當年就被關押在神盾局的“老鼠”監獄。九頭蛇將萊因哈特救出監獄，九頭蛇也找到了當年逃過方尖碑的中國女人，而此人經過多年後仍然青春永駐。芭芘拷問巴克希，告知巴克希神盾局已經知道了懷特霍爾的過往，巴克希自殺。在沃德的逼迫下，克里斯蒂安挖開當年的水井，沃德逼迫克里斯蒂安承認當年的水井事件，克里斯蒂安承認當年是為了自己的私信逼迫沃德將托馬斯推下水井。庫爾森一行人轉戰澳大利亞，希望能夠攻破軍隊基地的網絡。庫爾森遭到九頭蛇的埋伏，特里普中彈，此時斯凱父親出現，聲稱自己是醫生。庫爾森相信，斯凱父親揭露了自己的身份，將特里普的生命作為交換來見斯凱。萊因哈特和那個中國女人交換了所有的器官，使自己自己重獲新生。沃德找到懷特霍爾，原來沃德已經殺死了自己的哥哥和父母。亨特和芭芘兩人舊情復燃。斯凱找到了方尖碑城市。懷特霍爾向斯凱父親介紹了沃德，原來那個中國女人就是斯凱的母親。

斯凱做夢夢到正在找庫爾森和梅將一名小嬰兒放在她面前，而自己被方尖碑灼燒。西蒙斯正在給特里普治療，兩人説起撕開的父親，此時斯凱經過，告知自己又很不好的預感。庫爾森召集大家開會，通知大家立馬將要行動進入城市蕾毀掉方尖碑。蕾娜被懷特霍爾追蹤，神盾局立馬派人解救了蕾娜。神盾局探員立馬將蕾娜的情況通知給庫爾森，看到電視上播放的關於克里斯蒂安的新聞，斯凱立馬知道事沃德的惡行。庫爾森派斯凱去審問蕾娜，但是其他人都跟隨庫爾森去找那座神廟。芭芘詢問西蒙斯和菲茲的情況，西蒙斯講起當日菲茲受傷的過程，芭芘也説起自己的感情經歷。斯凱找到蕾娜，試圖將她轉移，但是途中被九頭蛇的33號特工盯上，兩人大打出手。最後亨特及時趕到，救了斯凱。芭芘和庫爾森在波多黎各，庫爾森決定已經到西蒙斯和菲茲兩人各表心聲，菲茲告知西蒙斯自己準備離開科學組去車庫幹活，西蒙斯得知菲茲之後十分心痛。蕾娜告知斯凱自己可以解除方尖碑，但是斯凱並不相信。蕾娜提到斯凱父親是預言者，斯凱十分憤怒。梅和亨特成功準一了蕾娜。梅打電話通知蕾娜的情況，庫爾森準備行動。蕾娜和斯凱談心，蕾娜提到斯凱的父親並不是斯凱想象的那麼壞，當初斯凱的父親在泰國將蕾娜洗心革面。蕾娜告知斯凱神廟只允許預言者進入，其他的不相干人進入將會遭遇不幸。斯凱正準備通知準備進入神廟的庫爾森一行人，九頭蛇突然靠近神盾局，要求帶走蕾娜。沃德帶走了蕾娜和斯凱，但是放過了其他人。

梅特工的戰機受到九頭蛇的追擊，在梅的指揮下，他們順利逃脱。梅告知庫爾森沃德帶走了斯凱，菲茲因為麥克十分傷心，西蒙斯在一旁安慰他。芭芘收拾麥克的車庫， 亨特過來搭話，安慰芭芘。 沃德將斯凱帶到她父親面前，斯凱父親十分激動。斯凱説出自己對於父親的印象，斯凱父親回憶起當日斯凱被帶走時的情形。斯凱父親承諾自己回好好照顧斯凱，但是斯凱必須留在此地。 斯凱責怪他父親為九頭蛇和霍特懷爾效命，斯凱父親提到斯凱與生俱來一種特異功能，是從斯凱母親繼承來的。斯凱父親講到當初懷特霍爾肢解了斯凱的母親，斯凱傷心不已。懷特霍爾召喚斯凱父親，斯凱父親決定要去殺了懷特霍爾。庫爾森得知九頭蛇正在準備鑽開神廟，庫爾森另作安排。懷特霍爾抓到斯凱，命令斯凱去拿方尖碑。斯凱父親被打暈，斯凱被綁架。懷特霍爾前來質問斯凱，此時神盾局趕到救援。斯凱父親突然襲擊懷特霍爾，此時庫爾森開槍殺了霍特懷爾。斯凱父親十分生氣庫爾森搶在自己之前殺了懷特霍爾，和庫爾森大打出手。此時斯凱出現，命令斯凱父親立馬離開。斯凱決定去找方尖碑，凡是方尖碑已經被雷納帶走。雷納看見已經被轉化的麥克，要求麥克帶她去神廟。庫爾森和斯凱下去追雷納，斯凱先找到雷納，此時方尖碑被召喚，雷納和斯凱被轉化重生。突然間，神秘人解答電話，得知斯凱和雷納新生。

神盾局消滅了懷特霍爾，特里普因此犧牲。神盾局的每個人都遭受了重創，斯凱暫時被隔離。九頭蛇專局正在商量如何選擇下一個九頭蛇頭目，巴克希此時被拘禁在神盾局。雷納轉化成了邪惡勢力，殺掉了西蒙斯帶領的數據收集小隊。梅探員和庫爾森設局讓巴克希上當，以為自己被九頭蛇解救。亨特假裝自己是九頭蛇的人，巴克希放下防備，立馬聯繫了九頭蛇專局。西蒙斯發現雷納的基因組被外星球的異物感染，她懷疑斯凱也被外星異物感染。雷納找到斯凱的父親，憎恨他讓自己變成了現在這幅醜陋模樣。斯凱的父親得知斯凱已經化繭成蝶之後，十分開心。雷納希望斯凱的父親能夠幫助自己，但是他並不合作。亨特將巴克希送到九頭蛇專局，芭比和他聊天。芭比坦承自己和麥克曾經參加過互助小組。西蒙斯希望庫爾森能夠派人消滅雷納，斯凱知道這件事之後擔心不已。雷納企圖自殺，菲茲懷疑斯凱也變成了非人類。斯凱生氣之下突然爆掉頭上的燈。神盾局利用巴克希殺掉了九頭蛇的高層，巴克希知道後十分憤怒。菲茲拿到斯凱的DNA 檢測結果，發現她的基因和以前大相徑庭。但是菲茲替斯凱保守住了秘密，斯凱感動不已。雷納因為自己的醜陋模樣傷心不已，正在她放棄時戈登將她帶走。

梅在訓練斯凱，斯凱擔心自己過於用力而傷害了斯凱，菲茲也在一旁提醒她。亨特和芭芘兩人商量未來，麥克找到庫爾森，庫爾森直言可以將他調到外勤。此時葡萄牙來消息，庫爾森趕往發現了之前的老同事希芙女士，但是她已經完全喪失了關於過往的記憶。斯凱在網上找到一段希芙的視頻，發現了她和一名陌生男人在碼頭打鬥的場面。庫爾森打算立馬尋找該陌生男人。芭芘和斯凱在醫院找到了該陌生男子的蹤跡，沒想到該人力量十分強勁，斯凱因為生氣而發作，突然間整個房間震顫。斯凱將自己所見告知庫爾森，庫爾森十分好奇該人是誰。斯凱想要把自己變異的消息告訴庫爾森，但是菲茲建議她等對比結果出來再説。梅查到重要信息，原來該陌生男人就是克里人達克。達克就是來找發生了變異的人，斯凱知道紙包不住火，心裏十分擔心。此時神盾局因為斯凱的原因突然震顫，斯凱坦白自己也發生了變異。希芙想要將斯凱帶走，但是庫爾森並不願意交出她。梅將斯凱轉移走，希芙和達克立馬前去追蹤斯凱。西蒙斯發現斯凱和蕾娜的DNA對比，菲茲撒騙過她。斯凱無法控制自己，梅在一旁安慰她。庫爾森説服希芙不要帶走斯凱，希芙答應。神盾局的人在處理因為斯凱留下的爛攤子，菲茲將斯凱的情況告訴了西蒙斯。斯凱為了避免傷害別人，便決定要將自己關起來。

斯凱的父親為了能夠和神盾局抗衡，便召集很多之前被神盾局列入名單的危險分子，其中的人要麼智商超羣，要麼力大無窮。斯凱逐漸能夠控制自己的內心，但是庫爾森和梅還是十分擔心，於是梅便去請了自己的心理醫生前夫來給斯凱做心理測評。一開始斯凱十分抗拒心理測評，但是逐漸向梅前夫吐露自己內心其實十分害怕，她怕自己對神盾局的安全造成威脅。斯凱的父親帶上召集的手下前去神盾局的牢監裏釋放了關押的極度危險分子，一行人開車前往庫爾森的故鄉威斯康辛。庫爾森和芭芘前往牢監，發現囚犯已經被劫走，而且斯凱父親還在牆上留下了“繼續戰鬥”的字跡。庫爾森心裏明白一場戰鬥即將來臨。庫爾森得知斯凱的父親在威斯康辛之後，便立馬帶上芭芘前往。梅得知庫爾森要和斯凱的父親決鬥之後，便立馬準備前去應付。此時斯凱出來，表示願意幫助神盾局與自己的父親為敵。斯凱的父親來到一所高中，讓其中的一個超能力者弄暈了整個學校的學生。他以此來威脅庫爾森，庫爾森只有和斯凱父親當面對質。此時梅突然帶着斯凱出現，並拿槍指着斯凱威脅她父親。斯凱父親擔心斯凱的安全，梅趁機解決了危險分子。亨特被麥克關押在洗手間，亨特不明白為何麥克要對自己這樣，麥克解釋自己正在為神盾局的另一股勢力效力。

梅前夫勸神盾局暫時隔離斯凱，為了整個神盾局的安全。庫爾森和梅商量之後決定將斯凱轉移到一個小木屋，飛機上庫爾森和斯凱一番對話，試圖委婉的解釋自己的決定，斯凱對於自己被隔離十分生氣。科爾森給了斯凱一雙西蒙斯研發的手套，它可以幫助斯凱控制自己的能量。庫爾森希望她能夠原諒自己，並且承諾一定會想辦法將她解救出來。在懷特霍爾被殺死之後，沃德和33號探員聯手，他試圖幫助33號探員找回自己。33號探員為了感謝沃德對自己的幫助，試圖易容成沃德喜歡的斯凱，但是沃德拒絕，他和33號探員商量去找現在被博爾特扣押的巴克希。33號探員和沃德使用最新的易容技術變成博爾特的老婆潛進了基地，博爾特發現隊裏面出現了內鬼之後十分生氣，發誓要找出內鬼。沃德也趁機進入了基地，33號探員進入了巴克希所呆的牢房。 巴克希告知了33號探員關於她被九頭蛇洗腦之前的過往，她得原名叫做卡拉。 梅詢問麥克關於亨特的情況，麥克假稱現在還沒有亨特的消息，梅將信將疑。亨特知道芭芘在為新的神盾局效力之後，而自己只是芭芘的利用品而已。他心碎不已，希望芭芘能夠和自己一同離開，但是卻被芭芘拒絕。亨特試圖逃離，但是卻發現無路可走， 芭芘四處尋找亨特。菲茲詢問斯凱的所在，但是庫爾森並沒有回答。菲茲詢問西蒙斯是否是她的意見讓斯凱離開。博爾特告知庫爾森33號特工和沃德潛入了自己的基地，庫爾森保證自己一定會將沃德抓住的。庫爾森對於斯凱感到十分虧欠，梅和庫爾森都不相信麥克，麥克也意識到自己可能會有大麻煩。芭芘建議讓自己重新回到神盾局，新的神盾局領導不置可否。卡拉和沃德決定要給巴克希洗腦，為自己所用。

當年神盾局受到九頭蛇的攻擊，麥克失去了自己的隊友蒂姆。神盾局所在的母艦已經淪陷，芭芘和麥克還在做垂死的掙扎。芭芘告訴梅並沒有找到亨特，梅和庫爾森都已經懷疑麥克和芭芘。斯凱和西蒙斯視頻，西蒙斯趕到十分孤獨。菲茲對於斯凱被隔離起來十分不開心，而且將怒氣發在了西蒙斯身上。庫爾森懷疑麥克，詢問麥克的意圖。麥克坦言自己為神盾局工作，庫爾森立馬指使人包圍了麥克。梅發現芭芘背叛了自己，便和芭芘打了起來，但最後麥克還是和芭芘逃走了。斯凱在小木屋裏試了西蒙斯的手套，她試圖聯繫西蒙斯，但是卻沒有聯繫上。此時戈登來敲門，斯凱打開了門。兩人一席長談，戈登詢問斯凱關於自己異能的感受，斯凱覺得十分難受。戈登告訴斯凱他能夠幫助斯凱掌握自己的異能，斯凱有點心動，稍後戈登消失。西蒙斯設法抓住了西蒙斯，麥克找到菲茲。庫爾森在芭比的身上找到了弗瑞交給芭比的任務: 重建神盾局，庫爾森在等待梅的迴音。新的神盾局控制了現有的神盾局，他們希望能夠找到斯凱。斯凱在小木屋裏回想自己的戈登的談話，她脱下了西蒙斯為她做的手套，嘗試着控制自己的力量，她成功了。菲茲和西蒙斯被關押起來，羅伯特和庫爾森當面對質。羅伯特懷疑庫爾森對斯凱的所作所為是為了包庇外星勢力。斯凱接到了梅的電話，梅告知斯凱神盾局正在追蹤斯凱。斯凱試圖逃跑，正在新的神盾局特工準備槍殺了她的時候，她使用了自己的超能力摧毀了一切。斯凱召喚戈登出現，戈登將她帶走。

庫爾森和亨特搶到了一輛車，二人一同前往尋找斯凱。斯凱被戈登帶到陌生的地方，斯凱想要離開，但是卻被制止。羅伯特一定要毀了斯凱，芭芘建議他去找菲茲和西蒙斯幫忙。菲茲和西蒙斯氣憤之下離開了神盾局。庫爾森到小木屋找斯凱，發現斯凱當時肯定反擊了。兩人查看監控之後，發現斯凱已經被戈登帶走。斯凱想要聯繫庫爾森，但是卻被告知只有戈登才能夠聯繫外界。斯凱詢問蕾娜和她父親的下落，但是沒有人告知她。梅接受羅伯特的審問，梅一直站在庫爾森這一邊。亨特和庫爾森在小木屋喝酒，庫爾森對於現在發生的一切十分沮喪。芭芘試圖説服西蒙斯打開庫爾森留下的工具箱，但是西蒙斯拒絕。斯凱被告知轉化是不可逆的，斯凱只有學會好好控制自己的異能。新的神盾局找到庫爾森和亨特，庫爾森和亨特打算要好好反擊。斯凱詢問戈登自己父親和蕾娜的下落，戈登不願意透露。戈登找到斯凱父親，斯凱父親想要見斯凱，戈登拒絕。西蒙斯正在試圖解開工具箱，菲茲知道後十分生氣。 庫爾森叫的後援出現，他順利帶走了庫爾森和亨特。斯凱想要學習控制自己的超能力，她從林肯口中得知蕾娜就在自己附近。她立馬衝出去找蕾娜，當她看到蕾娜變成現在怪獸的樣子之後，斯凱對付蕾娜，此時嘉穎出現。菲茲離開神盾局，西蒙斯為她送行。

七年前，庫爾森和梅被分配到抓捕一個俄國超能力者的下落。同時，他們商量着一項秘密行動。芭芘詢問梅是否知道庫爾森的秘密，梅拒絕回答。嘉穎和斯凱聊天，嘉穎勸斯凱好好掌控自己的能力，便讓她對着一座山練習。斯凱的力量之強大，竟然讓對面的雪山崩塌，斯凱也對此十分驚異。庫爾森找到間諜，現場一片混亂。斯凱的訓練十分順利，斯凱詢問林肯關於嘉穎，但是林肯也不知道更多細節。芭芘想要説服梅將計劃説出來，但是梅拒絕合作。戈登正在給蕾娜訓練，但是蕾娜並不願意再躲在籠子裏。蕾娜覺得自己和斯凱相比，實在是運氣太差。嘉穎繼續訓練斯凱，斯凱想起了自己小時候在寄養家庭的慘痛經歷，她還提起自己在神盾局的經歷。嘉穎提起斯凱的生氣，原來她就是斯凱的母親，斯凱突然間不知所措。斯凱的母親提起之前斯凱消失後自己所經歷的恐懼和絕望。梅回來和西蒙斯碰面，梅安排西蒙斯去尋找新的神盾局的秘密。梅正在外面和庫爾森一起執勤，上級不同意梅單槍匹馬進去救人質，梅一意孤行，衝進去救人。西蒙斯提到庫爾森有秘密沒有告知梅，梅知道後也不敢相信。 梅立馬要求西蒙斯打開工具箱，西蒙斯合作。蕾娜想要離開自己的房間，但是戈登並不同意。嘉穎邀請斯凱和她父親一起吃飯，斯凱勉強答應。在吃飯的時候，斯凱父親提到她已經26歲了。

菲茲將工具箱帶走，庫爾森和亨特接應。斯凱的父親卡爾和嘉穎談話，他希望嘉穎能夠重歸過去。斯凱覺得那晚的晚餐還不錯，所以她並不希望嘉穎將卡爾送走，斯凱想要和嘉穎就此談談。芭芘和麥克在訓練，兩人就庫爾森的事情一番商量。西蒙斯向梅坦誠自己複製了工具箱，而真的工具箱在菲茲的手上，梅也將這件事情告訴了芭芘。庫爾森找到33號特工，就此找到了沃德。庫爾森和沃德談條件，沃德答應。菲茲因為庫爾森和沃德合作而十分生氣，幾乎要和沃德動手。 斯凱找到嘉穎商量關於卡爾，嘉穎不答應將卡爾繼續留下去。沃德將巴克希介紹給庫爾森，斯凱找到卡爾，他十分開心。斯凱説服嘉穎將自己和卡爾一同送往地球，兩人相談甚歡。巴克希進入了新的神盾局的總部。斯凱偷了路人的一部電話，通知梅自己現在正在地球上，梅立馬定位斯凱。原來九頭蛇也在尋找斯凱，庫爾森十分擔心。林肯跟隨斯凱，卡爾得知自己要被排氣之後十分生氣，將林肯摔了出去。巴克希帶領九頭蛇來找斯凱，他們一行人被包圍。庫爾森立馬出動找斯凱，此時巴克希出現，將林肯和異能戰士都打倒。庫爾森和沃德見到了斯凱，但是戈登出現帶走了她。庫爾森假裝投降，闖進了新的神盾局。

蕾娜做夢夢到了林肯和戈登，斯凱和卡爾回來找嘉穎，卡爾責備嘉穎就這麼流放自己。戈登想要回去找林肯，但是他已經被九頭蛇找到。庫爾森和羅伯特見面，庫爾森和他談條件。斯凱想要就會林肯，但是嘉穎害怕回為此付出代價，蕾娜決定要自己親自去救林肯。林肯想要逃走，巴克希和九頭蛇頭領商量該怎麼處理林肯和死亡戰士。庫爾森想要先潛入九頭蛇，原來就是菲茲和亨特。庫爾森將沃德帶回了神盾局，庫爾森發現死亡戰士已經被九頭蛇處理了。庫爾森任然相信巴克希，覺得只有這樣才能夠打入九頭蛇。庫爾森打算炸燬九頭蛇在北極圈的基地，羅伯特贊成。菲茲和西蒙斯聊天，西蒙斯不贊成帶沃德行動，她想要炸死沃德。梅責怪庫爾森對自己撒謊，庫爾森向梅解釋。斯凱想要戈登去救林肯，但是戈登覺得並不可行，蕾娜説服二人。西蒙斯要跟隨神盾局出戰，此時斯凱出現。大家都十分關心斯凱的情況，庫爾森召集大家開會。沃德看見大家都如此仇視自己，試圖想要為自己開脱。嘉穎和卡爾聊天，嘉穎向卡爾道歉。亨特和麥克聊天，兩人解開心結。九頭蛇試圖攔截神盾局的戰艦，神盾局進入了基地，巴克希為他們提供了情報。西蒙斯為死亡戰士療傷，他告訴斯凱之前林肯被人帶走了，斯凱立馬去救他。斯凱想要救活林肯，但是卻沒用。西蒙斯想要殺了沃德，但是卻誤傷了巴克希。斯凱將林肯帶走，羅伯特對庫爾森的進展十分滿意。

庫爾森提議要統一神盾局，羅伯特答應。斯凱陪着林肯，他醒過來之後十分生氣，覺得在神盾局知道他們的存在之後會十分危險。蕾娜預知未來的能力幫助戈登不少忙，她預言到將來他們很可能會被消滅，嘉穎和戈登商量對策。戈登和蕾娜找到可能會消滅他們的戰艦，沒和芭芘出現。嘉穎詢問卡爾關於蕾娜的情況，卡爾覺得蕾娜十分危險。亨特發現了蕾娜和戈登，二人立馬逃走。神盾局決定要使用他們的超級航母來對付這一切。庫爾森詢問斯凱關於林肯的情況，斯凱十分抗拒，最後和梅吵了一架。羅伯特研製了可以定位戈登的系統，他想要消滅異人族，庫爾森覺得這樣要先調查清楚。卡爾因為戈登和蕾娜沒能夠帶回斯凱而十分生氣，斯凱因為自己的尷尬身份而十分迷失。梅和庫爾森因為斯凱的事情而大吵一架。蕾娜預言到神盾局立馬就要來向他們開火了，蕾娜決定要單獨行動。戈登帶林肯和斯凱回去，嘉穎立馬詢問她關於神盾局的情況。神盾局大家都不同意由庫爾森去解決異人族，最後由羅伯特帶頭。卡爾和嘉穎為了保護撕開的安全，他們決定要和神盾局決一死戰。嘉穎對蕾娜的行為十分不滿，便將她關押了起來。嘉穎決定使用卡爾作為誘餌和神盾局對話，羅伯特和嘉穎對話。嘉穎憎恨當初懷特霍爾對她所做的一切，此時她拿出武器殺掉了羅伯特。

嘉穎殺了羅伯特，她拿羅伯特的槍朝自己開了一槍，她出去告訴斯凱是羅伯特朝自己開的槍。戈登劫持了神盾局的戰艦，並且朝嘉穎開火。這一切激怒了斯凱，此時梅趕到，斯凱和沒動手。庫爾森也十分困惑，他覺得羅伯特肯定不會這麼蠢。斯凱為自己夾在嘉穎和神盾局之間十分沮喪，此時她找到蕾娜。蕾娜告訴在將來斯凱會成為他們異人族的領袖，而現在嘉穎只是在誤導族人。庫爾森擔心現在斯凱站在了嘉穎那一邊，梅也不得不低頭。沃德和33號特工劫持了芭比，亨特和菲茲都在找她。斯凱和嘉穎對話，嘉穎希望斯凱能夠和自己站在一起和神盾局作戰。33號特工好奇為何當初芭比會將她出賣給九頭蛇，芭比告訴她自己這麼做是為了要打入九頭蛇。 嘉穎和蕾娜談話，蕾娜告知她自己馬上就要將嘉穎的計劃告訴所有人，嘉穎十分生氣，出手殺了蕾娜。此時斯凱出現，她看到嘉穎殺了蕾娜，她立馬和嘉穎吵了起來。嘉穎派人將斯凱監禁起來，同時處理掉了蕾娜的屍體。庫爾森審問卡爾，原來卡爾此次來就是為了幹掉神盾局。沃德折磨芭比，但是她並不願意向33號特工投降。庫爾森試圖説服卡爾，但是他並不願意相信嘉穎是壞人，此時他暈了過去。在西蒙斯給他打了一陣之後，他變成了怪物。嘉穎的手下出現在神盾局，他們幹掉了神盾局的很多人。庫爾森設法困住了卡爾。

麥克找到斯凱，將她從監禁中釋放了出來。嘉穎要求神盾局的人延長密碼的時間，但是沒有人願意投降。亨特和梅尋找芭比，亨特找到芭比，但是沃德在房間裏設置了機關。 芭比犧牲了自己久了亨特，導致她身中一槍。沃德誤殺了33號特工，她十分自責。林肯對嘉穎的所作所為十分沮喪，戈登勸他繼續站在嘉穎這一邊。梅和亨特將芭比帶回神盾局，西蒙斯立馬去搶救她。林肯發現斯凱已經逃了出來，斯凱告訴他所有關於嘉穎的秘密。林肯將晶體的所在地告訴了斯凱，麥克立馬去尋找晶體。梅給她前夫打電話，兩人一陣寒暄。西蒙斯向菲茲表白，但是菲茲並不願意在關鍵時候討論私人感情。梅對於庫爾森帶上卡爾而十分生氣，庫爾森堅持卡爾會幫助他們的。麥克找到晶體，此時戈登出現想要找到帶走晶體。庫爾森和菲茲出現，帶來了菲茲研發的干擾器，它可以限制戈登。戈登被困住，麥克和庫爾森出手。斯凱找到嘉穎，希望能夠制止她。嘉穎出手想要殺了斯凱，斯凱反抗，兩人正在爭執間，卡爾出現殺了嘉穎。庫爾森的手因為接觸到晶體而黑化，麥克及時砍掉了他的一隻手。芭比醒來，亨特在一旁陪着她。梅休假出門，卡爾在庫爾森的安排下成了一民寵物醫生，而且他對於過去已經沒有記憶。卡爾和斯凱兩人聊天。斯凱接下庫爾森的交代，西蒙斯和菲茲準備兩人約會。 此時突然間警惕從隔間裏出來，將西蒙斯吸了進去。 （第2季全劇終）

喬伊像個巨大的熔化器，所有他周圍的金屬都會很快熔化。他身體出現的異能，不但讓路人恐懼，也讓他自己感到莫名其妙，並且害怕。這時，一輛車停在他面前，黑色行動隊出現了，這些人用槍對準了他，並讓他舉起手來。還沒等喬伊有進一步的反應，他們手裏的槍已經開始熔化，喬伊趁機逃走，躲在小巷裏。但很快喬伊又被黑色行動隊的人發現了，正驚惶失措，黑色行動隊的人突然像被狂風吹跑了，原來是神盾特工隊趕到了，他們及時救下他來，神盾特工隊的黛西，就是斯凱，她現在改名叫黛西。她説服了喬伊跟他們走，並讓他進了一間封閉房，這間房突然騰空而起，將他帶到了神盾局的空中飛行器中。隨後，黛西向喬伊解釋了發生在他身上的怪事，因為她也曾經歷過同樣的事，也擁有着異能。菲爾在拍下黑色行動隊幕後神秘女人後，也趕了回來。他跟黛西慶幸着總算救下了第一個異能者。因為前面五個都被黑色行動隊劫走了。芭比為喬伊安排了新房間，並且告訴他這兒的人不會傷害他，他也傷害不了這兒的人。菲爾和同事們研究着那神秘女人的來歷。黛西和邁克來到喬伊的房間。黛西進一步向喬伊解釋了出現在他身上的特異現象，因為他身上已擁有了部分外星人的基因並被泰瑞根激活，黛西説，歡迎加入我們異人族。喬伊不敢置信地笑了起來。但當黛西説他不能再回到以前的生活中了，喬伊發怒了，邁克手裏的金屬板熔化燙了他的手，黛西只能出手先將喬伊擊暈。菲爾讓芭比打電話叫菲茲回來。菲茲卻不肯馬上回來，他正在摩洛哥查線索。他失去了愛着的女人西蒙斯，所以想查清巨石的屬性，聽説那塊石頭被埋在了尤卡坦，石頭旁的卷軸盒裏有張羊皮紙，解釋了這塊石頭的屬性。但被約瑟夫的黑社會組織搶劫帶走了，所以，他要找到他來交換，他被綁着見到了約瑟夫，不顧付出生命的代價，搶走了羊皮紙逃掉。菲爾按芭比提供的線索找到了那神秘女人，不料她早有防備，並反過來抓捕了他。她説自己叫羅莎琳。羅莎琳去接電話了，菲爾才有機會逃脱。黛西和邁克去找林肯幫忙。林肯也是異人族，但他不想回來。正爭執時，突然出現了一個殺異人族的怪物，三人合力才將怪物擊退。但林肯的正常生活也毀了，有同事看到了他的異能，打了報警電話。因為正常社會對異人族也是追剿的。他依舊不肯黛西邁克回去，獨自狂奔而去。菲茲回來了，他滿懷希望地打開羊皮紙，卻發現只用希伯來文寫着一個詞死亡。菲爾勸解他要跟過去道別，他嘴上答應了。但後來卻獨自打開了一直封閉着的巨石，衝着它絕望地大吼。

同事們發現菲茲闖進了巨石封閉室，急忙趕去，將他及時拉出來，又封閉了巨石。這時，菲茲發現自己手上有砂，這砂看起來很尋常，但卻比地球上的早十億年。神盾特工隊的人一起猜測，這巨石應該就是個傳送門，通往宇宙的另一星球，而西蒙斯應該是被帶到了那裏，她還有活着的希望。新的發現讓特工隊的同伴們迅速行動起來了。亨特一直記着要抓回沃德的事，他打算潛入九頭蛇，伺機復仇。正是因為沃德那一槍，為了保護自己，女友芭比被轟掉了半個肺，差點送了命。芭比也想去，但她還沒有傷愈，亨特不想女友再冒生命危險捲入這件事。亨特設法找到了梅，她也同樣對沃德懷有仇恨。亨特請她為他弄個假身份，然後打入九頭蛇內部。沃德正在設法奪取九頭蛇的權力，他帶人抓住了九頭蛇前領袖的兒子沃納，用各種方式逼迫他妥協。沒想到沃納並不像他想的那樣孬種，始終不肯妥協。兩人選擇了合作，重建九頭蛇組織，並使其發揚光大。菲爾和隊友們，請來了蘭道夫教授加入。果然，蘭道夫從羊皮紙上發現了端倪，帶着他們，一起前往英國查探巨石情況。他們趕到了那所城堡，找到了那處刻字的所在，緊接着，暗藏的通道被他們發現了，他們順着通道走了很久，藉着手裏的手電筒光線發現，他們像是來到了一所奇怪的地堡，最終，他們發現了深坑，大家猜到了這個深坑是用來放巨石的。黛西也請了加納博士幫忙，想讓喬伊加入神盾局。加納發現了黛西身上的領袖特質。她作為異人族，很想找更多的異人族，利用他們與眾不同的能力，跟神盾局的人合作。黛西和邁克也趕到了地堡，和菲爾他們會合。大家啓動了地堡中的設備，深坑忽然有了反應，發出巨大的脈衝聲，將黛西震暈了過去。其它人卻都沒什麼感覺。而菲茲從中發現了辦法，黛西用自己的超能力打開了傳送門，菲茲跳了進去，在另一端找到了西曼斯，併成功地救回。

林肯施展異能，總算逃脱了黑色行動隊的追捕。但黑色行動隊所屬的ATCU組織將他的照片和信息全國發布，稱他是外星殺人犯。露西打電話給林肯，想幫助他。可林肯馬上掛斷電話，並摔碎手機，去掉了身上被神盾局埋下的聯絡跟蹤器。亨特和梅去找能幫他們聯繫到九頭蛇組織的斯巴德，探聽到了有用的信息。西蒙斯重返之後，由於長期呆在了另一個星球，身體機能發生了一系列變化。為了幫她恢復，菲茲帶她去實驗室轉轉，結果當她看到曾用來做傳送門的巨石，現在雖已經碎裂成一堆石頭，還是產生了反應，她曾經最愛的實驗室也讓她感覺不適。大家知道她有很多事沒有説出來，比如，她是如何獨自在另一個星球活下來的。但大家尊重愛護她，決定等待，到她自己想説的時候再聽。林肯躲到了一個朋友家，但當朋友從電視上得知他就是那個外星殺人犯，於是打了熱線電話。林肯逃跑時他因受到了驚嚇而死，林肯感到十分內疚。林肯打電話給黛西，訴説了自己的心境。菲爾約了羅莎琳見面，她就是政府的秘密組織ATCU的總負責人，她所領導的黑色行動隊總是在異能人出現的時間趕到，並將他們帶走。神盾局的人懷疑他們將這些異能人殺害並研究，美其名曰為了給國民以安全感。這次見面，菲爾想勸她同意神盾局將林肯帶走，但羅莎琳還是拒絕了。菲爾還想請求她一件事，不要透露出黛西的信息，他知道羅莎琳手裏有張醫院的照片，如果她將之公佈，黛西的安全也將受到威脅。黛西和邁克趕到去營救林肯，黑色行動隊的人也到了。黛西想説服他不要再陷入對朋友之死的內疚，跟着她走。她表達了一直以來對他的愛情，當黛西成功説服林肯，準備帶他撤離時，邁克進來告訴她計劃有變，菲爾讓把林肯交給黑色行動隊。林肯再次使用異能逃脱。當黑色行動隊又準備對付黛西時，菲爾選擇了以後跟他們一起合作做為條件，才保全了黛西。菲茲帶西蒙斯去吃他精心準備的浪漫晚餐。西蒙斯突然哭了，菲茲摟住她安慰着。她離開得太久，有很多事需要重新適應。亨特和梅經過一輪輪血腥殘酷的殺戮，亨特最後被帶到了總部，他將被安排與沃德見面，這正是他們此行的目的。

阿麗莎告訴異能人朋友西恩和羅莉夫妻，説泰瑞根泄露了，正説着，那個攻擊過林肯的怪物來了，又攻擊了阿麗莎的朋友並殺死了他們。阿麗莎也受到了攻擊負傷，但身負異能的她，瞬間回到了神盾局，她的異狀引起了菲爾的注意，菲爾急忙詢問阿麗莎怎麼了，得知了情況。趕緊派了黛西邁克趕去追蹤怪物，結果兩人最後跟羅莎琳的ATCU黑色行動隊遭遇了，菲爾也在，雙方不快地同時放下了槍。菲茲和芭比在查死亡的那對夫妻的現場，並找到了線索。黛西分析後發現，原來那個怪物是靠電郵定位襲擊對象的。菲爾讓他們將這個情報分享給ATCU，以期能互換情報。加納勸告菲爾不要讓阿麗莎出外勤，他認為這些異能人情況不明，可能有些還是有問題的，比如阿麗莎，但菲爾沒聽。兩人正在談話時，梅找來了，加納跟梅曾是戀人關係，氣氛頓時有點尷尬。梅是請菲爾勸亨特的，亨特找沃德復仇心切，聽不進梅的勸告，情報計劃並不周密，就想獨闖九頭蛇找沃德復仇。被救回來的西蒙斯現在表現得很古怪。她獨自研究着巨石和異人資料，被菲茲發現後她生氣地搶了回去。神盾局特工和ATCU黑色行動隊一起，找到了弗萊，他就是發送病毒的異能人，然後怪物鞭笞就會趕過去殺掉那些追蹤到的異能人。黛西和邁克跟着黑色行動隊，想看他們會怎麼樣對付抓到了的弗萊。路上，怪物鞭笞出現，跳到車上帶走弗萊並殺死了他。黛西感覺鞭笞跟原來想的不一樣，他也可能會變回人，甚至任何人。亨特總算被帶到了沃德面前，雙方展開了激戰。梅也及時趕來增援，但沃德卻用加納的生命來威脅梅，説如果三十秒內梅不放下槍，加納就會死。梅正在猶豫，正要妥協，亨特急於報仇，對她説了句對不起衝了出去，他擊中了沃德的身體，卻還是被他逃掉了。超市裏，沃納和其它同夥走近了加納，他們擊暈了加納，倒上汽油，將打火機扔到地上，然後跑了出來。超市在沃納的身後發生了爆炸。

六個月前，西蒙斯在實驗室不小心通過巨石來到了另一個星球，儘管她十分意外和驚慌，但還是很快恢復了一個科學家的實驗精神，她注意到這個星球重力很強，夜晚很長，好在氧氣很充足。為生存下去，她出發找水，靠着與水中的不明生物爭鬥，她獲得了生存下去的食物。後來，她被一個叫威爾的人類囚禁，直到他確定了她並未被惡魔控制後，才對她信任並解救了她。威爾是2001年通過巨石傳送門到達這個星球的，他曾是個宇航員，當初出發時是一個小組的人，帶來了充足的食物儲備。後來，他的同伴們先後因為各種原因死去，只剩下了他一個人。西蒙斯和威爾談到了他們以前在地球上各自的生活，漸漸加深了了解。西蒙斯勸威爾跟她合作，一起找到返回地球的辦法。可是兩個月過去了，事情毫無進展。西蒙斯沉不住氣了，想去禁區一探究竟，威爾不同意她前去，因為他以前的同伴們發瘋死亡之前，都湊巧去過那兒西蒙斯不太相信。這天，西蒙斯出外尋找食物，想為威爾做頓飯，雖然跟威爾有爭吵，但她還是懂得他的善意。當她為意外找到的揹包，其中還有一個可能會將他們重新帶回地球的物品，正在高興時，威爾一直説的那個惡魔出現了，幸虧威爾在望遠鏡裏發現情況不對，趕緊打開了地道門迎接她，西蒙斯這才逃脱了死亡。西蒙斯開始利用新得到物品，研究返回地球的辦法。大量的計算後，手機的電池耗盡，幸虧西蒙斯算出了一個返回地球的最佳時間和地點，可威爾聽了卻覺得難度太大，因為那地方就在禁區附近，惡魔就在那兒。西蒙斯最後説服了威爾接受了她的建議。但最終卻失敗了。西蒙斯十分痛苦，威爾安慰她，西蒙斯也摟住了威爾，並吻了他。這天，兩人坐在外面談着話，西蒙斯突然看到了信號，她馬上意識到這是菲茲來救她了，於是，她讓威爾跟她一直向那個方向奔跑，可是，惡魔又來了，威爾引開了惡魔，讓西蒙斯快跑。西蒙斯成功被菲茲救回，威爾卻不知是死是活。這就是西蒙斯在那個星球的遭遇，現在，她全部告訴了菲茲。菲茲理解她，説我們一定要救回威爾。

加納受了重傷住進了醫院，梅和菲爾去醫院看望。梅很自責，正因為自己去幫亨特對付九頭蛇，才讓九頭蛇將矛頭指向了安德魯，幸虧菲爾很早就安排了神盾局的人跟着他，才算給了他一個逃脱的機會。梅走出病房，迎面碰到了亨特，她遷怒於亨特。亨特沒有完成任務，梅為了安德魯，決定歸隊找九頭蛇雪恨。黛西現在懷疑怪物鞭笞也許就是ATCU的人，他可以變化形象，變成怪物，或變成ATCU組織中的人。菲爾讓她避開羅莎琳進行調查。黛西和邁克查到那怪物很要能就是黑色行動隊的領隊班克斯，於是，開始跟蹤他。亨特請求加入他們的行動，兩人同意了。但莽撞的亨特卻不等兩人商量出最佳方案，擅自行動，用冷凍槍擊中了班克斯。黛西擔心這樣會影響到菲爾，因為他正想法纏着羅莎琳，而這邊卻過早暴露了正在對付她組織裏的二把手。他們一起採集了班克斯的血樣，羅莎琳帶菲爾看到了ATCU組織最大的秘密，原來，他們將找到異人冷凍起來，想找到解藥後再讓他們復活，這樣，他們就可以對周圍人不再有傷害，做回正常人。菲爾對羅莎琳有了更進一步的瞭解。西蒙斯找菲茲，讓他找救回威爾的辦法，菲茲説他一直在找，已經做了幾十種模擬。雖然威爾是他的情敵，但他還是決心救回威爾。他在網上看着威爾的信息，瞭解着他。梅找到芭比幫忙一起完成任務。兩人一起追查到沃納的下落，九頭蛇的沃德也在找他，他已派人準備找到了就幹掉他，以防止秘密泄露。沃納找到了原來父親的老朋友，九頭蛇原來的高層，但卻被他出賣給了沃德。幸虧梅和芭比及時趕到，才救了他一命。他説出了一個驚人的真相，原來他們沒有完成沃德的任務，是因為加納會變身，他突然變身為一個怪物，殺掉了所有人，包括神盾局溜派的人。梅不敢相信這是真的。

菲爾、黛比和加納一起，討論着ATCU將異人族冷凍起來的事。黛比表示反對，她希望異人們也能有機會選擇做自己。加納冷冷地跟在他們後面聽着，然後插話説贊成菲爾，説不是所有的異人都像你一樣學會了控制自己的力量。菲爾提到了下午要和總統有一個秘密會面，以ATCU成員的身份和羅莎琳一起，並説了會面地點。菲爾還提到如果黛西能説服羅莎琳，事情會好辦些。加納説他可以及時將喬伊的報告交過來作證明。因為喬伊發現了自己的的異能之後，非常擔心傷害到別人。黛西帶羅莎琳參觀神盾局的飛行器，並告訴她，她覺得更好地對待異人的方法。不是冷凍他們，而是教化他們。羅莎琳並沒有被她説服。西蒙斯將她的手機交給了菲茲，她用它記錄了在另一個星球發生的一切，現在它損毀了，想看看菲茲能不能幫它復原。菲茲成功地復原了手機的資料，看到西蒙斯跟威爾依偎在一起的照片時，很難受，但當他聽到西蒙斯説只能看到星星和兩個月亮，看不到太陽時，他趕緊聽了下去。並從威爾袖臂的徽章找到了重新開啓傳送門的線索。梅暗中調查了加納的行蹤，心裏對他就是怪物鞭笞的懷疑加深了。但她沒有告訴別人，而是獨自去找加納。加納正在給喬伊做評估，聽到喬伊説對新具有的超能力感到高興時，內心裏充滿了殺死喬伊的衝動，但還是管住了自己。他剋制着對喬伊的敵意繼續交談，這時，梅闖了進來，讓把喬伊帶出去，只留下兩人單獨談話。梅讓加納説出真相，加納被逼問得緊了，竟拔槍擊暈了梅，然後將她帶到了他工作的大學鎖了起來。梅醒來後，他告訴了她真相，原來就是那次兩人在夏威夷，他調查黛西母親嘉穎時，翻看的一本記錄異人的書，有陣迷霧噴出，他就出現了異狀，這種異狀只有在他攻擊異人後才能有所緩解，所以，他只能跟她分手。現在，他希望得到她的幫助。林肯打電話給了邁克，邁克趕了過去。林肯告訴他，據他的調查，怪物鞭笞應該就在神盾局裏。邁克帶着他去找菲爾，告訴了他情況，菲爾覺得這不可思議，但同事們的話，讓他不得不相信，他推遲了和總統的會面，一起趕去找加納和梅。加納試圖告訴菲爾，他所做的一切，跟菲爾目標一致，但對他充滿敵意的林肯，率先發難，加納馬上變身鞭笞，狂性大發，甚至將羅莎琳扔下樓，幸虧黛西救了她。梅爾在鞭笞又要對林肯動手時，插到兩人中間，她的出現讓加納已恢復了常態，這時，梅掏槍擊中了他，並藉機將他關進了隔離艙。

沃德和原九頭蛇高層馬利克一同進餐。馬利克是活下來的唯一元老，他出賣了沃納向沃德示好，但正因此事，沃德並不信任他的人品，認為是他控制了九頭蛇的密室，那密室據説是九頭蛇的力量源泉。席間，兩人話裏藏刀，馬利克離開後，他的人襲擊了沃德，但全被沃德制服。沃德要利用他俘獲的人進入密室。然後他趕往了在德國普策科的密室。加納也被冷落起來放入了羅莎琳的基地，梅心裏並不好過，所有人都感受到了這一點。林肯倒是能安心地睡個覺了。黛西勸他儘管找好自己的位置，因為神盾局並不會留着一個到處閒逛的人。菲爾跟羅莎琳越走越近，這引起了邁克的憂慮。他找到菲爾詢問兩人的關係，菲爾卻説這是他自己的私事，雖然他並不完全信任她，但他想一探究竟，看她是不是值得信任，他決定帶她前來他們的秘密基地。其實，菲爾也想借機打入羅莎琳的ATCU組織，查一下他們的底細。他做了行動佈署。芭比和亨特前往ATCU基地，成功地將電腦木馬置入了ATCU的系統中。梅和林肯趕去ATCU執行下一步任務。黛西根據芭比傳回的信息發現，ATCU組織不是在治癒異人，事實上他們是在更快地轉化異人。菲茲和西蒙斯查到了威爾並不是宇航局派去完成科學任務的，而是跟一個邪惡組織有關。西蒙斯説，那組織將威爾當成了血祭發往了那個星球，但她卻不想查下去了，她擔心另有隱情，她希望威爾高大的形象留在心裏，她愛威爾。當然，也愛穿過宇宙去救她的菲茲。菲茲説服了她繼續查下去。馬利克將恢復人形的加納帶到了密室談話。他想從他嘴裏套出神盾局的秘密。羅莎琳還想跟菲爾調情，菲爾卻揭破了她組織的秘密，羅莎琳這時才發現，她是被馬利克利用欺騙了。亨特和芭比受到ATCU組織中外星人的攻擊，羅莎琳讓班克斯帶他們逃出來。沃德趕到了密室，看到馬利克。馬利克將可以做傳送門的巨石拿出來，給他講九頭蛇的歷史。而菲茲和西蒙斯也查到了送威爾去另一個星球的組織正是九頭蛇。馬利克説想讓沃德幫他一件事，查查神盾局怎麼能有能力從另一個星球帶回來一個人。

菲爾聽到ATCU和九頭蛇馬利克的關係後，和羅莎琳進餐時，他擔心起羅莎琳的安全。羅莎琳説ATCU是她的地盤，不會有什麼問題。話未説完，一顆子彈穿透了玻璃，羅莎琳咽喉中彈倒地而亡。射中她的是沃德。菲爾接到了沃德的電話，他告訴菲爾，這是為了讓他感受一下心愛的人死在面前的心情。而且因為神盾局總是派出最優秀的特工前來暗殺他，所以，他也派人前去殺他了。菲爾好容易突圍出來，跳上了邁克迎接他的車。顧不上管羅莎琳了，菲爾心情沉重地返回了神盾局。他開始在神盾局內動員調查沃德，讓他們説出記憶中關於沃德的一切。他甚至問到了梅和沃德上牀時，沃德透露出的個人經歷。沃德顯然和神盾局的很多人都有很深的淵源。他救過西蒙斯，和菲茲相處得像兄弟，愛上過黛西。菲茲一一地瞭解着這些事。黛西告訴菲爾，沃德很容易被一個強有力的父親似的人吸引，所以才被招進了九頭蛇。他殺了不少人，不是因為沒有感情，而是因為太有感情。但黛西並不會原諒沃德的行為，他為了傷害菲爾殺羅莎琳，當年因為愛她殺了也同樣愛她的凱尼格。馬利克向沃德展示了他珍藏的五塊石頭，它們都是從那塊傳送門的巨石上取下的。九頭蛇存在的目的就在於此。馬利克説菲爾的逃脱會威脅到計劃。沃德説他會保證一切成功。菲爾見到亨特後，遷怒於他，説如果他當時殺掉了沃德，羅莎琳就不會死了。他也恨自己當年怎麼把沃德招進了隊裏。亨特要求再給他一次殺沃德的機會。菲爾讓邁克替他暫行神盾局局長的職責，他要率人找沃德復仇。班克斯帶着西蒙斯、菲茲去遠星機構查資料。誰料剛到地方，班克斯竟被無形的力量控制殺人然後自殺。西蒙斯和菲茲被綁了起來，去見了沃德和馬利克。沃德讓菲茲看對摺磨西蒙斯的視頻，逼菲茲説出西蒙斯重返地球的辦法。這時，菲爾他們找到了沃德的親弟弟托馬斯，並通知了沃德。菲爾利用托馬斯得知了沃德的位置，於是趕去那裏。邁克決定派黛西率領異人林肯和喬伊出發前去支援菲爾。菲茲不忍心看到西蒙斯受折磨，於是答應了馬利克和沃德，前去那個星球，帶九頭蛇的那個怪物回來。沃德本想找菲爾復仇，但馬利克説服了他，帶隊跟菲茲一起前往另一個星球。菲茲暗暗地向西蒙斯保證，只會帶威爾回來。

在傳送門最後關閉的瞬間，菲爾從空中飛過，直墜入傳送門，也來到了異星球塔圖因。但他沿着山坡滾動下來時，頭磕到了一塊石頭上，暈了過去。清醒過來後，他給手槍裝好了子彈。沃德率人和菲茲在異星球上邊走邊觀察着，菲茲藉機想將沃德的手槍搶過來，卻被防範甚嚴的沃德識破。為了逼菲茲配合行動，沃德警告菲茲，如果六小時後他們不能完成任務，帶那個怪物回到地球，那麼西蒙斯就會被折磨致死。芭比黛西和邁克在商量在到底應該怎樣行動，是先救菲爾，還是攻進九頭蛇救出異人們，還是拿下傳送門。新加入戰隊的異人喬伊傾聽着他們如何商量。邁克最後做出了最終決定，眾人開始依言悄悄採取行動。菲茲總算找到了威爾的洞穴，兩人剛剛見面，沃德也跳了進來。菲茲解釋説威爾可以做他們的嚮導。這才使沃德打消了殺掉威爾的想法。威爾的一條腿受了傷，是當時幫西蒙斯逃走時被怪物咬傷的。威爾和菲茲暗暗商量好了對策，菲爾此時也及時出現，他開槍打死了沃德帶的士兵，當沃德説他打傷了菲茲，菲茲在流血，嗜血的怪物肯定不會讓菲茲活着回去時，菲爾憤怒地擊中他，這下沃德也在流血。菲爾用槍指着他，讓他帶路找到菲茲。神盾局的同事們拉掉了電閘，一直在設法逃脱的西蒙斯，藉機趁黑離開囚禁她的地方，這時她發現了被關着的加納博士。加納請求她放他出來，他再次變身鞭笞才除掉了那些要抓西蒙斯的九頭蛇士兵。逃掉了的西蒙斯成功地跟神盾局的同事們會合了。他們到巨石傳送門室商量着下一步對策。加納化身的鞭笞將九頭蛇冷凍着的異人全殺了。菲茲和威爾邊走邊談論着，菲茲為威爾包紮傷口時發現了破綻，原來，威爾在抵禦怪物救西蒙斯已被殺掉，假“威爾”正要殺死菲茲時，也來到傳送門附近的菲爾，舉槍擊中了他。沃德見狀又攻擊菲爾。菲茲在旁邊開槍擊了沃德，然後從菲爾的揹包裏找到了火焰槍，擊中了假威爾，假威爾燃燒起來。傳送門就要關閉了，菲茲催促菲爾趕緊離開，想到死去的羅莎琳，菲爾用機械手親手弄死了沃德，然後將機械臂取下扔到他旁邊，然後和菲茲一起離開。神盾局的同事們歡迎着他們。菲茲和西蒙斯擁抱時，正和梅擁抱着的菲爾，也看向他，目光冰冷而神秘。

馬利克坐在汽車裏，正心事重重，突然車前方出現一個人，司機緊急剎車，馬利克藉着燈光看去，沃德正站在車前，面容僵硬而詭異，眼睛閃着幽光，手裏拿着菲爾當時拋在他屍身旁的機械手。馬利克突然明白過來了，這是異星球的神祗，附身於沃德來到地球了，不由得面帶笑意。菲爾答應了和總統見面。見面後，總統高度評價了菲爾，説羅莎琳曾經談起過菲爾，並建議總統和神盾局合作。現在情勢緊迫，各地紛紛出現騷亂，必須得有所行動了。但因為公眾們還有着以前神盾局事故的記憶，所以不便公開神盾局的存在，神盾局可以私下裏行動，名義上還以政府ATCU組織的名義，總統將給ATCU派一個新領導，這位新領導將聽命於神盾局。菲爾告訴總統馬利克就是九頭蛇，是他下令刺殺了羅莎琳。總統説這件事他幫不了菲爾，因為馬利克插手了許多國家的事務，他動不了他，對他無能為力。亨特和黛西來到警局，處理一起警員遭異能人士襲擊事件。芭比和邁克也到達事故現場察看。他們談論着只需要一個魚肝油那麼小的感染丸子，一個普通人就能擁有了特異能力，被感染的人越來越多了，簡直成了新常態。邁克一個人低頭正觀察着地下的車痕時，發現了面前站着一個女人。他來不及拔槍，槍已到了女人手裏。簡直來不及做任何動作，那女人幻影移形間，邁克已被關進了車裏。然後被女異能人帶回到了她家裏的洗手間裏捆着。後來黛西亨特和芭比趕到，解救了邁克。並將女異人埃琳娜帶回了局裏密封艙。喬伊和她進行溝通，問她為什麼要偷走武器。得知她偷走武器只是為了保護朋友不被傷害，黛西對她有了好感。與此同時，女異人的表弟正將偷來的武器往河裏扔，芭比和亨特趕到後製止他，正要帶走他，警察來了，芭比做了解釋，但警察並未就此罷休，她自信滿滿地剛抽出武器，還未來得及動手，就被警察特殊的眼鏡射出的光擊暈了，亨特也被擊暈，他們被帶了回去。警察殺死了埃琳娜的表弟。埃琳娜得知情況後，決定加入到黛西他們的行動中，充分利用自己的天賦來做好事。他們一同趕往警局，營救亨特和芭比。埃琳娜和黛西一起，擒獲了眼鏡有異能的警察。菲爾請菲茲幫他讀取沃納馮斯特克的大腦，裏面應該有關於馬利克的信息。菲爾得到了信息後，前去尋找馬利克，通過電話得到了他遍佈全球的部分機構。但馬利克不以為意，因為“沃德”神祗正在恢復。黛西他們押着那個異能警察正要回去，誰想從天而降的九頭蛇的飛行器，將那個異能警察又截走了。甦醒了的埃琳娜還不想留在神盾局，她想回家。邁克擔心着她的安全，他給了她一隻特殊的表，希望她需要的時候儘管呼叫。西蒙斯總算放下了心結，找到菲茲重歸於好。林肯也跟黛西相吻着。馬利克還在蒐集着異人。他有點失望地站在“沃德”面前，説他也許跟他想的不一樣。可是“沃德”站了起來，説他很快就可以看到他的能力了。

菲爾打電話給新任ATCU長官格倫，可他既拒絕見面，也不想談。菲爾只有跟蹤他到機場見面，邀他一起去參加幾國組織的異人研討會，因為菲爾知道，馬利克肯定對這樣的會議不會袖手旁觀，而且，也有必要了解到元首當中有沒有儲備異人的。格倫不承認菲爾是他的上司，也無意做搭檔，他根本不想接總統交給他的這個差事。不快的氣氛一直到菲爾提到了格倫的妻子卡爾拉和兒子喬治，才有所緩和。梅和林肯負責外圍行動，保護菲爾的安全。克里爾是個輪胎異人，梅和林肯看見他出現在菲爾附近，急忙衝出去與他較量。克里爾的異能十分強大，梅和林肯聯手才總算勉強將他制服，這時聽到格倫説克里爾是保護他的。大家有點無法接受。因為克里爾曾是九頭蛇的人，而且還殺過神盾局人員。可格倫説他已經變好了，外面有異能的人太多實在危險，他需要擁有一個自己的異能保護者。菲爾認為秘密會議克里爾還不適合出席，但格倫堅稱，如果不讓克里爾去，他也不去參加。菲爾同意了。他們飛赴台灣參加這次秘密會議。黛西因為是異人，菲爾宥於會議規則，沒讓她前往。他本人以醫生的身份和格倫一起出席了會議。留在神盾局的克蒙斯發現了克里爾DNA的異常，他身體裏有能阻止泰瑞根變異並化解的物質。黛西覺得政府如果知道有這種物質存在，肯定會對異人們注射。黛西十分珍惜自己變異後擁有的異能，覺得這種天賦可以使她幫助更多的好人。林肯卻覺得異人們可以自己主動選擇，決定擁有還是放棄異能。會議進行期間，梅、亨特、芭比扮成服務員進入各國政要房間探秘。一切貌似在按計劃進行。可是，會議中格倫突然變臉，竟在各國政要面前，誣衊菲爾是九頭蛇的局長，馬利克也走進了會議室，菲爾這才意識到，格倫竟然是馬利克的內應。因為馬利克抓了他的兒子來挾持。最終，格倫也被馬利克關了起來。幸好克里爾趕到救出了他們。然後他們分頭去追蹤馬利克，營救格倫的兒子。菲爾也找到了格倫的妻子。夫妻團聚使格倫對菲爾很感激，他對菲爾展示了友好的態度。異星球神祗正在瞭解着宿主沃德，真正的沃德已經死亡。馬利克知道這個新沃德需要大量異人，於是將他們救回的眼睛有異能的警察押了過來。警察發現自己的異能對新沃德沒用很是詫異。沃德展示自己的能力收服了他。沃德讓手下為他抓了五個活人，然後生生地吸化了他們，五具炭化般的枯骨倒地，而沃德，則更為強大地站立起來。

芭比和亨特躲在機艙，一路跟蹤馬利克來到了天寒地凍的西伯利亞。從機艙裏溜出來後，因為幾個小時在密不透風的艙底躲藏，亨特的腿麻木得差點失了知覺。他倆成功地鎖定了馬利克的車隊，搶了車尾隨到了他們的秘密基地。按菲爾的命令，他們還得設法潛入，獲取馬利克來此的動機。正在觀察着基地裏正推出一個異能人時，兩人被發現了。兩人謊稱採蘑菇時迷了路，還是沒能矇混過關，只得大打出手制服對手。黛西和邁克、梅坐飛行器也趕到了，芭比亨特告訴他們説，馬利克和俄國幾個內閣部長，要去看一個被用生物高科技控制的異人。大家決定潛入進去。芭比成功地潛入，並將現場信號傳給了菲爾和梅他們。俄總理是反對建異能人庇護所的，他派了私人助理前來，結果被他的對立面，內閣部長派人給殺掉了。因為其中一位部長將軍本身就是異能人。聽到世界上居然有了第一位異能人政客，而且這個政客還能拿到核武器發射密碼，神盾局的特工們議論紛紛。這時，馬利克建議放出那個異能人部長，菲爾意識到馬利克是想在俄國策劃一起政變。那個芭比和亨特最開始看到的被控制的異能人放出來了，原來他就是那個異能部長。後方，神盾局裏菲爾菲茲西蒙斯在忙碌着解析和向在俄國的行動組傳遞信息，黛西和邁克混進了俄國人的機控中心，監視着馬利克等人，配合着芭比的行動，梅和亨特發現了總理助理的屍體。不明情況的俄國總理正在趕到基地，異能人刺客正在等候着他。菲爾下令梅和亨特要保護俄國總理，黛西邁克芭比去控制異能將軍。內閣們還試圖説服總理，總理問到了自己助理在哪兒，內閣部長們正要翻臉，神盾局特工們出動了，聲東擊西，梅和亨特救出了總理，但異能將軍可不好對付，他可以控制自己的影子和密度，邁克被他擊暈過去，芭比黛西聯手也對他無可奈何，黛西后來還被他擲暈了過去。異能將軍離體的影子，又迎面攔住了亨特和總理的去路，芭比聞訊趕去支援，她及時擊斃了異能將軍的原身，救了總理。但不幸的是，芭比和亨特被捕了。面對審訊，兩人竭力迴避他們的真正意圖和任務，但俄國人顯然瞭解他們是神盾局的人。但俄方得到了美國政府的通知，所以，也不敢隨意處決兩人，只得耐着性子審問他們，想熬到兩人崩潰時問到真話一無所獲，最後，俄國人利用了兩人彼此的愛做為弱點。被救出的俄國總理並不領情，他對美國總統説必須有人對俄國政府內部有人被殺一事負責，菲爾也陪同在場，他提醒總理，死掉的三人中，有兩人都是要殺總理的。總理依然不為所動。菲爾進入監牢，開啓信號干擾監視後，交代兩人潛逃，但芭比和亨特這時卻不想貪生怕死，置神盾局和美國於俄國槍口之下，兩人決定大義赴死。幸運的是，最後關頭，俄國總理得知兩人既不是神盾局特工，又不隸屬於美國政府之後，大概念在兩人救了他命的事實，最終無罪釋放了兩人，但他們再也不能做神盾局特工了。兩人在酒吧裏討論着到哪裏度假時，既看到了如影隨形的情報局監視者，也看到了前同事們，西蒙斯、菲茲、邁克、黛西、梅、菲爾，他們暗暗地先後為兩人點了酒，這是場間諜式告別，沒有一言半語，唯有默默地注視，遙遙地舉杯飲盡，落寞地一一離去。再見，亨特!保重，芭比!

度假的邁克和弟弟愜意地聊着天，收拾着心愛的摩托車。這時，電視上播放了一則新聞。這是幾個號稱“監察者”的蒙面分子襲擊ATCU大樓的新聞。因為特工局現在人手很缺，菲爾打電話給邁克讓他就近趕往現場，尋找線索。聽到邁克説要離開幾個小時，本來準備共進午餐的弟弟，不能理解邁克的藉口有點沮喪。邁克一直對弟弟假稱是在一家保險公司工作。菲爾還派了黛西和菲茨趕去和邁克會合。林肯很想參加這次行動，但菲爾看了他的有關評估報告後沒有同意。菲茨在現場發現了硝化物，將這個消息彙報給菲爾後，他們都意識到了這是前神盾局某特工乾的，他的名字叫布萊克。菲爾儘管對林肯的評估報告不滿意，對林肯做特工的決心，服從任務的意識等方面存在着擔心，還是決定親自帶林肯參加這次行動，並藉機觀察其反應。邁克的弟弟還不起貸款，欠了一大筆債。邁克不理解他，當聽到弟弟的言論和那些監察者別無二致時，邁克警告他離那些人遠點，沒再看他們在網上的言論，可弟弟説，那些監察者理解他。黛西查明瞭那些襲擊者將在伊斯特林農場集會，策劃下一次暴行，於是電話通知邁克前去。邁克和黛西菲茨正蹲守在農場附近觀察時，邁克的弟弟魯本騎摩托車也來了，他看到邁克後大聲地打起招呼，結果驚動了那些襲擊者。邁克只好對發現他們的人開了槍，魯本看到邁克這樣做，大吃一驚，掉頭騎摩托車而去。梅一直在查找安德魯即鞭笞的下落，西蒙斯告訴她，她的查找方向錯了，因為安德魯跟其它異人不同，而且，西蒙斯還提出説安德魯的轉化尚未徹底完成，她跟菲茨研究中發現有疫苗可以中止繼續轉化。梅聽了卻説不想要希望，因為她擔心希望破滅帶來無法承受的失望，現在，她一心奉命找到他，並殺了他。菲爾接到黛西的報告説在農場集會處聽到了布萊克的聲音，正待目擊確認，以為布萊克不在，結果搜查他的安全屋時，竟發現布萊克就在屋裏。布萊克説他無處不在。菲爾從布萊克異乎尋常的長篇大論中發現了問題，於是讓林肯動手，這才發現這個布萊克只不過是個全息像。黛西不想馬上撤退，結果導致菲茨中彈，這是顆會爆炸的子彈。他們急忙返回神盾局，最終設法解決了問題。邁克一直追回家去向魯本解釋，魯本並不相信，還在指責着邁克時，襲擊者趕來，並且引爆了他們的摩托車。他們將邁克當成了異人，奉命趕來抓捕。兄弟倆聯手打敗了五個襲擊者，但邁克也左臂受傷。黛西將邁克接回去，跟魯本聊了會兒，魯本總算理解了邁克的工作。

神盾局接到了自稱埃德温的電話，他呼叫黛西，並且説九頭蛇要來了，他就要死了。神盾局的人急忙趕去，黛西還在追問着商鋪老闆埃德温為什麼説九頭蛇要來了時，天空出現了九頭蛇的飛行器，混亂的對抗中，埃德温被擊斃了。黛西意識到躲在不遠處的那個流浪漢查爾斯是異人時，九頭蛇的飛行器已將流浪漢抓走。黛西只來得及抓了一下他的手。這時，黛西眼前也莫名地出現了神盾局同仁們慘烈一幕的驚人幻覺。看起來完全恢復的新沃德跟馬利克會面。他追問馬利克救他回來的原因，直言馬利克是為了獲得財富、權勢之外的更強大的真正力量，並且將流浪漢帶到了馬利克面前。黛西告訴了同事們她看到的未來一幕。林肯滿面是血，菲爾還拿槍對準了她。因為有前車之鑑，黛西説自己想改變未來。她要去救那個流浪漢查爾斯。菲爾卻分析道，黛西身處這些幻像的中心，所以黛西應該留在基地。讓梅代替黛西去救出查爾斯。黛西回憶着幻像中的細節。她描述了那個場景，並且説無論多麼糟糕的事，感覺中這一切今晚就會出現。查爾斯的妻子來到了神盾局，她告訴了黛西，只要接觸了查爾斯的手，就能看到未來必然發生的某個人的死亡。為此，查爾斯才不得不痛苦得拋棄了她和孩子，外出流浪。馬利克帶着新沃德，要收購製作智能假肢的一家公司，因為他們製作了菲爾的假肢。當公司老闆拒絕時，他們讓流浪漢摸了下老闆的手，老闆看到了恐怖血腥的景象，驚恐的他馬上同意出售公司，但還是沒逃脱厄運。梅為了確保完成使命，跟同事們一遍遍按黛西看到的影像演示，以便將來身處其境時，能搶佔先機。菲茲卻擔心着會出現什麼事，讓梅無法前去。因為黛西看到的幻像中，畢竟沒有梅。馬利克穿上了新沃德讓他穿的新式服裝，以獲得異人們擁有的那種力量。他使用了一下，感到滿意，但新沃德讓他親手殺人，並講到自己當時在異星球上，被菲爾扼殺時的情景，他一直保留並拿着當時菲爾留下的那個假肢。神盾局特工們正要出發前往那個幻像地大樓時，安德魯走進了神盾局，他告訴梅鞭笞就要完全控制他了，他要進行最後一次變身，現在來是為了跟梅告別。黛西決定自己去，並且為了不出現那悲劇，讓大家全部留在局裏不要出來。梅陪着安德魯，注射着可能會阻止他繼續變身的疫苗，安德魯説他回到神盾局，也許會對神盾局和梅有幫助，因為他模糊地感覺到自己好像是有着什麼偉大目標。安德魯感覺到即將變身時，衝進了金屬艙，隔着玻璃和梅掌對掌，但轉瞬間，他變成了怪物鞭笞。大家在管理器前看到了新沃德後，不由替黛西即將面對的複雜情況擔憂。幸虧菲爾率人及時趕到相助。黛西趕到樓頂去救查爾斯，馬利克將她擊倒在地，一拳拳痛擊着。林肯被撞得滿臉是血。幻像當中的一切似乎正在一一發生。查爾斯為救黛西，抓住了馬利克的肩膀，馬利克癱到一旁。查爾斯改變了未來，欣慰地死去。

馬利克沒想到沃德通過女兒，召集了九頭蛇的核心成員集會。馬利克見到沃德強顏歡笑，內心的不快被女兒看了出來。女兒問他緣由，馬利克説他的手接觸到異人查爾斯的手時，看到了自己痛苦無比的死亡，而殺他的人，正是新沃德。女兒斯蒂芬妮震驚之外，告訴父親不能這麼束手待斃，應該讓沃德記起來，馬利克是他的恩人無比重要，是他將他帶到了這個星球。當馬利克跟九頭蛇的核心成員們談話時，沃德出現打斷了他，告知大家他就是那個九頭蛇的上帝，現在，他從異星球的流放地回來了。菲爾讓實驗室研究明明被他殺死、現在卻出現了的沃德到底是個什麼玩藝兒。大家基本上已還原了事實，知道這個沃德是被那個異星球生物附體了，並且還擁有着沃德的記憶。大家猜測着它來到這個星球的目的，並且分析到它有可能通過轉基因生物、農藥毀滅全球的食物供應，而且還有準軍事行動參與進來。菲爾跟同事們尋找着對策。菲爾派黛西和林肯，一起前去尋找一個來世的異人詹姆斯，他有潛能，但還沒得到異能。黛西剛邁進他的領地，就踩到了他安放的地雷。黛西使用異能才擺脱危險。最後，林肯帶走了詹姆斯交出來的石頭。馬利克的保安主管吉耶拉身負異能，自從沃德出現後，他就對馬利克陽奉陰違，對沃德唯命是從。他可以控制他視線內的一切東西。菲爾帶人趕去被他們銷燬掉的實驗室查找線索。這時，吉耶拉回來了，菲爾將他引進了事先準備好的圈套，梅正在一間光禿禿的房間裏候着，那裏，吉耶拉的異能將無法發揮，因為無物可以控制。梅打昏了他，將他鎖進了神盾局的密封艙。西蒙斯分析了這個異星球生物，其實是一個保留了他所劫持軀體記憶的寄生蟲，只是一個個犧牲者的宿主。確實，當沃德以馬利克的弟弟納撒的身份，開口對馬利克講話時，馬利克知道，他當年不敢做出犧牲，而讓他的弟弟納撒去了異星球血祭，沃德正在算這筆賬。女兒聽到後驚呆了，因為她一直相信着家族裏這個至高無上的犧牲傳統，而父親只是在説謊是個騙子。沃德留着馬利克還有用，所以，他吻了他的女兒，女兒當場死去。吉耶拉居然用異能逃出了密封艙，菲爾他們在他的異能面前，都喪失了還擊之力，吉耶拉控制了神盾局的飛行器。緊要關頭梅聯繫了黛西，話未説完已被吉耶拉打暈。

面對緊急情況，黛西召集了她一直秘密儲備的戰隊。她和林肯率領喬伊和埃琳娜前往營救神盾局特工們。吉耶拉控制着神盾局的飛行器回到九頭蛇的勢力範圍。梅身負重傷，失血很嚴重。隊員們躲進一個艙裏堅守，外面強敵環伺。這時，黛西她們趕來了，紛紛利用異能戰勝九頭蛇的敵人。林肯還抓到了馬利克。不過，很快被那個眼鏡異能警察盧西奧電暈，幸虧喬伊及時出手才扭轉局面。特工們邊設法搶救着梅，邊盡力阻擋着敵人的進攻。黛西他們除掉了外艙門外的敵人，敲響了艙門。梅不顧重傷，駕駛飛行器返回神盾局。吉耶拉懊悔地向沃德説事情沒有辦好，沃德説飛行器裏已經有他們的人混入了。黛西的戰隊們回憶着今天的勝利。菲爾審訊着馬利克。馬利克告訴了他沃德的真實面目，並提到他殺了自己的女兒。他還提到了菲爾不該對異人們過於信任，因為他曾犯了這樣的錯誤，以前他那些異人部下現在全部效忠於沃德，因為他體內附着“蜂巢”，那個神，那個魔鬼，它能感染他們，為他所用。並告誡菲爾，這次派去營救的異人們，可能已被感染，原來信任的人最好別再信任了。林肯拿着關於未來的水晶球在看，黛西問他在幹什麼，並對他以前瞞着她做的一些事表示不解。埃琳娜和久未見面的邁克愉快地聊着天。盧西奧的屍體讀數有些異常。菲爾心情沉重地走出審訊室，疑慮重重地審視着異人隊員們，並讓邁克封鎖了基地。暗中觀察着誰是那個感染者。馬利克為了復仇，答應了和神盾局合作。西蒙斯解剖盧西奧的大腦時，發現了感染跡象。緊接着，又發現馬利克被殺了。菲爾準備隔離檢查異人隊員時，遇到了反抗。儘管菲爾告訴了他們原因 ，他們還是衝動地聚集一處，並將門鎖熔化堵死。黛西保護理智勸慰着秘密戰隊的隊員們，很快異人們又彼此懷疑。為了不傷害神盾局的人，也不讓異人們受傷，黛西假説帶着他們從秘密電梯離開。邁克搜查隊員物品時，明白了林肯是那個被感染者。這時，黛西他們也過來了。林肯被擊暈隔離，菲爾也告訴黛西，只能先解散她的戰隊了，因為異人們會被感染，也不能接觸沃德。黛西后來卻找到林肯，説要帶他離開，她是那個感染者，現在她覺得無比快樂。林肯拒絕跟她離開。黛西帶走了水晶球並毀掉了神盾局飛行器。

神盾局亂作一團，菲爾的腿部也受了傷。測試結果出來了，黛西是唯一被感染的，其它異人暫時安全。邁克和梅擔心地議論着，基地危險了，黛西隨時可能帶那個掌握了他們情況的蜂巢過來，臨走前黛西還拿走了泰瑞根水晶和克里古人器物。菲爾正在搶修飛行器。他堅信黛西還是他們的一員，她只是被感染暫時成了人質。因為，他始終在心裏將黛西當成女兒看待。黛西告訴新沃德，自己只要跟他呆在一起就很充實，她甚至請林肯也過去。聽到新沃德説，如果大家全都目標一致，就不會有戰爭，這裏會成為異人們幸福的星球時，黛西甚至依偎到了新沃德的肩頭。神盾局的特工們不無苦惱地注意到了黛西跟從新沃德後很快樂。因為新沃德能刺激宿主大腦中的快樂中樞。大家商量着想要尋求除寄生蟲的博士幫助，來救回黛西。菲爾知道新沃德正在組建異人軍隊，怕被蜂巢控制的黛西，會帶着新沃德提前找到會分身的艾麗莎，於是決定先去找她。為了救回黛西，林肯不惜穿上自殺背心，要求和菲爾、梅一起出外勤。這是菲爾為了以免林肯也被沃德控制的險棋。他和菲爾、梅出發了，剛找到艾麗莎，林肯就發現了她的異常，顯然她已經被黛西帶着的沃德先找到，並被感染了。艾麗莎勸誘着林肯不必忠於人類，人類只是低級動物。林肯不為所動，和梅一起除掉了艾麗莎的兩個分身。艾麗莎的本體感應到了，儘管痛苦，她卻還是對着新沃德露出了笑容，並表示她樂意為他做出一切犧牲。黛西又帶着沃德找到了半異人詹姆斯，逼着他交出克里古人器物，詹姆斯不肯，於是黛西逼着他變成了異人，併為沃德感染控制，喪失了自制力的詹姆斯交出了他一直藏着的克里古人器物的剩餘部分，這個器物，是唯一能毀滅新沃德的東西。菲爾派西蒙斯、菲茨、邁克前去找博士。菲茨、西蒙斯進入了博士經常出入的高級會所。正當他們費盡周折見到博士，努力説服博士解救黛西時，新沃德和黛西、艾麗莎、詹姆斯趕到了，他們挾持了博士。黛西還警告菲茨説別再找她了，下次她一定會扭斷他的脖子。而新沃德，以已死在異星球的威爾的語氣説話，撫摸西蒙斯的臉頰，西蒙斯淚流滿面，但依然清醒地知道，他不是他，他只是吞噬了威爾生命，偷了威爾記憶的蜂巢。她出其不意地開了槍，打中了新沃德的腹部，迅速逃離。三人最後總算安全地到了匯合地點。

新沃德對黛西和其它追隨他的異人們，講述了他當年被克里人捕獲後做實驗的經過。新沃德還説，克里人也改造了異人們的祖先。所以，這些人建立了九頭蛇，迎接他的歸來。現在，他要回報這些人的忠誠，在他們身上重現當時克里人的實驗。菲茲研究出了能抗蜂巢毒素的物質，這是能救回黛西的唯一辦法了。可是，克蒙斯又又擔心使用過程中會造成黛西出現其它不好的症狀。林肯聽了，主動要求要自己身上先做實驗。但菲爾得知如此做可能會摧毀被實驗者免疫系統的風險後，命令菲茲另外尋找辦法。他不想失去林肯這個神盾局新加入的特工。林肯見多説無益，為救黛西，他自己注射了抗毒素。菲爾和邁克居然通過神盾局的系統，尋找到了黛西蹤跡。菲爾認為這是陷阱，而邁克卻感情用事地以為也許黛西故意這樣做，好讓昔日的同事前去救她。菲爾儘管一直將黛西視作自己的女兒，但卻認為邁克錯了。有了線索，但不能掉以輕心，如果此次前往，務必將蜂巢一舉消滅。博士為新沃德的設想所吸引，幫他們將泰瑞根水晶用於實驗，將正常人轉化成異人。但教授的實驗失敗了。他對新沃德説如果要成功，他需要一個活着的克里人的基因，新沃德差點殺掉教授，但最後還是放了他一馬。神盾局的特工們全副武裝地出發了，大家下定決心要救回黛西，摧毀蜂巢，尤其邁克，黛西是他的搭檔，而他居然對黛西的變化一無所知，他內心對此感到內疚，一心要彌補。特工們趕到後，梅發現了詹姆斯，她假意套近乎，得知了新沃德抓走博士的真正目的，幫他將普通人改造成異人，然後建立異人軍隊。當得知了新沃德的確切所在地後，梅擊暈了詹姆斯。為了得到活的克里人的血液。新沃德召喚來了克里獵殺者，然後讓黛西去對付他們。艾麗莎很快死於獵殺者之手，這時，黛西出現了，一直躲在暗處觀察的神盾局特工們執行着菲爾的命令，可邁克卻想違令去幫黛西。獵殺者被黛西制服，教授抽到了足夠的血液。這時，邁克出現要救回黛西，而黛西卻將他擊倒在地痛毆。另一個獵殺者最終被新沃德所殺，特工們的武器顯然也傷不了新沃德，神盾局只得火速撤離。新沃德因黛西未能如約扯出邁克的心臟而對她的忠誠表示懷疑。黛西為了證明自己，告知他自己體內就有克里人的血液，有助於實驗。

格倫代表總統來跟菲爾談話。總統希望神盾局能走入公眾視野，這就需要菲爾將神盾局信息透明公開，包括下轄的所有異能人士。這對異能人士來説是很危險的，因為公眾對他們的仇恨不知何時便會點燃，這無異於將他們置於險地。菲爾決定説服他。他這次毫無保留地帶他參觀基地。但當格倫看到鞭笞時，卻突然間憤怒起來。菲爾告訴他，鞭笞的存在是有用的，也許他就是為了殺蜂巢而出現的。菲爾還讓西蒙斯告訴了格倫所有真相。格倫瞭解到了蜂巢正在行動，他已掌握了將人快速轉化成異人的辦法。博士抽取了黛西的血液，用於製造異人。黛西儘管失血過多，但她依然十分樂意，甚至不惜為此獻出生命。這一次，博士沒有讓蜂巢失望，他將人轉化成了異人，但因為某種因素沒有控制好，新轉化的異人極其醜陋，可蜂巢顯然對此很滿意。他告訴博士不必改進，就這樣造出大批量的異人就行。因為異人們顯然只是他利用的工具，他對之毫不在意。黛西不停地攻入神盾局的系統，她想掌握神盾局的每一個動向。林肯一直被關着感到很煩燥，但菲爾擔心他失去黛西后將採取不理智措施，所以暫時不想還他自由。黛西攻入了神盾局系統，通過他房間的屏幕跟他交談。在她的幫助下，林肯逃出了神盾局。正在參觀的格倫得知了這個消息，正在怪罪神盾局的時候，梅揭開了真相。事實上，林肯沒有逃，這只是神盾局安排好的反擊，是鞭笞代替林肯，乘飛行器去了蜂巢所在小鎮。鞭笞果然像是為毀滅蜂巢而存在的，別的異人在蜂巢面前只有乖乖就範的份兒，而鞭笞一出手即致蜂巢重傷。蜂巢倒地無還手之力。新轉化的醜陋異人們襲擊鞭笞，被鞭笞一一干掉。因抽血過多正休息的黛西看到情況，趕去幫蜂巢襲擊鞭笞，只進行了一輪進攻就無力地躺倒在地上。鞭笞顯然記得所有往事，他走過去不但沒有難為黛西，反而幫她恢復了體力重獲自由。他將她抱到飛行器上想帶她離開，這時，詹姆斯突然從背後進攻，火鞭穿透了鞭笞的心臟，鞭笞倒地而亡，沒來得及結果蜂巢。清醒了的黛西打退了詹姆斯的進攻，重新返回了神盾局。所有的老同事們歡迎着她的歸來。

邁克埃琳娜和梅駕駛飛行器趕往太平洋地區美軍發射井，他們想搶在蜂巢趕到之前。因為那兒的導彈發射裝置，很可能被蜂巢用來高空散播病毒，感染正常人轉化成被他控制的異人。但五小時前，發射井的工作基地人員就已經失聯。情況緊急，格倫向國防部高官索要停止發射的代碼，高官不同意，而要因循守舊地按程序來，如果真的那樣做，得耗時兩週。在他們視頻談話時，菲茨根據談話內容，將代碼存放地址通知了菲爾，並假扮高官通知下屬將代碼交給菲爾。邁克他們已在發射井降落，他們抱着不成功便成仁的決心。千鈞一髮之際，發射被及時中止。憤怒的蜂巢知道又是神盾局作梗，他一面讓博士想辦法解決發射問題，一面決定報復神盾局。林肯以身犯險，將蜂巢引到邁克所在的地方。邁克安裝了專門對付蜂巢的裝置。他們想用這裝置燒壞蜂巢的大腦。趁蜂巢陷入混亂之時，他們趕去解救人質。博士也趁機脱困。甚至在蜂巢追出來的時候，他們還將蜂巢困在玻璃艙內凝膠塊中帶回了神盾局。格倫對此十分滿意，感到事情有了巨大進展。但裝滿感染人類病原體的彈頭被蜂巢藏起來還沒找到。回來的黛西儘管提供了大量情報，對神盾局抓捕蜂巢十分有幫助，但她陷入對往事的自責和擺脱蜂巢的不適矛盾中，難以理性。邁克寬恕原諒讓她感動。她及時控制了心中陰暗面的擴展。菲茨被原始異人襲擊，幸虧西蒙斯及時打開門才得以逃脱。但那些原始異人將蜂巢救了出來。蜂巢從黛西那兒瞭解到了神盾局的一切，他很快發現，通過和風也照樣能起到散播病毒的目的。這時，黛西來到他面前，慢慢跪下，求他再次接納她。

黛西跪求蜂巢重新接納自己，蜂巢先是狐疑但很快同意。他將手放到黛西臉頰，但馬上又抽回了手。因為他發現黛西有了免疫力。黛西趁其不備，對他發動了攻擊，但最終被營救蜂巢的詹姆斯等人擒獲並帶走。留在神盾局的原始異人們繼續對神盾局的人進行攻擊，埃琳娜為了保護邁克中彈倒下了。這些異人們唯一的缺陷是視力差，聰明的西蒙斯發現這點後，調高了温度，這些異人們於是變成了睜眼瞎。梅和菲茨進了和風，菲茨機智地擊斃了吉耶拉，並救出了黛西。蜂巢讓詹姆斯找到他們。菲爾也駕機追了過來，為了避免更多特工們受傷，他留下了邁克他們，獨身前去配合梅和菲茨。但隊員們顯然不甘自己怕局長如此受傷，最終他們設下了更好的計謀。當菲爾出現在蜂巢面前時，蜂巢從新沃德的樣子變回本相，因為他迫不及待地想佔有菲爾的身體和記憶，從而以菲爾的面目出現，號令神盾局。誰知這一切早在預料中，他面前的菲爾只是個全息影像，用來分散他注意力的。神盾局的人已經登艙並和梅黛西他們會合了。黛西明瞭了自己的命運， 她決定將裝有彈頭的部分帶入太空，然後引爆拯救地球上的人們。林肯發現了她的決定，利用手動裝置，率先升入太空，選擇了自我犧牲替黛西完成使命。黛西心痛欲碎，她覺得他是在為她曾犯下的錯付出代價，菲爾安慰她説，是為所有人的錯。太空中，林肯在為自己能同時拯救世界和自已所愛的女人而欣慰。林肯與蜂巢一同在太空中爆炸了。神盾局的特工們全都垂下了頭。悲哀在所有人心中漫延。六個月後，邁克和菲爾按命令等待抓捕黛西，神盾局的人就要被分流了，兩人對自己將來會被安排到什麼地方也並不清晰。黛西不斷地利用自己的異能在銀行做案。她用這筆錢幫助了能預示未來的死去的異人的妻女，在菲爾和邁克抓到她之前，成功逃脱。（第3季全劇終）

為失去林肯而失意的黛西，依然每到晚上，會懲惡鋤奸。這天，她在對付一幫劫匪時，親眼目睹了一起異人殘酷殺戮劫匪的場面。她看到他頭冒着火光，鑽進冒着火的車裏，疾馳離開，她看清楚了他的車和牌照號，緊跟而去。菲爾和邁克乘坐在和風一號裏，正無聊地下着棋，聽説有任務，想起能見到梅、菲茲西蒙斯時，還挺高興的。梅告訴了他們任務，有兩個平民死狀慘烈，頭被燒爛，脊柱從腔裏刺穿，情況迥異於常，他們要查出真相。梅接着告訴他們，還有第三名傷者，他提到了黛西。黛西被警方認為涉嫌多起銀行劫案並炸燬大橋，如果被他們找到了黛西，是准許射殺的。警方懷疑菲爾邁克一直在包庇黛西，所以撤銷了他們對黛西的追蹤。梅提前告訴他倆，是為了爭取爭取些時間，趕在警方之前，找到黛西。他們身為曾經的同事，太瞭解黛西了，她一定是在設法切斷那些劫匪的資金源。菲茲西蒙斯醉心於研究，西蒙斯已升任科技部部長特別顧問一職。當菲爾邁克找到他們時，菲茲將新研製出的爆炸鋼筆、和為菲爾新制作的手臂交給了他們。這四個劫匪屬於雅利安兄弟會，現在還有一個下落不明的，在那個異人手裏，這是僅餘的一個活口。菲茲發現了博士研究的一個極為逼真的女機器人艾達，按規定他應該上報，因為博士還在被監管期，不允許他搞這些研究的。但博士讓艾達告訴了菲茲，博士為他曾造成的遺憾痛苦，她是為保護特工們而造的，代為涉險的護盾。埃琳娜暗中跟黛西有着聯繫，她們在公交車上見面，埃琳娜將她將見了邁克，從神盾局得到的特效藥給了黛西，因為黛西在追蹤劫匪時骨折過。黛酣告訴她，她在查武器交易時，發現監查者跟本地黑幫勾結在一起，還發現了一個連環殺手，不過她還沒清晰地看過他的樣子。噴着火的異人，被當地人稱作惡靈騎士。凡見過他的人都死了。菲爾和邁克找到了那輛案件中的大卡車，並在裏面發現了屍體。西蒙斯成為部長的紅人，梅對此表示了不滿。她覺得現任局長是有意將神盾局的人打散，而西蒙斯卻對這樣的部長盡責。西蒙斯終於告訴她，她這樣做，正是為了獲得權力，以便能稍稍控制局面。因為是總統下令分散神盾局的。她只能採取合適做法，繼續得到部長信任，才能為昔日戰友們做些事。所以，她要梅現在帶人將菲爾和邁克找回來，清理麻煩。梅理解了她的苦心，同意了。黛西追蹤到了廢車廠，想找惡靈騎士。他平常只是一個普通的廢舊車庫的工人，名叫羅比。黛西遇到他，沒有認出來，還向他打聽着，羅比將她帶到了辦公室，準備伺機下手。黛西發現後，兩人鬥在了一處。菲爾邁克追蹤到了交易者。在監視器上看着那些人打開了箱子，一陣煙霧飛過，所有人突然變得異常。這時，監控畫面斷了。畫面再恢復時，兩人發現了那些人正在相互殘殺，正要趕過去察看，梅帶着人到了，她的人將那些附體的人射殺後，一個霧狀的人影從梅的身後飄過。黛西制服了羅比，告訴他你不該決定人的生死，但羅比渾身燃着火告訴她，不是我在決定。再站起來時，他已化身為傳説中的惡靈騎士模樣，將黛西壓到了地上。始終為林肯之死心懷內疚的黛西，其實一直在求死，所以她毫不懼怕，叫他動手。聽了她的話，惡靈騎士反而放過了她。黛西遠遠地用望遠鏡觀察着正常了的羅比，他正在接他的坐輪椅的弟弟，和善而親切。每個人都有依戀，黛西喃喃地説。跟菲爾下着棋的梅突然神色一變，菲爾問她怎麼了，她説只是有點累。

菲茨和西蒙斯正在研究着那個讓六個人瘋掉、相互殘殺的空箱子。菲茨測出了常規可見光範圍內不可見物體的形狀，它非常美，水晶狀結構，像是封鎖力場，西蒙斯正在揣測着它到底封鎖的是什麼時，邁克來了，説有一家人來了，其中那個爸爸有鬼魂穿過了他的身體。西蒙斯不太相信，邁克打開了交易者當時的錄像，確實能看到影影綽綽地有個霧狀模糊的女人形。造這個空箱子的合金非常特別，全世界只有三個地方的衝力實驗室有過。邁克説見鬼的這家人，就在其中的一個實驗室所在地。於是，菲茲跟邁克趕往這個衝力實驗室查看情況。修車廠的羅比，看到黛西的車來了，覺得她是來對付他的。他拿了鐵棍打開車，什麼也沒發現。回到辦公室，發現黛西正跟同事愉快地聊着天。黛西説她的發動機着過火了，羅比替她看了下，卻説沒什麼事，並警告她説如果繼續追究，可能會死。黛西假作跟羅比的同事聊天，將羅比的早年往事一一道出。當羅比説修好了車的軟管時，黛比馬上又將車弄壞。黛西找林肯是想説服他。她覺得他們一樣，只是想復仇的異人。但林肯説他已將靈魂賣給了魔鬼。黛西提起了他的弟弟，想喚回他的人性。林肯反而發怒了，開始向黛西攻擊。黛西被羅比捆了起來。他不想殺她，而是翻查着黛西的東西，想了解到她一心求死的原因。當羅比聽到黛西提起了衝力新能源實驗室，説擔心光頭黨的人又從那兒偷到什麼新武器時，羅比突然站起來用膠帶封住了她的嘴，起身離去。羅比開了車出去，黛西掙開了繩索，追了出去，貼附到羅比的車頂上。羅比最終甩掉了黛西。長會見了菲爾和梅。他要將神盾局公開化，所以非常注重公眾關係和形象。他顯然覺得黛西搶劫銀行的嫌疑，對此不是個好事兒，他想説服菲爾，同時，他讓梅先離開，單獨交給了菲爾一個特別任務。他請菲爾幫助，帶領國會議員參觀秘密基地。那個一直在錄像中呈現霧狀的女人形，也能出現實體。此時，她穿越進衝力實驗室後，看起來只是個面目憔悴恐怖的普通女人，她打開了一個空箱子，一陣煙霧起，凝聚成一個男人。她叫他雨果，雨果則叫她露西。原來，他們，還有他們的其它四個夥伴，都是被困在這些個空箱子中的，他們商量着要找到那個把他們置入如此困境的始作俑者喬，然後逆轉局面。菲爾跟着科技部部長，帶國會議員們參觀秘密基地，他十分樂意地向大家講解基地的歷史。從梅的面前經過時，梅卻突然看到議員們的臉一剎間有些異樣，變得就跟她見過的鬼魂人一樣。她去找到那個被捕的交易者，告訴他自己也能看到那些人，現在她跟他一樣。正説着，西蒙斯來了，梅看到她的臉也如同鬼魂，頓時吃了一驚。那個被捕的交易者突然之間用頭撞門，直到撞出了血暈到地上。西蒙斯吃驚地看着，跟梅説話，扭頭一看，梅已不見蹤影。聽西蒙斯説梅有些不對勁，菲爾去看梅。梅正在忙亂地收拾東西，她告訴菲爾説基地被滲透了，她得想法救他們所有人。現在她的眼裏，人人都是被感染了的鬼魂模樣，就連菲爾也是，她大打出手，正要奪路而逃，科技部部長堵住了門，任梅如何擊打也毫無作用，最後，部長出手暫時打暈了梅，和菲爾相視一笑，原來他也是異人。菲爾想知道部長怎麼治療梅和黛西，部長説這是機密。因為菲爾在她倆人的事上不能保持客觀。邁克、菲茲到實驗室後，很快發現情況不對。菲茲正在設法關掉那個反應熔堆時，邁克被鬼魂人襲擊，關進密閉房。鬼魂人正一步步向菲茲靠近，凡是被他們靠近的人，最終都會發瘋。這時，羅比趕到了，一把將那人鬼魂人揪開，渾身燃起火來。黛西也趕到了，將邁克的門打開，菲茲急忙去繼續關閉反應熔堆。化身惡靈騎士的羅比，燒死了鬼魂人。將六個人的合照抓起，沒理睬邁克菲茲他們，徑直離去。邁克想去追趕，黛西阻止了他。黛西並沒有選擇留下來，跟昔日的戰友們在一起。她回到修理廠去開車，這時，羅比回來了，説你想知道這一切的關聯，黛西説是。羅比説可能是我。他打開了他的車門，示意她上車，黛西見狀坐了上去。

在邁阿密，悠悠球埃琳娜正在參加朋友聚會，邁克打來了電話。突然間全城斷電，很快收到了肇事者們的警告。他們自稱是異人反抗軍，要求政府停止異人註冊，恢復異人們的正常生活。梅正在疾控中心裏被監控着，菲爾不知道她身在何處，擔心着她，希望她挺過難關。他詢問西蒙斯梅現在在哪兒，西蒙斯由於制度所限不能告知。但梅顯然情況很危急，疾控中心解決不了她的問題。為了挽救梅，西蒙斯得到部長同意後，帶人趕到疾控中心。菲爾也想一起去救梅，但部長派菲爾趕往邁阿密。黛西和羅比一起乘車去找他的叔叔，叔叔曾在動力實驗室工作過。正給車加油時，洛杉磯也突然斷電了。羅比頓時擔心起弟弟加布的安全。加布是被黑幫分子所害才坐上輪椅的。博士也趕往疾控中心。他和西蒙斯商量着梅的情況，考慮使用博士剛研製的經顱裝置來解決問題。按慣例來説，梅離死亡只剩下不到六個小時的時間了。他們為梅戴上了經顱裝置，拿出了使她陷入戰鬥狀態的刺激物。為了徹底拯救梅，他們只能以極端冒險的手段，停掉了梅的生命體徵，在七分鐘內，對她大腦進行重啓，電擊激活。偏巧這時，突然停電了。西蒙斯拚命為梅手動按壓心臟，祈禱着她能醒來。教授用原型機才使梅絕處逢生。異人反抗隊已按他們所言，使四個都安置着異人的城市斷電了。菲爾和他的隊友們分析着情況。菲茲判斷他們使用的一定是電磁脈衝裝置。斷電的洛杉磯陷入了騷亂。加布被一些暴徒盯上，幸虧羅比和黛西及時趕到，將加布從暴徒們手中解救。搏鬥中，黛西的手臂再次骨折，羅比想幫她弄些藥。他告訴黛西他不會受傷，無論受了什麼傷，第二天都會完好如初。他讓黛西跟加布一起呆在叔叔的房間裏。叔叔養大了他們，現在在住監獄。加布並不知道哥哥的秘密，羅比告訴黛西要替他保密。他要趕去加諾洛那兒。但加布看出了黛西是個異人，他讓她離哥哥遠點兒。一幫人持先進槍械全副武裝地闖到了埃琳娜朋友們聚會的樓頂上，聲稱此處有一個異人，要找出來。他們對在場的人施暴，為保護他們，埃琳娜暴露了。菲爾邁克菲茲他們一到邁阿密，所有電子設備完全無法使用，菲爾正跟部長的通話也突然中斷。唯一能用的只有教授的計算尺。邁克及時趕到聚會上，幫助悠悠球打敗了那羣暴徒。但埃琳的朋友瑪麗亞卻不想再理她。埃琳娜説他們為什麼會找到我，註冊時不是説會保護我們的嗎？大家擔心地想到了，這是陷害，是針對異人族的獵殺。就連華府也停電了，同時接到了所謂異人反抗隊的警告。總統下令，徹底剷除異人。菲爾邁克菲茲他們找到了電磁脈衝源，埃琳娜繳了他們的武器，關閉脈衝源後，城市再度恢復光明。菲爾急忙跟部長取得聯繫，告知真相。並請他向公眾説明真相，並向大家公佈了神盾局。羅比回來後，發現黛西不見了。加布只説不知道他睡着了。黛西坐在自己車裏，飲着酒，聽着部長對神盾局的讚美，關掉了收音。

西蒙斯去看房子，她正在為她和菲茲建設未來的小家做準備。房間的外觀讓西蒙斯非常中意。進入房間後，她敏感地覺着有問題，於是拔出槍來，小心翼翼地觀察着。黛西突然手捂傷口出現在她面前。原來，黛西從專殺異人的監察者組織手裏搶過了一張名單，為此而受了傷。名單中是異人們的住址和電話。現在，她想請求西蒙斯幫助她，找出神盾局註冊過的那些異人們的信息。因為這些信息，早已落入了監察者手裏，正在成為被襲擊的目標。黛西想提前向他們預警，使他們避開危險。西蒙斯因為職責所在，先拒絕了黛西。然後黛西用槍指着她，西蒙斯與她配合，將U盤交給了同事。這個U盤插入神盾局電腦中，黛西就可以遠程控制，得到異人們的信息。在眾多的信息中，黛西發現了詹姆斯的號碼。他曾經與黛西一樣，為蜂巢控制。倆人一起去找到詹姆斯，他正在一家超市，做普通的收銀員工作。黛西説服他跟自己一起，對抗即將來消滅他的監察者們。但沒想到的是，正是詹姆斯本人，跟監察者們搞在一起。拉德克里夫博士和西蒙斯救回梅後，梅在艾達的照顧下，正在好轉。菲茲來看望她，同時想研究出更安全的辦法，來拯救那些鬼魂受害者。菲爾去監獄看望羅比的舅舅伊萊，但伊萊不肯跟他配合。走出監獄外，他告訴邁克沒什麼收穫，這時，邁克發現了羅比的車，於是駕車狂追，最後動用神盾局的飛行器，逼停並撞暈了羅比。他們將羅比關入了神盾局密封艙，菲爾和邁克分析，羅比曾去過動力實驗室，又去過監獄，他肯定與這件事有關。想到黛西對羅比很信任，於是菲爾放出了羅比，想與他做比交易。羅比答應了。他們一起去看伊萊，羅比告訴伊萊，他昔日的同事露西正在到處殺人。伊萊告訴了他，他曾為喬瑟夫和他的妻子露西等人建造了量子粒子發生器。這是台可以無中生有的機器。那些人打破規則，扮演上帝角色。發生了意外，喬殺死了他的妻子和同事們。伊萊太生氣了，他想復仇。菲爾知道露西他們並沒有死，露西在這次事件中獲得了異能。他讓羅比問伊萊露西下一步會幹什麼，伊萊説她會去找邪惡的書，就是這本書讓他們做了這一切。詹姆斯帶着監察者們捕殺黛西和西蒙斯，幸虧菲爾邁克帶着羅比趕到。在詹姆斯正要對黛西下手時，羅比及時出現，阻止並抓住了他。菲爾告訴大家，那些人正在找的是《黑暗之書》，想得到此書，必須先找到喬瑟夫。喬瑟夫一直陷在昏迷中，現在被露西喚醒了。菲爾和他的同事們，一起到了拉德克里夫博士那兒，他們需要梅參加行動，在那兒，菲爾第一次見到了艾達，西蒙斯馬上猜到了，艾達是博士和菲茲共同製造的機器人。知道這個秘密，和這些天一連串秘密的西蒙斯，該怎麼接受明天科技部就要進行的測謊呢？

菲爾邁克他們也找到了喬瑟夫，他在昏亂中説出了《黑暗之書》的下落，就埋在他和露西發現它的地方，然後七竅流血而死。這個地方露西知道，事實上她現在已經又找到了它，但上面的字消失了，露西什麼也看不到。菲爾他們知道這部書的危害，商量着要不要告訴神盾局現任局長弗瑞。他們想先見見了解情況的伊萊，羅比的舅舅。結果菲爾和梅在去見伊萊時遭到典獄長襲擊並被困在了那裏。因為露西已接觸感染了他們。菲爾和梅必須爭取時間，在露西找到伊萊之前見到他。羅比向邁克請求加入戰鬥。黛西替他説話。邁克讓大家使用冷凍槍，因為那裏有可能所有人都已被感染。菲茨西蒙斯和拉德克里夫博士正在抓緊研製治療鬼魂人的藥物。邁克黛西等人出發前，邁克請菲茨遙控指揮這次行動，菲茨給了邁克能治療鬼魂人的針劑。大家乘坐昆式戰鬥機很快到達目的地。邁克注射針劑使典獄長等人又恢復了正常神智。菲爾梅黛西在尋找伊萊時，發現很多犯人對異人和神盾局有敵意。因為他們認為神盾局是保護異人的。他們虎視眈眈地盯着三人，這時，在這層監獄盡頭，氣化的露西顯現了一下，詭異地笑着，又消失了。所有的監獄門打開，犯人一一走出，包圍了他們三個。菲爾讓菲茨緊急打開了監獄所有的門，三人這才逃出。西蒙斯接受測試時，敏感的問題使她緊張。這時，局長走進來帶她到另一間房密談。他就要跟敵視異人的納迪爾議長進行電視辯論了，希望西蒙斯幫他。氣化的鬼魂神出鬼沒，只有羅比能對付得了他們。羅比燒死了其中一個，連邁克都被感染了，邁克趕緊為自己注射針劑。他們倆總算找到了伊萊，帶他離開。黛西將菲爾梅關進了安全房間，她自己獨自面對大批被感染囚犯。由於骨折，她戴上了護臂，這樣就無法使用異能。最終，由於寡不敵眾，被人掐住了脖子，菲爾和梅在菲茨幫助下，設法離開安全屋及時趕到，電視辯論中，為了説服對手，局長公佈了自己就是一名異人的身份。他曾是個勇敢救人而聞名的英雄，在他做神盾局局長後，人類死亡率下降，現在，由於坦誠，他的支持率爆棚。但西蒙斯通過微表情觀察，隨後向他指出他話中的謊言，局長聽了，宣佈取消今後對西蒙斯的測試，沉思着離開了。邁克帶伊萊撤離過程中，幫助一個犯人臨時離開了一下，讓羅比帶着伊萊先走，結果羅比壓不住復仇的火焰，讓伊萊獨自去上飛行器，他除掉了那個當年下令造成他們家庭慘劇的人。大家會合後，發現不見了伊萊，伊萊已被露西劫持，上了一輛救護車。為林肯的死亡而自暴自棄的黛西，刻意跟大家保持距離。梅告訴她沒用，她現在做的，就像曾經的她。但菲爾的博愛，最終使她回到神盾局的羣體中。露西把《黑暗之書》放到伊萊面前，讓他來讀。伊萊的面前出現了文字，他驚喜地睜大了眼睛。

當年，是喬瑟夫造出的機器實現了量子態能量永久儲存，這意味着可以無中生有地製造出萬物。但伊萊對此表示疑惑，因為實驗後的能量比實驗前還多，這是説不通的，違反了熱力學第一定律。露西表示這正是天才之處，並在興奮中告知伊萊因為他們得到了一本書。喬瑟夫聽到急忙制止了她往下説。梅帶人進入了動力新能源實驗室。發現露西來過，但早走了。但菲茲發現，露西帶走了幾樣東西，猜她想再現當初，逆轉回人形。為了阻止她再傷人，神盾局繼續追蹤。黛西帶加布去見羅比。為了保證加布安全，他們告知了他部分真相。局長傑弗瑞帶人前去逮捕黛西和羅比。邁克急忙通知倆人帶着加布藏到隔離艙。在隔離艙中，羅比向加布和盤説出所有真相，包括他們當年的車禍和他的異變。菲茲到處找菲爾，因為他需要查看一些科技戰略資料。又找不到西蒙斯，西蒙斯被艾弗瑞以委派任務的形式帶離聯繫不上。他發現了一家叫艾瑟丹公司跟動力能源實驗室有關。他找到了局長和菲爾，但發現局長更關注已關在艙內的黛西羅比。憤怒的羅比化身惡靈騎士闖出了隔離艙，痛打艾弗瑞，幸虧菲爾讓加布及時制止。菲茲得到了授權，查到了資料，洞見了露西的行動。菲爾、邁克羅比等人趕往實驗室支援梅。羅比面對露西時，露西説車禍不是針對他們兄弟的，當時喬瑟夫僱黑幫是為了殺掉伊萊，並説出了是羅比的舅舅伊萊想扮演上帝，製造了噩夢。羅比焚燒了露西。菲茲為了避免上千人喪生，讓邁克緊急通知黛西處理。菲爾找到了伊萊，但為時已晚，此時他也發現了伊萊才是那個真正的幕後元兇。

梅、邁克進入實驗基地後，發現菲爾菲茲羅比蹤跡全無。回到神盾局後，傑弗瑞、黛西、加布和他們一起看了實驗基地的監視屏，發現，伊萊發出了一道白光衝擊波後，菲爾三個人一下子消失了。大家懷疑菲爾他信已被伊萊困進小箱子裏，如同曾經的露西。大家心情都很沉重。被白光衝擊波擊中的菲爾他們，發現邁克、梅等同事看不見他們。他們猜測着，他們不是死了而是被改變了存在形態。 他們看得到神盾局所有人在做什麼，但卻無法對他們傳達訊息。羅比忽然覺得全身發冷，他似乎正在被拖往另一個空間。黛西覺得事情也許還會有轉機。傑弗瑞同意她的觀點，於是打電話給納迪爾議長，想讓西蒙斯回來，但納迪爾沒有同意。原來，應納迪爾的請求，傑弗瑞讓西蒙斯去研究如何解救一個繭化人。西蒙斯最後成功地讓繭化人回到正常人的世界。梅帶回了黑暗之書，想打開看有沒有什麼辦法救回菲爾他們，邁克擔心她打開的是一個潘多拉之匣，制止了她。 加布情緒也很低落，他覺得自己倆個至親，羅比、伊萊，自己竟然都不瞭解他們的另一面。一直附身在羅比體內的惡靈騎士突然離體，附在了邁克身上。邁克騎上摩托車衝出了神盾局，黛西看情況不對，急忙開車跟在他身後，羅比也坐在車內，黛西卻看不到他。邁克找到了跟伊萊合作過的華人幫，出手殺戮，黛西羅比趕到了。羅比勸説附身於邁克體內的惡靈離開邁克。從惡靈那兒，羅比知道了原來一切血案竟然都是舅舅伊萊製造的。惡靈懂得羅比正在被拖往什麼地方，他就是從那兒地方逃出來的，他絕不想再回去。黛西勸説邁克回去，邁克卻頭部燃火，一步步向她走來。為了解救黛西和邁克，羅比又跟惡靈做了筆交易，答應帶他一起去找伊萊復仇。惡靈這才重新回到羅比身上，離開了邁克。傑弗瑞找到拉德克里夫博士，第一次見到了博士製造的完全仿真人艾達。梅將黑暗之書交給了博士，博士只看了幾頁，急忙合上，他認識到人類現在的大腦無法承載這樣的知識，讀了後只會造成傷害。這一切，被站在他們身邊的菲爾菲茲看在眼裏，菲爾誇讚博士夠聰明，懂得這本書的害處。最後，這本書由艾達來讀，她作為一個被設計的人形機器人，不會受到傷害。艾達着手建造了一個跨維度大門，菲爾菲茲終於回到了正常的世界。當邁克悲傷地以為羅比為他而死時，羅比也通過了大門，帶着他的惡靈，重返正常世界。他請邁克和他一起，清算最後一筆賬，舅舅伊萊製造的一切血債。

警察局和神盾局包圍了伊萊，記者採訪局長傑弗瑞，傑弗瑞只能暫時以事態正在發展，尚無可奉告先敷衍過去。他們必須得先集中全力，對付伊萊。他同意菲爾的建議，派出艾達、黛西、悠悠球埃琳娜、羅比等人去處理這次危機。埃琳娜在偵察情況時，被伊萊製造的火牆燒傷了胳臂。羅比除掉了阻攔他的華人幫後，發現了伊萊建造的一個量子能源的大型電池。他正在查看究竟，伊萊出現，羅比正要變身惡靈騎士攻擊，反而被伊萊先出手弄傷。菲茲發現，這塊大電池事實上還是中子發射器，接近它就會觸發超臨界質量。危險超過以往，菲爾決定啓用B計劃了。傑弗瑞從拉德克里夫博士那兒得知，艾達是讀了黑暗之書後建造了跨時空大門。他表示對艾達這個機器人有些擔憂。他會密切關注她，決定下一步該對她做什麼。羅比責問伊萊，為什麼要變成殺人犯，辜負他和弟弟加布對他的信任。伊萊説因為他忍受不了動力實驗室那些白人同事，比如露西等人的傲慢。他要的是尊重。現在，他能徒手造出一座城市，也可以轉瞬之間毀滅它。他正在變成神。菲茲已經找到了辦法，阻止伊萊的瘋狂行動。菲爾率人來到伊萊面前，吸引他的注意。果然，伊萊看到被他汽化的菲爾還好好地活着，感到不可思議。菲爾告訴伊萊，他並不是在創造，他只是在盜取能量。他每次盜取能量，都會造成地震。艾達編制着跨時空大門，黛西吸收着震動波，埃琳娜拿專門對付伊萊的特製磁鐵，大家各自按計劃行動着。就連局長傑弗瑞也運用了他身為異人的力量，參與到行動中。受傷的羅比，用全身力量，再次化身惡靈騎士，揪住了伊萊。大量電池的門關上了，倆人焚燒着一同消失了。黛西被人羣發現，媒體們以為又是黛西製造了這些震動。局長傑弗瑞及時現身，還她以清白，並宣佈她是神盾局的一員。菲爾和其它同事們對黛西重新成為神盾局一員而高興。邁克和埃琳娜數週未見，又一次擁抱相吻。傑弗瑞同意了博士的研究項目，包括進一步完善艾達這樣的機器人，但要在神盾局監督之下。他派助手內桑森收拾博士的物品搬到神盾局。內桑森在收拾時，發現了艾達的秘密，他正要查看究竟，艾達出現扭斷了他的脖子。

艾達囚禁梅，是為了造出跟梅一樣的機器人替代品。現在，這個“梅”進入了神盾局的同事中，而大家毫無察覺。傑弗瑞正安排大家如何妥善處理《黑暗之書》。菲爾告訴這個梅，協同博士清空艾達的硬盤，因為艾達讀過了《黑暗之書》。博士和菲茲替艾達惋惜，邁克提醒他們，艾達只是個機器人，首先要提防的是機器人的崛起和反擊殺戮。博士同意了。但博士和菲茲帶人去處理艾達時，反而被艾達所傷。艾達還殺掉了他們帶去的倆個警員。維傑是納迪爾議員的親弟弟，他就是西蒙斯從繭裏解救出來的那個異人。納迪爾帶他在幽靜的別墅裏休養。她想探問維傑在繭裏的七個月裏究竟發生了什麼，維傑沒説，而是向她誇起瞭解救他的西蒙斯。納迪爾議員對異人和神盾局一向充滿敵意，聽了這話很不高興地轉移了話題。傑弗瑞帶黛西、西蒙斯去找維傑，而參議員顯然已安排監察者要除掉她的親弟弟維傑。但當監察者們真的用槍指住維傑的腦袋時，納迪爾還是心軟了。傑弗瑞和黛西西蒙斯找到了別墅。納迪爾帶人攔住了他們。這時，樓上傳來槍響聲，原來，監察者們趁納迪爾不在場，想除掉維傑。維傑的異能被激發了，他除掉了他們。這時，西蒙斯和納迪爾同時走了進來，西蒙斯邀請維傑來神盾局，納迪爾表示反對，並説神盾局只是想把維傑變成可以利用的武器。她讓維傑跟她一起離開。維傑被姐姐的親情打動了，不料上了直升機，納迪爾就親手擊斃了自己的弟弟維傑。她這個舉動，再次獲得了監察者們的信任。艾達進入了神盾局的電腦系統，她斷掉了整個基地的電源。艾達説她想拿到黑暗之書。菲爾安排邁克、悠悠球等人作阻止艾達進入基地的第一道防線，他和梅來阻止她進入基地。菲茲和博士去啓動基地的備用電源。艾達通過梅，找到了菲爾以為隱藏得很好的黑暗之書。正要離去，菲茲和博士追上了她。菲茲已將基地系統重置，艾達無法離開了。 邁克趁其不備，從她背後砍下了她的頭顱，菲茲研究着這個頭顱。菲爾則準備自己獨自去處理掉黑暗之書。事實上，博士才是幕後主使。現在，他正跟另一個艾達説着心聲。他想得到黑暗之書，從而實現人類的永生。 下一步，他準備利用梅來達到這個目的。

傑弗瑞在公眾和媒體面前，隆重介紹了黛西。稱她為神盾局最盡責的卧底特工，為保護普通民眾做出了一系列英雄事蹟，他的宣傳，使黛西贏得了公眾的愛戴和歡呼聲。菲爾和邁克也站在人羣中傾聽着，菲爾跟黛西的私人感情一直如同父女，他為黛西重見天日而感到由衷高興。不過，職業特工的敏鋭使他注意到，房頂本該有特工守衞的地方，現在空無一人。與此同時，站在較高處的黛西發現了房頂伏低身子的狙擊手，她急忙推開了處在危險中的演講者，傑弗瑞用其神力將講桌向狙擊者擲了過去。人羣一片混亂。傑弗瑞和伯羅斯，在邁克和菲爾護送下趕往安全屋。黛西抓住了這個狙擊手帶回了神盾局。因傑弗瑞不在，國防部長塔伯特代行其職，他讓梅和黛西共同審訊這個行刺的狙擊手。菲茨讓人研究着艾達的頭顱，西蒙斯發現後要制止，她認為最好儘快銷燬這個頭顱，而不是研究。菲茲在博士那兒，博士正説服他，想拿回艾達那個被削掉的頭顱，菲茲拒絕了，並勸他這幾天不要去神盾局總部。菲茲走後，博士喚出了新艾達，告訴她，他有點擔心正在總部的梅的生化機器人替身，怕梅露出破綻，他的計劃就都完了。黛西和梅在審訊行刺者，行刺者是個俄國佬，前九頭蛇成員。他什麼都不肯説。坐在昆式戰鬥機中，傑弗瑞他們討論着剛才的刺殺。邁克和菲爾覺得這次刺殺透着蹊蹺，不合常理。既沒有撤退計劃，也沒有必勝把握。正想跟神盾局打個電話，發現信號受到了干擾無法聯繫，這時，機翼突然斷裂，伯羅斯竟被突然灌進艙內的風颳出了飛機。震暈了的特工們醒來時，發現飛機墜落，機長已死。行刺、墜機，這肯定不是巧合。傑弗瑞帶着菲爾、邁克，鑽出了飛機，一同在樹林中尋找着伯羅斯。正被博士控制處於昏迷狀態的真正的梅，大腦皮質層突然活動頻繁。博士有點擔心她會死掉。因為艾達殺人程序啓動時，有點分不清狀況，給博士帶來了麻煩，博士準備重新設置她的程序。總部那個生化機器人梅，此時，正跟西蒙斯、黛西一起，找到國防部長，商量營救失聯戰鬥機的事情。塔伯特剛愎自用，置本該在局長不在的情況下，擁有第一權限的西蒙斯於不顧，直接將更高的權限交給了機器人梅。真正的梅突然從昏迷中醒來，她拔掉了插在自己身上的管子，剛跑出封閉櫃，就被艾達發現了。艾達掐住了梅的脖子，差點弄死梅。博士及時制止，讓她給梅打了鎮靜針，梅又一次暈了過去。傑弗瑞菲爾邁克三人看到一輛車經過，上面有不少持槍的監察者。伯羅斯已死，他們拿到了箱子，但要打開箱子，除非有傑弗瑞的生物指紋，否則只能用爆炸手段了。事不宜遲，三人馬上配合採取了行動，傑弗瑞拿到了箱子，剛一打開，結果被發現的監察者打中腿受了傷。菲爾邁克擊斃了監察者，他們看到箱內物品，這才意識到，傑弗瑞並非異人，沒有天生神力，他只是靠箱內的藥物注射才擁有了神力的。而他這樣做，都是奉塔伯特之命，塔伯特想塑造這樣一個英雄，從而取得異人族的信任，從而在未來可能發生的第三次世界大戰中，擁有致勝法寶。此時，西蒙斯也從塔伯特口中，知曉了這個秘密。她吃驚地提醒塔伯特這種藥物配方的副作用，可以使人具有盲目的攻擊性，塔伯特不以為然。傑弗瑞在菲爾的安排下，分散對手的注意力，邁克趁機炸燬了對手干擾信號的通信車，黛西和機器人梅也趕到了，除掉了對手。菲茲趁西蒙斯不注意，偷偷研究着艾達的頭顱。他接上電後，還與這個頭顱對上了話。看西蒙斯來了，他急忙鎖上了櫃子，説以後不再打開了。回到神盾局，傑弗瑞因為自己的真相被拆穿，有點惴惴不安。菲爾則告訴他，自己對當局長沒興趣，也不喜歡那些政治任務，傑弗瑞繼續做局長挺適合的，不過，在專業問題上，菲爾想要説了算。

生化機器人梅回到神盾局，準備換衣服時，發現自己的傷口處，裸露的居然是金屬內壁。這時，黛西走進來，通知她菲爾正在召集大家去開會。梅急忙裝作若無其事的樣子，在黛西關心詢問傷勢時，只輕描淡寫地説是輕微擦傷，並支走了黛西，心事重重地關上了櫃門。博士對於生化機器人梅，非常自信。他認為艾達的暴露，是因為設計缺陷。而現在，他避開了這些問題。生化梅的任務是拿到黑暗之書，但這隻存在於她的潛意識，所以她不再會暴露。她會因為想升官的本能接近菲爾，最終完成任務。而且，在神盾局裏，他還準備了第二個生化機器人，同時參與行動。悠悠球和邁克一番雲雨後，悠悠球起身去喝水。牀頭的手機響了，邁克看了一眼，説計劃有變，下牀穿衣服離開了。生化梅找到菲茲，詢問他艾達對自己所做的事有多少自我意識，能不能自己控制停下來。菲茲還以為梅對發生的事有愧疚感，安慰了她幾句。梅並沒有得到她想要的答案，怏怏地離開了。菲爾為先發制人，想在納迪爾議員參加有關黛西的問詢聽證會時，帶人暗地裏去搜查納迪爾的辦公室，塔伯特不同意，認為此舉會誘發政治風險。傑弗瑞站在菲爾一邊，但塔伯特完全不把他放在眼裏。最終，塔伯特還是同意了菲爾的計劃。聽證會進行中，菲爾和悠悠球進入了納迪爾辦公室，安放了竊聽器。可當悠悠球拉開一個抽屜時，裏面突然發出光芒，悠悠球被擊翻在地，安保人員衝了進來。他們被抓住了，並帶到了會場中。這下，神盾局變得很被動，納迪爾當眾提出神盾局終究是個犯罪組織。經過塔伯特的交涉，菲爾他們被釋放了。但神盾局接下來，不得不面臨着一場又一場的聽證會。菲爾意識到神盾局內部可能出現了內鬼。生化梅想到了自己，博士可能通過安裝在自己身上的什麼設備，發送了信號，這信號被納迪爾的人接收使用了。生化梅找到博士，博士承認了她只是他設計出來完成任務的，不過，他還是沒告訴她任務是什麼。因為時機一到，程序會自動啓動。他反而説服生化梅繼續接近菲爾，利用菲爾和梅之間的情感。倆人交談的時候，菲爾帶神盾局的人衝了進來，逮捕了博士。因為經過菲茲的苦苦研究和思考，發現艾達的改變並不是讀了黑暗之書，而是博士的編程。看見梅也在這裏，菲爾問她怎麼會來，梅沒有説出真相。菲茲進入關押博士的房間，想要他説出真話。但很快菲茲發現了疑點，這個博士也只是個機器人。透過博士機器人的眼睛，納迪爾和博士知曉了一切。博士不安全了，於是，納迪爾帶他去見她的上司。

薩姆和比利是孿生兄弟，倆人長得一模一樣。菲爾把黑暗戰書放在了比利那兒，因為他有將東西變沒的本事。結果，監察者將比利抓走了，跟比利在一起的薩姆特工急忙將這一消息通知了菲爾。菲爾知道事情又出在基地的內鬼身上。監察者將比利帶進了行駛在大海中的一艘潛水艇上。他們故意將比利和博士關押在一起。博士跟他套近乎，自稱也為神盾局工作被抓，並向比利提起了黑暗戰書。比利並沒有吐露。行刑者走進來，當他要用碎玻璃瓶頸扎進比利眼中時，博士在一旁看不下去了。他解開繩索站了起來，制止了行刑者。他想用不那麼血腥的辦法得知真相。菲茲正在修復博士的生化替身，他將替身額頭被槍擊落的皮膚又粘了回去，對他重新編程。不過，情況並不樂觀，博士替身顯然比艾達更加高級，菲茲失敗了。他不甘放棄，一再地嘗試，博士替身聊天時無意中提到，博士認識菲茲的父親，他們是同學，他講述着他們的往事，這使菲茲深受刺激，儘管西蒙斯在旁邊提醒他説這可能只是博士從檔案當中提取過菲茲父親的資料，以用來使菲茲分手的招數，菲茲情緒還是受到了影響，最後，他拔掉了替身的電源，替身終於閉了嘴，菲茲走出了房間。西蒙斯告訴邁克，菲茲的父親總是打擊幼小的菲茲，總是説他笨，不聰明，而且在菲茲10歲的時候就拋棄了他，不知去向。博士將儀器戴到比利頭上，他想直接從比利的大腦中讀取黑暗戰書藏匿之處。讀取後發現，黑暗之書原來不在比利手上，他們抓錯了人。菲爾和黛西正在詢問薩姆，黑暗之書到底在哪兒。薩姆説也不在他手上，他把它交給了LT。LT是他們特工家族的老大。菲爾聽了，覺得LT有了危險，帶着生化梅和黛西趕去尋找。最後，在一個音樂廳裏，他們找到了。LT是個女人，和一個長得跟比利、薩德一模一樣的兄弟在一起。菲爾將他們請回了神盾局。LT告訴他們，她把黑暗戰書最後給了比利。博士在繼續讀取着比利的記憶，發現他最終將書藏進了神盾局的一間密室裏。他讓艾達把他讀取到的密碼一一記錄下來，然後讓人調轉潛水艇，前往神盾局。菲茲在西蒙斯安慰下，情緒穩定下來並且受到啓發有了新思路。他打開替身的頭顱，發現了他的量子大腦。功能可以跟人腦媲美。在測試過程中，西蒙斯突然想到了曾測試過的梅的大腦，跟博士替身的大腦相同。她吃驚得叫了起來。此刻，生化梅正跟菲爾站在密室門口，等着薩姆取出黑暗戰書。生化梅對菲爾説也許應該一起進密室，並且誘惑菲爾接吻。這時，LT跑過來，説有三個人押着比利要闖進神盾局，薩德這時也帶着黑暗戰書走出了密室，並順手將書交給了生化梅。菲爾讓生化梅將書交給他，生化梅卻突然將槍口對準了他。生化梅聽到菲爾説她不是真正的梅時，有點吃驚。黛西趕來用震波震翻了生化梅。菲爾帶着黑暗戰書，用它交換了比利，乾淨漂亮地幹掉了三個闖入者。這時，另一個手持真正黑暗戰書的薩德經過，翻倒在地的梅打暈了他，搶過了書，這時，博士走了進來，將書拿到了，拋下受傷的生化梅離去。LT和三個長得一模一樣的兄弟，菲爾黛西等人聚在了一起，商量着下一步的措施。第一個艾達、博士替身被焚燒掉了，現在，生化梅還躺在神盾局裏，因為大家覺得找不到梅，這個生化梅跟她還有些關聯。

博士聽説監察者首領俄羅斯人安東看過了黑暗戰書，生氣地將書從他手裏搶了回來。安東不動聲色地看了博士一眼，他現在需要他。他們一起商量了該怎麼用泰瑞根水晶引誘神盾局。西蒙斯檢測後發現，傑弗瑞注射的保持神力的藥物，可能會致他於死命。她直言不諱地告訴了他這個發現。為了保證神盾局的戰鬥力，找回梅特工，傑弗瑞還是希望繼續注射。納迪爾議員因為她的身份，掌握着異人們的情況。現在這些異人都處於危險之中。納迪爾還準備鼓動媒體跟神盾局作對，向公眾曝光神盾局藏匿異人的事。這時，監察者塔克帶着泰瑞根水晶走進了她的辦公室，因為他們懷疑納迪爾血液中攜帶着會變異的成分，她弟弟就曾被感染。結果泰瑞根水晶敲碎後，塔克發生了轉變，接着納迪爾的辦公室發生了爆炸，納迪爾喪生。塔克回到監察者基地，告訴安東納迪爾異化後爆炸而死。安東知道神盾局一定會來抓捕塔克，決定撇下塔克去暫避風險。果然，黛西帶着人很快就把塔克抓回了神盾局。在黛西、傑弗瑞毫無防範地審訊塔克時，西蒙斯和菲茲通過分析爆炸現場，發現了塔克已經變異成炸彈人。他倆急忙衝去通知，傑弗瑞和菲茲趕在塔克施展異能前，無畏地果斷出擊，合力將塔克推出了神盾局的和風一號，使大家逃過一劫。西蒙斯和菲茲都想到了，黛西可以利用她吸收震波的異能，對付塔克。黛西抓緊訓練着。塔克儘管轉化成了異人，但他向安東坦白並保證，他一定會幹掉神盾局，完成安東交給的任務。他將自己當作誘餌，引來了黛西、傑弗瑞和西蒙斯菲茲後，安東帶人出現了。他們的車隊不斷地隆隆開來，黛西在和塔克的對抗中已精疲力盡了，為了掩護菲茲和西蒙斯制伏塔克，傑弗瑞將所有藥物注射進自己體內，再次化身大力神，阻擋住了安東的車隊，為戰友們爭取了機會。西蒙斯菲茲成功地將氣化的塔克收進了研製的儀器。菲爾和邁克找到了一個叫艾格尼絲的女人，艾格尼絲跟博士曾是一對戀人，她現在身患絕症日子已所剩無幾。博士的艾達就是仿造她的樣子製造的。菲爾告訴她這件事時，艾格尼絲決定跟菲爾他們合作找回梅。博士收到了艾格尼絲的信息後，急忙趕去。艾格尼絲本來一直跟菲爾邁克配合着，但聽到博士為了使她避免死亡所進行的努力後，跟博士一同離去。

神盾局特工們為了營救好搭檔梅,在不斷嘗試着辦法。菲茲也構建了個模擬場景,邁克黛西加強着練習,想將梅從博士構建的虛擬場景中營救出來。根據對傑弗瑞局長的定位搜索,菲爾帶着黛西等人找到了阿拉斯加的諾姆,結果趕到後在一處荒廢的空曠房間裏,只看到了傑弗瑞的鎧甲,在房間的整面牆壁上,令人吃驚地貼滿了菲爾的照片和信息。原來這是安東針對菲爾佈下的局。安東去找博士,他正頭戴耳機進入框架中。安東想叫他,被艾達阻止。看到安東的堅持,艾達不情願地喚醒了博士。醒來的博士告訴安東,他已做好了自己該做的部分,硬件已經就位,艾達也會代表他和安東繼續合作。黛西發現了照片牆中有一張安東名下的礦場照片,這張照片喚起了菲爾關於過去的回憶。多年以前,菲爾曾到過這家礦場,梅配合了他的行動,但那時菲爾和梅的相處並不默契,菲爾認為他們之間步調很不一致,但菲爾跟梅還是有些別樣的情愫,倆人還一起扮演成夫妻出過任務。這張照片使菲爾意識到,他們應該趕往俄羅斯了。傑弗瑞試圖逃出被關押的地方,剛打暈了守衞,安東迎面走來,幾拳就把他打昏了,重新被關入牢房。等他醒來,安東和艾達站在他的面前,安東揭穿了傑弗瑞注射藥物獲得異能的真相,並將匕首插入傑弗瑞胸前,傑弗瑞忍着巨痛不肯作聲。他知道菲爾肯定會來找他。果然,菲爾等人已經趕到了。他們接到了安東的電話,菲爾問他傑弗瑞在哪兒,安東説菲爾不會再找到他了。他是正在為他被處死的對外情報局同志復仇。菲爾黛西他們又趕回了神盾局,會同菲茲西蒙斯一起分析情況。菲茲感到氣餒,因為博士建造的框架世界,利用了全世界各地的服務器,難以追查到源頭。而當時艾達的製造他自己也有份參予,在感到了挫敗感的同時,他又感到了深深的內疚。西蒙斯鼓勵他繼續研究下去,找到解決問題的辦法。菲爾明知道安東在不停地給自己下餌,但他堅持找回傑弗瑞和梅。安東還在威脅傑弗瑞,告訴他這是最後的機會,如果傑弗瑞能站出來指證並譴責神盾局,他就會放過他。傑弗瑞相信神盾局的正確性,他認為安東雖然聲稱為人類而戰,但事實上已喪失了人性。安東放人進來羣毆傑弗瑞。艾達在窗外看着這一切,她不能理解安東的行為模式,大腦中判定出安東迥異於大多數人類。菲爾再次帶着神盾局的特工們來找傑弗瑞和梅。很快,菲爾和安東面對面了。安東直指菲爾是外星人和異人的中心,因為他發現這一切特異現象的背後,都有菲爾。安東認為當年他的對外情報局隊員就是因為菲爾而死的。一直在追蹤監察者的黛西這時也走了進來,現在,她總算直面監察者的頭號人物了。原本在黛西異能前不堪一擊的安東,使用了暗器,黛西肩部受傷,最後才制伏安東。菲茲在通訊室尋找着設備方面的線索。西蒙斯帶人去對付艾達,菲茲不能不擔心,但使命所在,菲茲和西蒙斯還是很快投入到了各自的任務中。邁克找到了關押傑弗瑞的牢房,他打傷了那些正羣毆傑弗瑞的人。菲爾也趕來相助,成功地解救了傑弗瑞。但艾達開動潛艇跑掉了,大家知道梅肯定在那上面,只好先暫時先返回神盾局。細心的西蒙斯仔細回想,感覺到這次任務中有什麼地方不對,緊接着又發現神盾局機器人替身的檢測系統被關閉了,而關閉的人居然是菲爾。西蒙斯告訴了菲茲,倆人同時意識到,真正的菲爾很可能已經被替換了。重新開啓了檢測系統後,西蒙斯和菲茲發現,同時返回的四個戰友已經全部成了機器人替身。他們是菲爾、黛西、邁克和傑弗瑞。

看到這些生化機器人以戰友們的面目在身旁走來走去，西蒙斯緊緊拉着菲茲的手，十分緊張。她擔心着這些生化人會將他和菲茲殺死或者隔離，菲茲安慰她使她鎮靜下來，他們必須裝作若無其事，因為他們現在唯一的優勢是發現了真相，這些生化人還沒意識到被他們發現了。這時，生化人菲爾、邁克、黛西、傑弗瑞走了進來，菲爾要菲茲召集全球異人，菲茲假意同意了，傑弗瑞想拆開西蒙斯和菲茲，菲茲找藉口拒絕了他。傑弗瑞和菲爾商量着要趕緊下手，幹掉並用生化人替換掉西蒙斯和菲茲，菲爾説先謹慎行事。悠悠球是神盾局最有價值的異人之一。生化異人邁克先跟她取得聯繫，引她上鈎。生化菲爾去找到生化梅，當梅發現了菲爾不是原來那個，表現得很抗拒。她跟生化菲爾的設計程序不同，她原來一直以為自己就是梅，很久後才發現自己不是，這種自我否定讓她難受。生化菲爾是一開始就明白他是什麼。他欣賞並嚮往博士創造的框架，認為那是個新世界，沒有傷痛和遺憾的新世界。他説服梅接受這個框架，在這個框架裏，他可以和生化梅在一起。西蒙斯和菲茲一起來到工作室，可是西蒙斯突然發現儀器檢測他倆之中有生化人，西蒙斯大驚失色，迅速掏出槍指住了菲茲，她讓菲茲豁腕證明，菲茲割腕後流出了大量鮮血，看到血西蒙斯覺得菲茲不是生化人，急忙奔過去幫他，結果菲茲反手將刀刺進了她的小腿。原來這個菲茲也是生化人。博士醒來後，艾達告訴他，四個生化人已在神盾局就位，很快她也要用生化人替換掉西蒙斯和黛西了。生化菲茲正在掃描西蒙斯的大腦額葉時，西蒙斯清醒過來，她掙扎着去拿了大錘，砸傷了菲茲，並用匕首扎死了生化菲茲。黛西進入樓下的隔離室時，發現了滿屋裏都是跟自己一模一樣的黛西模型，她馬上明白髮生了什麼。等生化邁克起來時，黛西急忙裝成模型，一動不動地站在裏面。邁克提着槍一一察看，趁其不備，黛西襲擊了他並跑出了模型屋。黛西躲到暗處，打開平板查看，發現了菲爾、傑弗瑞和邁克都是生化人，生化人菲茲躺在地上。這時，黛西發現西蒙斯也躲在這個房間，她們彼此成為了依靠，緊緊擁抱在一起。艾達觀察人類越多，越感覺自己的思維出現了悖論。她被博士設定的兩個主參數發生了矛盾。一個主參數是保護框架，另一個是保護博士，但她現在認為，博士是框架最大的威脅。因為他讓她為每個進入框架的人彌補一個遺憾，這説明博士自控力很差，她認為博士如果有一天後悔創造了框架，就會修改參數拆毀框架。博士説這不可能，因為他堅信框架是真實的，可以替代原來充滿遺憾的所謂真實人生。艾達聽了他的話露出了笑容，説這個解釋解決了悖論。她割破了博士的手腕，將他也置於框架之中，博士掙扎了兩下就昏迷了過去，和梅、菲爾等原來被他們控制的那些人一模一樣。菲爾和傑弗瑞將神盾局特工們全部召集起來，向他們宣佈，西蒙斯和黛西被綁架並替換成了生化人。他們下令要殺死倆人。這點黛西和西蒙斯想到了，她們商量着下一步該怎麼做。聽西蒙斯説框架的源信號無法查找，黛西説那我們必須黑進去，接入框架，然後找到我們自己人喚醒他們。黛西用催眠氣體弄暈了所有特工，只剩下傑弗瑞等四個生化人了。黛西好容易才戰勝了生化傑弗瑞，卻被隨後趕來的邁克和菲爾射中。趁他們以為勝券在握時，黛西積聚起所有力量，一擊而中，倆人同時被震碎，他們的身體碎片落地後，清醒了的其它特工們才明白了西蒙斯和黛西才是沒被替換掉的人。黛西和西蒙斯安排大家搶救同事，並準備啓動和風。她們推着硬件準備離開，一開門卻發現生化梅正堵在前面，手握着巨型炸彈的開關。黛西和西蒙斯説服了這個比其它生化人更像梅的生化梅，她放走了她倆。已修好的生化菲茲又將生化菲爾修復好，生化菲爾準備啓動隔離室裏的黛西戰隊。他趕到生化梅呆的地方，發現她放走了黛西和西蒙斯。梅告訴菲爾，她被設計的程序是拿回《黑暗戰書》，慾望是接近菲爾保護菲爾，而面前的這個菲爾不是真的。聽聞此言，菲爾迅疾地掏槍指向梅，梅按下了炸彈的開關，熊熊的火焰吞沒了他們。火焰席捲而來之前，西蒙斯黛西和特工們乘坐的和風一號起飛離開了。劫後餘生的她們將手緊緊握在一起。她們把下一步的計劃告訴了特工們，悠悠球不安地聽着，不停地走來走去。特工們意識到，如果倆人在框架裏待得太久，她們的身體會衰竭。事實上情況更嚴重，如果倆人在框架中死了，那麼在現實中也就真的死了。但顧不上那麼多了，黛西告訴大家要立即行動。倆人被接入了框架之中。生化黛西醒來，發現收到了一條短信，讓她叫醒林肯，因為神盾局在召集他們。這一直是真正的黛西內心最大的遺憾，現在在框架世界裏，這遺憾正在被彌補。生化黛西走進卧室，牀上躺着的是她的林肯。從未失去的安然無恙的林肯。她的眼中馬上露出了充盈着幸福感的目光。在框架之中，菲爾邁克都是普通平凡的人，過着安寧幸福沒有遺憾的平常時光。

黛西走進了牀邊，卻發現牀上的林肯突然間又變成了沃德。黛西告訴他上司發來了短信召集，卻發現她説的上司和沃德説的完全不是一回事。他們不是神盾局特工，而是九頭蛇特工。他們一起來到了總部。黛西藉口要查看郵件，暫時擺脱沃德，進入公司電腦查詢。電腦顯示林肯已經死亡，西蒙斯等200多位神盾局特工均已感染死亡。黛西不敢相信地低叫出聲，這時，梅出現在她身後。她告訴黛西要去參加公司的簡報會議，黛西告訴梅，自己進入框架中就是來找她的。梅卻完全不為所動。西蒙斯從一處泥沼中爬了出來，她發現了自己胸前的槍口，意識到自己被殺了。回身再看，身下還有一具屍體，看情景，神盾局已成死亡廢墟。這個框架世界構造的如此真實，西蒙斯忍不住喟嘆。以她科學家的頭腦，她知道要達到這樣的效果，需要無數的計算層次。她搭上了一個路過女性的便車，想找到黛西會合。車在前方不遠處停了下來，原來前方正在進行異人檢查，這個框架世界裏不但由九頭蛇主宰着，異人們在沒變異之前就受到抓捕。神盾局也是被打擊對象。檢查很嚴格，西蒙斯沒有身份證，只有一張神盾局的工作證，她只好先下了車躲藏。西蒙斯進入一家小酒吧，可沒過多久，就被九頭蛇的人發現抓住。被帶上車的時候，西蒙斯趁其不備襲擊並開槍打死了他們，奪車而逃。梅在九頭蛇組織中是個領導，她派黛西和沃德去審訊一名異人犯人。黛西在跟她單獨接觸時，很想喚回她的真實記憶，但沒起到什麼用。很快，黛西又見到了菲茲，他成了九頭蛇內部的一名博士，級別比梅還高。菲爾作為一名普通教師正在給學生們授課，而且，他正在向學生們宣揚九頭蛇的偉大。這時，九頭蛇的人進來，帶走了一名疑似可能轉化成異人的學生。菲爾對此非常配合。西蒙斯一直找不到黛西，她查到菲爾也在這個框架中，於是前去找他。不料，菲爾竟完全對她沒記憶。西蒙斯提醒菲爾他的記憶被篡改了，現在他被植入了虛假記憶。他曾是神盾局局長，帶領神盾局消滅了九頭蛇。她是他神盾局的下屬特工，為了喚醒他，西蒙斯還掏出了神盾局工作證。但菲爾卻以為這是場測試，還擔心西蒙斯這樣做會害死他。他攆走了西蒙斯，甚至向九頭蛇組織舉報西蒙斯。梅拿着舉報西蒙斯的文件找到菲茲彙報。黛西在旁邊聽到了，急忙趕去尋找。菲茲則讓特工們出動去抓捕西蒙斯。黛西總算先找到了西蒙斯，倆人正設法逃走時，沃德從暗處現身用槍對誰了她們。但轉而沃德射中的卻是她們身後的追兵，原來，沃德早知道黛西是異人，他為了幫助黛西，加入了抵抗組織成為雙面間諜。在沃德的幫助下，黛西和西蒙斯成功逃脱。倆人討論着這個虛擬框架世界裏發生的所有不可思議的事情，故人們全都變成了完全不認識的人，她們商量着先返回現實世界，帶上支援再來。可是，西蒙斯發現她們返回的儀器完全沒反應，黛西猜到肯定是有人修改了她們的撤退口令密碼。她們倆了被框架世界給困住了。九頭蛇總部，菲茲不相信特工們居然抓不住一個姑娘，梅告訴了他九頭蛇有內鬼的事。菲茲回到卧室，他的夫人成了艾達。艾達正在查看西蒙斯的資料，看到菲茲進來，切換了畫面。菲茲想看下，艾達沒有答應，而是上前給了他一個吻。

菲爾下班後，打開車門坐進了自己的車裏，他正要啓動汽車，後座上的黛西跟他打招呼。菲爾被嚇了一跳，他堅持説不認識她，並猜測她跟西蒙斯是一夥的。黛西努力想讓菲爾想起她來，菲爾頭疼起來，但他還是認為他根本不認識黛西。黛西是一直把菲爾當作親人一樣的人，一遇到困難她就忍不住來找他。她一再呼喚着菲爾，最後，菲爾總算是有了感應，想起了她的名字，並且相信了黛西告訴他的他們只是身處框架世界的事。黛爾的電話響了，是沃德打來的，提醒九頭蛇的人正在出動抓捕老師菲爾。黛爾跟菲爾緊急離開找到了西蒙斯。黛爾説是沃德第二次救了他們。但西蒙斯對沃德心存疑慮。她覺得應該對他保存警惕。畢竟在現實世界裏，沃德是個最善於背叛親近人的人。她認為既然黛爾能讓菲爾回憶起真實世界，她應該也能喚回菲茲。黛爾得知建造框架結構的教授也在框架之中時，馬上想到他一定了解框架，知道怎麼把大家帶出去。於是黛爾讓西蒙斯和菲爾先去找沃德説的抵抗組織的人，她則不顧被抓捕的危險，重新潛回九頭蛇裏。她找到了教授的基本情況，和沃德正要脱身時，梅出現要帶走黛西。黛西急忙將小紙條校給沃德。邁克正在修復無人機，這時一架無人直升機徘徊在他面前。得知這架無人直升機是用九頭蛇墜毀的機器原型修復的，邁克叮囑女兒，不要招惹九頭蛇，不要動他們任何東西。他説服了女兒，要帶女兒乘坐公交將無人機還回去。可是，他們很快就被盯上了。梅帶着人趕去抓捕邁克和他的女兒，並且利用邁克證實了黛西是神盾局特工。梅抓捕了黛西。按沃德紙條的提示，西蒙斯和菲爾被帶到了神盾局，局長居然是傑弗瑞。沃德不久後趕到，他將黛西找到的地址交給了西蒙斯。西蒙斯和菲爾、沃德一起趕去找教授。找到教授後，教授告訴他們他已被艾達害死了，現在他只存活在框架裏，他們還發現了艾格妮絲也在。西蒙斯想問出更多內容，這時，艾達帶人來了，他們只好先躲了起來。艾達讓菲茲搜索，菲茲找到了艾格妮絲，並按照艾達的要求擊斃了艾格妮絲。這絕不是真實世界裏的菲茲能做出來的，看到這一幕的西蒙斯忍不住大叫着想阻止菲茲。菲茲看到她的臉呆住了。因為剛剛教授告訴他，在真實世界裏，他和西蒙斯是一對情比金堅的愛侶。受不了良心折磨的邁克，主動找到了神盾局，告訴他們九頭蛇利用他抓到了黛西的事，並自己要求加入神盾局。

菲爾和傑弗瑞劫持了運囚車，卻沒有找到他們要營救的人。傑弗瑞向菲爾打聽西蒙斯的情況，他總覺得西蒙斯有事瞞着他。後來，他和沃德一起詢問了西蒙斯，西蒙斯告訴了他們這個世界的真相，但顯然他們倆個都無法接受和相信。此刻，菲茲正在審訊剛剛受了刑的黛西。他詢問愛國者的下落想抓住他們，黛西告訴他西蒙斯不是顛覆者，她是菲茲在真實世界裏的愛人。菲茲聽了不為所動，反而給了黛西一耳光。梅也向艾達表達了要消滅愛國者，捍衞九頭蛇的決心。儘管倍受折磨，黛西也不肯屈服。這時，艾達走進了她的牢房，她告訴黛西，她構建的這個框架世界是美好的，比如她可以給黛西一樣需要的，比如林肯。聽到林肯的名字，黛西動心了。但很快她還是恢復了清醒。邁克將截獲的運囚車進行了重新改造。沃德從九頭蛇數據庫裏給菲爾弄了個新身份和證件，他要假扮司機，利用囚車進入九頭蛇基地的教化中心裏營救黛西。黛西聽到隔壁牢房裏關押的是博士，於是跟失去艾格妮絲後痛苦的博士聊了起來。她不同情博士，因為這個地獄世界就是博士造出來的，他完全是咎由自取。她問博士他建造的這個世界的後門在哪兒，博士告訴了黛西。菲茲的煩惱被他的父親看出來了，父子倆一起去喝茶。菲爾和傑弗瑞他們成功地混入了基地，釋放了被囚禁的人，還拿到了菲茲秘密研究項目的圖紙，正準備撤離，菲爾發現了個被九頭蛇逮捕的他曾經教過的學生，於是前去營救。而這時，他們的行動已經暴露，九頭蛇正派了服過增強劑的梅前來對付他們。得知情況後，沃德和西蒙斯趕去支援菲爾和傑弗瑞。梅敗給了傑弗瑞，但傑弗瑞放過了她。梅感覺他的作為似乎跟恐怖分子有點不同。接着梅按照菲茲的命令炸燬大樓。大樓塌了，學生們壓在了裏面。傑弗瑞為了救被壓住的學生，用自己的身體護住了他，撐住了那塊巨大的樓板。看着這一幕的梅深受觸動。真實世界裏，艾達巡視着那些被她放到框架中正深眠着的人，菲爾、菲茲、邁克、梅、傑弗瑞，這時，她看到傑弗瑞的生命體徵出現了變化，顯示掛機無生命特徵。框架世界裏傑弗瑞的犧牲也影響和改變了真實世界。

在框架世界裏，所有打擊恐怖分子的行動中，梅本來一直是那個最勇敢最堅決的九頭蛇戰士。但經過了和傑弗瑞的幾次交道，梅發現了所謂恐怖分子身上具有的善良和自我犧牲，梅受到了觸動，對九頭蛇發生了質疑。梅進入到黛西的牢房，在確認了黛西在真實世界裏是個異人之後，她拿出了一根泰瑞根，擲到地上，在框架世界裏使黛西再次具有了異能。梅帶着黛西出逃時，九頭蛇的人發現幷包圍上來，倆人在射殺了不少敵人正要離開時，艾達帶人攔住了她們。黛西用異能將艾達推出大樓，摔壞在高樓下的地面上。艾達在現實中醒來，框架世界中她第一次遭受到的失敗使她感到不安。安東知道後想開槍殺掉梅。但他是艾達重新再造的機器人，跟艾達被博士建造時一樣，建造之初就被設定好了參數，這個參數就是要保護這些正在實驗室裏昏睡的神盾局特工們。他們都想突破這個參數。艾達説還是有辦法的，因為博士當初建造的時候，還設定了一個指令，如果誰威脅到了框架就可以殺掉。現在，已經有兩名特工，黛西和西蒙斯都屬於此類，她們黑進了框架，帶着完整的記憶。艾達命令安東找到她們然後除掉。框架世界中，傑弗瑞已經犧牲。愛國者羣龍無首了。艾達摔壞了脊椎還在昏迷。菲茲成為新的九頭蛇首領，並要下屬在電視媒體上發佈了通緝梅和黛西的信息。艾達醒來後，要菲茲儘快完成鏡子項目，因為這個項目一旦完成，就可以製造活體物質，現實世界的艾達將不再是機器人，而可以變成活生生的人類了。菲茲的父親讓菲茲聽艾達的，他帶人去除掉黛西她們。西蒙斯通過他們從教化中心帶回的圖片，意識到了艾達的真實意圖。她知道，如果不趕快阻止，就會有災難發生。西蒙斯帶着崔普趕去。菲茲終於完成了設計。他告訴了艾達這個消息。為了找到黛西西蒙斯和剩下的愛國者們，菲茲想設法撬開博士的嘴。菲爾帶着黛西他們趕到了還在造謠的電視媒體，綁架了主持人。然後菲爾在電視中做了主播，揭露了真相，並播出了那段九頭蛇用卑鄙手段消滅愛國者和那些無辜孩子的視頻。真相喚醒了大眾，菲爾也勇敢地在電視中亮明瞭自己神盾局特工的身份。

留給黛西和西蒙斯的時間不多了，由於她們倆身體所在的飛機能源即將耗盡，為了節約能源，關掉了唯一保護着這架飛機的隱形功能。西蒙斯告訴黛西，艾達正在建造真實的肉身，這樣她就能擁有自由意志，將他們所有人全部殺死。這真是讓人沮喪，幸好黛西告訴了西蒙斯一個好消息，她已從博士口中知道了離開框架世界的後門，只需要將所有人帶到那兒。有點問題的是邁克和梅還沒恢復他們在真實世界的全部意識，他們不知道真相。還有菲茲，他現在是九頭蛇的首領。西蒙斯從梅那兒得知了菲茲的父親每天和他形影不離，意識到艾達正是利用菲茲的父親改變和控制了這個框架世界中的菲茲。於是西蒙斯找到菲茲的父親，用槍指着他讓他打電話給菲茲，想單獨跟菲茲談談。結果他打電話讓菲茲來抓逃犯，並緊緊扼住了西蒙斯的喉嚨。搏鬥中，西蒙斯的槍打中了菲茲父親，電話那頭的菲茲聽到了，急忙帶人趕回，一心要為父報仇殺掉西蒙斯。艾達得知菲茲父親死亡的消息，心知不妙，急忙派人通知菲茲中止行動。但菲茲沒有聽，仍然想抓到西蒙斯。艾達於是啓動了菲茲建造的機器，急於得到真實肉身，好除掉所有對手。現實世界的和風號電量即將耗盡，這時又發現有了敵情。黛西他們來到了後門，菲茲也緊追着他們來了。後門被艾達修改，藏在一片火熱的爐火後，黛西用異能震開了爐火，菲爾正要穿過時，被九頭蛇的人射傷倒地。梅扶起了菲爾，菲爾縱身一躍，在真實世界裏醒來。在他的帶領下，梅也跳了。倆人在真實世界裏醒來，菲爾找了把刀走到艾達這個可惡的生化機器人身邊。此時，艾達的真實肉身正在建造中，即將完成。黛西讓西蒙斯趕快跳時，菲茲追來了，拿槍對準了西蒙斯，打中了她的膝蓋，又用槍對準了她的頭。關鍵時刻，博士開槍打中了菲茲，並將他推到了後門入口。這就是博士懺悔自己建造了框架世界的方式。西蒙斯也在飛機上醒來了。可是這時飛機突然一震，安東的人打中了飛機，機身開始燃燒。框架世界現在剩下邁克和黛西了。聽黛西説女兒霍普在真實世界裏死了，邁克不肯離開框架世界。黛西只好先離開了。菲茲醒來後，發現自己在框架世界裏做下的事，心智開始混亂。菲爾安慰着他，這時，梅聽到外面一聲異響。獲得真實肉身的艾達出現了。她摟着菲茲一下消失了。

艾達帶着菲茲現身在一處海灘。她感覺着海水衝過腳面，想到以前自己是機器人時只能模擬這種感受，高興極了。菲茲在旁邊卻快要吐了。他知道在框架世界時，是艾達操縱了自己。艾達卻撒謊説她也是身不由已，被博士控制。她現在有了自由意志，可以自己選擇人生了。她所做的第一個選擇就是要菲茲，説完後，她又帶着菲茲瞬間憑空消失。西蒙斯黛西和悠悠球共同解決了面臨的危險後，悠悠球責備黛西為什麼不帶回邁克，黛西無奈只好告訴她，邁克不想離開霍普。飛機已經沒電沒油了，可是無法降落。因為塔伯克正在電視媒體上宣佈神盾局成員殺害了傑弗瑞局長，他們這些人已成為現實世界的在逃份子。安東生化人來了，要殺掉神盾局特工。菲爾和梅為了保護還沒從框架世界歸來的邁克，並肩戰鬥。梅為了獲得力量，還注射了腎上腺素。倆人好容易才打敗了安東。但菲爾意識到，他們所處的地方有被海水淹沒的危險。果然，真正的安東正在下令這樣做。梅注射的藥力過去後，虛弱無力，菲爾正攙扶着她海水突然灌進了船艙。菲爾急忙將梅扶到高處，返回救下邁克。艾達成了一個真正的人類。她有了同情心同理心，有了感受。菲茲極力勸説她，去救下那些被她置於危險中的神盾局特工。艾達先擔心自己的安全，怕梅會殺掉自己。但最終還是被菲茲説服了。艾達出現在安東面前，下令他停止殺害神盾局特工。但安東不聽，艾達掐住了他的喉嚨，安東卻告訴她，只管毀掉這具身體，他造出的無數安東正在各處殺戮。這時，廣播裏傳來了魚雷即將發射的提示。油井燃燒起來，菲爾剛扶着梅走出船艙，正碰上悠悠球和西蒙斯她們前來接應。返身要回去救邁克時，火龍已燒紅了通道。必須要進入隔離艙升空才能安全，可悠悠球不肯離去，她不想丟下邁克。水已淹沒到邁克的胸前，他還在昏迷着，他的身體還通過儀器和框架世界連接着。水已經淹沒到他的頭部了。這時，艾達將他和菲茲一起帶出了危險區，出現在隔離艙內。隔離艙升空，油井塔台爆炸了。為了阻止安東他們的繼續追捕，艾達做了這一切。艾達體會着救人的狂喜，這時，麻醉槍響了，她倒了下去。菲茲扭頭一看，是西蒙斯開的槍，接着，西蒙斯又對他開了一槍。原來，敵友不明，為了防止艾達的瞬移能力，要把他們倆先密閉隔離。密閉艙裏，艾達和菲爾甦醒後，交流着感受。他們都擔心得不到原諒。尤其菲茲，覺得框架世界中的那個自己也不該被原諒，想到自己還對一直愛着自己的西蒙斯開槍，菲茲哭了，而且他也覺得自己心裏裝不了兩個人，框架世界裏愛着艾達的那個自己也是真實的。西蒙斯偷偷聽着他們的談話，也一次次落下眼淚。當艾達聽到菲茲説他仍然愛西蒙斯時，突然崩潰瘋狂了。她獲得真身，就是為了有血有肉地愛菲茲。她怒吼着，情況不妙，西蒙斯急忙要和同事們救出菲茲，這時，塔伯克卻帶着人衝進來，用衝鋒槍對準了神盾局特工們。密閉艙裏，艾達正要帶着菲茲瞬移，卻發現失敗了。菲茲急忙躲入裏面的小間裏，用門將自己和艾達隔離開。這時，同事們將他帶出了密閉艙。大家正在慶幸密閉艙發揮了作用，菲茲清楚，艾達還有其它更強大的異能，密閉艙只能困她一時。果然，艾達出了密閉艙，她無所不在。菲爾正試圖向塔伯特解釋清楚究竟發生了什麼，塔伯特知道情況危險，先隨着神盾局特工們撤退了。為了大家順利離去，菲爾沒走。西蒙斯理解他此刻的心情和犧牲。她知道了菲茲的真正心意，他們倆人還是一對愛侶。她摟住了菲茲的肩膀，菲茲哭着不肯扭頭。悠悠球為了與邁克同在，將自己也接入了框架世界中。艾達又找到了她現在唯一同類安東。安東告訴她，黑暗戰書還可以來建造世界，他可以重新建造一個跟框架世界一樣的真實世界，讓異人們重新被追捕。艾達説她要的不是讓那些人死亡，而是讓那些人受苦。説完，她發泄般撲上去跟安東親吻，並將他的腦袋一次次往地板的碎玻璃渣上撞擊。這時，旁邊突然傳來一個聲音問，這樣是不是好多了。艾達抬頭一看，另一個安東正倚着門框邪笑着説。塔伯特的搜尋隊剛撤退，惡靈騎士從時光隧道里面走入了現實世界。

悠悠球剛進入框架世界，卻發現框架世界正在變化發生異常。原來，是憤怒的艾達想毀滅掉這個她創造的世界，菲茲估計這個毀滅時間大概是12到20小時左右。不過，由於艾達對於神盾局的仇恨，使她決定先完成報復。這時，惡靈騎士羅比來了，他消滅了艾達製造出來的幾個機器人，火鞭正要掄向艾達，艾達消失了。艾達的手臂被羅比的火鞭灼傷無法痊癒。安東告訴她，因為羅比和艾達一樣，誕生於創造了他倆的同一片黑暗領域。羅比告訴黛西，附身於他體內的惡靈騎士，會被黑暗物質吸引，感覺得到黑暗物質的存在。當艾達被創造出來時，黑暗世界曾裂開了一道縫隙。現在，惡靈騎士想要將艾達重新逐回黑暗之中。悠悠球在博士帶領下，找到了邁克。但框架世界的邁克並不認識她。在塔伯特組織的為神盾局辯護的會議上，艾達派出了她的生化人安東，帶着黑暗戰書，為神盾局設下了陷阱，陷害黛西神盾局。幸虧大家及時趕到，羅比的出現，使艾達快速逃走了，留下了黑暗戰書。框架世界中，悠悠球的深情訴説，總算使邁克意識到了，她是他真實世界裏的愛人。框架世界裏的一切正在消逝。邁克本來正帶着一車人，逃離九頭蛇的控制，可是，這車人突然全部不見了，只留下他和悠悠球，博士、女兒霍普。博士意識到可能菲茲正在現實世界設法延長他們的存在時間。博士勸説悠悠球儘快離開，因為邁克明知道事情真相，可為了跟事實上已經死去的女兒在一起，他已決意放棄現實世界中的生。悠悠球見狀，決定跟他一同呆在這個框架世界裏赴死。框架世界繼續消失。霍普突然也消失了。邁克發現自己懷裏變得空空，女兒不見了。悠悠球伸手拉住了他。在最後的關頭，他們倆回到了真實世界。艾達出現在神盾局，為了奪取黑暗戰書，這個神盾局唯一能打敗她的東西。羅比體內的惡靈騎士現在附身於菲爾體內，艾達不知道，氣勢洶洶要除掉菲爾，反而被菲爾緊緊抓住，燃燒着化為灰燼。菲爾將黑暗戰書交給了羅比，羅比帶着它回到了黑暗世界。神盾局的特工們總算在現實世界裏又聚齊了。菲茲還在懺悔着自己在框架世界裏的所作所為。黛西以自己的經歷安慰他，説服他留下跟大家共進退，他們所有這些人，是一個不可分割的整體，一個團隊。大家歡樂地一起聚餐，很久沒有這樣了，正融洽地説笑談天，酒吧突然斷電，有人持槍對準了他們。特工們全都配合地舉起了雙手。(第4季全季終)

科爾森等人還在餐廳裏用餐，一隊士兵用時間靜止技術把特工們定住後捉走。待科爾森與幾位同伴恢復過來，出現在他們眼前便是一塊白色巨石。這塊巨石瞬間融化，把他們傳送到一艘老舊的飛船上。但傳送並不順利，科爾森等人分散在這艘飛船的各個部位中。科爾森落地，發現周圍物品因時間靜止而浮在空中，而飛船房間的舷窗破了個大洞。過了幾秒後，時間開始恢復正常，因內外壓差緣故，飛船內的物品開始被吸出窗外，科爾森急忙拉住欄杆才沒被吸走。房間內的兩位陌生人啓動緊急裝置，把窗口上的洞堵住，一切才恢復原樣。這兩位陌生人看見科爾森意外地非常高興，其中一位紅衣陌生人不斷叨唸着科爾森是救世主，另一位卻不斷吵着要逃跑，而一臉迷茫的科爾森根本不知道發生了什麼。好景不長，一位陌生人在開門途中被神秘生物捉走，科爾森與紅衣陌生人急忙把門堵上。紅衣陌生人解釋剛剛的神秘生物是維羅尼辛，外號蟑螂，幾年前突襲了這部飛船，而他們所在的這一層一直被封鎖。紅衣陌生人介紹自己名叫維吉爾，是神盾局的大粉絲，一直等着科爾森來拯救世界。但摸不着頭腦的科爾森剛想了解更多這艘飛船的情況時，特工邁克從飛船別的地方趕來，誤以為維吉爾是威脅科爾森的敵人，一拳把維吉爾打暈。埃琳娜此時也被傳送至飛船的某處，剛落地的埃琳娜經過一番轉折後與西蒙斯相遇。眼尖的西蒙斯發現周圍倒地的屍體體內並沒有任何液體，像是被吸乾一樣。而邁克和科爾森此時也找到了埃琳娜與西蒙斯，四人終於相遇。與此同時，梅被傳送到飛船更偏遠的部位，且在傳送過程中與鋼管重合，導致一根鋼管直接貫穿梅的大腿。梅咬緊牙關把鋼管取出後，發現門外有異響，梅急忙躲起來。躲在暗處的梅發現有一位神秘人在收集地上屍體手臂上的物品，待神秘人走後，誤以為安全的梅走出暗處，卻被這位神秘人埋伏，兩人廝打起來。但神秘人用磁力裝置把梅擒獲，在梅的右手強行裝上名為生物表的裝置。科爾森四人與維吉爾正準備進一步交談時，維吉爾卻被意外出現的蟑螂殺死，手無寸鐵的四位特工只得逃忙，在彈盡糧絕之時，黛西出現並用超能力殺死蟑螂。在探索飛船過程中，科爾森在某房間內發現了梅的衣服，還在電腦上發現這艘飛船是用來採集太空中的水資源，且離地球不遠，這就意味着只需找到工作用的拖曳船，飛過外面的隕石區後，即可向地球發送求救信號。但就在進一步討論時，藍臉克里人出現，把五人全部帶走。科爾森、黛西與西蒙斯被關在牢房裏，三人正討論熱烈時，梅與神秘人出現，神秘人成功説服看守的克里人，把眾人帶離牢房。神秘人自稱迪克，雖然拯救了科爾森等人，但不願參與到特工的逃亡計劃中。迪克正想離開時，梅趁機用磁力裝置留下迪克。科爾森決定留在這裏審問迪克，黛西去援救邁克與埃琳娜，而西蒙斯與梅則去尋找拖曳船向地球求救。被困在冰庫內的邁克與埃琳娜正遭到克里人折磨，及時趕到的黛西成功救下兩人。黛西準備用電腦聯絡他人，卻發現這艘飛船的地理座標非常不對勁。而在迪克與科爾森交談時，迪克發現科爾森的經歷根本不屬於這個時代，科爾森意識到自己並不止穿越空間，還穿越到了未來。尋找飛船的西蒙斯與梅尋找拖曳船途中發現這艘飛船不是人類的前哨站，而是克里人的入侵集結站。兩人登上拖曳船，繞開外面的隕石區後，驚訝地發現太空中飄着各種殘骸，而地球像被咬過的蘋果般支離破碎，只剩三分之一漂浮在太空中。

梅與西蒙斯目睹地球的慘狀後，在返航途中，飛船系統不幸在碎石區死機，眼看就要撞上漂浮在太空的巨石，機智的西蒙斯把飛船系統重啓，成功躲過一劫。從飛船下來的兩人重新與大部隊集合，神盾局的特工們都明白目前的處境對自己十分不利，但也沒任何辦法回到過去。迪克正想讓特工們裝上名為生物表的裝置時，迪克的夥伴泰絲出現，迪克要求泰絲協助特工們融入這裏的環境。在科爾森證實了自己的確來自過去的神盾局後，泰絲不僅沒有拒絕迪克的要求，反而堅信特工們可以拯救地球。迪克來到冷庫尋找邁克，埃琳娜和黛西，迪克看到兩位倒地身亡的克里人後大發脾氣，但事已至此，迪克只能協助他們把兩位死去的克里人抬到滿是怪物的樓層，試圖讓怪物把屍體吃掉，掩蓋真相。而泰絲把科爾森等人帶到飛船的生活區，泰絲向科爾森介紹，在地球毀滅後，克里人就突然出現並開始統治人類，從此之後人類一直處於低等地位且無法反抗，而部分老者曾預言會有神盾局特工來拯救他們，但這些老者都被克里人除掉，只有維吉爾還在一直堅信神盾局特工會來拯救地球。因此科爾森希望去維吉爾的住所尋找線索，而西蒙斯與梅則留在原地視察情況。一位神秘的女性克里人來到生活區，伴隨的還有一位穿着整齊的人類侍從。在分配食物時，兩位難民起了爭執，其中一位錯手把侍從刺傷，善良的西蒙斯見狀，不顧周圍難民的目光，徑直上前幫侍從療傷。女性克里人隔空控制手中的兩顆鐵球，把刺傷侍從的難民殺死後，把西蒙斯帶走，想反抗的梅卻被西蒙斯阻止。來到飛船高層的西蒙斯遇到頭領卡塞亞斯，而西蒙斯試圖隱瞞自己真實身份，但卡塞亞斯還是發現了西蒙斯並不是本地人。那位被刺傷的侍從雖已經恢復，卡塞亞斯卻發現侍從額頭上有一道明顯的傷疤，追求完美的卡塞亞斯只能把侍從殺掉，並把西蒙斯任命為新的侍從。而卡塞亞斯把一種神秘物體放進西蒙斯的耳朵內，西蒙斯瞬間失聰，寂靜之中也只能聽見卡塞亞斯的聲音。泰絲與科爾森雖在半路遇到工頭吉爾的騷擾，但還是成功來到維吉爾的住所，在隱蔽的地方找到一本筆記。隨後，在生活區與迪克等人集合，迪克責罵泰絲沒有管好特工們，但泰絲依然相信科爾森可以拯救地球。在迪克與泰絲爭吵期間，黛西決定跟蹤迪克，找出迪克在隱瞞什麼。埃琳娜成功偷到克里人的平板準備搜刮信息，無奈克里人突擊檢查生物表，沒有生物表的特工們只好尋求工頭吉爾的幫助。吉爾要特工們為他工作，以勞力換取生物表，走投無路的科爾森只能答應。但不幸的是，克里人開始執行“更新”計劃，工作未達標的人類必須殺死其他人類來抵償，其中一位難民因被工頭吉爾拖欠工資而工作未達標，懷恨在心，準備去殺死吉爾。而安裝完生物表的特工們卻被吉爾定在牆上，充當吉爾的替死鬼，前來尋仇的難民正準備殺死無處可逃的三位特工時，泰絲及時把難民殺死，救下眾人。黛西跟蹤迪克來到一處非常隱蔽的場所，但就在黛西調查時，因離心靈發射器太近，不小心進入迪克創建的虛擬世界當中。這個虛擬世界是迪克收集了有關地球的歷史資料後創建的，因為可以讓難民暫時逃離飛船上艱辛的生活，克里人也允許這個虛擬世界的存在。就在黛西與迪克爭論時，虛擬世界內的一台電視正播出黛西以往的英雄偉績，迪克瞬間明白，眼前這位黛西正是震波女，而迪克向黛西坦白正是震波女的超能力把地球弄成四分五裂。

科爾森、埃琳娜和邁克仍然在為工頭吉爾工作，埃琳娜對這勞累又骯髒的環境表示不滿時，被吉爾的手下澤夫懲罰。看不下去的邁克拿起鐵棍就往吉爾辦公間衝去，早有防備的吉爾把邁克攔下。但吉爾沒想到的是，邁克這並不是一時衝動所為，而是藉此機會偵查吉爾的辦公間。科爾森想起維吉爾經常待在拖曳船上，便要求泰絲帶他上船尋找線索。泰絲趁機向吉爾請求援手，吉爾雖對科爾森等人不滿，但也勉強答應，前提是讓澤夫跟着他們行動。從虛擬世界回來黛西發現科爾森並不在集合點，向迪克詢問後得知吉爾已經招募科爾森。黛西悄悄找到埃琳娜，兩人計劃讓埃琳娜用超能力偷取吉爾的平板。埃琳娜先用瞬移超能力頻繁觸發吉爾的警報，毫不知情的吉爾以為埃琳娜的生物表故障，準備幫埃琳娜換一個新的生物表。就在吉爾取下舊的生物表時，埃琳娜用超能力瞬間偷到平板並交給交給黛西，而吉爾絲毫沒發現任何不對勁。雖然迪克極力阻止，但黛西還是用平板來到飛船上層。兩位克里人在電梯內發現黛西，本想低調的黛西只能用超能力解決這兩位克里人。黛西來到卡塞亞斯的樓層，卻不料中了埋伏。原來迪克早已通知卡塞亞斯，迪克把昏倒在地的黛西留給卡塞亞斯處置。在拖曳船上的科爾森，來到維吉爾生前經常來的一塊地球殘骸前。泰絲拿出維吉爾的地球模型觀賞，眼尖的科爾森卻在地球模型內發現一塊零件，泰絲認出這是某櫃子缺失的把手。把這櫃子打開後，在裏面發現維吉爾的無線通訊工具。但就在此時，澤夫出現，用生物表控制功能制伏幾位特工。剛想彙報的澤夫卻被及時出現的邁克阻止，眾人齊心協力把澤夫打暈並扔在倉庫。泰絲表示毆打上級是重罪，還不如把澤夫扔到外太空，懲罰還不至於這麼嚴重。但特工們都不同意這一做法。醒來的澤夫大發雷霆，把拖曳船的燃料管扯斷，導致拖曳船隻剩半小時燃料，科爾森等人無奈只得返回基地。回到基地後，吉爾正想懲罰科爾森等人，但埃琳娜及時把違禁品藏在澤夫身上，並向吉爾舉報。吉爾從澤夫身上搜到一把手槍，失望的吉爾把澤夫驅逐到地球表面上。科爾森用無線電裝置接收到模糊的呼叫信號，梅發現這一信號是從地球表面傳來。經過一番折騰後，科爾森成功從無線電上收到人類傳輸的呼叫信號。傳輸信號的人一直在呼叫維吉爾，並詢問維吉爾是否找到“代表團”。科爾森發現他們所指的“代表團”便是指神盾局特工，科爾森想到地球表面一探究竟，但泰絲卻表示地球表面已經荒無人煙，根本沒有人類可以在上面生存。已經成為侍從的西蒙斯一直失聰，無法從卡塞亞斯與貴客之間的聊天中獲得信息。卡塞亞斯的手下錫納拉恢復了西蒙斯的聽力後，帶她來到一客房。房間內有一位超能力者艾比，但艾比無法自由控制自己的超能力，也就意味着在接下來的比賽中，艾比無法展示自己的實力，而西蒙斯的作用便是幫助她掌握自己的超能力。經過一番指導後，艾比可以勉強控制自己的超能力，而這時卡塞亞斯出現，帶走艾比。西蒙斯與卡塞亞斯等人來到競技場，讓西蒙斯沒想到的竟是無辜的艾比將與一位星際殺手搏鬥。年幼的艾比自然打不過牛高馬大的殺手，更何況艾比還沒完全掌控自己的超能力。節節敗退的艾比突然想起西蒙斯的教導，沉思後的艾比運用自己的超能力成功擊敗殺手。賽後，艾比被高價賣給一位夫人，西蒙斯對此非常不滿，想反抗的她卻被卡塞亞斯告知，艾比能如此值錢全是西蒙斯的功勞。

黛西被卡塞亞斯捉住，卡塞亞斯表示黛西的出現已經吸引很多賣家，雖然黛西不願乖乖合作，但考慮到被控制的西蒙斯，黛西也不能反抗。黛西被帶到競技場，認識到一位有讀心能力的異人，並在競技場內大顯身手，震驚全場。黛西被帶走後，迪克出現在卡塞亞斯身旁，卡塞亞斯稱讚迪克的努力，獎賞迪克一大筆金錢，並承諾如果迪克能找到其他神盾局特工，將會得到豐富報酬。回到休息室的黛西指責讀心男默許異人被拍賣這一事實，但讀心男卻表示自己為了家庭也毫無辦法。這時，卡塞亞斯把黛西帶到西蒙斯面前，要求兩人坦白還有多少神盾局特工，並要黛西與西蒙斯隔開，各自闡述自己的故事。雖然西蒙斯聽不到黛西説的話，但讀心男使用超能力使得兩人的故事版本相同，卡塞亞斯也因此饒過兩人。工頭吉爾一直催促科爾森等人捉緊時間幹活，並出於私人原因，把邁克叫到一旁，告訴他有一位叫加納的員工，加納不單負債累累且一直在飛船的35層接收包裹。心裏不平衡的吉爾要求邁克找到負債累累的加納，狠狠地打他一頓。寄人籬下的邁克只得答應，並帶上埃琳娜去找加納的麻煩。邁克找到加納，狠狠地威脅一番後，發現滿地的嬰兒用品，才發現加納的包裹原來是一位嬰兒。加納藉此機會反過來嘲諷邁克，指責邁克是一位不稱職的父親，靈魂深處被觸痛的邁克控制不住自己，把加納打了一頓。事後，埃琳娜找到邁克，解釋這裏的一切並不會改變他們，但邁克卻若有所思。得知飛船35層有秘密的科爾森帶着梅找到迪克，當科爾森問到黛西的下落時，迪克極力掩飾自己出賣黛西的真相，科爾森也暫且相信迪克的説法。科爾森表示地球表面有人類存活，並向迪克展示他們的對話錄音，聽到錄音的迪克瞬間從懷疑變為確信無疑，並迅速帶科爾森來到35層一探究竟。來到35層的科爾森發現這層類似於科研部，有着各種科技產品。眼尖的梅發現培養箱裏有一名嬰兒，而迪克解釋在當今社會里，已經沒有人會像以往那樣生育，克里人掌握着人類的孕育大權。梅從電腦上發現這名嬰兒使用的基因正是黛西的，科爾森這才發現原來黛西已經被迪克出賣給克里人。正打算處罰迪克時，兩名克里人發現了他們，經過一番搏鬥後，迪克負傷。眼看着更多的克里人即將趕到，梅決定留下來拖延敵人，科爾森帶着迪克來到休息室療傷。但新來的敵人卻不是普通的克里人，而是卡塞亞斯手下強將錫納拉，還沒完全恢復的梅自然敵不過錫納拉，被錫納拉擊倒的梅生死未卜。科爾森幫助迪克處理完傷口後，質問迪克有關黛西的下落。但迪克卻透露自己的父母因為相信神盾局的預言而被殺害，而科爾森展示的地球呼叫信號正是迪克父親的聲音，因此迪克表示已經棄暗投明，願意幫助科爾森達到目的。卡塞亞斯的異人競拍會即將開始，正打算介紹一番時，一位戴面具的人類表示黛西這種人應不得好死。而當面具男摘下面具，黛西驚訝地發現這位面具男原來是神盾局特工菲茲。

時間再次回到神盾局特工在餐廳被神秘人捉走時，當時在場的特工全被捉走，除了菲茲。發現同伴們消失的菲茲一臉疑惑，但軍方已經趕到現場企圖以謀殺罪逮捕黛西，但無奈只剩菲茲，軍方只好把孤獨一人的菲茲帶走。軍方把菲茲關在一處秘密基地開始審問，軍方想從菲茲口中套出特工們的下落，但菲茲表示自己真的不知道特工們在哪。而菲茲也成功通過測謊儀，軍方認為菲茲雖然無法提供特工的位置，但菲茲可以利用他那聰明絕頂的大腦找到失蹤的特工。而菲茲為了找到自己的朋友，欣然接受軍方的建議。六個月過去，菲茲依然沒有找到失蹤的特工，一直用各種無關痛癢的理由搪塞軍方。就在軍方準備拋棄菲茲時，菲茲的好朋友蘭斯·亨特及時出現。原來菲茲的囚禁期間，一直通過足球雜誌向亨特傳達加密信息，亨特得知菲茲被囚禁後，便假裝律師混進這座軍事基地實施救援。經歷幾番挫折後，菲茲與亨特成功逃出軍事基地。坐着房車逃跑的兩人聊到特工消失那晚發生的事，亨特表示房車上有監視設備，可以查看當晚錄像，喜出望外的菲茲立馬進行調查。菲茲發現當晚餐廳外有一輛卡車，經過詳細調查後終於找到捉走特工們的那位神秘人的住址。來到神秘人住所的兩人準備進行一番突襲，但神秘人卻早已在等待菲茲與亨特。神秘人介紹自己名字為伊諾克，是在三萬年前被派往地球的長生人，捉走神盾局特工是為了實現一個先知的預言，留下菲茲則因為菲茲並不在預言當中。菲茲威脅伊諾克，要求伊諾克帶他們兩人去找這位先知，但伊諾克表示自己是站在菲茲這一方，不需要動用武力也可見到先知。在伊諾克的帶領下，菲茲與亨特終於見到先知，但菲茲沒想到的便是這位先知僅僅是一位名叫蘿賓的小女孩，而這位女孩的母親是波莉·辛頓，父親是一位能預知死亡的異人，曾幫助過黛西。菲茲與亨特正想詢問更多細節時，軍方已經趕到，伊諾克再次用時間靜止技術幫助菲茲等人撤離。菲茲等人來到一座燈塔的深處避難，稍作休息後，菲茲詢問蘿賓為什麼自己未被派往未來的地球，而蘿賓則表示菲茲的任務是為了拯救陷入困境的特工們。菲茲想馬上前往未來，伊諾克卻表示傳送用的巨石只能從未來開啓，如果想要去未來，只能乘坐伊諾克的飛船，而這部飛船目前被扣押在軍事基地裏。菲茲與亨特只能前往軍事基地進行偷竊，成功潛入基地的兩人不僅偷到伊諾克的飛船，還成功神盾局的飛船開了出來。但這飛船並不是時光穿梭機，只是冷凍休眠倉而已。菲茲與亨特稍作告別，把一張寫有自己名字的明信片交給蘿賓，意在給未來的特工們傳達信息。菲茲準備就緒後，爬進休眠倉，而為了安全起見，伊諾克把冷凍後的菲茲放到自己族人的飛船上。在長生人的看護下，菲茲成功來到七十四年後的地球，準備前往克里人基地救助神盾局特工們。

菲茲以假身份混入到異人拍賣會的晚宴中，伊諾克表示菲茲目前的假身份是整間屋子中最為聲名狼藉，且名字不再是菲茲，而是波什托克。就在兩人閒談時，西蒙斯出現，激動的菲茲立馬上前嘗試交談，但無奈西蒙斯的聽力被卡塞亞斯關閉，聽不到菲茲説的任何一句話，甚至錯過菲茲對她的求婚。菲茲還在對西蒙斯自言自語時，卡塞亞斯及時出現打斷菲茲，並在菲茲的要求下恢復西蒙斯的聽力。競拍者聚集在一起用餐，在餐桌上，菲茲無意中聽到參議員蓋烏斯·普納瑞與卡塞亞斯的對話。菲茲得知原來卡塞亞斯是被他父親流放在地球，而卡塞亞斯的哥哥福奈克卻在管理帝國。參議員蓋烏斯與菲茲在餐桌上雖有一番爭執，但卡塞亞斯卻對菲茲表現出極大的興趣。餐後，異人的決鬥正式開始。然而在第一輪決鬥中，讀心者本應與異人決鬥，但令菲茲大為吃驚的是，卡塞亞斯帶來受傷的梅。讀心者與梅展開一輪激烈的搏鬥，兩人不分上下。然而受傷的梅不是讀心者的對手，就在讀心者即將殺死梅時，菲茲以無聊為由，要求結束比賽，而卡塞亞斯也答應了菲茲的請求，並把梅流放至地球表面上。許多競拍者都想買下讀心者，但卡塞亞斯卻拒絕，因為在之前審問西蒙斯和黛西時，讀心者對卡塞亞斯撒謊了。為了面子的卡塞亞斯，不顧黛西的尖叫，把讀心者殺死。在第二場決鬥開始前，菲茲得知卡塞亞斯的哥哥福奈克已經來到現場，這位比菲茲更為富有的克里人將有可能從菲茲手中搶過黛西，菲茲只能採取備用計劃，提前把手槍塞在懷裏。在黛西即將上場時，福奈克卻要求黛西與卡塞亞斯的手下錫納拉決鬥，卡塞亞斯欣然答應。錫納拉與黛西不分上下，兩人大戰三百回合，但黛西成功捉到錫納拉的一個失誤，把錫納拉擊倒在地，而在觀眾席的菲茲與西蒙斯在這時趁機制造混亂，三人成功逃離角鬥場。科爾森等人與泰絲相遇，泰絲告訴特工們，克里人特意找到數位小孩子，欲把這幾位孩子通關泰瑞根變異，賣給競拍者。科爾森等人來到變異發生地，泰絲認出四位待變異者中有一位維吉爾的朋友弗林特。泰絲與弗林特稍作告別後，弗林特便開始進行泰瑞根變異，而四位待變異者只有弗林特成功結繭。埃琳娜卻看不下去，不願讓純潔的弗林特變為拍賣品，便把即將破繭而出的弗林特用超能力帶走。過後，弗林特與神盾局特工在吉爾的基地交談，正當埃琳娜向弗林特分享自己的超能力故事時，吉爾卻意外出現。吉爾把特工們囚禁，打算把他們交給卡塞亞斯，換取一大筆金錢，但弗林特卻與吉爾發生爭執，生氣的弗林特用超能力把吉爾殺死。為了躲過克里人的搜捕，眾人把吉爾的屍體藏起來，弗林特對自己殺了人表示非常不滿。正當科爾森與邁克在尋找泰絲時，意外發現泰絲為了保護弗林特，已經被克里人殺害。

成功從競技場逃走的菲茲、黛西和西蒙斯三人來到休息室稍作清理，而這時西蒙斯腦中的植入裝置開始發響，菲茲只得用周圍簡陋的工具幫助西蒙斯取出裝置，然而就在取出過程中，一位克里人士兵發現三位特工，但黛西成功擊倒這位克里人。取出西蒙斯的裝置後，三位特工順利來到飛船交接位置，並準備乘坐菲茲的飛船逃離，但菲茲的飛船卻在三位特工的目睹下被炸成碎片。在混亂中被割傷的卡塞亞斯護理完傷口後，哥哥福奈克指責卡塞亞斯與錫納拉的無能，並讓自己的得力干將馬斯頓不顧一切代價將三位逃走的特工找回來，雖然卡塞亞斯不滿福奈克的自作主張，但礙於福奈克的身份，也只得乖乖妥協。但卡塞亞斯與錫納拉私底下卻悄悄達成協議，表面上迎合福奈克的指揮，一旦有機會將會奪回主權。殺手馬斯頓成功找到困在電梯裏的菲茲三人，但菲茲三人已經提前通過電梯通風口逃走，馬斯頓撲了一場空。菲茲三人逃到飛船的生命維持中心，但馬斯頓也追了上來，亂槍之中，菲茲被子彈擊中。黛西拖住馬斯頓，西蒙斯帶着菲茲逃到安全地方，而黛西的格鬥技巧更勝一籌，成功擊倒馬斯頓，三人成功逃脱。三人在休息時偶然遇到迪克，迪克承諾會帶領他們找到科爾森等人，雖然黛西不願相信這位曾經出賣她的叛徒，但情況緊急，也只得相信迪克。迪克順利地將菲茲三人帶到科爾森的藏身所，除了梅之外，被傳送到未來的神盾局特工終於齊聚一堂。克里人一直為了找到弗林特而濫殺無辜，弗林特對此感到非常內疚，而邁克不斷安慰弗林特不能氣餒，英雄要為不能戰鬥的人而戰鬥。而弗林特也因此茅塞頓開，便在特工們不注意時，走出藏身所，假裝向克里人自首，趁克里人放鬆警惕時用超能力把克里人殺掉，但暴露自己身份的弗林特也被趕來的錫納拉擒獲。一輪激烈的槍戰後，黛西與科爾森成功把弗林特救回藏身所，緊緊地把門鎖緊。馬斯頓趕到現場，準備炸開一條通道去捉拿特工們。而就在通道被炸開之際，錫納拉突然把馬斯頓殺死。來到藏身所的錫納拉卻發現空無一人，特工們早已通過通風井逃走，錫納拉也只能回去彙報。神盾局特工們準備用拖曳船逃離卡塞亞斯的飛船，回到地球表面，然而就在分別時，弗林特表示要留下來幫助有需要的人，而埃琳娜和邁克也自告奮勇留下來幫助弗林特。錫納拉向卡塞亞斯彙報，而一旁的福奈克開始冷嘲熱諷，但當福奈克得知錫納拉已經把馬斯頓殺死時，福奈克的態度開始一百八十度轉變，企圖收買錫納拉，但氣憤的卡塞亞斯趁機從背後捅死福奈克。被流放到地球表面的梅遇到前來幫助的伊諾克，兩人閒談時，一場引力風暴來襲，束手無策的兩人卻被神秘人相救。梅從昏迷中醒來後，遇到一位老奶奶，而這位老奶奶手裏拿着的正是當年菲茲留給她的小鳥雕像。

梅在地表被人類救助後遇到已經滿頭白髮的先知蘿賓，然而蘿賓説的話卻像小孩子般難懂，一籌莫展的梅與基地中的薩繆爾·沃斯交談，沃斯則解釋蘿賓即使年紀這麼大，但也未能把過去與未來的思緒整理清楚。科爾森等人乘坐的飛船的降落過程雖然不順利，但飛船上的人均安全存活並來到梅所在的飛船改造基地裏。黛西與科爾森與梅相遇後喜出望外，三人一頓問長問短後，黛西便去醫療站包紮傷口，後續進來的西蒙斯則感嘆這艘由菲茲設計的飛船居然能經歷幾百年的風雨而不毀，而迪克對此更是讚歎有加。迪克與老朋友沃斯重逢，並詢問迪克父親的下落，沃斯解釋迪克的父親在幾天前已經外出，至今未回罷了。菲茲與西蒙斯在搜索基地時偶然發現時光傳送機的一部分，沃斯表示這台傳送機是迪克的父親歐文利用菲茲設計的圖紙建造出來。科爾森與梅再次嘗試與先知交談，而先知雖交談能力極差，但仍然認為科爾森是這一切事情的關鍵線索，然而科爾森的關注點並不是蘿賓的預言，而是即將展開攻擊的藍臉人，因此科爾森準備與沃斯聯手，一起抵抗藍臉人，而在尋找武器途中，科爾森在一堆雜物中發現傳送巨石的一部分，眼尖的菲茲意識到只要找到剩餘的巨石碎片，便可用時光傳送機回到過去。發現不對勁的迪克私底下質問沃斯，因為迪克父親歐文非常看重這塊巨石，不可能憑空出現在雜物中，正當迪克威脅沃斯時，沃斯一拳把迪克擊暈。然而就在特工們分散後，沃斯想刺殺黛西，試想提前殺掉黛西以阻止地球被毀滅，然而沃斯與他的手下豈是黛西的對手，黛西輕而易舉地擊退沃斯，但沃斯卻趁機捅了蘿賓，在擒獲沃斯後，梅急忙跑到奄奄一息的蘿賓旁。而蘿賓臨死前不斷強調梅的重要，還低聲向梅透露只有一位名為弗林特的異人能拯救世界。神盾局特工的逃跑行為讓卡塞亞斯非常憤怒，並派錫納拉前往地球表面搜尋特工們下落，而與此同時，卡塞亞斯決定對處罰飛船上的人類。卡塞亞斯首先把飛船人類居住區的電源掐斷，這讓人類居民大為不滿，並把這一切都歸罪於異人弗林特，無奈之下，埃琳娜與邁克只得帶着弗林特逃離人類居住區，前往菲茲藏有武器的樓層，然而這一樓層早已被怪物蟑螂所佔有。來到武器藏匿點的埃琳娜三人，卻發現藍臉人正用特殊噴霧驅散蟑螂，但三人手無寸鐵，顧不上調查，直接前往武器藏匿點。拿到武器後的三人，經過一番調查後發現原來蟑螂全都被藍臉人趕到人類居住區，而蟑螂已經開始屠殺人類，三人只得立馬採取對策。邁克在弗林特的帶領下來到空氣過濾系統，重新連上電源後把蟑螂驅逐劑通過通風系統灑滿整個人類居住區，成功把全部蟑螂引到指定房間，早已在房間守候的埃琳娜用超能力把全部蟑螂殺死。被救下來的人類開始信任弗林特，不再排擠這位異人，而邁克則提議為了不讓卡塞亞斯再次挑撥離間，最好把人類手中的生物表摘下。

邁克和埃琳娜帶着空間站裏被壓迫的居民起義，成功控制取得樓層控制權，而他們弄出的大動靜也成功引起卡塞亞斯的注意。本準備收拾東西離開地球的卡塞亞斯得知邁克等人的所作所為後惱羞成怒，但為了可持續發展，只能説服人類投降，於是特意把原本死去的泰絲復活，讓泰絲去説服居民。起死回生的泰絲讓邁克等人都非常驚訝，尤其是弗林特。經過簡短的問候，泰絲便開始向眾人轉達信息——卡塞亞斯要求居民們把所有孩子都交上去，否則將引爆整個樓層，把所有人類殺死。激動的埃琳娜和弗林特想立馬殺死卡塞亞斯以結束這一切，而冷靜的邁克經過一番思考後，找到隱藏在氧氣輸送管中的其中一枚炸彈，並花了不少力氣才把一枚炸彈拆下來，因此邁克發現在短時間內把炸彈全拆完是不可能的，只得想出新的計劃。邁克命令泰絲向卡塞亞斯彙報，與此同時邁克等人用武力奪取卡塞亞斯的研究室，要求卡塞亞斯下來談判，無計可施的卡塞亞斯也只得聽從指示與邁克談判。邁克用科研成果威脅卡塞亞斯把引爆裝置交出來，然而卡塞亞斯卻不慌不忙地宣示自己的力量。雙方經過一番爭論後，以為勝券在握的卡塞亞斯按下引爆按鈕，然而爆炸卻發生在別的地方，原來邁克與卡塞亞斯的談判只是為了拖延時間罷了，在雙方談判時，居民們早已把炸彈拆下並轉移，而得知被騙的卡塞亞斯也只得乾眼睜睜地看着邁克把自己的科研成果炸掉。先知蘿賓在臨死前透露，如果想要回到過去，必須利用弗林特的超能力把破碎的傳送巨石復原，因此被困在地球表面的科爾森等人準備修好飛船和風一號並前往燈塔，然而重力風暴即將來襲，特工們也沒時間跟着地球上的難民一起去山洞避難，只得留在飛船上加快準備進度。迪克找到被囚禁的沃斯，在與沃斯對峙的過程中，迪克雖然得知自己父親死亡的真相，但還是軟下心來放過沃斯一馬。西蒙斯和菲茲在維修過程中，偶爾發現菲茲設計的維持重力裝置，兩人急忙跑去向大部隊彙報，然而未等菲茲解釋更多，因為重力風暴，飛船必須要立刻起飛，但好景不長，還未升空，飛船的引擎便意外熄火，而西蒙斯敏鋭地發現可以利用維持重力裝置和重力風暴的相互作用，不需要引擎也可以讓飛船直接飛往目的地。就在飛船升空前，錫納拉也成功混進飛船內，準備擊殺特工們。但地錨故障，只能人工解除，黛西只好前往控制室解開地錨，而迪克也緊隨在後。黛西成功解開地錨後，錫納拉也找到黛西，兩人便開始在混亂的機艙內搏鬥，就在錫納拉準備殺死黛西時，迪克出現並阻止錫納拉的刺殺，在混亂之中，黛西用棍子捅死正發起突襲的錫納拉。飛船成功脱離地球引力，正前往卡塞亞斯所在地，然而卡塞亞斯卻意外地提前知道特工們的一舉一動，並向手下透露自己也有一位萬能的先知可以預知未來。

科爾森眾人成功利用地球引力，來到卡塞亞斯的基地，而飛船剛停穩，早已等候多時的卡塞亞斯帶領手下準備把飛船翻個底朝天，但特工們已經從其他通道逃之夭夭，只留下長生人伊諾克在飛船上看守巨石供能器，而特工們來到基地後則兵分兩路開始執行逃離計劃。卡塞亞斯在飛船上發現心腹錫納拉已經死亡，便把錫納拉的屍體搬到房間安置，找來專門復活人類的復活師，要求復活錫納拉，然而復活師卻表示無能為力，氣憤的卡塞亞斯二話不説把復活師殺掉。彈盡糧絕的卡塞亞斯只好找來異人訓練官，一番説教後，把毒藥灌進訓練官嘴裏，因此訓練官變成獸性大發的野獸，遵循卡塞亞斯的命令去追殺特工。科爾森與黛西等人經歷一番激烈的搏鬥後，成功救下被囚禁的異人，而正在黛西放鬆警惕時，狂暴的訓練官突然朝黛西撲來，科爾森連開數槍，然而訓練官卻好像不知疼痛般，連連發起進攻，科爾森不幸被割傷，黛西更是花費九牛二虎之力才擊倒訓練官。成功被解救的異人被帶到拖曳船處，由泰絲駕駛飛船，把異人們帶到安全的地方去。此時在飛船守護功能器的伊諾克表示克里人即將找到他，而一旦供能器被破壞，那麼特工們將永遠回不到過去，因此迪克自告奮勇，獨身前往支援伊諾克。埃琳娜在援救剩餘生還者時，卻發現了一個與自己長相一模一樣的女性，經過一番詢問，得知這位女性正是現時間段同步生存的未來埃琳娜。這位未來埃琳娜表示，特工們的所作所為都是無用功，地球仍然會被震裂，埃琳娜會被克里人捉住，被克里人當做工具，一直活到現在，然後與過去的埃琳娜在此相遇，還會無限循環此過程。但兩人交談時，克里人已經追上來，埃琳娜想把未來埃琳娜也一起救出去，然而未來埃琳娜卻表示自己雙手早已被砍斷，無法逃脱，驚魂未定的埃琳娜只得拋棄未來埃琳娜自己逃跑。菲茲和西蒙斯與弗林特相遇，西蒙斯向弗林特詳細解釋如何建造一塊傳送巨石後，便前往基地底層準備建造。在基地另一處的黛西、梅和科爾森準備去往基地底層時，黛西卻表示只要自己不回到過去，地球並不會被毀滅，無論梅與科爾森怎麼勸阻，黛西也一意孤行，無奈的科爾森只得把黛西擊暈，抱着她前往基地底層準備逃走。弗林特用自己的超能力把太空中的巨石引到房間內，還順便把看守的克里人砸死。弗林特建造好傳送巨石後，伊諾克卻表示看守的供能器在激烈的打鬥中被損壞，伊諾克只得用自己體內的電池為巨石充能，而一旦開始功能，電池將變得極不穩定且爆炸劇烈，只剩不多的時間給特工們準備。但埃琳娜仍未回來，邁克只好去尋找埃琳娜。邁克在尋找埃琳娜時，遇到抱着未來埃琳娜的卡塞亞斯，不明事情真相的邁克傷心地看着卡塞亞斯把未來埃琳娜殺掉，喝下毒藥的卡塞亞斯與邁克展開異常激烈的搏鬥，邁克更不是卡塞亞斯的對手，危急之時，西蒙斯趕到，協助邁克把卡塞亞斯殺死，而此時埃琳娜也趕過來與邁克集合。在邁克等人還在盡力趕到基地底層時，伊諾克再也控制不住自己的電池，發生爆炸，傳送巨石一下子被激活，但特工們生死未卜。

一道強光閃過，片刻後，神盾局特工成功從未來返回到現代世界的燈塔裏，菲茲把周圍的燈打開，卻也順便把燈塔內的虛擬導航開啓，虛擬導航表示在燈塔的某處倉庫裏，有着大量的神盾局科技。眾人稍作休息後，便兵分兩路，西蒙斯和埃琳娜陪同受傷的邁克去醫療站治療，而菲茲和梅則前往倉庫尋找通訊器。在尋找的通訊器的途中，梅和菲茲在倉庫裏發現了三塊巨大的傳送巨石，兩人驚歎之時，一位陌生人走了進來，並介紹自己為長生人諾亞。諾亞介紹，燈塔地下的這座堡壘是由大面積屏蔽罩建成，是一個安全的存儲危險物品的地方，三塊巨石也因此被放置與此。諾亞把兩人帶到長生人的監控站，巨大的顯示屏裏顯示着各種能威脅到地球的信息，眼尖的梅發現了一道正在呼叫外星人的光線，便急忙找來科爾森。科爾森回想起沃斯曾經的警告，地球的毀滅正是從這一道光線開始的，因此科爾森等人決定前往並阻止這光線，但黛西認為自己太過於危險，便拒絕跟隨科爾森。考慮到特工們已經被全球通緝，長生人諾亞表明在燈塔底下有一條隱秘的地下隧道，可以直接前往和風號飛船所停靠的小鎮。特工們通過秘密隧道來到小鎮，未等他們享受地球的氣息，就要開始逃避馬路上巡邏的警車。特工們在街邊隨便偷了一輛破爛貨車便出發了，然而就在特工們剛走沒多久，在街上再次出現一道強光，迪克也被傳送到現代。來到現代世界的迪克顯得非常興奮，像個孩子一樣對所有事物都抱着極大的好奇心，甚至在酒吧裏狂飲啤酒，最後因醉酒鬧事被警方拘留。黛西在監控室發現了迪克的存在，情急之下，只能親自出馬準備把迪克帶回來。然而就在警局裏，一位警官認出了黛西並聯系黑爾將軍，但黑爾將軍決定按兵不動。科爾森等人來到呼叫光線所在的實驗室外，但發現實驗室外不僅沒有警衞看守，反而只有一個人在實驗室內。稍作準備後，打開實驗室的大門，卻發現原來是神盾特工派珀。派珀解釋自己也發現了這道光線的存在，便急忙趕到實驗室，疏散了實驗人員。菲茲發現這道光線正是由用來呼叫克里人的裝置發出的，便急忙與西蒙斯開始拆卸，而與此同時，其餘特工也開始和派珀聊起天來。但好景不長，裝置突然增強傳輸信號，菲茲也加快進度，扯出裝置的觸發器，然而菲茲卻認為觸發器是人造的，並不是外星科技產物，突然，派珀突然掏槍指着科爾森，而實驗室更是來了好幾名全副武裝的士兵。派珀表示自己只是為了減輕懲罰，才與政府做了交易，而且特工們並不會受到傷害，乖乖坐牢就可以了。但士兵的首領卻下令格殺勿論，並與邁克等人展開一番搏鬥，發現情況不對勁的派珀的內心開始動搖，在科爾森的一番勸服下，派珀決定掩護特工們撤退。然而就在邁克陷入困境時，埃琳娜正想用超能力幫助他，卻被首領用飛刀把雙臂砍下，絕望的邁克也因此暴怒，連續擊倒好幾名士兵，抱起埃琳娜衝出實驗室，其餘特工們也緊追其後，成功逃出實驗室。埃琳娜在燈塔治療後情況穩定下來，但諾亞在檢查特工們帶回來的呼叫裝置時，卻發現裝置即將引爆，諾亞急忙讓在場的黛西與菲茲離開，自己卻被爆炸吞沒。

呼叫信標在燈塔倉庫爆炸，菲茲和梅也因此受輕傷，但菲茲顧不得休息，立馬派送無人機到倉庫進行調查，然而無人機卻無緣無故墜毀，調查也因此中斷。菲茲向科爾森彙報，無人機的錄像顯示在地下二十七層的位置憑空了出現了一片帶有天空的森林，不幸的是信標爆炸時正好位於三塊巨石前，三塊巨石同時爆炸的結果便是在時空中炸出一條裂縫，而這條未知的裂縫通往着另一維度的世界，這或許意味着世界末日或許已經開始。被切除雙臂的埃琳娜在醫療室裏被照顧妥當，情況也逐漸穩定下來，邁克表示只要埃琳娜開口，便可以立刻離開燈塔，不用再戰鬥下去，但埃琳娜認為留下才是最好的選擇，邁克也只能遵從埃琳娜的意見。迪克和黛西兩人結伴前往貯藏室尋找埃琳娜需要的醫療用品，迪克正與黛西調情時，一名克里人突然出現並襲擊迪克，靈敏的迪克不斷躲過克里人的致命攻擊，黛西急忙掏出手槍終結這位不速之客的性命，但克里人被擊斃時卻化為一縷煙霧，驚慌失措的兩人急忙跑回控制室。菲茲瞭解情況後，解釋這一切的發生都歸罪於三塊巨石爆炸產生的裂縫，裂縫裏面的外星能量能入侵人類大腦，並把人類最害怕的事情實體化。菲茲解釋如果要關閉這道裂縫，就必須親自去到裂縫前啓動裝置，但非常危險，極有可能回不來。科爾森自告奮勇去執行這個自殺任務，但其餘特工們都不同意，在爭論時，科爾森卻突然暈到。經過西蒙斯的檢查，發現科爾森胸口位置早有正在蔓延的壞死組織，意味着科爾森只剩下很短的壽命。這一消息讓特工們皆大驚，責備科爾森為什麼要隱瞞事實，科爾森只得逐一安慰眾人，讓他們不需要擔心，並讓黛西準備在科爾森倒下後接管神盾局。西蒙斯突然襲擊在牀上休息的埃琳娜，急忙趕來的邁克擊倒西蒙斯，發現這個西蒙斯只是幻象而已，菲茲認為裂縫滲出的能量已經開始擴散，需要立刻關閉裂縫。稍作告別後，科爾森帶着所需裝備來到地下倉庫，然而科爾森與控制室的通信卻無緣無故中斷，科爾森只得孤身一人前往裂縫。來到裂縫前，科爾森卻看到死亡戰士的幻象，幻象死亡戰士表示以前發生的一切全都是科爾森的想象而已，真正現實當中的科爾森只是剛被洛基刺傷，還在醫院搶救中。但無論幻象死亡戰士怎麼吹捧，科爾森也依然堅持自己的信念，幻象死亡戰士見狀，正想親手殺死科爾森時，真正的死亡戰士出現並幫助科爾森擺脱困境。在死亡戰士的幫助下，科爾森啓動裝置，成功把裂縫關閉。經歷過這一切後，且趁着27層的幻象森林還未消失，菲茲決定與西蒙斯舉行婚禮。黑爾將軍來到迪克曾經被關押的警局進行調查，而因為迪克來自未來，黑爾將軍無法獲得任何關鍵線索。但就在黑爾將軍打算撤退時，其中一名助手卻在進行基因分析時，發現迪克的基因與菲茲和西蒙斯有關聯。

擁有超凡記憶力的亞力克斯·布朗在心理諮詢時襲擊醫生，因此被擊暈過去，然而醒來後的亞力克斯卻發現自己並不在醫院，而身處某神秘基地。驚慌失措的亞力克斯在食堂遇到殺手露比，並挾持露比以引黑爾將軍。黑爾將軍想把亞力克斯招募進自己的團隊，以便獲取亞力克斯腦海裏的資料，但亞力克斯卻嚴詞拒絕，表示與政府同流合污還不如死亡。然而露比卻在私底下把事情真相全部告訴亞力克斯，亞力克斯因此才同意留下來。埃琳娜雙臂被割，卧病在牀，邁克在埃琳娜身邊一直安慰她，科爾森表示菲茲可以幫埃琳娜裝上機械手臂，然而目前燈塔缺乏零件，機械臂計劃只能擱置一旁，而邁克調侃只要埃琳娜的靈魂還在，仍然會愛她一輩子。菲茲向科爾森彙報，用來關閉裂縫的裝置不能維持很長時間，若要永久關閉裂縫，則需要更多的重力鎓，然而重力鎓在這個時代已經很久沒出現過了，最後一次出現則是在已經解體的賽博科技實驗室，且實驗室裏的科學家在過去兩年內都已經死了，但黛西卻認為這些科學家只是隱姓埋名罷了，要找到重力鎓，只需找到幫助科學家藏起來的莫里·雅各布森，即可找到剩餘的重力鎓。科爾森與黛西毫不費勁就找到莫里，但莫里卻掏槍反抗且企圖駕車逃跑，在半路攔截的邁克卻發現莫里是多年前的老同學。回到和風號飛船後，邁克向大家介紹莫里，原來莫里和邁克是大學時候的同學，兩人關係甚好，親密無間。莫里承認自己為賽博科技的科學家們偽造了死亡記錄，經過特工們的解釋後，莫里交出一名科學家的位置。邁克與莫里找到這位科學家，一番詢問後，得知載有重力鎓的貨船在海上經歷了暴風雨，已經沉入海底，然而無論特工們怎麼在海底搜尋，也無法找到這艘貨船，在倉庫搜查食物的迪克遇到自己的母親幻象，傷感的迪克正和幻象母親交談時，幻象克里人突然出現並開始攻擊迪克，一番決鬥後，迪克成功戰勝幻象克里人。趕來的西蒙斯詢問情況時，無意間卻啓發迪克，迪克急忙告訴菲茲，重力鎓通電之後，極有可能把貨船帶到了天上，而非沉到海底。果不其然，特工們在天上找到了遺失的貨船。經過一番搜索後，特工們在船艙內發現漂浮在半空中的重力鎓，然而如果直接拿走重力鎓，整艘貨船會失去浮力而開始下墜。對重力鎓富有經驗的迪克提議，只要用塑料箱子，且在不觸碰重力鎓的情況下便可帶離貨船，但特工們只有九十秒的時間逃離貨船。邁克用塑料箱子把重力鎓裝上後，在貨船內沉睡的黑爾將軍的機器人卻被喚醒，開始攻擊眾人，但在邁克的掩護下，特工們成功逃離貨船，安全回到燈塔，而邁克不單把重力鎓從貨船帶回燈塔，甚至把其中一位機器人拖回燈塔，用以製造埃琳娜的機械臂。迪克正打算通知西蒙斯，卻無意間聽到西蒙斯正在説一句迪克外婆經常説的一句名言，迪克意識到西蒙斯和菲茲與自己有血緣關係。

巨石爆炸而產生的恐懼裂縫雖被暫時關閉，然而若要永久關閉裂縫，則需要把新蒐集回來的重力鎓壓縮並放入新裝置內，但由於技術與知識限制，無論菲茲怎麼嘗試，也無法壓縮重力鎓。撓破頭皮的菲茲正與西蒙斯閒聊時，幻象宇航員突然出現並開始襲擊，菲茲意識到裂縫又開始擴散，需要儘快把裂縫永久關閉。特工們進行一次小會議後，菲茲決定先去搜索有關重力鎓的研究記錄，而與此同時，科爾森成功追蹤到黑爾將軍的手機信號，並連車帶人把黑爾將軍捉回和風號飛船內。得知消息後的迪克去通知正在工作的菲茲，卻被菲茲擊暈在地。科爾森前去審問黑爾將軍，但黑爾將軍卻表示自己早就知道特工們的計劃，並讓鋼力士克里爾帶着炸彈躲在車內。黑爾將軍邀請科爾森到自己的基地去查看事情的真相，走投無路的科爾森只得答應黑爾將軍的邀請。黑爾將軍私底下來到一間密室內，一位神秘人出現並認為黑爾將軍已經失敗，黑爾將軍解釋自己已經走到最關鍵的一步，成功觸手可及，而在神秘人離開時，兩人齊呼“九頭蛇萬歲”。找不到有關重力鎓文件的菲茲開始向黛西抱怨，然而地下樓層的監控攝像頭卻突然故障，黛西只好親自下去維修，獨自留在監控室的菲茲還在思考問題時遇到幻象菲茲，兩人一番爭執，這時一聲槍聲從醫療室傳來，菲茲只好離開幻象，前去醫療室支援。菲茲趕到醫療室時，前來襲擊的機器人已經被摧毀，而邁克也因此負傷，菲茲解釋機器人是由幻象菲茲修復並編程的，西蒙斯認為當務之急乃把幻象菲茲關起來，而菲茲突然想起黛西還在維修攝像頭，於是急忙前去尋找黛西。未等菲茲趕到，在地下樓層維修攝像頭的黛西被機器人擊暈，昏迷的黛西醒來後發現自己已經被幻象菲茲綁在牀上，黛西以為幻象菲茲要置她於死地，但幻象菲茲卻表示自己只是想幫助黛西恢復異能，這樣黛西的超能力就可以用來關閉裂縫。幻象菲茲正要移除黛西的異能抑制器時，菲茲趕到並與幻象菲茲發生爭吵，而此時西蒙斯也來到現場，但西蒙斯卻驚奇地發現只有菲茲一人站在原地自言自語。此時菲茲也逐漸清醒，意識到其實並沒有幻象菲茲的存在，之前發生的一切都是因為自己精神分裂的所作所為。而無論西蒙斯怎麼勸導，清醒過來的菲茲也依然一意孤行，強制把黛西異能抑制器取下。黛西的超能力恢復後，在菲茲的指引下，把重力鎓成功壓縮到裝置裏，新的重力鎓裝置成功把裂縫完全關閉。此事完結後，菲茲自覺地把自己關在封閉房間內，西蒙斯過去看望菲茲，但菲茲卻依然認為自己精神分裂時做出的行為是正確的。迪克找到心灰意冷的西蒙斯，並向西蒙斯坦白自己與菲茲夫婦的關係。

在二十八年前，黑爾還是九頭蛇組織內的一名學生。畢業前最後一次集會上，一名非常有名氣的導師丹尼爾·懷特霍爾表示自從美國隊長的成功後，九頭蛇就不斷在研究新的改造人計劃，且已經接近成功，而當丹尼爾提出有何物質可以用作改造人體時，只有黑爾的回答令導師滿意，然而黑爾的回答卻讓一位名叫斯特拉克的同學懷恨在心。課下，當黑爾在健身時，斯特拉克讓手下嘍囉去幹擾黑爾，氣憤的黑爾與斯塔拉克在地上廝打起來。隔天的畢業分配上，每位同學都得知自己的未來去向，唯獨黑爾被冷落一旁，導師丹尼爾找到黑爾，讓黑爾不必擔心之前發生的鬥毆，因為黑爾的唯一任務便是接受人工授精，為九頭蛇孕育下一代人才，走投無路的黑爾只能屈服。許多年後，黑爾將軍的女兒露比早已是班上的頭等學生，成績優異且武功高強。黑爾將軍在前去執行任務時，從費舍爾處得知在在地下室有一裝置能與外星人聯繫，但未等黑爾瞭解更多有關這裝置的內容，費舍爾就在士兵面前自殺了。回到學校的黑爾發現露比正與導師爭吵，看不下的黑爾便把這位導師殺死。被神盾局救下的吉迪恩·馬利克在醫院裏修養，但黑爾將軍動用關係後把馬利克轉移到九頭蛇的基地內。黑爾將軍不斷想策反馬利克，甚至把神秘裝置全盤展示，但馬利克不為所動，堅信神盾局會來拯救他，黑爾將軍也只能暫時放棄馬利克。科爾森被黑爾將軍帶到九頭蛇基地，醒來後的科爾森簡單就餐後，黑爾將軍便把科爾森帶到那個能聯絡外星人的神秘裝置前，並向科爾森介紹裝置那頭的外星人是一個多種族聯盟。雖然科爾森不願與外星人聯繫，但在士兵的威脅下，科爾森只能跟隨着黑爾將軍通過裝置來到另一世界，與多種族聯盟見面。多種族聯盟向科爾森表示地球即將受到外星艦隊的襲擊，但只要地球人向多種族聯盟提供重力鎓和異人，便可免受毀滅。回到地球后，黑爾將軍認為地球人其實並不需要與多種族聯盟合作，前提是科爾森把黛西交出來，並讓黛西參與到改造人計劃中，成為“世界毀滅者”，科爾森一聽這主意便驚慌失措，並把先前在未來遇到克里人的事情告訴給黑爾將軍，企圖讓黑爾收手，但黑爾不但不聽，反而再次把科爾森囚禁起來。自從科爾森被黑爾將軍帶走之後，特工們就一直想方設法，試圖援救科爾森，但礙於不清楚黑爾將軍的計劃，也只能在原地踏步，束手無策的梅只能找到被關禁閉的菲茲，想讓菲茲搞清黑爾將軍的陰謀，但菲茲想要離開禁閉室，氣憤的黛西用超能力把菲茲拋在牆上，狠狠地與菲茲爭吵一番，黛西一氣之下，只能去尋找有預知能力的蘿賓。

科爾森被捉住後，黛西便升職為神盾局的首領，但所有人都認為黛西的態度過於強硬且頑固，梅想讓黛西冷靜下來，而黛西卻表示自己所做的一切都是為了把科爾森救回來。西蒙斯向黛西求情，希望能把菲茲從監禁室中放出來，黛西毫不留情地拒絕了西蒙斯的請求，並乘坐和風號去找先知蘿賓。黛西把蘿賓和她母親波莉從藏身處帶到和風號，但無論黛西怎麼與蘿賓談話，蘿賓就是不願意説一句話，波莉把蘿賓畫的最後一張畫給黛西看，黛西這才明白蘿賓如此消沉是因為她預見了自己的死亡。趁着黛西和波莉聊天的時候，蘿賓離開椅子，徑直走向梅並把梅稱為母親，梅以此為突破口，成功讓蘿賓畫出科爾森的位置。考慮到迪克是菲茲和西蒙斯的外孫，還有埃琳娜在未來看到自己，這兩件事讓這菲茲、西蒙斯和埃琳娜都認為自己是堅不可摧且不可被殺死的，於是這三人打算組建一個小隊去尋找黑爾將軍的下落，而首要目標便是把菲茲放出來。埃琳娜在訓練完後假裝與邁克吵架，並讓邁克來到監禁室門前，而西蒙斯早已準備了四個杯子，其中一杯裝有劇毒物質，其餘都是水，西蒙斯為了向邁克驗證自己的不死論，將會喝下三杯物質，而且西蒙斯肯定會安然無恙。但當西蒙斯喝下第三杯時，西蒙斯痛苦地倒在地上，邁克為了幫助西蒙斯解毒，只好把菲茲的牢門打開，埃琳娜趁機用超能力把邁克放進監禁室裏，雖然邁克對此非常惱火，但也無可奈何。黑爾將軍把剩餘的重力鎓搬到實驗室，並讓有特異功能的克里爾去觸摸重力鎓，而當克里爾剛用手摸到重力鎓，重力鎓便緊緊地吸住克里爾的手臂，掙脱重力鎓的束縛後，克里爾意識到重力鎓是有生命的。克里爾觸摸重力鎓後，腦海裏就一直有奇怪的聲音在叫喚着神盾局和科爾森，克里爾按耐不住內心的怒火，逃出房間並找到科爾森，克里爾正想遵循腦海裏的聲音去殺死科爾森時，科爾森就把塔伯特的事情告訴克里爾，讓克里爾逐漸動搖心中對黑爾將軍的信任，於是克里爾幫助科爾森逃出牢房，共同援救塔伯特。塔伯特的牢房不難找到，但在逃跑過程中，塔伯特大大咧咧的嘴巴引起附近警衞的注意，黑爾將軍知道這三人企圖逃走後，便派出露比去追殺，在搏鬥時，科爾森心臟驟停，幸虧克里爾用自己的超能力才把科爾森救回來。九頭蛇基地已經封鎖大門，科爾森只好另尋辦法，在逃跑過程中，科爾森來到那個能聯絡外星人的傳送裝置，但露比也已經趕到，克里爾只好留下來拖住露比，而科爾森和塔伯特用傳送裝置成功逃離九頭蛇基地，來到某雪山。留下來的克里爾和露比展開激烈搏鬥，露比正想違抗母親的命令殺死克里爾時，黑爾將軍及時趕到並停止這場鬥爭，讓露比去追殺神盾局特工。

根據蘿賓的畫作，黛西等人來到雪山尋找科爾森的下落，但無奈天上的雲層太厚，和風號無法發現任何線索，於是黛西提議直接人工搜索，雖然梅不怎麼同意，但黛西是科爾森指定的暫時領隊，眾人也不得不遵從。科爾森和塔伯特被傳送到雪山，開始逃跑，在九頭蛇基地的露比也用傳送裝置獨自一人來到雪山追殺兩人，露比一路跟蹤地上的腳印，非常輕易地便找到科爾森和塔伯特，露比正想用飛刀殺死科爾森時，黛西及時趕到，用震波把露比甩到樹上，迪克與梅趁着露比倒下的時候，急忙帶走科爾森和塔伯特。黛西和露比在雪地裏打鬥，但黛西的能力更勝一籌，露比很快便敗下陣來，一直在一旁觀看的迪克走出來準備帶走露比時，黑爾將軍帶着援兵趕到，迪克負傷，氣憤的黛西也只好幫助迪克撤離到飛船上。黑爾對露比非常失望，並把露比關在房間裏，但斯特拉克找到露比，慫恿露比去推翻黑爾的統治。露比假裝向黑爾袒露心聲，並在黑爾不注意時把她擊倒在地並鎖上房間門，自由後的露比和亞力克思去尋找粒子注入艙。簡單包紮後的迪克與黛西爭論起來，然而迪克的病情開始惡化，但幸好飛船已經回到藏身所，迪克被緊急送往急救室，鑑於西蒙斯不在基地，只好由邁克和派珀來幫迪克做手術。在手術期間，梅責怪科爾森之前的行為，雖然科爾森想反駁，但這場不愉快的聊天以梅的表白收尾。西蒙斯、菲茲和埃琳娜分析線索後，來到一處可能藏有九頭蛇武器的基地，三人潛入基地後，才發現保全工作正是由半機械人安東負責。三人追蹤信號後來到一處大鐵門前，用聲東擊西的方法引開門前的安東與機械警衞後，進入到秘密武器倉庫。三人發現所謂的秘密武器便是用以改造人體的粒子注入艙，三人在倉庫裏大搞破壞，但機械警衞已經趕到門外且開始破門，埃琳娜正想用超能力解決問題時，卻發現機械手限制了她的超能力，菲茲和西蒙斯只好留在原地對抗機械警衞，而埃琳娜則趁亂逃出倉庫去尋找救援。埃琳娜在半路上遇到安東，一輪戰鬥後，埃琳娜把安東推出窗外，並了結安東的性命，沒有安東的腦波控制後，一瞬間所有的機械警衞都倒在地上，苦苦堅守的菲茲和西蒙斯存活下來，然而這時露比和亞力克思已經到達倉庫，露比讓菲茲和西蒙斯把實驗器材修好，無計可施的兩人只好答應這一要求。塔伯特將軍在藏身處很快便安定下來，並把許多關於九頭蛇的重要情報告訴黛西，而黛西為了感激塔伯特的功勞，把一台不會被黑爾追蹤的手機交給塔伯特，讓他與妻兒通話，然而塔伯特的妻子早已被九頭蛇控制，塔伯特妻子用特定的話語把塔伯特洗腦。

被洗腦的塔伯特到軍械庫拿了一把手槍後，來到控制枱關閉蘿賓門口的監控，嘴裏不斷嘟囔着遵從命令，邁克發現呆站着的塔伯特，而塔伯特胡亂解釋一通後便離開控制枱，而邁克也暫無發現異常。神盾局在一番調查後，終於找到黑爾將軍的秘密基地，並組織眾人開始進攻，迪克留在基地協助科爾森和邁克，而黛西則與梅用暴力空投的方式直接來到九頭蛇基地的內部，黛西和梅迅速把趕來的警衞擊倒後，便在走廊遇到黑爾，但黑爾將軍卻主動投降，因為露比已經準備用重力鎓改造自己，如果不及時採取行動，露比將會被不穩定的重力鎓吞噬，而黑爾需要神盾局的幫助才可以阻止這一場災難。留在基地的迪克向邁克和科爾森表達了自己對黛西的愛意，雖然被刁侃一番，但迪克依然準備在往後向黛西表白。黛西和梅簡單向科爾森彙報情報，科爾森不同意黛西如此接近重力鎓，然而黛西認為這是必須承擔的風險。塔伯特來到蘿賓房間看畫作，碰巧蘿賓與波莉也回到房間，塔伯特獲得波莉的好感後，趁機把波莉打暈，帶走蘿賓。正打算去蘿賓房間蒐集線索的科爾森等人已經發現不對勁，便急忙找到正打算逃走的塔伯特，科爾森不斷想説服塔伯特，但塔伯特的大腦依然被九頭蛇控制着，不肯聽從科爾森的意見，邁克只好用電擊槍把塔伯特擊暈。菲茲夫婦被露比和斯塔拉克困在研究室，在露比的威脅下，菲茲和西蒙斯只好乖乖修復被破壞的研究器材，然而菲茲夫婦不斷在拖延時間，露比也逐漸不耐煩，便把菲茲狠狠地揍了一頓以示權威，菲茲只好加快腳步，很快便把改造艙修好，西蒙斯提醒重力鎓是極其不穩定的物質，露比依舊不聽勸，在斯塔拉克的幫助下進入到改造艙，開始注射重力鎓。在改造艙內的露比不斷髮出尖叫，大喊停止，這時黛西帶着黑爾將軍和梅及時趕到，菲茲關閉改造艙後，露比從改造艙緩緩走出，但露比的大腦已經被重力鎓雜聲干擾，控制不住自己能力的露比不小心把斯塔拉克的大腦捏碎，黛西和黑爾想把露比拉回正軌，而趁着露比還清醒的時候，梅急忙把菲茲夫婦帶離實驗室。黑爾想用母愛感化露比，但露比依然不受控制，重新回到研究室的埃琳娜認出露比是砍下她雙手的罪魁禍首，再加上露比的失控，埃琳娜不顧自身的疼痛，用超能力終結了露比的生命，死後的露比緩緩飄在半空，突然一陣能量波從露比身體內爆出，混亂之中，黑爾逃離實驗室。黛西指責埃琳娜的行為，但埃琳娜表示自己拯救了世界，並沒有什麼錯誤，事實在前，特工們也無話可説。逃走的黑爾找到神秘外星人，並把情報交給外星人，希望外星人能把神盾局殺光。

從九頭蛇處奪回人體改造艙後，神盾局便計劃把艙內殘餘的重力鎓取出並扔到太陽裏銷燬，為了蘿賓的安全，黛西準備把母女兩護送到安全地方，但黛西和埃琳娜卻重新為露比的死因爭吵起來，團隊氣氛逐漸惡劣，黛西甚至開始責怪菲茲和西蒙斯，看不下去的科爾森急忙調和氣氛，眾人只好一言不發地離開控制室。儘管科爾森願意接受自己的慢性死亡，但黛西和梅還是自作主張地為科爾森找到負責死亡戰士項目的資料，黛西藉着護送蘿賓的機會，獨自與莫里見面，莫里把有關延長壽命的資料交給黛西，並提醒黛西若要延長科爾森的性命，則需找到一項特殊的材料，黛西為了找到這材料，便開始在嘉穎·約翰遜的墓地挖起來。西蒙斯和菲茲在實驗室把重力鎓裝在容器，一旁的迪克害怕自己會消失，因此不斷要菲茲夫婦小心，菲茲急忙把重力鎓塞給迪克，好讓他閉嘴。塔伯特向科爾森表示自己最近一直在唸叨一個座標，科爾森這才意識到塔伯特已經把藏身處的座標交給黑爾，但為時已晚，藏身所上空突然出現一艘宇宙飛船。在藏身所的提醒界面上，科爾森卻失誤把威脅狀態調為核攻擊，藏身所立馬把所有通往外界的大門封鎖起來。外星人讓神盾局把重力鎓交出來，但以為自己非常安全的科爾森表示讓外星人放馬過來，斷開通訊後的外星人用傳送裝置直接跳過堅固的大門，來到藏身所內。逃過外星人追擊的迪克用通風管來到控制室內，迪克向科爾森等人介紹這外星人名為劫掠者，他們生性兇猛，劫掠者不僅可以讓周圍的電子設備失靈，還有異常靈敏的視力，根本沒有任何生物能與之一戰，科爾森急忙下令讓所有特工儘可能帶着重力鎓登上和風號撤離，菲茲和迪克正打算去控制模塊把藏身所已鎖定的大門打開，卻發現控制模塊已經被劫掠者破壞，菲茲和迪克只好原路返回控制室與科爾森等人一同防禦。埃琳娜從監禁室帶走塔伯特，但劫掠者已經把通往控制室的路截斷，兩人只好逃到西蒙斯所在的研究室，而為了保護實驗室裏所剩的重力鎓，眾人都衝出實驗室進行防守，只留下西蒙斯一人看守塔伯特，但精神不穩定的塔伯特為了扭轉戰局，用冷凍槍擊暈西蒙斯，並進入到人體改造艙內，用重力鎓改造自己，這次改造過程異常順利，塔伯特非常輕鬆地碾碎正在進攻的劫掠者，救下在外防守的特工們。在控制室堅守的科爾森和菲茲等人眼看着劫掠者越來越多，子彈均已用完，只能用拳頭搏鬥，就在彈盡糧絕之時，塔伯特及時趕到控制室，用超能力碾碎所有劫掠者，並把昏迷在地的科爾森帶走，醒來後的西蒙斯發現塔伯特已經把全部剩餘的重力鎓注射到自己體內。

為了應對外星人的攻擊，塔伯特親自踏入改造艙內並獲得重力鎓的超能力，近乎無敵的塔伯特直接帶走躺在地上的科爾森，兩人在空中緩緩向劫掠者的戰艦飛去。兩人登上戰艦後，名為科瓦斯的劫掠者首領在傳感器發現塔伯特和科爾森的蹤影，便急忙派手下去攔截兩人，在關押途中，塔伯特卻異常冷靜，聲稱要劫掠者嚐點苦頭。塔伯特和科爾森被帶到控制室，科瓦斯質問兩人有何企圖，但塔伯特卻用超能力殺死其中一位外星人以示權威，在如此強大的超能力面前，劫掠者也只好單膝跪下並效忠於塔伯特，在一旁的科爾森也只能默不作聲。邁克去清理藏身所的屍體時，一名倖存的劫掠者吞下毒藥開始瘋狂攻擊邁克，邁克和趕來的梅共同活捉劫掠者以求科爾森的下落，但未等劫掠者説話，劫掠者就因身體裏的毒藥發作而死，為了理解毒藥的原理，西蒙斯開始解刨劫掠者。趕回來的黛西正好碰上埃琳娜，兩人就外星人襲擊一事爭吵起來，甚至動用超能力毆打對方，梅迅速把兩人拉扯開，不愉快的黛西回到寢室開始沉思。迪克找到鬱郁不悶的黛西，並與黛西愉快地交流一番，恢復過來的黛西把自己母親的骨架帶到實驗室，並讓西蒙斯把治癒因子和藥水合成為科爾森的解藥，西蒙斯雖然不願意，但無奈黛西是領隊，也只好照辦。神盾局特工第五季分集劇情第20集電視貓。科爾森去探望在戰艦監獄裏的黑爾，兩人閒聊一會後便來到控制室，塔伯特一看到黑爾便開始發牢騷，幸虧科爾森在一旁和事才讓塔伯特冷靜下來。科瓦斯表示最權威的組織便是外星聯盟，塔伯特立馬要求科瓦斯組織與外星聯盟的會面。神盾局特工第五季分集劇情第20集電視貓。塔伯特與外星聯盟的六位成員見面後提出想加入聯盟，其中一名外星人拒絕塔伯特的要求，塔伯特立馬用超能力把外星人吸收入體內，剩下的聯盟成員束手就擒，塔伯特順利加入聯盟。會議後，名為塔裏安的克里人開始向塔伯特阿諛奉承，並表示滅霸的軍隊正向地球趕來，如果想要阻止滅霸，就要把地球內部的重力鎓挖出來強化塔伯特的能力，塔伯特毫不猶豫便相信塔裏安。塔伯特把自己的計劃告訴給科爾森和黑爾，但科爾森卻極力反對如此莽撞的行為，塔伯特開始與科爾森爭論起來，並讓科爾森下跪以示忠誠，科爾森為了活命只好照做。菲茲把剩餘的重力鎓整合到和風號後，梅與黛西便前往外星飛船拯救科爾森，發現和風號的塔伯特質問科爾森，雖然科爾森極力否認自己與此事相關，但塔伯特卻一意孤行，再加上黑爾突然污衊科爾森，塔伯特命令士兵去擊殺黛西與梅。黛西和梅輕易便擺平路上的士兵，來到控制室，神志不清的塔伯特與特工們爭吵起來，黑爾企圖用以往的洗腦詭計迷惑塔伯特，但塔伯特卻用超能力把黑爾殺死，並把科爾森等人關押起來。

塔伯特憑藉着自己的超能力在外星人聯盟裏立足於不敗之地，所有劫掠者都聽從他的號令，塔伯特擊暈黛西並關押科爾森和梅後便乘坐和風號返回地球，在藏身所的邁克和埃琳娜無法探測到飛船的信號因此也無法得知塔伯特的行蹤，靈機一動的埃琳娜從塔伯特的口頭禪中推斷出塔伯特的去向是家庭，兩人不顧滅霸正在摧毀紐約，埃琳娜和邁克驅車前往塔伯特的住所。返回地球后的塔伯特去探望克里爾，假裝想幫助克里爾但卻趁機用重力鎓把克里爾吸收進體內，完事後塔伯特趕到自己家中，企圖修復自己與兒子之間的關係，塔伯特並不斷安慰自己的兒子，但一旁的妻子卻想把塔伯特拉開，失控的塔伯特把妻子定在牆上，兒子大驚並開始責罵塔伯特，這時及時趕到的埃琳娜和邁克在屋外企圖阻止塔伯特，但塔伯特太過強大，埃琳娜和邁克只好看着塔伯特逃離現場，塔伯特為了讓自己變得更強，開始前往地心深處取出剩餘的重力鎓。克里人塔裏安藉此機會用特殊方法把黛西的神志帶到特殊的地方，想把黛西招進自己的團隊，醒來後的黛西發現自己身處於奇怪的空間裏，一旁的塔裏安表示黛西的肉體正被帶往監獄裏，而黛西的意志則困在這個空間裏受苦，但黛西未等塔裏安進行下一步計劃，便用強大的意志把自己從空間裏解脱出來，回到現實的黛西輕鬆解決周圍的士兵，開始在戰艦尋找科爾森等人的下落。在牢房裏的梅和科爾森就塔伯特的事情聊了一會便開始計劃逃亡，科爾森正想方設法把牢門打開時，迪克就已趕到並把兩人從牢房裏解救出來，三人在逃跑過程中遇上難纏的劫掠者，但幸好黛西及時趕到現場解決戰鬥。四人團聚後開始制定新的計劃，科爾森和黛西返回地球尋求幫助，而梅和迪克則負責解決外星人飛船上瞄準地球的導彈。梅和迪克來到控制室把看守的劫掠者逐一擊倒，迪克憑藉着自己能閲讀克里人字體的能力，把導彈的目標改為外星人戰艦，趕來的雷默思也只能眼睜睜看着導彈往自己戰艦襲來，而梅和迪克則用傳送裝置返回地球，而科爾森在乘坐飛船返回地球的途中，意外暈在地上。西蒙斯明白如果把治癒因子和蜈蚣血清結合起來，將能製造出一種非常強大的解藥，科爾森的病也將被治好，菲茲回想起埃琳娜的警告，菲茲認為如果嘗試拯救科爾森會導致世界末日，而真正拯救科爾森可能會拯救世界，西蒙斯對此觀點也表示贊同。暈倒的科爾森被送到藏身所的醫療室，黛西正打算用解藥救助科爾森，但菲茲卻表示唯一剩下的解藥既可以用來拯救科爾森，也可以用來摧毀失去控制的塔伯特，這意味着要麼拯救科爾森，要麼拯救世界。

科爾森暈倒後，特工們就解藥一事爭論起來，黛西認為用解藥救科爾森的性命更好，而埃琳娜則堅持不能救助科爾森的原則，要把解藥用在塔伯特身上，雙方爭執不下，埃琳娜只好用瞬移超能力把解藥拿到手，情急之下梅只好把另一樣殺死塔伯特所須的藥品打碎，埃琳娜見狀，趴在地上哭了起來，邁克趁機從埃琳娜手中奪回解藥，要求菲茲儘快救助科爾森。科爾森醒來後，西蒙斯把解藥放在牀邊，並解釋這種解藥不僅可以拯救科爾森，還能提供額外的力量。梅向科爾森透露自己內心的真實感受，希望科爾森能存活下來繼續帶領這支團隊並在將來可以和梅相親相愛，但科爾森卻沒有明確表示會乖乖注射解藥。塔伯特為了得知地球上最後的重力鎓，特意把蘿賓母女捉到戰艦上，但蘿賓卻不肯把重力鎓的位置透露給塔伯特，塔伯特只好用蘿賓母親的生命威脅蘿賓，無奈之下蘿賓只好全盤透露。得知重力鎓的位置後，塔伯特把戰艦停泊在芝加哥城區的高樓上，神盾局特工得知消息後立馬乘坐和風號趕往現場。戰鬥前夕，黛西在飛船上向眾人承諾自己的不足，並把團隊指揮權交給邁克，這時科爾森顫顫悠悠地從艙門走出，特工們非常開心能見到重新行走的科爾森，團隊重整旗鼓後，便開始準備對付在外大肆破壞的塔伯特。塔伯特為了得到地底的重力鎓，不斷破壞地殼結構，與此同時，特工們盡力把周圍街區的居民護送到和風號上，而邁克和梅找到塔伯特的戰艦，在戰艦門口的蘿賓表示母親正被關在戰艦的監獄裏，邁克二話不説便衝進戰艦裏尋找蘿賓母親的下落，但在路途上遇到劫掠者，而及時趕到的菲茲和梅成功把劫掠者擊退，救出蘿賓母親。黛西與科爾森稍作告別後，拿起科爾森帶來的裝備，便開始迎戰塔伯特，但就在黛西離開沒多久，科爾森便倒在座位上，特工們發現科爾森根本沒有注射解藥，而解藥卻不見蹤影，內疚的埃琳娜只好拼命按壓科爾森胸部，企圖喚醒科爾森。來到戰場的黛西試圖喚醒塔伯特的良知，但塔伯特卻頑固不變，堅決不相信黛西的奉勸，兩位超能力者開始戰鬥，從天上打到地表，然而黛西哪是塔伯特的對手，正當塔伯特試圖用重力鎓把黛西吸收進體內時，黛西發現自己手套裏裝有科爾森的解藥，走投無路下，黛西把解藥注射進自己身體，獲得額外力量的黛西用震波把塔伯特震到外太空，塔伯特因缺氧和低温死在外太空，未來正式被改變，地球沒被震裂。但在黛西和塔伯特的打鬥途中，兩人的攻擊波不斷撼動附近的大樓，菲茲在逃離時被碎石砸到，邁克和梅把碎石挪開後，卻發現菲茲已經被鐵片穿身，無法救治。在邁克的陪伴下，菲茲慢慢死去。大戰結束，科爾森考慮到自己也活不久，便決定退出神盾局，打算去海邊享受餘生，科爾森和團隊告別後，便與梅留在環境優美的海灘，而菲茲的妻子西蒙斯則決定去尋找還在太空中冷藏的菲茲，因為剛剛逝去的菲茲在西蒙斯的時間線屬於未來，而現時間線的菲茲還在冷藏倉裏準備到達未來。

神盾局特工一直都在試圖拯救人類，可是他們發現似乎越努力，越會事與願違。菲茲遭遇意外，為了避免他死去，只能先被冰凍睡眠，在外太空遊走着....一年後，戴維斯駕駛飛船，帶着夥伴們逃脱敵人追擊，卻誤入了德瑞林的領地，這已經違反了銀河條例。為此，他們必須接受登船檢查。黛西走到船艙外接受檢查，為首的人態度十分不遜，她就小施技巧教訓了這個人，還挖出了可追蹤燃料的線索。在地面上，麥克為首的神盾特工組織在追查一個無名者的行蹤。他派出了梅，但還是鎩羽而歸。麥克很焦慮，只能看着科爾森局長的影響緩解心情。他希望梅多招募一些聰明的人進來，儘快完成任務。梅很盡責的帶來了馬庫斯博士，一所大學的教授。麥克和這位教授找到了感情上的共鳴，為了死去的知交好友，他們必須繼續努力下去，重建神盾特工學院。黛西和同伴們一直在尋找菲茲所在的飛船，這次在德瑞林找到的線索，發現了一半的飛船遺骸。裏面沒有屍體，卻也代表着不妙的情況。這種情況讓戴維斯和西蒙產生了動搖，他們思考是否要回去地球，與大家重聚。就在這時，西蒙躺進了菲茲曾經睡眠的冷凍艙裏，淚水朦朧中她看到了內壁上有兩行小字。上面寫明瞭冷凍艙的產地是那羅阿契亞，一顆行星，或許菲茲會去那裏想辦法去重新冷凍自己。西蒙想要去這顆行星，但是黛西和戴維斯這些朋友十分反對，因為這所飛船需要回去尋找供給才能繼續去往深空。正在大家爭執的時候，聯盟的驅逐艦從上方經過，隨時可能發現他們。驅逐艦發射出許多炮彈，戴維斯必須帶着大家跳躍回到地球了。而西蒙斯卻做了相反的選擇...有一個疑犯在穿越牆壁時被凍結，梅和馬庫斯正在研究他，發現他的懷裏有一個表，上面寫出了時間和座標。麥克很快判斷出，這是他們追蹤的那夥人的下次行動地點。凱勒、福斯特、梅和悠悠很快行動，包圍了嫌犯。但是一場爆炸還是發生了，巨大的衝擊阻斷了通訊信號。梅和夥伴們只能眼睜睜看着嫌犯逃走，卻無能為力。在另一個星球上，菲茲似乎復活了，而且偽裝成外星人的樣子正常生活着。

中士帶領他的三位傭兵賈科、派斯和雪花沿路洗劫所需物資後，將整輛行動貨車停在一間碼頭保持隱形狀態，隨後闖入一間珠寶店搶走大量能產生出強大壓電效應的水晶，準備將其作為他們的武器燃料。神盾局得知線報後集體攻入珠寶店，但中士靠手上科技製造直通貨車的傳送門作為撤離手段。梅認為對方“冒充”考森，獨自到碼頭找到隱形貨車，上車後連續擊敗賈科、派斯和雪花，但最後看到有着考森模樣的中士而遲疑，因此打輸而被扔回珠寶店，也因傳送門消失而追丟。班森調查出中士的DNA跟考森幾近吻合，當他分析混凝土牆屍體上的生物硬盤時，靠裏面保留的一段錄像得知，中士的團隊似乎親眼目睹過一座外來世界毀於一旦。另一方面，困於宇宙的費茲和伊諾克自從船被未知敵人摧毀後，藏身於一艘西維亞人的工程船上，費茲的人類身份一度暴露，但動手能力被艦長威洛賞識而保住一命。然而，威洛有意想殺死其他沒有用處的船員，費茲無法坐視不管，因此故意修改船上的氣閘系統，讓威洛跟他的隨從集體被吸進太空喪命。當船體即將抵達目的地“納洛阿奇亞星”（Naro-Atzia）時，費茲深知其他船員無法應對該星球的殘酷制度，因此暫時帶領其他船員開往別處。當他們離開不久，黛西一行人所在的和風一號抵達該星球，跟費茲的船擦肩而過。

費茲和伊諾克抵達銀河系不法分子羣聚的賭城星球“基特森星”，由於船在卸貨途中被運貨者佔領，兩人被迫走入賭場參與各式各樣的賭博來將船贏回來。精算頭腦卓越的伊諾克起初在賭局中大贏，但後來不慎中對手的計而輸掉手頭所有籌碼。費茲冒險拿自己做賭注參與一場高風險賭局，任何輸家將會有慘痛下場。另一方面，潔瑪一行人抵達納洛阿奇亞星海關時，一位同是長生人的賞金獵人瑪拉基登艦尋找費茲，稱費茲本應在一年前就已身亡。黛西制伏瑪拉基後照他的情報前往基特森星，戴維斯到達後順手拿到一種外星食品且分給黛西和潔瑪食用，卻未知裏面有類似迷幻藥的成分。他們三人很快便神志不清，黛西和潔瑪跑到賭場把酒歡、表露心中的秘密。瑪拉基趁派珀和戴維斯不注意時逃離監禁，遠程使伊諾克全身停機、產生出一種刺耳頻率，由此追蹤到他和費茲的所在位置。費茲將伊諾克重啓後，伊諾克得知對方負責前來殲滅他們，而其他三位跟瑪拉基同是獵人的長生人殺進賭場，黛西想辦法集中注意力將三人擊敗。潔瑪這時剛好和逃出房間的費茲相遇，但兩人剛要上前擁抱，瑪拉基一瞬間用傳送盤趕到、將費茲抓走後撤離現場，再次錯過他的潔瑪僅碰上伊諾克。與此同時，身在地球的中士用奪取的水晶作燃料，往星空發射光束來得知他們的“目標”位置。

迪克在一年期間離開神盾局，獨自創立一間科技公司，大多用自己擅長的框架構建技術與一些神盾局科技為藍本，靠網紅女友索柯雅的宣傳而大紅大紫。然而，中士一行人開始追尋任何“不該在這條宇宙中存在”的目標人物，首先用一把特殊小刀殺死一位中年人並使其“水晶化”致死後，隨即來到科技公司追殺身為目標之一的迪克。中士起初冒充考森身份卻被迪克識破，整間公司人員被嚇跑後，迪克的親信崔佛·可汗同身為神盾局特工，呼叫麥克和梅帶隊前來。中士一行人開始用煙霧彈掩蓋行蹤時，迪克得知索柯雅困在大樓裏而一同前去幫忙，營救她的同時還幫麥克相繼打敗並抓獲派斯和賈科。唯獨中士和雪花逃之夭夭，但兩人將梅劫持走作為人質。在燈塔，埃琳娜和凱勒還未告知麥克關於他們倆的戀情一事，協助班森解剖被中士殺害的受害者屍體。他們調查得知受害者沒有特殊背景，屍體內部存在一隻外型類似蝙蝠的神秘寄生蟲，作用於能將人體血液轉化為自爆用的助燃劑。班森拔出兇刀的一瞬間導致寄生蟲逃脱，其飛入凱勒的嘴中爬進他的身體裏寄生。班森得知凱勒即使強行動手術也性命難保，凱勒沒來得及進隔離室，全身開始水晶化而變成足以摧毀整座燈塔的自爆裝置，無從選擇的埃琳娜只好忍痛用中士的小刀刺死凱勒來避免釀成慘劇。

梅被挾持過程中發現中士的大部分言行舉止跟考森一樣，而中士再度抓獲並殺害一位體內同樣感染寄生蟲的男子，將梅跟屍體關在一起，迫使她拿刀自衞刺死該寄生蟲。中士講解該寄生蟲稱作“伯勞”（Shrike），一種靠寄生宿主得以生存乃至毀滅世界的外來世界生物，只聽命於它們的“創造者”。中士稱自己的團隊靠穿越各個世界，只為將所有伯勞跟其創造者一網打盡，梅最終反擊成功而抓獲他和雪花，將整輛貨車開回燈塔基地。當埃琳娜仍然在哀悼凱勒之死時，班森取出裏面確認死亡的寄生蟲與唯一能殺死它的小刀材質相比較，發現跟神盾局先前查獲的三塊不同顏色和屬性的巨石極為相似。麥克分析首位感染者被殺前準備去的目的地得知，推斷這些寄生蟲會本能性驅使它們的宿主前去地脈交界處匯聚，靠自爆手段炸燬行星能量矩陣，乃至毀滅整個地球。黛西一行人逃出基特森星後再度遇到銀河聯盟艦隊，但艦隊領袖是長生人將領阿塔拉，其母星被“神秘瘟疫”摧毀後佔領聯盟艦隊。阿塔拉同時揭示她指派瑪拉基挾持費茲，強制黛西一行人將穿越時間的方法和儀器提供給她，伊諾克只想保護費茲而將潔瑪出賣給阿塔拉，不想讓同伴繼續涉險的潔瑪決定投降，讓黛西三人被放過後駕駛和風一號回到地球。伊諾克如實對費茲供述自己出賣他和潔瑪，將他們倆交予阿塔拉處置。

阿塔拉使用一台特殊腦波儀器，將費茲和潔瑪兩人的意識困入一間思想牢獄中，強制他們必須合作解答時間穿越技術。兩人在牢獄裏獨處的過程中，潔瑪不肯告知費茲關於她們成功改變未來、打破時間輪迴卻導致他和考森最終喪命的事情；在外監視的阿塔拉也逐漸不耐煩。兩人隨後走訪他們在神盾局學院認識彼此、乃至一起被考森招收進團隊的美好回憶，但費茲最終靠潔瑪的一段回憶中，得知自己喪命並已經和她結婚的實情。隨着費茲的頭腦一時無法承受事實，不慎釋出框架中的邪惡費茲，導致潔瑪命懸一線；而費茲則被一個“喪屍化”的潔瑪追趕，其由潔瑪多年來累積的精神壓力所塑造出來。兩人均被擒獲後備受折磨，一度用頭腦塑造出自己的戰友來脱身，隨後躲在一起時發生激烈爭吵。但他們靠這些年面對過如此多的困難、卻依然屹立不倒的強大愛情，最終諒解彼此而克服各自心中的恐懼。在現實，由於阿塔拉準備對他們實施刑求手段，伊諾克再也無法忍受她的殘酷，因此背叛且擊昏阿塔拉和她的所有部下。費茲和潔瑪受他的幫助而在現實清醒並團聚，隨後跟着伊諾克用傳送盤集體傳送至未知的地方。在地球，黛西向麥克彙報費茲還活着後，順勢彙報長生人的母星被毀的情報，而麥克逐漸認為毀滅長生人母星的罪魁禍首，如今可能就躲在地球的某處。

費茲、潔瑪和伊諾克三人不巧被傳送盤送回基特森星賭場，傳送盤隨即丟失而使他們受困，之後還因先前引發騷亂而被星球統治者基特森先生抓獲。費茲和潔瑪被鎖進斷頭台作為餘興節目，正當他們命懸一線時，一位星際女傭兵伊賽爾出錢解救出他們倆和伊諾克。伊賽爾表示她即將前往地球去取回有人從她手中偷走的“高價文物”，因此決定招募來自地球的費茲和潔瑪。四人於是聯手搶回被人扣留的西維亞工程船準備航回地球，而伊諾克認為自己使命已達成，決定就此跟他們分道揚鑣，準備去幫其他長生人尋找新家園。在地球，中士一行人被神盾局關押，黛西等人對中士有考森的長相感到極為震驚，四個人都不配合審訊、一心只想離開並繼續他們的任務，賈科一度試圖靠“噴火”逃生卻再度被黛西制伏。迪克靠中士的追蹤器得知兩個伯勞宿主即將匯聚，麥克派梅和埃琳娜搶先帶隊活捉到兩個宿主，將他們關入隔離艙帶回去治療。但兩個宿主很快開始互動結晶，即將從隔離艙中突破出來。整架飛機命懸一線，神盾局不知如何應對這種情況，無從選擇的麥克向中士承諾會釋放他們並歸還貨車，才讓中士透漏伯勞的一大弱點在於怕冷，梅迅速攀升飛機高度、降低機內温度才使兩個宿主解體，及時救下飛機上的隊員。麥克承認他的方式這次將不管用，因此只能姑且聽從中士。

中士稱所有伯勞宿主會受本能驅使前往同一個地點匯聚，用各自的軀體結晶建成一座水晶塔來為其創造者鋪路，而整座塔最後會轉化為成千上萬只伯勞吞噬整個地球。麥克勉強跟他達成共識，釋放雪花並指派梅、黛西和迪克跟隨他前去，自己暗中帶隊搭乘和風一號在空中監視；靠班森找到的情報，麥克發覺伯勞創造者極可能是印加神話中的一位古老惡魔。行進路上，黛西無法問出中士的來歷，而中士唯獨交代伯勞的創造者名叫“伊賽爾”，稱她殺死過自己的家人。在外太空，對伊賽爾身份毫不知情的費茲和潔瑪靠完善引擎，成功使工程船跳躍至地球附近，同時得知伊賽爾要找的文物是當時已炸燬的三塊巨石。伊賽爾暗中製造出多隻伯勞寄生所有船員，僅除費茲和潔瑪。當地球上所有宿主開始建塔時，一心想自保的派斯供出中士準備用貨車炸燬整座塔來殺死伊賽爾。當時，中士將貨車設定好自動駕駛、全速行駛至水晶塔方向進行碰撞即爆，甚至拋棄同伴雪花走為上策，製造傳送門逃至和風一號上救出派斯和賈科。梅一行人只好釋放雪花共同想辦法，唯一懂電工的迪克想辦法拆解炸彈。伊賽爾的船進入大氣層後開始靠近水晶塔，讓眾人面臨可能會造成“毀天滅地”後果的星際碰撞。另一方面，伊諾克開始聯繫老朋友重建長生人文明時，瑪拉基仍然在想辦法抓回費茲和潔瑪。

中士攻下和風一號艦橋，命令戴維斯讓飛機遠離水晶塔。貨車上的迪克無法拆解炸彈時，黛西情急之下製造震波將炸彈包裹起來免受衝擊，但貨車依然撞毀整座塔而釋出一羣伯勞，使梅一行人被困在車中。就在快抵擋不住之下，黛西採取“咽喉點”作戰方式打開後門，用震波粉碎所有飛進來的伯勞。見計劃失敗的伊賽爾開工程船離開大氣層，迫使中士不顧一切的追趕她，當派斯被埃琳娜挾持時，中士寧願殺死他得以繼續追擊。不情願繼續這麼做的賈科選擇幫助埃琳娜，讓麥克擊敗中士奪回控制權。身在工程船上的費茲和潔瑪感覺到伊賽爾心懷鬼胎，想辦法躲避她的同時聯繫上和風一號，麥克帶領埃琳娜、戴維斯和自願協助的賈科，乘坐昆式戰機至工程船上展開營救。費茲和潔瑪最終獲救，但所有寄生伯勞的船員迅速包圍他們，賈科於是製造直通貨車的傳送門，讓神盾局全員得以正式團聚。為了完成使命併為已故家人報仇，賈科向眾人告別後獨自拿炸彈回到船上，引爆炸彈跟所有宿主在太空中同歸於盡。危機結束後，眾神盾局隊員在燈塔基地慶祝勝利，戴維斯喝完酒就很快昏睡過去。中士遭關押以外，雪花因做過貢獻而在牢房裏得到特殊優待，麥克和埃琳娜經過這場行動釋盡前嫌而重新開始交往。但後來，梅來到中士的牢房，失控般的對中士身上開槍，看似將他槍殺身亡。

中士的遺體被送至實驗室，身負致命傷卻還有脈搏，連傷口都開始慢慢自愈。動用私刑的梅一開始自行認罪，但後來卻又改口稱她不記得事情經過，只記得她離開派對不久後就斷片。戴維斯同樣不記得任務結束後的經歷，眾人斷言伊賽爾靠附身能力潛入基地。麥克立即封鎖整座燈塔，分別用提問心事的方式來查證在場同伴是否被附身，並將無嫌疑的黛西和埃琳娜關起來以防止伊賽爾附身於她們。由於回答不出問題，伊賽爾自行現身索要屬於她的三塊巨石，連續附身過多數人後、轉移至戴維斯身上而控制他從平台上跳下去墜亡，最後又轉移至擁有最高權限的麥克身上。費茲調查出三塊巨石分別擁有空間、時間和創造屬性，推斷考森一年前將恐懼維度封閉時，無意間讓巨石創造出另一個他且送往過去。中士這時清醒並逃出監禁，跟奪取到封存巨石能量的重力?球體的伊賽爾對峙。伊賽爾表示中士和她都來自一座非物質精神世界，僅是獲得考森軀體而得到一些認知及回憶；伊賽爾還告知中士的本名為“帕查庫特克”（Pachakutiq），一直以來對她的“憎恨”其實都是“渴望”。中士拒絕接受現實，伊賽爾附身於趕到門口的埃琳娜，迫使黛西等人讓她帶着球體搭乘和風一號離開，麥克冒險自願跟她一起走。記憶雜亂無章的中士被關回牢房，焦躁不安之下開始湧現出他的真實力量。

神盾局全員開始全力搜尋麥克和埃琳娜下落，梅試圖向中士問出一些關於考森“回憶”的資訊，但中士不想配合她、同時體內力量開始失控。焦慮不安的黛西急切想弄清楚中士的底細，她不聽人勸的舉動讓所有人看出她一直以來都在逃避考森已死的事實。黛西於是想辦法讓自己接受事實，用震波扭斷中士的脖子使他再次復活，使他完全顯露出強大力量，開始四處尋找出路。黛西試圖拿中士的劍阻止他，但親耳聽見他叫她一聲“絲凱”後便收手，認同他體內留有許多考森的意識。中士被勸降後，費茲、潔瑪和迪克靠中士的話共同解答出伊賽爾的能力跟共振頻率有關，於是開始着手為所有人制作便攜式屏障。伊賽爾附身於麥克叫來班森詢問她的一座瑪雅古廟位置，為了讓班森配合而開啓恐懼維度製造出班森已故丈夫的化身，威脅會讓班森反覆目睹丈夫死亡的慘劇。班森迫不得已交代出古廟位置，麥克和埃琳娜想辦法讓他用飛機的隔離艙撤離出去通報神盾局。飛機抵達古廟後，伊賽爾威脅麥克和埃琳娜幫她描繪出巨石原先的模樣，藉以幫她重新構建、打開通往她家鄉維度的通道帶來她的家人。兩人不願配合她，但三塊巨石隨即創造出他們在未來結識的年輕異人佛林特。另一方面，瑪拉基決定佔領地球來重塑長生星，於是帶頭背叛殺害阿塔拉，獨自掌權成為長生人最高統領。

麥克和埃琳娜目睹佛林特被巨石創造出來，其留有起初在未來時的意識和記憶，但伊賽爾附身於他、用其異能重新造出三塊巨石，吟著歌打開通往黑暗次元的傳送門。伊賽爾隨即打斷佛林特的腿，其隨即釋出一大羣伯勞至附近村落寄生人類組成“喪屍”軍團。在燈塔，迪克用中士的匕首造出一系列能攻克伯勞的武器，梅、黛西、派珀和中士搭機抵達古廟附近，黛西想辦法引開其他喪屍時，梅陪中士進入古廟對峙伊賽爾。迪克召集他公司的科研團隊，準備運用還未完善的跳躍引擎，他自行揹着引擎卻奇蹟成功傳送至古廟內。迪克趁機在巨石所在處安置攝像頭，幫忙解救出麥克三人後，卻得知引擎需要長達半小時的充能才能再次使用，因此他只好獨自引開其他喪屍躲入昆式戰機裏被包圍。麥克和埃琳娜將負傷的佛林特送回飛機，命令派珀帶着他離開現場去療傷後，緊接着被成羣的喪屍追趕的黛西跑回來避難，卻也將大量喪屍引入飛機，使他們被團團包圍。在廟裏，中士無法殺死眼前的伊賽爾，開始處在考森皮囊及本體之間左右為難，即使梅盡全力試圖勾起中士好的一面，但中士最終選擇遵從自己的本體，用手中的劍刺穿梅的胸膛後，將她扔進通往黑暗次元的傳送門作為信號。另一方面，伊諾克在基特森星會見同是人類學家的舊識以賽亞時，未知他已倒戈忠於瑪拉基而遭到他偷襲。

費茲和潔瑪剛目睹梅被刺殺的慘況，緊接着瑪拉基帶領獵人入侵燈塔基地展開血洗，透過費茲和潔瑪的記憶陸續癱瘓神盾局所有緊急規程，同時獲得考森遺留的工具盒。費茲和潔瑪原本準備用自殺式攻擊摧毀所有神盾局儀器，兩人所幸被事先偷用以賽亞皮囊的伊諾克解救，他同時為兩人提出唯一的“解決方案”。另一邊，麥克三人抵禦喪屍進攻時，埃琳娜不慎被一隻伯勞寄生而受感染，迪克及時駕駛戰機解救出他們。這時，梅掉進無生死的黑暗次元，即使身負重傷卻仍然甦醒繼續行動，她干預兩界連通的過程迫使伊賽爾親自進入次元跟她決鬥。黛西和麥克回到廟裏跟化為本來面目的中士正面交鋒，但回到現實的伊賽爾當場被身後的梅刺殺，麥克拿起同一把劍將中士斬殺使他不復存在，埃琳娜體內的伯勞也死去而使她恢復自我。傳送門關閉後，臨死的梅原本準備在另一世界跟考森相會，但潔瑪突然帶領她的團隊現身、將梅放進冬眠艙保持靜止、採集巨石樣本、將眾人疏散至“升級”過的和風一號上後，趁長生人將整座古廟連同所有巨石全部摧毀前逃跑。靠費茲遠程操作升級過的跳躍引擎，一行人搭乘和風一號時間旅行至幾十年前的紐約市，潔瑪稱這麼做能讓她們提前做好抵禦長生人進攻的完全準備；同時為了應對對方知情神盾局的機密，她們被迫啓用以長生人技術強化過的機械考森。

神盾局搭乘和風一號時間旅行至1931年的紐約市，潔瑪、黛西和麥克目睹機械考森啓動，其擁有考森生前全部記憶、包含他去世這兩年期間的事情。考森慢慢消化腦中的記憶數據，潔瑪彙報一羣長生人同樣穿越回到過去試圖制止神盾局創立。一行人於是喬裝打扮融入過去經濟大蕭條社會，冒充皇家騎警偵辦一座堆積三具無臉屍體的詭異命案現場，調查發現長生人換臉冒充成本地警察，而黛西和迪克隨後擊敗並捕獲一名前來清理後患的長生人，帶回和風一號審問。考森和麥克調查死在現場的私酒販，走進一間名為“劍魚”的地下酒吧，其由柯尼吉家族祖先恩尼斯特經營，靠他的情報推斷長生人即將暗殺現為紐約州長、次年當選美國總統的富蘭克林·德拉諾·羅斯福。靠恩尼斯特手下的年輕小夥佛雷迪協助，一行人混進羅斯福的晚宴，但發現敵人始終沒有對他下手。潔瑪實施機體過載的刑求手段，得知長生人的真正目標實為跟在考森一行人身邊的佛雷迪，而佛雷迪剛跟一位穿紅裙的神秘女子接頭、獲取一系列神秘藥瓶後遭到長生人襲擊。考森一行人出手相救擊退敵人，同時將受槍傷的紅裙女子帶回酒吧搶救，還被告知佛雷迪全名為威佛雷德·馬利克，未來九頭蛇領袖吉迪恩·馬利克之父；為了不干預歷史進程，考森決定保護馬利克免受傷害。負傷的梅在伊諾克的監管下療傷靜養，隨後在他不注意的情況下清醒。

迪克和麥克護送佛雷迪離開晚宴，決定繼續保護他前去向不明買家交貨，三人搭上火車遠離通訊範圍至不明地點。就在長生人四處尋找佛雷迪時，考森一行人將其聯絡人薇拉救醒後問出她身為九頭蛇間諜，不久前將亞拉伯罕·艾斯金研發的超級戰士血清原料交給佛雷迪送貨，並即將作為約拿·施密特的實驗血清。在和風一號上，梅清醒後似乎被之前負傷影響身心，開始咄咄逼人、不顧勸阻想出去幫同伴，迫使伊諾克盡其所能阻止她。

神盾局全員穿越至1955年，降落在內華達州51區的古魯姆湖附近，得知51區當時作為神盾局其中一處研究基地。眾人推測長生人這次準備摧毀神盾局“赫利俄斯計劃”的離子聚變反應堆，進而殺死神盾局智囊團，由於反應堆還未完善，長生人同時將會犧牲一人作為供源。眾人首先綁架來自美國國防部的基地高層傑拉德·夏普，將他抓回和風一號上審問基地情報，但夏普寧死不屈而讓眾人無從查實。

考森恢復清醒後接受蘇薩偵訊，因體內系統出錯而視角變為黑白化，還能聽見“內心獨白”。考森同時意識到當天是1955年7月22日，蘇薩為霍華·史塔克遞送重要物品時殉職之日，於是首先冒充成蘇薩的聯絡人，得以慢慢將蘇薩引導至前往洛杉磯的火車上，同時秘密聯繫仍然在當酒保的伊諾克聯繫上和風一號。迪克和埃琳娜獲取蘇薩負責運送的物品“羅賽達石”，作為神盾局未來科技藍本，但一羣九頭蛇成員現身劫走迪克，將他帶回去見到如今成為九頭蛇頭領的年長佛雷迪，其饒過迪克以償還24年前的“救命之恩”。

神盾局抵達1973年的紐約市，首先回到劍魚酒吧的神盾局慶功會，但卻發現本已在三年前去世的馬利克伴隨兩個兒子吉迪恩和奈森尼爾現身，與瑞克·史東納將軍共同準備開始“洞見計劃”的工程，意識到長生人正在修改歷史，營造屬於他們的未來。馬利克迅速認出曾經見過的考森，聯繫長生人前來將他們包圍，黛西挾持奈森尼爾做人質來突圍，同時在奈森尼爾面前展現異能。伊諾克及時開車趕來接上他們，但眾人剛回到和風一號上就馬上時間穿越至1976年；當日是洞見計劃的攻擊型人造衞星的發射日。

衞星被擊毀不久，燈塔進入封鎖且自動向和風一號發射導彈，其中一枚導彈擊中飛機而使時間跳躍引擎嚴重受損。迪克、潔瑪和伊諾克努力搶修時，迪克碰巧撞見伊諾克正在檢查潔瑪頭腦中的某種裝置，一問才得知那是潔瑪自制的記憶抑制器，能封鎖她的一部分記憶來確保不泄露時間旅行機密以及費茲的藏身地點。另一邊，奈森尼爾綁架蘇薩和黛西，採用懷特霍的方法提取出黛西的一部分身體細胞而移植到異能，然而一時無法控制住震動而被塌下來的屋頂砸昏，得以讓蘇薩帶着奄奄一息的黛西回飛機上治療。被關的考森和梅意識到三名基地重要官員都被長生人替換，於是及時逃脱救下遭長生人伏擊的史東納，同時讓他眼見為實。考森獨自進入藏於基地地下的長生人艦船，與長生人的預測者茜比爾交談，考森表示人類永遠不會屈服於侵略者，説完啓動炸彈而跟整艘艦船“同歸於盡”。麥克和埃琳娜潛入回燈塔救出他的父母，跟梅會合後受史東納的掩護而撤離。然而返航途中，梅感受不到麥克父母的情感，意識到他們同樣被長生人替換。麥克隨即證實對方已殺死他的父母，悲痛之下將這對冒牌貨扔出戰機。眾人匯聚後時間跳躍至1982年，打擊沉重的麥克獨自外出散心，迪克剛出去追他，整架飛機無預警地跳躍至下一年代，使他們兩人困於1982年。

麥克和迪克受困1982年，失去父母而身心消沉的麥克在接下來的一年半時間裏獨居一屋、借酒澆愁，決定不再走出屋外半步。迪克在這段時間多次看望麥克，同時招收新成員組建起“迪克小隊”，行動時以搖滾樂隊作為偽裝身份，演唱當時還未創作出來的1980年代流行音樂，回到當時關閉的燈塔基地作為總部。迪克盡全力拉攏麥克入伍，告知原本犧牲的考森將其意識保存在硬盤中，如今靠錄影機的形式現身給予指引，透漏長生人的預測者茜比爾同樣躲在旁邊小鎮的供電站。另一邊，茜比爾誘使一名電腦工程師幫她打造出機器身體得以自由行動後，自行製出兩架能使用武器的機器人入侵燈塔基地，打算尋回她用來預測未來的時間流硬盤。麥克目睹機器人闖進基地大開殺戒，決定振作而重新擔任局長，指揮迪克小隊摧毀兩架機器人。而茜比爾主體現身發射激光，迪克自願當誘餌引開其注意力後，麥克扔炸彈將茜比爾炸碎。走出陰影的麥克陪迪克去探望10歲時的自己和弟弟魯本，以送禮的方式進行安慰。不久後，和風一號經過時間穿越而抵達，埃琳娜和梅第一時間趕到燈塔跟他們兩人重聚並結識新人，迪克將這二十個月的經歷如實彙報。另一方面，茜比爾靠聲東擊西戰術成功尋回自己的硬盤，帶回給她當時與之聯手的奈森尼爾手中，指引他進行下一步。

由於時間跳躍引擎在先前襲擊中受損，整架和風一號開始不穩定地進行時間跳躍，而每次飛機停留時間會縮短，持續下去將會在時空奇點中粉碎。埃琳娜身為眾人當中唯一能靠近並停止引擎運作的人，但她至今無法恢復異能，養傷中的黛西提議去找她當時身在來世的母親嘉穎治療。別無選擇之下，埃琳娜和梅定好回飛機的特定時間，隱藏身份蒞臨來世會見年輕時的嘉穎，兩人首先發現一位異人少女蔻拉正在進行艱難的過渡。嘉穎協助埃琳娜進行完生理檢測後發現無異狀，告知她的狀況源於心理障礙，而逐漸增強情緒感受能力的梅認為埃琳娜心裏有邁不過去的坎，而埃琳娜坦白她自責近年來多次衝動行事、引發眾多死傷，尤其童年時的一個無心之舉害死過她的叔叔。然而不久，掌握震波異能的奈森尼爾靠茜比爾的指引找到來世的位置，接納無法適應嘉穎方式的蔻拉，跟她聯手領軍攻佔來世。嘉穎無法勸阻“女兒”蔻拉誤入歧途，被迫跟埃琳娜、梅與年輕的高登用瞬間移動逃出，剩下的居民全部被敵人圍捕。梅分給嘉穎和高登下次會合用的時間手錶後分頭離開，兩人緊急在和風一號快支撐不住時返航。埃琳娜回去時突然意識到是自己選擇“退縮”，因此重新施展能力停止引擎，並從此不再會“迴歸原點”。然而一波未平一波又起，重啓診斷中的引擎再次突發失控，將眾人送入未知的時間點。

隨着時間跳躍引擎過載，整架和風一號掉進時間風暴中，沉睡在冬眠艙中的黛西在危急關頭清醒，但意識到她已醒來過多次、並重復經歷相同的事情，最後意識到她掉進只有短時間限制的時間輪迴中，但飛機卻會一點一點接近風暴中心直到摧毀。黛西發現充能中的考森身為另一名記得每次輪迴經過的人，他注意到每當黛西一旦在輪迴中死去，她會失去輪迴時的記憶而“重新來過”。因迪克一次將潔瑪的記憶抑制器一事説漏嘴，黛西和考森認為去除抑制器恢復潔瑪的記憶才能得到解救方案，但每次移除過程連續發生離奇意外，造成潔瑪與旁觀者的死亡。隨着多次推測，考森意識到行兇者是伊諾克，其僅服從潔瑪為他編入的“守護抑制器”的指令。然而機上的人即使共同作戰都無法阻擋伊諾克，黛西只能一次又一次另想辦法，這段期間無意間愛上無條件幫助她的蘇薩。靠同伴實施調虎離山計拖延時間，黛西和考森成功移除抑制器得出唯一的解決方案，靠伊諾克的電源機制修復引擎，但移除電源同時會犧牲伊諾克。在最後一次輪迴中，伊諾克自願拔除自己的電源交給潔瑪，讓眾人成功修復引擎而脱離風暴，黛西和考森陪伴伊諾克至生命盡頭，而伊諾克彌留之際告知，這即將是他們神盾局小隊的“最後一場任務”。在來世家園，蔻拉在奈森尼爾的訓練下成功掌握住能力，準備展開下一步。

奈森尼爾召集一大羣神盾局仇敵組成強大陣營，還親自招募當時年輕的約翰·蓋瑞特，告知他未來將發生的事情而帶他到來世入伍，展示他造出的能抽取異人之異能並移植給人類的儀器。脱離時間風暴的神盾局全員回到1983年時的燈塔，由當時報考進神盾局學院的迪克小隊成員蘿西負責看管並迎接他們回來。為了拯救來世的居民，全員傳喚嘉穎和高登用瞬間移動抵達，當中只有黛西仍然對母親有着抵促心理。考森自願跟着高登回去來世救援，然而兩人剛轉移至來世內部就遭到預先知道他們前來的奈森尼爾伏擊，高登的異能直接被抽取移植給蓋瑞特，讓他獲得瞬間移動能力、帶着奈森尼爾闖入燈塔基地。奄奄一息的高登以最後的力氣帶考森轉移至房間外後喪生，讓考森與麥克和埃琳娜聯手救出其他被囚禁的年輕異人，同時擊昏帶走“自願留下”的蔻拉。黛西在蘇薩的建議下決定敞開心胸跟母親嘉穎溝通，這次團圓逐漸使黛西洗刷對母親的不好印象，然而奈森尼爾前來道出黛西隱瞞的身世，同時決定當場殺死她，得知自己未來所為的嘉穎救下女兒黛西后被奈森尼爾用震波扭斷頭殺死。梅開槍擊傷奈森尼爾使其逃跑，黛西僅能再次抱着母親遺體痛哭。蓋瑞特抓走潔瑪後跟奈森尼爾駕駛和風一號撤離，而兩人並不知道迪克當時也在飛機上，奈森尼爾對潔瑪表示她必須向他們供出費茲的所在處。

敵人劫走潔瑪並開走和風一號離開大氣層無跡可尋，自願投降的蔻拉聲稱自己願意與神盾局配合，但眾人都認為這是對方設的局。還未從母親喪生的悲痛回過神來的黛西，勉強忍着情緒跟首次見面的姐姐交談，得知我方一舉一動都在茜比爾的預測當中。由於想戰勝敵人必須出奇制勝，黛西、蘇薩和麥克駕駛昆式戰鬥機衝至大氣層外進行太空漂流、節省能源耐心找出和風一號，麥克這段期間識破黛西和蘇薩對彼此的好感，建議對方都無需再隱瞞。奈森尼爾抓獲躲在機上的迪克，以此威脅潔瑪告知費茲的位置，但因無法移除記憶抑制器而決定靠記憶挖掘機，自行進入潔瑪的回憶中找答案。翻閲潔瑪的種種回憶，奈森尼爾仍然找不出想要的資訊而作罷，這也造成潔瑪徹底忘記費茲。蔻拉破壞燈塔的系統防火牆而讓茜比爾入侵進來，嘗試再次向考森一行人提議聯手、搶先殺死葛蘭特·沃德在內的威脅人物。梅希望能改變蔻拉的心意，為她展示被奈森尼爾殺害的母親嘉穎遺體，經不起憤怒的蔻拉開始失去方向，最後跟着蓋瑞特靠瞬間移動回到奈森尼爾身邊。黛西一方搭乘的昆式戰機慢慢靠近和風一號，然而緊接着出現多艘由茜比爾叫來的長生人艦隊，靠茜比爾入侵燈塔時掌握的情報，開炮摧毀位於世界各地、僅除燈塔以外的所有神盾局基地，讓考森一行人陷入孤立無援的窘境。

黛西、蘇薩和麥克成功在無人發現的情況下停靠在和風一號上，但整架飛機隨後進入長生人的母船中，麥克和蘇薩留下來堅守以外，黛西獨自去救潔瑪和迪克。茜比爾將意識上傳至新的身體裏，給潔瑪注射能溶解腦部記憶抑制器的液體，靜待她自動想起費茲藏身之地的回憶，然而這麼做也讓潔瑪的記憶陷入“雜亂無章”的局面。茜比爾刻意讓黛西在無人阻攔的情況下救出潔瑪和迪克，同時監聽三人的對話內容，直到蔻拉擋在她們前面而讓茜比爾錯失良機。迪克和潔瑪成功逃跑回和風一號上，黛西儘自己所能勸降蔻拉，提醒她關於她們母親嘉穎的好的一面。蔻拉最終選擇相信家人而放走黛西，但獨自留下的她也被奈森尼爾關押起來。麥克和蘇薩將他們摧毀的六名長生人衞兵綁在導彈上作為強化手段，炸開機艙門而集體逃出生天。在地球，蓋瑞特回燈塔安裝炸彈時被考森一行人擒獲，奈森尼爾便遺棄他直接引爆，所幸埃琳娜儘可能迅速撤走炸彈，讓眾人免受爆炸波及。三人靠蓋瑞特用瞬間移動，轉移至所有幸存神盾局特工躲藏的加密信號發佈地點：劍魚酒吧；而蓋瑞特剛帶眾人抵達就被年輕的維多莉亞·漢德誤殺。黛西一行人很快趕來匯聚，部分神盾局特工拿出伊諾克留在過去年代時分散託付看管的儀器零件，而潔瑪依照本能將儀器重新拼湊、安置在指定地點，開啓一條傳送門帶回久違的費茲。

費茲早先陪潔瑪和伊諾克離開古廟後，花費幾年時間安排好整體佈局，期間還跟潔瑪度過二人世界；當一切安排就緒後，他們按時回到古廟，命令留守的佛林特和派珀保護費茲用來“藏身”的特殊隔離艙，潔瑪則到古廟中救走剛消滅伊賽爾的同伴後穿越至過去。現今，費茲解釋透過量子領域隧道穿越時空會產生分支宇宙的原理，建議返回原始時間線的同時帶走敵人艦隊，而迪克自告奮勇留下來協助同伴返家，獨自留下的他成為該時間線的神盾局新局長。眾人剛與敵軍艦隊回到原始時間線的地球軌道上立刻兵分兩路，埃琳娜、費茲和潔瑪奪回被攻佔的燈塔而黛西一行人回去長生人母船救出蔻拉、擊敗茜比爾、對抗奈森尼爾。梅和蔻拉結合著各自的能力，靠母船連線系統成功將地球上所有長生人重新編程為“盟友”。黛西靠反彈能量炸燬整個艦隊，奈森尼爾和茜比爾葬身火海，同樣被吸入太空中的黛西被同伴救回飛機上，蔻拉及時為她灌輸能量救醒她。使命達成的費茲和潔瑪立刻回古廟打開隔離艙，跟他們的女兒艾莉亞團圓。一年後，這支小隊各奔東西，費茲和潔瑪退休成家立業，梅在以考森命名的神盾局學院教導新生，麥克繼續領導神盾局，埃琳娜擔任多國卧底特務，黛西跟蔻拉和蘇薩進行宇宙之旅，考森得到升級過的勞拉跑車周遊世界；即便天各一方，全員約定每年固定在框架模擬酒吧中相聚一次。