神盾局特工第四季

　　為失去林肯而失意的黛西，依然每到晚上，會懲惡鋤奸。這天，她在對付一幫劫匪時，親眼目睹了一起異人殘酷殺戮劫匪的場面。她看到他頭冒着火光，鑽進冒着火的車裏，疾馳離開，她看清楚了他的車和牌照號，緊跟而去。菲爾和邁克乘坐在和風一號裏，正無聊地下着棋，聽説有任務，想起能見到梅、菲茲西蒙斯時，還挺高興的。梅告訴了他們任務，有兩個平民死狀慘烈，頭被燒爛，脊柱從腔裏刺穿，情況迥異於常，他們要查出真相。梅接着告訴他們，還有第三名傷者，他提到了黛西。黛西被警方認為涉嫌多起銀行劫案並炸燬大橋，如果被他們找到了黛西，是准許射殺的。警方懷疑菲爾邁克一直在包庇黛西，所以撤銷了他們對黛西的追蹤。梅提前告訴他倆，是為了爭取爭取些時間，趕在警方之前，找到黛西。他們身為曾經的同事，太瞭解黛西了，她一定是在設法切斷那些劫匪的資金源。菲茲西蒙斯醉心於研究，西蒙斯已升任科技部部長特別顧問一職。當菲爾邁克找到他們時，菲茲將新研製出的爆炸鋼筆、和為菲爾新制作的手臂交給了他們。這四個劫匪屬於雅利安兄弟會，現在還有一個下落不明的，在那個異人手裏，這是僅餘的一個活口。菲茲發現了博士研究的一個極為逼真的女機器人艾達，按規定他應該上報，因為博士還在被監管期，不允許他搞這些研究的。但博士讓艾達告訴了菲茲，博士為他曾造成的遺憾痛苦，她是為保護特工們而造的，代為涉險的護盾。埃琳娜暗中跟黛西有着聯繫，她們在公交車上見面，埃琳娜將她將見了邁克，從神盾局得到的特效藥給了黛西，因為黛西在追蹤劫匪時骨折過。黛西告訴她，她在查武器交易時，發現監查者跟本地黑幫勾結在一起，還發現了一個連環殺手，不過她還沒清晰地看過他的樣子。噴着火的異人，被當地人稱作惡靈騎士。凡見過他的人都死了。菲爾和邁克找到了那輛案件中的大卡車，並在裏面發現了屍體。西蒙斯成為部長的紅人，梅對此表示了不滿。她覺得現任局長是有意將神盾局的人打散，而西蒙斯卻對這樣的部長盡責。西蒙斯終於告訴她，她這樣做，正是為了獲得權力，以便能稍稍控制局面。因為是總統下令分散神盾局的。她只能採取合適做法，繼續得到部長信任，才能為昔日戰友們做些事。所以，她要梅現在帶人將菲爾和邁克找回來，清理麻煩。梅理解了她的苦心，同意了。黛西追蹤到了廢車廠，想找惡靈騎士。他平常只是一個普通的廢舊車庫的工人，名叫羅比。黛西遇到他，沒有認出來，還向他打聽着，羅比將她帶到了辦公室，準備伺機下手。黛西發現後，兩人鬥在了一處。菲爾邁克追蹤到了交易者。在監視器上看着那些人打開了箱子，一陣煙霧飛過，所有人突然變得異常。這時，監控畫面斷了。畫面再恢復時，兩人發現了那些人正在相互殘殺，正要趕過去察看，梅帶着人到了，她的人將那些附體的人射殺後，一個霧狀的人影從梅的身後飄過。黛西制服了羅比，告訴他你不該決定人的生死，但羅比渾身燃着火告訴她，不是我在決定。再站起來時，他已化身為傳説中的惡靈騎士模樣，將黛西壓到了地上。始終為林肯之死心懷內疚的黛西，其實一直在求死，所以她毫不懼怕，叫他動手。聽了她的話，惡靈騎士反而放過了她。黛西遠遠地用望遠鏡觀察着正常了的羅比，他正在接他的坐輪椅的弟弟，和善而親切。每個人都有依戀，黛西喃喃地説。跟菲爾下着棋的梅突然神色一變，菲爾問她怎麼了，她説只是有點累。

　　菲茨和西蒙斯正在研究着那個讓六個人瘋掉、相互殘殺的空箱子。菲茨測出了常規可見光範圍內不可見物體的形狀，它非常美，水晶狀結構，像是封鎖力場，西蒙斯正在揣測着它到底封鎖的是什麼時，邁克來了，説有一家人來了，其中那個爸爸有鬼魂穿過了他的身體。西蒙斯不太相信，邁克打開了交易者當時的錄像，確實能看到影影綽綽地有個霧狀模糊的女人形。造這個空箱子的合金非常特別，全世界只有三個地方的衝力實驗室有過。邁克説見鬼的這家人，就在其中的一個實驗室所在地。於是，菲茲跟邁克趕往這個衝力實驗室查看情況。修車廠的羅比，看到黛西的車來了，覺得她是來對付他的。他拿了鐵棍打開車，什麼也沒發現。回到辦公室，發現黛西正跟同事愉快地聊着天。黛西説她的發動機着過火了，羅比替她看了下，卻説沒什麼事，並警告她説如果繼續追究，可能會死。黛西假作跟羅比的同事聊天，將羅比的早年往事一一道出。當羅比説修好了車的軟管時，黛比馬上又將車弄壞。黛西找林肯是想説服他。她覺得他們一樣，只是想復仇的異人。但林肯説他已將靈魂賣給了魔鬼。黛西提起了他的弟弟，想喚回他的人性。林肯反而發怒了，開始向黛西攻擊。黛西被羅比捆了起來。他不想殺她，而是翻查着黛西的東西，想了解到她一心求死的原因。當羅比聽到黛西提起了衝力新能源實驗室，説擔心光頭黨的人又從那兒偷到什麼新武器時，羅比突然站起來用膠帶封住了她的嘴，起身離去。羅比開了車出去，黛西掙開了繩索，追了出去，貼附到羅比的車頂上。羅比最終甩掉了黛西。長會見了菲爾和梅。他要將神盾局公開化，所以非常注重公眾關係和形象。他顯然覺得黛西搶劫銀行的嫌疑，對此不是個好事兒，他想説服菲爾，同時，他讓梅先離開，單獨交給了菲爾一個特別任務。他請菲爾幫助，帶領國會議員參觀秘密基地。那個一直在錄像中呈現霧狀的女人形，也能出現實體。此時，她穿越進衝力實驗室後，看起來只是個面目憔悴恐怖的普通女人，她打開了一個空箱子，一陣煙霧起，凝聚成一個男人。她叫他雨果，雨果則叫她露西。原來，他們，還有他們的其它四個夥伴，都是被困在這些個空箱子中的，他們商量着要找到那個把他們置入如此困境的始作俑者喬，然後逆轉局面。菲爾跟着科技部部長，帶國會議員們參觀秘密基地，他十分樂意地向大家講解基地的歷史。從梅的面前經過時，梅卻突然看到議員們的臉一剎間有些異樣，變得就跟她見過的鬼魂人一樣。她去找到那個被捕的交易者，告訴他自己也能看到那些人，現在她跟他一樣。正説着，西蒙斯來了，梅看到她的臉也如同鬼魂，頓時吃了一驚。那個被捕的交易者突然之間用頭撞門，直到撞出了血暈到地上。西蒙斯吃驚地看着，跟梅説話，扭頭一看，梅已不見蹤影。聽西蒙斯説梅有些不對勁，菲爾去看梅。梅正在忙亂地收拾東西，她告訴菲爾説基地被滲透了，她得想法救他們所有人。現在她的眼裏，人人都是被感染了的鬼魂模樣，就連菲爾也是，她大打出手，正要奪路而逃，科技部部長堵住了門，任梅如何擊打也毫無作用，最後，部長出手暫時打暈了梅，和菲爾相視一笑，原來他也是異人。菲爾想知道部長怎麼治療梅和黛西，部長説這是機密。因為菲爾在她倆人的事上不能保持客觀。邁克、菲茲到實驗室後，很快發現情況不對。菲茲正在設法關掉那個反應熔堆時，邁克被鬼魂人襲擊，關進密閉房。鬼魂人正一步步向菲茲靠近，凡是被他們靠近的人，最終都會發瘋。這時，羅比趕到了，一把將鬼魂人揪開，渾身燃起火來。黛西也趕到了，將邁克的門打開，菲茲急忙去繼續關閉反應熔堆。化身惡靈騎士的羅比，燒死了鬼魂人。將六個人的合照抓起，沒理睬邁克菲茲他們，徑直離去。邁克想去追趕，黛西阻止了他。黛西並沒有選擇留下來，跟昔日的戰友們在一起。她回到修理廠去開車，這時，羅比回來了，説你想知道這一切的關聯，黛西説是。羅比説可能是我。他打開了他的車門，示意她上車，黛西見狀坐了上去。

　　在邁阿密，悠悠球埃琳娜正在參加朋友聚會，邁克打來了電話。突然間全城斷電，很快收到了肇事者們的警告。他們自稱是異人反抗軍，要求政府停止異人註冊，恢復異人們的正常生活。梅正在疾控中心裏被監控着，菲爾不知道她身在何處，擔心着她，希望她挺過難關。他詢問西蒙斯梅現在在哪兒，西蒙斯由於制度所限不能告知。但梅顯然情況很危急，疾控中心解決不了她的問題。為了挽救梅，西蒙斯得到部長同意後，帶人趕到疾控中心。菲爾也想一起去救梅，但部長派菲爾趕往邁阿密。黛西和羅比一起乘車去找他的叔叔，叔叔曾在動力實驗室工作過。正給車加油時，洛杉磯也突然斷電了。羅比頓時擔心起弟弟加布的安全。加布是被黑幫分子所害才坐上輪椅的。博士也趕往疾控中心。他和西蒙斯商量着梅的情況，考慮使用博士剛研製的經顱裝置來解決問題。按慣例來説，梅離死亡只剩下不到六個小時的時間了。他們為梅戴上了經顱裝置，拿出了使她陷入戰鬥狀態的刺激物。為了徹底拯救梅，他們只能以極端冒險的手段，停掉了梅的生命體徵，在七分鐘內，對她大腦進行重啓，電擊激活。偏巧這時，突然停電了。西蒙斯拚命為梅手動按壓心臟，祈禱着她能醒來。教授用原型機才使梅絕處逢生。異人反抗隊已按他們所言，使四個都安置着異人的城市斷電了。菲爾和他的隊友們分析着情況。菲茲判斷他們使用的一定是電磁脈衝裝置。斷電的洛杉磯陷入了騷亂。加布被一些暴徒盯上，幸虧羅比和黛西及時趕到，將加布從暴徒們手中解救。搏鬥中，黛西的手臂再次骨折，羅比想幫她弄些藥。他告訴黛西他不會受傷，無論受了什麼傷，第二天都會完好如初。他讓黛西跟加布一起呆在叔叔的房間裏。叔叔養大了他們，現在在住監獄。加布並不知道哥哥的秘密，羅比告訴黛西要替他保密。他要趕去加諾洛那兒。但加布看出了黛西是個異人，他讓她離哥哥遠點兒。一幫人持先進槍械全副武裝地闖到了埃琳娜朋友們聚會的樓頂上，聲稱此處有一個異人，要找出來。他們對在場的人施暴，為保護他們，埃琳娜暴露了。菲爾邁克菲茲他們一到邁阿密，所有電子設備完全無法使用，菲爾正跟部長的通話也突然中斷。唯一能用的只有教授的計算尺。邁克及時趕到聚會上，幫助悠悠球打敗了那羣暴徒。但埃琳的朋友瑪麗亞卻不想再理她。埃琳娜説他們為什麼會找到我，註冊時不是説會保護我們的嗎？大家擔心地想到了，這是陷害，是針對異人族的獵殺。就連華府也停電了，同時接到了所謂異人反抗隊的警告。總統下令，徹底剷除異人。菲爾邁克菲茲他們找到了電磁脈衝源，埃琳娜繳了他們的武器，關閉脈衝源後，城市再度恢復光明。菲爾急忙跟部長取得聯繫，告知真相。並請他向公眾説明真相，並向大家公佈了神盾局。羅比回來後，發現黛西不見了。加布只説不知道他睡着了。黛西坐在自己車裏，飲着酒，聽着部長對神盾局的讚美，關掉了收音。

　　西蒙斯去看房子，她正在為她和菲茲建設未來的小家做準備。房間的外觀讓西蒙斯非常中意。進入房間後，她敏感地覺着有問題，於是拔出槍來，小心翼翼地觀察着。黛西突然手捂傷口出現在她面前。原來，黛西從專殺異人的監察者組織手裏搶過了一張名單，為此而受了傷。名單中是異人們的住址和電話。現在，她想請求西蒙斯幫助她，找出神盾局註冊過的那些異人們的信息。因為這些信息，早已落入了監察者手裏，正在成為被襲擊的目標。黛西想提前向他們預警，使他們避開危險。西蒙斯因為職責所在，先拒絕了黛西。然後黛西用槍指着她，西蒙斯與她配合，將U盤交給了同事。這個U盤插入神盾局電腦中，黛西就可以遠程控制，得到異人們的信息。在眾多的信息中，黛西發現了詹姆斯的號碼。他曾經與黛西一樣，為蜂巢控制。倆人一起去找到詹姆斯，他正在一家超市，做普通的收銀員工作。黛西説服他跟自己一起，對抗即將來消滅他的監察者們。但沒想到的是，正是詹姆斯本人，跟監察者們搞在一起。拉德克里夫博士和西蒙斯救回梅後，梅在艾達的照顧下，正在好轉。菲茲來看望她，同時想研究出更安全的辦法，來拯救那些鬼魂受害者。菲爾去監獄看望羅比的舅舅伊萊，但伊萊不肯跟他配合。走出監獄外，他告訴邁克沒什麼收穫，這時，邁克發現了羅比的車，於是駕車狂追，最後動用神盾局的飛行器，逼停並撞暈了羅比。他們將羅比關入了神盾局密封艙，菲爾和邁克分析，羅比曾去過動力實驗室，又去過監獄，他肯定與這件事有關。想到黛西對羅比很信任，於是菲爾放出了羅比，想與他做比交易。羅比答應了。他們一起去看伊萊，羅比告訴伊萊，他昔日的同事露西正在到處殺人。伊萊告訴了他，他曾為喬瑟夫和他的妻子露西等人建造了量子粒子發生器。這是台可以無中生有的機器。那些人打破規則，扮演上帝角色。發生了意外，喬殺死了他的妻子和同事們。伊萊太生氣了，他想復仇。菲爾知道露西他們並沒有死，露西在這次事件中獲得了異能。他讓羅比問伊萊露西下一步會幹什麼，伊萊説她會去找邪惡的書，就是這本書讓他們做了這一切。詹姆斯帶着監察者們捕殺黛西和西蒙斯，幸虧菲爾邁克帶着羅比趕到。在詹姆斯正要對黛西下手時，羅比及時出現，阻止並抓住了他。菲爾告訴大家，那些人正在找的是《黑暗之書》，想得到此書，必須先找到喬瑟夫。喬瑟夫一直陷在昏迷中，現在被露西喚醒了。菲爾和他的同事們，一起到了拉德克里夫博士那兒，他們需要梅參加行動，在那兒，菲爾第一次見到了艾達，西蒙斯馬上猜到了，艾達是博士和菲茲共同製造的機器人。知道這個秘密，和這些天一連串秘密的西蒙斯，該怎麼接受明天科技部就要進行的測謊呢。

　　菲爾邁克他們也找到了喬瑟夫，他在昏亂中説出了《黑暗之書》的下落，就埋在他和露西發現它的地方，然後七竅流血而死。這個地方露西知道，事實上她現在已經又找到了它，但上面的字消失了，露西什麼也看不到。菲爾他們知道這部書的危害，商量着要不要告訴神盾局現任局長弗瑞。他們想先見見了解情況的伊萊，羅比的舅舅。結果菲爾和梅在去見伊萊時遭到典獄長襲擊並被困在了那裏。因為露西已接觸感染了他們。菲爾和梅必須爭取時間，在露西找到伊萊之前見到他。羅比向邁克請求加入戰鬥。黛西替他説話。邁克讓大家使用冷凍槍，因為那裏有可能所有人都已被感染。菲茨西蒙斯和拉德克里夫博士正在抓緊研製治療鬼魂人的藥物。邁克黛西等人出發前，邁克請菲茨遙控指揮這次行動，菲茨給了邁克能治療鬼魂人的針劑。大家乘坐昆式戰鬥機很快到達目的地。邁克注射針劑使典獄長等人又恢復了正常神智。菲爾梅黛西在尋找伊萊時，發現很多犯人對異人和神盾局有敵意。因為他們認為神盾局是保護異人的。他們虎視眈眈地盯着三人，這時，在這層監獄盡頭，氣化的露西顯現了一下，詭異地笑着，又消失了。所有的監獄門打開，犯人一一走出，包圍了他們三個。菲爾讓菲茨緊急打開了監獄所有的門，三人這才逃出。西蒙斯接受測試時，敏感的問題使她緊張。這時，局長走進來帶她到另一間房密談。他就要跟敵視異人的納迪爾議長進行電視辯論了，希望西蒙斯幫他。氣化的鬼魂神出鬼沒，只有羅比能對付得了他們。羅比燒死了其中一個，連邁克都被感染了，邁克趕緊為自己注射針劑。他們倆總算找到了伊萊，帶他離開。黛西將菲爾梅關進了安全房間，她自己獨自面對大批被感染囚犯。由於骨折，她戴上了護臂，這樣就無法使用異能。最終，由於寡不敵眾，被人掐住了脖子，菲爾和梅在菲茨幫助下，設法離開安全屋及時趕到，電視辯論中，為了説服對手，局長公佈了自己就是一名異人的身份。他曾是個勇敢救人而聞名的英雄，在他做神盾局局長後，人類死亡率下降，現在，由於坦誠，他的支持率爆棚。但西蒙斯通過微表情觀察，隨後向他指出他話中的謊言，局長聽了，宣佈取消今後對西蒙斯的測試，沉思着離開了。邁克帶伊萊撤離過程中，幫助一個犯人臨時離開了一下，讓羅比帶着伊萊先走，結果羅比壓不住復仇的火焰，讓伊萊獨自去上飛行器，他除掉了那個當年下令造成他們家庭慘劇的人。大家會合後，發現不見了伊萊，伊萊已被露西劫持，上了一輛救護車。為林肯的死亡而自暴自棄的黛西，刻意跟大家保持距離。梅告訴她沒用，她現在做的，就像曾經的她。但菲爾的博愛，最終使她回到神盾局的羣體中。露西把《黑暗之書》放到伊萊面前，讓他來讀。伊萊的面前出現了文字，他驚喜地睜大了眼睛。

　　當年，是喬瑟夫造出的機器實現了量子態能量永久儲存，這意味着可以無中生有地製造出萬物。但伊萊對此表示疑惑，因為實驗後的能量比實驗前還多，這是説不通的，違反了熱力學第一定律。露西表示這正是天才之處，並在興奮中告知伊萊因為他們得到了一本書。喬瑟夫聽到急忙制止了她往下説。梅帶人進入了動力實能源實驗室。發現露西來過，但早走了。但菲茲發現，露西帶走了幾樣東西，猜她想再現實現，逆轉回人形。為了阻止她再傷人，神盾局繼續追蹤。黛西帶加布去見羅比。為了保證加布安全，他們告知了他部分真相。局長傑弗瑞帶人前去逮捕黛西和羅比。邁克急忙通知倆人帶着加布藏到隔離艙。在隔離艙中，羅比向加布和盤説出所有真相，包括他們當年的車禍和他的異變。菲茲到處找菲爾，因為他需要查看一些科技戰略資料。又找不到西蒙斯，西蒙斯被艾弗瑞以委派任務的形式帶離聯繫不上。他發現了一家叫艾瑟丹公司跟動力能源實驗室有關。他找到了局長和菲爾，但發現局長更關注已關在艙內的黛西羅比。憤怒的羅比化身惡靈騎士闖出了隔離艙，痛打艾弗瑞，幸虧菲爾讓加布及時制止。菲茲得到了授權，查到了資料，洞見了露西的行動。菲爾、邁克羅比等人趕往實驗室支援梅。羅比面對露西時，露西説車禍不是針對他們兄弟的，當時喬瑟夫僱黑幫是為了殺掉伊萊，並説出了是羅比的舅舅伊萊想扮演上帝，製造了噩夢。羅比焚燒了露西。菲茲為了避免上千人喪生，讓邁克緊急通知黛西處理。菲爾找到了伊萊，但為時已晚，此時他也發現了伊萊才是那個真正的幕後元兇。

　　梅、邁克進入實驗基地後，發現菲爾菲茲羅比蹤跡全無。回到神盾局後，傑弗瑞、黛西、加布和他們一起看了實驗基地的監視屏，發現，伊萊發出了一道白光衝擊波後，菲爾三個人一下子消失了。大家懷疑菲爾他信已被伊萊困進小箱子裏，如同曾經的露西。大家心情都很沉重。被白光衝擊波擊中的菲爾他們，發現邁克、梅等同事看不見他們。他們猜測着，他們不是死了而是被改變了存在形態。 他們看得到神盾局所有人在做什麼，但卻無法對他們傳達訊息。羅比忽然覺得全身發冷，他似乎正在被拖往另一個空間。黛西覺得事情也許還會有轉機。傑弗瑞同意她的觀點，於是打電話給納迪爾議長，想讓西蒙斯回來，但納迪爾沒有同意。原來，應納迪爾的請求，傑弗瑞讓西蒙斯去研究如何解救一個繭化人。西蒙斯最後成功地讓繭化人回到正常人的世界。梅帶回了黑暗之書，想打開看有沒有什麼辦法救回菲爾他們，邁克擔心她打開的是一個潘多拉之匣，制止了她。加布情緒也很低落，他覺得自己倆個至親，羅比、伊萊，自己竟然都不瞭解他們的另一面。一直附身在羅比體內的惡靈騎士突然離體，附在了邁克身上。邁克騎上摩托車衝出了神盾局，黛西看情況不對，急忙開車跟在他身後，羅比也坐在車內，黛西卻看不到他。邁克找到了跟伊萊合作過的華人幫，出手殺戮，黛西羅比趕到了。羅比勸説附身於邁克體內的惡靈離開邁克。從惡靈那兒，羅比知道了原來一切血案竟然都是舅舅伊萊製造的。惡靈懂得羅比正在被拖往什麼地方，他就是從那兒地方逃出來的，他絕不想再回去。黛西勸説邁克回去，邁克卻頭部燃火，一步步向她走來。為了解救黛西和邁克，羅比又跟惡靈做了筆交易，答應帶他一起去找伊萊復仇。惡靈這才重新回到羅比身上，離開了邁克。傑弗瑞找到拉德克里夫博士，第一次見到了博士製造的完全仿真人艾達。梅將黑暗之書交給了博士，博士只看了幾頁，急忙合上，他認識到人類現在的大腦無法承載這樣的知識，讀了後只會造成傷害。這一切，被站在他們身邊的菲爾菲茲看在眼裏，菲爾誇讚博士夠聰明，懂得這本書的害處。最後，這本書由艾達來讀，她作為一個被設計的人形機器人，不會受到傷害。艾達着手建造了一個跨維度大門，菲爾菲茲終於回到了正常的世界。當邁克悲傷地以為羅比為他而死時，羅比也通過了大門，帶着他的惡靈，重返正常世界。他請邁克和他一起，清算最後一筆賬，舅舅伊萊製造的一切血債。

　　警察局和神盾局包圍了伊萊，記者採訪局長傑弗瑞，傑弗瑞只能暫時以事態正在發展，尚無可奉告先敷衍過去。他們必須得先集中全力，對付伊萊。他同意菲爾的建議，派出艾達、黛西、悠悠球埃琳娜、羅比等人去處理這次危機。埃琳娜在偵察情況時，被伊萊製造的火牆燒傷了胳臂。羅比除掉了阻攔他的華人幫後，發現了伊萊建造的一個量子能源的大型電池。他正在查看究竟，伊萊出現，羅比正要變身惡靈騎士攻擊，反而被伊萊先出手弄傷。菲茲發現，這塊大電池事實上還是中子發射器，接近它就會觸發超臨界質量。危險超過以往，菲爾決定啓用B計劃了。傑弗瑞從拉德克里夫博士那兒得知，艾達是讀了黑暗之書後建造了跨時空大門。他表示對艾達這個機器人有些擔憂。他會密切關注她，決定下一步該對她做什麼。羅比責問伊萊，為什麼要變成殺人犯，辜負他和弟弟加布對他的信任。伊萊説因為他忍受不了動力實驗室那些白人同事，比如露西等人的傲慢。他要的是尊重。現在，他能徒手造出一座城市，也可以轉瞬之間毀滅它。他正在變成神。菲茲已經找到了辦法，阻止伊萊的瘋狂行動。菲爾率人來到伊萊面前，吸引他的注意。果然，伊萊看到被他汽化的菲爾還好好地活着，感到不可思議。菲爾告訴伊萊，他並不是在創造，他只是在盜取能量。他每次盜取能量，都會造成地震。艾達編制着跨時空大門，黛西吸收着震動波，埃琳娜拿專門對付伊萊的特製磁鐵，大家各自按計劃行動着。就連局長傑弗瑞也運用了他身為異人的力量，參與到行動中。受傷的羅比，用全身力量，再次化身惡靈騎士，揪住了伊萊。大量電池的門關上了，倆人焚燒着一同消失了。黛西被人羣發現，媒體們以為又是黛西製造了這些震動。局長傑弗瑞及時現身，還她以清白，並宣佈她是神盾局的一員。菲爾和其它同事們對黛西重新成為神盾局一員而高興。邁克和埃琳娜數週未見，又一次擁抱相吻。傑弗瑞同意了博士的研究項目，包括進一步完善艾達這樣的機器人，但要在神盾局監督之下。他派助手內桑森收拾博士的物品搬到神盾局。內桑森在收拾時，發現了艾達的秘密，他正要查看究竟，艾達出現扭斷了他的脖子。　艾達違背了博士的命令，開始自行其事。她殺死了內桑森，弄暈了梅並將她關了起來。但神盾局的人們毫無知覺，因為還有一個梅，正跟他們在一起，甚至，她還跟菲爾舉杯共慶此次勝利。

　　艾達囚禁梅，是為了造出跟梅一樣的機器人替代品。現在，這個“梅”進入了神盾局的同事中，而大家毫無察覺。傑弗瑞正安排大家如何妥善處理《黑暗之書》。菲爾告訴這個梅，協同博士清空艾達的硬盤，因為艾達讀過了《黑暗之書》。博士和菲茲替艾達惋惜，邁克提醒他們，艾達只是個機器人，首先要提防的是機器人的崛起和反擊殺戮。博士同意了。但博士和菲茲帶人去處理艾達時，反而被艾達所傷。艾達還殺掉了他們帶去的倆個警員。維傑是納迪爾議員的親弟弟，他就是西蒙斯從繭裏解救出來的那個異人。納迪爾帶他在幽靜的別墅裏休養。她想探問維傑在繭裏的七個月裏究竟發生了什麼，維傑沒説，而是向她誇起瞭解救他的西蒙斯。納迪爾議員對異人和神盾局一向充滿敵意，聽了這話很不高興地轉移了話題。傑弗瑞帶黛西、西蒙斯去找維傑，而參議員顯然已安排監察者要除掉她的親弟弟維傑。但當監察者們真的用槍指住維傑的腦袋時，納迪爾還是心軟了。傑弗瑞和黛西西蒙斯找到了別墅。納迪爾帶人攔住了他們。這時，樓上傳來槍響聲，原來，監察者們趁納迪爾不在場，想除掉維傑。維傑的異能被激發了，他除掉了他們。這時，西蒙斯和納迪爾同時走了進來，西蒙斯邀請維傑來神盾局，納迪爾表示反對，並説神盾局只是想把維傑變成可以利用的武器。她讓維傑跟她一起離開。維傑被姐姐的親情打動了，不料上了直升機，納迪爾就親手擊斃了自己的弟弟維傑。她這個舉動，再次獲得了監察者們的信任。艾達進入了神盾局的電腦系統，她斷掉了整個基地的電源。艾達説她想拿到黑暗之書。菲爾安排邁克、悠悠球等人作阻止艾達進入基地的第一道防線，他和梅來阻止她進入基地。菲茲和博士去啓動基地的備用電源。艾達通過梅，找到了菲爾以為隱藏得很好的黑暗之書。正要離去，菲茲和博士追上了她。菲茲已將基地系統重置，艾達無法離開了。 邁克趁其不備，從她背後砍下了她的頭顱，菲茲研究着這個頭顱。菲爾則準備自己獨自去處理掉黑暗之書。事實上，博士才是幕後主使。現在，他正跟另一個艾達説着心聲。他想得到黑暗之書，從而實現人類的永生。 下一步，他準備利用梅來達到這個目的。納迪爾殺掉了自己的弟弟維傑後，堅信自己是正確的。因為她一直認為異人的出現，是外星人進攻地球的表現。她曾和家人一起宣稱，起誓説，無論是誰將來不幸被感染，那個還正常的人就要毫不留情地除掉感染者。所以，她雖然悲傷但並不認為自己做的有問題。她交代要妥善處理維傑的屍體，監察者們在維傑的腳上綁了重物，從直升機上將他扔入海底。維傑的屍身觸到海底時，一種不明物質再次將他包裹，他又一次成了繭中人。

　　傑弗瑞在公眾和媒體面前，隆重介紹了黛西。稱她為神盾局最盡責的卧底特工，為保護普通民眾做出了一系列英雄事蹟，他的宣傳，使黛西贏得了公眾的愛戴和歡呼聲。菲爾和邁克也站在人羣中傾聽着，菲爾跟黛西的私人感情一直如同父女，他為黛西重見天日而感到由衷高興。不過，職業特工的敏鋭使他注意到，房頂本該有特工守衞的地方，現在空無一人。與此同時，站在較高處的黛西發現了房頂伏低身子的狙擊手，她急忙推開了處在危險中的演講者，傑弗瑞用其神力將講桌向狙擊者擲了過去。人羣一片混亂。傑弗瑞和伯羅斯，在邁克和菲爾護送下趕往安全屋。黛西抓住了這個狙擊手帶回了神盾局。因傑弗瑞不在，國防部長塔伯特代行其職，他讓梅和黛西共同審訊這個行刺的狙擊手。菲茨讓人研究着艾達的頭顱，西蒙斯發現後要制止，她認為最好儘快銷燬這個頭顱，而不是研究。菲茲在博士那兒，博士正説服他，想拿回艾達那個被削掉的頭顱，菲茲拒絕了，並勸他這幾天不要去神盾局總部。菲茲走後，博士喚出了新艾達，告訴她，他有點擔心正在總部的梅的生化機器人替身，怕梅露出破綻，他的計劃就都完了。黛西和梅在審訊行刺者，行刺者是個俄國佬，前九頭蛇成員。他什麼都不肯説。坐在昆式戰鬥機中，傑弗瑞他們討論着剛才的刺殺。邁克和菲爾覺得這次刺殺透着蹊蹺，不合常理。既沒有撤退計劃，也沒有必勝把握。正想跟神盾局打個電話，發現信號受到了干擾無法聯繫，這時，機翼突然斷裂，伯羅斯竟被突然灌進艙內的風颳出了飛機。震暈了的特工們醒來時，發現飛機墜落，機長已死。行刺、墜機，這肯定不是巧合。傑弗瑞帶着菲爾、邁克，鑽出了飛機，一同在樹林中尋找着伯羅斯。正被博士控制處於昏迷狀態的真正的梅，大腦皮質層突然活動頻繁。博士有點擔心她會死掉。因為艾達殺人程序啓動時，有點分不清狀況，給博士帶來了麻煩，博士準備重新設置她的程序。總部那個生化機器人梅，此時，正跟西蒙斯、黛西一起，找到國防部長，商量營救失聯戰鬥機的事情。塔伯特剛愎自用，置本該在局長不在的情況下，擁有第一權限的西蒙斯於不顧，直接將更高的權限交給了機器人梅。真正的梅突然從昏迷中醒來，她拔掉了插在自己身上的管子，剛跑出封閉櫃，就被艾達發現了。艾達掐住了梅的脖子，差點弄死梅。博士及時制止，讓她給梅打了鎮靜針，梅又一次暈了過去。傑弗瑞菲爾邁克三人看到一輛車經過，上面有不少持槍的監察者。伯羅斯已死，他們拿到了箱子，但要打開箱子，除非有傑弗瑞的生物指紋，否則只能用爆炸手段了。事不宜遲，三人馬上配合採取了行動，傑弗瑞拿到了箱子，剛一打開，結果被發現的監察者打中腿受了傷。菲爾邁克擊斃了監察者，他們看到箱內物品，這才意識到，傑弗瑞並非異人，沒有天生神力，他只是靠箱內的藥物注射才擁有了神力的。而他這樣做，都是奉塔伯特之命，塔伯特想塑造這樣一個英雄，從而取得異人族的信任，從而在未來可能發生的第三次世界大戰中，擁有致勝法寶。此時，西蒙斯也從塔伯特口中，知曉了這個秘密。她吃驚地提醒塔伯特這種藥物配方的副作用，可以使人具有盲目的攻擊性，塔伯特不以為然。傑弗瑞在菲爾的安排下，分散對手的注意力，邁克趁機炸燬了對手干擾信號的通信車，黛西和機器人梅也趕到了，除掉了對手。菲茲趁西蒙斯不注意，偷偷研究着艾達的頭顱。他接上電後，還與這個頭顱對上了話。看西蒙斯來了，他急忙鎖上了櫃子，説以後不再打開了。回到神盾局，傑弗瑞因為自己的真相被拆穿，有點惴惴不安。菲爾則告訴他，自己對當局長沒興趣，也不喜歡那些政治任務，傑弗瑞繼續做局長挺適合的，不過，在專業問題上，菲爾想要説了算。

　　生化機器人梅回到神盾局，準備換衣服時，發現自己的傷口處，裸露的居然是金屬內壁。這時，黛西走進來，通知她菲爾正在召集大家去開會。梅急忙裝作若無其事的樣子，在黛西關心詢問傷勢時，只輕描淡寫地説是輕微擦傷，並支走了黛西，心事重重地關上了櫃門。博士對於生化機器人梅，非常自信。他認為艾達的暴露，是因為設計缺陷。而現在，他避開了這些問題。生化梅的任務是拿到黑暗之書，但這隻存在於她的潛意識，所以她不再會暴露。她會因為想升官的本能接近菲爾，最終完成任務。而且，在神盾局裏，他還準備了第二個生化機器人，同時參與行動。悠悠球和邁克一番雲雨後，悠悠球起身去喝水。牀頭的手機響了，邁克看了一眼，説計劃有變，下牀穿衣服離開了。生化梅找到菲茲，詢問他艾達對自己所做的事有多少自我意識，能不能自己控制停下來。菲茲還以為梅對發生的事有愧疚感，安慰了她幾句。梅並沒有得到她想要的答案，怏怏地離開了。菲爾為先發制人，想在納迪爾議員參加有關黛西的問詢聽證會時，帶人暗地裏去搜查納迪爾的辦公室，塔伯特不同意，認為此舉會誘發政治風險。傑弗瑞站在菲爾一邊，但塔伯特完全不把他放在眼裏。最終，塔伯特還是同意了菲爾的計劃。聽證會進行中，菲爾和悠悠球進入了納迪爾辦公室，安放了竊聽器。可當悠悠球拉開一個抽屜時，裏面突然發出光芒，悠悠球被擊翻在地，安保人員衝了進來。他們被抓住了，並帶到了會場中。這下，神盾局變得很被動，納迪爾當眾提出神盾局終究是個犯罪組織。經過塔伯特的交涉，菲爾他們被釋放了。但神盾局接下來，不得不面臨着一場又一場的聽證會。菲爾意識到神盾局內部可能出現了內鬼。生化梅想到了自己，博士可能通過安裝在自己身上的什麼設備，發送了信號，這信號被納迪爾的人接收使用了。生化梅找到博士，博士承認了她只是他設計出來完成任務的，不過，他還是沒告訴她任務是什麼。因為時機一到，程序會自動啓動。他反而説服生化梅繼續接近菲爾，利用菲爾和梅之間的情感。倆人交談的時候，菲爾帶神盾局的人衝了進來，逮捕了博士。因為經過菲茲的苦苦研究和思考，發現艾達的改變並不是讀了黑暗之書，而是博士的編程。看見梅也在這裏，菲爾問她怎麼會來，梅沒有説出真相。菲茲進入關押博士的房間，想要他説出真話。但很快菲茲發現了疑點，這個博士也只是個機器人。透過博士機器人的眼睛，納迪爾和博士知曉了一切。博士不安全了，於是，納迪爾帶他去見她的上司。

　　薩姆和比利是孿生兄弟，倆人長得一模一樣。菲爾把黑暗戰書放在了比利那兒，因為他有將東西變沒的本事。結果，監察者將比利抓走了，跟比利在一起的薩姆特工急忙將這一消息通知了菲爾。菲爾知道事情又出在基地的內鬼身上。監察者將比利帶進了行駛在大海中的一艘潛水艇上。他們故意將比利和博士關押在一起。博士跟他套近乎，自稱也為神盾局工作被抓，並向比利提起了黑暗戰書。比利並沒有吐露。行刑者走進來，當他要用碎玻璃瓶頸扎進比利眼中時，博士在一旁看不下去了。他解開繩索站了起來，制止了行刑者。他想用不那麼血腥的辦法得知真相。菲茲正在修復博士的生化替身，他將替身額頭被槍擊落的皮膚又粘了回去，對他重新編程。不過，情況並不樂觀，博士替身顯然比艾達更加高級，菲茲失敗了。他不甘放棄，一再地嘗試，博士替身聊天時無意中提到，博士認識菲茲的父親，他們是同學，他講述着他們的往事，這使菲茲深受刺激，儘管西蒙斯在旁邊提醒他説這可能只是博士從檔案當中提取過菲茲父親的資料，以用來使菲茲分手的招數，菲茲情緒還是受到了影響，最後，他拔掉了替身的電源，替身終於閉了嘴，菲茲走出了房間。西蒙斯告訴邁克，菲茲的父親總是打擊幼小的菲茲，總是説他笨，不聰明，而且在菲茲10歲的時候就拋棄了他，不知去向。博士將儀器戴到比利頭上，他想直接從比利的大腦中讀取黑暗戰書藏匿之處。讀取後發現，黑暗之書原來不在比利手上，他們抓錯了人。菲爾和黛西正在詢問薩姆，黑暗之書到底在哪兒。薩姆説也不在他手上，他把它交給了LT。LT是他們特工家族的老大。菲爾聽了，覺得LT有了危險，帶着生化梅和黛西趕去尋找。最後，在一個音樂廳裏，他們找到了。LT是個女人，和一個長得跟比利、薩德一模一樣的兄弟在一起。菲爾將他們請回了神盾局。LT告訴他們，她把黑暗戰書最後給了比利。博士在繼續讀取着比利的記憶，發現他最終將書藏進了神盾局的一間密室裏。他讓艾達把他讀取到的密碼一一記錄下來，然後讓人調轉潛水艇，前往神盾局。菲茲在西蒙斯安慰下，情緒穩定下來並且受到啓發有了新思路。他打開替身的頭顱，發現了他的量子大腦。功能可以跟人腦媲美。在測試過程中，西蒙斯突然想到了曾測試過的梅的大腦，跟博士替身的大腦相同。她吃驚得叫了起來。此刻，生化梅正跟菲爾站在密室門口，等着薩姆取出黑暗戰書。生化梅對菲爾説也許應該一起進密室，並且誘惑菲爾接吻。這時，LT跑過來，説有三個人押着比利要闖進神盾局，薩德這時也帶着黑暗戰書走出了密室，並順手將書交給了生化梅。菲爾讓生化梅將書交給他，生化梅卻突然將槍口對準了他。生化梅聽到菲爾説她不是真正的梅時，有點吃驚。黛西趕來用震波震翻了生化梅。菲爾帶着黑暗戰書，用它交換了比利，乾淨漂亮地幹掉了三個闖入者。這時，另一個手持真正黑暗戰書的薩德經過，翻倒在地的梅打暈了他，搶過了書，這時，博士走了進來，將書拿到了，拋下受傷的生化梅離去。LT和三個長得一模一樣的兄弟，菲爾黛西等人聚在了一起，商量着下一步的措施。第一個艾達、博士替身被焚燒掉了，現在，生化梅還躺在神盾局裏，因為大家覺得找不到梅，這個生化梅跟她還有些關聯。

　　博士聽説監察者首領俄羅斯人安東看過了黑暗戰書，生氣地將書從他手裏搶了回來。安東不動聲色地看了博士一眼，他現在需要他。他們一起商量了該怎麼用泰瑞根水晶引誘神盾局。西蒙斯檢測後發現，傑弗瑞注射的保持神力的藥物，可能會致他於死命。她直言不諱地告訴了他這個發現。為了保證神盾局的戰鬥力，找回梅特工，傑弗瑞還是希望繼續注射。納迪爾議員因為她的身份，掌握着異人們的情況。現在這些異人都處於危險之中。納迪爾還準備鼓動媒體跟神盾局作對，向公眾曝光神盾局藏匿異人的事。這時，監察者塔克帶着泰瑞根水晶走進了她的辦公室，因為他們懷疑納迪爾血液中攜帶着會變異的成分，她弟弟就曾被感染。結果泰瑞根水晶敲碎後，塔克發生了轉變，接着納迪爾的辦公室發生了爆炸，納迪爾喪生。塔克回到監察者基地，告訴安東納迪爾異化後爆炸而死。安東知道神盾局一定會來抓捕塔克，決定撇下塔克去暫避風險。果然，黛西帶着人很快就把塔克抓回了神盾局。在黛西、傑弗瑞毫無防範地審訊塔克時，西蒙斯和菲茲通過分析爆炸現場，發現了塔克已經變異成炸彈人。他倆急忙衝去通知，傑弗瑞和菲茲趕在塔克施展異能前，無畏地果斷出擊，合力將塔克推出了神盾局的和風一號，使大家逃過一劫。西蒙斯和菲茲都想到了，黛西可以利用她吸收震波的異能，對付塔克。黛西抓緊訓練着。塔克儘管轉化成了異人，但他向安東坦白並保證，他一定會幹掉神盾局，完成安東交給的任務。他將自己當作誘餌，引來了黛西、傑弗瑞和西蒙斯菲茲後，安東帶人出現了。他們的車隊不斷地隆隆開來，黛西在和塔克的對抗中已精疲力盡了，為了掩護菲茲和西蒙斯制伏塔克，傑弗瑞將所有藥物注射進自己體內，再次化身大力神，阻擋住了安東的車隊，為戰友們爭取了機會。西蒙斯菲茲成功地將氣化的塔克收進了研製的儀器。菲爾和邁克找到了一個叫艾格尼絲的女人，艾格尼絲跟博士曾是一對戀人，她現在身患絕症日子已所剩無幾。博士的艾達就是仿造她的樣子製造的。菲爾告訴她這件事時，艾格尼絲決定跟菲爾他們合作找回梅。博士收到了艾格尼絲的信息後，急忙趕去。艾格尼絲本來一直跟菲爾邁克配合着，但聽到博士為了使她避免死亡所進行的努力後，跟博士一同離去。

　　神盾局特工們為了營救好搭檔梅,在不斷嘗試着辦法。菲茲也構建了個模擬場景,邁克黛西加強着練習,想將梅從博士構建的虛擬場景中營救出來。根據對傑弗瑞局長的定位搜索,菲爾帶着黛西等人找到了阿拉斯加的諾姆,結果趕到後在一處荒廢的空曠房間裏,只看到了傑弗瑞的鎧甲,在房間的整面牆壁上,令人吃驚地貼滿了菲爾的照片和信息。原來這是安東針對菲爾佈下的局。安東去找博士,他正頭戴耳機進入框架中。安東想叫他,被艾達阻止。看到安東的堅持,艾達不情願地喚醒了博士。醒來的博士告訴安東,他已做好了自己該做的部分,硬件已經就位,艾達也會代表他和安東繼續合作。黛西發現了照片牆中有一張安東名下的礦場照片,這張照片喚起了菲爾關於過去的回憶。多年以前,菲爾曾到過這家礦場,梅配合了他的行動,但那時菲爾和梅的相處並不默契,菲爾認為他們之間步調很不一致,但菲爾跟梅還是有些別樣的情愫,倆人還一起扮演成夫妻出過任務。這張照片使菲爾意識到,他們應該趕往俄羅斯了。傑弗瑞試圖逃出被關押的地方,剛打暈了守衞,安東迎面走來,幾拳就把他打昏了,重新被關入牢房。等他醒來,安東和艾達站在他的面前,安東揭穿了傑弗瑞注射藥物獲得異能的真相,並將匕首插入傑弗瑞胸前,傑弗瑞忍着巨痛不肯作聲。他知道菲爾肯定會來找他。果然,菲爾等人已經趕到了。他們接到了安東的電話,菲爾問他傑弗瑞在哪兒,安東説菲爾不會再找到他了。他是正在為他被處死的對外情報局同志復仇。菲爾黛西他們又趕回了神盾局,會同菲茲西蒙斯一起分析情況。菲茲感到氣餒,因為博士建造的框架世界,利用了全世界各地的服務器,難以追查到源頭。而當時艾達的製造他自己也有份參予,在感到了挫敗感的同時,他又感到了深深的內疚。西蒙斯鼓勵他繼續研究下去,找到解決問題的辦法。菲爾明知道安東在不停地給自己下餌,但他堅持找回傑弗瑞和梅。安東還在威脅傑弗瑞,告訴他這是最後的機會,如果傑弗瑞能站出來指證並譴責神盾局,他就會放過他。傑弗瑞相信神盾局的正確性,他認為安東雖然聲稱為人類而戰,但事實上已喪失了人性。安東放人進來羣毆傑弗瑞。艾達在窗外看着這一切,她不能理解安東的行為模式,大腦中判定出安東迥異於大多數人類。菲爾再次帶着神盾局的特工們來找傑弗瑞和梅。很快,菲爾和安東面對面了。安東直指菲爾是外星人和異人的中心,因為他發現這一切特異現象的背後,都有菲爾。安東認為當年他的對外情報局隊員就是因為菲爾而死的。一直在追蹤監察者的黛西這時也走了進來,現在,她總算直面監察者的頭號人物了。原本在黛西異能前不堪一擊的安東,使用了暗器,黛西肩部受傷,最後才制伏安東。菲茲在通訊室尋找着設備方面的線索。西蒙斯帶人去對付艾達,菲茲不能不擔心,但使命所在,菲茲和西蒙斯還是很快投入到了各自的任務中。邁克找到了關押傑弗瑞的牢房,他打傷了那些正羣毆傑弗瑞的人。菲爾也趕來相助,成功地解救了傑弗瑞。但艾達開動潛艇跑掉了,大家知道梅肯定在那上面,只好先暫時先返回神盾局。細心的西蒙斯仔細回想,感覺到這次任務中有什麼地方不對,緊接着又發現神盾局機器人替身的檢測系統被關閉了,而關閉的人居然是菲爾。西蒙斯告訴了菲茲,倆人同時意識到,真正的菲爾很可能已經被替換了。重新開啓了檢測系統後,西蒙斯和菲茲發現,同時返回的四個戰友已經全部成了機器人替身。他們是菲爾、黛西、邁克和傑弗瑞。

　　看到這些生化機器人以戰友們的面目在身旁走來走去，西蒙斯緊緊拉着菲茲的手，十分緊張。她擔心着這些生化人會將他和菲茲殺死或者隔離，菲茲安慰她使她鎮靜下來，他們必須裝作若無其事，因為他們現在唯一的優勢是發現了真相，這些生化人還沒意識到被他們發現了。這時，生化人菲爾、邁克、黛西、傑弗瑞走了進來，菲爾要菲茲召集全球異人，菲茲假意同意了，傑弗瑞想拆開西蒙斯和菲茲，菲茲找藉口拒絕了他。傑弗瑞和菲爾商量着要趕緊下手，幹掉並用生化人替換掉西蒙斯和菲茲，菲爾説先謹慎行事。悠悠球是神盾局最有價值的異人之一。生化異人邁克先跟她取得聯繫，引她上鈎。生化菲爾去找到生化梅，當梅發現了菲爾不是原來那個，表現得很抗拒。她跟生化菲爾的設計程序不同，她原來一直以為自己就是梅，很久後才發現自己不是，這種自我否定讓她難受。生化菲爾是一開始就明白他是什麼。他欣賞並嚮往博士創造的框架，認為那是個新世界，沒有傷痛和遺憾的新世界。他説服梅接受這個框架，在這個框架裏，他可以和生化梅在一起。西蒙斯和菲茲一起來到工作室，可是西蒙斯突然發現儀器檢測他倆之中有生化人，西蒙斯大驚失色，迅速掏出槍指住了菲茲，她讓菲茲豁腕證明，菲茲割腕後流出了大量鮮血，看到血西蒙斯覺得菲茲不是生化人，急忙奔過去幫他，結果菲茲反手將刀刺進了她的小腿。原來這個菲茲也是生化人。博士醒來後，艾達告訴他，四個生化人已在神盾局就位，很快她也要用生化人替換掉西蒙斯和黛西了。生化菲茲正在掃描西蒙斯的大腦額葉時，西蒙斯清醒過來，她掙扎着去拿了大錘，砸傷了菲茲，並用匕首扎死了生化菲茲。黛西進入樓下的隔離室時，發現了滿屋裏都是跟自己一模一樣的黛西模型，她馬上明白髮生了什麼。等生化邁克起來時，黛西急忙裝成模型，一動不動地站在裏面。邁克提着槍一一察看，趁其不備，黛西襲擊了他並跑出了模型屋。黛西躲到暗處，打開平板查看，發現了菲爾、傑弗瑞和邁克都是生化人，生化人菲茲躺在地上。這時，黛西發現西蒙斯也躲在這個房間，她們彼此成為了依靠，緊緊擁抱在一起。艾達觀察人類越多，越感覺自己的思維出現了悖論。她被博士設定的兩個主參數發生了矛盾。一個主參數是保護框架，另一個是保護博士，但她現在認為，博士是框架最大的威脅。因為他讓她為每個進入框架的人彌補一個遺憾，這説明博士自控力很差，她認為博士如果有一天後悔創造了框架，就會修改參數拆毀框架。博士説這不可能，因為他堅信框架是真實的，可以替代原來充滿遺憾的所謂真實人生。艾達聽了他的話露出了笑容，説這個解釋解決了悖論。她割破了博士的手腕，將他也置於框架之中，博士掙扎了兩下就昏迷了過去，和梅、菲爾等原來被他們控制的那些人一模一樣。菲爾和傑弗瑞將神盾局特工們全部召集起來，向他們宣佈，西蒙斯和黛西被綁架並替換成了生化人。他們下令要殺死倆人。這點黛西和西蒙斯想到了，她們商量着下一步該怎麼做。聽西蒙斯説框架的源信號無法查找，黛西説那我們必須黑進去，接入框架，然後找到我們自己人喚醒他們。黛西用催眠氣體弄暈了所有特工，只剩下傑弗瑞等四個生化人了。黛西好容易才戰勝了生化傑弗瑞，卻被隨後趕來的邁克和菲爾射中。趁他們以為勝券在握時，黛西積聚起所有力量，一擊而中，倆人同時被震碎，他們的身體碎片落地後，清醒了的其它特工們才明白了西蒙斯和黛西才是沒被替換掉的人。黛西和西蒙斯安排大家搶救同事，並準備啓動和風。她們推着硬件準備離開，一開門卻發現生化梅正堵在前面，手握着巨型炸彈的開關。黛西和西蒙斯説服了這個比其它生化人更像梅的生化梅，她放走了她倆。已修好的生化菲茲又將生化菲爾修復好，生化菲爾準備啓動隔離室裏的黛西戰隊。他趕到生化梅呆的地方，發現她放走了黛西和西蒙斯。梅告訴菲爾，她被設計的程序是拿回《黑暗戰書》，慾望是接近菲爾保護菲爾，而面前的這個菲爾不是真的。聽聞此言，菲爾迅疾地掏槍指向梅，梅按下了炸彈的開關，熊熊的火焰吞沒了他們。火焰席捲而來之前，西蒙斯黛西和特工們乘坐的和風一號起飛離開了。劫後餘生的她們將手緊緊握在一起。她們把下一步的計劃告訴了特工們，悠悠球不安地聽着，不停地走來走去。特工們意識到，如果倆人在框架裏待得太久，她們的身體會衰竭。事實上情況更嚴重，如果倆人在框架中死了，那麼在現實中也就真的死了。但顧不上那麼多了，黛西告訴大家要立即行動。倆人被接入了框架之中。框架內黛西醒來，發現收到了一條短信，讓她叫醒丈夫，因為神盾局在召集他們。黛西以為是林肯，這一直是真正的黛西內心最大的遺憾，現在在框架世界裏，這遺憾會被彌補。黛西走進卧室，牀上躺着的卻是她的沃德。在框架之中，菲爾邁克都是普通平凡的人，過着安寧幸福沒有遺憾的平常時光。然而在框架內西蒙斯已經死去。

　　黛西走進了牀邊，卻發現牀上的林肯突然間又變成了沃德。黛西告訴他上司發來了短信召集，卻發現她説的上司和沃德説的完全不是一回事。他們不是神盾局特工，而是九頭蛇特工。他們一起來到了總部。黛西藉口要查看郵件，暫時擺脱沃德，進入公司電腦查詢。電腦顯示林肯已經死亡，西蒙斯等200多位神盾局特工均已感染死亡。黛西不敢相信地低叫出聲，這時，梅出現在她身後。她告訴黛西要去參加公司的簡報會議，黛西告訴梅，自己進入框架中就是來找她的。梅卻完全不為所動。西蒙斯從一處泥沼中爬了出來，她發現了自己胸前的槍口，意識到自己被殺了。回身再看，身下還有一具屍體，看情景，神盾局已成死亡廢墟。這個框架世界構造的如此真實，西蒙斯忍不住喟嘆。以她科學家的頭腦，她知道要達到這樣的效果，需要無數的計算層次。她搭上了一個路過女性的便車，想找到黛西會合。車在前方不遠處停了下來，原來前方正在進行異人檢查，這個框架世界裏不但由九頭蛇主宰着，異人們在沒變異之前就受到抓捕。神盾局也是被打擊對象。檢查很嚴格，西蒙斯沒有身份證，只有一張神盾局的工作證，她只好先下了車躲藏。西蒙斯進入一家小酒吧，可沒過多久，就被九頭蛇的人發現抓住。被帶上車的時候，西蒙斯趁其不備襲擊並開槍打死了他們，奪車而逃。梅在九頭蛇組織中是個領導，她派黛西和沃德去審訊一名異人犯人。黛西在跟她單獨接觸時，很想喚回她的真實記憶，但沒起到什麼用。很快，黛西又見到了菲茲，他成了九頭蛇內部的一名博士，級別比梅還高。菲爾作為一名普通教師正在給學生們授課，而且，他正在向學生們宣揚九頭蛇的偉大。這時，九頭蛇的人進來，帶走了一名疑似可能轉化成異人的學生。菲爾對此非常配合。西蒙斯一直找不到黛西，她查到菲爾也在這個框架中，於是前去找他。不料，菲爾竟完全對她沒記憶。西蒙斯提醒菲爾他的記憶被篡改了，現在他被植入了虛假記憶。他曾是神盾局局長，帶領神盾局消滅了九頭蛇。她是他神盾局的下屬特工，為了喚醒他，西蒙斯還掏出了神盾局工作證。但菲爾卻以為這是場測試，還擔心西蒙斯這樣做會害死他。他攆走了西蒙斯，甚至向九頭蛇組織舉報西蒙斯。梅拿着舉報西蒙斯的文件找到菲茲彙報。黛西在旁邊聽到了，急忙趕去尋找。菲茲則讓特工們出動去抓捕西蒙斯。黛西總算先找到了西蒙斯，倆人正設法逃走時，沃德從暗處現身用槍對誰了她們。但轉而沃德射中的卻是她們身後的追兵，原來，沃德早知道黛西是異人，他為了幫助黛西，加入了抵抗組織成為雙面間諜。在沃德的幫助下，黛西和西蒙斯成功逃脱。倆人討論着這個虛擬框架世界裏發生的所有不可思議的事情，故人們全都變成了完全不認識的人，她們商量着先返回現實世界，帶上支援再來。可是，西蒙斯發現她們返回的儀器完全沒反應，黛西猜到肯定是有人修改了她們的撤退口令密碼。她們倆了被框架世界給困住了。九頭蛇總部，菲茲不相信特工們居然抓不住一個姑娘，梅告訴了他九頭蛇有內鬼的事。菲茲回到卧室，他的夫人成了艾達。艾達正在查看西蒙斯的資料，看到菲茲進來，切換了畫面。菲茲想看下，艾達沒有答應，而是上前給了他一個吻。

　　菲爾下班後，打開車門坐進了自己的車裏，他正要啓動汽車，後座上的黛西跟他打招呼。菲爾被嚇了一跳，他堅持説不認識她，並猜測她跟西蒙斯是一夥的。黛西努力想讓菲爾想起她來，菲爾頭疼起來，但他還是認為他根本不認識黛西。黛西是一直把菲爾當作親人一樣的人，一遇到困難她就忍不住來找他。她一再呼喚着菲爾，最後，菲爾總算是有了感應，想起了她的名字，並且相信了黛西告訴他的他們只是身處框架世界的事。黛爾的電話響了，是沃德打來的，提醒九頭蛇的人正在出動抓捕老師菲爾。黛爾跟菲爾緊急離開找到了西蒙斯。黛爾説是沃德第二次救了他們。但西蒙斯對沃德心存疑慮。她覺得應該對他保存警惕。畢竟在現實世界裏，沃德是個最善於背叛親近人的人。她認為既然黛爾能讓菲爾回憶起真實世界，她應該也能喚回菲茲。黛爾得知建造框架結構的教授也在框架之中時，馬上想到他一定了解框架，知道怎麼把大家帶出去。於是黛爾讓西蒙斯和菲爾先去找沃德説的抵抗組織的人，她則不顧被抓捕的危險，重新潛回九頭蛇裏。她找到了教授的基本情況，和沃德正要脱身時，梅出現要帶走黛西。黛西急忙將小紙條校給沃德。邁克正在修復無人機，這時一架無人直升機徘徊在他面前。得知這架無人直升機是用九頭蛇墜毀的機器原型修復的，邁克叮囑女兒，不要招惹九頭蛇，不要動他們任何東西。他説服了女兒，要帶女兒乘坐公交將無人機還回去。可是，他們很快就被盯上了。梅帶着人趕去抓捕邁克和他的女兒，並且利用邁克證實了黛西是神盾局特工。梅抓捕了黛西。按沃德紙條的提示，西蒙斯和菲爾被帶到了神盾局，局長居然是傑弗瑞。沃德不久後趕到，他將黛西找到的地址交給了西蒙斯。西蒙斯和菲爾、沃德一起趕去找教授。找到教授後，教授告訴他們他已被艾達害死了，現在他只存活在框架裏，他們還發現了艾格妮絲也在。西蒙斯想問出更多內容，這時，艾達帶人來了，他們只好先躲了起來。艾達讓菲茲搜索，菲茲找到了艾格妮絲，並按照艾達的要求擊斃了艾格妮絲。這絕不是真實世界裏的菲茲能做出來的，看到這一幕的西蒙斯忍不住大叫着想阻止菲茲。菲茲看到她的臉呆住了。因為剛剛教授告訴他，在真實世界裏，他和西蒙斯是一對情比金堅的愛侶。受不了良心折磨的邁克，主動找到了神盾局，告訴他們九頭蛇利用他抓到了黛西的事，並自己要求加入神盾局。

　　菲爾和傑弗瑞劫持了運囚車，卻沒有找到他們要營救的人。傑弗瑞向菲爾打聽西蒙斯的情況，他總覺得西蒙斯有事瞞着他。後來，他和沃德一起詢問了西蒙斯，西蒙斯告訴了他們這個世界的真相，但顯然他們倆個都無法接受和相信。此刻，菲茲正在審訊剛剛受了刑的黛西。他詢問愛國者的下落想抓住他們，黛西告訴他西蒙斯不是顛覆者，她是菲茲在真實世界裏的愛人。菲茲聽了不為所動，反而給了黛西一耳光。梅也向艾達表達了要消滅愛國者，捍衞九頭蛇的決心。儘管倍受折磨，黛西也不肯屈服。這時，艾達走進了她的牢房，她告訴黛西，她構建的這個框架世界是美好的，比如她可以給黛西一樣需要的，比如林肯。聽到林肯的名字，黛西動心了。但很快她還是恢復了清醒。邁克將截獲的運囚車進行了重新改造。沃德從九頭蛇數據庫裏給菲爾弄了個新身份和證件，他要假扮司機，利用囚車進入九頭蛇基地的教化中心裏營救黛西。黛西聽到隔壁牢房裏關押的是博士，於是跟失去艾格妮絲後痛苦的博士聊了起來。她不同情博士，因為這個地獄世界就是博士造出來的，他完全是咎由自取。她問博士他建造的這個世界的後門在哪兒，博士告訴了黛西。菲茲的煩惱被他的父親看出來了，父子倆一起去喝茶。菲爾和傑弗瑞他們成功地混入了基地，釋放了被囚禁的人，還拿到了菲茲秘密研究項目的圖紙，正準備撤離，菲爾發現了個被九頭蛇逮捕的他曾經教過的學生，於是前去營救。而這時，他們的行動已經暴露，九頭蛇正派了服過增強劑的梅前來對付他們。得知情況後，沃德和西蒙斯趕去支援菲爾和傑弗瑞。梅敗給了傑弗瑞，但傑弗瑞放過了她。梅感覺他的作為似乎跟恐怖分子有點不同。接着梅按照菲茲的命令炸燬大樓。大樓塌了，學生們壓在了裏面。傑弗瑞為了救被壓住的學生，用自己的身體護住了他，撐住了那塊巨大的樓板。看着這一幕的梅深受觸動。真實世界裏，艾達巡視着那些被她放到框架中正深眠着的人，菲爾、菲茲、邁克、梅、傑弗瑞，這時，她看到傑弗瑞的生命體徵出現了變化，顯示掛機無生命特徵。框架世界裏傑弗瑞的犧牲也影響和改變了真實世界。

　　在框架世界裏，所有打擊恐怖分子的行動中，梅本來一直是那個最勇敢最堅決的九頭蛇戰士。但經過了和傑弗瑞的幾次交道，梅發現了所謂恐怖分子身上具有的善良和自我犧牲，梅受到了觸動，對九頭蛇發生了質疑。梅進入到黛西的牢房，在確認了黛西在真實世界裏是個異人之後，她拿出了一根泰瑞根，擲到地上，在框架世界裏使黛西再次具有了異能。梅帶着黛西出逃時，九頭蛇的人發現幷包圍上來，倆人在射殺了不少敵人正要離開時，艾達帶人攔住了她們。黛西用異能將艾達推出大樓，摔壞在高樓下的地面上。艾達在現實中醒來，框架世界中她第一次遭受到的失敗使她感到不安。安東知道後想開槍殺掉梅。但他是艾達重新再造的機器人，跟艾達被博士建造時一樣，建造之初就被設定好了參數，這個參數就是要保護這些正在實驗室裏昏睡的神盾局特工們。他們都想突破這個參數。艾達説還是有辦法的，因為博士當初建造的時候，還設定了一個指令，如果誰威脅到了框架就可以殺掉。現在，已經有兩名特工，黛西和西蒙斯都屬於此類，她們黑進了框架，帶着完整的記憶。艾達命令安東找到她們然後除掉。框架世界中，傑弗瑞已經犧牲。愛國者羣龍無首了。艾達摔壞了脊椎還在昏迷。菲茲成為新的九頭蛇首領，並要下屬在電視媒體上發佈了通緝梅和黛西的信息。艾達醒來後，要菲茲儘快完成鏡子項目，因為這個項目一旦完成，就可以製造活體物質，現實世界的艾達將不再是機器人，而可以變成活生生的人類了。菲茲的父親讓菲茲聽艾達的，他帶人去除掉黛西她們。西蒙斯通過他們從教化中心帶回的圖片，意識到了艾達的真實意圖。她知道，如果不趕快阻止，就會有災難發生。西蒙斯帶着崔普趕去。菲茲終於完成了設計。他告訴了艾達這個消息。為了找到黛西西蒙斯和剩下的愛國者們，菲茲想設法撬開博士的嘴。菲爾帶着黛西他們趕到了還在造謠的電視媒體，綁架了主持人。然後菲爾在電視中做了主播，揭露了真相，並播出了那段九頭蛇用卑鄙手段消滅愛國者和那些無辜孩子的視頻。真相喚醒了大眾，菲爾也勇敢地在電視中亮明瞭自己神盾局特工的身份。

　　留給黛西和西蒙斯的時間不多了，由於她們倆身體所在的飛機能源即將耗盡，為了節約能源，關掉了唯一保護着這架飛機的隱形功能。西蒙斯告訴黛西，艾達正在建造真實的肉身，這樣她就能擁有自由意志，將他們所有人全部殺死。這真是讓人沮喪，幸好黛西告訴了西蒙斯一個好消息，她已從博士口中知道了離開框架世界的後門，只需要將所有人帶到那兒。有點問題的是邁克和梅還沒恢復他們在真實世界的全部意識，他們不知道真相。還有菲茲，他現在是九頭蛇的首領。西蒙斯從梅那兒得知了菲茲的父親每天和他形影不離，意識到艾達正是利用菲茲的父親改變和控制了這個框架世界中的菲茲。於是西蒙斯找到菲茲的父親，用槍指着他讓他打電話給菲茲，想單獨跟菲茲談談。結果他打電話讓菲茲來抓逃犯，並緊緊扼住了西蒙斯的喉嚨。搏鬥中，西蒙斯的槍打中了菲茲父親，電話那頭的菲茲聽到了，急忙帶人趕回，一心要為父報仇殺掉西蒙斯。艾達得知菲茲父親死亡的消息，心知不妙，急忙派人通知菲茲中止行動。但菲茲沒有聽，仍然想抓到西蒙斯。艾達於是啓動了菲茲建造的機器，急於得到真實肉身，好除掉所有對手。現實世界的和風號電量即將耗盡，這時又發現有了敵情。黛西他們來到了後門，菲茲也緊追着他們來了。後門被艾達修改，藏在一片火熱的爐火後，黛西用異能震開了爐火，菲爾正要穿過時，被九頭蛇的人射傷倒地。梅扶起了菲爾，菲爾縱身一躍，在真實世界裏醒來。在他的帶領下，梅也跳了。倆人在真實世界裏醒來，菲爾找了把刀走到艾達這個可惡的生化機器人身邊。此時，艾達的真實肉身正在建造中，即將完成。黛西讓西蒙斯趕快跳時，菲茲追來了，拿槍對準了西蒙斯，打中了她的膝蓋，又用槍對準了她的頭。關鍵時刻，博士開槍打中了菲茲，並將他推到了後門入口。這就是博士懺悔自己建造了框架世界的方式。西蒙斯也在飛機上醒來了。可是這時飛機突然一震，安東的人打中了飛機，機身開始燃燒。框架世界現在剩下邁克和黛西了。聽黛西説女兒霍普在真實世界裏死了，邁克不肯離開框架世界。黛西只好先離開了。菲茲醒來後，發現自己在框架世界裏做下的事，心智開始混亂。菲爾安慰着他，這時，梅聽到外面一聲異響。獲得真實肉身的艾達出現了。她摟着菲茲一下消失了。

　　艾達帶着菲茲現身在一處海灘。她感覺着海水衝過腳面，想到以前自己是機器人時只能模擬這種感受，高興極了。菲茲在旁邊卻快要吐了。他知道在框架世界時，是艾達操縱了自己。艾達卻撒謊説她也是身不由已，被博士控制。她現在有了自由意志，可以自己選擇人生了。她所做的第一個選擇就是要菲茲，説完後，她又帶着菲茲瞬間憑空消失。安東生化人來了，要殺掉神盾局特工。菲爾和梅為了保護還沒從框架世界歸來的邁克，並肩戰鬥。梅為了獲得力量，還注射了腎上腺素。倆人好容易才打敗了安東。但菲爾意識到，他們所處的地方有被海水淹沒的危險。艾達成了一個真正的人類。她有了同情心同理心，有了感受。菲茲極力勸説她，去救下那些被她置於危險中的神盾局特工。艾達先擔心自己的安全，怕梅會殺掉自己。但最終還是被菲茲説服了。艾達出現在安東面前，下令他停止殺害神盾局特工。但安東不聽，艾達掐住了他的喉嚨，安東卻告訴她，只管毀掉這具身體，他造出的無數安東正在各處殺戮。這時，廣播裏傳來了魚雷即將發射的提示。隔離艙升空，油井塔台爆炸了。為了阻止安東他們的繼續追捕，艾達做了這一切。艾達體會着救人的狂喜，這時，麻醉槍響了，她倒了下去。菲茲扭頭一看，是西蒙斯開的槍，接着，西蒙斯又對他開了一槍。原來，敵友不明，為了防止艾達的瞬移能力，要把他們倆先密閉隔離。當艾達聽到菲茲説他仍然愛西蒙斯時，突然崩潰瘋狂了。她獲得真身，就是為了有血有肉地愛菲茲。她怒吼着，情況不妙，西蒙斯急忙要和同事們救出菲茲，這時，塔伯克卻帶着人衝進來，用衝鋒槍對準了神盾局特工們。密閉艙裏，艾達正要帶着菲茲瞬移，卻發現失敗了。菲茲急忙躲入裏面的小間裏，用門將自己和艾達隔離開。這時，同事們將他帶出了密閉艙。大家正在慶幸密閉艙發揮了作用，菲茲清楚，艾達還有其它更強大的異能，密閉艙只能困她一時。果然，艾達出了密閉艙，她無所不在。菲爾正試圖向塔伯特解釋清楚究竟發生了什麼，塔伯特知道情況危險，先隨着神盾局特工們撤退了。為了大家順利離去，菲爾沒走。西蒙斯理解他此刻的心情和犧牲。她知道了菲茲的真正心意，他們倆人還是一對愛侶。她摟住了菲茲的肩膀，菲茲哭着不肯扭頭。悠悠球為了與邁克同在，將自己也接入了框架世界中。艾達又找到了她現在唯一同類安東。安東告訴她，黑暗戰書還可以來建造世界，他可以重新建造一個跟框架世界一樣的真實世界，讓異人們重新被追捕。艾達説她要的不是讓那些人死亡，而是讓那些人受苦。説完，她發泄般撲上去跟安東親吻，並將他的腦袋一次次往地板的碎玻璃渣上撞擊。這時，旁邊突然傳來一個聲音問，這樣是不是好多了。艾達抬頭一看，另一個安東正倚着門框邪笑着説。塔伯特的搜尋隊剛撤退，惡靈騎士從時光隧道里面走入了現實世界。

　　悠悠球剛進入框架世界，卻發現框架世界正在變化發生異常。原來，是憤怒的艾達想毀滅掉這個她創造的世界，菲茲估計這個毀滅時間大概是12到20小時左右。不過，由於艾達對於神盾局的仇恨，使她決定先完成報復。這時，惡靈騎士羅比來了，他消滅了艾達製造出來的幾個機器人，火鞭正要掄向艾達，艾達消失了。艾達的手臂被羅比的火鞭灼傷無法痊癒。安東告訴她，因為羅比和艾達一樣，誕生於創造了他倆的同一片黑暗領域。羅比告訴黛西，附身於他體內的惡靈騎士，會被黑暗物質吸引，感覺得到黑暗物質的存在。當艾達被創造出來時，黑暗世界曾裂開了一道縫隙。現在，惡靈騎士想要將艾達重新逐回黑暗之中。悠悠球在博士帶領下，找到了邁克。但框架世界的邁克並不認識她。在塔伯特組織的為神盾局辯護的會議上，艾達派出了她的生化人安東，帶着黑暗戰書，為神盾局設下了陷阱，陷害黛西神盾局。幸虧大家及時趕到，羅比的出現，使艾達快速逃走了，留下了黑暗戰書。框架世界中，悠悠球的深情訴説，總算使邁克意識到了，她是他真實世界裏的愛人。框架世界裏的一切正在消逝。邁克本來正帶着一車人，逃離九頭蛇的控制，可是，這車人突然全部不見了，只留下他和悠悠球，博士、女兒霍普。博士意識到可能菲茲正在現實世界設法延長他們的存在時間。博士勸説悠悠球儘快離開，因為邁克明知道事情真相，可為了跟事實上已經死去的女兒在一起，他已決意放棄現實世界中的生。悠悠球見狀，決定跟他一同呆在這個框架世界裏赴死。框架世界繼續消失。霍普突然也消失了。邁克發現自己懷裏變得空空，女兒不見了。悠悠球伸手拉住了他。在最後的關頭，他們倆回到了真實世界。艾達出現在神盾局，為了奪取黑暗戰書，這個神盾局唯一能打敗她的東西。羅比體內的惡靈騎士現在附身於菲爾體內，艾達不知道，氣勢洶洶要除掉菲爾，反而被菲爾緊緊抓住，燃燒着化為灰燼。菲爾將黑暗戰書交給了羅比，羅比帶着它回到了黑暗世界。神盾局的特工們總算在現實世界裏又聚齊了。菲茲還在懺悔着自己在框架世界裏的所作所為。黛西以自己的經歷安慰他，説服他留下跟大家共進退，他們所有這些人，是一個不可分割的整體，一個團隊。大家歡樂地一起聚餐，很久沒有這樣了，正融洽地説笑談天，酒吧突然斷電，有人持槍對準了他們。特工們全都配合地舉起了雙手。