神盾局特工第五季

科爾森帶着手下的隊員在餐廳裏用餐，突然一個神秘人帶着一隊士兵衝進了餐廳，將時間靜止了2分鐘，把除了菲茲的其餘特工，全部捉走。科爾森幾人清醒過來後，出現在他們眼前的是一塊白色巨石，巨石瞬間融化，特工們被白色液體席捲而走。巨石將科爾森等人傳送到了太空的某一艘破舊的太空船上，並且將眾人分散在飛船的各個部位中。科爾森落地，發現自己漂浮在空中，周圍物品因時間靜止而浮在空中，突然，時間開始恢復正常，飛船內的物品和人被船艙上的大洞吸出了窗外，情急之下科爾森急忙拉住欄杆才沒被吸走。房間內同樣的兩個陌生人啓動緊急裝置，把窗口上的洞堵住，三人才度過危機倖存下來。陌生人中一個叫維吉爾的青年看見科爾森非常高興，不斷叨唸着科爾森是救世主，另一位卻不斷吵着要逃跑，而一臉迷茫的科爾森根本不知道發生了什麼。要逃跑的陌生人在開門途中被神秘生物捉走，科爾森與維吉爾急忙把門堵上。維吉爾和科爾森解釋剛剛的神秘生物是維羅尼辛，外號蟑螂，幾年前突襲了這部飛船，而他們所在的這一層一直被封鎖。維吉爾告訴科爾森自己是神盾局的大粉絲，一直等着他來拯救世界。一頭霧水的科爾森剛想了解更多這艘飛船的情況時，從飛船別的地方趕來的邁克，一拳打暈了以為是威脅科爾森生命的維吉爾。這時，傳送至飛船某處的埃琳娜與西蒙斯相遇，眼尖的西蒙斯發現周圍的屍體沒有任何水分像是被吸乾一樣。好在邁克和科爾森此時也找到了她們，四人終於相遇。相較於這四人，梅沒就沒有那麼幸運，在傳送過程中一根鋼管直接貫穿了她的大腿。聽到門外有異響，梅咬緊牙關把鋼管拔出後，急忙躲起來。躲在暗處的她發現一個神秘人在收集地上屍體手臂上的某樣物品，待神秘人走後，梅走出暗處，卻被這位神秘人埋伏，兩人廝打起來。神秘人用磁力裝置把梅擒獲，在梅的右手強行裝上名為生物表的裝置。另一邊，科爾森正想從維吉爾這裏瞭解這裏更多的情況時，維吉爾卻被意外出現的蟑螂殺死，四人只得繼續逃忙，危急時刻，黛西出現並用超能力殺死蟑螂。在探索飛船的過程中，科爾森發現了梅的衣服，還發現了這艘飛船離地球並不遠，如果能找到一艘拖曳船，飛過隕石區，就可向地球發送求救信號。正在眾人討論時，藍臉克里人突然出現，把五人全部帶走。科爾森、黛西與西蒙斯被關在牢房裏，邁克與埃琳娜因為襲擊了克里人，被帶去了另外一個房間接受酷刑折磨。梅與神秘人説服了看守的克里人，把眾人帶離牢房。神秘人自稱迪克，他説自己只是受僱與維吉爾給他準備一些生物表，現在維吉爾死了，他對幫助科爾森等人逃亡一點興趣也沒有。説完就想離開，梅趁機用磁力裝置把迪克釘在了牆上。科爾森決定自己留下審問迪克，他覺得通過迪克，能瞭解到他們為什麼會來到這裏。隨即安排黛西去援救邁克與埃琳娜，而西蒙斯與梅則負責去尋找拖曳船向地球求救。科爾森與迪克交談後，驚訝的發現，自己不僅是穿越到了太空，而是穿越了時空，來到了70年後的未來世界。而這個世界，地球已經毀滅，人類只能被克里人奴役從而獲得一點點的生存物資。黛西通過自己的超能力，打敗了強悍的克里人，解救了被困在冰庫內差點被殺的邁克與埃琳娜。當她準備用電腦聯絡他人，卻發現這艘飛船的地理座標非常不對。西蒙斯與梅尋找到了拖曳船，發現她們所在的這艘飛船不是人類的前哨站，而是克里人的入侵集結站。兩人登上拖曳船，繞開隕石區後，驚訝地發現地球已經支離破碎，只剩三分之一漂浮在太空中。

科爾森、梅與西蒙斯意識到他們不僅是在外太空，還是在地球已經被撕裂的未來。他們必須想辦法回去，此時只能依靠生活在這個時代的迪克。此時，維吉爾的朋友泰絲找了過來，科爾森遺憾的告訴她維吉爾已經死了，而迪克告訴泰絲這些就是維吉爾一直在找的傳説中從過去世界來拯救人類的神盾局特工。泰絲決定遵循維吉爾的意願，幫助神盾局特工，她向準備退出的迪克許諾出2倍的價錢，讓他幫助神盾局的特工。迪克被重利吸引，讓泰絲帶着科爾森等人去生存區隱藏起來，自己去想辦法救出其他人。　　科爾森等人跟着泰絲進入生活區，眼前的一切彷彿世界末日的景象，地球人為了生存受奴役於藍臉克里人，每一個人的臉上都死氣沉沉。泰絲告訴眾人，這裏是原來的一個燈塔防空洞，地球被撕裂後，一些人躲在這裏倖存了下來，之後藍臉克里人接管了這裏，將之前所有的人類文化與數據統統銷燬，並制定了新的世界秩序。泰絲帶科爾森去維吉爾的房間希望能找到一些線索，梅和西蒙斯留在了市場。市場上，人們為了搶奪食物發生了暴亂，混亂中一名高級人類僕人被刺傷，西蒙斯搶救他的時候引起了一名女克里人的注意，她將西蒙斯帶走，西蒙斯暗示梅先不要輕舉妄動。西蒙斯被帶到了克里人首領面前，因為姣好的面容與聰慧的頭腦被首領賞識。因為發生暴亂，首領命令屬下對人類進行更新，所謂的更新就是讓人類一命抵一命，由3名代幣數最低的人類殺掉別人用來抵償自己的性命。為了控制奴僕，克里人首領給西蒙斯植入了可以隔絕聽力的裝置。迪克帶回了黛西、邁克和埃琳娜，眾人在市場重逢，迪克得知西蒙斯引發了騷動，覺得神盾局特工們過於危險，處於安全考慮，他不願意再與這些人有牽扯，甩手離去。但科爾森等人想要救回西蒙斯就離不開地頭蛇迪克的幫助，大家又分開行動，由黛西跟蹤迪克，找出弱點好要挾他給予幫助，其餘人繼續潛伏，埃琳娜用瞬間移動偷來了克里人的平板電腦。黛西跟着迪克，來到了他開的一個地下俱樂部，在這裏，迪克用程序製造了一個人類世界，供人們逃離現實。黛西説迪克這是在販賣精神鴉片，麻痹人類的反抗神經而已。他應該和神盾局合作，推翻克里人的統治。親人的離世與長期的鎮壓讓迪克對克里人充滿了恐懼，他覺得人類根本無法反抗克里人，而且地球已經被撕裂，離開了克里人的人類根本無法獨立生存。迪克認出了黛西就是震波女，他告訴黛西，神盾局曾經拯救過地球，但是地球被震碎了，現在做任何的一切都毫無意義了。更新任務的執行，危害到了科爾森等人的安全。迫不得已的情況下，科爾森不得不選擇投靠奸商吉爾。他用克里人的平板電腦換得吉爾為他們帶上生物表，並且同意為吉爾工作。但當吉爾為他們帶上表後，吉爾就將克爾森、邁克和埃莉娜固定在了牆上，好讓來追殺自己的工人殺了他們為自己抵命，緊要關頭，梅趕到阻止了工人的槍殺，但腿傷影響了她的戰鬥力，最後泰絲開殺了這名工人，獲救的眾人並沒有感到任何喜悦。科爾森、梅、邁克和埃琳娜留下成為吉爾的勞工，西蒙斯的學習能力得到賞識，成為接待克里人貴客的高級僕人。

科爾森、埃琳娜和邁克在吉爾的工廠裏勞作，卻經常受到吉爾的刁難與奴役。邁克假裝要攻擊吉爾，探得他將埃琳娜從克里人這裏偷得的平板電腦放在了大櫥內，除此之外還有違禁品，一把手槍。眾人決定尋求機會從吉爾這裏偷回平板電腦，搜索西蒙斯的位置。科爾森從邁克的話裏得到靈感，要求泰絲帶他出去外太空作業，以便繼續探索維吉爾留下的線索。吉爾不相信科爾森等人，覺得他們在用自己的資源偷運違禁品，讓自己的爪牙澤夫跟着他們，監視他們外出作業。科爾森在拖拽船裏發現了維吉爾藏着的通訊器，他有一個大膽的假設，維吉爾在和地球表面的某些人聯繫，而這些人知道他們為什麼會來到這裏。正在此時，澤夫出現識破了他們的行動，並要回去告發他們，情急之下，邁克出現打暈了澤夫。泰絲建議除掉澤夫，遭到了神盾局等人的反對。統治地球倖存者的卡塞亞斯是克里人首領的小兒子，由於被父親流放至地球，卡塞亞斯受到了其它種族的蔑視，他只能通過售賣異能人類給其它外星人，以獲取財物。這一次的貨品是一名只有十幾歲的小姑娘艾比，她的異能是改變自己身體的分子密度。但由於小姑娘無法很好掌控自己的異能，過度的緊張讓她的身體開始筋攣。女克里人錫納拉提議他讓西蒙斯去治療艾比。西蒙斯在和艾比的交流中，感覺到了卡塞亞斯對於這些異人有某種陰謀，她並不相信艾比説的只要展示成功，卡塞亞斯就會獎勵她的家人，而她會作為特使周遊銀河系。即便如此，她還是耐心的幫助艾比，成功克服緊張，在短時間控制好自己的異能。但不出西蒙斯所料，卡塞亞斯要招待的貴賓，芭莎夫人在看過艾比展現的異能殺死自己的武士之後，高價買下了她作為自己的戰鬥武器。西蒙斯確定了克魯人卡塞亞斯在製造並出售擁有異能的人類。埃琳娜利用自己瞬間移動的異能，乘着吉爾給自己糾正生物表的時候，溜進他的辦公室偷出平板電腦給到在外等候的黛西，由黛西去樓上克里人的聚集地營救西蒙斯。迪克想阻止黛西的行動，避免她連累到無辜的人。情急之下，黛西用震波彈開了迪克，被迪克嘲諷震波女毀滅世界的力量。黛西警告迪克再這麼説自己，會有嚴重後果。隨即乘坐電梯去樓上尋找西蒙斯。科爾森的假設得到了證實，他用維吉爾的通訊器獲取了地球表層的人類發出的信號。但是澤夫割斷了送油管使得他們不得不馬上返航，泰絲為了錯失除掉澤夫的機會而責備邁克，她擔心回去後會被吉爾殺掉，神盾局的處世準則在這個世界根本不管用。黛西在營救西蒙斯的途中被迪克出賣，她被迷煙迷暈後，卡塞亞斯捕獲了她。回到燈塔的科爾森等人本來會遭遇吉爾的懲罰，但埃琳娜機智的化解了危機，她用瞬間移動的能力將吉爾辦公室偷來的手槍悄悄放到澤夫的身上，誣陷澤夫偷藏違禁品並威脅他們。吉爾在證據面前輕信了澤夫的背叛，將他交給了克里人處置。澤夫最終咎由自取的被送往地表，遭到蟑螂羣的蠶食。科爾森等人修復了維吉爾留下的通訊器，收到了來自地表的訊息，發現自己就是對方口中所説的代表團。

黛西單槍匹馬的潛入35層想去拯救被克里人帶走的西蒙斯，卻被迪克出賣給了卡塞爾斯。虜獲擁有最強異能的地球毀滅者震波女的卡塞爾斯興奮不已，在採取了黛西的血液樣本後他計劃把震波女出售一個好價錢，然後自己終於有足夠的財富可以離開現在這個荒涼破碎的地球。迫於被安裝了抑制器和考慮到西蒙斯的安危，黛西只能放棄抵抗，任憑擺佈。在訓練展示場，她結識了擁有異能的讀心人。在垃圾處理廠工作的科爾森等人失去了黛西和西蒙斯的聯繫憂心不已，科爾森打算找迪克幫忙，混入神秘的35層，一來打探一下黛西和西蒙斯的消息，二來去尋找一些克里人的高級裝備可以幫助自己和隊員們去往地球表面。迪克原本不打算參與到這個危險的活動中，但科爾森給他聽了從地球表面獲取的通訊錄音，證實維吉爾一直在和地球表面存活的人類聯繫，並且雙方共同在籌謀尋找並保護“預言”中，從過去穿越來拯救世界的神盾局特工。迪克決心幫助科爾森等人去往35層，因為他要一起回到地球表面尋找自己以為已經死於流放的父親，但他隱瞞了自己出賣了黛西的事情。邁克由於強壯的體魄和兇悍的外表被格里爾相中成為自己打手澤夫的繼任者，而他的第一個任務就是向一個叫老炮的人，索回欠款，但實際對方欠錢是為了贖回自己的骨肉，得知真相後的邁克在被老炮咒罵自己是魔鬼並且永遠不配享受天倫之樂的時候，想到了過逝的女兒情緒失控，他覺得自己最害怕的事情將會發生，自己會屈服於現在扭曲的環境，背棄自己“真、善、美”的信條。埃琳娜寬慰邁克不要過於自責，並堅定的認為他是一個好父親和一個好男人。卡塞爾斯懷疑除了黛西和西蒙斯，還有其它神盾局的特工也穿越了過來，他讓黛西和西蒙斯在無法溝通的情況下，闡述自己是如何到來的，幸好在讀心人的幫助下，兩人的口供分毫不差，度過了危機。但讀心人也告訴了黛西，自己讀取到了卡塞爾斯的思想，在這次售賣震波女的交易結束後，卡塞爾斯就會帶着鉅額財富離開這裏，並摧毀整個空間站，以抹殺自己被流放的恥辱。屆時，自己的家人，空間站所有的人類都將面臨死亡。讀心人希望黛西和神盾局的特工們可以拯救自己的家人和其它人類，黛西表示是時候改變這裏的遊戲規則了，而自己也絕對不會讓卡塞爾斯得逞。迪克幫助科爾森和梅潛入了35層，在研發中心，梅看到了黛西的信息資料，發現迪克出賣了黛西而痛揍了他一頓。科爾森看到了克里人實驗室裏的人類嬰兒，從迪克這裏知道了克里人還控制了人類生育和繁衍的權利，以便製造出更多的異能戰士用於售賣。三人被克里人發現，梅為了掩護科爾森和迪克自己墊後與瑟娜拉交手，但由於腿傷被俘。科爾森用迪克出賣黛西的賞金幫助老炮還了債，留住了他的孩子，但他不再相信迪克把他封在了房間裏，決定和邁克還有埃琳娜前往35層拯救被抓獲的同伴。與此同時，卡塞爾斯為了拍賣震波女而舉辦的晚宴已經開席，一個神秘人取下了自己的面具，黛西發現那居然是菲茲。

當時在咖啡館裏，唯一剩下了菲茲沒有被神秘黑衣人帶走，但他隨即被第二波衝進來的軍隊的人所逮捕，黑爾將軍手下的人對其進行了審訊，預圖打探到神盾局其他隊員的下落，但兩人發現，菲茲和當時在餐廳裏的其它顧客一樣，對於那空白了2分鐘所發生的事情一無所知。黑爾將菲茲關押在了藍烏鴉嶺基地，想利用他的智慧和找到同伴的心情，搜尋逮捕其他隊員。他們滿足他的要求提供了書籍和一台用於看足球比賽的電視機，甚至還替他寄了一封吐槽信給到足球雜誌。就這樣過去了6個月，依舊一無所獲的黑爾將軍丟失了所有耐心，正當她要將菲茲永遠關押在監獄的時候，若斯提假裝律師趕來，他看到了菲茲在足球雜誌上的吐槽信，獲取了期中的求救信息，來到軍方的藍烏鴉嶺基地救出了菲茲。菲茲在監控錄像中發現消失的啤酒車被包裝成了一輛快遞車，從而鎖定了黑衣人所在位置，並在他的住所擒獲了黑衣人。黑衣人告訴他，自己是來自天鵝座星系的克勞尼克姆人，名叫伊諾克，3萬年前來至地球。克勞尼克姆人的職責只是負責觀察與記錄宇宙生物的衍變，除非發生滅絕級別事件，否則他們對現世不能做出任何干預行為。而他之所以會將科爾森等人送到2091年的未來世界，實際是因為遵從了先知的指示，將人類從毀滅中拯救出來。伊諾克帶領菲茲等人去見了先知，在公園裏，菲茲見到了正在媽媽波莉照看下，畫着畫的小女孩羅賓，羅賓從爸爸那裏繼承了異能，她有遇見未知的能力。伊諾克用時間暫停裝備帶着所有人逃過了黑爾將軍手下的追捕，為了躲避黑爾將軍的軍方勢力，伊諾克帶着所有人去了燈塔，並告訴菲茲他的同伴現在也在這個地方，只不過是在2091年的燈塔。菲茲不明白為什麼羅賓當初沒有將自己和同伴一起送去未來世界，羅賓遞給他一幅畫，畫上面有2個克魯人挾持着2個女性，她告訴菲茲，他的使命是去拯救其它的同伴。若斯提問怎麼穿越時間去到70年後的未來世界尋找科爾森他們，伊諾克表示傳送石只能從未來世界那裏單向開啓，自己無法使用，唯一的辦法是將菲茲放入自己來地球時睡的太空艙內冷凍起來，自己會帶着他漫遊在宇宙間並保證他的安全，等到70年後將其解凍放出。菲茲覺得這個方法可行，但問題在於太空艙被黑爾將軍沒收放置在了藍烏鴉嶺基地。菲茲和若斯提裝扮成裝修工人，混入了藍烏鴉嶺基地，在那裏的軍方倉庫，兩人不僅找到了伊諾克的太空艙，更是發現了黑爾將軍將所有從神盾局繳納蒐羅的武器設備，都放置在了這個倉庫，甚至是“和風號”。就這樣，菲茲和若斯提開着和風號帶着太空艙順利闖出基地。回到燈塔後，眾人為菲茲去到未來世界做着充分的準備工作，菲茲將從軍方倉庫帶回的神盾局一些武器裝備存放在箱子裏，再鑲入燈塔的牆內，以備在未來世界供同伴們使用。他將寫着“正在努力”的明信片留給了羅賓，希望在未來世界的同伴可以看到自己的信息。與若斯提告別後，他進入太空艙開始長眠。在太空漂浮了73個年頭後，伊諾克開啓艙門，迎接菲茲的醒來。

菲茲冒充賞金獵人蔘加了卡塞爾斯舉辦的盛宴，在宴會上他找到了正對着窗外景色發呆的西蒙斯。菲茲難以抑制自己的思念，向西蒙斯表白求婚，發誓自己再也不會與她相分離。但被封住聽力的西蒙斯毫無反應，菲茲藉機招待不周讓前來刺探的卡塞爾斯解封了西蒙斯了聽力。一對久別重逢的戀人眼中都充斥着再次相遇的欣喜。為了在離開前將利益最大化，卡塞爾斯安排下人提前將人類孩童聚集起來進行異能進化，在上次清洗中失去父母的福克林也在其中，在其它孩子都有親人安慰的廣場中心，瘦小的福克林顯得特別落寞，苔絲不忍上前寬慰他不要害怕。結果4個孩子中，只有福克林異化成繭，埃琳娜不忍這孩子被售賣，用快速移動的異能在他破繭之刻帶走了他。但這個舉措引起了人們的騷動和克里人的注意。宴會用餐結束，卡塞爾斯向客人展示異能人的能力，安排第一齣場的，是讀心人本和因為腿傷被克里人瑟娜拉虜獲的梅。廝殺中，梅由於腿傷不敵本，關鍵時刻菲茲提出這種比試太過無聊，自己是衝着世界毀滅者震波女來的。為了替梅爭取時間，他建議將失敗的神盾局特工，扔到地球表面喂蟑螂處理。卡塞爾斯採納了他的建議。福克林的消失引發了卡塞爾斯的重視，他推斷還有其它神盾局的特工來到了未來世界，隨即將欺騙背叛自己的讀心人本賜予死刑，黛西發誓要替本報仇雪恨。埃琳娜將福克林救到工作的廢品站，苔絲為了救福克林決定去搞一艘作業送眾人離開，但由於之前在廣場上送別福克林，遭到了克里人的盤問。正當埃琳娜在和福克林描述自己是如何發現並掌握自己的異能的過程時，格里爾出現用生物表控制住眾人，他知曉了科爾森等人實為穿越而來的神盾局特工的真相後並不以為動，反而決定要將他們送給卡塞爾斯領取鉅額賞金，他因為自己被埃琳娜耍弄而誤會處決了澤夫大為惱火，想要報復殺了埃琳娜，危急時刻福克林發現自己的異能是控制石塊，迫不得已的情況下他用異能擊殺了格里爾。科爾森讓埃琳娜和福克林留在工廠，自己和邁克去找苔絲儘快拿到作業船離開。但是經過廣場時，兩人看見了已經被克里人處死吊着示眾的苔絲。原本取得了卡塞爾斯好感，十拿九穩可以買到震波女的菲茲，因為卡塞爾斯哥哥的到來打亂了原計劃。卡塞爾斯更願意將震波女獻給哥哥，以換取自己在家族內地位的提升。另一方面他也不敢違背自己這個性格暴虐卻又是家族第一繼承人的哥哥的意願。頗為陰險毒辣的哥哥，要求在展示環節，讓一直忠心耿耿陪伴在弟弟身邊的瑟娜拉與震波女戰鬥。無奈之下，卡塞爾斯只能讓瑟娜拉迎戰。菲茲請求伊諾克上地球表面去搭救被流放的梅，自己和西蒙斯乘着眾人在觀賞震波女黛西大戰克里人瑟娜拉的間隙，發起攻擊。西蒙斯狠狠的割傷了卡塞爾斯的臉頰，菲茲將之前卡塞爾斯為了防禦震波女攻擊的屏蔽用槍射開，反而掩護了自己救走了西蒙斯和黛西。脱身後的激動之餘，西蒙斯向菲茲發起了求婚。

菲茲原計劃用搭載自己前來的宇宙飛船帶西蒙斯和黛西先逃離基地，但還未抵達，飛船就被卡塞爾斯炸燬，無奈之下三人只能先逃往生活層找到其它隊員匯合。卡塞爾斯命令手下追捕三人，遭到了哥哥福奈克的嘲諷，在福奈克的眼裏，弟弟卡塞爾斯是一個懦弱的膽小鬼，他不僅在戰役中失敗犧牲了自己的族人，更是沒有選擇戰死沙場而是成為逃兵，就此成為家族的恥辱而被父親流放到已經支離破碎的地球。福奈克派遣自己手下最厲害最兇殘的戰士馬斯頓前去追捕黛西等人。在生活區，由於異能人福林克的憑空消失，克魯人正在清洗人類。科爾森和邁克埃琳娜商議應該偷一部作業船然後去往地表。福林克發現了苔絲為自己而犧牲，傷心不已。邁克安慰並鼓勵他用自己的能力去幫助和保護更多的人。而受傷的梅在地表遭遇了兇殘的食人蟑螂，危機時刻被趕到的伊諾克所救。風暴即將來臨，蟑螂們四處逃竄，但伊諾克發現引起蟑螂四竄的並非風暴，而是其他別的什麼東西，黑暗中，伊諾克和梅被有鐵爪的神秘人帶走。逃亡中的菲茲、西蒙斯和黛西發現了基地的能源是重力鎓，但在此時菲茲被趕來的馬斯頓打傷，腹部中了槍，黛西與馬斯頓交手，乘着蒸汽噴射眾人逃離到另外一個房間，在那裏遇到了砸碎自己房間窗户逃出來的迪克，黛西看見出賣自己的迪克憤怒不已，但迪克表示自己是來救他們的。將信將疑之間，迪克將三人帶去了生活區與科爾森等人匯合，科爾森決定帶領眾人去往地表尋找傳送信號的倖存者。福林克決心為苔絲報仇，也不想連累其它人類因自己遭受克魯人的迫害，他跑去廣場自首，用自己的異能手刃了殺害苔絲的克魯人，但被瑟娜拉虜獲，瑟娜拉意圖利用福林克做誘餌引出神盾局等人，黛西和邁克前去救回了福林克。馬斯頓和瑟娜拉隨着黛西等人的行蹤追蹤到了眾人所在的採石廠，雖然福林克用自己的異能將大型石塊堵住了兩個入口，但馬斯頓用穿爆彈射穿旁邊的牆，破牆而入只是時間問題。危急關頭，迪克用自己裝有的重力鎓的腰帶將所有人通過管道送往了作業船所在的樓層，逃過了追捕，而馬斯頓在破牆的時刻卻被瑟娜拉擊殺。福克林拒絕了和科爾森去往地球表面，他要用自己的力量留下來守護人類同克魯人鬥爭。邁克和埃琳娜決定留下照顧這個孩子，菲茲告訴兩人，自己在過去的時候，為以防萬一在基地的牆中藏了一箱神盾局的武器，希望他們能派得上用。邁克和埃琳娜高興的歡呼完卻發現菲茲藏武器的地點是充滿食人獸的3層，頓時無語問蒼天。瑟琳娜告訴卡塞爾斯神盾局已經逃往地表，而地表那裏生活着當初被流放的倖存者。她還告訴福奈克自己殺了他的手下馬斯頓，沒想到福奈克非但沒有暴怒反而肯定了她的能力。他邀請瑟琳娜良禽擇木而棲，離開自己的廢物弟弟，投奔至自己麾下。害怕失去瑟琳娜的卡塞爾斯終於忍無可忍手刃了自己的哥哥，他計劃將責任全部推給神盾局，然後自己帶着地球毀滅者震波女和哥哥的屍體回去向父親邀功，榮譽最終將屬於自己。梅醒來，發現自己躺在了神盾局的和風號裏，一位老人激動的拉住了她的雙手説自己一直在等待着神盾局的到來，老人的身上掛着那隻屬於預言者羅賓的木頭小鳥。

梅在地表上的和風號裏與羅賓相逢，但羅賓不着邊際的言語讓她摸不着頭腦，負責人塞繆爾告訴她，他們根據羅賓的預言已經在這裏等待他們等了10年。其餘幾個人員正整裝待發要出去接應科爾森，梅看着一架作業船跌跌撞撞的摔落地表，疑惑塞繆爾怎麼會知道科爾森等人在上面。塞繆爾笑笑説這也是羅賓的預言，並且是在10年前，他讓梅放心，根據預言科爾森等人會安全着落不會有損傷。逃離基地的科爾森等人順利的被接送到了和風號，看到梅在這裏安然無恙，科爾森欣喜之餘很是鬆了一口氣。迪克看到了當時與自己父親一起流放的塞繆爾非常激動，這意味着自己的父親還活着，塞繆爾也告訴迪克，他父親前幾天出外勤了，還沒有回來，隨後他向迪克問起了維吉爾的情況，迪克遺憾的告訴他，維吉爾已經犧牲，如果自己早些知道維吉爾與地表已經聯繫上，自己一定會協助他一起完成計劃。在和風號裏神盾局眾人只能從神志不清的羅賓這裏斷斷續續拼湊一些當年發生的事情，地球被撕裂後，神盾局只有梅、菲茲、西蒙斯和埃琳娜存活了下來，他們帶着殘存的人類乘着和風號開始了求生之路，羅賓的母親波莉也在災難中身亡。羅賓擁有的預言能力，由於記憶混亂，只能斷斷續續的給到人們一些提示，每個人都面臨着對末日來臨的奔潰，而羅賓不斷的預示他們身邊至親之人的死亡也讓所有人厭惡不已。只有梅懷着一顆慈善之心，並不懼怕羅賓的異能，收養了她，能為了羅賓的新媽媽。和風號墜毀在地表後，為了換取生存所需的空氣、水和食物，人類不得不屈服於卡塞爾斯的統治，埃琳娜忍受不了這種苟且偷生而且失去了邁克的日子，獨自拿着武器去找克魯人進行反抗，從此一去不回。人類被克魯人奴役的日子就此開始。科爾森和黛西在和塞繆爾聊天時，科爾森發現了帶自己穿越過來的巨石的部分石塊，科爾森覺得這個是他們回去的關鍵，拿着石塊去找菲茲和西蒙斯。但迪克卻認出了這個石塊是自己母親留給父親的遺物並且父親從不離身，他質問塞繆爾父親的真實去向，被塞繆爾打暈關了起來。原來塞繆爾從和風號上存留的錄像中認為是震波女造成的地球被撕裂，他認為只要殺了震波女，可能就能阻止地球被毀滅。混亂中，塞繆爾殺害了羅賓，羅賓在梅媽媽的懷中安靜的死去，臨死之前她告訴了梅，神盾局回去的關鍵在一個叫福林克的人身上。卡塞爾斯派遣瑟琳娜前往地表去追捕震波女，另外他開始對人類進行了另一輪血腥清洗。福林克和邁克埃琳娜回到生活區，但是遭到其他人的攻擊，他們責怪因為福林克連累了所有人都會得到卡塞爾斯的懲罰，甚至要求福林克主動去自首。邁克阻止了眾人刻薄的言語，帶着福林克離開，三人去往了有食人蟑螂的樓層，打算去取菲茲留在那裏的神盾局的武器和裝備。在那裏，邁克、福林克和埃琳娜發現有克魯人也在上面投放驅趕蟑螂的煙霧，一開始他們沒弄明白克魯人的意圖，直到拿完武器，埃琳娜發現整層的蟑螂都不見了，邁克意識到克魯人將蟑螂趕到了人類的生活區。果然等他們趕到生活區，人類正遭到蟑螂的屠殺，邁克帶着福林克和埃琳娜消滅了蟑螂，拯救了眾人，在埃琳娜的鼓舞下，人類開始去除生物表，準備反抗卡塞爾斯的暴政。

邁克和埃琳娜帶領人類投入到與克里人的對抗中，邁克擔心福林克這個孩子會在反抗過程中崇尚暴力，一直試圖讓他從興奮中平靜下來，他並不想讓福林克成為一名戰士，這不是一個孩子應該承擔的。卡塞爾斯知道了人類的反抗，他命人安排一個特殊的使者前去與人類交涉意圖再次分化人類，在他眼中人類是不會團結在一起，只會互相出賣以保全自己的生物。他命令人類交出福林克、製造異人的材料、所有超出10歲的孩子，還有剩餘的神盾局特工，否則自己將讓人類飛灰湮滅。這個特殊的使者的確讓眾人感到吃驚，她是已經死去的苔絲，而苔絲自己也因為卡塞爾斯有重生自己的力量對其感到恐懼，覺得人類根本無法與卡塞爾斯這個上帝對抗，只能順從。科爾森從羅賓的提示中得知了福林克是他們回去的關鍵，他們必須回到基地，讓福林克重塑巨石。菲茲和西蒙斯在修復和風號的時候，無意中發現了和風號的動力系統經過了改裝，裝置看上去和卡塞爾斯在基地設置的一模一樣，可以讓和風號在宇宙中飛行。菲茲和西蒙斯意識到他們其實是在一個時間環中，因為他們只有看過設置才能設計出一摸一樣的。然而地表的風暴越來越強烈，安全起見人們不得不開始撤離去洞穴躲避。迪克原本想處決殺害自己父親的塞繆爾，但塞繆爾告訴他，自己是在與他父親的爭執中誤殺了他的父親，而導致分歧的原因就是自己覺得應該殺掉導致地球毀滅的震波女，從源頭掐斷隱患，一勞永逸。而迪克的父親則認為要按照羅賓的語言，將特工們安全送回。他勸誘迪克，除掉黛西，以免世界毀滅。在撤離和風號的過程中，菲茲和西蒙西發現斷開固定機身的船錨，可以通過風暴造成的電磁場，將和風號推向宇宙中。黛西在去手工斷開船錨的過程中碰到了混上船的瑟娜拉，兩人開始交戰。瑟娜拉被黛西打的惱羞成怒，準備放棄把她帶回基地，直接動手殺了她帶屍體回去。關鍵時刻，迪克救下了黛西，而瑟娜拉則自己撞死在了黛西手上的鐵杵中。此刻和風號也衝出了風暴圈，飛入宇宙。邁克帶着埃琳娜和福林克發現卡塞爾斯口中的讓人類飛灰湮滅，實際上就是在所有人生生存的氧氣通風口出裝置了炸彈，屆時只要他按下控制器按鈕，爆炸的炸彈通過氧氣瞬間會將所有人類燒死。福林克表示要以暴制暴，與克魯人魚死網破。邁克阻止了他這個偏激的想法，他安排了一個計劃，但這個計劃需要所有人的協助。苔絲一個人來到了卡塞爾斯的面前，讓卡塞爾斯感到意外和惱怒的是，苔絲沒有帶回一樣他要求的東西，只帶來了實驗室的一罐血樣和一塊轉化晶石，苔絲告訴他如果想要拿回製造異人的材料，他必須親自去和神盾局進行交涉。在交易的地點，卡塞爾斯看到了裝滿材料的推車，埃琳娜想通過異能奪回他手上的炸彈控制器卻被屏蔽網彈回。卡塞爾斯微笑着按下了按鈕，企圖毀滅所有人類，卻不想邁克早讓小分隊將炸彈轉移到了其它地方，並讓所有人轉移去了安全樓層，自己約卡塞爾斯見面只是為了拖延時間，隨即他當着卡塞爾斯的面引爆了材料車上的炸彈，自己帶着埃琳娜、福林克和苔絲迅速逃離。下屬前來告知卡塞爾斯，科爾森等人開着飛船從地表駛來，意外的發現卡塞爾斯已經知曉，在一個密室裏，卡塞爾斯藏匿着一位自己的“先知”。

和風號慢慢駛入基地，卡塞爾斯帶領手下準備等船一停靠就上去抓捕所有人。科爾森早就預料到了克魯人會守株待兔，帶領所有人搭乘逃生艙從邊門進入，留下的伊諾克由於沒有生物跡象，隱藏在和風號上，等待打開傳送器的時刻。登上船的科爾森等人分工行事，菲茲西蒙斯去和帶着福林克的邁克和埃琳娜匯合，其餘的人去解救異人並協助人類進行撤離。卡塞爾斯看到了掛在船頭瑟娜拉的屍體陷入了狂暴中，決心要殺掉所有人類為瑟娜拉雪恨。他招來異人訓練師，讓他組織所有剩餘的異人襲擊神盾局，但訓練師表示剩餘的異人都未經訓練無法啓用。卡塞爾斯讓訓練師飲下決戰酒，讓他成為了殘爆鬥士，在押送異人的途中正好與前來解救異人的科爾森和黛西相逢，最終交戰中被黛西一刀入心結果了性命，但被打傷的科爾森隱瞞了自己的傷勢。苔絲告訴邁克和埃琳娜，還有另外一個被複活的異人被關押着。由於邁克要帶着福林克去和菲茲西蒙斯匯合拼回巨石，苔絲要開作業船帶其他人類轉移到安全的地方，埃琳娜主動請纓，去拯救那個異人。在關押室，埃琳娜遇到了那個異人，竟然是未來的自己，也就是卡塞爾斯口中的“先知”。未來的那個埃琳娜死氣沉沉，她告訴埃琳娜自己被克魯人虜獲後遭受了一次次的殺害與復活，卡塞爾斯從自己身上提取血液和基因用於異人的製造。她還告訴了埃琳娜關於未來的結局，神盾局做了錯誤的決定，邁克也會死，為了救快死掉的科爾森，神盾局沒能阻止地球的毀滅，並就此進入了時間循環，這已經不是未來的埃琳娜第一次見到過去的自己，但每一次她都無法挽回悲劇重演。邁克和福林克與菲茲和西蒙斯匯合，西蒙斯教導福林克使用自己的異能將巨石聚集。福林克穿着太空服在宇宙中聚集了石塊，砸破了卡塞爾斯住所的倉庫，消滅了剩餘的克魯人，隨即拼湊出了巨石。伊諾克聯絡科爾森，自己已經被克魯人發現，為了不耽誤神盾局眾人回去的，迪克毛遂自薦返回船艙幫助伊諾克。在船艙裏，迪克從克魯人手裏救下了身負重傷的伊諾克，但供電裝置已遭破壞，伊諾克讓迪克將電線連到自己身上，用自己的化學電池啓動傳送器。但自己的身體會因為巨大的能量交換產生的熱量產生爆炸，而身邊的人也會被炸成分子。為了能讓神盾局回去，迪克選擇和伊諾克一起犧牲。他通過無線電告訴科爾森一切準備就緒，但伊諾克作為電池不能堅持太久，讓神盾局眾人儘快集合準備傳輸。邁克去尋找遲遲未歸的埃莉娜，在展示廳，他看到了挾持着埃琳娜的卡塞爾斯。卡塞爾斯懷中的埃琳娜面色蒼白，還沒有雙臂。卡塞爾斯飲下了決戰酒，殘忍的在邁克面前將埃琳娜割喉，邁克在失去愛人的巨大痛苦中和卡塞爾斯展開了廝殺。飲了決戰酒的卡塞爾斯武力值得到了最強化升級，強壯如邁克也不敵他的力量被壓制。好在危機時刻西蒙斯趕到，將從侍女耳中取出的聽力阻隔器放入卡塞爾斯耳中，卡塞爾斯被耳中傳來的強大痛楚和突然失聰所阻，就在這失控的幾秒間，邁克將斧槍插入卡塞爾斯胸口，了結了這個惡魔的生命。邁克沉浸在失去埃琳娜的痛苦中，卻在此刻，同世的埃琳娜出現了，失而復得的心情讓邁克激動不已。三人立馬向巨石跑去與同伴匯合，而迪克那邊傳送器終於承受不住熱量，在運作中爆炸。漂浮在太空中的福林克和苔絲哀悼迪克的犧牲，但神盾局的迴歸給他們帶來了一絲希望，而且擺脱了克魯人的統治也給人類帶來了新生。苔絲將維吉爾的遺物地球掛件遞給了福林克，福林克握緊手中的掛件決心承擔起將地球修復的重任。

科爾森等人通過傳送石順利迴歸到了原來世界，眾人被傳回的地點還是燈塔，但這個燈塔其實並不簡單，這是之前神盾局規劃建設的一個用於當世界面臨絕境之時幫助特工們進行再生計劃的儲備基地。在這個地方，神盾局儲備了豐富的物資和設備。梅和菲茲在底下倉庫裏發現了三塊巨型傳送石，還結識了另一位長生人諾亞，他根據伊諾克的指示，一直在此處監控地球狀況和等待特工們歸來。諾亞告訴科爾森等人，最近幾周開始天空中出現了一道射線投射向了密蘇里州的聖路易斯的一個航天實驗室，這和未來世界沃斯和他們描述的世界末日前的景象一致，特工們打算去那裏一探究竟。為了躲避黑爾將軍的追捕，諾亞告訴他們一條通往外界的通道，特工們可以直接到達最近的小鎮河盡鎮，他們的戰鬥機和風號被菲茲當時留在了鎮外。黛西選擇留下，她一直對於自己毀滅世界的傳言耿耿於懷，不願意接近敏感地帶。眾人走出地道來到了河盡鎮，尚未遭到毀滅的地球讓大家覺得是如此美好，眾人更堅定了一定要守護好這個世界的決心。讓人沒有想到的是，除了他們，原本以為自己會被炸死的迪克也被帶到了這個世界。迪克身處在自己一直幻想的尚未被破壞的地球上，興奮之情溢於言表。他跑進了一家酒吧，胡吃海喝了一番後，由於沒有錢，被老闆當醉鬼報警抓進了警局。科爾森等人到達了和風號，菲茲和西蒙斯根據波長運動分析出，聖路易斯實驗室的射線並非來自於天空，而是從實驗室向太空發射的，並且這個波長和之前召喚克里人的波長一模一樣，這説明地球上有人在召喚克里人。得出這個結論後，科爾森帶領眾人迅速趕往實驗室，但那裏空無一人，只有一直在尋找他們的神盾局特工派珀。派珀説她發現了這個傳送信號的信標，前來阻止信號的發送，但是她無法關閉信號，只好讓工作人員全部撤離，自己留在這裏應付可能會到來的克里人。另一邊，發現迪克被逮捕的黛西擔心他會泄露神盾局的行蹤，假扮成律師去警局保釋迪克。雖然他們順利的辦理了保釋手續，但是仍然被警局的警察看出了端倪，上報給了黑爾將軍，黑爾將軍讓對方不要打草驚蛇，靜觀其變放走了兩人。菲茲和西蒙斯在研究如何關閉信標，正在此刻，黑爾將軍手下的士兵衝了進來，帶頭的是黑爾的女兒魯比，她操控的圓形鐮刀殺傷力極大。原來這一切都是黑爾將軍設下的陷阱，她利用了派珀騙取科爾森等人的信任，信標所發出的信號不是為了召喚克里人，而是為了讓神盾局的特工們自投羅網。戰鬥中，埃琳娜為了保護邁克，被魯比的圓環鐮刀切斷了雙臂，埃琳娜絕望的發現，一切彷彿都按着未來世界的埃琳娜的描述進行着，世界末日正不可控的到來。眾人擺脱困境後帶着信標回到了燈塔，西蒙斯緊急為埃琳娜做手術。菲茲和黛西將信標放回倉庫打算封存起來，諾亞發現了異樣大喊叫兩人快跑並自己撲向信標。原來所謂的信標也是假的，黑爾將軍在裏面放置了重量炸彈，神盾局收到重創。

受三塊傳送石爆炸的影響，基地地下室的空間被撕裂開一道時空裂縫，菲茲發現這道裂縫散發出的某種外星輻射會影響人類的大腦，將其內心深處最恐懼的事物實體化。偵查器在底下偵查到的景象和突然出現攻擊迪克的克里人，都證實了菲茲的這個結論。所以，撕裂地球造成世界毀滅的並不是黛西的超能力，而是這個不斷擴大的恐懼裂縫。他想出唯一的解決辦法，就是用迪克腰帶扣裏的重力鎓，投到裂縫裏，將裂縫壓縮縫合起來。但這可能要犧牲一個人，因為這名投遞者不僅要面臨與自己內心最深處的恐懼對持，也可能在重力鎓壓縮裂縫時被巨大的力量吸入裂縫中。科爾森決定親自下去投遞重力鎓，但得到了眾人的強烈反對，沒有人同意讓領頭人去冒險，黛西覺得自己是最合適的人選，因為每一個人都有自己必須履行的職責，只有自己作為一個威脅地球安全的不確定因素，即使犧牲了也無所謂。但科爾森不同意，在與惡靈騎士的交易後，科爾森知道自己已命不久矣，他一直暗中將黛西作為自己的繼承人在培養，希望在自己離世後，黛西能帶領眾人重振神盾局。眾人一時都無法接受科爾森隱瞞自己即將死亡的事實，特別是一直將科爾森視為父親的黛西。然而裂縫的擴大並不等待眾人的不捨，恐懼裂縫的影響越來越大，已經從地下室延伸到了安全區，病房裏的埃琳娜都受到了假扮成西蒙斯的生化機器人的攻擊。科爾森帶着重力鎓和菲茲特地為他準備的強化武手槍獨自前往了地下室，一進入地下室受到信號干擾，科爾森就與隊友們中斷了聯繫。正當眾人爭論是否要下去尋找科爾森，之前受科爾森委託外出採買的迪克帶回了神盾局的支援隊伍，其中就有死亡戰士，原來科爾森利用迪克是來自未來世界又非神盾局特工的空白身份，安排他外出以採買物品為掩護聯繫神盾局的其它特工前來支援。迪克十分順利的躲過了黑爾將軍的追蹤，但黑爾將軍的手下用迪克在之前關押在警局留下的DNA檢測到他的基因來自於神盾局的兩名特工——菲茲和西蒙斯。在地下室，科爾森面臨了自己最大的恐懼，他被想象出的皮德森告訴自己所有在他復活後發生的一切都只不過是科爾森在手術枱上的幻想，那些好的壞的經歷，他身邊如同家人般的隊友，優秀的學員甚至是如同女兒般的黛西，這一切都是他的大腦為了滿足自己的需求所編造出來的假象。現在的他，只是躺在手術枱上，被醫護人員全力搶救，等待復活的屍體而已。幸而科爾森並不相信皮德森説的話，正當皮德森惱羞成怒要殺了科爾森的時候，死亡戰士及時趕到救下了科爾森，此時潛伏在四周的由恐懼裂縫產生的怪物都聚集了過來，科爾森將重力鎓投入裂縫中閉合了裂縫並且和死亡戰士一起消滅了怪物。危機過後，神盾局眾人在地下室的幻想森林中，用迪克採買回來的婚紗為菲茲和西蒙斯舉辦了一場簡單而又隆重的婚禮。神盾局的所有人員都沉靜在祥和而又歡樂的氣氛裏，為這對新婚夫婦送上真摯的祝福。

九頭蛇首領的兒子艾利克斯因為父親的原因精神受到重創，接受精神治療，並且受到了各方勢力的窺視，都想從他身上找到九頭蛇的研究項目，在戳傷了自己的心理醫生後，艾裏克斯被黑爾將軍手下的人帶走監禁了起來。失去雙臂的埃琳娜十分沮喪，她不僅忍受斷肢的痛苦，更要面對噩夢般的未來不可逆轉的到來。科爾森用自己的假肢安慰她不會影響之後的生活，但收效甚微。埃琳娜問邁克是否介意和半個機器人約會，邁克表示埃琳娜和機器人不同，她是有靈魂的，自己愛的是她的心，一番示愛讓埃琳娜寬慰不少。菲茲告訴科爾森和邁克之前被他封住的恐懼維度的裂縫並沒有完全成功，重力鎓由於威力不足最多隻能封住裂縫幾日，危機仍然存在，他建議所有人都出去努力尋找更多的重力鎓以封住裂縫。科爾森決定冒險全體外出，尋找重力鎓。邁克也想借這個機會外出幫埃琳娜尋找更多的醫療資源。黛西分析出尋找重力鎓的突破口是賽博科技的實驗室，那裏是最早出現重力鎓的地方。但梅覺得這個方法不可行，因為賽博科技已經解散，老闆奎恩消失中，爪牙蕾娜已經死了。黛西懷疑賽博科技只是藏匿了起來，因為其所屬的重要科學家都在兩年前同一時間死亡，並且由同一個叫默裏·雅各布森的人簽署的死亡證明，所以只要找到這個關鍵人物，就能找到賽博科技重力鎓的主要負責人蓋提博士，挖出重力鎓的去向。科爾森把迪克留給了菲茲照顧，西蒙斯在基地照顧埃琳娜，其餘人全部出動去找那個默裏。眾人來到了巴吞魯日找到了默裏，引發一輪槍戰，正僵持不下中，邁克意外的發現這個默裏是他的大學室友託尼，外號“糖果販”。在邁克的請求下，託尼幫助神盾局找到了蓋提博士，從博士口中知道了重力鎓當年被放置在一艘叫原則號的貨船上，計劃送往太平洋上的一個機構，但是途中遭遇了暴風雨貨船沉沒了。菲茲費勁心機在事故點搜索重力鎓未果，加之恐懼維度重新開裂，身心疲憊的他忍不住向好奇寶寶迪克發了火，迪克覺得委屈忿忿而走。在倉庫受裏他到了恐怖裂縫的輻射，產生了克里人殺害自己母親的場景。西蒙斯趕到為菲茲的失禮向迪克道歉，沒想到意外的觸發了迪克得出原則號並沒有沉沒，因為雷電的關係，重力鎓得到充電，原則號可能不在海底而是在空中的結論。果然科爾森等人，在天空中找到了漂浮着的原則號。科爾森帶着邁克和黛西進入原則號尋找重力鎓的時候遭到了黑爾將軍手下飛猴士兵機器人的襲擊，三人險象環生，總算在原則號墜毀前帶着重力鎓球逃出，邁克還為埃琳娜抓了一個飛猴士兵，用於移植手臂。迪克去病房找西蒙斯和埃琳娜通知他們科爾森等人回來了，他聽到西蒙斯安慰埃琳娜的話，這是自己的母親從前安慰自己的話，並且源自於她的母親。迪克突然意識到自己居然是菲茲和西蒙斯的外孫。黑爾將軍這邊也知道了神盾局從原則號上拿走了重力鎓，但她更關心將九頭蛇首領的兒子艾利克斯據為己用，為此她指示自己的女兒魯比無論用什麼代價去接近並控制艾利克斯，但切記自己千萬不要被控制。

隨着恐懼維度的不斷擴大，恐懼幻想現實化的影響越來越大，已經輻射到了基地的安全生活層，西蒙斯被自己害怕的宇航員攻擊，這甚至不是她最恐懼的東西。菲茲和西蒙斯擔心再這樣下去，受影響的區域不僅是基地，還會擴張到城市甚至是整個地球。而菲茲雖然拿到了重力鎓，但他就如何將這種物質塞入裝置球中毫無頭緒。黛西潛入了空軍系統，找到了黑爾將軍的座標，她將座標發給了科爾森，協助科爾森和梅虜獲了黑爾將軍。迪克知道自己是菲茲和西蒙斯的外孫後，就不斷的找機會親近兩人，他在實驗室想幫菲茲一起解剖從原則號上帶回來的飛猴士兵，不想被與菲茲長得一模一樣的框架世界中的利奧波德博士直接打暈。菲茲在監控室詢詢問黛西有沒有在網上找到研究重力鎓的霍爾博士的筆記，自己沒有找到任何的紙質資料，突然，有兩處的監控攝像頭髮生了異常沒有了畫面，黛西隻身前往去排除情況並且讓菲茲不要給自己太大的壓力。黛西離開後，菲茲強迫自己冷靜下來思考公式，但利奧波德博士出現在了他的面前，並告訴菲茲自己的出現是為了協助菲茲做他不敢做的事情。驚恐萬分的菲茲聽到了槍聲和西蒙斯的呼救，急忙向埃琳娜的病房跑去。原來有飛猴士兵闖入了病房想要攻擊他們，幸好邁克趕走了機器人士兵，但也因此腿部受了槍傷。奇怪的是這個飛猴士兵卻不是恐懼幻想形成的，是那具邁克從原則號上帶下來的機器人，菲茲告訴了眾人這一定是利奧波德修復了機器人。而且眾人發現利奧波德的真實目標其實是黛西，菲茲匆忙趕去救黛西。但實際，根本沒有利奧波德博士，這一切都是菲茲自己想象出來的。因為他潛意識裏想到了利用黛西的超能力將重力翁塞入裝置球中，但現實中的他無法做這個決定。因為黛西決對不會允許自己解除她的抑制器，她一直擔心自己的超能力會震碎地球引發世界末日。這導致他衍生出了第二人格“利奧波德”替自己來完成。是菲茲自己修復了飛猴機器人假裝襲擊埃琳娜以拖住邁克等人，隨即打暈黛西，將她綁在了無菌室的手術枱上，然後不顧可能會導致黛西癱瘓或者震碎地球的風險，將藍臉克里人用來封鎖住黛西震動波能力的抑制器拔除。西蒙斯的趕到雖然喚醒了菲茲，但並沒有能阻止他拔除黛西的抑制器，雖然一切按菲茲的設想進行着，黛西用超能力控制了重力翁裝進裝置球，成功封印住了恐懼維度。但他無法原諒自己對朋友們造成的傷害，無法接受自己內心裏存在着的“利奧波德”人格。菲茲的痛苦，讓西蒙斯感到無力，她也擔心菲茲會迷失自己。迪克安慰西蒙斯，告訴她自己相信菲茲決對不會迷失自己，因為自己的媽媽經常告訴自己外公和外婆的故事，並且對他們充滿了崇拜與敬意，所以他知道一切都會過去。西蒙斯從迪克的描述中，知道了迪克就是她和菲茲的外孫，而且跡象表明，她已經懷孕了。另一邊，科爾森捕獲黑爾將軍後質問她為什麼要誣陷神盾局是恐怖阻止並且對特工們趕盡殺絕，黑爾辯稱是為了阻止人類走向毀滅。但其實這一切都是黑爾將軍的計謀，她故意放出漏洞讓科爾森抓住自己，其真實目的是為了引出科爾森並把他抓走。科爾森同意用自己交換飛船上所有人的生命安全，讓黑爾將軍帶走了自己。黑暗中，黑爾將軍和一個長的很像克里人的神秘人在交談，並且達成了某種協議，神秘人將克里人赴死前的強化藥水給到黑爾，離開的時候喊了一句“九頭蛇萬歲”的口號。

科爾森被黑爾將軍帶回了九頭蛇的訓練基地，她向科爾森坦白了自己是九頭蛇的成員。長久以來，九頭蛇一直在秘密的訓練一批學員，待他們學成之後，根據成績進行分配，有的留在機構內部直接服務於首領，有些被安插到國家各個機構，甚至是神盾局。28年前，黑爾就是其中一名學員，她對九頭蛇組織充滿了信仰，學習成績優異是老師的寵兒，思維敏捷，目光長遠，是學員中的佼佼者。然而，黑爾的出類拔萃給自己帶來的是他人的嫉妒與不公正的待遇。她遭到了同是學員的九頭蛇繼任首領馮*斯特拉克挑起的暴力事件，訓練的時候被男生們欺負。雖然她狠狠的教訓了對方一頓，但也因此徹底得罪了下一任首領。身為女性，儘管她十分的優秀，完全能把握住組織的未來發展方向，但是她並沒能參與到最頂級的探索外太空尋找新的能量源的項目中，而是因為得罪了斯特拉克，被髮配接受人工授精，作為工具，為組織生育下一代的首領接班人。如他們所願，黑爾的女兒魯比繼承了母親的優秀，成績也在班裏里名列前茅。但她是否能成為下一任的首領，隨着項目負責人懷特霍爾的死亡，變得撲朔迷離。2年前，黑爾將軍的上司菲舍爾將軍九頭蛇組織成員身份暴露，在被軍隊逮捕前，他把藏有收發器裝備的鑰匙交接給了黑爾將軍，告訴她紐約大戰後，九頭蛇組織已經與外太空的一個聯盟取得了聯繫，並達成了一項保護協議。他要黑爾替代自己繼續與聯盟保持聯繫，説完在塔伯特將軍出現逮捕他之前，服毒自盡。為了説服科爾森與自己合作，黑爾用菲舍爾將軍留給自己的裝置帶科爾森去了外太空見了聯盟的神秘外星人。外星人用裝備讓科爾森看到正在駛往地球的外星艦隊，並告訴他如果想避免人類被屠殺，只有依靠自己的保護，但這種保護是有條件的。條件就是提供給他們重力鎓與異人戰士。黑爾則希望科爾森能和自己合作，因為只有神盾局知道異人們的所在。但她並不是想按聯盟外星人説的為他們提供異人，而是希望增強異人戰士的能力與外星人作戰，她提議的人選就是黛西。但科爾森拒絕了她，他告訴黑爾將軍，自己去過了未來，見過所謂的合成之後發生的悲劇，地球被震成了碎片。但黑爾不信科爾森的話，覺得那是胡言亂語，她執意孤行。菲茲因為之前的人格黑化被關了起來，梅去找他商量黑爾將軍抓科爾森的目的。菲茲分析出黑爾應該是想合成一件武器，但為什麼因此要抓科爾森，他表示自己被關着什麼都不能做，只能出去找資料分析，但黛西對之前菲茲迷暈自己強行切開拿出自己的抑制器會場不滿，堅決反對放菲茲出來。並且打算自己外出去尋找羅賓，得出科爾森的下落。西蒙斯去看望菲茲，拿出兩把小刀給他，一把是菲茲的，一把是迪克的，繼承於他的外公。兩把刀其實就是同一把，迪克是兩人的外孫。菲茲得知後十分吃驚。西蒙斯想借此鼓勵菲茲，兩個人不僅活到了最後，而且菲茲也並沒有黑化，而是成為了英雄。

黑爾將軍從塔伯特這裏拷問出了九頭蛇放改造倉的位置，斯特拉克也正在復原他父親九頭蛇前首領的改造倉組裝圖紙，在改造倉完成之前，黑爾將軍蠱惑克里爾可以獲得強大的力量，從而作為試驗品去直接接觸重力鎓。克里爾在觸碰到重力鎓之後，差一點就被其吸收進去。但接觸過重力鎓之後，克里爾獲得了與接觸物質同質化的能力。西蒙斯因為迪克的存在，覺得自己和菲爾與埃琳娜一樣，都是能活到最後進入燈塔的倖存者，所以這也意味着他們和同伴相比，會是不會死的人。菲爾從資料中分析出黑爾將軍用重力鎓在製造某種秘密武器，抓走科爾森就是為了引出黛西，但黛西覺得他是危險份子，不相信他的話，不同意將他放出來，並且自己外出的時候授權讓邁克監管菲爾。西蒙斯決定與埃琳娜聯手，從邁克手裏放出菲爾。為了證明自己不會死的假設是真的，西蒙斯將一杯磷酸化合物混入了其它3杯清水中，然後她讓埃琳娜打亂水杯的順序，自己隨便挑選3杯喝下，如果誤喝到了化合物，這一小杯的量足以致命。她假裝最後一杯是原料，自己中毒，為了救西蒙斯邁克情急之下打開了牢門，菲爾跑了出來，自己卻被埃琳娜關進了牢房。菲爾誇讚西蒙斯演技驚人，西蒙斯拿起最後一杯液體倒在桌子上，磷酸化合物迅速腐蝕了金屬桌面，西蒙斯並沒有演戲，她是真的覺得自己不會選到劇毒液體。菲爾帶着西蒙斯和埃琳娜離開燈塔，希望能趕在黑爾將軍之前找到改造倉。克里爾逃出房間去找科爾森秋後算賬，科爾森告訴克里爾他被黑爾將軍欺騙了，他的好朋友塔伯特根本沒有在醫院接受良好的治療與照顧，而是被同樣關在了這裏接受殘酷的拷問。克里爾帶着科爾森去尋找塔伯特，救出老友後，3人在逃出基地的途中遇到了前來阻殺他們的魯比和機械士兵。科爾森在阻擋機械士兵的時候被一拳打在了胸口，當即就沒了生命跡象。克里爾用自己身體作為媒介，將機械士兵的能量源傳送給了科爾森，將他救活，隨即自己留下阻擋魯比，讓科爾森帶着塔伯特逃走。就在機械士兵射殺兩人之時，科爾森用黑爾將軍與外星人見面的傳送器將兩人傳送出了基地。魯比違抗了母親的留活口的命令，對克里爾動了殺機，她要殺掉任何阻擋自己成為世界毀滅者的障礙物。幸而克里爾的身體經過重力鎓的改造，逃過一劫。黛西決定帶着梅和迪克去找先知小女兒羅賓，希望能通過羅賓的能力得到科爾森的消息。但羅賓的照顧人表示她已經有幾周不怎麼和自己交流了，好像是看到了什麼讓她無法接受的事情。在和風一號上，羅賓認出了自己第二個媽媽——梅。黛西發現羅賓最近畫的最後一張畫，就是自己在外太空摟着她離世的場景，她意識到羅賓已經預知到了所有事情。但是她找到了另一張畫，上面畫着科爾森和塔伯特在山林裏逃亡，背後是三座山峯。她將圖畫掃描進行匹配，定位到了九頭蛇的基地。之前從人間蒸發的想用重力鎓製造武器的商人奎恩，並沒有在隱秘逃亡中，而是已經在4年前就被九頭蛇的爪牙瑞納用重力鎓吞噬掉了。

和風號在三叉山間盤旋許久，仍未找到科爾森的行蹤，黛西命令降落飛機，大家步行搜索。科爾森與塔伯特在雪山中艱難行走，很快被沿着腳印追蹤的魯比趕上。幸好黛西及時趕到，從魯比的武器下救下了科爾森。黛西讓梅和迪克帶着科爾森等人先行撤離，自己留下拖住魯比。第一次與黛西見面的魯比表達了自己對震波女的崇拜之情，但與其他女生不一樣的是，她對於自己偶像的態度是要打敗她，取代黛西成為最厲害的戰士。在兩人打鬥之時，迪克因為擔心黛西，返回了戰區，黛西用震波擊暈了魯比，正想帶她回去作為人質。被趕來的黑爾將軍用武器襲擊，迪克中彈命在旦夕。在和風號上，科爾森與梅產生了爭執，梅認為科爾森因為自己將命不久矣，強行把神盾局的領導權一切都扔給了黛西是相當不負責任的，黛西顯然還沒有做好準備，自從他放棄抵抗與黑爾走後，黛西滿腦子的都是救他回來。並且在面對他死亡這件事情上，科爾森應該與愛自己的人一起抗爭，而自己愛着他。科爾森對梅的突然表白感到震驚，他沒想過自己的行為已經傷害到了梅。　　另一邊，西蒙斯、菲茲與埃琳娜在塔伯特封鎖的一個英國小鎮的廢棄化工廠裏找到了九頭蛇製造的離子注入倉，與此同時黑爾將軍派過去的爪牙安東也到達了化工廠，西蒙斯引爆了工廠外的一個燃料桶，將安東和機械士兵引了出去。三人來到了擺放注入倉的倉庫，幾人試圖拆毀機器，破壞黑爾將軍的計劃。在這個時候埃琳娜告訴西蒙斯和菲茲，未來的自己告訴自己，他們是為了拯救科爾森的姓名才導致的地球毀滅，不等兩人震驚結束，識破圈套的安東帶着機械士兵殺了回來，埃琳娜原本想用自己的異能迅速移動，收繳對方的武器，但由於自己的機械手臂無法適應高速運行，引發接口出劇痛，無法戰鬥。西蒙斯和菲茲決定由他們引開火力，讓埃琳娜乘機逃到外面的昆式戰鬥機上向和風號發出救援。溜出倉庫的埃琳娜遇到了安東，兩人展開了激烈的戰鬥，最終，埃琳娜看出了安東的弱點，將其撞出二樓窗口，摔在地上的安東收到了重創，雖然已經被改造成了機器身體，但還是避免不了死亡。安東的死亡造成了機械士兵的系統暫時短路，所有的機械士兵倒在地上，被堵截在倉庫裏的西蒙斯與菲茲因此意外獲救。黑爾將軍將魯比救回去後，將她關在房間裏進行懲罰。斯特拉克偷偷的打開了魯比的房間，告訴他自己已經完成了離子注入倉的圖紙，現在只需要將重力鎓運到那裏就可以用這個注入倉將魯比變的比震波女更為強大。為了打敗黛西，魯比設計將母親黑爾將軍騙入房間關了起來，自己和斯特拉克帶着重力鎓來到了化工廠。但此時，注入倉的一個組件已經被菲茲破壞，魯比用西蒙斯的生命威脅菲茲，修復那個組件。出於對塔伯特的愧疚，黛西幫他找來了一個電話，讓他可以和家人通話，但萬萬沒想到，電話的那頭塔伯特的妻子也是九頭蛇的卧底，她向塔伯特唸了一段文字之後，塔伯特的眼神逐漸迷離。

塔伯特被妻子用電話催眠後來到了槍械庫，拿走了一把手槍，隨後他自言自語的來到了總指揮室，找到了羅賓所在的位置，並將那裏的監控攝像頭動了手腳，設置成了固定畫面模式。他搪塞過了邁克的關心，潛入了羅賓的房間。黛西找到了黑爾將軍的藏身之處，她計劃帶着梅和其餘特工攻破那個九頭蛇的地下軍事基地，奪取重力鎓。留下科爾森、邁克和迪克留守在燈塔基地，並囑咐邁克將和風號改造成太空飛船。被拋棄的三個男人對女士們專制的行為嗤之以鼻，迪克對黛西的感情也越來越明顯。黑爾將軍被副官從房間裏救出，副官告訴黑爾將軍魯比和斯特拉克強行帶走了重力鎓並且挾持了神盾局的科學家西蒙斯和菲茲修復注入倉。而黑爾看到了觸碰過重力鎓的克里爾幾乎要被幻音致狂，她意識到如果自己的女兒注入了重力鎓，後果將不堪設想。正在此時，黛西和梅攻入九頭蛇的基地，黑爾將軍主動投降，懇求和黛西合作，希望藉助神盾局的力量阻止魯比注入重力鎓。科爾森發現羅賓房間的監視器有問題，他和邁克還有迪克趕到房間時，發現昏倒在地的波莉，邁克斷定是塔伯特劫走了羅賓，通過邁克的描述，科爾森意識到塔伯特被黑爾將軍關押的6個月裏，已經被洗腦催眠。三人在倉門口找到了帶走羅賓的塔伯特，科爾森試圖勸説塔伯特，但他已經陷入癲狂，邁克在科爾森吸引塔伯特注意的時候，偷偷將羅賓帶到安全的地方，科爾森想用自己挽救塔伯特，他讓想自裁的塔伯特用槍對着自己。危機時刻，邁克一槍擊中塔伯特，救下了科爾森。黛西、梅和黑爾將軍趕到廢棄化工廠之時，斯特拉克已經幫魯比進入注入倉，開始接受注入重力鎓，但隨着重力鎓的注入，魯比痛苦不堪，儘管菲茲及時關掉了機器，但魯比仍被注入了8%的重力鎓。被重力鎓吞噬的伊恩奎恩和弗蘭克裏霍爾博士激烈對峙的兩種思想與恨意，導致她頭痛欲裂，幾乎將她生生撕裂。而她所獲得的力量，由於無法控制，錯手瞬間將自己的愛人斯特拉克血腥殺害。黑爾將軍和黛西試圖讓魯比冷靜下來，乘着黑爾將軍稍微控制了局面，梅帶着西蒙斯和菲茲偷偷撤離，但中途碰到了埃琳娜，埃琳娜認為魯比才是地球毀滅者，跑回了倉庫用魯比割斷自己雙臂的圓形鐮刀，割開了魯比的喉嚨。黑爾將軍含恨看着殺了自己女兒的埃琳娜，嚥了氣的魯比的屍體卻在此時因為重力鎓的力量漂浮了起來，然後爆發出了一股衝擊波，黛西和埃琳娜被衝擊波擊倒在地。梅帶着西蒙斯和菲茲趕到的時候，只看見躺在血泊中魯比的屍體，黑爾將軍已經趁亂逃走，留下了一隻血手印。黛西責怪埃琳娜殺害了魯比，但埃琳娜覺得自己殺掉了毀滅者，拯救了世界。黑爾將軍為了替女兒報仇，再次來到了與克里人見面的外層空間。她告訴了克里人他們找的重力鎓在神盾局手中，自己會幫助他們找到神盾局，但唯一的條件，就是克里人要幫自己殺掉神盾局眾人。

科爾森和神盾局眾人在燈塔制定下一步的計劃，他計劃將和風號改造成可以飛入宇宙的飛船，將重力鎓投向太陽進行毀滅。眾人進行分工，一部分負責和風的改造，黛西負責將羅賓母女送出燈塔去一個安全的地方隱藏起來。但會議上，神盾局的眾人由於理念的不同，產生了嚴重分歧，團隊產生分裂，眾人對黛西之前的領導非常不滿。梅在黛西外出前秘密和她商議要私自行動挽救科爾森的生命。塔伯特告訴科爾森，自己在腦中不斷浮現的座標就是燈塔所在的座標，果然外星人在慢慢駛向燈塔，要從神盾局這裏奪取重力鎓。邁克對埃琳娜殺了魯比還有一意孤行將自己關起來的行為非常失望，即便經歷了各種危險事件，他仍然堅持初心，認為神盾局是作為守護者存在，永遠不能選擇殺戮，迷失自己。科爾森誤按了燈塔的緊急制動按鈕，燈塔啓動了防核模式，所有的出口都被封閉，時限為15年。梅告訴了科爾森自己讓黛西出去尋找挽救他生命的辦法，埃琳娜震驚的發現，自己殺了魯比沒有起到任何的作用，歷史依舊在按照原有的軌跡在進行，她告訴了科爾森自己和未來的自己的對話，科爾森會死，神盾局就是因為當時選擇拯救他的生命，造成了地球的毀滅。帶梅不相信，她説羅賓説過，科爾森是拼湊起一切的關鍵要素。另一邊黛西和託尼安頓好了羅賓母女，託尼將最後一劑九頭蛇用的蜈蚣血清給了黛西，這個試劑有維續生命的功效，或許可以挽救科爾森的生命。但是這個藥劑必須混合另一種物質才有效用，關於那種物質，自己只有一份資料，還未找到具體的方位。黛西看了資料，發現那種物質就是自己親生母親的DNA。外星侵略者派了殺手來到燈塔，迪克告訴眾人這種叫雷莫斯的外星人是太空裏的資源掠奪者，所到之處燒殺搶掠並且會帶來黑暗，干擾所有的電子設備。燈塔裏，很多特工被雷莫斯人殺害。眾人分工，西蒙斯和派珀負責轉移重力鎓，埃麗娜去轉移塔伯特的時候躲避雷莫斯人來到了西蒙斯和重力鎓所在的實驗室，菲茲在去打開艙門的途中遭遇雷莫斯人，緊急關頭，迪克趕到救了他一命。越來越多的雷莫斯人被傳送至了燈塔，神盾局眾人與其陷入膠着狀態，越來越多的特工被殺害。塔伯特和西蒙斯在實驗室聽見通訊器裏大家在外的交戰情況，知道情況不容樂觀，危險正一步步向自己靠近。緊急時刻，塔伯特看到了重力鎓注入艙，為了拯救眾人，他打暈了西蒙斯，進入了艙體，將重力鎓全部注射進自己的身體，不同於其他人，塔伯特完全將重力鎓融合在自己身體裏，不但沒有發瘋，反而掌控了重力鎓的力量，他用這種力量幫助神盾局消滅了入侵的雷莫斯人。但眾人也看到了重力鎓力量的恐怖，雷莫斯人在自己眼前被塔伯特殘忍的活生生的折斷捏成粉塵。隨即，塔伯特用重力鎓的力量在基地打開一個口，將自己和科爾森帶走。隨着新鮮空氣的注入，燈塔的核爆防禦模式也被解除，封鎖的各艙門也被陸續開啓。

塔伯特將科爾森帶出了燈塔，兩人踏上了外星人雷莫斯的飛船，由於獲得了重力鎓的力量，塔伯特變得非常的自負。他覺得依靠自己的力量和科爾森的智慧，他們可以輕鬆的解除這場危機。但科爾森表示擔心，覺得塔伯特的精神狀態非常的不穩定。果然，在囂張的外星人雷莫斯指揮官面前，塔伯特顯露了自己獨裁者的一面，命令雷莫斯指揮官跪在了自己面前。雷莫斯指揮官表示自己所在的聯盟力量強大，並且人類的代表九頭蛇一直對他們俯首稱臣，但是科爾森表示九頭蛇不能代表人類。科爾森將被關押的黑爾將軍釋放了出來，黑爾告訴塔伯特，聯盟一共有6個席位，由宇宙中的6方家族勢力所佔有。九頭蛇與其達成協議，用地球上異人和重力鎓的資源交換，接受他們的庇佑。科爾森、塔伯特和黑爾打算聯手打破這個協議，攻破聯盟重新制定協議。塔伯特命令雷莫斯帶自己去參加聯盟會議，科爾森不放心塔伯特的狀態，想跟着一起去，但是遭到了塔伯特的拒絕。黛西帶着血清和自己母親的骨骸回到了基地，剛進門就和埃琳娜打的不可開交，梅開槍阻止了兩人的打鬥，並且警告埃琳娜不要阻止她們拯救科爾森的命。迪克來到了黛西的房間想向她表白，無意間卻發現黛西還對之前的戀人林肯念念不忘，慌亂之間他只能告知黛西自己是菲茲和西蒙斯的外孫岔開話題。邁克在燈塔清理戰場的時候，抓獲了一個服食了決戰酒的雷莫斯人，但這種酒只是激發一時潛力，藥物的副作用很快就殺死了這個雷莫斯人。西蒙斯解剖了雷莫斯人，發現他喝下去的決戰酒激發了他身上的每一處細胞，最終導致心臟爆炸死亡。黛西將血清和母親遺骸交給了西蒙斯，希望她研究出可以挽救科爾森的藥劑。塔伯特在聯盟會議上用重力鎓殺掉了一席反對他入席的外星人，自己成為了聯盟的一份子，藍臉外星人卡塞亞斯用滅霸即將攻打地球蠱惑他從地心獲取剩餘的重力鎓增強自己的力量與之抗衡。科爾森反對他的想法，意識到塔伯特才是地球被撕裂的元兇，但此時的塔伯特已經極度膨脹並且渴望力量，他威脅科爾森對自己俯首稱臣。邁克完成了和風號的改裝，梅、黛西和迪克搭乘和風號駛向雷莫斯的太空飛船，打算去營救科爾森和塔伯特。但這種行為被塔伯特以為是科爾森偷偷聯繫神盾局想要背叛自己，他下令雷莫斯人去抓捕兩人。打入指揮室的兩人卻發現塔伯特掌控了這艘太空飛船，並且挾持了科爾森作為人質。塔伯特要將梅和黛西作為戰俘處理，黑爾將軍卻為黛西求情，以報答她之前對魯比的搭救之情。但塔伯特對魯比力量的不屑引發了黑爾的不滿，黑爾用催眠的暗示語想再次控制住塔伯特。正當她以為成功的時候，塔伯特已經不受催眠控制，他將黑爾將軍作為背叛者處死，把科爾森和梅作為戰俘關押起來，還將震波女黛西作為禮物送給了卡塞亞斯。

塔伯特將黛西送給了卡塞亞斯族長，他對黛西的異能垂涎三尺，而科爾森和梅作為戰俘被關在了雷莫斯人的飛船上。雷莫斯人警告他們不要輕舉妄動，他已經將導彈瞄準了燈塔，但凡發現他們要逃跑，他會馬上發射導彈摧毀燈塔。而塔伯特則登上了和風號，殺了一名特工，搶奪了和風號上的昆式戰鬥機前往地球尋找剩餘的重力鎓。菲茲和西蒙斯發現蜈蚣血清可以承載催化任何物質，他們打算將黛西母親擁有強力修復能力的DNA加入血清，注入科爾森身體的病毒，希望可以通過拯救科爾森，打破時間循環，修改未來的結局。塔伯特找到了在醫院因為重力鎓的影響而虛弱不堪的克里爾，他不顧克里爾對自己的忠誠與救命之恩，為了他身上所存的重力鎓，將他吸收入體內。卡塞亞斯的族長試圖説服黛西歸順自己，遭到了黛西的嘲諷，正當黛西想用自己的異能逃脱的時候，卻發現自己沒有一絲的力量，原本以為自己被裝上了阻力器，但摸了下自己的脖子並沒有。卡塞亞斯告訴她，現在只是她的意識通過靈探器與自己對話，她的實體正被送來的途中。不想黛西衝破了靈探器，打倒了押送自己的雷莫斯人。迪克潛入了雷莫斯人飛船放出了被關押的科爾森和梅，在逃離的時候碰到了同樣逃脱的黛西。迪克告訴他們塔伯特殺了金特工，坐着昆式戰鬥機飛向了地球，他們得馬上搭乘和風號回地球阻止他。梅讓科爾森和黛西先搭乘和風號回地球阻止塔伯特，她會解決導彈的問題然後和迪克通過傳送器返回地球。分開之前，科爾森將梅擁入懷中，與她深吻。邁克分析出塔伯特因為想念兒子會回家，他帶着埃琳娜等人前往塔伯特的家想要逮捕他，卻因為力量懸殊，傷亡慘重。塔伯特不願意在兒子面前殺人，飛身離開之前，叮囑兒子在電視前期待自己的表現，他會證明給兒子看自己是一個超級英雄。梅在指揮室與雷莫斯人的頭領酣戰正濃，迪克忙着根據導彈設定的位置，設置好了傳送器回去的座標，並且根據梅的囑咐，把導彈的目標改成了飛船。雷莫斯人首領按下導彈發射器後，發現發射向地球的導彈轉向飛向了自己，雷莫斯人的飛船被徹底炸燬。和風號上，科爾森和黛西看到了平安返回基地的梅和迪克，如釋重負。就當西蒙斯欣喜的表示大家就要重聚的時候，黛西發現科爾森包紮後的手腕血流不止，科爾森暈倒在地陷入昏迷。在燈塔裏，眾人望着病危的科爾森憂心不已，菲茲和西蒙斯表示蜈蚣血清混合黛西母親DNA的化合物應該可以修復科爾森的身體。他們還提出瞭如果用蜈蚣血清混合決戰酒的化合物注入到塔伯特體內的話，應該可以不懼重力鎓的力量，消滅塔伯特。但黛西表示這個不可能，自己帶回的是最後一支蜈蚣血清。眾人絕望的發現，他們還是回到了歷史的軸線，是冒着世界被毀滅的危險救科爾森，還是消滅世界毀滅者塔伯特。另一邊，塔伯特帶着雷莫斯人綁架了羅賓母女，他要羅賓告訴自己，剩餘的重力鎓藏在地底的哪裏。

眾人為究竟是救科爾森還是拯救地球爭論不休，迪克被這個場景嚇得躲在門外。迫不得已埃琳娜用瞬間移動的能力奪走了蜈蚣血清，她不想悲劇發生，因為救了科爾森而導致地球的毀滅。邁克讓她平靜下來，表示在此刻大家一定要團結一致，他提議投票決定蜈蚣血清究竟如何使用。然而，梅在此刻將決戰酒打碎，徹底破滅了用蜈蚣血清混合決戰酒，消滅塔伯特的選項。科爾森甦醒後，埃琳娜來到他的病牀前，將未來的自己給自己的警告告訴了科爾森，並表示自己真的很抱歉不是不想救他，只是不想世界被毀滅。科爾森表示諒解，並若有所思。塔伯特用波莉的性命威脅羅賓説出了剩餘的的重力鎓在芝加哥的地下，塔伯特飛往芝加哥獲取了剩餘的重力鎓，也給這座城市帶去了災難。神盾局眾人搭乘和風號趕往芝加哥，在和風號上，黛西向大家坦言自己辜負了科爾森的期待，並沒有成為一個好的Leader，自己更適合做一名戰士，比起自己，邁克正直積極向上的價值觀更能勝任這個職位。黛西的想法得到了包括科爾森在內所有人的認同。邁克帶領大家組織了對城市的救援工作，而黛西和科爾森搭乘昆式戰鬥機負責去阻止塔伯特。然而，飛機降落後，科爾森虛弱的告訴黛西，自己並沒有注射針劑，黛西無法接受這個事實，撇下他跑去阻止塔伯特。梅和邁克在摩天樓頂層的飛機殘骸門口找到了獨自一人的羅賓，羅賓告訴他們自己的媽媽還在飛機上，邁克留下梅照顧羅賓，自己轉身進入機艙去拯救波莉。趕過來的菲茲知道後，驚恐的和梅説，在未來的世界裏沒有邁克和波莉，他們都死於這場災難。梅和菲茲迅速進入艙體，搭救了差點死於雷莫斯人手下的邁克和波莉。但是在撤離的時候，巨大的震動導致的坍塌將菲茲壓在了巨石下。科爾森被送往了和風號，此刻的他已經停止了呼吸。埃琳娜沒想到科爾森聽進了自己的“預言”，沒有注射血清，選擇了死亡，在深深的自責中，她瘋狂的給科爾森做心肺復甦，讓西蒙斯趕快去取血清，然而趕到手術室的西蒙斯發現裝有血清的盒子裏已經空無一物。邁克和梅搬開巨石，發現一塊鋼板深深的插進了菲茲的腹部，邁克悲傷的發現救了自己的菲茲打破了時間定律，自己走向了死亡。在此瞬間，正和媽媽逃亡的羅賓突然感覺到了變化，歷史的軌跡被改變了。黛西試圖阻止塔伯特的破壞，告訴他重力鎓並不能讓他成為英雄拯救世界，反而會導致地球毀滅，她告訴塔伯特在大家的心裏，他一直就是英雄般的存在。她讓塔伯特看看周圍，每一個在幫助搭救別人的人都是英雄。但此刻的塔伯特已經無法阻止自己對於擁有重力鎓強大力量的慾望，他覺得黛西和黑爾將軍還有科爾森一樣，都是欺騙自己覬覦自己可以擁有強大力量的人。他不聽黛西的勸告，還試圖想吞噬她，關鍵時刻，黛西發現科爾森留給自己的強化血清，將血清注入自己的體內，瞬間增強了自己的異能，戰勝了塔伯特，用振動波將他彈出了地球。被彈入太空中的塔伯特瞬間凍結，帶着重力鎓飛向了太陽。故事的最後，科爾森被埃琳娜用心肺復甦暫時救了回來，在和風號上，眾人為這位偉大而優秀的領導踐行。他將和梅在一個風景如畫的沙灘上，度過自己最後的時光。