神盾局特工第三季

喬伊像個巨大的熔化器，所有他周圍的金屬都會很快熔化。他身體出現的異能，不但讓路人恐懼，也讓他自己感到莫名其妙，並且害怕。這時，一輛車停在他面前，黑色行動隊出現了，這些人用槍對準了他，並讓他舉起手來。還沒等喬伊有進一步的反應，他們手裏的槍已經開始熔化，喬伊趁機逃走，躲在小巷裏。但很快喬伊又被黑色行動隊的人發現了，正驚惶失措，黑色行動隊的人突然像被狂風吹跑了，原來是神盾特工隊趕到了，他們及時救下他來，神盾特工隊的黛西，就是斯凱，她現在改名叫黛西。她説服了喬伊跟他們走，並讓他進了一間封閉房，這間房突然騰空而起，將他帶到了神盾局的空中飛行器中。隨後，黛西向喬伊解釋了發生在他身上的怪事，因為她也曾經歷過同樣的事，也擁有着異能。菲爾在拍下黑色行動隊幕後神秘女人後，也趕了回來。他跟黛西慶幸着總算救下了第一個異能者。因為前面五個都被黑色行動隊劫走了。　芭比為喬伊安排了新房間，並且告訴他這兒的人不會傷害他，他也傷害不了這兒的人。菲爾和同事們研究着那神秘女人的來歷。黛西和邁克來到喬伊的房間。黛西進一步向喬伊解釋了出現在他身上的特異現象，因為他身上已擁有了部分外星人的基因並被泰瑞根激活，黛西説，歡迎加入我們異人族。喬伊不敢置信地笑了起來。但當黛西説他不能再回到以前的生活中了，喬伊發怒了，邁克手裏的金屬板熔化燙了他的手，黛西只能出手先將喬伊擊暈。菲爾讓芭比打電話叫菲茲回來。菲茲卻不肯馬上回來，他正在摩洛哥查線索。他失去了愛着的女人西蒙斯，所以想查清巨石的屬性，聽説那塊石頭被埋在了尤卡坦，石頭旁的卷軸盒裏有張羊皮紙，解釋了這塊石頭的屬性。但被約瑟夫的黑社會組織搶劫帶走了，所以，他要找到他來交換，他被綁着見到了約瑟夫，不顧付出生命的代價，搶走了羊皮紙逃掉。菲爾按芭比提供的線索找到了那神秘女人，不料她早有防備，並反過來抓捕了他。她説自己叫羅莎琳。羅莎琳去接電話了，菲爾才有機會逃脱。黛西和邁克去找林肯幫忙。林肯也是異人族，但他不想回來。正爭執時，突然出現了一個殺異人族的怪物，三人合力才將怪物擊退。但林肯的正常生活也毀了，有同事看到了他的異能，打了報警電話。因為正常社會對異人族也是追剿的。他依舊不肯黛西邁克回去，獨自狂奔而去。菲茲回來了，他滿懷希望地打開羊皮紙，卻發現只用希伯來文寫着一個詞死亡。菲爾勸解他要跟過去道別，他嘴上答應了。但後來卻獨自打開了一直封閉着的巨石，衝着它絕望地大吼。

同事們發現菲茲闖進了巨石封閉室，急忙趕去，將他及時拉出來，又封閉了巨石。這時，菲茲發現自己手上有砂，這砂看起來很尋常，但卻比地球上的早十億年。神盾特工隊的人一起猜測，這巨石應該就是個傳送門，通往宇宙的另一星球，而西蒙斯應該是被帶到了那裏，她還有活着的希望。新的發現讓特工隊的同伴們迅速行動起來了。

亨特一直記着要抓回沃德的事，他打算潛入九頭蛇，伺機復仇。正是因為沃德那一槍，為了保護自己，女友芭比被轟掉了半個肺，差點送了命。芭比也想去，但她還沒有傷愈，亨特不想女友再冒生命危險捲入這件事。亨特設法找到了梅，她也同樣對沃德懷有仇恨。亨特請她為他弄個假身份，然後打入九頭蛇內部。沃德正在設法奪取九頭蛇的權力，他帶人抓住了九頭蛇前領袖的兒子沃納，用各種方式逼迫他妥協。沒想到沃納並不像他想的那樣孬種，始終不肯妥協。兩人選擇了合作，重建九頭蛇組織，並使其發揚光大。菲爾和隊友們，請來了蘭道夫教授加入。果然，蘭道夫從羊皮紙上發現了端倪，帶着他們，一起前往英國查探巨石情況。他們趕到了那所城堡，找到了那處刻字的所在，緊接着，暗藏的通道被他們發現了，他們順着通道走了很久，藉着手裏的手電筒光線發現，他們像是來到了一所奇怪的地堡，最終，他們發現了深坑，大家猜到了這個深坑是用來放巨石的。黛西也請了加納博士幫忙，想讓喬伊加入神盾局。加納發現了黛西身上的領袖特質。她作為異人族，很想找更多的異人族，利用他們與眾不同的能力，跟神盾局的人合作。黛西和邁克也趕到了地堡，和菲爾他們會合。大家啓動了地堡中的設備，深坑忽然有了反應，發出巨大的脈衝聲，將黛西震暈了過去。其它人卻都沒什麼感覺。而菲茲從中發現了辦法，黛西用自己的超能力打開了傳送門，菲茲跳了進去，在另一端找到了西蒙斯，併成功地救回。

林肯施展異能，總算逃脱了黑色行動隊的追捕。但黑色行動隊所屬的ATCU組織將他的照片和信息全國發布，稱他是外星殺人犯。黛西打電話給林肯，想幫助他。可林肯馬上掛斷電話，並摔碎手機，去掉了身上被神盾局埋下的聯絡跟蹤器。亨特和梅去找能幫他們聯繫到九頭蛇組織的斯巴德，探聽到了有用的信息。西蒙斯重返之後，由於長期呆在了另一個星球，身體機能發生了一系列變化。為了幫她恢復，菲茲帶她去實驗室轉轉，結果當她看到曾用來做傳送門的巨石，現在雖已經碎裂成一堆石頭，還是產生了反應，她曾經最愛的實驗室也讓她感覺不適。大家知道她有很多事沒有説出來，比如，她是如何獨自在另一個星球活下來的。但大家尊重愛護她，決定等待，到她自己想説的時候再聽。林肯躲到了一個朋友家，但當朋友從電視上得知他就是那個外星殺人犯，於是打了熱線電話。林肯逃跑時他因受到了驚嚇而死，林肯感到十分內疚。林肯打電話給黛西，訴説了自己的心境。菲爾約了羅莎琳見面，她就是政府的秘密組織ATCU的總負責人，她所領導的黑色行動隊總是在異能人出現的時間趕到，並將他們帶走。神盾局的人懷疑他們將這些異能人殺害並研究，美其名曰為了給國民以安全感。這次見面，菲爾想勸她同意神盾局將林肯帶走，但羅莎琳還是拒絕了。菲爾還想請求她一件事，不要透露出黛西的信息，他知道羅莎琳手裏有張醫院的照片，如果她將之公佈，黛西的安全也將受到威脅。黛西和邁克趕到去營救林肯，黑色行動隊的人也到了。黛西想説服他不要再陷入對朋友之死的內疚，跟着她走。她表達了一直以來對他的愛情，當黛西成功説服林肯，準備帶他撤離時，邁克進來告訴她計劃有變，菲爾讓把林肯交給黑色行動隊。林肯再次使用異能逃脱。當黑色行動隊又準備對付黛西時，菲爾選擇了以後跟他們一起合作做為條件，才保全了黛西。菲茲帶西蒙斯去吃他精心準備的浪漫晚餐。西蒙斯突然哭了，菲茲摟住她安慰着。她離開得太久，有很多事需要重新適應。亨特和梅經過一輪輪血腥殘酷的殺戮，亨特最後被帶到了總部，他將被安排與沃德見面，這正是他們此行的目的。

阿麗莎告訴異能人朋友西恩和羅莉夫妻，説泰瑞根泄露了，正説着，那個攻擊過林肯的怪物來了，又攻擊了阿麗莎的朋友並殺死了他們。阿麗莎也受到了攻擊負傷，但身負異能的她，瞬間回到了神盾局，她的異狀引起了菲爾的注意，菲爾急忙詢問阿麗莎怎麼了，得知了情況。趕緊派了黛西邁克趕去追蹤怪物，結果兩人最後跟羅莎琳的ATCU黑色行動隊遭遇了，菲爾也在，雙方不快地同時放下了槍。菲茲和芭比在查死亡的那對夫妻的現場，並找到了線索。黛西分析後發現，原來那個怪物是靠電郵定位襲擊對象的。菲爾讓他們將這個情報分享給ATCU，以期能互換情報。加納勸告菲爾不要讓阿麗莎出外勤，他認為這些異能人情況不明，可能有些還是有問題的，比如阿麗莎，但菲爾沒聽。兩人正在談話時，梅找來了，加納跟梅曾是戀人關係，氣氛頓時有點尷尬。梅是請菲爾勸亨特的，亨特找沃德復仇心切，聽不進梅的勸告，情報計劃並不周密，就想獨闖九頭蛇找沃德復仇。被救回來的西蒙斯現在表現得很古怪。她獨自研究着巨石和異人資料，被菲茲發現後她生氣地搶了回去。神盾局特工和ATCU黑色行動隊一起，找到了弗萊，他就是發送病毒的異能人，然後怪物鞭笞就會趕過去殺掉那些追蹤到的異能人。黛西和邁克跟着黑色行動隊，想看他們會怎麼樣對付抓到了的弗萊。路上，怪物鞭笞出現，跳到車上帶走弗萊並殺死了他。黛西感覺鞭笞跟原來想的不一樣，他也可能會變回人，甚至任何人。亨特總算被帶到了沃德面前，雙方展開了激戰。梅也及時趕來增援，但沃德卻用加納的生命來威脅梅，説如果三十秒內梅不放下槍，加納就會死。梅正在猶豫，正要妥協，亨特急於報仇，對她説了句對不起衝了出去，他擊中了沃德的身體，卻還是被他逃掉了。超市裏，沃納和其它同夥走近了加納，他們擊暈了加納，倒上汽油，將打火機扔到地上，然後跑了出來。超市在沃納的身後發生了爆炸。

西蒙斯開始回憶當時發生的一切：半年前菲茲與西蒙斯約好一起吃晚飯後，西蒙斯帶着略喜悦的心情去檢查巨石，發現巨石門鎖被打開了，然後被巨石吞入丟進了一個陌生古老的沙漠星球，在起初的驚慌和錯愕過後，她發現這是個長年不見太陽，周遭也沒有明顯動植物活動跡象的沙漠星球，西蒙斯開始嘗試以樂觀和自己的科研態度去緩解自己的緊張情緒，並以手機開始語音報告周圍的狀況，但幾天過後，隨着時間的流逝，西蒙斯開始懷疑是否能夠得救，並開始出現激動，壓抑，崩潰的狀態，她離開了投放進入的位置，開始去尋找水源和食物，並在經歷了沙暴後找到了一個寄生着觸手般植物的水源，通過冒險捕獵暫時解決了飲食的問題。過了一段時間，西蒙斯偶爾間竟掉入了一個地底的人造陷阱裏，她發現在這個地底下居然有一個男人的存在，那個男人與西蒙斯在彼此試探了幾次後得到了彼此的信任，西蒙斯驚訝地得知他是NASA以前派來巨石星球探索唯一的倖存者威爾，更驚訝地得知對方竟已經在這裏活了十四年，威爾告訴西蒙斯這個星球如同一個邪惡而且鬧脾氣的生命，在這裏有着一個身份不明並能影響他人心智的可怕捕獵者，就是它把當初的探索隊逼瘋自殺和互相殘殺，西蒙斯卻不相信，並希望可以去周遭的禁區探索回家的方法，又過了一段時間，外出覓食的西蒙斯竟在萬人坑的沙暴中遇到了那個一身黑色斗篷的捕獵者，她趕緊回到了安全地帶，威爾警告她不得再去那裏，西蒙斯卻在萬人坑裏找到了從星圖對應到巨石通道位置的方法，並決定犧牲自己唯一的手機提供能源，兩人冒險到達了巨石通道的地點，卻在最後投放信息的時候失敗了，失望與壓力相互激盪的西蒙斯在地洞裏與威爾相擁在一起，星球上唯一的一男一女開始了激吻。兩人在一起後，西蒙斯算出了這個星球十八年一次的日出，威爾找來了一瓶古老的紅酒，兩人在慶祝時西蒙斯卻發現了菲茲投來的信號彈，兩人正打算趕往通道時捕獵者卻又和沙暴一起出現，西蒙斯悚然發現它居然真的可以幻化成宇航員等各種虛假的形象來獵殺，最終威爾讓西蒙斯一人趕往通道，自己卻留下了抵抗捕獵者。回到地球的西蒙斯不知威爾是死是活，她央求菲茲幫她回到巨石星球解救威爾，卻不料菲茲早已分析完了巨石通道的各種原理和恢復方法，並承諾會救回威爾，西蒙斯不禁大受感動……而另一方面，威爾在十八年一次的日出陽光下，站在西蒙斯離開的地方，喪氣地將沒有子彈的手槍丟開，在日落的夜幕下離開

亨特刺殺沃德失敗，間接導致安德魯被偽裝成學生的九頭蛇成員沃納襲擊，但是安德魯卻僥倖逃了回來，他告訴梅是寇森暗中派遣的手下救下了他，任務失敗的亨特被命令不得再參與沃德的追殺任務，而芭比則經受了梅的突擊測驗，梅認為芭比已經恢復到了足夠出任務的程度，兩人組成隊伍去追擊沃納的蹤跡，而沃納此時則躲入了父親以前部下的庇護。另一方面，閒極無聊的亨特去調侃菲茲打算救回西蒙斯未婚夫的舉措，卻被菲茲拒絕了無聊的舉措，並與黛西和麥克一同偵察鞭笞的身份，卻不料追蹤到了菲爾和ATCU首領的私下會面，並得知ATCU一直在追捕和醫治異人。與此同時梅和芭比找到了沃納的所在地，卻不料沃納遭到了出賣，九頭蛇的人先一步找到並折磨了沃納，恢復了身手的芭比擊敗了沃德的副手，而梅從沃納口中得知了一個驚悚的事實：當時救了安德魯的人並非是寇森的手下，而是安德魯自己發生了可怕的變化——他竟然就是那個不斷追殺異人族的異人獵殺者鞭笞。變身後的安德魯幹掉了當時沃納以外的全部九頭蛇成員，之後變成原來的樣子用打火機引爆燃料，偽裝成自己遭遇襲擊僥倖逃命的樣子。得知了真相的梅頭一次露出了猶豫遲疑的神色。與此同時在神盾局裏，黛西與林肯進行了一次秘密通話，林肯卻不願透露自己的位置，尚不知安德魯身份的黛西告訴了安德魯林肯的事，卻沒看到安德魯的目光在轉身後，逐漸變得陰沉了起來

菲爾、黛比和加納一起，討論着ATCU將異人族冷凍起來的事。黛比表示反對，她希望異人們也能有機會選擇做自己。加納冷冷地跟在他們後面聽着，然後插話説贊成菲爾，説不是所有的異人都像你一樣學會了控制自己的力量。菲爾提到了下午要和總統有一個秘密會面，以ATCU成員的身份和羅莎琳一起，並説了會面地點。菲爾還提到如果黛西能説服羅莎琳，事情會好辦些。加納説他可以及時將喬伊的報告交過來作證明。因為喬伊發現了自己的的異能之後，非常擔心傷害到別人。黛西帶羅莎琳參觀神盾局的飛行器，並告訴她，她覺得更好地對待異人的方法。不是冷凍他們，而是教化他們。羅莎琳並沒有被她服。西蒙斯將她的手機交給了菲茲，她用它記錄了在另一個星球發生的一切，現在它損毀了，想看看菲茲能不能幫它復原。菲茲成功地復原了手機的資料，看到西蒙斯跟威爾依偎在一起的照片時，很難受，但當他聽到西蒙斯説只能看到星星和兩個月亮，看不到太陽時，他趕緊聽了下去。並從威爾袖臂的徽章找到了重新開啓傳送門的線索。梅暗中調查了加納的行蹤，心裏對他就是怪物鞭笞的懷疑加深了。但她沒有告訴別人，而是獨自去找加納。加納正在給喬伊做評估，聽到喬伊説對新具有的超能力感到高興時，內心裏充滿了殺死喬伊的衝動，但還是管住了自己。他剋制着對喬伊的敵意繼續交談，這時，梅闖了進來，讓把喬伊帶出去，只留下兩人單獨談話。梅讓加納説出真相，加納被逼問得緊了，竟拔槍擊暈了梅，然後將她帶到了他工作的大學鎖了起來。梅醒來後，他告訴了她真相，原來就是那次兩人在夏威夷，他調查黛西母親嘉穎時，翻看的一本記錄異人的書，有陣迷霧噴出，他就出現了異狀，這種異狀只有在他攻擊異人後才能有所緩解，所以，他只能跟她分手。現在，他希望得到她的幫助。 林肯打電話給了邁克，邁克趕了過去。林肯告訴他，據他的調查，怪物鞭笞應該就在神盾局裏。邁克帶着他去找菲爾，告訴了他情況，菲爾覺得這不可思議，但同事們的話，讓他不得不相信，他推遲了和總統的會面，一起趕去找加納和梅。 加納試圖告訴菲爾，他所做的一切，跟菲爾目標一致，但對他充滿敵意的林肯，率先發難，加納馬上變身鞭笞，狂性大發，甚至將羅莎琳扔下樓，幸虧黛西救了她。梅爾在鞭笞又要對林肯動手時，插到兩人中間，她的出現讓加納已恢復了常態，這時，梅掏槍擊中了他，並藉機將他關進了隔離艙。

沃德和原九頭蛇高層馬利克一同進餐。馬利克是活下來的唯一元老,他出賣了沃納向沃德示好,但正因此事,沃德並不信任他的人品,認為是他控制了九頭蛇的密室,那密室據説是九頭蛇的力量源泉。席間,兩人話裏藏刀,馬利克離開後,他的人襲擊了沃德,但全被沃德制服。沃德要利用他俘獲的人進入密室。然後他趕往了在德國普策科的密室。加納也被冷落起來放入了羅莎琳的基地,梅心裏並不好過,所有人都感受到了這一點。林肯倒是能安心地睡個覺了。黛西勸他儘管找好自己的位置,因為神盾局並不會留着一個到處閒逛的人。菲爾跟羅莎琳越走越近,這引起了邁克的憂慮。他找到菲爾詢問兩人的關係,菲爾卻説這是他自己的私事,雖然他並不完全信任她,但他想一探究竟,看她是不是值得信任,他決定帶她前來他們的秘密基地。其實,菲爾也想借機打入羅莎琳的ATCU組織,查一下他們的底細。他做了行動佈署。芭比和亨特前往ATCU基地,成功地將電腦木馬置入了ATCU的系統中。梅和林肯趕去ATCU執行下一步任務。黛西根據芭比傳回的信息發現,ATCU組織不是在治癒異人,事實上他們是在更快地轉化異人。菲茲和西蒙斯查到了威爾並不是宇航局派去完成科學任務的,而是跟一個邪惡組織有關。西蒙斯説,那組織將威爾當成了血祭發往了那個星球,但她卻不想查下去了,她擔心另有隱情,她希望威爾高大的形象留在心裏,她愛威爾。當然,也愛穿過宇宙去救她的菲茲。菲茲説服了她繼續查下去。馬利克將恢復人形的加納帶到了密室談話。他想從他嘴裏套出神盾局的秘密。羅莎琳還想跟菲爾調情,菲爾卻揭破了她組織的秘密,羅莎琳這時才發現,她是被馬利克利用欺騙了。亨特和芭比受到ATCU組織中外星人的攻擊,羅莎琳讓班克斯帶他們逃出來。

菲爾聽到ATCU和九頭蛇馬利克的關係後，和羅莎琳進餐時，他擔心起羅莎琳的安全。羅莎琳説ATCU是她的地盤，不會有什麼問題。話未説完，一顆子彈穿透了玻璃，羅莎琳咽喉中彈倒地而亡。射中她的是沃德。菲爾接到了沃德的電話，他告訴菲爾，這是為了讓他感受一下心愛的人死在面前的心情。而且因為神盾局總是派出最優秀的特工前來暗殺他，所以，他也派人前去殺他了。菲爾好容易突圍出來，跳上了邁克迎接他的車。顧不上管羅莎琳了，菲爾心情沉重地返回了神盾局。他開始在神盾局內動員調查沃德，讓他們説出記憶中關於沃德的一切。他甚至問到了梅和沃德上牀時，沃德透露出的個人經歷。沃德顯然和神盾局的很多人都有很深的淵源。他救過西蒙斯，和菲茲相處得像兄弟，愛上過黛西。菲茲一一地瞭解着這些事。黛西告訴菲爾，沃德很容易被一個強有力的父親似的人吸引，所以才被招進了九頭蛇。他殺了不少人，不是因為沒有感情，而是因為太有感情。但黛西並不會原諒沃德的行為，他為了傷害菲爾殺羅莎琳，當年因為愛她殺了也同樣愛她的凱尼格。馬利克向沃德展示了他珍藏的五塊石頭，它們都是從那塊傳送門的巨石上取下的。九頭蛇存在的目的就在於此。馬利克説菲爾的逃脱會威脅到計劃。沃德説他會保證一切成功。菲爾見到亨特後，遷怒於他，説如果他當時殺掉了沃德，羅莎琳就不會死了。他也恨自己當年怎麼把沃德招進了隊裏。亨特要求再給他一次殺沃德的機會。菲爾讓邁克替他暫行神盾局局長的職責，他要率人找沃德復仇。班克斯帶着西蒙斯、菲茲去遠星機構查資料。誰料剛到地方，班克斯竟被無形的力量控制殺人然後自殺。西蒙斯和菲茲被綁了起來，去見了沃德和馬利克。沃德讓菲茲看對摺磨西蒙斯的視頻，逼菲茲説出西蒙斯重返地球的辦法。這時，菲爾他們找到了沃德的親弟弟托馬斯，並通知了沃德。菲爾利用托馬斯得知了沃德的位置，於是趕去那裏。邁克決定派黛西率領異人林肯和喬伊出發前去支援菲爾。菲茲不忍心看到西蒙斯受折磨，於是答應了馬利克和沃德，前去那個星球，帶九頭蛇的那個怪物回來。沃德本想找菲爾復仇，但馬利克説服了他，帶隊跟菲茲一起前往另一個星球。菲茲暗暗地向西蒙斯保證，只會帶威爾回來。

在傳送門最後關閉的瞬間，菲爾從空中飛過，直墜入傳送門，也來到了異星球塔圖因。但他沿着山坡滾動下來時，頭磕到了一塊石頭上，暈了過去。清醒過來後，他給手槍裝好了子彈。沃德率人和菲茲在異星球上邊走邊觀察着，菲茲藉機想將沃德的手槍搶過來，卻被防範甚嚴的沃德識破。為了逼菲茲配合行動，沃德警告菲茲，如果六小時後他們不能完成任務，帶那個怪物回到地球，那麼西蒙斯就會被折磨致死。芭比黛西和邁克在商量在到底應該怎樣行動，是先救菲爾，還是攻進九頭蛇救出異人們，還是拿下傳送門。新加入戰隊的異人喬伊傾聽着他們如何商量。邁克最後做出了最終決定，眾人開始依言悄悄採取行動。菲茲總算找到了威爾的洞穴，兩人剛剛見面，沃德也跳了進來。菲茲解釋説威爾可以做他們的嚮導。這才使沃德打消了殺掉威爾的想法。威爾的一條腿受了傷，是當時幫西蒙斯逃走時被怪物咬傷的。威爾和菲茲暗暗商量好了對策，菲爾此時也及時出現，他開槍打死了沃德帶的士兵，當沃德説他打傷了菲茲，菲茲在流血，嗜血的怪物肯定不會讓菲茲活着回去時，菲爾憤怒地擊中他，這下沃德也在流血。菲爾用槍指着他，讓他帶路找到菲茲。神盾局的同事們拉掉了電閘，一直在設法逃脱的西蒙斯，藉機趁黑離開囚禁她的地方，這時她發現了被關着的加納博士。加納請求她放他出來，他再次變身鞭笞才除掉了那些要抓西蒙斯的九頭蛇士兵。逃掉了的西蒙斯成功地跟神盾局的同事們會合了。他們到巨石傳送門室商量着下一步對策。加納化身的鞭笞將九頭蛇冷凍着的異人全殺了。菲茲和威爾邊走邊談論着，菲茲為威爾包紮傷口時發現了破綻，原來，威爾在抵禦怪物救西蒙斯已被殺掉，假“威爾”正要殺死菲茲時，也來到傳送門附近的菲爾，舉槍擊中了他。沃德見狀又攻擊菲爾。菲茲在旁邊開槍擊了沃德，然後從菲爾的揹包裏找到了火焰槍，擊中了假威爾，假威爾燃燒起來。傳送門就要關閉了，菲茲催促菲爾趕緊離開，想到死去的羅莎琳，菲爾用機械手親手弄死了沃德，然後將機械臂取下扔到他旁邊，然後和菲茲一起離開。神盾局的同事們歡迎着他們。菲茲和西蒙斯擁抱時，正和梅擁抱着的菲爾，也看向他，目光冰冷而神秘。

馬利克坐在汽車裏，正心事重重，突然車前方出現一個人，司機緊急剎車，馬利克藉着燈光看去，沃德正站在車前，面容僵硬而詭異，眼睛閃着幽光，手裏拿着菲爾當時拋在他屍身旁的機械手。馬利克突然明白過來了，這是異星球的神祗，附身於沃德來到地球了，不由得面帶笑意。菲爾答應了和總統見面。見面後，總統高度評價了菲爾，説羅莎琳曾經談起過菲爾，並建議總統和神盾局合作。現在情勢緊迫，各地紛紛出現騷亂，必須得有所行動了。但因為公眾們還有着以前神盾局事故的記憶，所以不便公開神盾局的存在，神盾局可以私下裏行動，名義上還以政府ATCU組織的名義，總統將給ATCU派一個新領導，這位新領導將聽命於神盾局。菲爾告訴總統馬利克就是九頭蛇，是他下令刺殺了羅莎琳。總統説這件事他幫不了菲爾，因為馬利克插手了許多國家的事務，他動不了他，對他無能為力。亨特和黛西來到警局，處理一起警員遭異能人士襲擊事件。芭比和邁克也到達事故現場察看。他們談論着只需要一個魚肝油那麼小的感染丸子，一個普通人就能擁有了特異能力，被感染的人越來越多了，簡直成了新常態。邁克一個人低頭正觀察着地下的車痕時，發現了面前站着一個女人。他來不及拔槍，槍已到了女人手裏。簡直來不及做任何動作，那女人幻影移形間，邁克已被關進了車裏。然後被女異能人帶回到了她家裏的洗手間裏捆着。後來黛西亨特和芭比趕到，解救了邁克。並將女異人埃琳娜帶回了局裏密封艙。喬伊和她進行溝通，問她為什麼要偷走武器。得知她偷走武器只是為了保護朋友不被傷害，黛西對她有了好感。與此同時，女異人的表弟正將偷來的武器往河裏扔，芭比和亨特趕到後製止他，正要帶走他，警察來了，芭比做了解釋，但警察並未就此罷休，她自信滿滿地剛抽出武器，還未來得及動手，就被警察特殊的眼鏡射出的光擊暈了，亨特也被擊暈，他們被帶了回去。警察殺死了埃琳娜的表弟。埃琳娜得知情況後，決定加入到黛西他們的行動中，充分利用自己的天賦來做好事。他們一同趕往警局，營救亨特和芭比。埃琳娜和黛西一起，擒獲了眼鏡有異能的警察。菲爾請菲茲幫他讀取沃納馮斯特克的大腦，裏面應該有關於馬利克的信息。菲爾得到了信息後，前去尋找馬利克，通過電話得到了他遍佈全球的部分機構。但馬利克不以為意，因為“沃德”神祗正在恢復。黛西他們押着那個異能警察正要回去，誰想從天而降的九頭蛇的飛行器，將那個異能警察又截走了。甦醒了的埃琳娜還不想留在神盾局，她想回家。邁克擔心着她的安全，他給了她一隻特殊的表，希望她需要的時候儘管呼叫。西蒙斯總算放下了心結，找到菲茲重歸於好。林肯也跟黛西相吻着。馬利克還在蒐集着異人。他有點失望地站在“沃德”面前，説他也許跟他想的不一樣。可是“沃德”站了起來，説他很快就可以看到他的能力了。

菲爾打電話給新任ATCU長官格倫，可他既拒絕見面，也不想談。菲爾只有跟蹤他到機場見面，邀他一起去參加幾國組織的異人研討會，因為菲爾知道，馬利克肯定對這樣的會議不會袖手旁觀，而且，也有必要了解到元首當中有沒有儲備異人的。格倫不承認菲爾是他的上司，也無意做搭檔，他根本不想接總統交給他的這個差事。不快的氣氛一直到菲爾提到了格倫的妻子卡爾拉和兒子喬治，才有所緩和。梅和林肯負責外圍行動，保護菲爾的安全。克里爾是個輪胎異人，梅和林肯看見他出現在菲爾附近，急忙衝出去與他較量。克里爾的異能十分強大，梅和林肯聯手才總算勉強將他制服，這時聽到格倫説克里爾是保護他的。大家有點無法接受。因為克里爾曾是九頭蛇的人，而且還殺過神盾局人員。可格倫説他已經變好了，外面有異能的人太多實在危險，他需要擁有一個自己的異能保護者。菲爾認為秘密會議克里爾還不適合出席，但格倫堅稱，如果不讓克里爾去，他也不去參加。菲爾同意了。他們飛赴台灣參加這次秘密會議。黛西因為是異人，菲爾宥於會議規則，沒讓她前往。他本人以醫生的身份和格倫一起出席了會議。留在神盾局的克蒙斯發現了克里爾DNA的異常，他身體裏有能阻止泰瑞根變異並化解的物質。黛西覺得政府如果知道有這種物質存在，肯定會對異人們注射。黛西十分珍惜自己變異後擁有的異能，覺得這種天賦可以使她幫助更多的好人。林肯卻覺得異人們可以自己主動選擇，決定擁有還是放棄異能。會議進行期間，梅、亨特、芭比扮成服務員進入各國政要房間探秘。一切貌似在按計劃進行。可是，會議中格倫突然變臉，竟在各國政要面前，誣衊菲爾是九頭蛇的局長，馬利克也走進了會議室，菲爾這才意識到，格倫竟然是馬利克的內應。因為馬利克抓了他的兒子來挾持。最終，格倫也被馬利克關了起來。幸好克里爾趕到救出了他們。然後他們分頭去追蹤馬利克，營救格倫的兒子。菲爾也找到了格倫的妻子。夫妻團聚使格倫對菲爾很感激，他對菲爾展示了友好的態度。異星球神祗正在瞭解着宿主沃德，真正的沃德已經死亡。馬利克知道這個新沃德需要大量異人，於是將他們救回的眼睛有異能的警察押了過來。警察發現自己的異能對新沃德沒用很是詫異。沃德展示自己的能力收服了他。沃德讓手下為他抓了五個活人，然後生生地吸化了他們，五具炭化般的枯骨倒地，而沃德，則更為強大地站立起來。

芭比和亨特躲在機艙，一路跟蹤馬利克來到了天寒地凍的西伯利亞。從機艙裏溜出來後，因為幾個小時在密不透風的艙底躲藏，亨特的腿麻木得差點失了知覺。他倆成功地鎖定了馬利克的車隊，搶了車尾隨到了他們的秘密基地。按菲爾的命令，他們還得設法潛入，獲取馬利克來此的動機。正在觀察着基地裏正推出一個異能人時，兩人被發現了。兩人謊稱採蘑菇時迷了路，還是沒能矇混過關，只得大打出手制服對手。黛西和邁克、梅坐飛行器也趕到了，芭比亨特告訴他們説，馬利克和俄國幾個內閣部長，要去看一個被用生物高科技控制的異人。大家決定潛入進去。芭比成功地潛入，並將現場信號傳給了菲爾和梅他們。俄總理是反對建異能人庇護所的，他派了私人助理前來，結果被他的對立面，內閣部長派人給殺掉了。因為其中一位部長將軍本身就是異能人。聽到世界上居然有了第一位異能人政客，而且這個政客還能拿到核武器發射密碼，神盾局的特工們議論紛紛。這時，馬利克建議放出那個異能人部長，菲爾意識到馬利克是想在俄國策劃一起政變。那個芭比和亨特最開始看到的被控制的異能人放出來了，原來他就是那個異能部長。後方，神盾局裏菲爾菲茲西蒙斯在忙碌着解析和向在俄國的行動組傳遞信息，黛西和邁克混進了俄國人的機控中心，監視着馬利克等人，配合着芭比的行動，梅和亨特發現了總理助理的屍體。不明情況的俄國總理正在趕到基地，異能人刺客正在等候着他。菲爾下令梅和亨特要保護俄國總理，黛西邁克芭比去控制異能將軍。內閣們還試圖説服總理，總理問到了自己助理在哪兒，內閣部長們正要翻臉，神盾局特工們出動了，聲東擊西，梅和亨特救出了總理，但異能將軍可不好對付，他可以控制自己的影子和密度，邁克被他擊暈過去，芭比黛西聯手也對他無可奈何，黛西后來還被他擲暈了過去。異能將軍離體的影子，又迎面攔住了亨特和總理的去路，芭比聞訊趕去支援，她及時擊斃了異能將軍的原身，救了總理。但不幸的是，芭比和亨特被捕了。面對審訊，兩人竭力迴避他們的真正意圖和任務，但俄國人顯然瞭解他們是神盾局的人。但俄方得到了美國政府的通知，所以，也不敢隨意處決兩人，只得耐着性子審問他們，想熬到兩人崩潰時問到真話一無所獲，最後，俄國人利用了兩人彼此的愛做為弱點。被救出的俄國總理並不領情，他對美國總統説必須有人對俄國政府內部有人被殺一事負責，菲爾也陪同在場，他提醒總理，死掉的三人中，有兩人都是要殺總理的。總理依然不為所動。菲爾進入監牢，開啓信號干擾監視後，交代兩人潛逃，但芭比和亨特這時卻不想貪生怕死，置神盾局和美國於俄國槍口之下，兩人決定大義赴死。幸運的是，最後關頭，俄國總理得知兩人既不是神盾局特工，又不隸屬於美國政府之後，大概念在兩人救了他命的事實，最終無罪釋放了兩人，但他們再也不能做神盾局特工了。兩人在酒吧裏討論着到哪裏度假時，既看到了如影隨形的情報局監視者，也看到了前同事們，西蒙斯、菲茲、邁克、黛西、梅、菲爾，他們暗暗地先後為兩人點了酒，這是場間諜式告別，沒有一言半語，唯有默默地注視，遙遙地舉杯飲盡，落寞地一一離去。再見，亨特!保重，芭比!

度假的邁克和弟弟愜意地聊着天，收拾着心愛的摩托車。這時，電視上播放了一則新聞。這是幾個號稱“監察者”的蒙面分子襲擊ATCU大樓的新聞。因為特工局現在人手很缺，菲爾打電話給邁克讓他就近趕往現場，尋找線索。聽到邁克説要離開幾個小時，本來準備共進午餐的弟弟，不能理解邁克的藉口有點沮喪。邁克一直對弟弟假稱是在一家保險公司工作。菲爾還派了黛西和菲茨趕去和邁克會合。林肯很想參加這次行動，但菲爾看了他的有關評估報告後沒有同意。菲茨在現場發現了硝化物，將這個消息彙報給菲爾後，他們都意識到了這是前神盾局某特工乾的，他的名字叫布萊克。菲爾儘管對林肯的評估報告不滿意，對林肯做特工的決心，服從任務的意識等方面存在着擔心，還是決定親自帶林肯參加這次行動，並藉機觀察其反應。邁克的弟弟還不起貸款，欠了一大筆債。邁克不理解他，當聽到弟弟的言論和那些監察者別無二致時，邁克警告他離那些人遠點，沒再看他們在網上的言論，可弟弟説，那些監察者理解他。黛西查明瞭那些襲擊者將在伊斯特林農場集會，策劃下一次暴行，於是電話通知邁克前去。邁克和黛西菲茨正蹲守在農場附近觀察時，邁克的弟弟魯本騎摩托車也來了，他看到邁克後大聲地打起招呼，結果驚動了那些襲擊者。邁克只好對發現他們的人開了槍，魯本看到邁克這樣做，大吃一驚，掉頭騎摩托車而去。梅一直在查找安德魯即鞭笞的下落，西蒙斯告訴她，她的查找方向錯了，因為安德魯跟其它異人不同，而且，西蒙斯還提出説安德魯的轉化尚未徹底完成，她跟菲茨研究中發現有疫苗可以中止繼續轉化。梅聽了卻説不想要希望，因為她擔心希望破滅帶來無法承受的失望，現在，她一心奉命找到他，並殺了他。菲爾接到黛西的報告説在農場集會處聽到了布萊克的聲音，正待目擊確認，以為布萊克不在，結果搜查他的安全屋時，竟發現布萊克就在屋裏。布萊克説他無處不在。菲爾從布萊克異乎尋常的長篇大論中發現了問題，於是讓林肯動手，這才發現這個布萊克只不過是個全息像。黛西不想馬上撤退，結果導致菲茨中彈，這是顆會爆炸的子彈。他們急忙返回神盾局，最終設法解決了問題。邁克一直追回家去向魯本解釋，魯本並不相信，還在指責着邁克時，襲擊者趕來，並且引爆了他們的摩托車。他們將邁克當成了異人，奉命趕來抓捕。兄弟倆聯手打敗了五個襲擊者，但邁克也左臂受傷。黛西將邁克接回去，跟魯本聊了會兒，魯本總算理解了邁克的工作。

神盾局接到了自稱埃德温的電話，他呼叫黛西，並且説九頭蛇要來了，他就要死了。神盾局的人急忙趕去，黛西還在追問着商鋪老闆埃德温為什麼説九頭蛇要來了時，天空出現了九頭蛇的飛行器，混亂的對抗中，埃德温被擊斃了。黛西意識到躲在不遠處的那個流浪漢查爾斯是異人時，九頭蛇的飛行器已將流浪漢抓走。黛西只來得及抓了一下他的手。這時，黛西眼前也莫名地出現了神盾局同仁們慘烈一幕的驚人幻覺。看起來完全恢復的新沃德跟馬利克會面。他追問馬利克救他回來的原因，直言馬利克是為了獲得財富、權勢之外的更強大的真正力量，並且將流浪漢帶到了馬利克面前。黛西告訴了同事們她看到的未來一幕。林肯滿面是血，菲爾還拿槍對準了她。因為有前車之鑑，黛西説自己想改變未來。她要去救那個流浪漢查爾斯。菲爾卻分析道，黛西身處這些幻像的中心，所以黛西應該留在基地。讓梅代替黛西去救出查爾斯。黛西回憶着幻像中的細節。她描述了那個場景，並且説無論多麼糟糕的事，感覺中這一切今晚就會出現。查爾斯的妻子來到了神盾局，她告訴了黛西，只要接觸了查爾斯的手，就能看到未來必然發生的某個人的死亡。為此，查爾斯才不得不痛苦得拋棄了她和孩子，外出流浪。馬利克帶着新沃德，要收購製作智能假肢的一家公司，因為他們製作了菲爾的假肢。當公司老闆拒絕時，他們讓流浪漢摸了下老闆的手，老闆看到了恐怖血腥的景象，驚恐的他馬上同意出售公司，但還是沒逃脱厄運。梅為了確保完成使命，跟同事們一遍遍按黛西看到的影像演示，以便將來身處其境時，能搶佔先機。菲茲卻擔心着會出現什麼事，讓梅無法前去。因為黛西看到的幻像中，畢竟沒有梅。馬利克穿上了新沃德讓他穿的新式服裝，以獲得異人們擁有的那種力量。他使用了一下，感到滿意，但新沃德讓他親手殺人，並講到自己當時在異星球上，被菲爾扼殺時的情景，他一直保留並拿着當時菲爾留下的那個假肢。神盾局特工們正要出發前往那個幻像地大樓時，安德魯走進了神盾局，他告訴梅鞭笞就要完全控制他了，他要進行最後一次變身，現在來是為了跟梅告別。黛西決定自己去，並且為了不出現那悲劇，讓大家全部留在局裏不要出來。梅陪着安德魯，注射着可能會阻止他繼續變身的疫苗，安德魯説他回到神盾局，也許會對神盾局和梅有幫助，因為他模糊地感覺到自己好像是有着什麼偉大目標。安德魯感覺到即將變身時，衝進了金屬艙，隔着玻璃和梅掌對掌，但轉瞬間，他變成了怪物鞭笞。大家在管理器前看到了新沃德後，不由替黛西即將面對的複雜情況擔憂。幸虧菲爾率人及時趕到相助。黛西趕到樓頂去救查爾斯，馬利克將她擊倒在地，一拳拳痛擊着。林肯被撞得滿臉是血。幻像當中的一切似乎正在一一發生。查爾斯為救黛西，抓住了馬利克的肩膀，馬利克癱到一旁。查爾斯改變了未來，欣慰地死去。

馬利克沒想到沃德通過女兒，召集了九頭蛇的核心成員集會。馬利克見到沃德強顏歡笑，內心的不快被女兒看了出來。女兒問他緣由，馬利克説他的手接觸到異人查爾斯的手時，看到了自己痛苦無比的死亡，而殺他的人，正是新沃德。女兒斯蒂芬妮震驚之外，告訴父親不能這麼束手待斃，應該讓沃德記起來，馬利克是他的恩人無比重要，是他將他帶到了這個星球。當馬利克跟九頭蛇的核心成員們談話時，沃德出現打斷了他，告知大家他就是那個九頭蛇的上帝，現在，他從異星球的流放地回來了。菲爾讓實驗室研究明明被他殺死、現在卻出現了的沃德到底是個什麼玩藝兒。大家基本上已還原了事實，知道這個沃德是被那個異星球生物附體了，並且還擁有着沃德的記憶。大家猜測着它來到這個星球的目的，並且分析到它有可能通過轉基因生物、農藥毀滅全球的食物供應，而且還有準軍事行動參與進來。菲爾跟同事們尋找着對策。菲爾派黛西和林肯，一起前去尋找一個來世的異人詹姆斯，他有潛能，但還沒得到異能。黛西剛邁進他的領地，就踩到了他安放的地雷。黛西使用異能才擺脱危險。最後，林肯帶走了詹姆斯交出來的石頭。馬利克的保安主管吉耶拉身負異能，自從沃德出現後，他就對馬利克陽奉陰違，對沃德唯命是從。他可以控制他視線內的一切東西。菲爾帶人趕去被他們銷燬掉的實驗室查找線索。這時，吉耶拉回來了，菲爾將他引進了事先準備好的圈套，梅正在一間光禿禿的房間裏候着，那裏，吉耶拉的異能將無法發揮，因為無物可以控制。梅打昏了他，將他鎖進了神盾局的密封艙。西蒙斯分析了這個異星球生物，其實是一個保留了他所劫持軀體記憶的寄生蟲，只是一個個犧牲者的宿主。確實，當沃德以馬利克的弟弟納撒的身份，開口對馬利克講話時，馬利克知道，他當年不敢做出犧牲，而讓他的弟弟納撒去了異星球血祭，沃德正在算這筆賬。女兒聽到後驚呆了，因為她一直相信着家族裏這個至高無上的犧牲傳統，而父親只是在説謊是個騙子。沃德留着馬利克還有用，所以，他吻了他的女兒，女兒當場死去。吉耶拉居然用異能逃出了密封艙，菲爾他們在他的異能面前，都喪失了還擊之力，吉耶拉控制了神盾局的飛行器。緊要關頭梅聯繫了黛西，話未説完已被吉耶拉打暈。

面對緊急情況，黛西召集了她一直秘密儲備的戰隊。她和林肯率領喬伊和埃琳娜前往營救神盾局特工們。吉耶拉控制着神盾局的飛行器回到九頭蛇的勢力範圍。梅身負重傷，失血很嚴重。隊員們躲進一個艙裏堅守，外面強敵環伺。這時，黛西她們趕來了，紛紛利用異能戰勝九頭蛇的敵人。林肯還抓到了馬利克。不過，很快被那個眼鏡異能警察盧西奧電暈，幸虧喬伊及時出手才扭轉局面。特工們邊設法搶救着梅，邊盡力阻擋着敵人的進攻。黛西他們除掉了外艙門外的敵人，敲響了艙門。梅不顧重傷，駕駛飛行器返回神盾局。吉耶拉懊悔地向沃德説事情沒有辦好，沃德説飛行器裏已經有他們的人混入了。黛西的戰隊們回憶着今天的勝利。菲爾審訊着馬利克。馬利克告訴了他沃德的真實面目，並提到他殺了自己的女兒。他還提到了菲爾不該對異人們過於信任，因為他曾犯了這樣的錯誤，以前他那些異人部下現在全部效忠於沃德，因為他體內附着“蜂巢”，那個神，那個魔鬼，它能感染他們，為他所用。並告誡菲爾，這次派去營救的異人們，可能已被感染，原來信任的人最好別再信任了。林肯拿着關於未來的水晶球在看，黛西問他在幹什麼，並對他以前瞞着她做的一些事表示不解。埃琳娜和久未見面的邁克愉快地聊着天。盧西奧的屍體讀數有些異常。菲爾心情沉重地走出審訊室，疑慮重重地審視着異人隊員們，並讓邁克封鎖了基地。暗中觀察着誰是那個感染者。馬利克為了復仇，答應了和神盾局合作。西蒙斯解剖盧西奧的大腦時，發現了感染跡象。緊接着，又發現馬利克被殺了。菲爾準備隔離檢查異人隊員時，遇到了反抗。儘管菲爾告訴了他們原因 ，他們還是衝動地聚集一處，並將門鎖熔化堵死。黛西保護理智勸慰着秘密戰隊的隊員們，很快異人們又彼此懷疑。為了不傷害神盾局的人，也不讓異人們受傷，黛西假説帶着他們從秘密電梯離開。邁克搜查隊員物品時，明白了林肯是那個被感染者。這時，黛西他們也過來了。林肯被擊暈隔離，菲爾也告訴黛西，只能先解散她的戰隊了，因為異人們會被感染，也不能接觸沃德。黛西后來卻找到林肯，説要帶他離開，她是那個感染者，現在她覺得無比快樂。林肯拒絕跟她離開。黛西帶走了水晶球並毀掉了神盾局飛行器。

神盾局亂作一團，菲爾的腿部也受了傷。測試結果出來了，黛西是唯一被感染的，其它異人暫時安全。邁克和梅擔心地議論着，基地危險了，黛西隨時可能帶那個掌握了他們情況的蜂巢過來，臨走前黛西還拿走了泰瑞根水晶和克里古人器物。菲爾正在搶修飛行器。他堅信黛西還是他們的一員，她只是被感染暫時成了人質。因為，他始終在心裏將黛西當成女兒看待。黛西告訴新沃德，自己只要跟他呆在一起就很充實，她甚至請林肯也過去。聽到新沃德説，如果大家全都目標一致，就不會有戰爭，這裏會成為異人們幸福的星球時，黛西甚至依偎到了新沃德的肩頭。神盾局的特工們不無苦惱地注意到了黛西跟從新沃德後很快樂。因為新沃德能刺激宿主大腦中的快樂中樞。大家商量着想要尋求除寄生蟲的博士幫助，來救回黛西。菲爾知道新沃德正在組建異人軍隊，怕被蜂巢控制的黛西，會帶着新沃德提前找到會分身的艾麗莎，於是決定先去找她。為了救回黛西，林肯不惜穿上自殺背心，要求和菲爾、梅一起出外勤。這是菲爾為了以免林肯也被沃德控制的險棋。他和菲爾、梅出發了，剛找到艾麗莎，林肯就發現了她的異常，顯然她已經被黛西帶着的沃德先找到，並被感染了。艾麗莎勸誘着林肯不必忠於人類，人類只是低級動物。林肯不為所動，和梅一起除掉了艾麗莎的兩個分身。艾麗莎的本體感應到了，儘管痛苦，她卻還是對着新沃德露出了笑容，並表示她樂意為他做出一切犧牲。黛西又帶着沃德找到了半異人詹姆斯，逼着他交出克里古人器物，詹姆斯不肯，於是黛西逼着他變成了異人，併為沃德感染控制，喪失了自制力的詹姆斯交出了他一直藏着的克里古人器物的剩餘部分，這個器物，是唯一能毀滅新沃德的東西。菲爾派西蒙斯、菲茨、邁克前去找博士。菲茨、西蒙斯進入了博士經常出入的高級會所。正當他們費盡周折見到博士，努力説服博士解救黛西時，新沃德和黛西、艾麗莎、詹姆斯趕到了，他們挾持了博士。黛西還警告菲茨説別再找她了，下次她一定會扭斷他的脖子。而新沃德，以已死在異星球的威爾的語氣説話，撫摸西蒙斯的臉頰，西蒙斯淚流滿面，但依然清醒地知道，他不是他，他只是吞噬了威爾生命，偷了威爾記憶的蜂巢。她出其不意地開了槍，打中了新沃德的腹部，迅速逃離。三人最後總算安全地到了匯合地點。

新沃德對黛西和其它追隨他的異人們，講述了他當年被克里人捕獲後做實驗的經過。新沃德還説，克里人也改造了異人們的祖先。所以，這些人建立了九頭蛇，迎接他的歸來。現在，他要回報這些人的忠誠，在他們身上重現當時克里人的實驗。菲茲研究出了能抗蜂巢毒素的物質，這是能救回黛西的唯一辦法了。可是，克蒙斯又又擔心使用過程中會造成黛西出現其它不好的症狀。林肯聽了，主動要求要自己身上先做實驗。但菲爾得知如此做可能會摧毀被實驗者免疫系統的風險後，命令菲茲另外尋找辦法。他不想失去林肯這個神盾局新加入的特工。林肯見多説無益，為救黛西，他自己注射了抗毒素。菲爾和邁克居然通過神盾局的系統，尋找到了黛西蹤跡。菲爾認為這是陷阱，而邁克卻感情用事地以為也許黛西故意這樣做，好讓昔日的同事前去救她。菲爾儘管一直將黛西視作自己的女兒，但卻認為邁克錯了。有了線索，但不能掉以輕心，如果此次前往，務必將蜂巢一舉消滅。博士為新沃德的設想所吸引，幫他們將泰瑞根水晶用於實驗，將正常人轉化成異人。但教授的實驗失敗了。他對新沃德説如果要成功，他需要一個活着的克里人的基因，新沃德差點殺掉教授，但最後還是放了他一馬。神盾局的特工們全副武裝地出發了，大家下定決心要救回黛西，摧毀蜂巢，尤其邁克，黛西是他的搭檔，而他居然對黛西的變化一無所知，他內心對此感到內疚，一心要彌補。特工們趕到後，梅發現了詹姆斯，她假意套近乎，得知了新沃德抓走博士的真正目的，幫他將普通人改造成異人，然後建立異人軍隊。當得知了新沃德的確切所在地後，梅擊暈了詹姆斯。為了得到活的克里人的血液。新沃德召喚來了克里獵殺者，然後讓黛西去對付他們。艾麗莎很快死於獵殺者之手，這時，黛西出現了，一直躲在暗處觀察的神盾局特工們執行着菲爾的命令，可邁克卻想違令去幫黛西。獵殺者被黛西制服，教授抽到了足夠的血液。這時，邁克出現要救回黛西，而黛西卻將他擊倒在地痛毆。另一個獵殺者最終被新沃德所殺，特工們的武器顯然也傷不了新沃德，神盾局只得火速撤離。新沃德因黛西未能如約扯出邁克的心臟而對她的忠誠表示懷疑。黛西為了證明自己，告知他自己體內就有克里人的血液，有助於實驗。

格倫代表總統來跟菲爾談話。總統希望神盾局能走入公眾視野，這就需要菲爾將神盾局信息透明公開，包括下轄的所有異能人士。這對異能人士來説是很危險的，因為公眾對他們的仇恨不知何時便會點燃，這無異於將他們置於險地。菲爾決定説服他。他這次毫無保留地帶他參觀基地。但當格倫看到鞭笞時，卻突然間憤怒起來。菲爾告訴他，鞭笞的存在是有用的，也許他就是為了殺蜂巢而出現的。菲爾還讓西蒙斯告訴了格倫所有真相。格倫瞭解到了蜂巢正在行動，他已掌握了將人快速轉化成異人的辦法。博士抽取了黛西的血液，用於製造異人。黛西儘管失血過多，但她依然十分樂意，甚至不惜為此獻出生命。這一次，博士沒有讓蜂巢失望，他將人轉化成了異人，但因為某種因素沒有控制好，新轉化的異人極其醜陋，可蜂巢顯然對此很滿意。他告訴博士不必改進，就這樣造出大批量的異人就行。因為異人們顯然只是他利用的工具，他對之毫不在意。黛西不停地攻入神盾局的系統，她想掌握神盾局的每一個動向。林肯一直被關着感到很煩燥，但菲爾擔心他失去黛西后將採取不理智措施，所以暫時不想還他自由。黛西攻入了神盾局系統，通過他房間的屏幕跟他交談。在她的幫助下，林肯逃出了神盾局。正在參觀的格倫得知了這個消息，正在怪罪神盾局的時候，梅揭開了真相。事實上，林肯沒有逃，這只是神盾局安排好的反擊，是鞭笞代替林肯，乘飛行器去了蜂巢所在小鎮。鞭笞果然像是為毀滅蜂巢而存在的，別的異人在蜂巢面前只有乖乖就範的份兒，而鞭笞一出手即致蜂巢重傷。蜂巢倒地無還手之力。新轉化的醜陋異人們襲擊鞭笞，被鞭笞一一干掉。因抽血過多正休息的黛西看到情況，趕去幫蜂巢襲擊鞭笞，只進行了一輪進攻就無力地躺倒在地上。鞭笞顯然記得所有往事，他走過去不但沒有難為黛西，反而幫她恢復了體力重獲自由。他將她抱到飛行器上想帶她離開，這時，詹姆斯突然從背後進攻，火鞭穿透了鞭笞的心臟，鞭笞倒地而亡，沒來得及結果蜂巢。清醒了的黛西打退了詹姆斯的進攻，重新返回了神盾局。所有的老同事們歡迎着她的歸來。

邁克埃琳娜和梅駕駛飛行器趕往太平洋地區美軍發射井，他們想搶在蜂巢趕到之前。因為那兒的導彈發射裝置，很可能被蜂巢用來高空散播病毒，感染正常人轉化成被他控制的異人。但五小時前，發射井的工作基地人員就已經失聯。情況緊急，格倫向國防部高官索要停止發射的代碼，高官不同意，而要因循守舊地按程序來，如果真的那樣做，得耗時兩週。在他們視頻談話時，菲茨根據談話內容，將代碼存放地址通知了菲爾，並假扮高官通知下屬將代碼交給菲爾。邁克他們已在發射井降落，他們抱着不成功便成仁的決心。千鈞一髮之際，發射被及時中止。憤怒的蜂巢知道又是神盾局作梗，他一面讓博士想辦法解決發射問題，一面決定報復神盾局。林肯以身犯險，將蜂巢引到邁克所在的地方。邁克安裝了專門對付蜂巢的裝置。他們想用這裝置燒壞蜂巢的大腦。趁蜂巢陷入混亂之時，他們趕去解救人質。博士也趁機脱困。甚至在蜂巢追出來的時候，他們還將蜂巢困在玻璃艙內凝膠塊中帶回了神盾局。格倫對此十分滿意，感到事情有了巨大進展。但裝滿感染人類病原體的彈頭被蜂巢藏起來還沒找到。回來的黛西儘管提供了大量情報，對神盾局抓捕蜂巢十分有幫助，但她陷入對往事的自責和擺脱蜂巢的不適矛盾中，難以理性。邁克寬恕原諒讓她感動。她及時控制了心中陰暗面的擴展。菲茨被原始異人襲擊，幸虧西蒙斯及時打開門才得以逃脱。但那些原始異人將蜂巢救了出來。蜂巢從黛西那兒瞭解到了神盾局的一切，他很快發現，通過和風也照樣能起到散播病毒的目的。這時，黛西來到他面前，慢慢跪下，求他再次接納她。

黛西跪求蜂巢重新接納自己，蜂巢先是狐疑但很快同意。他將手放到黛西臉頰，但馬上又抽回了手。因為他發現黛西有了免疫力。黛西趁其不備，對他發動了攻擊，但最終被營救蜂巢的詹姆斯等人擒獲並帶走。留在神盾局的原始異人們繼續對神盾局的人進行攻擊，埃琳娜為了保護邁克中彈倒下了。這些異人們唯一的缺陷是視力差，聰明的西蒙斯發現這點後，調高了温度，這些異人們於是變成了睜眼瞎。梅和菲茨進了和風，菲茨機智地擊斃了吉耶拉，並救出了黛西。蜂巢讓詹姆斯找到他們。菲爾也駕機追了過來，為了避免更多特工們受傷，他留下了邁克他們，獨身前去配合梅和菲茨。但隊員們顯然不甘自己怕局長如此受傷，最終他們設下了更好的計謀。當菲爾出現在蜂巢面前時，蜂巢從新沃德的樣子變回本相，因為他迫不及待地想佔有菲爾的身體和記憶，從而以菲爾的面目出現，號令神盾局。誰知這一切早在預料中，他面前的菲爾只是個全息影像，用來分散他注意力的。神盾局的人已經登艙並和梅黛西他們會合了。黛西明瞭了自己的命運， 她決定將裝有彈頭的部分帶入太空，然後引爆拯救地球上的人們。林肯發現了她的決定，利用手動裝置，率先升入太空，選擇了自我犧牲替黛西完成使命。黛西心痛欲碎，她覺得他是在為她曾犯下的錯付出代價，菲爾安慰她説，是為所有人的錯。太空中，林肯在為自己能同時拯救世界和自已所愛的女人而欣慰。林肯與蜂巢一同在太空中爆炸了。神盾局的特工們全都垂下了頭。悲哀在所有人心中漫延。六個月後，邁克和菲爾按命令等待抓捕黛西，神盾局的人就要被分流了，兩人對自己將來會被安排到什麼地方也並不清晰。黛西不斷地利用自己的異能在銀行做案。她用這筆錢幫助了能預示未來的死去的異人的妻女，在菲爾和邁克抓到她之前，成功逃脱。