洛克人exe

泡泡人無意間撿到了一個小嬰兒網路領航員,大家都不知道該怎麼處理,這時發生幾起奇怪的破壞事件,原來是電腦獸造成的,雖然熱鬥等人前往對付，卻完全無招架之力,這時抱著小嬰兒的洛克人突然獸化,發揮出驚人的力量…

泡泡人撿到的嬰兒網路領航員能讓洛克人獸化,當光博士還在研究這件事時，獸裔兵又出現了，而且分成兩派戰鬥著,還與前往處理的洛克人等人發生戰鬥,雖然好不容易打敗了獸化後的獸裔兵，卻還是完全不知道他們的目的…

科學省來了一名訪客-蒼木真琴，她自稱是名人的女朋友，原來真琴正在研究讓網路領航員實體化的另一種方法--複製實體，這個研究招來了獸裔兵的覬覦，利用真琴急著完成研究的心理，偷偷協助她，沒想到完成的複製實體竟然被獸裔兵奪走用來破壞現實世界…。

日暮和舟子意外目擊到了幽靈船，熱鬥等人在真邊的要求下前往探查幽靈船的真相，果不其然是獸裔兵搞的鬼，原來是庫雷卡派的獸裔烈焰人修復了當地的沉沒戰艦，為的是要摧毀鬼火島上法爾沙獸裔兵的複製實體工廠，還打算趁機大肆破壞熱鬥等人待的彼方世界。

伊朵再度轉入了秋原國小，讓熱鬥等人非常開心。伊朵為了展示卡布岡公司實驗中的巨大影像裝置，而找了熱鬥他們到公司開發部門。但是，未完成的裝置卻突然失控，熱鬥讓洛克人進入打算停下裝置。就在洛克人等人破壞了卡布岡公司的保全系統，往裝置核心前進的時候，卻發生了以卡布岡公司為中心的大範圍的不明大規模停電。

泡泡人出現在洛克人等人面前。眾人詢問他是在哪裏找到托里爾之後，泡泡人説出是在亞美羅巴軍隊的老舊軍事設施伺服器世界裏。為了調查，炎山前往亞美羅巴，在應該無人的基地遇見一名少女。另一方面日本的伺服器世界發生了領航員大量失蹤事件。熱鬥和洛克人查出事件元兇是獸裔兵法老人。而獸裔法老人卻將抓來的領航員改造成自己的手下攻擊洛克人。

獸化之後的洛克人在打倒獸裔兵之後依然沒恢復原狀，持續破壞網路城市。連熱鬥拼命的呼喚也無效，讓熱鬥等人非常錯愕。蘿露和葛萊德想用麻痹攻擊制止獸化洛克人的行動也失敗了，獸化洛克人躲進伺服器世界的深處，就此失去蹤影。神秘的少女出現在情緒低落的熱鬥面前，打探托里爾的消息。

神秘的少女轉學到熱斗的班上，很快成為男生的焦點。熱鬥對於少女一直打探托里爾和洛克人的關係感到困惑。另一方面，數字人在網路城市裏遇到跟自己一模一樣的網路領航員。另一位數字人知道水人等人要去見洛克人，就和真正的數字人調包，打算接近洛克人。看到兩位宛如雙胞胎般的數字人在戰鬥讓蘿露等人很驚訝…。

冰凍人發現受傷的獸裔冷凍人誤闖伺服器世界的秘密基地。獸裔冷凍人想要擺脱冰凍人，可是冰凍人因為擔心所以看顧著獸裔冷凍人。這個時候，連續發生了冰系的領航員被不明人士襲擊的事件。進行調查的熱鬥和洛克人推測應該是和獸裔兵有關。接著又收到小透的聯絡表示冰凍人下落不明。

祐一朗和名人接下深海調查艇上的工作，熱鬥和美露也跟著來到海邊。但是法爾沙的獸裔閘門人想抓走托里爾早已潛伏在船上的伺服器世界。而有相同目的的庫雷卡的急速人也藉由複製實體實體化，直接攻擊船隻。熱鬥趕忙用雙向融合應戰。不料獸裔閘門人奪下了深海調查艇的系統，要求用托里爾交換艇內的祐一朗和美露的性命。

再度獸化而失控的洛克人在深海艇的系統內追逐獸裔閘門人並且造成破壞。熱鬥等人束手無策。這時候為了解救獸裔閘門人，新的獸裔兵-燕子人出現了。燕子人注意到獸化洛克人旁的少女領航員很可疑。於是獸裔燕子人實體化，攻擊那名領航員的使用者-艾莉絲。熱鬥跟艾莉絲一起躲進了船內。在混亂的情況中，無法控制的深海艇裏面有祐一郎和美露在等待救援。

托里爾由網路警察保護著，法爾沙和庫雷卡兩方陣營得到這項情報之後，為了爭奪托里爾，不斷派出獸裔兵到網路警察的伺服器世界裏。在網路警察待命的炎山，迪卡歐，丁戈，美露，再加上雷火，合力將敵人擊退了。網路警察原本的目的是要抓住在搜尋托里爾的神秘少女領航員以及艾莉絲。如預期地，少女領航員進入網路警察的伺服器世界裏，卻因為庫雷卡和法爾沙的戰鬥而下落不明。

法爾沙軍和庫雷卡軍找到托里爾所在位置之後，與獸化病毒大軍一起發動攻擊。洛克人等人為了守護托里爾挺身而戰。照著祐一朗的作戰計劃成功的將雙方人馬封閉在伺服器世界的一角，不料庫雷卡軍的獸裔黑暗人卻成功脱逃並且接近托里爾。在獸裔黑暗人壓倒性的強力攻擊之下，洛克人他們陷入了危機，幸虧有艾莉絲的領航員的幫助而化解了危機。之後艾莉絲開始説出關於彼方世界以及托里爾的事情。

熱鬥等人被連接彼方世界的次元裂縫吸進去了。彼方世界，那是一個現實空間與電腦空間交錯的神奇世界。拯救遭到實體化病毒攻擊的熱斗的竟然是巴雷爾上校。熱鬥很高興見到了熟人，巴雷爾卻像是第一次見到熱鬥似的。與巴雷爾並肩戰鬥的卡尼爾也不同於以往認識的卡尼爾，洛克人為他的冷酷感到不解。這個時候獸裔眼鏡蛇人為了抓走托里爾襲擊而來。

炎山和美露與熱鬥等人失散，來到廢墟般的彼方世界。兩人遇到在荒野奔馳的貨物列車，認識了列車司機-鐵國男以及他的領航員-衝鋒人。炎山一行人搭著國男的列車來到某城鎮。那是一個鐵路網絡極度發達，風格回異的城鎮。在那裏出現了庫雷卡軍的獸裔廢鐵人。吞噬鐵軌的獸裔廢鐵人和獸化病毒一起想要攻陷城鎮。炎山讓布魯斯實體化，打算制止獸裔廢鐵人…。

熱鬥和眾人失散的情況下，來到了一處小漁村。熱鬥與洛克人恰巧在那裏救了一名受到獸化病毒襲擊的少年-小次郎。村子裏一名很會作菜的女性-香菜，她為了答謝熱鬥救了小次郎，而準備了一桌好菜請熱鬥吃。雖然香菜個性活潑，其實有一段痛苦的過去。香菜過去擔任廚師的豪華客船受到獸裔兵的攻擊而沈沒，存活下來的只有香菜一個人。香菜和領航員-利爪人一直在等待向獸裔兵報仇的機會。

雷火和丁戈為了尋找熱鬥等人迷失在彼方世界的山中，此時出現了一位仙人風骨般的老人。相信他可以聽到風聲進而得知熱斗的所在地的雷火等人卻被他帶到温泉街-亞米伊達。老人家沒錢卻在餐廳大吃大喝，大泡温泉，讓遭到牽連的丁戈和雷火叫苦連連。這時候，在温泉街亞米伊達當老大的維納斯和影像人這對搭檔來了。雷火和丁戈派出偵察人和戰斧人擊退了讓鎮上居民困擾不已的影像人…。

炎山和美露為了尋找熱鬥等人來到某個鎮上，遇見了挖洞專家土太郎和回收業者培利斯。這時候有位像似有錢人的女性-米莉歐妮雅來訪。米莉歐妮雅是因為看上能夠挖掘堅硬巖盤的土太郎等人的技術，要委託他挖出藏在巖山深處的寶藏。兩個人很高興的接受了委託，但是炎山卻對米莉歐妮雅的言行感到可疑而開始調查。另一方面，美露為了協助土太郎等人而跟著來到了現場。

熱鬥和雷火、丁戈在香菜的村子裏重逢。丁戈為了尋找咖哩的材料到山裏去，卻在湖邊被潛水艇外形的領航員-潛水人搶走了他抓到的獵物。丁戈追著潛水人潛入了湖裏的城堡，得知城堡主人黑鬚和綺蘿路與獸裔兵聯手，靠著控制湖水而支配附近的村子。甚至還得知艾莉絲被關在城堡裏。綺蘿路追上救出艾莉絲的丁戈和戰斧人，並且派出領航員-馬戲人對付他們。

熱鬥等人遵照艾莉絲要求，離開了香菜的村子要前往異次元空間研究所。途中，PET收到來自祐一朗的通訊卻馬上就斷了。在現實世界裏，獸裔兵發動攻擊，網路警察疲於應付。而在彼方世界裏，庫雷卡軍的獸裔武士人為了搶走托里爾，帶著大軍攻擊熱鬥等人。熱鬥一行人分別讓各自的領航員實體化應戰，卻寡不敵眾陷入苦戰。這時候，艾莉絲受到攻擊倒下了。

獸裔烏雲人率領的法爾沙軍隊對異次元空間研究所發動總攻擊。洛克人，蘿露，戰斧人立即實體化應戰。炎山和雷火啓動研究所的防衞系統想阻止法魯札軍隊的前進。但是卻被法魯札闖入，破壞了研究所。為了和法爾沙交戰，洛克人獸化了。

熱鬥等人前往威利研究所，卻遭到法爾沙軍的獸裔剪刀人攻擊。洛克人等人準備應戰，這時候殺手人和他的使用者-達克.基剎奇出現，刪除了獸裔剪刀人。根據基剎奇的説法，前方有法爾沙軍建構的要塞，如果不摧毀那裏就無法前進。基剎奇為了完成任務要單獨前往，熱鬥自願助他一臂之力。這時候獸裔剪刀人的弟弟們為了向基剎奇和殺手人報仇，開始實行作戰計劃。

被獸化因子入侵的卡尼爾現在成了庫雷卡的戰士，立下不少戰功。熱鬥等人為了到威利研究所，途經已成廢墟的都市時遇到獸裔卡尼爾。獸裔卡尼爾為了奪取同步化抗體不斷的向托里爾逼近。洛克人等人只好應戰。甚至庫雷卡也現身阻擋在洛克人等人面前。這時候，祐一朗為了對抗向現實世界進攻的庫雷卡，法爾沙兩陣營的獸裔兵，召集了雙向融合人員。

在庫雷卡與法爾沙鷸蚌相爭之中，威利的手下黑鬚和綺蘿路捉走了托里爾。洛克人等人的實體化也到了極限，熱鬥等人山窮水盡。熱鬥和炎山，雷火，不顧危險進行雙向融合應戰，卻在雙方陣營的猛攻之下倒下了。然後現實世界開始出現次元裂縫。彼方世界的威利博士利用托里爾開始進行某項計劃。

庫雷卡和法爾沙的對決分出高下的那一刻，威利發動了同步化抗體的力量。結果誕生的是庫雷卡和法爾沙合體之後的-超電腦獸。超電腦獸以壓倒性力量開始破壞彼方世界。熱鬥等人束手無策。另一方面，在現實世界裏，查理一行人聚集在持續擴大的次元裂縫前。祐一朗和熱鬥通訊瞭解狀況之後，想到了消滅獸化因子的方法，但是這方法還是需要托里爾的力量。不過托里爾的身體卻開始資料分解了。