進化戰記

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蒼斧螢汰的班上來一名轉校生少女，竟然是自己的童年玩伴彩火乃紀。剛開業的地下游樂場“Bottom the World”發生了職工大量死亡事件，死亡人數達一百多。前來調查的阿嘉松滋、都古麻御確信是阿爾加農現象，於是把火乃紀叫來。放學回家的螢汰意外地來到“Bottom the World”並迷路。被失控的設施機械追趕的螢汰遇上坐在奇怪束縛椅的不可思議少女紗孔羅。紗孔羅作出“已經死了許多人”警告，螢汰先行離開，慌不擇路的逃跑中又遇上駕駛着覺醒人1號的火乃紀。被失控機械追趕的螢汰躲進了駕駛艙，而且意外地是一名合適的駕駛員。在火乃紀的指示下，螢汰作出各種聲音命令，讓覺醒人1號變成AV模式，使出突觸彈擊將失控的機器人擊倒。覺醒人1號的Linker Gel（能源）也耗盡了，另一個失控巨大機械卻緊接出現。就在這危機時刻，一名戴墨鏡的神秘男子出現在他們面前。他啃食一種未知的果實後身體產生驚人的變化，看到這一幕的麻御小姐驚訝的喊出他的名字——“Betterman”！

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巨大怪物化的Betterman與機械玩偶間的戰鬥將覺醒人1號壓在瓦礫下，被救出的螢汰等人在事後見到的是像化石般的Betterman殘骸，私下展開調查的麻御小姐發現Betterman殘骸的構成部分與人類的肝細胞十分相似，而她成為Mode Warp的調查員似乎有着很深的個人問題。因為作為Head Diver的卡塔斯死去，需要補充人員，螢汰被帶到阿嘉松工業。螢汰見到諸多新奇事物而興奮不已，很快與性格古怪的阿嘉松社長成為了好朋友。從阿嘉松工業成員的口中螢汰瞭解到覺醒人1號和Dual Kind的相關，同時也被告知地下游樂場悲劇的真相——阿爾加農（Algernon）。從覺醒人1號的錄像中大家發現Betterman擁有超乎想象的戰鬥能力，自由地操作電磁波和超聲波，甚至通過分析對方的構造然後發出了超高週波的超聲波將接卸玩偶共振破壞成為齏粉，戰鬥結束後Betterman化為遺留在現場的化石，Betterman變回人形的外貌讓火乃紀想起了過失的兄長真理緒......

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為了檢查螢汰是否具有作為Head Diver的Dual Kind適用性，在麻御小姐的帶領下螢汰與火乃紀一起乘上C-21運送機，從海上機場·螢魷出發飛向Mode Warp總部。火乃紀去上洗手間期間，運送機的照明設備突然關閉，想去問明情況的螢汰和麻御卻發現乘務員被換成了替身人偶。機內迴響了“去死吧”毛骨悚然的聲音，機內的大量人偶開始破壞活動。螢汰注意到聲音是從木箱中的揚聲器傳説來的，這絕非超自然現象而是人為所做。麻御分析，人類害怕黑暗是因為想象力，想象着在黑暗中看不到的東西而感到恐懼，這個裝置刺激人類的想象力使其不能冷靜。被帶着兇器的人偶們追逐的螢汰和麻御跟火乃紀匯合，隨即被逼得走投無路。這時，涅普拉形態的拉米亞以生物不可能達到的飛行速度與高度趕來救援，人偶在他們眼前被粉碎聲波化為齏粉，連墜落的飛機也在涅普拉的Pectusfores・Viride（操控電氣能力）下獲得拯救，在太陽從海面升起的那一刻這恐怖的一夜終於過去了......

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在Mode Warp總部經檢查確認，螢汰具有出色的Duel Kind。一邊進行着Head Diver的訓練，螢汰一邊過着普通的學生生活，但在學校火乃紀對他依然冷漠，她解釋道他們倆的工作必須要保密，剛轉校就顯得熟悉會不太自然。放學後獨自一人留在校園裏的火乃紀遭到一名拖着火焰放射器、戴着焊接面具的男子的襲擊，逃進地下室的火乃紀被拉米亞救下，面具男子卻在他眼前引爆了煤氣瓶。感覺發生意外的螢汰返回學校，並碰上了奇怪的發光幻象。會合的兩人被不知何人控制着的、放射着火焰的產業廢棄物處理用機器人所包圍。紗孔羅的感知能力讓阿嘉松工業的眾人及時送來了覺醒人1號。跟火乃紀一起乘坐上覺醒人1號的螢汰，展示出驚人的駕駛技術，將襲來的機器人一一打倒。戰鬥結束後，螢汰對火乃紀説，不隱瞞他們是童年玩伴一事也不要緊，火乃紀坦率地點了點頭。然後，在煤氣爆炸中活下來的拉米亞，在暗處注視着螢汰展示的能力……

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八七木翔和紅楓從Mode Warp法國支部調回到日本，Bottom the World的調查重新開始。螢汰與楓搭檔乘搭覺醒人1號潛入地下。據麻御報告，上次在學校襲擊螢汰和火乃紀的工業機器人，控制它們的電腦的電纜竟然延伸到Bottom the World，。但是調查中的覺醒人1號因為腳下坍塌而掉落更深層的地下。翔和火乃紀乘上Neuronoids“暴君號”去搜索覺醒人1號，途遭到不明機器的攻擊，多謝紗孔羅的提示，翔成功地克服危機。這時暴君號發生異常，跟阿嘉松等人失去通信。翔感覺到幕後黑手是己方成員。來到地底深處的暴君機卻突然遭到覺醒人1號。覺醒人1號被不明人士控制着，螢汰與楓都無能為力。被逼入絕境的翔使出了突觸彈擊，覺醒人1號也使出突觸彈擊迎戰。連接膠一下子濁化的覺醒人1號停止了機能，這才是翔的目的。感覺失敗了的幕後黑手引爆了地下洞穴， 但這瞬間強烈的感情被紗孔羅的臨界頻道捕獲。那個幕後黑手就是阿嘉松工業的社員平地一穗，他正被拉米亞用Pectusfores・Flarum所制服。

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L.T.P.解析裝置得到的數據表明，所有事件的幕後黑手正是感染Algernon的平地一穗，而且死去的卡塔斯和Bottom the World的員工們也參於其中。聽到這難以相信的事實，阿嘉松社長的內心強烈地動搖。幾天後，阿嘉松等人來到印度，為了對四年前一切事件開始的根源地——阿旃陀石窟進行再度調查。應在現場等待的ModeWarp研究員全部失蹤了，為了尋找調查隊，螢汰等人進入石窟。洞窟內傳出令人毛骨悚然聲音，除螢汰外，大家看到了自己不願面對的幻象。被悲傷的幻覺糾纏的楓的超能力失控，導致石窟地面坍塌。掉落地底的螢汰見到了神秘的少女，她用臨界頻道傳達“這裏很危險”的話後就離開了。緊接着，一隻巨大的黃色象頭怪物貝希摩特（ベヘモット/Behemot）出現了。為救下螢汰和火乃紀，拉米亞變身為涅普拉。涅普拉被貝希摩特強大的力量所壓制，且其絕招的音波攻擊竟然被對方用耳朵產生的障壁所抵禦。涅普拉在貝希摩特的重拳下被撕下頭顱，Betterman戰敗了......

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貝希摩特跟Betterman戰鬥過後離開了，昏迷的螢汰和火乃紀也逐漸轉醒。這個石窟是僧侶們的修行場，火乃紀説這是一個讓人容易看到幻覺的地方，她的父母和哥哥就是四年前在這裏失蹤的調查隊的成員。二人在洞窟深處遇上恢復意識的翔等人，麻御猜測是貝希摩斯的聲音令大家產生幻覺。前行的眾人遭到不明生物的追趕，因為摔跤而落後螢汰，救了他的是一名穿着蜥蜴鎧甲的神秘少女。後來螢汰從印度居民口中得知那女孩是住在森林中的殺繆女神昌迪。不久，大家發現了從地下掉下的裝載車，這時貝希摩特卻出現在他們面前。攤在花叢中的拉米亞在賽美的引導下在附近找到Forteの實，為拯救螢汰等人再次出現的拉米亞吃下Forteの實變身成新的戰鬥形態·弗爾特。擁有強大力量的弗爾特完全無視貝希摩特發出的攻擊給予它致命的打擊，最後更是使用Psychic Glory攻擊貝希摩特的物質崩壞點令其產生物質崩壞而毀滅，而螢汰等人則趁着兩者互相戰鬥的空擋乘上Neuronoids，使用突觸彈擊成功逃出生天......

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從印度回到日本的紗孔羅在清醒後失去lipid channel能力，為治療紗孔羅和平地而將他們送到最新型的醫院中。但特地前往印度的Algernon調查卻是完全徒勞無功，唯一的收穫就是Animusの花與Betterman的新戰鬥形態，而阿旃陀石窟的崩毀令調查變得困難。螢汰獨自一人來到醫院探望因為寂寞而變得陰沉的紗孔羅，兩人獨處時紗孔羅表現出與以往不同的積極。紗孔羅被帶去做檢查期間，走錯房間的螢汰看到一個詭異的房間並被擁有特長指甲的護士襲擊。救下他的正是曾在印度見到的少女昌迪。察覺沙孔羅有危險的螢汰趕緊趕去，可怕的女醫生手中救出了紗孔羅，被螢汰救下的紗孔羅向他道歉和致謝。然後，二人發現了一個充滿毒液的游泳池，泡在上面的膠囊收容着醫院的患者。捉住火乃紀的護士們在螢汰和紗孔羅面前喚出植物怪物“沙拉曼達”，昏迷中的紗孔羅不斷祈求力量的願望取回lipid channel，感應到危機的拉米亞以涅普拉的形態出現在醫院內，用粉碎聲波破壞了敵人，並使用自身的特殊能力Pectusfores・Album治療中毒的螢汰等人。

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Betterman頻繁出現在螢汰等人面前引起麻御小姐等人的注意，然而當翔駕駛暴君號來到Rand治療中心時無論醫生護士還是病患都全部地不見了，真實被掩蓋在黑暗中......翔與麻御小姐聯絡後失去了行蹤，剩餘的眾人則需要調查因為不明原因而失去聯絡的運輸貨船“轟雷丸（イカヅチ丸）”，乘坐ポンポン丸出航。與楓組成搭檔的火乃紀乘坐暴君號進入轟雷丸內部進行調查，在船內深處她們發現了像蜂巢般被堆積起來的人類膠囊，這時轟雷丸突然發生異變被垂直拖到海中，為拯救她們螢汰與紗孔羅組成拍檔進入海中，好不容易打敗眼前的怪物卻又立即出現更多怪物。感應到螢汰等人危機的拉米亞吃下Aquaの實變形成為Betterman亞裘亞，這個怪物“利維坦”的真面目是由數十種海洋生物共生變異而成的巨大怪物，吸收其體液的亞裘亞使用了必殺技Psychic·Fuild令其細胞完全死亡，最終成為屍體的利維坦浮出海面看上去就像一座海中孤島......

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阿嘉松工業的社員山和律子在港灣邊聊天時遇上了奇怪的老人，他贈予律子一個發出香氣的木製鈴鐺。為調查覺醒人的海中行動模式螢汰等人被迫在工廠過夜，而發生事件的轟雷丸上的人類膠囊全部都被不知名的生物帶走，真相再一次被淹沒在黑暗中。為配合Mode Warp的調查，深夜還留在赤松工業的螢汰等人，吃夜宵時遇上未知的停電，但隨之而來的是數之不盡的粉色蟲子，而且Mode Warp的工作人員全被蟲子吃掉。逃跑的阿嘉松先生髮現律子持有的鈴鐺擁有迫退蟲子的氣味而展開逃跑行動，逃跑中螢汰再次被昌迪所救，但也因此與火乃紀和律子分開，感覺到自身無力的螢汰陷入了絕望中。被螢汰責罵太過自私的阿嘉松先生卻在這時鼓勵螢汰，無論發生什麼事情都要生存下去，並決定利用自己過去製作的產品“心愛的小香17歲”大量製造能夠驅趕蟲子的氣味。趕到紗孔羅身邊的拉米亞並沒有出手援助螢汰等人，因為螢汰和阿嘉松先生靠着自己的努力拯救了大家......

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經歷了前次的蟲子襲擊事件後火乃紀和律子的心靈都變得疲憊不堪，火乃紀不想再當Head Diver，螢汰在火乃紀的勸説下也決定放棄擔任Head Driver，而為不再讓螢汰等人遇上危險阿嘉松決定向Mode Warp申請新的Head Driver。因為不明原因城市大霧包圍，如同這種情景般，人們的內心被各種的感想所包圍而變得迷惑......已經察覺到UMA正體的麻御小姐決定前往北海道生命工學食料研究所BPL，在那裏有她的導師梅崎博士。在他的工廠中麻御小姐見到大量在外界不可能見到的食用植物和對動植物的培育方式，但更讓人吃驚（反胃）的是他的次世代蛋白質攝取的主題——蟲子......梅崎博士不知為何瞭解到Betterman的事件，在麻御小姐講述她的調查結果時梅崎博士卻在她面前展示更驚人的事物——大量Animusの花和果實，隨後麻御小姐在聞到一陣香味後變得失神而如飢似渴般大口大口地吃起工廠內的噁心蟲子，而這時在紗孔羅的能力預知下螢汰等人感覺到不妙的事情正要發生......

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為拯救失去聯絡的麻御小姐，螢汰等人與Mode Warp派遣的特殊戰鬥隊員一起前往北海道，但在高空中特殊部隊運輸機卻遭到大量飛蟲組成的“龍”襲擊墜毀，螢汰乘坐的運輸機雖然在覺醒人1號的活躍下避免被擊墜，失去駕駛員的運輸機在翔的控制下勉強降落到地上。種種可怕的事件讓火乃紀變得自暴自棄，而且Neuronoid也無法與擁有驚人戰鬥能力的蟲子相抗衡，找回自我的麻御小姐看到眼前見到的影像瞭解到事情正如自己所想的那樣——梅崎博士的思想發生了變化——製造出大量UMA怪物，他自身也在用蟲子控制着周圍的人類，而大量蟲子融合成3種怪物向火乃紀等人襲來。吃下最後僅存的Nebulaの實的拉米亞變身為涅普拉出現在地面上與蟲子們交戰，麻御小姐在被蟲子們控制前被翔救下。然而蟲子卻與涅普拉戰鬥得不相上下，被蟲子打飛掉進研究所的螢汰見到的是數十隻在阿加高石窟見到的怪物——貝希摩特的幼體......

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心情低落的火乃紀在螢汰的刺激下暫時振作起來，將整個湖水化為酸性物質的螢汰一口氣將糾纏自己的蟲子完全消滅；另一方面翔也製造出大量液態氦將與自己交戰的蟲子做成冰雕；而涅普拉使出自己全力的一擊犧牲自己的身體消滅了第3只蟲子。戰鬥就此告一段落大家建議趕快逃離這裏，但看到剛才那恐怖一幕的螢汰卻決定要消滅這個研究所。進入研究所的眾人見到一片以人類為養分培育的Animusの花田，事到如今火乃紀不得不接受自己家人已經過世的事實，隨後聞到一陣花蜜香味的眾人失去理智狂笑起來。一邊狂笑螢汰等人來到研究所最深處，剛經歷過戰鬥的拉米亞也在梅崎的設計下失去戰鬥能力，眼看自己就能夠解析Betterman一切的梅崎，卻發現有不明正體的發光體正朝他接近，她擁有不可思議的力量將自己的蟲子打敗——她正是拉米亞的同伴賽美變身而成的戰鬥形態Betterman。

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流明擁有的特殊能力讓沒有防備的梅崎吃了大虧，多納帕蕾的消滅令腦內分泌過多的螢汰等人意識逐漸恢復正常，決定展開調查的翔駕駛暴君號向上方進發卻遭到了不明生物的襲擊，而在原地待機的螢汰見到了他曾經見過的大蜥蜴——普利多。襲擊翔等人的是擁有紅色皮膚的貝希摩特之王，馬上變得沮喪的火乃紀在螢汰的鼓勵下逃跑，跟着普利多他們見到了香緹和梅崎博士，面對梅崎的主張螢汰等人完全不能苟同，就在貝希摩特之王向火乃紀襲來時流明突破層層障礙救下了她，而火乃紀發現流明的外貌和自己的母親驚人地相像......被釋放的香緹在大家面前殺死了梅崎，從他屍體上拿到Forteの實的拉米亞變身成弗爾特擊敗貝希摩特之王，戰鬥結束的弗爾特用飽含奇特感情的眼神望了火乃紀一眼後離去，漫長的夜晚終於結束，大家終於迎來了明日的拂曉......

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楓做了噩夢醒來，而翔也感覺到有不好的預感在當晚失蹤。另一方面螢汰和火乃紀前往江島約會——這是他們在北海道時作下的約定。大家開始回顧至今為止與Algernon有關的事件，一切的起源都是四年前的阿加高石窟地下遺蹟探險開始的......該行動唯一的成果Animusの花被梅崎博士帶走，隨後發生了被大家稱之為Algernon不明死亡事件，然而已經感染Algernon的梅崎利用Animusの花製造出D-typeHunter和無數UMA進行自己荒誕的計劃。而Betterman因為不明原因一直跟隨在火乃紀身邊的理由則尚且不明。因為與螢汰一起回到自己家中的火乃紀心情逐漸變得開朗，但他們遇到了曾經出現在律子面前的老人。在暴雨中Somnium的菩提樹奉長老的命令前來帶拉米亞回去，兩者無法調和之後分別吃下自己擁有的Animusの實開始戰鬥......

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再次出現的翔搶走了暴君號，而在前往自己的目的地之前他翔遇上了前來尋找他的楓。根據紗孔羅的預言，大家猜測翔的目標就是上個月失蹤的3台暴君號原型機，它們因為不明原因啓動後在地底停車場襲擊了翔和楓，看到它們的瞬間翔明白了一切。單憑戰鬥力3台原型機甚至擁有超越暴君號的戰鬥性能，但憑藉自己的Duel Kind鼓舞自己翔打敗了Premier和Trois，最後令Trois停止行動後翔走出駕駛艙迫切想要見到自己的弟弟，然而在駕駛艙中的是存放者啓仍在維持生命活動的大腦皮層的膠囊，在翔的懷裏啓的生命安然逝去......神秘老人在螢汰面前作出了奇怪的預言後設下結界困住他們，隨後他使出奇妙的力量將遠程操縱Neuropathy的神秘集團擊倒。而拉米亞和菩提樹的戰鬥也告一段落，戰鬥能力遠遜對方的拉米亞使出同歸於盡的戰鬥方式將總算將菩提樹擊退。

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做了噩夢醒來的阿嘉鬆開始聽取上次與三台暴君號原型機的戰鬥報告，從麻御口中他得知無人控制遭到廢棄的原型機們的智能系統均採用了因為意外身亡，但是仍擁有生命活動的人類大腦皮層，甚至連覺醒人和暴君號[4號機]都採用了動物的活體大腦皮層作為部件......打從一早開始螢汰、火乃紀......相關成員都遇到了讓自己感覺到是噩夢的現實，而菩提樹在找到拉米亞後與曾經和拉米亞戰鬥的UMA們展開了激烈的戰鬥，楓在夢中再次感覺到自身的孤獨，在不斷追尋同伴的途中她見到本已死去的同伴卡塔斯......然而在幕後黑手面前尊者約舒再次出現，並根據“圓”的指示用自己的力量打倒了施術者。為此醒來的眾人對那如同真實的夢境感到一陣惡寒，而菩提樹也終於意識到現在並不是互相戰鬥的時候了，他們的使命是打倒造成這一切異常的“元兇之力”，這也是隻有他們才能辦到的使命......

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麻御小姐經調查發現造成這一系列事件的正是瑩太在江島買回的鳥居護身符，連同暴君號的襲擊事件，再加上發現曾經的Head Driver卡塔斯的屍體上也和梅崎博士的屍體一樣長出了Forteの實...... 聯繫一直以來Forteの實出現的共同點，麻御想起他們曾經進行過的實驗計劃“Diveinspection”。在野營時瑩太收到楓發來的求救信號，趕往醫療研究所的瑩太等人見到的是神情變得奇怪的紗孔羅，隨後他們被變得形同殭屍的阿嘉松等人襲擊，在千鈞一髮之際救下他們的是曾經幫助過他們的尊者約舒，隨後瑩太和火乃紀救出了被困在冰室中維持清醒的楓和翔。故意做戲引出幕後黑手的翔憑藉自己的Dual implses試圖找出敵人的真面目卻在最後功敗垂成，逃跑的社員在拉米亞的追擊下無路可走投入焚化池中自盡。獲得Forteの實的菩提樹打算將其帶給帕奇拉長老，卻感覺到一種異樣的氣息——那是他正在追擊的“元兇之力”坎可魯的氣息。

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敵人的目的很明顯是針對楓而來，現場還留下了Betterman與未知的存在戰鬥的痕跡，所幸大家都沒有感染Algernon，麻御小姐發現所有線索都指向曾經一起共事的同伴創作的組織“超人聯盟”。在前往機場的途中，麻御等人再次受到鳥居的影響看到深埋在自己內心的另一個自己。在學校中逐漸成為話題人物的火乃紀逐漸融入校園的日常生活，整備完班級工作的瑩太卻發現自己被困在鏡屋裏，最後好不容易找到對方的瑩太和火乃紀擁抱在一起，這時拿着相機拍下這一幕的同學們出現在他們眼前——原來這一切都是大家為兩人設下的陷阱......在幻覺中阿嘉松等人很快戰勝自己，接受了自己不願面對的部份，而拉米亞也與自己的鏡像達成共識和解，最後大家在Somnium帕奇拉長老的幫助下破解了幻覺。運輸車總算通過沒有盡頭的隧道，來到了機場......

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從lipid channel的影像中拉米亞和聖明看到菩提樹與坎可魯交戰後被對方同化消滅的一幕，帕奇拉長老猜測坎可魯可能是因為弗爾特那擁有未知的可能性而襲擊Somnium以此引出自己，將守護“希望”的任務交給拉米亞，帕奇拉長老決定自己去調查坎可魯的行蹤。沒有通知瑩太等人阿嘉松向超人同盟總部的大廈進發，等待他們的是整裝以待的敵人和無數的陷阱......在反覆的思考中火乃紀得出自己的家人都已經化作Animusの實死去的答案，不久阿嘉松商社遭到帶着鳥居護符的特種部隊襲擊，帶着覺醒人大家決定去找社長。依靠各自擁有的技術阿嘉松一行人順利進入超人同盟最深處，在這裏他們見到造成這一系列事件的元兇“魔門麥人”，他的目的是再現當年沒有完成的Dive inspection計劃，靠着楓的能力實驗體進化為超人類“Brahman”，他擁有的力量連尊者約舒也不是對手，這時帕奇拉長老出現在現場，他的目標正是引發的這一系列事件的坎可魯......

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類所製造出來的生命終究無法超越Betterman，帕奇拉長老擁有的能力將Brahman瞬間消滅，但在帕奇拉長老降落到地面時卻遇上了坎可魯，理論上物質是不可能從他的攻擊中逃脱，坎可魯最後卻反倒入侵到帕奇拉長老的細胞中令他毀滅......大家一路追蹤魔門麥人來到東京地底的廢棄城區，眼見關係逐漸變得密切的瑩太打算向火乃紀告白卻總找不到適當的機會。在廢墟中遇上意外的火乃紀再次被拉米亞救下，而這時魔門麥人利用楓的能力成功進化為完全體的Brahman，因為身孕而在最後清醒的楓回到翔的身邊。 Brahman所擁有的力量完全壓倒了在場的眾人，然而拉米亞卻因為坎可魯的關係而不能變身為Betterman前來支援，看着明顯已經失去人類正常心靈的魔門麥人，尊者約舒將未來託付給年輕的一輩引爆自身的力量將Brahman消滅......

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翔經過分析察覺到魔門麥人目前所引發的一切事件都是為了奪取楓和Linker Gel，雖然尊者約舒犧牲自己拯救了大家但楓卻感覺到Brahman依然還活着，在爆炸中存活下來的眾人一邊警戒敵人一邊在廢墟中慢慢前進，雖然表面看似平靜的瑩太看到蟲子後卻驚恐得失去了理智開始逃跑。對瑩太敞開心扉的火乃紀讓瑩太恢復平靜，不願承認超人同盟得出的答案，麻御通過分析解明瞭Brahman的構造，瑩太發出的攻擊使Brahman失去行動能力，但隨後趕來支援的Blossom部隊卻因為感染Algernon將Brahman消滅後也將炮口對準了瑩太等人。眼看戰鬥已經無法避免的拉米亞變身為弗爾特出現在眾人面前，弗爾特的力量輕易打敗了Blossom部隊，但戰鬥結束後坎可魯出現在弗爾特身後，掩護拉米亞的流明在它的攻擊下喪生，拉米亞則趁着這小段空檔變身為亞裘亞帶着瑩太等人化作水流逃走......

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在皚皚白雪降下時大家總算迎來了聖誕節，但在知道真相的人們心裏卻完全高興不起來，全世界都發生了因為Algernon而出現的大量死傷事件，Mode Warp本部也因為Algernon與麻御小姐逐漸失去聯繫，連重要的資料也逐一被刪除。聖誕節當天翔和楓向大家坦露兩人之間的關係，楓甚至已經有了4個月的身孕，這個消息給沉重的氣氛帶來一絲歡樂。關係逐漸變得密切的瑩太邀請火乃紀到自己家中，但瑩太卻不斷看到幻覺，最後火乃紀被電擊槍擊倒強制被固定在覺醒人的駕駛艙中。魔門麥人的目的正是引出Betterman解析他的DNA構造來面對Algernon的威脅，在暴君號的攻擊下Brahman放開了火乃紀，但那其實是用雪做出的假人Brahman趁機逃走了。隨後離開現場的拉米亞卻很疑惑——為什麼坎可魯沒有出現攻擊他......

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魔門麥人將火乃紀帶到Mode Warp本部決定引出Betterman以此完成7年前沒完成的BeastManProject完成最終進化，然而因為Algernon所引發的事件Mode Warp的母公司NEO（Next Enviroment Organization）卻決定在8小時候毀滅Mode Warp本部。翔回憶起與拉米亞的對話，指出Betterman是為了自己才來保護火乃紀，但紗孔羅卻告訴大家人類與Betterman有着共生關係，失去任何一方另一方也將無法繼續生存。雖然心理還是感到不愉快，大家還是乘上搭載新裝備的覺醒人和暴君號向Mode Warp本部進發。進入本部的一行人立刻遭到12架Blossom的夾擊，覺醒人很快遭到攻擊失去聯繫，翔則靠着超常發揮將追擊部隊盡數消滅。戰鬥結束後楓卻因為感染Algernon而操縱暴君號對自己發動攻擊，即使翔的擬示能力發揮了作用，但感染Algernon楓還是按下了攻擊的按鈕......

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僥倖生存的麻御在總部深處見到自己的長官，從他口中麻御小姐得知了瑩太的秘密，同時也明白一切的根源就是7年前的Diveinspection，創造超級生命體的BeastManProject雖然令尊者約舒擁有永生的力量，卻也喚來了人類的敵人坎可魯，組織實驗的成員全部都成為帶來Algernon的元兇之力......與坎可魯戰鬥而奄奄一息的拉米亞從Vivele的の實中獲得了新生也得到了彩真理緒的記憶......已經感染Algernon的魔門麥人執着於取得Betterman的細胞令自己變成完全的生命體，但拉米亞卻指出正因為共生人類和Somnium才能生存下去，完全的生命體將會變成坎可魯一樣毀滅一切的存在。從拉米亞口中説出的熟悉話語令火乃紀深切感覺到拉米亞正是自己的兄長。壓倒性不利的戰鬥最後卻以Betterman的勝利告終，好不容易消滅魔門麥人的Betterman卻被坎可魯從背後發動的攻擊倒下全身細胞陷入壞死狀態，在關鍵時瑩太一個人操縱着覺醒人救下了拉米亞。就在大家在空閒中想讓疲勞的身心休息一下時，從坎可魯被推進的Linker Gel池中卻出現尊者約舒的身影，他高喊着要大家打倒“元兇之力”——自己。

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進化的盡頭是死亡，毀滅與死亡是邁向進化的必要過程，是邁向新生的可能性，然而一味害怕死亡的人類最終卻喚來了生命的敵人坎可魯，原本依靠秘魯的池水壓制體內Cancel的約舒，卻因為工業污染而失去壓制Cancel的力量還失去了記憶，向人類的免疫體Betterman發動攻擊——一切都是為了消滅人類。瞭解到引發Algernon的正是自己的麻御小姐陷入了崩潰狀態，而這時香緹出現在她面前——她是為了終結兩人的生命而來的。不願放棄希望的拉米亞將3顆Forte之果融合而成的Orutosu之果吃下，變身為究極的Betterman奧魯託姆與坎可魯展開最後的交戰。毀滅一切的坎可魯與擁有一切生命遺傳基因的奧魯託姆，生與死在不斷交錯，坎可魯遭到Psychic Birth的攻擊後消滅了，在這場關乎人類存亡的生物免疫戰爭最終人類活了下來。死者已經逝去，然而生命依然在不斷誕生......