藍寶石之謎

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　　公元1889年，為了參加飛行器比賽，愛好發明的少年讓（Jean）來到了巴黎的萬國博覽會，在塞納河畔對騎車路過的少女娜蒂婭（Nadia）一見鍾情。讓追隨她來到埃菲爾鐵塔，提出想跟她交個朋友，但娜蒂婭的態度非常冷淡。這時，意圖搶走娜蒂婭持有的藍寶石Blue Water的三人組出現在他們面前。

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　　在讓的幫助下，娜蒂婭暫時逃離了惡黨三人組的魔掌，然後來到勒阿弗爾，在讓的家中過了一晚。第二天，惡黨三人組駕駛着一台萬能戰車“格蘭坦克（グラタン）”再次襲來，於是讓和娜蒂婭乘坐讓發明的飛機“愛德華·多·拉謝努八世（エトワール・ド・ラ・セーヌ8世）”從空中逃跑……

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　　總算擺脱了惡黨三人組的讓和娜蒂婭，因為飛機發生故障而被迫在海上降落。海上巡邏的美國戰艦“亞伯拉罕號”偶然發現他們並救起他們。突然襲來的格蘭坦克不低戰艦，投降被俘。但是，好不容易鬆了一口氣的時間，這次出現的神秘的大海獸。於是，戰艦和大海獸的激戰開始了。

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　　神秘大海獸和美軍戰艦的激戰中不慎落水的讓和娜蒂婭，在他們面前另一隻大海獸出現了。不過，那並不是生物，而是持有最新裝備的潛水艇“鸚鵡螺號”。在正追蹤着海盜的那艏潛水艇中，讓和娜蒂婭受到一位自稱名為“伊萊克特”的女船員的熱情款待。

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　　告別了鸚鵡螺號的讓和娜蒂婭，乘坐改良後的飛機前往法國，但是途中突然受到攻擊而被迫降落在一座小島，而且那座島被神秘的侵略者所佔有。總算會合的兩人，跟一位被侵略者奪走了父母的小女孩瑪麗相遇。

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　　侵略者把瑪麗捉走了。為了救出瑪麗，讓和娜蒂婭潛入位於島中心的侵略者的秘密基地。在那裏，兩人看到了之前跟鸚鵡螺號戰鬥過，被人們當作大海獸的潛水艇。原來那艏潛水艇，還有這座謎之秘密基地都是一個名為“新亞特蘭蒂斯（ネオ・アトランティス）”的邪惡組織建造的。

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　　為了保護讓，娜蒂婭被捉住了。新亞特蘭蒂斯的首領卡格依，不知為何稱娜蒂婭為公主，以瑪麗和小獅王為人質向她逼問藍寶石Blue Water的所在。他的目的到底是什麼？另一方面，讓了救出娜蒂婭，乘搭自動拖車向基地的中心靠近。

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　　“巴別塔”的發射試驗進行之際，讓跟格蘭蒂斯、桑森、漢森3人組成的惡黨三人組相會，為了救出娜蒂婭而合作起來。登場城堡的讓，跟卡格依面對面地相見。卡格依以娜迪婭等人的生命為交換條件，要讓交出Blue Water，不過……

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　　新亞特蘭蒂斯的基地崩壞了，用格蘭坦克逃到海上的讓等人向鸚鵡螺號尋求幫助，尼莫船長作出判斷後決定救他們。娜蒂婭並不顯得怎麼高興，不過，讓和漢森對鸚鵡螺號的科學力量驚歎不已，格蘭蒂斯竟對尼莫一見鍾情。另一方面，第一次見到娜蒂婭的尼莫感到驚訝。

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　　尼莫命令讓和娜蒂婭分開房間。另一方面，鸚鵡螺號被卡格依的飛行船カルカロドン追擊，在逆流的地下水道被新型的浮游機雷團團包圍。迷戀尼莫的格蘭蒂斯向尼莫提出讓修理結束後的格蘭坦克去排除水雷的方案。

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　　將鸚鵡螺號從困境中拯救出來的格蘭坦克得到了認可，格蘭蒂斯等三人被收編為實習船員。作為客人的娜蒂婭也想作為一下，於是跑到船的廚房幫忙，結果以失敗告終。另一方面，因為意外事件誤入鸚鵡螺號的引擎室的讓，看到了船的動力源——常温對消滅引擎……

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　　對魚料理感到厭倦的漢森大肆發泄不滿情緒，看不下去的尼莫決定舉行“狩獵之日”補充食物，讓鸚鵡螺號登陸無人島。船員們一個接一個地，以“消滅新亞特蘭蒂斯”為共同目標聚集起來的船員人數之多，讓等人感到驚訝。那天夜晚，在無人島的海灘上，格蘭蒂斯對娜蒂婭説起了自己的一段往事。

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　　對獵殺小鹿一事十分生氣的娜蒂婭和讓吵起架來，其他的船員都忙個不停，沒人照顧的瑪麗和小獅王倆到島上探險。途中，瑪麗發現了一條救鐵軌，沿路探尋不久就迷路了。然後偶然之下，瑪麗看到了在島上停泊的新亞特蘭蒂斯的潛艇Garfish（ガーフィッシュ）。

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　　為了追擊Garfish，鸚鵡螺號再次出海。那個時候，瑪麗突然得了灼熱病，然後娜蒂婭也病倒了。經過診斷，兩人只剩下兩天的生命。想治療這個病，必須要有一種生長在海底一個被稱為作“REEF64（リーフ64）”谷底的特別草藥。

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　　連花也能在戰艦內種植，讓對鸚鵡螺號的科學力量越來越感動，娜蒂婭的表現卻完全相反。那個時候，鸚鵡螺號在和Garfish戰鬥中損害，為了修理而浮現海面。不過，在那裏等待他們的是美國的艦隊。鸚鵡螺號受到了集中炮火的猛烈攻擊……

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　　造成一切爭端的根源是自己持有的藍寶石Blue Water，娜蒂婭為自己的命運感到煩惱。另一方面，為了把在船體修理過程中機關部因有毒氣體泄露而犧牲的菲伊特等人埋葬，鸚鵡螺號前往位於馬達加爾海溝，一個被稱為“沉沒的寺院（沈める寺院）”的海底遺蹟。來到到遺蹟的讓等人發現這裏竟然是1萬2千年前消失的大陸——亞特蘭蒂斯，並且讓得知的自己的父親已經死於Garfish的襲擊的事實。

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　　為了向殺死父親的仇人討回公道，讓提出要成為鸚鵡螺號的正式船員，不過被尼莫拒絕。這使讓感到非常沮喪。看到這樣子的讓，娜蒂婭説“想再次乘坐讓製作的飛機飛行”的話給他鼓舞。以此為契機，讓開始埋頭設計新的自動螺旋裝置……

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　　多次的戰鬥導致維修材料不足的鸚鵡螺號，為了得到補給而前往南極的秘密基地。途中經過海底火山附近時，鸚鵡螺號被一個神秘生物攻擊。那是不知幾億年前就活着的巨大鸚鵡貝·鸚鵡螺（ノーチラス）。鸚鵡螺號正被這隻鸚鵡螺的觸手纏住。

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　　鸚鵡螺號終於達到南極洲地下的廣闊空洞的秘密基地。修理作業期間，尼莫帶着讓和娜蒂婭前往某個地方。在那途中，有一個將遙遠的太古時期瀕臨滅絕的各種各樣的生物冰封起來的冰之博物館。看到未知的生命，讓和娜蒂婭對大自然的不可思議驚訝萬分。然後來到目的地，那裏有一條被尼莫視為至友，活了兩萬年之久的白色鯨魚伊利雍。

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　　為了打倒尼莫，卡格依開始建造空中戰艦。另一方面，越來越埋頭於發明的讓，按照自己的想法制造了小型噴氣式飛機。可是飛行試驗失敗，而且噴氣式飛機的爆炸導致鸚鵡螺號的位置被敵人的Garfish發現。看到讓不左聲地被尼莫等人嚴厲訓斥，娜蒂婭她……

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　　在凱爾瑪迪克海溝受到10艏Garfish集中火力攻擊的鸚鵡螺號進行反擊，成功將Garfish擊沉。然而，搭載於空中戰艦的卡格依的新兵器“超級捕捉光線炮（スーパーキャッチ光線炮）”發射，把鸚鵡螺號從海底被拉到空中。空中戰艦持續放射出的原子振動炮和超音波炮，鸚鵡螺號船身多處受到破壞。窮途末路之際，伊萊克特副船長提出自爆的建議。

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　　鸚鵡螺號終於沉入海底，尼莫船長把船員們集中在主操縱區（メインブロック），然後跟戰鬥區（戦闘ブロック）分離。戰鬥區通過自爆把Garfish艦隊全滅，只剩下主操縱區的鸚鵡螺號從卡格依的圍攻中逃脱。尼莫船長把娜蒂婭等人叫到船長室，船長室將從主操縱區分離出去。然後，回到機關室的尼莫，在那裏等待他的是……

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　　娜蒂婭等人乘坐的船長室慢慢地浮向海面。總算度過浸水危機的讓、娜蒂婭、瑪麗、小獅王，船長室漂流到某個沙灘上。娜蒂婭找到了印有卡格依標記的罐頭，不過這座島是沒有人居住的無人島。這裏什麼壞人也不會有，娜蒂婭決定在這裏居住下來。

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　　次日清晨，娜蒂婭給這座無人島取名“林肯島（リンカーン島）”，他們漂流到岸的沙灘取名“船長灣（キャプテン灣）”，對面的沙灘取名“娜瑪奇沙灘（ナマジャキビーチ）”等，宣稱自己已經換胎脱骨，要跟一切科學和文明斷絕關聯，然後獨自一人走進森林中去。另一方面，讓、瑪麗和小獅王把船長室中的食品、飲用水、物資等等搬出來，動手工搭建小屋子，為在島上生活作準備。不過，娜蒂婭偷偷地把他們的食料罐頭取走……

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　　讓和娜蒂婭為吃不吃肉激烈地爭論着。固執己見，單方宣稱堅決不吃“動物屍體”（=肉）的娜蒂婭老是對讓發脾氣。飢餓的娜蒂婭取了卡格依罐頭中的腐爛菠菜來吃，然後卧病在牀……讓出去給娜蒂婭找草藥，發現可疑蘑菇，不禁地吃了下去……

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　　感覺只靠自己一個人無法生活下去，感謝讓的娜蒂婭變得異常地温柔體貼，看到這樣子的小獅王，彷彿內心受傷般。小獅王看到關係變好的讓和娜蒂婭相互纏綿的樣子，然後……終於離家出走了。出去尋找小獅王的讓，途中不小心掉進山谷，在那裏發現了礦脈。

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　　強烈的颱風襲擊林肯島。好不容易搭建成的小屋被吹塌了，讓發明的許多裝置也會損壞了，連小獅王也被強風吹飛，下落不明。颱風過後那晚，一座神秘島嶼被衝到林肯島附近。看到了那座島上的小獅王的身影，娜蒂婭等人馬上划船過去。他們發現，這座島竟然並存有熱帶樹木和寒帶針葉林，還有沙漠般的沙丘。然後，他們跟之前在美國戰艦見過的那位所謂海洋學家的“吹牛大王”艾爾頓相遇，竟然相信了他在這島上遇到的各種“奇聞”……

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　　對“恐怖大王”害怕之極的艾爾頓帶着娜蒂婭他們逃跑。由於重力異常，跑地比平時得快，也能跳得很高，結果很快就繞了島一圈，回到了“恐怖大王”的面前。“恐怖大王”其實是格蘭坦克，格蘭蒂斯、桑森和漢森出現。想不到能再次相遇的三人組和娜蒂婭等人沉浸在喜悦當中。不過，那時這島又開始慢慢地漂移，離林肯島越來越遠。娜蒂婭等人決定移居到格蘭蒂斯所在的這個島上。

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　　在新的小島上開始居住的讓和娜蒂婭仍是爭吵不斷，格蘭蒂斯對尼莫的思念越來越深。這種狀態下，桑森和漢森因為意見不合而吵起架來。艾爾頓提出以比賽的方式一決勝負。由桑森負責調教小獅王，漢森製作的機械裝置“鐵獅王（アイアン･キング）”，然後兩個獅王進行賽跑！不過小獅王完全不停桑森指揮，於是桑森偷走了漢森的設計圖，求讓幫忙製作一個鐵獅王來比賽。

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　　格林坦克的修理接近尾聲。目標是非洲東海岸。但是因為蚊子大量出現而無法繼續縫補作業。那時候，艾爾頓以帶她去喝葡萄酒為由引誘格蘭蒂斯開走了格林坦克。直到這個事的桑森和漢森大怒，於是製作了野豬拉車“格蘭坦克2號”去追擊。另一方面，讓和娜蒂婭發現不可思議的洞穴。進入洞穴後，他們發現那島竟然是龐大的人造機器設施。

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　　娜蒂婭突然被地下遺蹟的牆壁吸收進入，島中的大空洞浮現在眼前。那裏是衞星城市“紅色諾亞”。然後，M78星雲的宇宙人制造的神秘巨人出現娜蒂婭面前，開始講述240萬年前從M78星雲地球來的亞特蘭蒂斯人的歷史。娜蒂婭從中得知自己的身世和藍寶石Blur Water相關的秘密。另一方面，因為紅色諾亞的起動，小島開始沉沒，讓向幫助娜迪雅逃離而行動…

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　　Garfish潛入水中尋找紅色諾亞，格蘭蒂斯等人得以逃過一劫。但是，途中受到卡依格的空中戰艦攻擊，格蘭坦克被迫在非洲某村落降落。娜蒂婭對那裏遇到的少年哈馬哈馬（ハマハマ。CV：山口勝平）一見鍾情。在哈馬哈馬的帶領下參觀村落的遺蹟，娜蒂婭聽他説起自己的故鄉塔爾特蘇斯（タルテソス），又被他的温柔的完全所吸引。那個時候，小獅王代遺蹟偷吃了某個罐頭，還偷喝了村中流傳下來的不可思議的紅汁後暴走起來~

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　　把小獅王捉住的那個男人，正是格蘭蒂斯的初戀對象，騙走她所有財產的人渣岡薩雷斯（ゴンザレス。CV：江原正士）。而且，獨自展開拯救行動失敗的格蘭蒂斯和娜蒂婭也被他捉住了。讓等人商定了周密的作戰計劃，然後跟哈馬哈馬及村名們一起開始了拯救作戰，然後途中出現了意外……

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　　經歷失戀的娜蒂婭無精打采。桑森向讓提議創作情歌，於是讓投入自己的所有科學技術着手新的發明。然而，又埋頭於發明的讓娜蒂婭有些焦慮，這時格蘭蒂斯給予娜蒂婭温柔的鼓舞。然後，讓的新發明——全自動四絃琴演奏機終於完成了。讓立即在娜蒂婭面前開始演唱起來……

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　　格蘭坦克終於到達娜蒂婭的故鄉塔爾特蘇斯（タルテソス）——那裏是一個巨大的火山湖。就像被什麼引導着似的，娜蒂婭走向湖中心。湖水向周圍分開，湖底露出神秘的地下遺蹟。娜蒂婭和格蘭坦克向地下遺蹟掉落，在藍寶石Blue Water的力量下在地下通道前行。那裏是古代亞特蘭蒂斯人的遺產“藍色諾亞（ブルーノア）”。得知自己誕生的秘密的娜蒂婭，無法忍受揹負着的命運的分量。

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　　新亞特蘭蒂斯的空中戰艦出現，為了讓等人免受，娜蒂婭被卡格依主動被卡格依囚禁。但是卡格依不守約定而開始攻擊。格蘭坦克逃跑的讓等人，在千鈞一髮之際得到神秘的小型艦艇的幫助。那個小型艦艇走出來的，是讓人懷念的伊萊克特。在伊萊克特的嚮導下，讓等人來到一個長滿紅鏽的巨大物體面前，那就是尼莫船長的萬能戰艦·新鸚鵡螺號！

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　　憑藉尼奧皇帝的超能力，尼莫持有藍寶石Blue Water也被卡格依得到。卡格依以為在新亞特蘭蒂斯的投彈攻擊中已經將新鸚鵡螺號消滅了，其實新鸚鵡螺號利用非洲大陸地下的隧道迴避了那次攻擊。另一方面，尼奧皇帝啓動了Blue Water的力量，使得“紅色諾亞”完全復活。尼奧皇帝會見娜蒂婭，娜蒂婭發現對方竟然是自己的親哥。然後，新亞熱蘭蒂斯開始向全世界宣戰。

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　　巴黎上空，新鸚鵡螺號和紅色諾亞展開激烈地炮擊戰，埃菲爾鐵塔也因此倒塌。但新鸚鵡螺號因為無法突破紅色諾亞周圍的1億伏特的電磁屏障而陷入苦戰，尼莫下令，新鸚鵡螺號也展開防護罩跟對方硬碰硬，危急時刻電磁屏障終於被開發一個細縫，格蘭蒂斯、漢森、桑森駕駛格蘭坦克衝進紅色諾亞內部。然後，追趕紅色諾亞的新鸚鵡螺號飛往太空與之對峙，但是紅色諾亞發射巴別塔之光向新鸚鵡螺號直接攻擊！

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　　娜蒂婭的哥哥尼奧是被卡格依改造成機械人後為其所操縱着，現在連娜蒂婭也被他洗腦。就在尼奧和娜蒂婭向尼莫的胸膛射擊的時候，新鸚鵡螺號在伊萊克特的指示下下開動主炮，使尼莫倖免於難。另一方面，尼奧奇蹟般地恢復了意識，豁出性命給娜蒂婭解除洗腦。恢復意識的娜蒂婭訓斥卡格依；尼奧死後Blue water繼承者只有娜蒂婭，卡格依用高壓電折磨伊萊克特迫使娜蒂婭就範，甚至還摔死了讓。這時，新鸚鵡螺號衝過來把卡格依轟飛。娜蒂婭以使其Blue water的力量為代價，使得讓復活了。紅色諾亞逐漸墜落，新鸚鵡螺號失去了動力，全員乘搭紅色諾亞上的宇宙船逃離，而尼莫決定留在新鸚鵡螺號用主炮為他們開路，跟紅色諾亞一起葬送於太空。眾人成功返回地球，重新開始了各自的新生活。