浪客劍心

明治十一年，東京下町流傳「拔刀千人斬」殺手，連續於夜間出沒，濫殺無辜，並自稱師出神谷活心流，使得神穀道場的代理師父「神谷薰」急得四處搜尋。在誤打誤撞之下，神谷薰認識了浪人緋村劍心，並在其幫助下找到兇手原是當年被薰父逐出師門的比留間伍衞。「假拔刀齋事件」落幕，薰感激之餘，誠心留下浪人，央求他協助重振神穀道場。

「假拔刀齋事件」後，神穀道場的弟子流失殆盡，僅剩下食客緋村劍心。一日，小薰不耐日子的沈悶，硬是耍賴要劍心請大夥上街吃火鍋。不料，路上竟遭小扒手(明神彌彥)所竊，小薰不服，逮到小扒手理論，劍心不以為忤，欲將錢包給彌彥，反遭自尊心極強的彌彥所悍拒。彌彥因無錢償債，而被一幫混混痛打，小薰一時義憤挺身相助，使得二人深陷危境，幸虧劍心及時趕到，化解危難。彌彥深為小薰的奮不顧身之義氣所感動，亦為仰慕劍心之高強劍法，在劍心的撮合之下，遂投入神谷活心流門下，成了小薰的頭號弟子。

大批警察來到神穀道場抓拿劍心，小薰和彌彥因而得知原來劍心就是傳説中的「史上最強」的劍士--拔刀齋千人斬。彌彥緊急上街欲通知劍心逃走，卻因路見不平，當場和蠻橫的劍客警官隊大起衝突而被捕，險遭當場處決，幸賴劍心及時出手相救。特為遊説劍心投效明治政府而來的山縣有朋將軍亦在此時出現，無奈劍心早已無意仕途，堅決辭謝將軍所請。

小薰變賣爺爺生前畫作，請大家上館子吃牛肉火鍋，卻遇上一羣高談民主自由的酒鬼，起了摩擦，衝動的彌彥馬上過去叫架，使得劍心不得不出面應付。此時，出現了一位身穿「惡」字袍的「打架專家」的斬左(相樂左之助)，俐落地趕走了那羣酒鬼，在心懷鬼胎的比留間，看上斬左的身手，便私下僱他除掉劍心。斬左答應了，但不是為了錢，而是因為想和傳説中的拔刀齋千人斬過招。劍心在不得已的情況下只好勉為其難地出面應戰。

號稱「打架專家‧斬左」的相樂左之助來意不善，扛著斬馬刀執意與劍心一較高下，此舉令小薰和彌彥十分擔心。劍心逼不得已亮出逆刃刀，使出飛天御劍流而終於降伏了左之助。事後，左之助悵然道出為找維新志士復仇之因﹐經過劍心開導，左之助多年心結稍解，對劍心更添敬意，決意和他結為好友。

社會上出現了一位人稱「黑斗笠」的殺人魔頭，專殺維新志士出身的政府高官，而且在殺人前一定先送信通知準被害者，一時間，風聲鶴唳，人心惶惶。劍心受警方之託到某高官府邸等待殺手「黑斗笠」刃衞的出現；黑斗笠認出劍心就是幕府末期的冷血殺手拔刀齋，於是改變目標，劍心反而成了「黑斗笠」下次的狙殺對象。

為了營救被「黑斗笠」劫持的小薰，劍心依約來到指定的決鬥場所，但仍不願開戒殺人，而被黑斗笠所擊傷。然而黑斗笠處心積慮要劍心回覆到以前的殺手身份，要和真正的「拔刀齋千人斬」一較高下，於是向一旁的小薰展以密技「心之一術」，令小薰瀕臨死境。劍心怒不可遏，潛藏的殺氣爆發，隨即制住敵手，欲下手殺人，緊急中，小薰拼命發聲喝止，讓劍心免於破了殺戒。然而，偏激孤執的黑斗笠卻不領情而拔劍自盡。

劍心和左之助無意間救獲一名被歹徒追殺的神秘女子高荷惠，才知她所得罪的是鉅商武田觀柳。觀柳命密探頭子蒼紫派人去把她自神穀道場抓回來，蒼紫於是命手下惡見前往處理，惡見派出噴火高手「醜男」前去要人，然而在一陣決鬥後，「醜男」被左之助打敗。惡見心有不甘，於是放暗器想致小惠於死地，不料彌彥卻挺身出來擋了這一記毒標，小命奄奄一息‧‧‧。

原來神秘女郎小惠乃出身於會津的醫藥世家，父親是一代名醫，因為會津大戰不幸喪生，母親和兩位哥哥也下落不明。富商武田觀柳實為軍火販子，他為求財富，不擇手段，脅迫小惠製造鴉片，圖謀厚利。小惠不願辱沒門風製造鴉片害人，遂逃出觀柳之處，而中途為劍心所救。然而觀柳卻不肯放手，威脅小惠乖乖回去，否則派人放火燒了道場。小惠不願殃及無辜，遂不告而別，重回觀柳處。這廂劍心等人卻決意把小惠救出虎口。

劍心等人為了營救小惠，決定硬闖觀柳邸。觀柳知道劍心就是拔刀齋，欲重金收買想為貼身護衞，反而惹火了劍心。狡詐的觀柳提出一個小時後交出小惠兔脱而去。一小時之後，赫然驚覺密探頭子--蒼紫所率領的御庭番眾已經在屋內設好層層關卡，嚴陣以待。劍心等人一一硬闖，最後終於來到蒼紫面前。蒼紫不愧為江户城御庭番眾的頭目，幾招之內便將劍心打得口吐鮮血‧‧‧。

劍心等人闖進觀柳邸救小惠，連過幾關後，劍心終於和頭目蒼紫正式交手。起初劍心處於下風，後來終於打敗了蒼紫，蒼紫要求劍心一刀將他了結，四個御庭番眾部下都出來勸阻，但蒼紫依然執意要求劍心的最後一刀。然而下定決心不再殺人的劍心，還是沒有殺他。後來，觀柳見蒼紫和御庭番眾都不再聽命於他，於是一怒之下抬出機關槍拼命的掃射，四個御庭番眾全部葬生在槍口下，最後劍心一劍毀了機關槍把手，才救了其餘的人。小惠被救出後到玄齊大夫處繼續學醫術，立志成為一個好醫生。

神谷活心流道場的首席弟子明神彌彥(整個道場也只有這個弟子)，自從師拜小薰後，勤練神谷活心流劍術。一天在河邊練劍，遇到一位好心的小燕姑娘，幫他綁斷了的鞋帶，彌彥來不及道謝，小燕就走了。一天道場的夥伴到紅屋去吃飯，恰巧小燕也在這裏工作，彌彥連忙趕過去道謝。就在此時，發現小燕有難，便挺身前去相救，不料反卻被混混打得鼻青臉腫。事後，彌彥請教劍心以寡敵眾的方法，再度和混混們交手，終於打敗了混混，救小燕脱離魔手。

虎丸是一名相撲力士，因為潛力雄厚，被位居大關的師兄千兩山忌妒，不擇手段當他趕出相撲場。後來遇到好心的小薰收容他，還陪他一起練相撲。千兩山知道虎丸沒有放棄相撲，反而在劍道場加緊練習，遂萌生歹念欲將虎丸除之而後快。小薰為了保護虎丸，獨力對付一羣相撲力士，力士推倒石燈打算壓死小薰，卻被虎丸一掌推開。後來劍心和左之助趕到，擺平了其他力士，讓千兩山和虎丸單獨較量，虎丸果然發揮實力打敗了千兩山‧‧‧。

玄齊大夫不慎扭到腰卧牀休息，小惠於是代替玄齊看病，因為是個女醫生，病人多少都懷疑她的醫術，但小惠依然秉持仁醫救人。一天，卍字幫的壞蛋和雷光聯手，以假法術假病人詐騙村人，許多病人因而花大錢改找雷光大師看病。劍心等人看出這個騙局，直搗卍字幫巢穴，打得一幫人落花流水，救出了命在旦危的病人，破了這場騙局。雷光還突然大叫肚子痛，懇求小惠高抬貴手救他，弄得眾人啼笑皆非。

社會上出現一羣自稱『神風隊』的暗殺集團專殺一些貪官污吏，自許為正義之士。然而神風隊的背後其實是位野心高官為剷除異己所利用之工具。神風隊的東馬隊長心性偏激，苦逼早已退隱的師兄--私塾平八郎老師再度握劍殺人。......就當平八郎即將再度握劍殺人時，左之助和劍心出面阻止了他，並且打退了神風隊。

東馬受到野心政客橋爪的利用，組織了神風隊暗殺集團，專門暗殺和橋爪對立的軍政官員，而曾任京都巡查組的平八郎，以及陸軍大臣山縣將軍，甚至緋村劍心都在名單之內，而平八郎更是以前東馬的同門師兄。劍心得知這個消息後，前去阻止東馬殺害陸軍大臣，誰知東馬執迷不悟，硬要和劍心過招，卻一招就被劍心擊倒；師兄平八郎也出面苦勸東馬，放下屠刀接受法律制裁，而東馬知道他被政客利用後，也十分懊悔，甘心接受法律制裁。

劍心等人上街逛街，遇見一個「惠比須炮彈術團」，此乃類似特技表演團，裏面有個少女進入大炮裏，然後由大炮射出直飛靶心的特技。由於驚險刺激，吸引了許多觀眾。然而隔壁的傳統特技表演卻無人問津，引來老闆墨田的妒意，設計加害炮彈術團的團長，害他受重傷無法演出。後來因劍心等人出手搭救，還在舞台上表演了劍心的飛天御劍流劍法，將墨田手下一干為非作歹的特技演員打得落花流水，表演得以順利演出，並且得到觀眾的鼓掌叫好，最後也將墨田送進了警察局。

彌彥憑著一把竹劍趕走在赤別户牛肉鍋店行搶的強盜，事後自信滿滿，一直希望小薰跟劍心答應他使用真劍。但真劍容易傷人，劍心始終覺得不是好主意。一天，壞蛋伍兵衞又買通殺手想要劍心的命，矇騙彌彥取出逆刃刀，並翻臉挾持彌彥，要劍心前來贖人。劍心為救彌彥，手無寸鐵前往指定地點赴約，殺手施展法術將劍心困住，準備一舉取下劍心的首級。‧‧‧‧‧‧危急中，彌彥掙脱捆綁，火速將逆刃刀送去給劍心，劍心終於輕鬆地擒下歹徒。

劍心等人到了伊豆花婆婆(玄齊大夫之妹)家度假，認識了當地望族之子--冢山由太郎。由太郎自小父母雙亡，五歲便成了一家之主，傲慢的個性下卻不失少年的正直之心。由太郎一直希望找個像他父親一樣厲害的師父習劍，碰巧遇上野心家雷十太帶著真古流的同志來到伊豆企圖在此獨立建國，由太郎心儀他的劍術，遂拜雷十太為師。於是，雷十太趁機將真古流的同志帶進冢山邸，籌謀建國計畫。劍心得知消息後，十分擔心由太郎的安危，一天終於和雷十太等人對上，為了救由太郎，敗在真古流四大天王之手‧‧‧。

劍心擊敗雷十太一羣人，從河裏救出由太郎。然而由太郎醒來後並不由衷感謝劍心，只是嚷著要回家。彌彥知道他現在回家很危險，於是放話要由太郎打贏他才能回去，由太郎根本從未好好練過劍，雖然手持真劍，依然敗在彌彥的竹劍下。小薰很欣賞少年由太郎，決定教他神谷活心流劍法，由太郎亦發憤習劍，企圖在三天內擊敗彌彥。 ... 三天後，陸軍包圍了冢山邸，準備一舉擊潰真古流一幫人，由太郎得到這個消息後，匆匆趕回邸裏。劍心等人也趕過去準備阻止這場戰爭，然而當他們抵達時已經開戰了‧‧‧。

野心勃勃的雷十太率領旗下真谷流同志，與明治政府大批軍警，雙方於冢山砥開始一場廝殺，無數人因此喪命。劍心等人趕到為阻止雙方繼續殘殺，決定和雷十太單打獨鬥一決勝負，以避免更多的流血發生。當劍心和雷十太準備過招時，由太郎出面相勸，雷十太不僅不與理會，還出手傷了由太郎，劍心看了十分憤怒，破了雷十太的秘劍飯綱，也把他給殺了。然而由太郎的右手因此無法練劍，決心前往德國找學醫的叔叔療傷。

明治初年，日本第一次從英國引進了蒸汽火車，當東京的新橋站到橫濱站通車後，劍心和小薰等人也來坐火車，然而當時因為民智未開，許多人依然視火車為龐然怪物，左之助就是其中一個，嚇得他在車上直打哆嗦。火車上遇見了一個盜賊集團想劫走商人的金幣，還好劍心等人仗義相助才打退了盜賊，商人還送劍心金幣以表謝意。到了橫濱後，小薰提議大家拍照留念，然而照相這種新技術未能被大家普遍接受，甚至傳言照相機是惡魔的機器，會把人的靈魂吸走，而左之助更是深信不疑，打死不肯拍照，最後還是在小薰的壓迫下勉強拍了。

進藤帶刀原是維新志士，維新後成了警察的高級幹部，十年前他嫁禍給赤報隊，害得赤報隊被政府軍給殺了，而左之助和月岡克浩就是當初赤報隊倖存下來的兩人。十年後，左之助再度重逢，克浩化名為月岡津南，成了一位很受歡迎的浮世繪畫師，兩人唯一不同的是，左之助遇見劍心之後已經放棄報仇；但是克浩這十年來卻一直在準備報仇的工作。此時，進藤又率手下冒名赤報隊餘黨，四處燒殺搶掠，最後被左之助和克浩查出，兩人聯手把進藤的巢穴給毀了。

左之助和以前赤報隊的同志月岡重逢，月岡花了十年的時間製造了許多炸彈，準備推翻明治政府，邀左之助一起參與行動，左之助明知事不可為，但為當年的同志之誼願捨命相陪。為了答謝神穀道場好友對他的照顧，擺了一桌酒菜歡宴好友，眾人未察覺這是生死離別宴，唯獨劍心。當大家都酒醉入睡後，左之助和月岡會合，前往內務省，準備從內務省開始下手。不料，劍心早已恭候多時，誓死阻止他倆的復仇暴行。左之助為了月岡，再度和劍心過招，卻也再度輸給劍心，並且受了重傷，月岡為了幫左之助療傷，只好終止這場行動。

劍心、左之助及彌彥三個人整天無所事事，完全沒有收入，就靠小薰一個人教劍賺錢養他們，有一天終於窮到要三男個人分吃一條魚，卻還對小薰發牢騷，小薰氣不過罵了他們一頓，三個男人只要外出找工作。結果他們來到一艘船上當保鏢，保護船貨免得被海盜搶走，上工那一天居然發現小薰也在船上當廚娘。後來船隻果然遇到海盜「海龍」的襲擊， ‧‧‧劍心為了救小薰，自願和小薰交換，讓海盜把他抓走‧‧‧。

劍心被女頭目朱羅綁回海盜窩，原抱著必死的決心來到了海盜島。然而朱羅卻無意下殺手，只要求跟劍心再比試一次，因為劍心在剛才的一戰中，故意對她手下留情。然而劍心卻無意和她過招，因為她救了小薰一命，而且本質上她並不是個窮兇惡極的壞女孩，只是繼承父業於趾高氣揚。後來，朱羅手下的海盜造反，聯合起來打算殺死朱羅，劍心掙脱繩索挺身相救，卻不幸雙雙跌入深谷中，身死未明。

銀丈等人不服朱羅的領導，羣起反抗想致朱羅於死地，還好有劍心和忠心耿耿的猿次郎救了她。朱羅傷勢稍愈後，請劍心帶猿次郎和巖藏伯離開海盜島，獨自回村裏找銀丈算帳，銀丈的武功在朱羅之下，沒幾招就被朱羅打敗了，跪著求朱羅饒他一命，就在朱羅心軟的時候銀丈偷襲她的舊傷，將朱羅撂倒在地。此時，劍心出現了，使出飛天御劍流龍槌閃，一招便將銀丈打敗了。手下見銀丈輸了很不甘心，居然拿出彈炮對付劍心，卻不慎引起了彈藥庫的爆炸，把整個島都燒成了灰燼。此時，小薰等人也趕到了，和劍心帶著受傷的朱羅乘船逃離了海盜島。

幕府末期京都新撰組的高手齊藤一，在明治初年出現在東京了，現在他是警政署的警官，卻也以暗殺為副業。劍心在京都時曾經幾次和他交手，但都未分出勝負，可見他的武功與劍心在伯仲之間。而這次，齊藤被小人以重酬僱來來殺死劍心，因為對手是劍心，他也樂意接下這份差事。然而當他第一天去神穀道場找劍心時，恰巧劍心等人全出去了，只有一個來吃白飯的左之助坐在門口。左之助看出齊藤有異，一言不和就打起來了，卻被齊藤打成重傷。事後劍心看了左之助的傷勢，知道是齊藤乾的，覺得十分不安，他懷疑自己如果堅持不開殺戒，是否能敵得過齊藤‧‧‧。

劍心的宿敵新撰組的第一殺手齊藤一，在十年後終於又找上劍心了。他看到現在的劍心已經不再殺人，以往的殺人劍只用來保護身邊的人，使得他十分焦慮憤怒，決定逼劍心一比高下，趁劍心在對付赤木的時候，以警官的身分進駐道場等待劍心回來。劍心解決赤木回來後，看見化名藤田五郎的齊藤一正坐大廳裏，馬上警覺到事情不妙。然而劍心眼見這場打鬥是無法避免，便叫好友們讓開與齊藤對打，然而在第一回，劍心的飛天御劍流龍槌閃居然敗在齊藤的「對空牙突」之下，並且受了傷‧‧‧。

齊藤一和緋村劍心在十年後終於又對上了。然而這十年來劍心已經成為一個不殺人的浪人，劍法也不若以前俐落，所以跟齊藤過招時，總是處於下風，還因此身受重傷。然而拔刀齋終歸是拔刀齋，劍心在為了保護好友的情況下，終於被迫激出原本的殺手本能，出劍毫不留情，劍劍直逼對方要害，使得齊藤也沒有佔上風，一樣受了重傷。就在最後一回合決定勝負時，內務大臣大久保趕到了，即使阻止了這一場無謂的爭鬥，因為齊藤是被大久保派來探測劍心現在的實力，準備請劍心走一趟京都，殺掉惡魔志志雄真實。劍心在知道真相後十分猶豫，然而周遭的好友都不讓劍心去京都。無奈之下，大久保只得請劍心仔細考慮，下次再來聽他的回覆。

終於到了該給大久保大臣回覆的日子了。這一天劍心的好友們個個都非常緊張，深怕劍心會決定離開他們到京都去，小惠甚至準備了鎖鏈想把劍心綁起來，真的綁不住的時候還準備灌他迷幻藥。然而劍心依然出門去找大久保了。不料大久保在前往開會的途中，遭到了志志雄手下瀨田宗次郎的暗殺，當場身亡。消息傳來全國十分震驚，民眾甚至開始恐慌起來，深怕政局會再度混亂，內戰會再度發生。然而考慮到日本的未來，大久保的死使得劍心更下定決心重回京都，以剷除幕末餘孽志志雄真實。劍心終於告別了神穀道場的夥伴們，以及心愛的小薰。

劍心不告而別，獨自前往京都，只對小薰當面説了再見。劍心走後，小薰像失了魂般的茶不思飯不想，整日以淚洗面，連牛肉火鍋店的阿妙和小燕帶吃的來探望她，都還要受她的氣，後來經過小惠和彌彥的開導，小薰終於化眼淚為勇氣，準備前往京都尋找劍心。令一方面，左之助氣劍心的不告而別，其實是擔心劍心在京都可能需要幫忙，於是向好友月岡克浩借了盤纏，也隨後往京都前去。唯有身為醫生的小惠，因為有許多病患需要她照顧，只好忍淚留在東京，耐心等待劍心的歸來。

小薰和彌彥終於啓程前往京都了，好友們都到河邊送他們，希望他們早日把劍心勸回來。而提早出發的左之助，一邊趕路一邊練武功，把自己弄得心急如焚，最後還在山裏迷路了，不知道京都到底在何方。另外復出的御庭番眾頭目四乃森倉紫，又找上了神穀道場，準備找劍心一決勝負摘下最強的頭銜，誰知劍心已經在京都的路上，被在虎視眈眈的志志雄手下盯上了，先派人試探他的實力，然後準備收買他為志志雄賣命。一代豪傑倉紫原本不屑跟志志雄掛鈎，可是想到死去的夥伴們，也準備走一趟京都和志志雄聯手除掉劍心。

劍心在京都的路上，遇見一位用美色沿路打劫的少女卷田操，雖然小操打劫的對象是盜匪，依然被劍心給勸阻，將劫來的銀兩原封送還失主，並且幫小操打退了那幫盜匪。小操也在回京都的路上，正好可以和劍心同行，但是劍心深知此趟京都之旅，隨時都可能遭人襲擊，拼命的想擺脱小操的跟隨，偏偏小操和御庭番眾有一段淵源，得知道劍心曾與他們交過手，苦苦追問御庭番眾的下落，劍心遲遲不肯回答，不死心的小操於是更跟定了他。劍心無奈之下只好答應她的跟隨，只要她假裝不認識劍心，以免惹禍上身。

劍心和少女小操一路往京都前進，沿途上小操不斷設計想套劍心説出倉紫和御庭番眾的事，奈何劍心守口如瓶硬是不肯説。接著兩人來到了一個村外，發現村民三島榮一郎渾身是血奄奄一息，手裏還抱著弟弟榮次，由榮一郎的口中獲知，整個村子已經被志志雄的手下所佔據，而政府已經棄守這個村子，成了志志雄的領土，村民要是想脱逃就會被殺死，而志志雄現在也在村裏。劍心幫榮次埋葬家人的屍體後，和隨後趕到齊藤一起前去找志志雄，而志志雄聽到風聲，也已經有所準備。

志志雄真實終於讓劍心和齊藤給找上了，並且説出他想稱霸天下的志向，卻無法得到劍心二人的支持，於是一場決鬥在所難免。志志雄為了看清劍心招數，首先派出尖角來對付他，尖角是個大塊頭的人，力大無窮而且速度也十分神速。當劍心看出志志雄的伎倆後，故意不肯出招，只一味快速的跑給尖角追，跟他玩捉迷藏的遊戲，後來尖角巨大的身體終於承受不了快速移動時，一轉身變把自的腳扭斷了。志志雄看了十分生氣，放話要把尖角殺掉，劍心不忍，終於使出飛天御劍流龍翔閃，將尖角打傷在地，卻也救了他一條命。

劍心打敗尖角後，志志雄繼而派出宗次郎挑戰劍心，而宗次郎也是用劍高手，人稱「天劍」宗次郎，也就是他暗殺了身手不凡大久保利通。可是外表稚氣純真的樣子，甚至與人過招時也也沒有半點殺氣，使得劍心完全摸不透他，只得先發制人採取主動攻擊。然而兩人的決鬥就在拔刀的瞬間‧‧‧

迷路的左之助走著走著在山裏遇見了一位修行僧，這位修行僧自稱「破戒僧」名叫悠久山安慈在山裏苦修十年，創出了一種致命的拳法「雙重的極致」。左之助對這個絕招十分著迷，懇求安慈一定要傳授他。安慈於是把道理説給他聽，並且要他在一個月之內練成，否則就要將他打死。自信的左之助揚言要在一星期內練成，不料此拳法果然困難，左之助歷經辛苦，夢中遇見相樂隊長，突然悟出拳法的訣竅，練成「雙重的極致」，才繼續趕往京都，尋找劍心。

劍心終於來到京都，落腳在小操家，小操家是一家高級餐館，名叫葵屋料亭。而小操的爺爺翁老也是御庭番眾出身，在幕末時期出任京都的密探頭子，翁老不願見京都被志志雄一幫人毀掉，決心助劍心一臂之力。首先找到了打造逆刃刀的刀匠新井赤空的兒子青空，拜託青空重新打造一把逆刃。然而，青空不願再製造殺人刀器，劍心亦不忍強人所難。不過赤空死後尚留下一把刀，消息被志志雄手下「獵刀張」知道後，擄走青空稚子為脅，準備強奪那把名匠之刀。

劍心為了救青空之子伊織，不惜帶著他的斷劍前往神社找獵刀張要人，當獵刀張知道他就是千人斬拔刀齋時，明明知道劍心的逆刃刀已經斷了，依然苦苦相逼想要跟劍心一決勝負。劍心只得用刀鞘和拳法對付他，當然不是獵刀張的對手，後來當獵刀張要傷及伊織時，父親趕緊前往神社取出另一把逆刃刀「真打」，這也是斥空留下來的最後一把刀，青空將他送給劍心，終於制服了獵刀張。劍心不願再連累任何人，也離開了小操家，然而小操隨後追去，卻在大街上遇見了小薰和彌彥‧‧‧。

闊別師父十五年，劍心終於又見到了教他飛天御劍流的師父﹣比古清十郎。清十郎是唯一全部習得飛天御劍流的人，也是現階段飛天御劍流的繼承人。十五年前幕末亂世，劍心不忍看著人們受戰亂之苦，在最後的精髓尚未練成前便下山去救助人們；十五年後為了對付志志雄真實，再度回師門求教。小薰和彌彥亦來到山上，見到了劍心，再度重逢，劍心憂喜參半，擔心二人之安危。

御庭番眾的大頭目四乃森蒼紫，終於跟志志雄會面了。蒼紫為了替死去的夥伴們冠上最強的頭銜，不惜投靠志志雄，出賣京都分部葵屋的人讓志志雄的手下去襲擊翁老等人，只為取得劍心的下落。襲擊雖然沒有成功，卻把翁老給惹火了，決定親自出馬收拾蒼紫這個叛徒。小操得知後，火速前往阻止，卻只見翁老奄奄一息，小操大受刺激，決定斷絕情念，自立為御庭番眾新頭目，打算與劍心聯手除掉志志雄及蒼紫等人。

劍心為了對付志志雄那幫人回去找師父比古清十郎，要求授予「飛天御劍流」的精髓。經過幾天的過招試煉，清十郎終於答應把精髓傳授給他。首先清十郎教他飛天御劍流的九頭龍閃，聰穎的劍心一學就學會了，但是因為腕力跟體重的關係，同樣是九頭龍閃卻敗在清十郎的劍下。

劍心習得飛天御劍流的精髓天翔龍閃，卻將師父比古清十郎殺成重傷，劍心急忙找出以前師父為他療傷的藥方替師父療傷，卻不知是否能救回師父性命。第二天，清十郎終於醒來了，而且看起來並無大礙，原因並不在藥方，而在劍心使用的逆刃刀真打，由於赤空的精心設計，使得這把刀在使用時會削弱用劍者的力道，才挽回清十郎的性命，劍心告別師父下山欲剷除志志雄等人。而志志雄這方面也集結了十本刀的九位高手，準備放火燒掉京都，也燒掉以前殘害他的維新志士。

劍心終於跟齊藤、左之助會合，和警方合作開始展開圍剿志志雄的行動。首先他們探出志志雄打算在夜裏放火燒掉京都，於是聯絡御庭番眾的新頭目小操，立即飛鴿傳書通知散佈在全京都的御庭番眾，和民眾聯手防範火災的發生，終於阻止了京都大火。另一方面，志志雄帶著手下親信，搭乘「煉獄號」軍艦準備開往東京，炮擊東京，這個計畫也被劍心識破，眾人立刻趕到港邊阻止志志雄出航，然而煉獄號的火力實在太強了‧‧‧。

志志雄展現他巨資建造的鐵甲戰艦「煉獄號」，準備用艦上的炮火轟死劍心他們，然而此時，左之助拼死將克浩送給他的炸彈丟進艦上，炸燬了爐鍋室，引爆了彈藥庫，船也開始下沈了。由於志志雄的輕敵，使他火燒京都和炮擊東京的計畫雙雙失敗。臨走前，志志雄約劍心等人在比叡山大本營一決勝負，劍心也接受了，然而這一次劍心不再死鬥，他答應小薰要活著跟大家一起回東京。

劍心一行三人終於來到志志雄的大本營，打算十本刀一決勝負。志志雄採納方治的建言，留下盲劍宇水，明王安慈及天劍宗次郎三名高手出面迎戰，剩下的六名十本刀則派往葵屋趕盡殺絕。劍心等人到了之後，由志志雄的親信由美出面迎接，決鬥方式採一對一，其餘的人只能觀戰不能插手，然而劍心下了一個但書，他只答應決鬥但不允許有互相慘殺的情況出現，否則他必定出手干與。第一戰由左之助出戰安慈，兩人的絕招都是「雙重的極致」，然而左之助師承安慈，力道自然不能跟安慈相比，最後左之助憑他的聰明膽識，終於把安慈打倒在地，不料安慈卻又站了起來‧‧‧。

左之助對安慈，「雙重的極致」的決鬥。兩個人都打到遍體鱗傷，卻依然沒有人肯認輸倒下去，後來安慈到出了他為什麼成為不動明王的悲慘過去，左之助聽了十分痛心，因為這跟他十年前的遭遇十分類似，若不是遇見了劍心，他現在可能也跟安慈一樣，變成一個醜陋仇恨的極端份子。左之助於是勸安慈想想那些死去的孩子們，安慈突然恍然大悟知道自己作錯事，結束了這場打鬥，並且告訴劍心等人，其餘的十本刀已經前去殺害葵屋的人，劍心雖然擔心，卻也決定儘快把比鬥結束。下一個要面對敵手是劍術超羣的盲劍宇水‧‧‧。

劍心等三人出戰十本刀，第一戰左之助贏了安慈和尚，並且喚醒了安慈原本的慈悲之心。第二戰十本刀派出的高手是盲劍宇水，由齊藤出戰，而劍心跟左之助趕去第三個人。宇水和齊藤之戰，起初齊藤居於下風，連被宇水刺中兩劍，後來齊藤使出牙突絕招，終於一劍奪下宇水的性命。另一方面，其他的十本刀趁劍心不在時，帶著一百五十名士兵襲擊葵屋，因為翁老受傷未愈不能親自迎戰，於是坐鎮屋內指揮，派小操與御庭番眾的人及小薰彌彥出去迎戰，展開一場敵眾我寡之戰。而劍心與左之助趕往第三戰時，在走廊上發現某個房間有異，而四乃森蒼紫就在房內‧‧‧。

劍心和左之助在前往第三戰的途中發現了四乃森蒼紫，劍心曾答應小操要把蒼紫帶回去，之前也答應蒼紫要跟他再度一決勝負，為了履行承諾，劍心毫不猶豫的退門而進，於是劍心跟蒼紫的再戰便正式展開了。蒼紫的劍法比以前精進很多，而劍心自然也不在話下，最後劍心打贏了蒼紫，並且為蒼紫解開他心中的迷思，希望他為了死去的同志勇敢的活下去，不能因為喪失活的勇氣，就拿死者當藉口揮動兇刀殺人。蒼紫聽了劍心這番話後突然恍然大悟，想起了為他壯烈成仁的同志們‧‧‧。蒼紫是否為因此放下屠刀呢？

劍心喚醒蒼紫心底真正的感情後，蒼紫起初覺得有點惱羞成怒，頻頻對劍心出手，然而劍心毫不還手，等到蒼紫不再是修羅，變回以前江户城御庭番眾的大頭目後，劍心終於履行承諾與蒼紫決一勝負，在危急之際施展飛天御劍流的精髓天翔龍閃，由於劍心的天翔龍閃已經練到可以收空自如的境界，所以沒有將蒼紫殺死，只將他打倒在地全身無法動彈。蒼紫敗得心服口服，也決定回去葵屋跟同志們道歉。

劍心施展飛天御劍流的精髓天翔龍閃制伏了四乃森蒼紫，隨後立即趕往第三戰。然而就在此時，葵屋已經一片戰火，首先是四個御庭番眾被大肉球夷腕坊給制伏，接著彌彥出戰蝙也，蝙也身著蝙蝠裝藉著炸彈爆炸的爆風飛上半空中，在由半空中丟擲炸彈炸人，彌彥被逼得走投無路，最後以門板當翅膀躍上比蝙也更高之處，學劍心的龍槌閃一劍將他擊斃。

葵屋等人聯手擊退十本刀的蝙也、鎌足之後，夷腕坊見情勢不對也逃之夭夭，以為已經沒事了，卻出現了十本刀的破軍兩人組才槌老人與不二。然而此時葵屋等人已經戰得精疲力盡滿身創痍，眼看只有不戰而降之際，劍心的師父比古清十郎適時趕到，與不二展開一場超人對巨人之戰，最後比古清十郎以飛天御劍流的九頭龍閃擊敗不二巨人，救了葵屋等人也完成了劍心的託付。

劍心跟宗次郎終於交手了。宗次郎是個在「喜怒哀樂」的情感中，只有「樂」的情感的人，永遠都是心平氣和笑咪咪的，沒有人猜得出他的心思，所以劍心在與他過招的時候顯得特別艱。這次交手，宗次的心思，所以劍心在與他過招的時候顯得特別艱難。

宗次郎是小老婆所生的孩子，父親去世後將他交給正室的兒子扶養。那時宗次郎還小，受盡了同父異母的兄嫂家人的虐待，於是他學會了用笑容來保護自己，不管受到什麼虐待總是笑咪咪的。後來他遇見了逃亡中的志志雄，讓他躲在家中的倉庫裏，志雄點醒他「弱肉強食」的道理，並且把自己的劍送給他。

宗次郎一直相信志志雄「強者生存，弱者滅亡」的論調，如今面對劍心堅持「不殺」的原則，以及「劍是用來保護弱者」的論調時，感到不解與不滿。為了尋求答案，宗次郎決定使出他的絕招「瞬天殺」，劍心無奈之下也只好使出」天翔龍閃」，最後劍心贏了宗次郎，但並沒有殺了他。於是宗次郎找出了答案，認為劍心是對的，志志雄是錯的。

緋村劍心與志志雄真實之戰終於開始。同樣曾經馳騁幕末時代的兩個兩個人，擁有著同樣殺手「千人斬」的過去，揮動著同一個刀匠打造的劍，而內心卻完全不同，劍心的劍在於保護弱小，志志雄的劍在於弱肉強食。為了阻止志志雄繼續殘害弱小，劍心決定傾出全力阻止他，第一招劍心使「龍翔閃」，被志志雄輕易地化解，因為志志雄在新月村一戰已經見識過這一招。

劍心在連戰蒼紫與宗次郎之後，體力大量消耗，跟志志雄幾招過下來明顯不是志志雄的對手，後來終於被志志雄的「貳之秘劍‧紅蓮腕」擊倒，昏死在地。接著齊藤一出現，負傷跟志志雄過招，也敗在志志雄手下。左之助為報劍心之仇，使出「雙重之極致」，打算與志志雄同歸於盡，卻也被志志雄一掌擊倒。

劍心、左之助、齊藤連續被打敗後，四乃森蒼紫負傷挑戰志志雄，使出他的絕招御庭番式小太刀二刀流「迴天劍舞‧六連」，然因負傷體力不夠，依然不是志志雄的對手。然而聰明如志志雄也看出蒼紫冒死一博只是在拖延時間，希望劍心能夠醒過來，而劍心在強韌的求生意志下終於不負所望地甦醒了。

志志雄真實對緋村劍心，「飛天御劍流精義天翔龍閃」對「終極秘劍‧火產靈神」，劍心終於打敗了志志雄。然而志志雄不肯服輸，撐著火熱的身體繼續想向劍心挑戰，卻被由美擋了下來。由美告訴劍心，志志雄的身體因為全身燒傷的後遺症，所有的排汗組織完全壞死，體內宿著異常的高温，只能打鬥十五分鐘，然而十五分鐘早就超過，由美擔心志志雄的身體會產生不堪設想的後果，求劍心就此罷手。

劍心終於打敗志志雄，帶著垂死的重傷回到葵屋，小薰立即捎信給東京的小惠，小惠也立即趕到京都為劍心療傷。一個月之後，劍心的傷勢已無大礙，一天十本刀的獵刀張又找上劍心等人，使得眾人十分緊張，以為又有一場打鬥。原來，被捕的獵刀張和政府私下交換條件，成為警視廳的密探，此趟前來的目的是十本刀眾人的近況告訴劍心等人。

劍心傷勢痊癒後，一羣人準備返回東京。小惠特地把小薰叫出去，將劍心的身體狀況告訴她，雖然這次把命撿回來了，如果再有類似的打鬥，下次喪命可能不稀奇了，小薰聽了十分震驚，決意要堅強起來當劍心最有力的求生支柱。離開京都之前，劍心到一處墳前獻花悼祭，墓碑上沒有刻名字，只知是十年前認識的人，師父比古清十郎隨後也出現在墳前，鼓勵劍心拋掉過去，迎接未來更美好的人生。

劍心和小薰等人終於回到東京神穀道場，過著和以前一樣平靜安和的日子，彌彥還是勤於習劍，左之助依然在這裏當食客混飯吃，當然免不了要做些雜活。然而因為長久的旅行，小薰幾乎已是身無分文，於是拜託劍心去河邊釣魚回來當晚餐。劍心到了河邊遇見一位隱士劍客，聽他談起「祈願螢火蟲」的故事，有個女孩對著螢火蟲祈願，希望她的心上人能早日放下屠刀回到她身邊。21年後，男子回來了，然而女孩卻在一年前死了。

爪哇國的席恩王子來日訪問，正值爪哇國王過世不久之際，所以西方列強看準了爪哇，想把它攻下當殖民地，於是買通日本國內的暗殺集團準備暗殺王子。王子第一次遭襲時，恰巧遇見劍心仗義相助而逃過一劫，但王子卻因身體虛弱無法參加隔日的國宴，老侍衞見彌彥長得跟王子十分相似，於是請求彌彥扮成王子前去赴宴，劍心等人則扮成他的隨從。

左之助在神社附近救了一隻狗，當時這隻狗已經奄奄一息，左之助立刻請小惠幫它診治，並且為它取名「野太郎」。野太郎是隻像熊一樣的大狗，愛偷東西厚臉皮又愛吃，因為撿到政府機構秘密金庫的鑰匙，被壞人追殺才流落在外。到了神穀道場後又把劍心的逆刃刀跟丁字褲，以及小薰的新草鞋、彌彥的竹劍都咬去藏起來，氣得小薰將它逐出家門。

七夕到了。好心的阿妙看劍心跟小薰的感情一直沒什麼進展，想在一旁使點力撮合他們。七夕這天，阿妙一早就到神穀道場騙劍心今天是小薰的生日，叫他準備特別的禮物。誰知劍心居然跑去河邊釣魚，釣了一尾好大的鯰魚回來，卻得不到小薰的歡心，因為小薰期待著七夕這天劍心會送他一隻訂婚戒指向她求婚。

劍心等人回到神穀道場後過著祥和的日子。一天京都的小操來信説京都發生很可怕的事情，有人陳屍在河面，屍體上刻著西洋文字和圖樣。經葵屋御庭番眾調查結果顯示，這些人的死跟天主教徒有關，並且那個殺手也練得一身高超的飛天御劍流，並且也習會天翔龍閃。

仁志田兵衞曾是飛天御劍流門下弟子，但在最後學習天翔龍閃的時候沒有成功，墜入瀑布生死未卜。十幾年後有人在中國大陸見過他，才知道他人在大陸並且收了一個徒弟天草翔伍。兵衞原是天主教徒，翔伍也是天主教徒，兵衞將飛天御劍流傳授給翔伍，希望翔伍能用它來發揚天主教，誰知翔伍一意想為在日本被迫害的教徒報仇，憑他習劍的天份超越師父兵衞的功力，並且自創了一招「雷龍閃」，將師父傷成失明。

劍心為了阻止天草翔伍發動宗教報復，帶著小薰等人前往島原一探究竟，途中遇見舊識荷蘭領事館的領事艾爾斯坦先生，還到領事官邸小敍。領事是一為虔誠的天主教徒，聽劍心説島原可能會有宗教之亂，立即答應劍心必定傾全力相助。

倆個同習飛天御劍流的劍客終於對上了，緋村劍心對天草翔伍。劍心決定應戰是因為，飛天御劍流是用來幫助人們拯救人們的性命，而不是用來殘害生靈，所以他認為翔伍沒有資格使用飛天御劍流，希望讓翔伍瞭解做人的道理。第一招，劍心使出「龍捲閃」，翔伍隨後也使出「龍捲閃」，威力在劍心之上。

劍心中了天草翔伍的雷龍閃，雙目失去了光明，暫時在島原的一處破屋裏療傷，然而劍心若想恢復光明，則必須和翔伍同時使出天翔龍閃再度決戰，可是以劍心目前的情況來看似乎十分困難。翔伍是個有宗教熱情的人，對於同是遭受迫害的天主教信徒們懷著崇高的使命感，希望為大家建立一個上帝的國度，讓大家過著幸福的日子。

鬼王其實不是虔誠的天主教徒，而是信奉惡魔的大壞蛋，他投靠翔伍只是為了實現自己的野心，在日本國內發動戰亂，將政權交給荷蘭人，然後自己當殖民地的國王。由於翔伍不知道他的野心，也反對和荷蘭人合作，因此鬼王決定除掉翔伍，自立為大主教發動戰亂。左之助及小夜發現鬼王的陰謀企圖阻止他，卻被鬼王關了起來，就在第二天的聖靈之日鬼王即將除掉翔伍。

鬼王背叛的陰謀被小夜等人發現後，命令屬下將小夜、莊三、左之助等人關進鐵牢裏炸死。炸彈爆發時，莊三用身體護住小夜和左之助，自己身受重傷，小夜看了十分不忍，和左之助兩人合力清除殘垣想救出莊三，卻被鬼王的爪牙發現，想把他們三人一網打進。

鬼王出賣翔伍等人，向縣令密告翔伍將帶領信徒造反，縣令於是帶領大批軍隊來到島原，企圖一舉消滅這些隱藏的天主教徒。翔伍在知道被軍隊包圍之後，向聖靈之丘的88名教徒喊話，希望他們拿起武器消滅上帝的敵人和軍隊作戰，翔伍將帶大家上天堂。信徒們在翔伍的號召之下抱著死後上天堂的必死決心奮勇和軍隊作戰，也一一陣亡了。

劍心為了阻止天草翔伍繼續讓更多無辜信徒犧牲，苦勸翔伍企圖喚醒他心中的善良仁慈，翔伍深知殺人之後的痛苦與愧疚，可是就是無法面對自己不是上帝只是一介凡人的事實，最後依然選擇和劍心以天翔龍閃做一了結。劍心雖然雙目失明，但卻更能洞悉翔伍的動靜，速度也比以前快很多，瞬間將翔伍擊倒在地，幸好劍心使用的是逆刃刀，翔伍才不至於斃命。

劍心降伏天草翔伍之後，翔伍與信徒們即被官方押禁在看守所，信徒們可能被判流放，翔伍可能被判極刑。劍心與荷蘭領事艾爾斯坦為了拯救他們四處奔走，艾爾斯坦甚至上書日本政府要求釋放翔伍等人，最後日本政府為了不願重蹈迫害宗教信仰自由的悲劇，卻不能不對這幫人造成的混亂做出懲戒，最後決定取消翔伍的極刑，判他跟信徒們一起流放國外，不過要在有國家願意收容他們的情況下。

劍心等人一路搭船返回東京，因為船隻耽擱使他們不得不在下關待上三天。下關是個港都，吃不完海鮮美味，尤其河豚更是出名，劍心還吃到過敏手指發麻。後來在鎮上遇見一個自稱拔刀齋的彪形大漢，本名小川兵藏，仗著拔刀齋的名號在鎮上仗義相助，保護民眾嚇阻地皮流氓的欺壓，得到民眾的愛戴，常常給他一些保護費。

劍心等人在回東京的路上，一路來到了箱根。箱根是個出名的温泉鄉，眾人於是決定在這裏享受一晚，偏偏劍心把小薰託他保管的旅費搞丟了，只得求旅館老闆讓他們打工還債。旅館裏住著一名學畫的學生龍三郎，看見小薰後執意要為小薰作畫，接著又要求小薰跟他交往，小薰委婉的拒絕了。

劍心一行人終於回到東京，在路上遇見勝海舟的弟子大五郎，大五郎是個喜愛好科學的人，當時日本的科學並不發達，於是他每天沈浸在西洋科學的翻譯書籍裏。這天，大五郎跟老師勝海舟外出遇見歹徒襲擊，正巧劍心等人路過出手相救，事後勝海舟假裝嫌大五郎沒出息保護不了老師，於是叫他跟小薰習劍，學不好劍術就不准他回來。

劍心在探訪勝海舟的歸途上遇見歹徒埋伏，這名歹徒是「紅葵」的人名叫柴田，以為劍心是勝海舟僱來來對付他們的，想把劍心除掉，事後知道劍心只是一個浪人劍客，也就沒有再為難他。

明治十一年，東京下町流傳「拔刀千人斬」殺手，連續於夜間出沒，濫殺無辜，並自稱師出神谷活心流，使得神穀道場的代理師父「神谷薰」急得四處搜尋。在誤打誤撞之下，神谷薰認識了浪人緋村劍心，並在其幫助下找到兇手原是當年被薰父逐出師門的比留間伍衞。「假拔刀齋事件」落幕，薰感激之餘，誠心留下浪人，央求他協助重振神穀道場。

劍心等人趕到兩源寺救逸子，不料大五郎卻被「紅葵」首領柴田一劍刺中，當場倒地，劍心等人一氣之下出手製服了所有紅葵份子。之後警察居然出現了，説是有人寫信去通報，有個年輕女孩被挾持在這裏，而且通報信還有兩封。劍心馬上察覺到一封是勝海舟寫的，而且勝老至今尚未前來救女兒，必定身陷險境，立刻趕往勝府一瞧究竟。

德國名醫漢斯博士治好由太郎的手傷，帶著由太郎一起前來日本，神穀道場的友人見到由太郎歸來個個欣喜若狂，尤其彌彥更急著找由太郎比劍，後來由太郎正式入門神谷活心流，成了彌彥的師弟。然而漢斯博士此次來日其實是為了尋找「神聖靈藥」，而德國的神秘組織黑騎士也隨後趕到，想要奪取漢斯博士身上的地圖，搶到了地圖後還想把漢斯博士殺掉，幸好劍心即使趕到救了漢斯博士一命。

漢斯博士的地圖雖然被黑騎士團奪走，但他已經將地圖所示的靈藥所在地寫成一篇文章，劍心等人於是照著文章的提示來到了諏訪湖。而另一方面，黑騎士團等人勾結上真田忍者的大頭目御沙雉，御沙雉是位少女，答應黑騎士團將靈藥找出來給他們，但是也要求黑騎士團在完成支配世界大業後將日本歸她，雙方達成協議結成同盟。

劍心等人為了尋找漢斯博士所説的「靈藥」，來到了信州的諏訪湖，巧碰遇到小操前來調查真田忍羣的動向，於是便結伴同行。路上，彌彥突然肚子痛，幸好碰到一位好心的獵人相助，並且從獵人口中得知新線索，一羣人便來到了龍神湖，順著漢斯博士的文章一路找下去，終於到了最後一關，打開最後一道門。

劍心等人中了御沙雉的陷阱跌落地底洞穴，藉著左之助神拳擊碎石牆才順著地下水脈流出脱困。到了水潭邊遇見被真田忍羣逐出師門的忍者戒太，戒太當時身受重傷，由太郎不顧他是敵軍依然出手相救，戒太感恩於是帶領劍心等人走秘密通道回到原來的地方，準備搶救靈藥。

劍心等人出戰真田三人眾，因不得其法連連敗退，不僅劍心的土龍閃失靈，連左之助都受傷不輕，後來得戒太的提醒，破了蝙蝠羣才降伏真田三人眾。另一方面，真田忍羣的大頭目御沙雉依約帶黑騎士團來到種滿「神聖靈藥」的花園，梅達斯中尉見大功告成居然想殺御沙雉過河拆橋，薛奈特少尉看不起這種背信行為，挺身保護御沙雉，卻不敵梅達斯而受傷倒地。

劍心等人為了保護神聖靈藥之花，和黑騎士團展開一場決鬥，由於梅達斯中尉御馬工夫精湛，使得劍心無法接近他而頻頻敗退。後來梅達斯用長矛在地上畫出火花，使得靈藥花海變成一片火海，劍心於是使出天翔龍閃將中心變成真空引來火焰，逼得馬兒開始奔竄，梅達斯終於落馬墜地，到了地上的梅達斯當然不是劍心的對手。

小操留在神穀道場作客，樂得不想回京都去。這天阿增和阿近特地帶來翁老的信函，催小操儘快回京都，別老待在神穀道場麻煩劍心等人，最令小操驚訝的是，蒼紫居然也來了。起初小操還有點鬧彆扭，後來終於乖乖的跟蒼紫回去，還跟小薰等人上街買了許多禮物準備送給葵屋的人。

兩三百年前江户風水師的風族及水族的恩怨在今天明治時代的東京再度爆發，大街小巷發生怪事，接著就有風水師出現指點迷津，然後就是企業家出場買地設置「石敢當」，連阿妙的「赤別户」都遭魚池之殃，一把無名火幾乎燒掉整個店面，接著企業家佐伯出面請他們搬到別處經營。

大和風水的水族一派，企圖破壞德川家康時代由風族擺下的「永劫之陣」，到處製造災變收購土地，想改變龍脈的流向。如果成功整個關東地區將毀之一旦，而赤別户和神穀道場都在法陣範圍之內。一天風族後裔陣風出現在神穀道場，向劍心等人説明這個事件的來龍去脈。

由於中了水族族長靈水的邪氣法術，小薰的身體將會腐爛而死。而解藥只有武藏野的地下龍脈泉水。劍心與陣風冒著生命危險來到武藏野，在隧道里突破層層障礙後終於找到泉水，卻發現龍脈之氣已經被水族歹徒所利用，並且朝著東京府內前進，意圖毀壞著名的德川家。

劍心與陣風終於取回龍脈泉水，救回小薰的性命。二人隨即又啓程轉往日光東照宮，欲找尋改變龍脈流向的地點，以拯救整個東京。然而，關鍵所在卻是德川家康所留下來的一枚翡翠紋章。該紋章原本被嵌在家康靈廟的陽明門上，當劍心尋到時卻已遭人掉包。

劍心、陣風、左之助三人趕到戰場之原，企圖阻止靈水發動「玉座之陣」來操縱龍脈行兇。由於劍心和左之助進不了結界，只剩陣風和靈水二人展開一場「風與水的決鬥」。最後，靈水身亡，但佐伯依然操縱著「玉座之陣」，而陣風已身負重傷，於是隻能靠劍心和左之助獨力破除「石敢當」毀掉「玉座之陣」。