巢鴨站

此站有JR東日本的山手線、都營地鐵的三田線停靠，是轉乘站。

都營地鐵三田線途經目黑站與東急目黑線實施互相直通運行。

JR東日本所屬的巢鴨站是一個設有島式月台一座、兩條乘車線的地面車站，檢票口設置在大冢車站側。雖然是地面車站，但JR東日本所屬的月台區實際上是設置在一個類似地塹構造的區域內，車站南口人行陸橋與白山通的陸橋以立體方式與鐵路交叉，月台則設在陸橋的下方。

2007年時（平成19年）6月1日，車站北側建造了一棟與車站本體相連的地上5層車站大樓“atré-vie巢鴨”（アトレヴィ巣鴨），配合此改建計劃巢鴨站也在原本既存的南口與北口之外，增建了一個朝向白山大道方向的新出口，命名為“正面口”，並將原本設在南口方向的主出口改移至正面口處。相關的改建工程一直進行到2010年時才結束，並於2010年（平成22年）3月25日舉辦atré-vie巢鴨的開幕儀式。

鄰接的山手貨物線（湘南新宿線等）設有留置線，有保線用車輛停放於此。

（來源：JR東日本:車站構內圖）

JR東日本的站區內設有電動扶梯、電梯與多機能洗手間等設備。在票務設備方面，站內設有13台自動售票機、13台自動補票機，與一個派駐站員的補票窗口。

都營地鐵所屬的巢鴨站，是一個設有一座島式月台兩條乘車線的地下車站，其檢票口與票務櫃枱位於地下一樓，月台則設置在地下二樓。島式月台的兩端都設有手扶梯，但特別值得一提的是靠近西北端的那台是特殊的慢速手扶梯。這主要是因為該方向是前往巢鴨地區著名的“拔刺地藏”（とげぬき地蔵，正式寺名為高巖寺）最主要的交通動線，經常有高齡長者使用，因此特別設置慢速手扶梯降低意外發生幾率。

都營地鐵站區的檢票口共分南北兩側，其中靠千石車站方向的南側檢票口還分兩處，以疏解利用此站轉搭JR山手線的大量旅客。北側的檢票口則是前往參拜刺拔地藏與地藏通商店街的主要路徑。該剪票口附近有定期券售票處。

本站的西巢鴨側有南行線往北行線的單向橫渡線。

本站為巢鴨站務管區的所在站，管理巢鴨站務區白山站-本蓮沼站間。巢鴨站務管區還管理上野御徒町站務區（大江户線牛込神樂坂站 - 新御徒町站間）、高島平站務區（志村坂上站 - 西高島平站間）。

大冢（JY 12）－巢鴨（JY 11）－駒込（JY 10）

都營地鐵

千石（I 14）－巢鴨（I 15）－西巢鴨（I 16）