中國科學院國家基因研究中心

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1998 年 ， 基因中心作為中國大陸的參與單位，加入由政府和其它公共資金支持的國際水稻粳稻（ Oryza sativa ssp japonica ）基因組測序計劃（ International Rice Genome Sequencing Project ， IRGSP ），承擔了第四號染色體的精確測序任務。該項目在國家人類基因組南方研究中心和中科院遺傳與發育生物學研究所等單位的協作下順利完成。

基因中心現有研究人員 42 名，其中副高以上研究人員 4 人，博士研究生 15 名，在職研究生 8 名。研究部門由三部分組成：測序部、生物技術部、生物信息學部。目基因中心已向公共數據庫遞交了超過 5 千萬鹼基的水稻基因組 DNA 序列數據。今後基因中心將以水稻以及其他動植物和微生物基因組為研究方向，開展功能基因組研究 ^[1]  。

自2007年以來，新一代 DNA 測序方法的誕生和技術逐漸成熟為大規模發現和利用水稻遺傳資源開闢了有效的新途徑。 基因中心及時利用高通量分析新技術，率先開發了高通量基因型鑑定的方法。這種新方法集低時耗、高性價比、高密度和高精度等眾多優點於一身。採用這一方法完成了一組秈、粳稻重組自交系的基因型鑑定，與廣泛應用的分子標記相比，新方法在速度上加快了 20 倍，在精度上提高了 35 倍。分析這種高分辨的遺傳重組圖譜直接將控制株高的著名 “ 綠色革命 ” 基因精確定位到了 100kb 的範圍內 ^[1]  。

剛剛啓動的研究課題定位於完成對數百個代表我國水稻種質資源的栽培品種進行全基因組再測序。迅速、大量地鑑定覆蓋全基因組的單核苷酸多態性，全面深入掌握我國水稻資源的遺傳多樣性。基於這一研究系統，全國水稻研究者可以對重要農業性狀進行關聯作圖分析，並大規模、高效地定位、克隆控制各種重要性狀的基因，探索基因組輔助的分子育種手段。其方法可以推廣到對其它作物的基礎和應用研究中，進一步保障我國糧食安全。同時嘗試的高通量功能基因組研究的新技術還包括表達組和染色質免疫沉澱測序。已經啓動了對水稻秈、粳兩個亞種主要品種的高通量轉錄組測序及功能研究；另外，還將開展對其它植物（能源植物）的高通量基因組和轉錄組測序和研究，從而將最初以測序為目標的基因組學發展到以測序為手段，支撐大規模、高通量研究基因的結構基因組、比較基因組和功能基因組學研究的新階段。不斷推進和利用基因組學的思想和方法，系統、深入地研究遺傳學、植物學和水稻生物學中基礎和應用的科學問題。

基因中心研究領域主要集中在水稻的基因組測序、深度測序、比較基因組分析及功能基因組研究： ^[2] 

水稻秈粳稻精細物理圖的構建

水稻秈粳稻四號染色體的精確序列測定和序列分析

秈粳稻比較基因組學研究

水稻秈稻和野生稻BAC末端的測定

水稻比較基因組和功能基因組學

水稻4號染色體特異DNA芯片的研製及其基因表達譜的繪製 ^[2] 

水稻全長cDNA庫的構建和序列分析

水稻T－DNA插入突變體庫插入位點的序列測定和數據庫的構建

水稻重要生物學功能基因的鑑定

建立以第二代測序儀為基礎的高通量功能基因組研究技術體系

基因組水平上基因註釋相關軟件開發及平台建立 ^[2] 

水稻秈稻cDNA數據庫構建及其它相關數據庫的構建

水稻高通量測序數據分析（包括秈粳稻重組自交系的基因型鑑定、水稻核心種質的深度測序數據分析、水稻轉錄組數據分析等）及其它相關數據分析

^[3]  2007-12 國家自然科學獎 二等獎

2003-12上海市科學技術進步 一等獎