聖痕鍊金士Ⅱ

下落不明的上古迴路之一「雷之攜香女」就藏在私立女校「翠玲學園」裏。獲得這項情報的沙夏奉「聖山」的密令，帶著前不久成為自己新搭檔的華，喬裝為女性潛入學園。透過華的協助，沙夏逐一調查學園內學生的聖乳。然而在任務的途中，姐妹會的會長瀨田深雪，向沙夏提出了決斗的要求。

於決鬥中落敗的深雪，由於被沙夏吸吮聖乳所湧生的罪惡感，刻意迴避著自己的青梅竹馬天乃翼。而翼也誤以為原因出在自己身上，兩人因此漸行漸遠。另一方面，繼「聖山」之後，「秘儀」也派出12使徒潛入校園―可操縱矽元素登入學園電腦的汪震，以及以學生身分搜索「雷之攜香女」的吉達。吉達透過事先安排好的決鬥，發現了隱藏在翼體內的能力!

沙夏與華轉而將目標鎖定翼，然而卻被汪震搶先一步。重新展開調查的沙夏，被懷恨在心的吉達擋住去路。沙夏雖然擊敗過度自負的吉達，卻被操縱著「魔女之碑」的汪震逼入絕境。就在此時，「伊凡雷帝」的強烈炮火，化解了沙夏的危機。

以援軍身分前來的卡洽，為了救出意識遭囚禁的華，帶著新奴隸綾女潛入虛擬空間。另一方面，汪震將「魔女之碑」的迴路鑲入翼的體內，企圖將她納為己有，而後並啓動了「雷之攜香女」。而從翼的祖父天乃晴之那兒得知一切的深雪為了守護翼，使用了當初託付給自己的力量。

變身為銀瓷騎士的深雪，挺身面對化為「魔女之碑」的翼。和綾女一同潛入虛擬空間的卡洽儘管察覺汪震的企圖，卻被半途殺出的新敵人擋住去路。另一方面，終於醒來的沙夏透過由理，得到來自總主教會議的傳令，以及神罰執行部的出兵消息。沙夏試著介入銀瓷騎士與「魔女之碑」間的戰鬥，卻不得不體認到雙方壓倒性的實力差距。

在一籌莫展的沙夏面前現身的，正是他過去最珍視的人。真冬的「劍之聖女」非但沒失去力量，並透過聖女的修行獲得掌控。她一邊療慰身心俱疲的沙夏，並立誓以此力量一同奮戰。得到「劍之聖女」加持的沙夏，對上持有「雷之攜香女」的汪震，一場熾烈的最終決戰即將開打――!!

鍊金士能力遭封印，被「聖山」軟禁的吉達，儘管和燈久違重逢，卻因不瞭解置身此處的意義而苦惱。面對悶悶不樂的吉達，「命運之母」「星之宿主」「米海洛夫的救世主」百合之母向她伸出了救贖之手。見識到百合之母驚人的預言命中率，以及燈等人奉獻的姿態…敵人真實的那一面，為吉達帶來一次又一次的震撼。

返回聖米海洛夫學園的沙夏與真冬等人，重新回到過去安穩的日子。另一方面，開心迎接眾人的史伽，對沙夏抱持的好感如今依舊未減。而沙夏由於與敵對陣營的吉達共居校內，彼此衝突也日益升温。但這次，他們學到異於以往的對決方式——保齡球。在占卜館內附設的球道上，「聖山」與「秘儀」一決雌雄的時刻終於到來!?

一年一度的盛事「米海洛夫學園校慶」。從前一天的準備活動起，每個人都雀躍無比。在這樣的節慶氣氛，真冬卻目睹沙夏為吉達吸出聖乳的畫面。儘管曉得那是為了消除乳鎖帶來的影響，見到沙夏吸吮他人的聖乳，還是令真冬不由得為之種搖。校慶當天，依舊悶悶不樂的真冬，在沙夏邀請下一同進入秘寶館。在兩人獨處的靜謐空間裏，真冬與沙夏隨後…。

聖乳—取自女性，鍊金士操縱元素所不可或缺神聖能量……。如此神聖的儀式，沙夏對其抱持的敬意卻日益低落。見到沙夏這般模樣，大修女下令要他斷奶。另一方面，為了貧乳而煩惱的少女們，面對周遭眾多波霸亦不甘示弱，並團結一致，希望自己將來也能一樣豐滿。究竟，她們有沒有成長為傲人胸部的那一天呢!?

「萬國乳房研究會」——萬乳研，由過去某個企圖掌握世上一切胸部的男人所成立的組織。然而它卻被警察與一名少女所摧毀。出獄的男人洗心革面，試著踏上凡人的道路，但與生俱來的天性卻又讓他再次覺醒。他選擇在這裏——乳頭温泉慶祝他的嶄新事業。「宇宙乳房研究會」，宇乳研如今誕生!!

在米海洛夫學園裏，今天迎接沙夏的，依舊是個平靜的早晨。但是就在這一天，他終於得知消失的上古迴路：黃昏先導者的下落。而神罰執行部也在同時搜索到迴路的所在地，並企圖派遣兵員進入米海洛夫學園。一意孤行的神罰執行部掌管者克利弗多，與由理神父兩相對峙。另一方面，早先潛入米海洛夫學園的神罰執行部成員，也將毒手伸向了真冬！

卡洽的同班同學，品學兼優的椎崎謠，某天目睹了卡洽與華在理科教室裏的調教。謠責問卡洽，卻反倒被卡洽玩弄於股掌間。另一方面，被貶為胸奴的華，找上了奉胸部為宇宙真理的謎之團體，但她在那兒卻見到被母親帶去的謠，以及即將進行的，以嘴吸出胸部毒素的儀式。