生物信息學

本書主要涉及生物信息數據庫、序列比對、分子系統發育分析、基因組學與基因預測、蛋白質結構與功能預測、轉錄組與蛋白質組分析以及Perl語言在生物信息學中的應用等內容。

前言

1 緒論

1.1 生物信息學的歷史

1.2 生物信息學的應用

1.3 生物信息學與其他學科的關係

2 生物數據庫介紹

2.1 序列數據庫

2.2 基因組數據庫

2.3 結構數據庫

2.4 功能數據庫

2.5 其他數據庫資源

3 序列比對

3.1 概述

3.2 序列比對的得分系統

3.3 兩條序列比對方法

3.4 多條序列比對方法

4 生物信息學常用概率統計學方法簡介

4.1 概述

4.2 序列對位顯著性檢驗

4.3 貝葉斯統計在序列對位中的應用

5 數據庫搜索

5.1 數據庫檢索

5.2 數據庫搜索相似序列

5.3 序列提交

6 分子系統發育分析

6.1 系統發育與系統發育樹

6.2 距離法

6.3 最大簡約法

6.4 極大似然法

7 基因組學與基因預測

7.1 引言

7.2 基因組測序技術及序列組裝

7.3 功能基因組學

7.4 比較基因組學

8 蛋白質結構與功能預測

8.1 蛋白質結構簡介

8.2 蛋白質三維結構分類及蛋白質家族

8.3 三維結構比對

8.4 蛋白質基本性質預測

8.5 蛋白質二級結構預測

8.6 蛋白質高級結構預測

8.7 蛋白質互作分析

8.8 藥物發現與設計

9 轉錄組與蛋白質組分析

9.1 轉錄組與基因芯片簡介

9.2 基因芯片數據採集與分析

9.3 蛋白質組簡介

9.4 雙向凝膠電泳數據分析

9.5 蛋白質質譜數據分析

10 Perl語言在生物信息學中的應用

10.1 Perl簡介

10.2 數據結構和程序控制

10.3 編寫生物信息學應用程序

10.4 BioPerl應用