生物信息學

本書講述了生物信息概述、數據採集、數據庫——內容、結構和註釋、生物數據檢索、通過序列相似性標準搜索序列數據庫、多陣列數據分析等內容。

序

原版前言

縮略語

A 生物信息學概述

A1 生物信息學的範圍

A2 生物信息學與互聯網

A3 有用的生物信息學WWW網站

B 數據採集

B1 DNA、RNA和蛋白質測序

B2 蛋白質結構的確定

B3 基因和蛋白質表達數據

B4 蛋白質互作數據

C 數據——庫內容、結構和註釋

C1 文件格式

C2 已註釋的序列數據庫

C3 基因組和特定物種的數據庫

C4 其他數據庫

D 生物數據檢索

D1 通過Entrez和DBGET/LINKDB的數據檢索

D2 使用SRS(序列檢索系統)的數據檢索

E 通過序列相似性標準搜索序列數據庫

E1 序列相似性搜索

E2 氨基酸替代矩陣

E3 數據庫搜索：FASTA和BLAST

E4 序列過濾程序

E5 數據庫的迭代搜索和PSI-BLAST

F 多序列聯配：基因和蛋白質家族

F1 多序列聯配和家族關係

F2 蛋白質家族和模式數據庫

F3 蛋白質結構域家族

G 系統發育學

G1 系統發育學、遺傳分類學和存在論

G2 構建系統發育樹

G3 大分子序列進化

H 序列註釋

H1 基因組註釋原理

H2 註釋工具和資源

I 結構信息學

I1 蛋白質結構的概念模型

I2 蛋白質三維結構與蛋白質功能的關係

I3 蛋白質結構和功能的進化

I4 獲取、觀察和分析結構數據

I5 結構聯配

I6 已知三維結構的蛋白質分類：CATH與SCOP

I7 蛋白質結構預測簡介

I8 通過比較建模預測結構

I9 二級結構預測

I10 高級蛋白質結構預測與預測策略

J 微陣列數據分析

J1 微陣列數據：分析方法

J2 微陣列數據：工具和資源

J3 序列採樣和SAGE

K 蛋白質組數據分析

K1 雙向凝膠電泳數據分析

K2 蛋白質質譜數據分析

L 高階模型

L1 分子途徑的建模與重建

L2 蛋白質互作生物信息學

L3 高階模型

M 生物學中的化學信息學

M1 分子表示的規範

M2 化學信息學資源

N 製藥業中的生物信息學

N1 生物信息學和藥物發現

N2 藥物信息學資源

O 生物信息學計算的基本原理

O1 運行計算機軟件

O2 計算機操作系統

O3 軟件下載和安裝

O4 數據庫管理

進一步閲讀文獻

術語表