生物信息學

本書首先介紹生物信息學的基本概念、產生與發展及主要研究內容，安排了生物學基礎、統計學習與推斷兩章內容供讀者選學；然後依次介紹生物信息學資源、序列分析與序列比對、分子系統發生分析等基本內容；接下來學習基因組信息學、生物芯片、轉錄組信息學、蛋白質組信息學等前沿內容；最後一章介紹系統生物學這一最新領域的有關內容。

序

前言

第1章生物信息學引論

1.1引言

1.2生物信息學的產生與發展

1.3生物信息學的主要研究內容

1.4生物信息學教育與學習

問題與練習

第2章生物學基礎

2.1蛋白質的結構和功能

2.2遺傳信息的載體——DNA

2.3分子生物學中心法則

2.4基因組

2.5基因表達調控

2.6DNA測序技術

問題與練習

第3章統計學習與推理

3.1統計學習與推理基礎

3.2統計理論

3.3分類算法

問題與練習

第4章生物信息學資源

4.1引言

4.2基因組信息資源

4.3蛋白質信息

4.4生物大分子結構數據庫

4.5其他生物學數據庫

問題與練習

第5章序列分析與序列比對

5.1核酸序列分析

5.2表達序列標籤分析

5.3蛋白質序列分析

5.4生物數據綜合分析工具

5.5序列比對的基本概念

5.6雙序列比對

5.7多重序列比對

問題與練習

第6章分子系統發生分析

6.1系統發生與系統發生樹

6.2分子進化模型與序列分歧度計算

6.3分子系統發生樹的構建

6.4系統發生樹的可靠性

6.5分子系統發育分析軟件及應用

問題與練習

第7章基因組信息學

7.1引言

7.2人類基因組計劃和基因組信息學

7.3基因組結構特點

7.4基因組序列分析

7.5基因識別方法

7.6調控元件識別

7.7功能基因組學

問題與練習

第8章生物芯片

8.1生物芯片簡介

8.2生物芯片的種類

8.3基因芯片的基本原理和基本流程

8.4生物芯片的應用

8.5基因芯片數據預處理

8.6芯片數據分析

問題與練習

第9章轉錄組信息學

9.1表達序列標籤技術

9.2基因表達系列分析技術

9.3大規模平行測序技術

9.4RNA－seq測序及測序數據的預處理

9.5RNA－seq測序數據的分析

問題與練習

第10章蛋白質組信息學

10.1引言

10.2蛋白質組學常用的實驗方法

10.3蛋白質－蛋白質相互作用

10.4蛋白質翻譯後修飾的鑑定

10.5蛋白質組學的應用

問題與練習

第11章系統生物學

11.1引言

11.2系統生物學的基本概念

11.3系統生物學的基本技術與方法

11.4網絡構建基礎

11.5基因表達調控網絡

11.6代謝網絡

11.7信號轉導通路

11.8蛋白質－蛋白質相互作用網絡

問題與練習

參考文獻