生物信息學

本書共12章，內容涵蓋分子生物學數據庫、DNA/氨基酸序列比對、基因結構與功能、蛋白質結構與功能、系統生物學、合成生物學、計算生物學等生物信息學中的重點問題。

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序

前言

第一章 生物信息學的概念及其發展歷史

第一節 生物信息學的發展歷史

第二節 生物信息學的研究領域

第三節 生物信息學的主要應用

第四節 生物信息學面臨的挑戰

思考題

參考文獻

第二章 生物學數據庫及其檢索

第一節 生物學數據庫簡介

第二節 生物學數據庫的內容與結構

第三節 生物學數據庫的檢索

思考題

參考文獻

第三章 序列比對原理

第一節 序列比對相關概念

第二節 序列比對打分方法

第三節 序列比對算法

第四節 序列比對工具

第五節 多序列比對

思考題

參考文獻

第四章 蛋白質結構分析

第一節 蛋白質結構組織層次

第二節 蛋白質結構的測定與理論預測

第三節 蛋白質摺疊與疾病

思考題

參考文獻

第五章 真核生物基因組的註釋

第一節 蛋白質編碼基因的註釋

第二節 RNA基因的註釋

第三節 重複序列的註釋

第四節 假基因的註釋

第五節 案例分析：黃瓜基因組的註釋

思考題

參考文獻

第六章 蛋白質組學

第一節 蛋白質組學概述

第二節 蛋白質的大規模分離鑑定技術

第三節 蛋白質的翻譯後修飾

第四節 蛋白質分選

第五節 蛋白質相互作用

思考題

參考文獻

第七章 系統生物學

第一節 系統生物學基本概念

第二節 系統生物學基本技術與方法

第三節 先進的成像技術

第四節 基因表達調控網絡

第五節 代謝網絡

第六節 信號轉導途徑

第七節 蛋白質蛋白質相互作用網絡

第八節 虛擬細胞

思考題

參考文獻

第八章 合成生物學

第一節 合成生物學概述

第二節 合成生物學基礎研究經典實例

第三節 合成生物學應用研究經典實例

思考題

參考文獻

第九章 分子進化與系統發育

第一節 分子進化與系統發育

第二節 分子系統發育樹的構建方法

第三節 系統發育樹構建及應用

思考題

參考文獻

第十章 統計學習與推理

第一節 統計學習與推理基礎

第二節 統計模型與參數推斷

第三節 聚類分析、主成分分析與Fisher判別

第四節 貝葉斯推理

第五節 隱馬爾可夫模型

第六節 動態神經網絡

第七節 支持向量機

第八節 MATLAB的應用實例

思考題

參考文獻

第十一章 生物信息學編程基礎

第一節 Linux操作系統

第二節 生物信息學中的編程語言

第三節 SQL及數據庫編程

第四節 並行計算

思考題

參考文獻

第十二章 第二代測序技術及其應用

第一節 測序技術概述

第二節 第二代測序原理

第三節 第二代測序技術的應用

第四節 生物信息學在第二代測序中的應用

思考題

參考文獻