沼生目

葉常互生，稀對生或簇生；具葉柄、葉鞘或皆無，葉腋基部常具小鱗片。花兩性或單性，無被、單被或重被；單生或組成花序；通常具佛焰苞；下位花或上位花，通常3基數；雄蕊多數至1枚，揹着藥；雌蕊多數至1枚，心皮離生或合生，胚大，具發達的下胚軸；無胚乳或僅有微量胚乳。果實具種子多數至1枚。 ^[2] 

Alismatineae

沼生或水生；花常為異被；葉不對摺，橢圓形至線形（為線形時，不呈半圓柱狀）；心皮6至多枚，離生或合生，胚珠多枚，稀1枚。葉為條狀披針形至圓形，常呈箭戟狀；果為瘦果，常具翅或溝；胚珠1-2枚。

刺果澤瀉屬 Echinodorus

慈姑屬 Sagittaria

毛茛澤瀉屬 Ranalisma

澤薹草屬 Caldesia

澤瀉屬 Alisma

Butomineae

花下位或上位，常有花萼、花冠之分；胚珠生在心皮的內表面。

本亞目有2科。

擬花藺屬 Butomopsis

黃花藺屬 Limnocharis

花藺屬 Butomus

水罌粟屬 Hydrocleys

苦草屬 Vallisneria

泰來藻屬 Thalassia

水車前屬 Ottelia

水鱉屬 Hydrocharis

黑藻屬 Hydrilla

喜鹽草屬 Halophila

海菖蒲屬 Enhalus

水篩屬 Blyxa

Nechamanadra

Scheuchzeriaceae

花下位；花被同形，具苞片；雄蕊外向；心皮基部合生，成熟後沿腹縫線開裂，胚珠基底生，多為2枚。

本亞目僅1科。

冰沼草屬 Scheuchzeria

Potamogetonineae

多年生或一年生水生草本或沼生草本。具根莖，多為匍匐狀，少為塊狀。尋常葉常為二列式，長圓形至線形。花小，兩性或單性，下位，離瓣或合瓣，稀無；排列成穗狀花序，不分枝或分叉，多數無苞片；雄蕊6枚、4枚、2枚或僅1枚；雌蕊6至1枚，離生。果為小核果狀或瘦果狀，或為蓇葖果。

本亞目共3科。

水蕹屬 Aponogeton

水麥冬屬 Triglochin

大葉藻屬 Zostera

川蔓藻屬 Ruppia

眼子菜屬 Potamogeton

波喜蕩屬 Posidonia

蝦海藻屬 Phyllospadix

針葉藻屬 Syringodium

二藥藻屬 Halodule

茨藻屬 Najas

角果藻屬Zannichellia

絲粉藻屬 Cymodocea