數碼寶貝無限地帶

神原拓也，在他弟弟的生日那天，突然接到一個神秘的信息，讓他在17點45分到自由之丘車站搭車到涉谷，在車上又收到請在涉谷站搭地下鐵的信息。在坐電梯時，拓也見到了一個十分冷酷的男孩。而這時發生了奇怪的事情，電梯竟一直下到很深的地下！電梯打開時，面前是一個車站。拓也上了車後，發現又有3個人在同一輛車上。他們分別是柴山純平、織本泉、冰見友樹。列車到站後，4人已經來到了數碼世界。突然，沙路比獸出現到處破壞。突然拓也發現了傳説中的炎系鬥士之魂，並與鬥士之魂合為一體，用“魂進化”進化成傳説中的十鬥士代表炎系的阿耆尼獸，將沙路比獸打敗並將其的黑暗靈魂淨化。然而，退化回來的拓也卻不知道發生了什麼事。

拓也放出打敗沙路比獸的數碼密碼使消失的大地復原，而拓也見到的那個名叫源輝二的冷酷男孩也來到了數碼世界。波高獸和問答獸告訴他們數碼世界正被智天使獸破壞。純平想和友樹回現實世界，於是用巧克力作誘餌來柏帕古獸回去的方法。卻被一大羣帕古獸追着要巧克力而掉下一地下迷宮。此時輝二、拓也、泉也分別進入地下迷宮。輝二見到被帕古獸們纏住的純平和友樹，就上前打敗了柏古獸，但其中一隻柏古獸卻進化成爛泥獸。拓也此時趕到，進化成阿耆尼獸與爛泥獸戰鬥，卻突然就變回來了。但這時輝二突然遇到他的代表光系鬥士之魂，進化成野狼獸，將爛泥獸打敗。然後輝二就獨自離去了。

純平和友樹決定不回數碼世界而和大家一起。拓也又接到信息要去森林終點站。他們在某個地方見到有關十鬥士的記號和光明獸的雕刻圖樣，並聽波哥獸説了有關十鬥士和光明獸的傳説。突然許多蠟燭獸出現，原來這是蠟燭獸的村莊。波哥獸告訴蠟燭獸拓也得到了十鬥士之魂，於是蠟燭獸請大家接受招待。沒想到這是陷阱，蠟燭獸立即攻擊眾人。拓也讓眾人逃走，自己進化反擊。然而蠟燭獸不怕火系攻擊，阿耆尼獸反而被困住。這時友樹奮不顧身去救阿耆尼獸，突然冰之魂飛了出來，友樹立即進化成冰熊獸。但一隻蠟燭獸進化成巫師獸，並用分身法迷惑阿耆尼獸。冰熊獸提醒阿耆尼獸看影子，終於打敗了巫師獸。眾人又繼續上路了。

拓也他們在前進路上遇到岔路，拓也、友樹和泉、純平分別走一邊。泉、純平來到了風景蕭條的微風村，見到了輝二，但他又立即離開了。兩人遇到花拉獸，得知微風村以前是觀光勝地。於是兩人打算美化這個村以使其重新回到以前的樣子。然而蘑菇獸三兄弟突然出來搗亂，並追打純平。這時風之鬥士之魂飛了出來，純平以為是他的鬥士之魂而十分高興，然而這個魂卻不是他的而是泉的……泉進化成仙女獸，打敗蘑菇獸三兄弟。然而它們卻合在一起進化成朽木獸，將仙女獸打退化。這時輝二趕到，進化成野狼獸終於打敗了朽木獸。他將黑暗靈魂淨化後，蘑菇獸三兄弟變回正常。輝二將數碼密碼放出，微風村變回原來那樣美麗，隨後他又離開了。拓也和友樹因為路不通而折回來，而純平為只有他不能進化而沮喪。

眾人來到株式會社風工場，打算進去參觀一下。工場的主要員工是小古加獸。大家參觀完後來到小古加獸的生活區，得知小古加獸們是被迫勞動的。於是大家決定幫小古加獸們脱離這個魔窟。但是純平因為沒有鬥士之魂可以進化而很傷心。夜裏，拓也等三人進化開始行動。仙女獸在門口引誘敵人，阿耆尼獸和冰熊獸以及小古加獸們則去破壞中樞部。然而等待大家的是場長螳螂獸和一大堆野人獸。拓也他們被打敗。這時純平終於忍不住衝進工場中樞部。而這時純平終於發現了屬於他的雷之鬥士之魂，進化成電光獸，打敗了螳螂獸。同時中樞部被破壞，小古加獸們自由了。

眾人沒有錢但是又很餓，於是決定打工。他們見到貝殼滑溜獸，聽説村裏來了個洞窟獸，抓走了村子裏的女孩來威脅它們説出山裏的數碼密碼。他們跟隨貝殼滑溜獸來到它們居住的山，見到輝二，決定聯手去救那些女孩。純平説出大家是傳説中的鬥士，結果貝殼滑溜獸臉色大變。晚上，當眾人醒來時，發現被貝殼滑溜獸綁住，想用五人來交換人質。原來土系洞窟獸也是傳説中的十鬥士之一，但是卻是屬於邪惡的十鬥士。澄清事實後，眾人進化與洞窟獸戰鬥，終於救出人質並打敗洞窟獸。沒想到洞窟獸突然轉移進化為巨人獸，實力大增。它打敗眾人並吸收了山的數碼密碼，使整座山消失了。

眾人分散了。拓也、輝二和友樹來到空中玩具王國，友樹對這裏的玩具很感興趣。而拓也和輝二為了對待小孩子的問題而吵起來。這時眾人見到熊仔獸，為了不被它纏住來玩而躲開。突然，邪惡熊仔獸出現抓走友樹，並用心碎攻擊使拓也和輝二覺得很傷心，接機逃走。拓也和輝二追到城堡處，但不慎掉入護城河，幸好一隻叫熊貓獸的數碼獸救了兩人，告訴大家玩具阿古獸被智天使獸變得邪惡。兩人進入城堡，默契地打敗了眾玩具阿古獸，並將它們的邪惡靈魂淨化。兩人來到城堡頂部，發現原來友樹只是跟熊仔獸玩遊戲機而已……最後玩具阿古獸帶三人離開玩具王國。

眾人在草原穿行時見到仙人掌獸——數碼獸小學的教師，於是決定去數碼獸小學參觀。在小學裏除了獨角獸以外的學生都排斥它。泉因為是意大利回來的所以很寂寞而很同情它。純平希望幫它交到朋友，反而受到反效果。獨角獸不小心掉到河裏，泉為了救它也掉到河裏，獨角獸進化成加布獸救了泉。兩人瞭解到獨角獸因為可以進化而被同學所恐懼。這時下起大雨，河水氾濫而有沖走學校的危險。兩人進化阻止流水，但是一個同學不小心被沖走，情況危急。這時純平和泉鼓勵獨角獸去救它，獨角獸終於下定決心進化救下了那位同學。經過這次事件，大家終於接受了獨角獸。隨後，在兩人離開草原的途中，與拓也等三人匯合了。

眾人決定在森林裏野營，大家找了些肉食蘋果來吃。在烤食物時，大家討論了有關洞窟獸使用的獸形鬥士之魂，得知每個十鬥士有兩種鬥士之魂——人形和獸形。大家在吃東西時，月亮被雲遮住時，森林暗了下來，在樹幹上突然發出光來，放出現實世界的影象，原來這是電視森林，但一會兒又消失了。友樹在睡覺時做惡夢，夢到眾人欺負他，於是突然攻擊眾人，並進化成冰熊獸不斷追擊眾人。拓也和輝二在逃走時發現一直躲在暗處觀察眾人的食夢獸，於是兩人進化，由輝二抵擋冰熊獸，拓也攻擊食夢獸。拓也被食夢獸的技能困住而做惡夢，但立即醒悟過來並明白冰熊獸也做了同樣的夢。拓也立即打敗食夢獸並淨化了它的黑暗靈魂，友樹終於恢復神智。為了道歉，食夢獸幫大家做了個愉快的夢。在大家睡覺時，輝二突然接到有關獸形鬥士之魂的信息……

眾人醒來發現輝二、波高獸和問答獸不見了，得知他們先走了，於是眾人也上路。輝二等見到一隻礦石獸，然後發現洞穴獸在礦石獸的村莊破壞。輝二進化與巨人獸戰鬥，卻被打敗。礦石獸救了輝二，輝二更從而得知鬥士之魂就在附近。此時洞窟獸遇到拓也等人，進化成巨人獸打敗眾人並搶走泉的鬥士之魂。輝二此時趕到將洞窟獸引到鬥士之魂所在處但被打退化。礦石獸保護輝二完成預言，使傳説中的光之獸形鬥士之魂出現。輝二用獸形鬥士之魂進化成獸形的加魯姆獸，然而輝二卻完全控制不了獸形鬥士之魂，但其野性還是使其暫時擊退巨人獸，隨後退化了。

洞窟獸為了打敗小朋友們，召喚了高力獸……眾人因為意見有分歧，波高獸就帶大家去找薩滿獸占卜。但是在占卜的途中，洞窟獸帶着高力獸殺到，並困住輝二不讓他進化。眾人進化迎戰，很辛苦地打敗高樂獸。但此時洞窟獸再次進化出擊，搶走了友樹的鬥士之魂。就在此時，一隻神秘的數碼獸突然出現，以壓倒性強力打敗巨人獸。原來這是薩滿獸被炎之獸形鬥士之魂所困而產生的，它請求拓也幫它解脱。於是阿耆尼獸打敗那隻數碼獸並且與獸形鬥士之魂融合而轉移進化成布利陀羅獸。然而，拓也同樣反而被獸形鬥士之魂控制了而發狂。輝二隻好進化成加魯姆獸與電光獸迎戰，到底結果會如何呢……

布利陀羅獸野性爆發而不斷攻擊同伴以及到處破壞。友樹奮不顧身地上前，對拓也説出自己的心聲，終於使拓也平靜下來，併成功退化。正當大家在森林中繼續前進時，不小心中了洞窟獸的陷阱，除拓也和友樹外其他人都不能動。拓也因為恐懼布利陀羅獸而只進化成阿耆尼獸，但被巨人獸打敗而退化。拓也為了救出被巨人獸抓住的友樹，戰勝恐懼進化成布利陀羅獸，打敗巨人獸。此時巨人獸現出擁有的四個鬥士之魂，布利陀羅獸拿走土的獸形鬥士之魂和冰的人形鬥士之魂，正想去拿風的人形鬥士之魂時，卻被洞窟獸逃走了。雖然孩子們取得了勝利，但是新的敵人也即將出現了……

眾人終於來到森林終點站，在座天使獸的指引下一直來到了一個城堡處。眾人在城堡裏遇到術士獸，由它帶領到沉睡着的三大天使之一的熾天使獸的房間。此時眾人也得知一直指引大家的是另外一個屬於三大天使的座天使獸。集合了數碼掃描器的光，使熾天使獸甦醒。大家在熾天使獸口裏得知整個事件的原因。此時，洞窟獸帶着它的同伴，另外的四個惡之鬥士的其中三個——鋼、水、木闖入。熾天使獸擁有壓倒性的力量，但是惡之鬥士瞄準眾人攻擊分散熾天使獸的注意力，最終將熾天使獸打敗並吸收了它的數碼密碼，熾天使獸變成了數碼蛋。泉衝過去搶走數碼蛋，然後術士獸犧牲自己保護眾人離開。懷着悲憤的心情，眾人乘火車離開了……

波高獸決定做熾天使獸變成的蛋的媽媽。眾人下了火車後，來到了一個封閉的山洞。這時在山洞裏的水池裏噴出水流打傷純平和友樹，原來那是巨鯨獸。眾人讓其安靜下來，得知它是因為洞窟獸的破壞而掉到這狹小的水池裏所以很難受。此時洞窟獸和代表木的邪惡鬥士怪樹獸趕到。洞窟獸變出很多高力獸來攻擊眾人。純平為了保護眾人以及拿回泉的人形鬥士之魂，與友樹一起忍住重傷進化戰鬥。然而很快被打敗而退化，這時怪樹獸更進化成獸形花龍獸，戰況十分不利。這時巨鯨獸出來幫忙，更帶來不小心吞進肚子的雷之獸形鬥士之魂。純平立即進化成獸形的雷光獸，打敗洞窟獸並將它的數碼密碼掃描，奪去土的人形鬥士之魂和風的人形鬥士之魂。這時山洞崩塌，幸好巨鯨獸帶大家來到了外面的大海。

代表水的邪惡鬥士拉娜獸因為還沒有找到她的獸形鬥士之魂而惱怒。眾人來到一個只有夏天的小島。而拉娜獸的影迷俱樂部的會員犀鳥獸發現眾小朋友，於是假裝開辦度假屋，想趁孩子們在海上的時候偷走他們的數碼終端器。然後在他們偷走男孩們準備偷泉的時候，泉還沒換衣服，這時泉聽到動靜，以為有人偷看她。這時大家發現犀鳥獸全部不見了，從而發現數碼終端器被拿走了。正在大家追趕犀鳥獸時，拉娜獸突然出現。只有泉沒有被偷走數碼終端器而進化迎戰。在戰鬥中，拉娜獸突然有感覺，潛入海底找到了自己的獸形鬥士之魂，進化成極其醜陋的烏賊獸。這進化一下使犀鳥獸們喪失對它的喜愛而決定退出俱樂部……幸虧它還未控制好獸形鬥士之魂而飄走了，眾人逃過一劫。但是這時眾人才發現犀鳥獸已經跑掉了……

眾人發現犀鳥獸向另一個小島前進。拓也和泉打算去追趕時卻被哥瑪獸阻止。眾人得知那個島原來是哥瑪獸所住的島，它們一次出去購物時突然出現旋渦使它們無法回去。泉打算幫哥瑪獸回到小島，於是眾人造船打算去消除旋渦。然而在旋渦附近大家又碰到拉娜獸。小泉進化迎戰卻被打進旋渦而退化。而此時泉發現海底裏隱藏着她的風之獸形鬥士之魂，於是泉立即進化成獸形的舒茲獸。然而拉娜獸進化成烏賊獸，向其他人攻擊以引開舒茲獸的注意而見其抓住。眾人於是不斷説烏賊獸壞話使舒茲獸脱身。烏賊獸氣急敗壞地再次發動猛攻，然而又再次控制不住身體而再次飛走……因為旋渦消失，哥瑪獸們又能團聚了。在哥瑪獸的指引下，眾人向犀鳥獸所去的秋葉市場進發。

眾人來到北方的秋葉市場，到處尋找他們的數碼終端器。友樹來到分子獸的商店，幫它打贏遊戲得到獎品。隨後友樹發現了納米獸店裏有眾人的數碼終端器，但納米獸不相信數碼終端器是大家的，只讓友樹找貴重物品來交換。友樹找不到大家，反而碰到犀鳥獸。在被友樹追趕的時候，犀鳥獸掉到河裏。友樹救了犀鳥獸，它們卻忘恩負義拿走了原本用數碼終端器換來的攝影機。這時怪樹獸搶走了犀鳥獸的攝影機，來到納米獸的店裏，要用攝影機交換數碼掃描器。分子獸從攝影機裏看到友樹救犀鳥獸的情景，明白友樹是誠實的，就把已經放入冰之獸形鬥士之魂的數碼終端器還給了友樹。友樹立即進化成暴雪獸，在阿耆尼獸和野狼獸的幫助下打敗花龍獸。此時，座天使獸通過數碼終端機讓眾人去玫瑰之明星，眾人用泉在吃東西比賽中獲得的車票乘火車向更險惡的目標前進！

眾人來到一個鎮，那裏正舉辦一年一度的運輸獸比賽，由一隻運輸獸配一個搭檔比賽。泉聽到比賽獎品與漢堡包有關，於是決定眾人一起比賽，但是對手是強敵獸人加魯魯獸（黑）與瘋狗獸的組合。在比賽過程中，獸人加魯魯獸（黑）和瘋狗獸不斷耍奸計，使比賽不能公平舉行。眾人一一破解它們的奸計，但也一一退出。最終，拓也和它的搭檔率先衝過終點，取得勝利。正當泉高興的時候，才得知獎品是可以受到漢堡村的招待而不是漢堡包……

眾人來到漢堡村，得知漢堡店店長被許多變色龍獸抓走，要他們今天晚上做好吃的漢堡包來交換，於是決定幫漢堡獸做漢堡。眾人做好後，由波高獸和提問獸來品嚐。雖然拓也和輝二説得很好聽，但兩人做的超難吃。但兩人十分不服氣，還要繼續再做……此時已是晚上，其他三人帶着友樹做的漢堡包來到外面，因為友樹做的漢堡包很好吃，三人被變色龍獸帶到一城堡處。三人見到漢堡獸店長，店長吃了友樹做的漢堡包，大加讚賞。三人進化救出被抓走的漢堡獸店長的孩子並打敗變色龍獸。此時花龍獸出現，三人才得知原來主使是花龍獸，趁三人進化成獸型與花龍獸戰鬥時，漢堡獸店長把漢堡包加工好給花瓣龍獸吃，使它吃飽而睡着了。漢堡獸一家終於團聚了。

水、木、鋼之惡鬥士被智天使獸召見。智天使獸道出鋼之惡鬥士水銀獸隱瞞了熾天使獸的資料而使其很惱怒。眾人來到黑暗大陸，不安的預感籠罩整塊大陸……眾人遇到性行温和的蝙蝠獸，但是怪樹獸卻立即出現吸收了蝙蝠獸的數據並進化成花龍獸襲擊眾人。眾人進化成獸形迎戰，但是花龍獸吃掉森林裏的樹木而變得巨大，實力大增，還能自我恢復，五獸對它毫無辦法。但眾獸團結起來，封鎖花龍獸的攻擊並用合技將其打倒，最終將搶去木之獸形鬥士之魂。此時最後一個惡鬥士——代表暗的幽暗獸出現了，出乎眾人的意料，它竟然一劍將怪樹獸殺死然後面對眾獸，一場惡戰即將開始！

幽暗獸擁有不可思議的戰鬥力，眾人根本沒有辦法傷到它，只好逃走。拓也認為大家一定能打敗幽暗獸，但輝二認為這根本不可能，而應該先逃到安全的地方。拓也想出一起攻擊的戰略，但被輝二所斥責。輝二和拓也兩人來到一個地方單獨談，輝二告訴拓也幽暗獸的實力根本還沒發揮出來，但拓也堅信大家一定能打贏。這時幽暗獸殺到，眾人只能用拓也的戰略迎戰。但是無論如何攻擊，即使是四隻獸形同時攻擊，也傷不了幽暗獸，反而被它吸收了攻擊力。此時幽暗獸向阿耆尼獸攻擊，加魯姆獸奮力抵擋下這擊而退化。拓也痛苦地叫出輝二的名字，這時幽暗獸突然舉動異常，發出黑暗力量……拓也醒來時，面前是暗之車站。已完全絕望的他坐上了通往現實世界的暗之運輸獸……

暗之運輸獸到站時，已經是拓也剛開始搭車到數碼世界的車站。就在這時，拓也眼前出現幽暗獸的幻象……等拓也乘電梯上到2樓的電車站時，被眾人用奇怪的目光看着，才發現自己變成人不像人獸不像獸的樣子。拓也來到家外，發現他又回到自己出發去數碼世界的一天。這時，他看到屋裏的自己收到信息趕去車站。他的意識希望不要發生之前的事而打算阻止他自己。在電車上，他發現一個和輝二很像但不是輝二的少年。到站後，那個少年沒能趕上輝二和拓也的電梯而打算下樓梯，卻失足摔下樓梯，躺在地下卻仍叫着“輝……輝二”。到了車站處了，拓也打算用最後一次機會阻止自己，但此時他卻看到了一直和他一起戰鬥的同伴們都上了電車，掛念同伴的心終於使他改變決定，鼓勵他自己上了電車。隨後，幽暗獸的幻象再次出現，拓也此時終於找回信心，一拳將幻影打散……接着，暗之運輸獸再次出現，拓也毫不猶豫地決定坐上運輸獸！——信心十足的阿耆尼獸走出運輸獸，他回到了數碼世界了！

泉、純平和友樹被拉娜獸和水銀獸抓了起來，數碼終端機也被奪去。此時身受重傷的輝二發現眾人但不敢輕易出戰。阿耆尼獸從塞皮庫獸處得知拉娜獸和水銀獸的去處，立即趕去。拉娜獸準備殺死純平，迫使輝二出戰。但是水銀獸和烏賊獸的實力很強，野狼獸被打倒。此時阿耆尼獸趕到，並且感受到了大自然的力量。在大自然的力量的幫助下，阿耆尼獸救出眾人，並一起以比以前強大幾倍的力量打退烏賊獸和水銀獸。然而，正當大家為重聚而歡喜的時候，水銀獸又有了更可怕的計劃……

眾人繼續向玫瑰明星前進。然而，突然一陣風吹過，眾人被吸到一個古怪的東西里。眾人正在觀察時純平突然被從牆山伸出的一隻手推到一個類似眼睛的東西處，來到了另外一個空間。突然火山獸出現攻擊純平，而且不斷地對純平説其他人的壞話，想離間他和其他人的感情。純平奮力打倒火山獸，但是心仍不能平靜。此時突然出現了電光獸的影子，説出純平以前是靠東西來交換朋友的，並弄出其他四人的假象不斷説純平的壞話。純平不敵電光獸的影子，被打退化。關鍵時刻，真正的四人闖了進來，給了純平莫大的信心，他進化成雷光獸，終於打敗了自己的影子，通過了這一空間。然而此時大家又被出現的手分別推到了另外五個空間裏。

原來把眾人困住的是鋼鬥士的獸形十數獸。友樹突然遭到神秘數碼獸的攻擊，但突然又有一神秘的全身被包住的叫做阿修羅獸的數碼獸出現，救下友樹，並稱是他的朋友。與此同時，輝二遭到可以解讀思想的天狗獸攻擊，並説出他很害怕擁有朋友的事。但輝二還是以速度制勝將其打倒。另一方面，友樹被阿修羅獸所逼迫時，想起哥哥斥責他的話，明白阿修羅獸幫助他其實是為了自己。這時阿修羅獸現出原形，原來它正是一開始攻擊他的數碼獸。友樹終於明白哥哥以前總説他很任性，會交不到朋友的話是關心他而不是氣他。友樹進化打倒阿修羅獸，帶着對哥哥的重新認識，從十數獸的身體裏出來了。

十數獸共有十個空間，分別代表十種屬性。泉在所在的空間裏被拉娜獸影迷俱樂部的蜜蜂獸們盯住，打算抓住她。誰知道每一次的陷阱都反而把自己困住而要仙女獸來救。另一方面，拓也打敗鸚鵡獸通過了一個空間，而且純平也打敗了祖利獸而逃出了十數獸。拉娜獸命令蜜蜂獸給泉吃幻象蘋果，泉吃下後眼前出現幻影，看見醜陋的自己，想起以前一次郊遊中，認識了一個朋友，本來約好晚上一起吃飯，卻因為那個學生的同學排斥她而使那個學生無奈地失約，泉為此十分地恨那個學生。拉娜獸説泉的壞話，但泉反而被激起渴望變強的意志，進化與拉娜獸決鬥。本來蜜蜂獸為烏賊獸加油，但是舒茲獸在佔下風時仍堅持不懈的意志感動了蜜蜂獸使它們決定轉為泉的影迷。泉於是努力將烏賊獸打倒並將它的兩個魂都拿走，然後也離開了十數獸的身體。現在只剩下四個空間和輝二、拓也兩人了……

純平、泉和友樹想再進入十數獸幫助輝二和拓也，卻無法突破保護罩。而此時幽暗獸突然出現，突破防護罩進入輝二所在的區域。泉立即聯絡拓也，告訴他有關十數獸以及幽暗獸的事。幽暗獸抓住輝二讀他的記憶，得知輝二的生母已死，他爸爸再娶一妻。但輝二仍想念生母而不願叫繼母媽媽。輝二來數碼世界那天是爸爸和繼母結婚三週年紀念日，輝二於是去買花送給繼母並打算叫她媽媽。幽暗獸得知這些後突然覺得很痛苦，輝二立即進化與它戰鬥。然而由於實力相差太遠，輝二很快就倒在幽暗獸的劍下。拓也通過了冰區域的試煉，本可以離開十數獸，卻因為擔心輝二而放棄離開。就在幽暗獸準備殺死輝二時，熾天使獸的蛋突然發出光芒籠罩住輝二。輝二感受到人形鬥士之魂和獸形鬥士之魂的力量合而為一，雙魂進化成貝奧武夫獸，與幽暗獸展開激烈的戰鬥。然而在戰鬥中，輝二見到了幽暗獸的姿態裏出現了一個跟自己長得很像的男孩的影子。這時由於勢均力敵，就在阿耆尼獸趕到的瞬間，貝奧武夫獸和幽暗獸同時離開了十數獸的身體。

阿耆尼獸來到第九個區域，驚異地發現水銀獸竟然可以和十數獸同時存在。水銀獸利用環境的優勢，使阿耆尼獸雖然竭盡全力卻無法傷它。水銀獸想將這次戰鬥當成它事先所設想的戲劇，於是進入“光之區域”，並釋放了先前被它吸收的熾天使獸的資料，與之融合成與熾天使獸模樣相似的“黑熾天使獸”。即使是布利陀羅獸也被輕易地打敗。純平等三人看不下去想幫助拓也，進化為數碼獸，想要進入光之區域。但黑熾天使獸的魔爪已經抓住了拓也的頭……此時熾天使獸的蛋再次發出金光，使拓也雙魂進化成阿爾達獸，打敗並且掃描了黑熾天使獸，終於奪回了熾天使獸的數據。水銀獸逃去了“鋼之區域”。而此時，熾天使獸的數據突然從武裝暴龍機裏放出到蛋裏。阿爾達獸追蹤水銀獸到鋼之區域，使用自身“火”的能力融化所有的金屬，並一拳粉碎了水銀獸的身軀將其掃描，隨後也離開了十數獸的身體。而此時熾天使獸的蛋也終於生出了巴達獸！

正當拓也等人準備出發找輝二時，十數獸突然動了起來。原來鋼鬥士將眾人吸進身體裏的真正目的是為了通過戰鬥讀取眾獸的招式的資料。現在，十數獸不但可以任意使用十鬥士的招式，當受到他們的招式攻擊時，還能使其無效並加倍反彈。大家在毫無勝算的情況下，只好逃走，卻逃到一個黑暗的封閉的洞穴。在十數獸的言語挑撥下，開始自亂陣腳，並內訌起來。危急時刻，阿爾達獸大聲告訴大家他們擁有數碼獸的能力，而且擁有團結的力量。大家找回信心，將必殺技合併起來成為新的招式，終於打破十數獸完美的防禦。阿爾達獸擊中十數獸的心臟部位並將其掃描。現在惡之五斗士只剩下幽暗獸一個。

貝奧武夫獸不斷追趕幽暗獸，並與之展開激烈的戰鬥。此時拓也等人在巴達獸的指引下去尋找輝二，卻被前方飛來的類似鋼條的東西困住，即使進化一起攻擊居然都無法使其粉碎。而此時，一個黑影正在注視着光與暗的決鬥。突然，幽暗獸佔了上風，正當它準備殺掉貝奧武夫獸時，突然猶豫了一下，反而被制住。此時黑影突然出手攻擊貝奧武夫獸，原來它就是智天使獸！它讓幽暗獸回想剛來數碼世界時的情景，使其內心再次充滿黑暗，進化成瓦爾格獸。此時拓也等在巴達獸的提示下挖地道逃出了困獄，感受到了瓦爾格獸的鳴叫聲的恐怖。瓦爾格獸的實力更加厲害，恐怖的招式差點使輝二喪命。正當它準備殺掉輝二時，輝二的終端器裏突然射出光，座天使獸的聲音讓瓦爾格獸想想它生活在人類世界的事。這使它再次變得痛苦並離開了。“難道它是人類？”輝二的疑惑即將解開了！

眾人找到輝二，正準備前去玫瑰明星，輝二卻因為要解開心中的疑惑而又離開了。拓也只好去追他，讓其他三人留在這裏。純平非常不滿這種做法，於是和泉與友樹一起去搜集情報。三人來到一個很恐怖的地方，看到一輛破爛不堪倒在地上的運輸獸，得知這裏是運輸獸的墓地。為了從它口裏得到有關薔薇明星的情報，三人儘量滿足它的無理要求。當三人終於受不了而決定不管時，運輸獸説出非常感激對它這麼好的三人，使三人非常感動。最後，運輸獸全身都開始松落，正當大家為它的死而感到難過時，卻驚異地發現它只是蜕掉了外殼，等於得到了新生……為了報答三人，運輸獸決定幫助他們去玫瑰之明星，並告訴他們惡之鬥士曾經讓它幫忙將座天使獸運送到玫瑰之明星外的城堡裏去……

幽暗獸想起輝二就是自己的弟弟，於是質問智天使獸。智天使獸讓他去憎恨輝二，再次使其心裏充滿黑暗力量。在巴達獸指引下，波高獸和提問獸與拓也會合並跟着巴達獸去找輝二。此時輝二遭到瓦爾格獸的突襲。瓦爾格獸又變回幽暗獸，告訴輝二他就是輝二的雙胞胎哥哥木村輝一，而後更將貝奧武夫獸打退化並再次進化成瓦爾格獸打算致輝二於死地。拓也及時趕到救下輝二並聽到這個驚異的真相。他鼓勵輝二去拯救輝一，但輝二無法與輝一戰鬥。拓也只好一人與瓦爾格獸戰鬥，但處於下風。看到努力的瓦爾格獸，輝二終於下定決心進化成貝奧武夫獸，與阿爾達獸同心協心打敗瓦爾格獸並將兩個暗之魂掃描。這時拓也發現，輝一就是他在回到現實世界時看到的那個人……

輝二從輝一的口中知道了他是在臨死的奶奶口中得知輝二，還知道了生母的工作很辛苦。還有就是輝一是從樓梯上摔下後醒來就到了數碼世界，而不是坐地下的運輸獸來的。眾人會合後坐運輸獸前往玫瑰明星外的城堡。但因為事情的真相很令人驚訝，氣氛很沉悶。於是拓也等人就向輝二説出自己對於兄弟姐妹的感受，而巴達獸也去安慰輝一。此時，智天使獸突然出現攻擊眾人。即使阿爾達獸與貝奧武夫獸的必殺技也對它不起任何作用！智天使獸然後使出“天堂裁決”將全部人打退化。它告訴輝一他心裏的黑暗面很強，希望他能再次回到它手下，但輝一堅決地拒絕了它。危急時刻，輝一的數碼終端器出現，暗之魂的形態更變化了。輝一進化成黑獅獸，以極有力的招式攻擊基路比獸。沒有等智天使獸有喘氣的機會，黑獅獸進化成愷撒獅子獸，以凌厲的連續攻擊打敗了智天使獸。然而數碼密碼並沒有出現，原來那只是智天使獸的分身而已。為了解救座天使獸，眾人繼續向玫瑰明星外的城堡進發。

眾人來到城堡入口處，遭到死神獸的攻擊。除了黑獅獸外的其他獸被斗篷收入了水晶球。危急關頭，黑獅獸靠敏鋭的覺察力打破了水晶球並掃描了死神獸。眾人繼續前進，來到了一個有着許多漂浮資料的房間。突然那些資料裏出現黑影並向眾人伸出黑爪。突然出現了鈴鐺的聲音，黑爪就不動了。山羊獸出現並帶眾人來到囚禁座天使獸的地方。座天使獸向大家詳細地説明了造成數碼世界的危機的經過。此時智天使獸出現並説出它的真正目的：奪取十鬥士的鬥士之魂並與它收集的大量資料融合來支配數碼世界！

智天使獸打算回收所有的十鬥士的鬥士之魂，阿爾達獸與貝奧武夫獸將其帶到城外戰鬥，讓其他獸想辦法救出座天使獸。城外，阿爾達獸與貝奧武夫獸的實力遠低於智天使獸，被打退化並奪去了數碼終端器。而純平想出打碎反射光的牆壁的辦法來消除光之牢籠。就在他們快要救出座天使獸時，智天使獸返回並將純平、友樹和輝一的數碼終端器奪走。正當它準備奪走泉的終端器時，座天使獸衝出來擋住了攻擊。座天使獸嘗試淨化智天使獸但失敗了，只好利用智天使獸對她的愛拿回數碼終端器，交給孩子們。淨化智天使獸失敗，為了保護數碼世界，無奈只可以消滅他，但是智天使獸的力量遠大於座天使獸的想象，座天使獸無法打倒智天使獸。然後，座天使獸用最後的力量，犧牲自己使拓也和輝二的數碼終端器升級，並提示他們要將十鬥士之魂融合起來。眾人將各自擁有的鬥士之魂給拓也和輝二，五種屬性的鬥士之魂合五為一，終於成功使拓也和輝二超魂進化成愷撒暴龍獸和瑪格納加魯魯獸！

愷撒暴龍獸和瑪格納加魯魯獸經過奮戰打退了智天使獸，但同時城堡也塌了。輝一不小心從城堡上掉下去，幸好瑪格納加魯魯獸及時救了他。在退化後，泉等人的魂又回到了各自的數碼終端器裏。在泉的鼓勵下，輝一打算向輝二道謝。但此時突然從地下冒出冰柱攻擊眾人。原來是從地下監獄逃脱的冰惡魔獸。它封住了拓也和輝二的數碼終端器，使他們不能進化。而仙女獸等的實力與其相差甚遠。冰惡魔獸更不斷地折磨眾人，最終惹惱了愷撒獅子獸。在他的奮力攻擊下，拓也和輝二脱困，暴雪獸救出了舒茲獸和雷光獸，集合四獸的力量終於打敗了冰惡魔獸。此時，在上空出現了智天使獸真正的所在之處。

拓也和輝二來到上空與智天使獸決戰。打鬥十分激烈，但由於拓也和輝二的配合非常默契，智天使獸正中炎龍擊。正當兩人以為打敗了智天使獸時，卻驚異地見到智天使獸擁有自我復原能力。而智天使獸使用搜集來的數碼世界的資料使實力大增，愷撒暴龍獸和瑪格納加魯魯獸被打得無還手之力。後來，瑪格納加魯魯獸發現了智天使獸藏在額頭裏的資料是打敗它的關鍵，於是利用自己的身體當作盾牌擋住智天使獸的攻擊，讓愷撒暴龍獸去接近智天使獸……瑪格納加魯魯獸倒下了：“去吧，拓也！”憤怒的拓也將鬥志燃燒成火焰，一擊命中智天使獸的額頭，並將其掃描了。然而正當大家歡慶勝利時，真正的陰謀才開始露角……

大家正在高興時輝二察覺到消失的大地並沒有因為智天使獸被打倒而復原，此時遠處的山更被掃描了！大家趕過去後，發現一隻叫巴羅獸的數碼獸。大家進化後他得知眾人是繼承十鬥士鬥士之魂的孩子們，於是帶大家參觀數碼世界的歷史。眾人進一步瞭解到古代十鬥士將光明獸封印的歷史並得知了從頭到尾都是光明獸在搗鬼，使智天使獸變邪惡到處吸取資料，並奪走了智天使獸被擊敗後放出的資料以求解開封印而復活。此時該地區的資料也受到了威脅。原來光明獸派出了手下的皇家騎士-君主獸和領主騎士獸到處吸收資料。為了保護數碼世界，眾人進化與皇家騎士戰鬥。但是君主獸和騎士領主獸超乎想象的強大，連愷撒暴龍獸和瑪格納加魯魯獸都不是他們的對手。在君主獸和騎士領主獸的攻擊即將擊中孩子們時巴羅獸挺身保護孩子們承受了攻擊而被殺死。而皇家騎士並不罷手，君主獸用極恐怖的必殺技將眾人打飛到了月球。

輝一醒來後發現大家來到了一個神秘的地方，併為自己沒有任何傷而疑惑。眾人見到了一些數碼獸，得知受到皇家騎士的攻擊，大家被空間扭曲帶到了數碼世界的三個月亮的其中一個。在月亮見到數碼世界的資料不斷減少，大家都很着急。大家想了許多方法回去，卻被圍繞“地球”的一條電磁場阻止。後來，聽漢堡獸説以前他們的同類移居到“地球”時是在另外兩個月亮重疊後的瞬間順着電磁場做到的。於是大家找到一個火箭，製作了一個巨大彈弓，在準確的時刻彈向地球。沒想到在通過電磁場後，卻撞上了小行星羣，失去動力而漂浮在太空中。幸好這時火箭落到一條鐵軌上，在運輸獸的幫助下回到了“地球”。

大家來到了鋼之區域，卻突遭射手獸的攻擊。此時眾人眼前突然出現另外四個孩子。那四個孩子指揮天使獸打跑了人馬獸。戰後，友樹發現其中兩個孩子就是常欺負他的鐵平和勝春。大家跟他們交談後，得知當時有許多孩子來到數碼世界，但只有拓也等6人繼承了十鬥士之魂，座天使獸就讓其他人在森林車站回數碼世界。但這4個孩子不想回去，座天使獸只好讓天使獸保護他們的安全。四人不但不聽拓也等人讓他們回去的勸告，還勸拓也等人回去。此時射手獸帶了大批人馬獸來複仇，天使獸以一敵眾，沒有佔優勢。而此時另外一些人馬獸則攻擊鐵平等人，友樹奮力救下鐵平，並與拓也等人一起進化打敗敵人。鐵平和勝春明白到只有友樹等人才能可以守護數碼世界，便決定回現實世界。然而此時皇家騎士突然出現，殺死天使獸並抓走了勝春等4人以及友樹……

皇家騎士將5人帶到豆之樹村，想逼他們説出“鑰匙”的位置。眾人見到被關起來的豆豆獸和豆豆獸長老。友樹得知聖春等人曾經來過這裏，豆豆獸們用僅存的豆來招待他們。為了報答，四人就在離開前在村裏種下了種子，沒想到今天長出了高聳入雲的豆之樹，並鎖住了這塊土地的數據。所以皇家騎士要找到鑰匙來奪取資料。騎士領主獸用掃描勝春的資料來威脅豆豆獸們，而拓也等人及時坐運輸獸趕到，並進化與皇家騎士戰鬥。經過激烈的戰鬥，拓也和輝二再次敗在皇家騎士手下，豆獸長老只好説出鑰匙的位置。這塊土地也被皇家騎士吸收了。勝春等四人離開了數碼世界。

眾人來到創始村，見到了許多數碼蛋以及守護數碼蛋的天鵝獸，並幫助天鵝獸照顧嬰兒。眾人得知原來負責運送嬰兒的運輸獸們都躲起來了，就去勸説他們再次幫忙，遭到拒絕後大家返回創始村，卻發現皇家騎士已經來到村裏，並打傷了天鵝獸。為保護數碼蛋，拓也和輝二進化拖延時間讓大家運走數碼蛋，愷撒暴龍獸和瑪格納加魯魯獸為了防止攻擊時傷害到數碼蛋而沒有還手，過了一會兒兩人就退化倒下了。此時，嬰兒數碼獸為保護拓也和輝二噴出無數泡沫來阻擋皇家騎士，使運輸獸十分感動而決定立即運走數碼蛋。此時奇蹟出現，另外曾經的四位邪惡鬥士的數碼蛋飛往和皇家騎士戰鬥的場地，使用鬥士之魂進化了十鬥士，孩子們也進化，集合十鬥士的力量攻擊皇家騎士。皇家騎士見勢不秒，立即掃描了創始村資料並撤退了，而四個鬥士也消失了。雖然沒能保護到創始村的資料，但以前的敵人復活並幫助我方守護了數碼蛋，也使孩子們非常高興。

眾人趕到火焰村，目睹旁邊的森林被掃描而憤怒不已。在聽了數碼獸們的指責後，拓也等人決心一定要守護這個村。不久，兩隻骷髏撒旦獸來到這裏打算掃描火焰村，拓也和輝二進化打敗它們。但沒想到又出現了一隻骷髏撒旦獸，敵人靠三打二佔據了優勢並得知了資料的位置。該村的居民數碼獸終於忍不住而團結起來攻擊骷髏撒旦獸，保護了資料，拓也和輝二趁機奮力全殲骷髏撒旦獸。正當大家高興時，領主騎士獸突然出現並奪走了火焰村的資料。

眾人及時趕到救下被皇家騎士的手下騎士獸攻擊的礦石獸，但該地區的資料還是被領主騎士獸吸收。聽皇家騎士説還有三個區域——森林之國、冰雪之國和光明之國，眾人於是立即趕往森林之國。礦石獸非要跟着去，要幫助大家。輝二瞭解它的性格，於是答應帶他們去。在森林之國，皇家騎士帶着大批騎士獸進攻熾天使獸的宮殿，但是卻突破不了防護罩，於是皇家騎士去找其他突破口，留下騎士獸看守宮殿入口。眾人也兵分兩路，由輝二和礦石獸對付騎士獸，拓也等人去追皇家騎士。拓也等人突然聽到召喚，進入了宮殿，發現了該區域的資料。此時防護罩被突破，而拓也等人則發現是已死的術士獸召喚他們並保護他們。另一方面，騎士獸可以使自己破碎的身體重新組合，使瑪格納加魯魯獸和礦石獸陷入苦戰，而領主騎士獸更返回並擊敗瑪格納加魯魯獸。礦石獸為自己無法幫忙而自責，進化成完全體隕石獸來幫忙，但還是被領主騎士獸打退化。在城堡之內，愷撒暴龍獸和君主獸戰鬥，在城堡之外，瑪格納加魯魯獸和領主騎士獸戰鬥，雙方勢均力敵，但是不慎被君主獸奪走數據，於是皇家騎士撤退。礦石獸為了不成為累贅，決定離開眾人的隊伍。

眾人先行到達包括秋葉市場的冰雪之國作戰鬥準備並送走這裏的數碼獸。但塞皮庫獸從它的回力鏢發現有許多數碼獸在皇家騎士前來的路上阻擋它們。於是拓也和輝二立即進化衝去戰場，而其他人則在做好的雪球發射器準備好援護拓也和輝二。實力相當強勁的數碼獸們都完全不是皇家騎士的對手，紛紛被打敗。拓也和輝二在眾人的援護下跟皇家騎士展開激戰。戰鬥中眾人不慎遭到攻擊，輝一再次為只有自己沒受傷而疑惑，領主騎士獸就説他只有靈魂沒有肉體。此時，愷撒暴龍獸在與君主獸的戰鬥中佔上風，領主騎士獸只好前去幫忙。成長了的愷撒暴龍獸和瑪格納加魯魯獸絕對不會輸給君主獸和領主騎士獸，就在拓也和輝二就快打敗皇家騎士時，君主獸把打散的資料重組好，吸收了數據並與領主騎士獸撤退。

眾人來到最後的區域——座天使獸的城堡，並見到守護該宮殿的納芙蒂獸。宮殿裏有無數的藏書，為了在皇家騎士之前找到鑰匙，大家分頭去翻書，度過了最後一個安寧的晚上，而輝二發現輝一總是精神恍惚的樣子……到了第二天，眾人仍一無所獲，而皇家騎士也在此時趕到，並説出納芙蒂獸就是鑰匙。拓也和輝二進化與皇家騎士死鬥，皇君主獸和領主騎士獸陷入苦戰，在愷撒暴龍獸和瑪格納加魯魯獸即將取勝時，光明獸突然使用技能使拓也和輝二倒下，而皇家騎士也成功吸收了最後一塊區域的資料。光明獸復活了，數碼世界被毀滅了！？當光明獸出現在大家面前時，大家都很吃驚。光明獸竟然是一個少年般的天使。光明獸要對眾人趕盡殺絕，幸好運輸獸及時出現將眾人送到了月亮。

大家來到了金黃色的月亮上，為數碼世界的完全消滅而沮喪。這時，大家發現原來運輸獸們把數碼蛋運到了月球上，並且另外兩個三大天使也重生了。於是大家再次振作起來決心打敗光明獸奪回數碼世界。這時，光明獸以殺死孩子們作為賜給通往人類世界的鑰匙的最後條件，讓皇家騎士到月球上去。愷撒暴龍獸與瑪格納加魯魯獸與皇家騎士進行決戰，終於打敗了皇家騎士。正當兩獸準備掃描皇家騎士時，光明獸出現並掃描了皇家騎士，並且進化成為墮落形態。在墮落形態極為恐怖的攻擊下，拓也和輝二被輕易打敗，三個月球也隨之毀滅。

眾人在三大天使的成長期的幫助下又集結起來，並商量“光和暗合而為一”的事。此時，他們發現從已毀滅的數碼世界處鋪出一條通路，而通路的盡頭處就是現實世界！為了阻止光明獸到現實世界，大家決定做最後的死鬥！但是，光明獸墮落形態的實力驚人的強大，沒多久除了輝一外其他人都被打退化了。正當光明獸準備對眾人痛下殺手時輝一奮力救出眾人，自己卻陷入光明獸恐怖的攻擊中。輝一指出能使光和暗合而為一的不是光明獸後被攻擊打得只剩下靈魂了……他將暗之魂交給輝二對眾人表示了感謝，最後，説出自己其實已經死了……光明獸吸收了輝一的資料，憤怒的拓也和輝二將所有的魂都集合起來，“古代魂進化”成為兩人合為一體，集合十鬥士的魂的力量的須佐之男獸！

光明獸墮落形態（以下簡稱“光墮”）吸收了輝一的資料，憤怒的拓也和輝二將所有的魂都集合起來，進行了“古代魂進化”兩人成功的合為一體，進化為了須佐之男獸！須佐之男獸向光墮發起挑戰，但對手真的很強，須佐之男獸處於下風。不過後來拓也和輝二發揮了鬥士之魂的真正力量，破解了光墮的招式，以“天羽羽斬”將光墮打敗，並掃描了光墮神聖部分的數據。奇怪的是，居然出現了兩個數碼蛋，白的那顆漂走後粉碎，黑的那顆（光明獸邪惡部分的數據。）突然巨大化並變成了可怕的光明獸撒旦形態（以下簡稱“光撒”）！光撒立即進入通往人類世界的道路，並且不斷向人類世界發出恐嚇的信息。眾人進化尾隨，發現他們到了涉谷的地下機車獸車站。眾人為了保護自己的世界和數碼世界，用盡全力攻擊，卻一點效果也沒有，反而被光撒一回頭噴出火焰而打中......

眾人被打回地下車站並退化。拓也打算再進化，被輝二阻止。拓也為自己的力量微弱而難過，此時奇蹟出現了，火神獸的靈魂出現在拓也身後，並幫其將眼前的電梯推倒，然後告訴拓也這就是“我們的力量”。此時，全部的十鬥士也出現在大家眼前，三大天使的靈魂也出現，現身請眾人幫忙打倒光撒。於是所有人和十鬥士一起“古代魂進化”成須佐之男獸，將剛衝入現實世界的光撒拉了回去。此時，須佐之男獸發現了光撒手裏拿着的黑色球體，於是上前攻擊，發現裏面是光明獸幼蟲形態（以下簡稱“光幼”）在操控光撒。這時，光撒對須佐之男獸展開最強勁的攻擊。須佐之男獸拼命衝進黑色球狀體裏，一拳擊中光幼，使黑色球狀體粉碎，光撒因為沒有了光幼，所以開始暴走了，須佐之男獸使用“八雷神”成功的鎮住了光撒，並且使用“天羽斬”終於打敗了光撒。但是並沒有就此結束，就在此時光幼衝向須佐之男獸，須佐之男獸幻化為十鬥士。打敗了光幼。眾人的數碼終端器裏放出資料，使數碼世界完全復原了。此時通道即將關閉，所以大家只好告別十鬥士和數碼世界了。回到數碼世界，眾人想起輝一，立即趕往醫院。在輝二的呼喊和他擁有座天使獸愛之力量的眼淚下，輝一奇蹟般地甦醒了過來。拓也過了個開心的生日會，友樹、純平和泉交到了朋友，輝二叫了後媽“媽媽”，還和輝一去見了生母。經過了這次冒險，大家都懂得了許多東西。