Princess Principal

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　　19世紀末，自阿爾比恩王國革命以來，以首都倫敦為界，被分為舊王國與新生的共和國兩個國家。然後在其邊界，為了讓互相的建交斷絕而建造了“倫敦牆”…。被送往王國的共和國間諜·安潔，與持有超羣劍技的隊長多蘿西一同，護送希望流亡至共和國的王國研究青年·艾裏克，雖然受到了王國方的妨害不過也護送成功。保護地點為安潔她們因任務而入學的梅菲爾女王學校的資料室。在那裏艾裏克遇到了，帶領隨從比阿特麗斯的王國公主。她笑着説道，“其實我，是共和國的間諜”。他雖然對此告白感到驚訝，然而，卻突然要求者任務中沒有的事。“我還有一個，想讓她逃命的人”艾裏克的願望到底能被接受嗎？

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　　時間追溯到—公主和安潔她們成為夥伴之前的故事。與公主的姿容酷似的安潔從共和國方的間諜組織·Control，接到了與王國的公主替換的“替換作戰”任務。為了接近公主，安潔轉學至梅菲爾女王學校。首先在梅菲爾學校與作為學生潛入的多蘿西匯合，因為公主的身旁常有衞兵，還無法成為比阿特麗斯以外親近公主的友人，所以容易的接觸十分困難。於是兩人潛入了公主參加的外務卿主辦的聚會，想要在那裏與公主接觸。但是，這時，在會場已經有一場重大的事件發生了……。

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　　公主與身為敵人的共和國間諜·安潔她們合作。但是，公主的朋友兼侍女比阿特麗斯，對與公主長得一模一樣的安潔抱有疑念，與公主替換並利用其地位，豈不是給王國帶來損害嗎？然後加強警戒心，在內心發誓自己必須保護公主。在那麼一天，共和國間諜的總管Control，向公主發來指令。那是協助安潔她們，取回在共和國方被偷的紙幣母版的任務。

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　　王國終於成功將反重力控制裝置小型化。這個小型化要是普及的話就有王國方引起世界大戰的可能性。看到嚴重事態的共和國的Control，命令多蘿西奪取那個試作品。此時，多蘿西被L暗示，這次的任務因為會給王國方帶來沉重打擊所以公主會有背叛的可能性，並被吩咐戒備公主動向的絕密任務。利用公主的立場，順利地潛入了研究設施的安潔等人，發現反重力物質的研究室已經成了空殼。到底那是否為公主唆使的呢？

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　　來自日本的外交特使·堀河公的那個使節團，要求修正條約而來訪王國。公主決定來迎接從極東的島國而來的一團人，然而名為藤堂十兵衞的人物要暗殺堀河公的傳言在背地流露出來。擔心公主會被捲進暗殺騷動的Control，下令讓安潔她們作為女僕同行。乘坐王室專用列車開往倫敦的旅途就這樣開始，但在那旅途中某個少女偷偷潛入進來了。馬上發現入侵者存在的安潔，懷疑暗殺者的存在，和那個少女……千世對峙。

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　　一天，多蘿西被Control吩咐做另一個任務。那是，奪取死去的聯絡員的身體中埋藏的，王國外務省的暗號表。根據吩咐任務的7所説，諾爾曼蒂公的協助者知道符合的屍體。與比阿特麗斯一起潛入集中全倫敦屍體的停屍房的多蘿西，與已經開始尋找屍體的諾爾曼蒂公的協助者接觸，然而在那裏的竟然是多蘿西生別的父親·達尼。

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　　使用神經性毒氣，只瞄準共和國政要的神出鬼沒的怪人“毒氣傑克”。被Control分配的任務，是將特定的那個犯人捕獲。推測其真實身份為軍人的安潔她們，為了從附着在衣服上的神經毒氣來鎖定犯人，潛入軍服洗衣工場。但是，在這個充足的設備都無法齊備的工場裏工作的，都是些貧困層的少女們。在繼續潛入調查時，得知那間洗衣工場即將瀕臨倒閉的安潔她們，為了完成任務，決定實行某個作戰。

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　　奧萊利卿希望從王國流亡至共和國。安潔她們接受查清他在背地接觸的人的指令，直到目標出現前一直監視着奧萊利卿租借的房間。安潔在公園裏看守，然而卻遇到了扒手失敗而受到對方嚴厲的拳打腳踢的少女·朱莉。在幾天的任務期間與朱莉變得親熱的安潔，説起了黑蜥蜴星的“王女”和“小偷”的故事——。

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　　千世轉入梅菲爾女王學校已有半個月。食物和學業，直到藝術方面——無法習慣西洋文化的千世，因為是來自東洋島國·日本的留學生，所以在學校裏也是個受輕藐的存在。在學校中發生問題行為，而經常被安潔責備其行動顯眼。在那樣的一天，千世與在梅菲爾女王學校上學的某貴族子弟發生糾紛，從而引發了事件…。

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　　曾經，在被稱為農場的間諜培養所為安潔和多蘿西的同期生的“班長”。她在培養所時代，還是個成績未曾從第二名掉落的優等生。這次，安潔、多蘿西、比阿特麗斯三人被下達的任務是，與那樣的她一同從海軍卿所住的城堡中奪取機密文件。任務看似順利地結束了，然而安潔和多蘿西又被下達了另一個指令…、

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　　L消失了，新上任於Control的男人，是將軍。安潔和多蘿西被他告知的新任務是“暗殺公主”。安潔急忙趕去公主身邊，然而被Control派遣的名為賽爾達的間諜已經以公主的護衞為名義在監視着。並且與此同時，連多蘿西與千世也從安潔的面前消失了—。

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　　被賽爾達煽動，革命軍前進的地點是舉辦戰勝祈願儀式的新王立寺院。移民、貧困、階級……對此擔憂的革命軍的目標，是於典禮中暗殺女王。雖然得知其真相的公主想要阻止革命，但被察覺到的賽爾達指着槍口。另一方面，安潔為了確認公主的真意，從飛船逃了出來，但…。