被子植物種系發生學組

顯花植物（也被稱為有花植物、雌蕊植物、被子植物、木蘭植物等）是在分類過程中應用分子生物學數據最多的生物羣。1981年美國植物學家阿瑟·克朗奎斯特出版了最新的被子植物分類系統，但僅僅到了1990年就受到了分子生物學最新發展大量數據的衝擊，新的親緣分支分類法澄清了許多植物種間的親緣和進化關係，使得分類學更能清楚地反映種系發生學的研究結果。

由於研究的迅速進展，分類法也必須隨之改變，所有需要應用分類法的人，包括百科全書都面臨着一個新問題。被子植物種系發生學組在1998年出版了《被子植物APG分類法》，集合了全世界所有主要研究機構的最新研究成果，但由於許多領域尚未被完全瞭解，這個分類法也無法包括所有種類的被子植物，不可能最終確定下來。

這個分類法基本是依照植物的兩個葉綠體和一個核糖體的基因編碼分類的，從細胞器中篩選基因是非常重要的，動物分類主要也是依照線粒體的基因。細胞體的基因組和細胞核的基因組是分離的，葉綠體和核糖體都有自己的DNA，是一種原始的DNA，核苷酸的順序取決於由於進化而和細胞核的DNA之間產生的差異的程度。

2003年出版了修訂本《被子植物APG II分類法 (修訂版)》，兩個版本和傳統分類法之間的差別主要有：

在目以上的分類沒有采取傳統的名稱門和綱，而是應用“分支”，例如真雙子葉植物分支、單子葉植物分支、薔薇分支等。 對於傳統分類不確定的分類名稱，用數字標記。 提供可以選擇的分類羣體，例如有的科可以單列也可以合併到某一其他科、目中。叫做括號分類名。 括號分類能有效地將傳統的依形態分類轉換到新的依基因分類中來，由於依照基因分類有許多單基因的小科，在應用時不太方便。APG的作者曾經解釋為“一般來説我們依照專家們的觀點……但專家們經常傾向於劃分的越細越好……”。

許多科學家們，也包括APG的成員，還在不斷地出版他們自己對於被子植物分類的新觀點，所以每種分類都不可能是最終結果，只是代表某一時間段內的研究結果，新的結論層出不窮。不過APG的分類法還是基本依照當代比較權威的結論。

瑞典皇家科學院 瑞典烏普薩拉大學 英國克優皇家植物園 美國馬里蘭大學 美國佛羅里達大學 美國密蘇里植物園 以及世界上其他一些研究機構。