菌種鑑定

菌種鑑定一般就只要提取基因組DNA，然後PCR擴增16s rDNA片段，上GeneBank或者Eztaxon對比即可。一般序列相似度在99%以上就可以認為是同一個種細菌（當然也有例外，DNA序列僅僅是一個參考指標）。 ^[1] 

常規鑑定內容有形態特徵和理化特性。形態特徵包括顯微形態和培養特徵；理化特性包括營養類型、碳氮源利用能力、各種代謝反應、酶反應和血清學反應等。

BIOLOG鑑定系統以微生物對不同碳源的利用情況為基礎，檢測微生物的特徵指紋圖譜，建立與微生物種類相對應的數據庫。通過軟件將待測微生物與數據庫參比，得出鑑定結果。該系統已獲美國FDA認可，已逐步應用於食品和飲品企業、環保、海洋生物/水產品、製藥、農業微生物、生物治理、化妝品、臨牀等領域的微生物鑑定試驗中。

應用分子生物學方法從遺傳進化角度闡明微生物種羣之間的分類學關係，是微生物分類學研究普遍採用的鑑定方法。分子生物學實驗室，配有PCR儀、高速冷凍離心機、電泳儀、HPLC、凝膠成像系統、紫外控温分析系統等先進儀器設備，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析軟件。採用核酸序列分析法分析細菌16S rDNA/16S-23S rDNA區間序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及絲狀真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科學的鑑定結果。

API鑑定系統涵蓋15個鑑定系列，約有1000種生化反應，已可鑑定超過600種的細菌。鑑定過程中，可根據細菌所屬類羣選擇適當的生理生化鑑定系列，通過軟件將待測細菌與數據庫參比，得出鑑定結果。 CICC可應用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列對乳酸桿菌（Lactobacillus sp.）和相關細菌、芽孢桿菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌屬（Staphylococcus sp.）、微球菌屬（Micrococcus sp.）和庫克菌屬（Locuria sp.）進行鑑定。 ^[2] 

功能性分析及功能基因CICC不斷致力於工業微生物資源的功能及其功能基因研究，通過木聚糖酶、纖維素酶、葡萄糖異構酶、β-甘露聚糖酶等功能基因的克隆進行菌種產酶的功能性分析。應用gyrA、atpD及pheS等看家基因於微生物菌種鑑定，在某些種、亞種、株間有較好的分辨效果。

RAPD、SSCP技術 隨着微生物菌種應用的進一步發展，在食品安全管理、生物產品出口認證、知識產權保護等行業需求日益增加，微生物菌種株水平的鑑別技術成為一個迫切需要解決的問題。 CICC採用隨機擴增多態性DNA（Randomly amplified polymorphism DNA，RAPD）技術和單鏈構象多態性(Single Strand Conformation Polymorphism，SSCP）技術對微生物菌株進行鑑別。如採用RAPD技術能夠對同一菌種原始菌株與誘變菌株進行鑑別，對誘變菌株知識產權保護具有重要意義；採用SSCP技術進行工業酒精酵母菌株的鑑別，此技術結合菌株發酵特性，在酒類生產的質量控制方面起到積極作用。

TLC薄層層析CICC將TLC薄層層析技術應用於微生物菌種鑑定，進行細菌、放線菌細胞壁化學組分分析（氨基酸、糖），作為劃分屬特徵的重要鑑定技術手段，起到了良好的輔助作用。

全細胞脂肪酸分析鑑定系統 採用Sherlock全自動細菌鑑定系統，通過對不同菌株的脂肪酸圖譜進行分析，並與標準數據庫進行比對，來鑑定細菌及酵母。該技術是細菌或酵母種水平鑑定的有效手段之一。（9）（G+C）mol%及DNA/DNA雜交 CICC通過採用DU800核酸蛋白分析儀測定Tm值，從而得到微生物菌株的（G+C）mol%，並與模式菌株進行DNA/DNA同源性分析，該鑑定技術手段是多相鑑定的重要組成部分。 ^[2]