網絡藥理學

本書對網絡藥理學核心內容“網絡靶標”理論進行了完整闡述；對網絡藥理學的研究方法、常用數據庫、常用軟件、常用實驗方法等進行了系統介紹；對網絡藥理學和中醫藥現代化的代表成果和典型案例進行了重點闡述；對運用網絡藥理學方法，從網絡與系統的角度理解複雜疾病內在機制和干預靶標、藥物作用機制、創新藥物研發、藥物重新定位、組合藥物分析等方面的應用進行了案例説明。 ^[2] 

第1章網絡靶標理論與網絡藥理學

1.1網絡藥理學： 下一代藥物研究模式

1.2中醫藥在網絡藥理學起源和發展中的關鍵作用

1.3網絡藥理學核心理論： 網絡靶標

1.3.1網絡靶標理論的提出與發展

1.3.2網絡靶標的概念

1.4網絡藥理學研究模式和特點概述

1.4.1“單靶標局部對抗”研究模式

1.4.2“網絡靶標系統調節”研究模式

1.4.3網絡藥理學分析典型場景

1.4.4網絡藥理學研究特點、挑戰及發展方向

參考文獻

第2章基於人工智能算法的網絡藥理學在藥物研發中的應用

2.1運用於網絡藥理學的人工智能方法介紹

2.1.1人工智能算法簡介

2.1.2人工智能算法性能評價方法

2.1.3人工智能方法應用條件

2.1.4人工智能方法的前沿和展望

2.2人工智能在網絡藥理學研究中的應用

2.2.1藥物靶點的預測和發現

2.2.2藥物作用機制的研究

2.2.3藥物新用途的發現

2.2.4中藥物質基礎與中醫治療理論的研究

2.3人工智能方法的應用展望

參考文獻

第3章網絡藥理學常用數據庫

3.1網絡藥理學常用中醫藥數據庫

3.1.1ETCM： 中醫藥百科全書

3.1.2SymMap： 關注證候關聯的中醫藥整合數據庫

3.1.3BATMANTCM： 中藥分子機制的生物信息學分析平台

3.1.4TCMID： 用於中藥分子機制分析的中醫藥整合數據庫

3.1.5其他中醫藥數據庫

3.2網絡藥理學常用生物相關數據庫

3.2.1OMIM： 人類孟德爾遺傳病在線數據庫

3.2.2HPO： 人類表型本體數據庫

3.2.3DisGeNET： 疾病基因關聯數據庫

3.2.4MalaCards： 疾病信息數據

3.3網絡藥理學常用靶標相關數據庫

3.3.1TTD： 治療靶標數據庫

3.3.2PDB： 蛋白質晶體結構數據庫

3.3.3GeneCards： 基因信息數據庫

3.3.4KEGG： 京都基因與基因組百科全書

3.4網絡藥理學常用蛋白相互作用數據庫

3.4.1BioGRID： 生物學通用相互作用數據庫

3.4.2DIP： 蛋白質相互作用數據庫

3.4.3IntAct： 分子相互作用數據庫

3.4.4STRING： 基因/蛋白相互作用關係數據庫

參考文獻

第4章網絡藥理學常用軟件

4.1網絡藥理學軟件功能框架及分類

4.1.1總體軟件功能需求

4.1.2網絡藥理學軟件功能框架及分類

4.2網絡藥理學常用的Web軟件

4.2.1藥物靶標預測Web軟件

4.2.2藥物適應症分析Web軟件

4.2.3基因功能富集分析Web軟件

4.2.4蛋白相互作用網絡構建Web軟件

4.3基於圖形化界面操作的軟件

4.3.1差異基因富集分析軟件

4.3.2網絡分析軟件

4.4基於編程語言的工具包

4.4.1NetworkX

4.4.2igraph

參考文獻

第5章網絡藥理學和中醫藥現代化研究案例

5.1網絡藥理學與中醫證候研究案例

5.1.1寒、熱證候及對證方劑的網絡藥理學研究案例分析

5.1.2慢性乙型肝炎致肝纖維化的“同病異證”研究案例分析

5.2網絡藥理學與中藥方劑研究案例

5.2.1中藥複方距離的交互信息模型DMIM研究分析

5.2.2六味地黃丸複方的網絡藥理學分析

5.3網絡藥理學與中藥創制研究案例

5.3.1基於網絡靶標的多成分協同識別方法

5.3.2青蒿素抗惡性瘧原蟲的多靶點機制研究分析

5.4網絡藥理學與民族藥研究案例

5.4.1三種豨薟草的化學成分和藥理作用對比研究分析

5.4.2白花蛇舌草抗非小細胞肺癌的機制研究分析

5.5網絡藥理學與國際傳統醫藥研究案例

5.5.1巴西紅厚葉提取物的抗癌活性研究分析

5.5.2濱海前胡提取物對骨關節炎的保護作用

參考文獻

第6章網絡藥理學與現代藥物研發案例

6.1複雜疾病內在機制和干預靶標

6.1.1轉錄因子POU3F2調節精神疾病患者腦組織的基因共表達網絡

6.1.2基於網絡的CRISPRCas9組合篩選識別人類細胞中的協同作用模塊

6.2藥物系統性作用機制

6.2.1基於網絡的計算藥物療效篩選

6.2.2通過轉錄響應發現藥物作用機制和藥物重定位

6.3多靶標藥物研發

6.3.1缺血性中風： 從單一藥物靶標到協同的網絡藥理學

6.3.2聯合網絡藥理學與表型篩選開發新的止痛類藥物

6.4藥物重新定位

6.4.1基於網絡的藥物重定位預測及基於人羣的驗證

6.4.2基於網絡藥理學的藥物重定位發現新的抗抑鬱藥物

6.5組合藥物研發

6.5.1基於網絡的藥物組合預測

6.5.2結合基因組和網絡特徵預測協同的抗癌藥物組合

參考文獻

第7章基於藥物的網絡藥理學實踐流程

7.1尋找單味中藥或方劑的有效成分

7.1.1數據採集與處理

7.1.2網絡構建與可視化

7.1.3網絡分析與預測

7.1.4驗證與總結

7.2闡述單味中藥或方劑的藥效機制

7.2.1數據採集與處理

7.2.2網絡構建與可視化

7.2.3網絡分析與預測

7.2.4驗證與總結

7.3詮釋中藥配伍理論的科學內涵

7.3.1數據採集與處理

7.3.2網絡構建與可視化

7.3.3網絡分析與預測

7.3.4驗證與總結

7.4解釋中藥與西藥之間的相互作用

7.4.1數據採集與處理

7.4.2網絡構建與可視化

7.4.3網絡分析與預測

7.4.4驗證與總結

7.5藥物臨牀應用的重定位——中藥成分保護腦缺血再灌注損傷的新用途

7.5.1數據採集與處理

7.5.2網絡構建與可視化

7.5.3網絡分析與預測

7.5.4驗證與總結

7.6多靶點藥物的開發——中藥配伍保護低密度脂蛋白誘導的內皮細胞損傷

7.6.1數據採集與處理

7.6.2網絡構建與可視化

7.6.3網絡分析與預測

7.6.4驗證與總結

參考文獻

第8章基於疾病的網絡藥理學實踐流程

8.1冠心病疾病網絡構建及分析

8.1.1數據採集與處理

8.1.2網絡構建與可視化

8.1.3網絡分析與預測

8.1.4驗證與總結

8.2疾病網絡用於中藥方劑的研究實踐

8.2.1中藥方劑的整合作用機制研究

8.2.2中藥方劑的“君臣佐使”配伍規律研究

8.2.3中藥方劑的“益氣、活血”功效研究

8.3疾病網絡用於整體藥效評價研究實踐

8.3.1數據採集與處理

8.3.2網絡構建與可視化

8.3.3網絡分析與預測

8.3.4主要結論

參考文獻

第9章基於藥物疾病的網絡藥理學實踐流程

9.1化橘紅治療呼吸系統疾病的網絡藥理學研究

9.1.1化橘紅治療呼吸系統疾病的作用靶點預測

9.1.2化橘紅治療呼吸系統疾病的作用靶點驗證

9.1.3化橘紅治療呼吸系統疾病的調控網絡分析

9.2丹紅注射液治療心血管疾病的網絡藥理學研究

9.2.1丹紅注射液治療心血管疾病的作用靶點預測

9.2.2丹紅注射液治療心血管疾病的作用靶點驗證

9.2.3丹紅注射液治療心血管疾病的調控網絡分析

參考文獻

附錄A國內外同行評價中醫藥在網絡藥理學中的開拓性貢獻和關鍵推動作用

附錄B名詞索引

後記 ^[3] 

李梢，清華大學長聘教授、北京市中醫藥交叉研究所所長、英國皇家化學會會士、英國皇家生物學會會士、國家傑青、國家萬人計劃領軍人才、世界中醫藥學會聯合會網絡藥理學專委會會長、中國生物工程學會生物醫藥大數據專委會主任委員。 ^[1]