神秘博士第二季

5000000023年的新地球，新生的博士和羅斯來到了一個位於M87 銀河系的新地球（地球在5000000000年的時候毀滅，出自S1E2），在那裏羅斯被卡珊德拉（自稱最後一名真正的人類或者説是人皮，在S1E2出現）附身。新地球原來的居民――長着貓臉的人為了治療人類移居到這個星球時所帶來的種種疾病，用細胞培養人體，關在密室中做病毒實驗。有一個傳説：Boe之臉在臨死前會對一個孤單的旅行者説出他最大的秘密，博士見到Boe之臉，但後者告訴博士，下一次見面的時候才是説出秘密的時刻【Boe之臉（face of the Boe）第二次出現】。被卡珊德拉附身的羅斯釋放了帶病毒的人體，使得整個醫院被隔離，幾乎全部的人都被感染。最後，卡珊德拉附身在自己創造的克隆人齊普身上，被博士帶到過去，死在了還是人類時候的自己懷裏。

1879年英格蘭設菲爾德市，博士和羅斯回到了19世紀的英國，在那裏他們將遇到維多利亞女王，以及傳説中在滿月時出現的狼人，最後女王成為了狼人。由此事件，王室建立火炬木（Torchwood）

2006年英國倫敦，博士和羅斯以及米奇·史密斯(Mickey Smith)來到了某學校，博士發現，這裏的學生擁有超時代的知識（如何超越光速等），而大部分學生被一羣大蝙蝠變化成的老師（克里烴人）控制，用電腦破解斯卡西斯範例程序——上帝創造者（創世密碼），即宇宙理論，破解此方程之後，可以控制宇宙基石、時間、空間、物質，想要控制整個宇宙。而S1E1就出場的米奇終於決定加入。（博士的舊夥伴莎拉和King 9 Dog出現）

5006年後的宇宙飛船和1727-1757年的法國巴黎.博士、羅斯和米奇來到了51世紀的宇宙飛船，飛船能量充足，上面卻沒有一個人。博士偶然發現有一個壁爐可以超越時空，而另一邊是18世紀的法國巴黎，坐着一個名叫蕾妮特的7歲(1727年)女孩。在她7歲和32歲以及37歲時，將會分別出現多個宇宙飛船上的機器人，它們需要蕾妮特的大腦來完善飛船，博士將多次來回宇宙飛船和法國巴黎保護蕾妮特。最後，博士希望蕾妮特加入他的旅行，但蕾妮特沒有等到那一天。（本集獲得2007年雨果獎最佳戲劇表現短片獎）

2006年英國倫敦，博士、羅斯和米奇意外來到平行世界的21世紀，在那裏他們發現這是一個從未見過的21世紀，羅斯發現她的父親皮特·泰勒還活着，並且幫助約翰·魯米克製造了一個人類升級工廠，人類可以通過佩戴工廠製造的耳機下載任何資料。可是魯米克的生命即將走到盡頭，他希望將人類改造成人造人，讓自己的生命可以延續下去。但是，改造後的人類，卻變成了一個新的種族——賽博人(Cybermen)（賽博人是博士的宿敵之一，老版中就存在），而賽博人要消滅博士一行人。

2006年英國倫敦，另一個平行的世界，博士利用塔迪斯的能量暫時解決了眼前的危機，然後他們兵分三路前往改造人類的工廠，尋找羅斯這個世界的媽媽和消滅賽博人的方法。幕後黑手魯米克也被改造為賽博人的指揮官，羅斯的媽媽也沒有幸免。在談話中，博士通過巧妙的辦法引導米奇找到了密碼，使被改造的人類都找回了自己的意識，但那同時也意味着走向死亡。最後，米奇決定留在這個世界，雖然那將意味着他再也回不到原來的世界。

1953年英國倫敦，博士和羅斯在50年代的城裏，看到人們在買電視機，準備收看伊麗莎白的加冕典禮。在柯濃裏的家裏，博士和羅斯發現一個沒有臉的婦人被警察帶走了，博士為了要知道真相也去了警察局。而羅斯看了看柯濃裏家的電視機後，好像發現了什麼便去調查。但隨即羅斯也被警察局發現在大街上，並且也沒了臉。

4萬3千年後的太空基地，博士和羅斯來到了未來的太空基地。他們看到了有一羣叫Ood的外星人給在太空基地工作的人們做奴僕。太空基地是建在一塊巨大的岩石上面，基地外面竟有一個巨大的黑洞。在一次小地震後，部分太空基地和塔迪斯塌陷了，博士為了尋找塔迪斯決定到地底去看一看。

4萬3千年後的太空基地，被邪惡力量控制的Ood包圍太空基地，在基地上的人們決定，帶着羅斯離開太空基地。而留在地底的博士將會看到一個巨大的魔鬼。

2006年英國倫敦，埃爾頓和一羣好朋友出於好奇心，在圖書館地下室建立了一個小團體，專門收集一些有關博士的資料。但是在維克多·肯尼迪加入後，有人發現他們的夥伴越來越少了。後來埃爾頓發現原來維克多是一個外星人，而博士和羅斯會出現嗎？

2012年英國倫敦，博士和羅斯來到了6年後的倫敦，當時的羣眾應該準備迎接，第30屆倫敦奧運會的開幕。但是博士和羅斯看到在某條街道上的人，不明原因地一個個的消失。然後博士和羅斯來到一個小女孩克洛伊的家裏發現，不知什麼原因，克洛伊畫的人和消失的人一樣。博士經過調查後知道了，原來是一種外星植物進入了克洛伊的體內，所以克洛伊畫的人會在街道上消失進入畫中。

羅斯和博士回到現在的倫敦，發現滿大街都是幽靈。火炬木小組(Torchwood)的女指揮伊馮·哈特曼，因為一個用機器無法測量到任何數據，只有肉眼看見的大球在金絲雀碼頭出現，便在大球出現的裂縫處建了大廈，並且控制裂縫使鬼魂出現。但所謂鬼魂實為賽博人，賽博人趁機入侵火炬木，打開裂縫引入賽博大軍。而那來自零空間的大球實為一個通道，裏面出來了四個戴立克。

接上一集，賽博人宣稱已統治地球，並要移除人類的恐懼、性、階級、人種和信條，把所有人類都變成賽博人。而四個戴立克保護着同樣從大球裏出來的“創世方舟”，並揚言一個戴立克就能摧毀五百萬賽博人，這一集賽博人與Dalek的對話十分有趣。平行世界的羅斯的父親皮特，米奇也都通過裂縫來到這個地球加入了戰爭。“創世方舟”是時間領主製造的監獄，內關有數百萬戴立克，一場惡戰開始，人類面臨滅絕。博士逆轉裂縫把賽博人和戴立克關進零空間，羅斯被“父親”接去平行世界無法回來，博士引爆了一顆超新星以獲得足夠能量穿越時空，向站在惡狼灣的羅斯道別；火炬木小組第一分組全部覆滅。（此2集獲2007年雨果獎最佳戲劇表現短片）

失去了羅斯的博士正在心灰意冷，而正在舉行婚禮的多娜卻被突 然傳送到塔迪斯里。博士帶壞脾氣的多娜返回地球，卻被一羣外星機器人追殺，塔迪斯上演了一場公路飈車。後來博士發現多娜身上帶有異常含量的Huon粒子，而該粒子來源於上一代宇宙霸主。而博士的母星加利弗雷在宇宙中崛起時，已經消滅了所有的Huon粒子。最終博士揭開了一個藏於地球40億年的秘密。（Saxon——從未來回歸的法師——第一次出現）