機動戰士高達UC RE:0096

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　　由西曆轉為宇宙世紀的改歷儀式當日，地球聯邦政府首相官邸所在地──太空站「拉普拉斯」遭到爆炸恐怖攻擊破壞。參加恐怖攻擊的青年賽亞姆．畢斯特雖然被爆炸波及卻僥倖存活，得到了後來被稱為「拉普拉斯之盒」的禁忌盒子。 然後，到了將近100年之後的宇宙世紀0096年──。位於暗礁宙域的建設中的工業殖民衞星（工業七號），有一艘通稱「帶袖的」的反政府組織手下的偽裝貨船葛蘭雪進港。這艘船的目的是要接收畢斯特財團所隱匿的「拉普拉斯之盒」。在母親死後被未曾謀面的生父收養、進入亞納海姆電子工業學校就讀的少年巴納吉．林克斯，遇見了搭乘葛蘭雪偷渡進入工業七號的少女。巴納吉救了意外被拋入無重力空間的少女，她説為了阻止「戰爭」而要去見某個人。

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巴納吉陪奧黛莉擺脱了要帶她回葛蘭雪的瑪莉妲，抵達了要求見面的畢斯特財團總裁–卡帝亞斯，其位於墨瓦臘泥加的宅邸，而在那裏看到的織錦畫「貴婦與獨角獸」，讓巴納吉很奇妙地有股似曾相識的感覺。這時，在兩人面前現身的卡帝亞斯，驅趕了巴納吉，並且拒絕奧黛莉請求他中止交付「拉普拉斯之盒」的要求。

同一時間，接下密令要阻止「盒子」外流的地球聯邦軍特殊部隊ECOAS，正搭乘強襲登陸艦–擬．阿卡馬接近工業七號。另一方面，在「夏亞的叛亂」之後倖存的新吉翁殘黨軍「帶袖的」成員辛尼曼等人，現身交涉要接收「盒子」，但卡帝亞斯只准備了「盒子」的鑰匙，而他保護了奧黛莉的説法更遭辛尼曼懷疑。就在此時，傳來聯邦軍MS部隊與「帶袖的」交戰的消息。

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　　於殖民衞星內展開的MS戰，讓卡帝亞斯跟辛尼曼的交涉破裂，也因而導致巴納吉的同學們喪命。為了救奧黛莉而奔赴墨瓦臘泥加的巴納吉，在工業區裏迷路時，發現了有着白色獨角的MS。另一方面，被潛入墨瓦臘泥加的亞伯特開槍射中，身負重傷垂死的卡帝亞斯，其實就是巴納吉的生父。卡帝亞斯把能解救被「拉普拉斯之盒」束縛的畢斯特一族、推翻這個命運的希望，也就是「箱子」的鑰匙「獨角獸高達」託付給了巴納吉後，便消失在烈火之中。曾封印起的兒時記憶甦醒，讓獨角獸高達啓動的巴納吉，挺身與「帶袖的」的MS「剎帝利」對決。巴納吉雖將對手逼至殖民衞星外，但卻陷入了被反擊、無計可施的危機。但就在這時，NT-D發動，獨角獸高達完成了變身。看到那姿態的奧黛莉不禁低喃：「高達……」。

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　　擊退剎帝利後隨即失去意識的巴納吉，連同獨角獸高達一同被地球聯邦軍的船艦擬・阿卡馬收容。而在船艦上，巴納吉的友人、拓也和米寇特，還有奧黛莉也一同被救起。但擬・阿卡馬的位置被「帶袖的」成員辛尼曼以巧妙陷阱鎖定，因此遭受被稱為紅色彗星再世的弗爾・伏朗託的猛烈襲擊。奧黛莉為了處分「拉普拉斯之盒」的鑰匙「獨角獸高達」，拜託巴納吉跟她一起逃離戰艦，卻被聯邦軍特殊部隊ECOAS的塔克薩俘虜，並藉此要求伏朗託停止攻擊。原來，奧黛莉正是吉翁的公主、米妮瓦・拉歐・薩比。

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　　對於擬・阿卡馬將奧黛莉作為人質要求停戰，伏朗託不但拒絕甚至揚言要將擬・阿卡馬擊沉。巴納吉為了幫助奧黛莉，藉助亞納海姆公司的高層–亞伯特的力量，再度駕駛獨角獸敢達出擊。但亞伯特的目的，其實是要讓身為「鑰匙」的獨角獸高達被伏朗託破壞，封鎖住前往解開「盒子」的路徑。巴納吉駕駛着變成毀滅模式的獨角獸高達，與伏朗託所駕駛的新安州對戰。但是，瑪莉妲駕駛剎帝利發動突襲，把巴納吉連人帶機一起抓走。巴納吉被帶到新吉翁殘黨軍「帶袖的」據點──資源衞星帛琉，與在那等着他的面具男弗爾・伏朗託會面。

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　　伏朗託摘下面具，將自己本來的模樣展露在巴納吉眼前，並向能啓動獨角獸高達的他尋求協助。而面對不配合的巴納吉，安傑洛責備他殺了其屬下一事。瑪莉妲帶着因罪惡感而苦惱的巴納吉，到帛琉內的祈禱場所。另一方面，擬・阿卡馬正計劃着獨角獸高達的奪回作戰。面對參謀本部發出的無理命令，奧特艦長氣憤不已，而身為作戰指揮的塔克薩則試圖讓他理解，這也是一場巴納吉救援作戰。但是，從聯邦軍間諜那得到奇襲情報的巴納吉，很害怕這次將帛琉淪為戰場。同時，米寇特雖發現要讓米妮瓦逃到地球的利迪，但知曉米妮瓦的決心後，決定放過他們。

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　　地球聯邦軍隆德・貝爾部隊的擬・阿卡馬船艦，以及特殊部隊ECOAS，開始了奪回巴納吉及獨角獸高達的作戰。新吉翁殘黨軍「帶袖的」的據點，資源衞星–帛琉也因而淪為新的戰場。米妮瓦在混亂之中與巴納吉重逢，並且表示要前往地球藉助利迪之父的力量。另一方面，伏朗託打算藉由強化人瑪莉妲的力量，讓身為盒子鑰匙的獨角獸高達發動NT-D（新人類毀滅系統）。而獨角獸高達，擁有指出往拉普拉斯之盒道路的程式。巴納吉與駕駛剎帝利的瑪莉妲交戰，因新人類間的感應，巴納吉得知了瑪莉妲的過去及她心中的悲痛。

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　　成了聯邦軍俘虜的瑪莉妲，期望巴納吉往後也要繼續説出「就算這樣」，因為那將會成為喚醒沉睡在獨角獸高達中，另一套系統的力量。瑪莉妲將被移送到地球。這是賽亞姆的孫女、現任畢斯特財團代理當家的瑪莎·畢斯特·卡拜因所下的指示。實際上命令亞伯特，要阻止財團命脈「拉普拉斯之盒」開放的也正是瑪莎。另一方面，巴納吉正朝着在帛琉時拉普拉斯程式所指引的新座標，也就是被炸燬的首相官邸「拉普拉斯」的遺址前進。對於塔克薩的命令，原本巴納吉強烈反抗，但從奧特那得知救出自己的奪回作戰，正是由塔克薩所主導一事後，巴納吉駕駛獨角獸高達出擊。

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　　抵達「拉普拉斯」遺址的獨角獸高達，解開程式的封印後，系統開始播放96年前，地球聯邦政府的初代首相──裏卡德．馬瑟納斯的演説內容。塔克薩注意到獨角獸並不是為了根絕吉翁的殺戮機器，而是暗藏了其他設定，並教導巴納吉「能夠駕馭獨角獸的只有活人的心」。但是，他們遭受伏朗託所駕駛的新安洲，與安傑洛等親衞隊的共同襲擊，因此身亡。感受到巴納吉的憤怒，獨角獸高達發動NT-D轉變成毀滅模式，雖壓制住新安洲，但卻不幸擊毀了前來救援的奇波亞。而獨角獸高達往地球的方向墜落，米妮瓦目擊了那道墜落到地球的光芒。

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　　墜落到地球的獨角獸高達，以及為了救巴納吉的葛蘭雪一同迫降於西撒哈拉沙漠。埋伏在地球的吉翁殘黨軍，展開了攻擊地球聯邦首都——達喀爾的誘導作戰。 聯邦政府的中心人物——羅南下令布萊特・諾亞去搜尋葛蘭雪。而與利迪一同抵達地球的米妮瓦，深怕自己受到政治利用，雖從馬瑟納斯家逃出，但出生於地球的老人所説的「推動宇宙移民之人的善意」那句話，讓米妮瓦察覺自己應盡的義務，因而任由追捕的人帶她回去。同時，亞伯特的叔母——瑪莎認為應將強化人瑪莉妲當成棋子，因此對她進行重新調整。另一方面，辛尼曼為了與吉翁殘黨軍接觸，斷然地帶着巴納吉橫越沙漠。

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　　在橫越沙漠時，巴納吉得知了辛尼曼的家人被聯邦軍殺死的那段悲傷往事，而為了要尋找更適合使用「拉普拉斯之盒」的方法，巴納吉下定決心要前往顯示新情報的地點——特林頓基地。羅妮向伏朗託建議攻擊特林頓基地，而她也正是襲擊地球聯邦首都——達卡的尚布羅駕駛員。另一方面，利迪在德爾塔普拉斯與指揮拉・凱朗姆的布萊特艦長匯合，這時拉・凱朗姆得到了特林頓基地被襲擊的情報。吉翁殘黨軍因卡克斯的召集而集結起來，且在雪梨新灣出現的尚布羅，一邊對市區進行無差別破壞一邊進行攻擊，而吉翁殘黨軍的怨念更加扇動了羅妮殺戮的念頭。

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　　在殖民衞星墜落的地方，澳大利亞的特林頓基地上，吉翁殘黨軍為了得到往盒子的座標而挑起戰爭。為了阻止戰爭的巴納吉，將阻擋的辛尼曼擊退，駕駛獨角獸高達出擊。另一方面，拉・凱朗姆的MS部隊——三連星，迎擊其實是羅妮替身的卡克斯並將其擊毀。悲憤交加的羅妮駕駛着尚布羅不斷進行殺戮，但已故的卡克斯的心意，將她身為人類的心給喚回。不料，吉翁殘黨軍的強烈怨念，讓尚布羅再度爆走。利迪奪走獨角獸敢達的光束麥林，將尚布羅擊毀。就在面對羅妮之死而茫然的巴納吉眼前，一架黑色獨角獸高達正在接近。

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　　遭受剎帝利突然襲擊的巴納吉，連同獨角獸高達一起被限制行動，被擬・阿卡馬收容。利迪得知巴納吉是亞伯特同父異母的弟弟一事，感到驚訝不已。亞伯特的叔母–瑪莎・從利迪的父親–羅南手上接收米妮瓦，為了讓她成為使巴納吉説出情報的棋子，將她移送到了超大型運送機迦樓羅上。在窮途末路的情況下，隆德・貝爾的布萊特司令，對隱藏着前往「拉普拉斯之盒」新座標的巴納吉，給予他與歷代高達駕駛員有着相同可能性的認可，並透過凱・西登來向葛蘭雪傳達共同救出米妮瓦的作戰計劃。救援中也計劃派遣擬・阿卡馬前往，並將巴納吉送往米妮瓦所在的迦樓羅。

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　　葛蘭雪部隊負責米妮瓦與瑪莉妲救援作戰，但亞伯特卻命令瑪莉妲要阻止其行動。駕駛着獨角獸高達的巴納吉，因而與變成毀滅模式的報喪女妖陷入苦戰。另一方面，從瑪莎等人手中逃出的米妮瓦，拒絕了利迪的援手，並相信巴納吉會來接住她而縱身躍下。而巴納吉也如米妮瓦所期望，前來救援並將她送至葛蘭雪後，為了營救瑪莉妲再度前往迦樓羅。囚禁在對高達的仇恨之中的瑪莉妲，因辛尼曼的出現擾亂了心智。腦中充滿憎恨的利迪，向瑪莉妲説出報喪女妖實際上也是高達一事，辛尼曼幫助了為此混亂而從報喪女妖中脱離的瑪莉妲。

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　　收容了巴納吉跟米妮瓦等人的葛蘭雪，在回宇宙的途中引擎發生了故障，但在巴納吉不懈的努力下，藉着散發出不可思議光芒的獨角獸高達的力量，成功與擬・阿卡馬會合。可是，地球聯邦軍參謀本部決定要追殺，與拉普拉斯之盒扯上關係的擬・阿卡馬及葛蘭雪。而出現在回到宇宙的巴納吉等人眼前的，正是聯邦宇宙軍中最大型的艦艇──雷比爾將軍。巴納吉等人陷入了生死危機，而拯救他們的竟是率領着新吉翁艦隊的弗爾・伏朗託。因為新安洲的幫助，擬・阿卡馬得以從雷比爾將軍的追擊下逃出，並只好接受與「帶袖的」的共同作戰計劃。

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　　受到聯邦軍追擊的擬・阿卡馬，在別無他法別之下只能接受與「帶袖的」的共同作戰計劃。奧特艦長對錶示反對的人下令必須接受這個作戰計劃，並想讓伏朗託説出真正的意圖。當被米妮瓦問到「那麼你得到「盒子」後，又打算要做什麼？」時，伏朗託講述了想排除地球，強化月球及各SIDE間的經濟聯繫，削弱聯邦的勢力，建立SIDE共榮圈的構想。米妮瓦預見這個構想將引起的災難，雖感到非常失望，但還是將「拉普拉斯之盒」的最終座標，正是位於工業七號的墨瓦臘泥加一事告訴了伏朗託。另一方面，從亞伯特那接收了「報喪女妖 命運女神型」的利迪，前往追捕獨角獸高達。

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　　巴納吉因弗爾・伏朗託知道了「拉普拉斯之盒」最終座標一事而失落不已，瑪莉妲鼓勵他只要持續抱持希望就會有機會來臨的。另一方面，拓也等人悄悄地聯繫聯邦軍哨戒艦，等待反擊的機會，但卻被安傑洛給察覺。拓也等人被當成人質，以此被要求將哨戒艦擊沉的奧特艦長，決定放棄共同戰線。在激烈的槍戰中，巴納吉與伏朗託展開對峙。米妮瓦也否定了伏朗託建立SIDE共榮圈的想法，要與瑪莉妲一同動身，辛尼曼雖命令瑪莉妲投降，但是，瑪莉妲的決心解開了辛尼曼心中的仇恨。而遭受到巴納吉和瑪莉妲的反擊，從擬・阿卡馬逃脱的伏朗託等人朝着「盒子」的最終座標前進。

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　　緊急前往工業七號的擬・阿卡馬遭到「帶袖的」的MS攻擊阻擋去路。若不突破戰線，就等於讓弗爾・伏朗託得到「拉普拉斯之盒」。再加上，駕駛全裝甲型獨角獸高達的巴納吉，也遭到了利迪所駕駛的報喪女妖命運女神型所阻擋。另一方面，布萊特從凱・西登口中聽聞將發射殖民衞星雷射「格利普斯2」，且進行不排除將「盒子」毀掉的作戰一事後，緊急派遣拉・凱朗姆前往控制中心所在的夏延基地。面對被血咒所束縛而暴走的利迪，負傷的瑪莉妲駕駛剎帝利修復型前往救援，並命令巴納吉先行前往工業七號。

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　　巴納吉被安傑洛追捕，且與玫瑰・祖魯的精神感應裝置干擾器陷入苦戰。另一方面，和瑪莉妲對決的利迪，受到思念的共鳴現象影響而不幸擊毀剎帝利修復型。瑪莉妲最後的心意向辛尼曼及米妮瓦等人傳達了這片宙域的危機。受到瑪莉妲之死所帶來的衝擊，獨角獸高達出現了超越數值的感應波，導致混亂的安傑洛因而自毀機體。藉由辛尼曼的協助，擬・阿卡馬成功阻止「帶袖的」的艦隊前進，順利到達了工業七號。同時，闖入夏延基地的布萊特，與利迪的父親–羅南議長、瑪莎對峙。另一方面，巴納吉與米妮瓦前往墨瓦臘泥加，而在那等待他們的正是──賽亞姆・畢斯特。

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　　在墨瓦臘泥加等着巴納吉與米妮瓦的是巴納吉的曾祖父──賽亞姆・畢斯特，其正是宇宙世紀元年時，參與炸燬地球聯邦政府首相官邸恐怖行動的犯人，而他用那時得手的宇宙世紀憲章，以「拉普拉斯之盒」之名與聯邦政府交易。但是，賽亞姆憂心着陷入僵直情況的聯邦，因此與自己的孫子──卡帝亞斯一同合作，將擁有能辨識出真正新人類機能的獨角獸高達當作鑰匙，嘗試找尋能夠將世界的未來託付給他之人。與米妮瓦一同跨越這個試煉的巴納吉，從賽亞姆手中接下「盒子」，並想要為了大家去使用它。但是，弗爾・伏朗託卻也出現在密室，並主張自己才是「盒子」的正統繼承者。巴納吉與伏朗託，兩人圍繞着「盒子」的最終決戰即將來臨。

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　　欲強奪「拉普拉斯之盒」的弗爾・伏朗託，以壓倒性的戰力擊敗了賈爾所駕駛的銀子彈。為解救面臨危機的賈爾，巴納吉召喚了獨角獸高達，利迪也駕駛着報喪女妖參戰。兩架高達一同與巨大MA新吉翁號對決，但是，伏朗託利用新吉翁號的精神感應環，將高達身上的武裝全數破壞。並打算將巴納吉引誘往宇宙時空的盡頭，將虛無與絕望深植於其身。不過，不肯放棄的巴納吉，藉助了拉拉等人的意念去對抗。而呼應着這股意念的新吉翁號，開始自我破壞。另一方面，羅南為了葬送「盒子」，允許發射殖民衞星雷射。

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　　宇宙世紀憲章上名為「未來」的一文中，記載了踏上宇宙之旅的人類，是因被期待着擁有新的可能性，才被送至宇宙的事實。聯邦政府的中心人物，同時也是利迪父親的羅南，因為害怕「拉普拉斯之盒」上記載的事實，打算破壞掉「盒子」所在的墨瓦臘泥加，因而允許發射殖民衞星雷射。巴納吉與利迪雖用2台高達的精神感應力場成功保住墨瓦臘泥加，但其代價卻是巴納吉遭獨角獸高達吞沒。就在米妮瓦向世界各地的人們，揭露「盒子」的真相時，奧特及辛尼曼等人也意圖從協助追擊的聯邦軍艦隊手中脱離。而另一方面，巴納吉受到父親、卡帝亞斯的思念所鼓勵，回到了米妮瓦的身旁。