桔梗站

全站皆位於地面上，站內配置有對向式月台兩座，鐵道路線兩條，月台間有人行天橋連接。

桔梗站是一個業務委託車站（由鐵路公司以外的相關單位或團體經營的車站），由JR函館開發（ジェイアールはこだて開発）委託經營並由隔鄰的五稜郭車站代為管理。只有在平常日的7時10分至16時30分之間才有站員派駐，其餘時間皆採無人車站的營運方式。

設有綠窗口（みどりの窓口，JR系統販售預定票的票務櫃枱）與自動售票機等設施，但在無人營業時段不開放。

車站內設有給除雪車等特殊用途車輛待命用的備用路線。