暗部組織

“暗部組織”屬於學園都市上層所管理的機密組織，大部分被統括理事會直接掌控，部分直屬於理事長亞雷斯塔·克勞利。

數據庫有記載的至少五個，為各自目的而行動，其職責是維持學園都市內部的安定和執行“無法向光明表達的事”，包括暗殺、滅口、對抗外來威脅、研究黑科技、服務統括理事，暴力維和(包括武裝鎮壓學生和反恐)和消除資料等，暗部成員所執行的絕大部分都是“黑暗”而“殘酷”的惡行。

每個組織主要成員一般有四人，在四人的背後有着龐大的人員支持，如後勤保障、隱滅證據等等。一般暗部成員被殺後屍體會迅速焚燒消除痕跡。

此外許多統括理事為自身安全和其他目的也有個人組建的暗部，如藥味久子理事的戀查，潮岸理事的杉谷，美濃部班和亡本理事的法式大餐

「新入生」接受學園都市上層指示襲擊無能力者芙蕾梅亞·塞維倫，其目的是誘使濱面仕上和一方通行聯合，使學園都市上層將他們定位為“無法估量的膨脹勢力”，並以此作為加以清除的藉口。