數碼寶貝拯救隊

比起一天三頓飯，更愛打架的大門大，自稱是日本第一的打架王。某天，在大的面前出現了一隻被稱作“猛禽一號”，像是恐龍一樣的奇妙生物。大毫不畏懼地空手將他打敗，而這個猛禽一號也認同並仰慕大的實力，認他為“大哥”。

DATS是監視數碼獸的組織，所有在人類世界製造動亂的數碼獸，都會被他們強制送回數碼世界，無一例外。大在得知自己的小弟──亞古獸也會遭到同樣的命運後，急忙帶著亞古獸一起逃離了DATS。大將亞古獸藏在家裏，未免住在一起的媽媽和妹妹受到驚嚇，大拼命的想隱瞞亞古獸的存在，但是無可避免的被發現。

DATS的頂尖成員“託瑪·H·諾史丁”回到日本分部了。託瑪和大雖為同年紀，卻是個腦筋超級一流的天才，而且還擁有澳洲貴族的血脈，是個冷靜沉著如紳士般的少年。大毫不知情，還以為他只是個新人，因此在得知託瑪的經歷後，受到了相當大的刺激。

合。託瑪嫌亞古獸和大毫無用處，只會礙手礙腳。而大也的確是感情用事，總是有勇無謀的猛衝，將事情搞砸。負責看著他們的淑乃對兩人的交惡也是束手無策。即使如此，迫於隊長的命令，大與託瑪還是必須一起行動。

隊長雖然下令要大和託瑪組成一隊，兩人之間的關係卻惡劣到了極點。再加上兩人讓鑽地獸逃回了數碼世界，更使得彼此的關係降至了冰點。託瑪一心要為任務失敗負責，不顧禁令，冒著可能無法回來的風險，擅自進入了數碼世界。此外，淑乃拗不過大的要求，只好答應將大及亞古獸送至數碼世界。

亞古獸和大吵架了。原因只為了一個煎蛋卷。亞古獸把最後一個煎蛋卷吃掉後，兩人開始不斷爭吵，終於變得一發不可收拾。亞古獸説再也不願意救大脱離險境，大也譏諷亞古獸只能靠他的數碼之魂才能進化，兩人你一言我一語的，誰也不讓誰，終於演變成了絕交的局面。

大居然向託瑪低頭了。但是大的行徑實在是太過詭異，任誰都看得出來他有陰謀。原來明天是大的妹妹知香的生日，但是大因為要補考而無法幫她慶祝，因此才要求託瑪代替自己，明天一天來擔任父親的腳色，陪知香過生日。託瑪原先並不想答應，卻受到"家庭"的誘惑，而無法拒絕。

華村彌音是個新曲下載數超過700萬次的超人氣歌手，最近被人踢爆有了女朋友。而且這個女朋友還是看起來和男人最無緣的淑乃。原來淑乃是為了要找出數碼反應才潛入彌音所住的大廈。這隻數碼獸對網際網路十分擅長，彌音會成名都是因為他。淑乃一方面相信著彌音，一方面確實執行着自己的任務。

拳擊手早瀨已經拿下了七連勝，雖然曾經因負傷暫時引退，卻絲毫不減威力，一步步的打到了世界冠軍戰。但是，DATS卻發現這背後是有數碼獸在搞鬼。每個和早瀨對戰的選手都會莫名其妙的發生身體不適，現場還找到了神秘的針。雖然舉證歷歷，託瑪卻一反常態地堅決否認早瀨是犯人的可能性。一向冷靜的託瑪，居然會為了素未謀面的早瀨失態。

知香、大、還有亞古獸接受託瑪的招待，來到了託瑪家。但是大和亞古獸卻絲毫不懂規矩，一下問花瓶的價錢，一下又無視餐桌禮儀。對於這麼沒神經的行為，知香羞愧到無地自容，終於忍無可忍的哭著大喊:“大哥最好是在車上滑倒、跌倒、撞到，再撞到招牌，掉到橋下去，被車追撞，再被大輪船給輾到。”

亞古獸把下午茶的點心獨吞的結果，使得大必須要想辦法弄到新的「配茶甜點」才行。大想出來的辦法，就是去買獲得日本第一評價的「白鳥庵」的饅頭。這是間上過電視的超級名店，同時也是大的朋友的家。大雖然打著可以敲詐一盒的如意算盤，卻沒想到這間店已經不做饅頭了…

原來至今所發生的數碼獸犯罪全都起因於人類的慾望。而且人類世界和數碼世界之間的次元牆壁還疑似遭人破壞。託瑪的報告讓DATS總部陷入一片人心惶惶。 就在這時，竟然有新的數碼獸反應出現在大的家裏!大夥兒在大的家裏親眼目睹了綿綿獸的出生，並且他還在夜鷹獸的襲擊下，進化為比丘獸。

由掉落至人類世界的數碼蛋中孵化出的比丘獸和知香成為了好朋友，但是夜鷹獸和水銀獸也由數碼世界趕來人類世界，準備取回數碼蛋。比丘獸回覆成了數碼蛋的形狀，被帶回數碼世界，DATS的眾人慘敗。比丘獸在臨走前還呼喚著知香的名字，使得知香幾乎崩潰。而這一次的失敗，也傳到了政府高層，DATS面臨著解散的命運。

最近的數碼獸犯罪事件似乎和水銀獸有關，大一行人決定進入數碼世界，和水銀獸正面交鋒!　薩摩長官開始向DATS日本分部裏的所有人闡述十年前發生的事情。當時數碼世界剛被人發現，政府派遣了一對人馬前往數碼世界調查，卻陷入了險惡萬分的危機當中。

為了打倒水銀獸，大一行人來到了數碼世界當中。前進目標就是遙遠的那座冰壁之山!水銀獸和數碼大門就在那裏!途中，眾人陰錯陽差地進入了一座看似人類世界城市的山谷裏，遭到無數的蜘蛛獸攻擊，全軍覆沒。而命令這羣蜘蛛獸的，就是能夠吸取對方魂魄的棘手敵人。金屬幽靈獸(完全體)， 眾人逃無可逃的陷入了惡夢的深淵當中。

淑乃發高燒病倒了。而且還傳染給前來打倒大一行人的鬱人。鬱人的搭檔──夜鷹獸見狀，立刻慌慌張張的帶著他撤退。發燒的原因來自病毒，但是在找不到疫苗的情況下，淑乃的命危在旦夕。就在這時，夜鷹獸再度出現在眾人面前，準備和自己打從心底厭惡的人類聯手，以拯救鬱人。

就在快要到達無限冰壁之際，鬱人和夜鷹獸突然出現，襲擊了大一行人。更糟的是，經過上一次的戰鬥，礦石獸已經認定鬱人和夜鷹獸是站在人類那方的背叛者，率領著長毛象獸想要將眾人一舉殲滅! 大、亞古獸、還有迦奧獸雖然成功逃出，但淑乃、拉拉獸、還有託瑪卻因此摔下了懸崖，最可靠的託瑪還因此負傷。就在這個時候，鬱人和夜鷹獸又再度展開了攻擊。

就在即將到達水銀獸所在得無限冰壁時，一位神秘的老人出現在大一行人的眼前。他就是把暴龍機交給大，並且給予大好幾次提示的人，外號“暴龍機大叔”。沒想到這位暴龍機大叔竟然會突然現身在數碼世界，又幫眾人帶路，而且，他似乎還知道鬱人的秘密。老人看到夜鷹獸和鬱人朝DATS眾人襲擊而來時感到相當震驚，喃喃自語地説出“這孩子一定就是野口的”。

闖入數碼世界後，大一行人終於和最終大頭目—水銀獸展開了決戰!雖然在這次旅程中，三人的數碼售都已經進化為完全型態，但是，在水銀獸壓倒性的實力面前，眾人還是被打得落花流水。就在這時，暴龍機大叔為了解救眾人脱困，自己一個人留在數碼世界，未能隨眾人回到人類世界…面對這種情況，大十分的不能接受。

鬱人的雙親就住在日本阿爾卑斯。大和淑乃從長官那兒得知此事後，，便帶著鬱人及夜鷹獸動身前往。但是，鬱人的父親野口憲治和母親美鈴的態度卻出乎眾人的意料。“只要知道鬱人還活著就夠了，請你們把他帶走吧”事實上，美鈴在失去鬱人後，花了十年的時間才重新從傷痛中復元，所以憲治希望眾人能對美鈴保密。

面對自己的親生母親，鬱人依然堅持著自己是數碼獸，並不承認自己有人類的母親，隨後逃離了現場。雖然大一行人暫時保護鬱人不被羽柴逮捕，但是鬱人卻認為自己已經沒有容身之處，就這麼逃離了DATS。同一時候，在數碼世界裏，擁有和水銀獸相同實力的究極體‧黃金箭獅獸主張對人類全面開戰。礦石獸跟隨著黃金箭獅獸，準備對人類發動總攻擊。

能夠使用高超的技術在任何一個地方開啓數碼大門，將數碼獸軍團逼回數碼世界的神秘人物。他的真實身分就是大父親的助手，自稱數碼獸大粉絲的倉田博士。但是，眾人並沒有時間在意倉田的怪異登場，在他們的面前，出現了更大的問題…那就是鬱人。鬱人已經無處可去，他今後該何去何從呢？大一行人必須要先解決這個問題。

黃金箭獅獸的數碼蛋突然消失了，跑來參與戰鬥的神秘數碼獸的真正身分是什麼。一個接一個的謎團相繼出現，傳送機也在此時修理完成只是，重新進入數碼世界並沒有帶給他們多久的喜悦，空氣中又開始飄著不穩定的因子眾人奉國家機密局之命，準備用和平協商説服水銀獸，領導人是身兼策劃者的倉田博士，DATS全數成了他的部下，並有權自由命令大一行人。

大一行人終於來到水銀獸的面前了。而眾人也終於知道居中搗鬼，讓人類和數碼獸互相對立的人是誰了沒錯，就是倉田博士率領士兵直闖數碼世界，把撫養鬱人和夜鷹獸長大的雪人獸給殺死的。這件事發生在探險隊剛成立之時，當時的成立目的是為了救出鬱人，而參加探險隊的倉田卻因為恐懼數碼獸的力量，對數碼獸開槍，才種下了事情的肇因。

原來倉田就是萬惡之源。倉田企圖想要徹底消滅數碼獸，放出了自己製作的基茲獸AT，給予水銀獸致命的傷害。好不容易可以和水銀獸互相瞭解，卻因為倉田的所作所為，使得數碼獸和人類的關係，將要陷入永劫不復的地步了嗎。大等人憤怒不已，集結三隻完全體數碼獸的力量，勇敢的向基茲獸AT發動攻擊。就在這時，水銀獸身旁的鬱人和夜鷹獸有了行動。

“敵人是倉田博士！”人類和數碼獸之間的巨大裂痕全是由倉田壹手造成的，只要一天不阻止倉田，和平就絕對不會到來。大一行人明白了所有真相後，從數碼世界回到了人類世界，但是迎接他們的，卻是DATS的解散。早眾人一步回到人類世界的倉田向國家機密局密告，陷害眾人，使得薩摩隊長以叛國罪遭到逮捕，大及託瑪等人則被剝奪了所有的權限，強制消除記憶。

為了阻止倉田無法無天的行為，大一行人趕回了DATS總部，卻親眼目睹了總部的大爆炸。倉田為了阻止眾人利用數碼大門去數碼世界，不惜粉碎整棟DATS大樓，再這樣下去，數碼世界恐怕就要被倉田給毀滅了。於是大等人找上了數碼穿梭的最後希望，也是他們唯一可以依賴的人物──野口教授，也就是鬱人的父親。

為了阻止倉田侵略數碼世界的行徑，大等人第三度來到了數碼世界但是，眾人所要面對的，就是被倉田改造過的次世代數碼獸。這三名年輕人居然還可以變身成數碼獸! 大一行人出動了三隻完全體都打不贏對方，薩摩隊長在此時及時伸出援手，掩護眾人離開。眾人來到數碼世界後為了找尋線索，決定前往拜訪森林的長老──祖利獸。

大等人在上一回的戰鬥中，碰巧引發了強大的數碼之魂，使得聖一行人嚐到了首次的敗北另依方面，大等人的暴龍機也因此失去作用眾人決定找到大的爸爸，請他修理暴龍機，於是朝著“流浪者之岬”前進沒想到在那裏等著他們的，竟然是番長獅子獸。

大一行人得到了嶄新的數碼之魂，使得亞古獸們得以進化為究極體在番長獅子獸的指示下，他們馬不停蹄地趕往聖都原來所謂的聖都，就是由超巨大的要塞獸所揹負著的移動城市! 由巴隆獸所統治的這裏，也是數碼獸們的一大交流場所! 但是，等待著大一行人的卻是。

被稱呼為聖都，背上居住著許多數碼獸的巨大龜型數碼獸──要塞獸大一行人以此為據點，準備與倉田軍團進行最後的殊死鬥擔任主帥的人，就是過去曾經拯救過聖都的救世主──大門英的兒子，大門大上至統治者巴隆獸，下至所有的數碼獸，全都對大寄予重望但是，有個人卻對這種待遇產生了忌妒心，就是託瑪和他的搭檔──迦奧獸。

倉田軍團大舉進攻數碼世界，對數碼獸們趕盡殺絕大一行人尾隨其後，意圖阻止倉田的野心，雙方終於引爆最後的決戰。託瑪雖然打倒了倉田軍團中的“奈奈美”，但洪水還是潰堤而下，直撲要塞獸而來大一行人的據點會因此陷落嗎? 最重要的大以及鬱人更在此時直闖入倉田軍團的中樞，與眾人分開行動。

和倉田一戰有了全新的展開!沒想到倉田的計畫就是將要塞獸送到人類世界。人類世界引起了大騷動，所有媒體競相報導，“神秘怪物來襲”的不安席捲了全人類堅持數碼獸和人類和平共處的大，他和倉田到底孰對孰錯。全人類現在正期待倉田趨逐數碼獸。就在這時，大和聖之間的戰火已經點燃。

與倉田的第一戰以最壞的結果收場戰爭被帶回人類世界繼續延續，眾人也沒能守住要塞獸，情況相當的惡劣 而且託瑪還在此時被家族裏的人帶回去，脱離了戰線 街上被大肆破壞，人們視數碼獸為仇敵遭到通緝的大一行人只能躲在地底的秘密基地裏另一方面，回到家中的託瑪和自己的妹妹莉莉娜重逢了。

託瑪和迦奧獸以倉田手下的身分出現在大等人的面前也許是為了醫治妹妹莉莉娜的病，才被迫選擇和倉田聯手的。但是，大等人並不知道內情，只是感到不可置信就在此時，大發揮出了被視為禁忌的爆裂模式的力量，感受到大的忿怒後，閃光暴龍獸因此變得相當兇暴，更因為這股壓倒性的負面能量開始失控。

為了治療妹妹莉莉娜的病，託瑪答應了倉田提出的要求，並背叛了大一行人 託瑪對潛入打聽消息的鬱人和夜鷹獸展開攻擊，完全站在倉田這邊但是，事情有點蹊蹺。盡全力攻擊的託瑪和迦奧獸居然刻意將攻擊打偏，沒有直接擊中鬱人他們在這種近距離下攻擊還會沒打中的可能性只有一個。另外，鬱人還告知眾人，原來倉田的目的就是要讓貝爾菲獸復活。

託瑪重回夥伴身分，差一點就阻止了貝爾菲獸的復活，卻因為倉田和貝爾菲獸進行了融合，使得貝爾菲獸進化成了究極體! 大抱著亞古獸的數碼蛋趕到現場，DATS三人終於展開了反擊。但是，貝爾菲獸壓倒性的實力使得大家陷入了苦戰，大他們幾乎看不到勝算。

託瑪和迦奧獸歸隊，亞古獸也從數碼蛋中再度復活!吸收了倉田之後，貝爾菲獸開始大肆破壞城市，但是DATS全員到齊後，便沒有任何事足以畏懼! 大和迦奧獸率先對貝爾菲獸展開攻擊，但是，貝爾菲獸的身體有了異狀。倉田的臉竟然出現在貝爾菲獸的胸口。那也許是倉田的怨念，也許是被擊碎的野心所留下的碎片。

無人不希望能夠打倒貝爾菲獸、阻止倉田的野心但是，他最後的舉動帶來了全新的威脅。倉田將時空震動炸彈影報，使得包括日本在內的全世界的時空之牆一口氣崩毀!兩個世界無法並存於同依時空當中。託瑪説這個人類世界和數碼世界遲早會一起毀滅。眾人聽見託瑪的話後，不禁倒抽了一口氣。

由於倉田引爆了時空震動炸彈，次元牆壁終於毀壞了。番長獅子獸雖然化身為支柱支撐著數碼世界，但是數碼世界撞上人類世界只是遲早的問題，雙方世界到時候將會一同毀滅為了拯救兩個世界，番長獅子獸希望眾人去找世界樹，因此大一行人再度來到了數碼世界，並且意外的碰上了一個老朋友。

大門英就是數碼世界之神──世界樹，並且命令皇家騎士消滅人類世界面對自己震怒的兒子，英卻一如對待外人般的淡漠，甚至想將大和託瑪、淑乃等人一起殺死。就在此時，一名皇家騎士──八腳馬獸出現，救了大家，而下落不明的薩摩隊長也在此時出現原來八腳馬獸就是隊長的搭檔管狐獸所進化而成的。

大門英博士化身世界樹，成了全人類的敵人大為了明白父親真正的想法，獨自進入了數碼世界叔乃和鬱人等人則留在人類世界，和皇家騎士所率領的騎士獸軍團對抗，卻是兵敗如山倒。就在此時，託瑪和迦奧獸接到湯島的通知，趕到了機場，準備解救妹妹莉莉娜。

次元震動炸彈造成了次元牆壁破壞之後，人類世界和數碼世界陷入了面臨衝撞的大危機而數碼世界之神──世界樹更下令，要身邊的親衞隊──皇家騎士消滅人類世界人類們全數躲起來避難，人類世界已成了一座鬼城，只留下淑乃、鬱人、拉拉獸、夜鷹獸仍在作戰。

大門英博士成為了數碼世界之神，下令皇家騎士攻打人類世界大為了確認父親的真意，和自己的搭檔亞古獸再度前往了數碼世界，和重逢的礦石獸一起尋找父親所在的世界樹就在此時，身為皇家騎士一員的顱骨獸擋住了他們的去路面對世界樹大人親賜的最強魔槍與魔盾，大會怎麼做。

大一行人打倒了皇家騎士中的顱骨獸，成功抵達了世界樹在他們眼前的，是一棵聳入雲霄的巨大樹木，同時也是支撐著整個數碼世界的伺服器，數碼世界的神──大的父親就在那裏等著他們大必需要爬到樹頂，和父親面對面，阻止他繼續攻擊人類世界。

番長獅子獸用自己的生命支撐著不斷向人類世界墜落的數碼世界顱骨獸來到了人類世界，接替番長獅子獸支撐著數碼世界，要番長獅子獸立刻趕往世界樹原來是因為世界樹對所有犧牲者的冷漠，使顱骨獸不再相信世界樹。他決定將兩個世界的存亡託付在番長獅子獸身上，寄予他能夠成功。

和世界樹的決戰在數碼世界開打了。大的父親—大門英的靈魂寄宿在番長獅子獸的身體裏，捨身攻向了世界樹，終於打倒了世界樹但是，世界樹卻現出了他巨大的本體。閃光暴龍獸一行人雖然同心協力的作戰，還是不敵數碼世界的神，絲毫無法傷到他。世界樹甚至飛向了人類世界。這場決戰的結果很難預料。

大和亞古獸迎接了最後的戰鬥敵人是數碼世界之神—世界樹世界樹終於判斷自己推行的“數碼獸進化計劃”以失敗告結，開始企圖消滅所有的人類和數碼獸所有的夥伴們都在身旁共同奮戰數碼獸們用自己的性命支撐著數碼世界看著他們的奮戰姿態，全人類都在為數碼獸加油這場戰鬥，終於要作一個了結了。