刁蠻俏御醫

　　天心參加院士考試，卻差點把監考官氣的窒息。眼看監考官就要一命嗚呼，天心當機立斷，折斷毛筆，在眾目睽睽之下，一把將筆管插進監考官的喉頭…天心雖然救了考官，卻因為救人手法太過於驚世駭俗，被轟出了太醫院！首席太醫冷泉下令，天心終生不得再參加太醫院醫士徵選！ 在天心被轟出太醫院的同一時間，朱歷皇帝要六部尚書跟他席地而坐，一起吃燒餅，聊朝事。於是朱歷為了探查民情，出宮去了！ 但李保川的「寶貝」在宮中遭竊，東廠總動員，鎖街封路。眼看天心快被抓走，朱歷剛好路過，幫天心主持公道。一人單挑眾東廠官兵，可憐的是天心、小石頭，到處逃竄。 此時一旁的酒樓上。飛賊哲三，欣賞着這場街頭惡鬥，他身邊的包袱，就是李保川的寶貝。 太師府千金大小姐趙湘凝出門，卻遇到天心、小石頭。 天心打翻了字畫攤的墨汁，染黑雙手，不小心跟湘凝在巷口對撞，兩隻手手牢實地壓在湘凝的胸前！天心趁亂逃走、留下快氣瘋的湘凝。 在哲三的幫忙下，天心、朱歷終於逃脱。朱歷也得知天心參加太醫院徵選的事，兩人留下好的印象，一直是個男人婆的天心，心裏對朱歷居然起了小反應。 天心已經被湘凝盯上了。湘凝趁着天心、小石頭出門的時候，將天心抓走了。

　　哲三在纏鬥中受了重傷，逃進了閹割房。雖然過追捕，但卻又陰錯陽差、被當成未淨身的準太監，在受傷無力抵抗下、被五花大綁上了手術枱。但沒想到執刀的張師父因為傷風向天心求診，忘了吃藥不能喝酒。張師父頭昏眼花、下刀失了準，哲三保住了命根子。不過因為身受重傷、無力逃跑。最危險的地方就是最安全的地方，於是哲三將計就計，假冒太監，躲入皇宮。 天心剛闖禍，馬上被大娘下令禁足，在豬肉攤旁嚴加看守，忽然市集來了大批官兵，頒來聖旨，宣天心進太醫院當實習院士。天心、大娘兩人面面相覷、不明原因。 天心為了要進太醫院，答應了大娘三個要求「非病不理、非民不親、男裝入宮」，這才了了天心多年來的心願，進了太醫院。 天心在太醫院受到冷泉為難，成了清潔工，忙了一天的天心，居然在洗澡的時候跟哲三「坦誠相見」。哲三為了矇混過關，慌稱自己是皇上的「密探」，兩人互相承諾不説出彼此的秘密。哲三也因為這次，對天心一見傾心。 朱歷要保川整飭東廠貪官污吏，捉拿飛賊，交給趙甫嵩處理。保川搬出太后，還找來朱歷的表妹雲鶯來，企圖牽制朱歷，母命難違，朱歷只好帶着她去玩。但朱歷不知道，其實雲鶯別有目的…

　　朱歷硬着頭皮陪表妹放風箏。雲鶯對朱歷示好，朱歷多次想要逃跑不成，於是扯斷風箏線，飛到太醫院圍牆邊的樹上！嘿嘿、風箏沒了，這下可解脱了。但沒想到雲鶯仗着太后撐腰、硬是要皇上上去撿風箏。 朱歷想要救出哲三天心，卻無法違抗太后命令，前來道別。哲三為救天心，私下向朱歷坦白他飛賊的身份。朱歷心生一計…

　　行刑當日，天心、哲三還不見朱歷來搭救，心想大勢已去，忽然這時李保川接到了封信，馬上下令，放了天心、哲三兩人。忽然朱歷、哲三同時醒來，原來剛剛是裝醉，朱歷跟哲三找出黃金甕後，向哲三獻計，要飛賊哲三故意暴露行蹤，還要哲三死去。與哲三商討過後的朱歷，回去經過了湖邊，忽然發現女裝的天心。朱歷一回去，發現天心穿着男裝，坐在家裏。天心説那是他早逝的雙胞胎妹妹，朱歷是看見鬼了。隔天，哲三引來李保川、趙甫嵩前來抓人，哲三一路逃到了懸崖邊，就在走投無路的時候忽然往下一跳。只見黃金甕跟哲三的屍首跟着深谷的溪水流去。而懸崖邊的凹洞裏朱歷正拉着哲三的手，頗有英雄惜英雄的味道。當然剛剛掉下去的屍首，也只是假人一具。

　　保川要天心治療太后的厭食症，如果治不好，就砍了天心的腦袋。但其實太后根本沒病，只是缺乏運動而已。 天心三人一出宮，發現附近酒樓傳來吵鬧聲。原來是湘凝在酒樓吃飯，但是錢不小心被扒了，付不出錢，於是跟店家起了爭執。天心幫湘凝解圍，沒想到湘凝一路跟着天心回家，守在天心家門口。 天心生火要湘凝過來烘衣取暖，但湘凝就是不要。天心起了頑皮心，裝MAN調戲湘凝，逗着湘凝。天心發現，湘凝想要自在的過生活，不願意聽爹的話選妃。天心於是帶着湘凝回去吃飯。

　　大娘提醒天心，最近因為選妃，沒事情就別回來了。原來天心的户卡上記的還是女兒，這時湘凝、哲三吵了起來。哲三故意激諷湘凝。湘凝氣不過，砸的天心家亂七八糟，遭來一頓斥罵，湘凝覺得沒面子，負氣離開。天心喝令哲三馬上跟出去看着湘凝。哲三這才知道，原來她是太師府的大小姐。 天心為了救娘出來，決定以女裝現身。果不其然，大娘被放出了東廠大牢，知道是天心所救。當大娘看見天心時，嚇了一大跳。原來天心辦醜出現，以為這樣不但可以救出大娘，還可以避免被官兵挑中，可以不進宮選妃。卻沒想到弄巧成拙，這次選妃專挑長的怪、長的醜的恐龍妹，天心也因此又被抓進宮選妃去了。

　　天心一回宮，發現選進宮裏的佳麗全是些拐瓜裂棗的恐龍妹。而湘凝也進了宮來。雲鶯覺得湘凝是最大的敵人，一看見她就不順眼，馬上就跟李保川密謀，準備除去湘凝這個最大的敵人。朱歷來找天心，正巧天心要換回男裝，雖然有哲三幫忙掩護，但還是差點曝光。朱歷表示選妃一事是太后之意，皇上國事繁重，沒有心思在這時候娶老婆！朱歷説天心點子多、要天心幫忙想個既不得罪太后，又可以幫皇帝脱身的好點子？天心、哲三一陣瞎出主意，最後討論到裝病，朱歷説太醫冷泉一把脈便知真假。天心卻説他有辦法，可以騙過冷泉。

　　保川為了讓雲鶯中選，偷偷塞了包春藥給雲鶯，還暗示雲鶯，若是雲鶯先懷了龍種，管他湘凝是甚麼來頭，皇后一位，非雲鶯莫屬。雲鶯下藥成功。頻頻對皇上搔首弄姿，還趁勢想脱朱歷衣服，雖然朱歷巧妙躲過，但還是不敵雲鶯的「胖後」硬上弓。朱歷落慌而逃，剛好遇到也在躲着湘凝的天心。天心發現朱歷不對，帶朱歷逃進男浴池沖涼散「熱」。朱歷因為春藥作祟，雖然知道何天是「男兒身」，但見何天與他夢中情人相貌實在太像了，忍不住還是怦然心動，不由自己的靠近何天。眼看何天就要被朱歷「臨幸」之際，何天抓起旁邊的水瓢用力的往朱曆頭上ㄧ打，打昏了朱歷，才化解危機。

　　太后限定的期限已到，太后抓來天心，問天心要怎麼治好朱歷的病，天心説不出來，太后下令馬上砍了天心，就在這個時候，太后接到消息，朱歷的病已經好了，選妃如期舉行。 保川忽然將天心約來，同桌吃飯，説天心替他除去小孟這個害羣之馬，另外給了天心一盒毒糕餅，要天心在選妃前給湘凝吃，否則就要對大娘不利。 選妃前，保川在對候選人做最後吩咐，忽然湘凝拿出糕餅，説他牙疼不能吃甜的，東西還是分給大家吃好了，還要天心吃第一塊。保川心知不妙，天心騎虎難下，只能硬着頭皮吃糕餅。天心一陣掙扎後，就這樣倒在地上，死了。眾人大驚，保川馬上帶着候選人離開，命小太監處理掉天心屍體。哲三這時候來到，好意幫忙小太監處理屍體，兩個小太監一走，天心馬上醒來，原來這一切都是天心的計策，天心早已吃下解藥。哲三也同時帶來大娘平安無事的消息，天心終於鬆了一口氣，不顧哲三阻擾，想要去前台看選妃，湊湊熱鬧。天心還在心想入宮這麼久，從沒見過皇上的廬山真面目，但這一去，驚訝的下巴都快掉了下來，原來皇上就是…朱歷！

　　天心卻為了發現朱歷的真實身分狂冒冷汗。所謂太歲頭上動土莫過於此，天心想到自己過去老對着朱歷大罵皇上，而且，還差點被皇上臨幸！ 在天心的小腦袋裏，對朱歷的心動，好像越來越複雜了。 天心對朱歷説道，他已經知道他的皇帝身份，朱歷表示是因為害怕天心知情會影響兄弟間的情感，但他們的感情沒有因此受到影響。道歉之後，説出自己的真實姓名，朱歷。 朱歷成立了醫療救護隊，派遣太醫院太醫前往災區幫助災民。但他與哲三、天心兩人，卻沒跟着大隊人馬隨行。朱歷微服，希望可以看見災區現況，還偷偷命哲三為巡按御史，可以命令調派各縣的地方官。但三人還沒到災區，就在京外的一個小縣城裏，發現了居然有縣官在盜賣官糧。朱歷利用智慧，偵破了盜賣官糧的案件。這時忽然湘凝、茗菁來了。 湘凝刻意對朱歷獻殷勤，讓天心醋罈大翻，但其實湘凝的所作所為只是想要證明天心在乎他，順便氣氣他而已。但天心信以為真，負氣而走，卻不小心遇刺，生命岌岌可危。看天心變成這樣，湘凝心疼不已，不吃不喝的照顧天心。哲三在朱歷的指示下，得知貪污的最上頭有可能是趙甫嵩，決定要打下甫嵩。

　　一行人回京後，朱歷馬上當着文武百官的面宣佈要成立廉政院，並令哲三為御史，引起甫嵩等人不滿。朱歷還將當初被保川關入大牢的東廠官兵放了出來，讓哲三調度。朱歷、哲三展開了反貪任務。而他們的第一個目標，挑了平日最招搖的錢兵部下手。 天心回宮後，想要繼續找尋本草品彙經要的下落，天心回到太醫院，不但沒有找到，還被冷泉訓斥，冷泉説如果想要活命，就不要再問這本書。讓天心感到疑惑萬千。太醫院院士早就聽聞天心在宮裏的事情，希望天心跟他們切磋醫術，天心自覺在宮中的一切都是歪打正着，説自己是因為祖傳秘方，但是不便外流。這讓在一旁的華妥聽見，華妥找了機會，進了醫護站，到處翻搜，結果秘方沒搜到，反而找到了天心的肚兜。華妥以為天心私藏宮女，穢亂後宮。便將此事報給保川，宮女的肚兜都是由尚衣監統一發放，保川發現這件肚兜跟宮女的肚兜截然不同但皇宮守備森嚴，這肚兜究竟怎麼來的？保川陰冷的笑着。 天心接茗菁通知，湘凝那天回去後被甫嵩打了一巴掌，開始不吃不喝，這次不管茗菁怎麼哄都沒用。茗菁擔心湘凝出事，懇求天心去太師府看看天心。經過天心一陣好説歹説，湘凝終於吃了東西。

　　甫嵩接獲消息，皇上、哲三帶着大批人馬前來，甫嵩情急之下將賬本交給了湘凝。天心躲了起來沒被甫嵩發現，但湘凝手上那本賬冊，讓天心不禁懷疑、擔心了起來… 皇上、哲三帶着大批人馬前去搜查賬冊，但趙甫嵩説自己光明正大，不管怎麼搜他都不怕，最後趙甫嵩為了以示清白，要朱歷來搜他的身，哲三一陣搜查後，發現沒有東西。最後朱歷發現湘凝神情有異，於是謊稱覺得湘凝身上的衣服漂亮，想要做一套給他的表妹，希望湘凝可以脱下來送給他。又命哲三叫來宮女或太監，看着湘凝換衣服。湘凝説不用，自願讓人搜身，不過要讓天心來搜。　天心果然在湘凝身上摸到了賬冊，湘凝、天心一陣對望，忽然天心對朱歷説道，湘凝身上什麼都沒有，朱歷一無斬獲，打道回宮。 湘凝最後受不過良心的譴責，將賬冊交給了天心，但湘凝在賬冊上動了手腳，並希望朱歷饒了甫嵩一命。朱歷頓時陷入天人交戰，應該為了湘凝，饒了甫嵩跟那些貪官嗎？朱歷這時又心生一計。 朱歷要哲三拿賬本去找眾官員，名為希望官員們慷慨樂捐，其實是要他們吐出貪污所得。藉此順便剝去甫嵩在朝中的勢力。 朱歷另外在早朝時，將賬本拿出，甫嵩大驚。其實皇上是用賬本書皮做了一個樂捐清單，眾臣心裏有鬼，只要做做樣子，保證他們都嚇的屁滾尿流，果然甫嵩跟眾官員自願捐出貪污所得。

　　李保川得知消息後，心裏十分開心。跑去太后面前嚼舌根，説何家不識抬舉，居然連太后的賜婚都敢違抗，不但無視皇族威嚴，甚至不將太后這個主婚人放在眼裏。還建議太后派人監視何天，不然何天到時若是跑了，太后的面子該往哪擺？ 就這樣，何天身邊都多了東廠官兵。去吃飯，後邊站着人。上廁所，門口就有人守着。洗澡呢，外面依舊有人看守。那就別提天心回家、睡覺、買東西。弄得天心不只好幾天沒好好洗澡，好好上廁所，身上味道不好聞就算了，還憋尿快憋得快得膀胱炎了。當然，ㄧ個大姑娘洗澡上廁所，外面要是有人看守，哪個能不害怕，更何況，他還是個不能被發現身分的大姑娘啊。而何大娘，也在看守名單當中。母女倆就算在自己家裏，外邊站着大隊人馬，別説逃了，連蒼蠅都飛不走。 夜裏，天心在牀上翻來覆去之際，忽然何大娘跑入天心房內，説不知怎麼回事，外面的官兵都被人打昏了，要何天趁現在趕快跟他逃走。其實是何大娘出手將人打昏，但何大娘的武功從未在天心面前曝光，只好出此下策。天心、何大娘兩人逃出，但何大娘想起楚弘留下的《九針別訣》忘了拿，要天心趕緊先逃，並約了在某處相見。 何大娘這一回頭，發現家裏來了大隊人馬，還被逮個正着，何大娘雖然身手了得，但被團團圍住ㄧ時也難以脱身，就這樣被人抓住了。

　　大娘被抓了，天心在小石頭的幫忙下，放了風箏找來朱歷，想要見大娘一面，卻不小心被李保川發現。天心在哲三的掩護下，原本可以逃跑，但天心為了救大娘，決定娶湘凝為妻。 不懂天心為什麼逃婚，湘凝前來對天心興師問罪，而湘凝這時候才發現，原來何天是女兒身。但是大娘在保川手上，他不得不這麼做。湘凝為了幫助天心，決定跟天心成親，再幫助天心和大娘離開。 隔天，朱歷、太后親自主持婚禮，趙甫嵩以及文武百官都在場，而大殿外何大娘卻跪在地上，脖子上架了把刀。裏頭是喜氣洋洋的結婚殿堂，外頭儼然是臨時法場！若是天心稍有抗拒，他們馬上砍了大娘。 天心當着所有人，將自己扮男裝的來龍去脈講了一遍。太后大怒，何天這小丫頭居然將所有人都給耍了！朱歷跟哲三紛紛求情，就連湘凝也説早就知道天心是女兒身。但太后在盛怒之下，還是決定，明日午時就將何天心斬首示眾！ 第二天，朱歷跟哲三來到法場，天心第一次跟朱歷以女孩身份相見，卻在臨死之前！朱歷和天心耳語，問天心為什麼騙他有個妹妹？天心告知，是因為自己答應過大娘，情非得已、才出此下策，以後希望朱歷能幫忙照顧大娘！ 説得遲那時快，哲三突然出刀綁架朱歷！脅迫他人不準靠近。

　　原來這是朱歷和哲三想出來救天心的方法，為了取信李保川，朱歷甚至要求哲三在自己身上劃一刀。李保川堅持不肯退兵，此時大娘突然駕着馬車出現，將朱歷哲三、天心三人帶上車就走，李保川氣得説不出話來。朱曆命哲三好好照顧天心母子，便回到宮內，向太后稟明實情。太后聽到朱歷居然設計自己被綁架、劫法場，痛心萬分，把朱歷帶到太廟，當着列祖列宗的面，太后鞭打自己，表示愧對祖宗…但忽然間太后頭疼發作，太醫院也都束手無策，朱歷只能昭告天下，找尋能治好太后頭疼的醫生。 這個禍害就是六品宮正莫苡柔。從小就對權力充滿野心的她，夢想成為皇后，擁有至高無上的權力，不甘於只在後宮做一女官。能幹非常的她，是李保川得力的助手，連李保川也不曉得她擁有如此慾望。

　　天心好不容易得到哲三從宮裏帶回朱歷的回信，信上卻充滿了不要天心擔心、粉飾太平的言語，和哲三説的實情完全不同。天心毅然決然離開山上，要去宮裏找朱歷，全沒發現哲三跟大娘也悄悄尾隨自己出來。苡柔故意討好天心，讓天心覺得和自己一見如故，藉此也與朱歷拉近距離。因治療脱力的天心，在朱歷寢宮度過一夜，兩人什麼事也沒發生，但次日醒來，看着對方的睡臉，兩人都忍不住有點害羞、裝睡。

　　苡柔為了儘速實現當上皇后的願望，不惜發毒誓拜李保川為乾爹。為了取信天心、朱歷，還掩護天心逃過李保川的搜查。但天心知道了朱歷的為難，自動選擇離開，哲三現身，帶天心回到山上。太后知道了幫自己治病的人是天心，答應原諒天心的罪，但卻不願意饒恕劫法場的哲三，要朱歷交出哲三的命來換天心的命。天心不在，苡柔對朱歷更頻頻示好，聰明的苡柔，以天心為話題，慢慢卸下朱歷的心房，讓朱歷將天心抗旨逃婚等來龍去脈全部告訴苡柔。苡柔知道朱歷心繫天心，趁機向朱歷獻計，讓天心重回皇宮。朱歷感激苡柔對他跟天心如此用心，卻不知道，這一切都是苡柔的計策。 剛回到山上的天心，雖然準備安分過日子，但還是掛念着朱歷，哲三看在眼裏頗不是滋味，大娘也勸天心死了這條心。 小安卻突然率領了大批官兵到來！小安表示，大家的罪名都免除了，他是要大家回宮！天心得知這是苡柔幫的忙，當下就把苡柔當成自己的姊妹，苡柔順利的成為朱歷、哲三、天心的好朋友。原來這一切都是保川向太后建議的，讓天心回宮，安插在後宮當女官，方便監視。大娘不放心天心，決定一起來到醫護站，發現天心以後是歸苡柔管轄。天心以為自己痛改前非，不會再給朱歷帶來任何麻煩，卻不知道，這一切只是暴風雨前的寧靜。

　　苡柔親切的帶着大娘、天心參觀。大家正高興之時，雲鶯卻突然出現，一直喜歡朱歷的她，認為天心是玩弄朱歷感情的大騙子，一定只是想在宮裏為非作歹，所以氣沖沖跑來找天心，不但迎頭就打天心一巴掌，更把大娘趕出宮去。大娘忍氣吞聲，卻在離宮前遇見自己的老友，也就是太醫院首席御醫冷泉！兩人短暫的會面，卻都想起了不願回憶的昔日往事。另外，保川察覺天心的身世有異，一邊測試苡柔對他的忠心，一邊要苡柔查出天心的身世。天心昏迷了數天，一起來就遇到雲鶯來找麻煩，大娘為了天心日後在後宮的日子，對雲鶯低聲下氣，受雲鶯的污辱，還被雲鶯趕出皇宮。天心見此，暗自叮嚀自己，以後在後宮，絕對不惹是生非，不再讓任何人為難。而天心前去探望苡柔，發現苡柔傷的比他還嚴重，並且高燒不退，對苡柔有無限的歉意。苡柔暗自一笑，何天心，你中計了。

　　天心要齡春去太醫院幫苡柔抓藥，苡柔乘機對天心打聽他的身世，得知天心的父親早就離開他們了，而天心的針灸手藝，全是靠自學來的。另外保川得知天心在找「本草品彙經要」一書，保川要苡柔加把勁，問出天心為何要找此書。 天心因為感動苡柔代受責罰，和苡柔的感情更好了，把《本草品彙精要》盡數告訴苡柔，沒想到是李保川要苡柔來問的。哲三為了幫天心出一口氣，偷偷把蜂窩丟在雲鶯的房間，把雲鶯螫得滿頭包。雲鶯跑來對天心興師問罪，苡柔用巧計説退了雲鶯，救了天心一次，天心因此更是把苡柔當成自己的姊妹。個性天真單純的天心從此對苡柔信任無比。 齡春説想學醫，拜了天心為師父，天心和朱歷的愛情，眼看也越來越甜蜜，雲鶯的死卻打亂了這一切。在苡柔的提醒下，朱歷在宮裏蓋了一間小藥圃討天心開心，兩人在藥圃中忘情地接了吻，但云鶯卻在苡柔的設計下看到了這一幕。苡柔跟雲鶯説，天心對朱歷果然包藏禍心，要雲鶯自己服毒、嫁禍天心，來讓天心離開朱歷。雲鶯依言服毒，卻沒想到苡柔深藏禍心，毒性遠比苡柔所説強烈，雲鶯毒發身亡，苡柔到醫護站故布迷陣，兇手也指向曾經拿蜂螫藥來給雲鶯的天心身上。苡柔以為自己的計謀天衣無縫，卻沒注意到，自己去醫護站的時候，不小心被齡春看見了。

　　雲鶯一死，天心懷疑是不是哲三替他出氣而痛下殺手，哲三證明自己沒有殺雲鶯的動機，此時朱歷帶來消息，説雲鶯的案情有重大發展，但兇手的指向，是天心。當下要天心先行逃亡。天心堅持不肯逃亡，要朱歷為自己證明清白，於是哲三把東廠大牢的牢房佈置成精美套房，要天心把坐牢當度假，等待清白被證實。 朱歷建議天心一案讓背景清白的哲三來調查，但太后執意要讓保川來處理，一陣僵持下，太后把此事偵察交給趙甫嵩來辦，趙甫嵩對天心用刑，差點把天心的手指夾到無法行醫。朱歷一方面揹負太后的壓力，另一方面哲三看不慣朱歷的作法、兩人吵架，苡柔就成為朱歷貼心的傾訴對象。 朱歷發現天心並沒有謀害雲鶯的動機，一方面太后拼命給朱歷壓力，朱歷極力想替天心找到有力證據，這一切都被苡柔看在眼裏。苡柔更不是滋味。 天心入獄的消息傳到了大娘耳裏，大娘前去哀求冷泉幫忙，冷泉礙於職務，不能答應大娘要求，更何況證據都指向天心是兇手，大娘心灰意冷，眼看天心冤屈不能平反。但也只能繼續等待冷泉的好消息。甫嵩審理天心，打算用刑讓天心屈打成招，引來朱歷不滿。甫嵩搬出國法、太后懿旨打壓朱歷。天心見朱歷為難，寧願自己被用刑，朱歷不忍，天心也不認罪，最後朱歷出面阻止，甫嵩決定擇日再審。但哲三不滿朱歷眼睜睜看天心受罰，跟朱歷大吵一架，昔日的兄弟，眼看就要一刀兩斷。

　　朱歷倍感壓力，苡柔這時給朱歷假的偵辦方向，將目標指向選妃。 朱歷、哲三認為甫嵩之前在選妃的時候涉有重大嫌疑，兩人決定先將天心救離開刑部，再繼續調查。 朱歷、哲三兵分兩路，一邊去保川那邊搜查毒藥的來源。另外一邊惜綁架趙甫嵩來審問，哲三一番威脅利誘下，還是沒從甫嵩身上問到什麼，反而更確定甫嵩沒有殺害雲鶯的嫌疑，當下決定放走甫嵩，但哲三卻在趙甫嵩面前露了馬腳、泄漏身份，讓趙甫嵩非常生氣，稟明太后，説朱歷三番兩次干涉查案，現在無故又帶走天心，甫嵩感到心灰意冷，決定辭官引退。太后果然中計，立刻下令，決定直接問斬何天心。 正當哲三在安慰天心的時候，甫嵩帶着懿旨來抓人，哲三無可奈何，只能眼睜睜的看着天心被抓走。唯一能做的就是馬上通知朱歷。

　　正在廟裏替天心祈福的大娘，忽然收到天心要被送去法場的消息。天心、大娘在押解過程一陣生離死別，大娘不願意天心就此送命，當下不顧老陶的阻擋，衝去法場要解救天心。 另一方面，朱歷在最後一刻才接到天心要被問斬的消息。全副武裝的大娘上法場打算救人，卻被有備而來的官兵所阻擋！正當情勢緊迫之時，朱歷出現了，身上綁着歷代祖宗皇帝的牌位，大喊「誰敢攔我！」 朱歷要求太后再寬限一些時間，讓自己證明天心清白。太后勉為其難的同意，但朱歷一再地逾矩，也讓痛心不已的太后決定一件事：如果朱歷不能證明天心的清白，朱歷自己就要被廢帝！ 而天心害怕朱歷被廢，讓天下人因此少了一個好皇帝，決定去刑部自首，坦承自己殺了雲鶯。並要朱歷永遠記得他…誓死如歸的天心，前去見大娘最後一面，大娘察覺天心有異，要天心不可放棄希望，就在雙方一陣僵持的時候，傳來消息，謀害雲鶯的真兇原來是華妥。 原來苡柔怕朱歷被廢、之前所做的努力會前功盡棄，也擔心朱歷逐漸發現線索，決定栽贓太醫院院士華妥是陷害雲鶯的兇手，並將華妥殺人滅口，故佈疑陣成密室殺人，營造華妥是畏罪自殺。天心等人一時找不出疑點來但天心總算是脱離險境，哲三去通知大娘，只有朱歷覺得不對勁。

　　朱歷向太后稟告偵辦結果，太后得知原來雲鶯跟華妥是蓄意要害天心。當下要朱歷對外隱瞞實情，並且打賞天心，以示補償。 朱歷發現華妥之死的種種疑點，跟苡柔討論着。朱歷察覺這事情或許不單純，背後可能有龐大的集團在指使，苡柔一方面關心朱歷，實際上模糊朱歷焦點，讓朱歷不會懷疑他。又故意在天心面前跟朱歷親密，讓天心看的不是滋味。就在此時，哲三帶來消息，湘凝進宮了。 苡柔決定對天心再起新的陰謀，在李保川處取得太后的頭髮、生辰八字，加上詛咒，一起放在天心從小珍藏的布娃娃裏。又假意提醒天心保川正在宮中有例行搜查，迫使天心將布娃娃藏在御書房內，這個布娃娃被朱歷發現，讓朱歷對天心首次起了信任破裂之感。而在搜查布娃娃的同時，哲三的假太監身份差點曝光，所幸哲三身手矯健，將刮鬍子的剃刀藏了起來，這才保住了小命。

　　哲三為了報復湘凝，將湘凝抓起來關在男澡堂內，但沒想到湘凝就這樣不見了，哲三到處找不到湘凝，最後卻被湘凝一把推古井，而哲三以身子護着湘凝，自己卻摔斷了腿。 朱歷被矇在鼓裏的天心，引來更大的誤會，朱歷覺得天心避重就輕，似乎在迴避話題。並且天心、哲三之前曾對朱歷隱瞞真實身份，雙方不歡而散。而兩人的誤會，從此展開。 哲三、湘凝被困在井底，哲三擔心湘凝害怕，不顧自己受傷，依舊説笑話鬥湘凝開心。湘凝對哲三除了愧疚之外，也多了一絲絲的情意。好不容易，天心、茗菁終於找到了湘凝、跟哲三，但哲三被救上來時被人發現滿臉鬍渣，哲三假太監的身份曝光了。 朱歷前去拜託李保川對哲三從輕發落，哲三死罪可免，但要被廷杖五十，充軍十年。保川此舉，引來甫嵩不滿。甫嵩認為自己女兒的清白已被哲三所毀，於是派出人馬要暗殺哲三，所幸哲三被湘凝、茗菁所救，雖然逃過被人追殺之險，但哲三身受重傷，有性命危險。

　　湘凝為了救哲三，前去藥鋪搶藥。並且不離不棄的照顧哲三，但不懂醫術的湘凝，只能眼睜睜的看着哲三的傷勢越來越嚴重，卻又無可奈何。 天心問起齡春，當時布娃娃有沒有被人拿走，齡春心地善良，天心也覺得齡春不像是會設計陷害他的人，但究竟是誰在布娃娃裏放了太后的生辰八字，天心依舊沒有頭緒。就在此時，茗菁假扮男裝來找天心，希望天心救哲三一命。苡柔利用齡春對他的信任，得知天心有可能外出替哲三治傷。而保川居然將春藥交給苡柔，要苡柔先跟朱歷有夫妻之實，爾後朱歷想不負責任都不行。 天心替哲三治了傷，並且將哲三帶回家裏休養。湘凝擔心茗菁安危，於是叫茗菁先回家，卻沒想到茗菁回到家後，受到甫嵩的刑求鞭打，但是茗菁始終沒有供出哲三的下落。這時候李保川來對甫嵩獻計，若是哲三失手將天心殺了，甫嵩不就除了兩個心頭大患嗎？ 天心回宮後，撞見朱歷、苡柔兩人共度一宿。之前的誤會加上眼前的事情，天心頓時心灰意冷。隔天，太后前來找朱歷，發現朱歷跟苡柔衣衫不整。太后事後找來苡柔，問起苡柔身家背景，就在太后作主下，太后要朱歷力苡柔為妃。事情傳到天心耳裏，悲痛欲絕，但天心仍然強忍歡笑，祝福朱歷跟苡柔。朱歷前來向天心澄清…

　　朱歷為了證明自己對天心的情意，決定也要立天心為妃，沒想到天心居然拒絕，並且希望朱歷專心一意的對待苡柔，並告訴朱歷，他跟朱歷從此之後，就只能是兄妹。 　　大娘害怕哲三藏身地被發現，將哲三移去其它安全的地方。但還是引來甫嵩的探子跟蹤。但大娘警覺性強，將探子以及刺客擒住，並且知道刺客的來源是刑部。於是朱歷、天心、哲三三人佯裝成刺客，回刑部，果然知道了真正的幕後黑手是甫嵩。 哲三不小心在湘凝面前説出這一切都是甫嵩所指使的，引來湘凝不悦，認為哲三誣賴他爹。湘凝決定回去找他爹問個清楚，眼看父女倆就要撕破臉。哲三跟蹤湘凝，最後阻止了。並且跟湘凝説他決定離開皇宮。 苡柔被封為貴妃，安排入住儲秀閣。但沒想到朱歷不顧太后吩咐，居然對苡柔百般冷落，還讓苡柔獨守空閨到天明。苡柔心裏明白朱歷心裏面的人還是天心，心裏決定，一定要除去天心這個絆腳石。 太后因為朱歷立妃，特去求子觀音那祈求朱歷、苡柔早日得子，卻沒想到太后居然遭到蜘蛛叮咬，引發過敏氣喘，眼看太后就要一命嗚呼。這時，哲三因為發現太后的侍衞急忙而走，覺得有異，而前來察看。哲三不顧自己舊傷尚未痊癒，帶着太后回去太醫院，總算救了太后一命。但自己也因為這樣，而被官兵捉住。

　　太后經過冷泉的治療，脱離了險境。太后叫來哲三，問起哲三為什麼躲入宮中，假冒太監。哲三如實道來，並坦承是因為認識了朱歷、天心這兩個好朋友，所以才不願意離開皇宮。太后欣賞他的以德報怨，坦率直言，有心想要原諒哲三，於是下令放了哲三，並且在天心、朱歷的求情下，免了哲三的罪，並任命哲三成為宮禁侍衞親軍。而哲三為了湘凝，也不願對甫嵩報復，專心當他的侍衞親軍。 茗菁看出，湘凝其實已經喜歡上哲三了。 天心在儲秀閣裏悶得慌，整天吃飽睡、睡飽吃，引來翠環不滿。但苡柔對翠環表示，他要慢慢折磨天心…另外醫護站也在這次，讓苡柔下令關了。朱歷發現後，更加深他對天心的歉意於是向太后建議，立何天心為妃。這個消息馬上就傳到了苡柔的耳裏…

　　保川對苡柔説道，他在後宮待了三十年，看了多少妃嬪被冷落。提醒苡柔還是得小心天心。而苡柔對朱歷撒謊説天心在儲秀合學習狀態良好，騙取朱歷來儲秀閣，一方面又對天心説宮中有罕見的禁藥黑玉香，讓天心主動開口對朱歷要黑玉香來研究。 而朱歷擔心天心學習狀況不好，對天心嚴格叮嚀了幾句，引發天心不滿，天心於是在朱歷面前故做儀態端莊，弄得朱歷更是彆扭。 天心終於從朱歷那邊得到黑玉香，而且當下就決定要試藥，沒想到黑玉香馬上就讓天心陷入昏迷。天心醒來後，朱歷想要收回黑玉香，但天心發現黑玉香其實有麻醉的功能，希望朱歷給他機會，讓他實驗，或許有天可以造出可以太后頭疼的止痛藥。 而苡柔利用自己雙重角色的優勢，一邊欺騙朱歷，一邊瓦解天心對朱歷的情意，斷絕天心的對外聯絡。最後還在天心的食物裏下黑玉香，讓天心染上藥癮。弄得天心不能自己，失去了行為能力。但天心發現自己被下藥的時候，苡柔更是變本加厲，直接對天心灌藥，弄得天心生不如死。 天心被苡柔所牽制，久久沒有跨出儲秀閣一步，就連最心愛的小藥圃，也因為缺乏照顧而荒廢。哲三發現後，向朱歷問起天心的近況。但哲三堅持自己去儲秀閣看見天心，朱歷表示現在哲三的身份是侍衞，貿然去儲秀閣會引來麻煩。於是朱歷就在哲三的拜託下，決定去儲秀閣一探天心。

　　天心無法對外求援，於是打算用針灸舒緩黑玉香的毒性，但針灸都被翠環、苡柔沒收，天心對於苡柔他的虐待，毫無招架之力。 哲三回家後，發現湘凝出現在他家裏，並且替他整理環境、打理生活。哲三不解風情，不懂湘凝好意。讓湘凝生氣的離開，回去的湘凝，又跟甫嵩大吵一架。湘凝説出甫嵩當時想要暗殺哲三的事情。湘凝不但坦承當時就是他救了哲三，而且這幾天都跟哲三在一起。氣的甫嵩給了湘凝一巴掌。甫嵩也決定，這次一定要殺了哲三不可。 朱歷還是沒找到天心，朱歷心一橫，決定呆在儲秀閣，沒見到天心不離開。苡柔這才讓朱歷見天心。並且告訴朱歷，天心在試藥的過程中，不小心染上了黑玉香的藥癮。苡柔甚至弄傷自己來博取朱歷的同情跟信任，讓朱歷自責不已。而苡柔乘機又對朱歷表達自己的真情，朱歷也覺得對苡柔頗有歉意。苡柔的計劃，一步步的實踐中。

　　朱歷找來哲三，對哲三説天心染上藥癮的事情。哲三不但不相信，還把罪過怪在朱歷身上。哲三決定自己求證天心是不是真的染上藥癮，並且許諾，絕不會給朱歷帶來任何麻煩。哲三就在湘凝的幫忙下，偷偷潛入儲秀閣。發現了天心，終於將天心救了出來。天心醒來後，對哲三説道黑玉香是苡柔所灌食的，哲三大怒，想去找朱歷，戳破苡柔的謊言，但天心卻阻止了哲三。

　　朱歷前來找天心，希望天心跟他一起回宮。又因此跟哲三吵了起來，天心制止朱歷、哲三，答應回宮。不過條件是讓他回太醫院繼續當院士，再也不理後宮的事情。而天心不知道，讓他回宮，是朱歷答應太后，從此之後每天呆在儲秀閣，直到苡柔懷孕的條件。 但人在儲秀閣的朱歷，依舊不願意跟苡柔同房睡。朱歷沒想到，這樣反而讓天心陷入了更大的危機。 回到太醫院的天心，從頭開始學起，在學習過程中意外發現曲池跟洋澤的關連，而得知原來洋澤就是太醫院的蒸藥室，這是找到本草品彙經要的唯一線索。果然天心在蒸藥室發現了一把鑰匙。 苡柔為了當上皇后，跟保川一起設計冷泉，要冷泉在太后面前證實苡柔已經懷有身孕。而朱歷也因此，不再對苡柔這麼冷漠了。 天心得知苡柔懷孕後，心情大受影響。哲三、齡春想安慰天心，卻讓天心越聽越悶，乾脆走了。哲三因為擔心天心，一路跟隨、卻因緣巧合下，來到了藥師佛廟，發現了藥師佛廟的某個符號跟鑰匙上面的相符，兩人找到線索，經過一陣探查，果然皇宮的藏書閣找到了一套「花草鳥獸繪本」，兩人回去一看發現原來這就是本草品彙經要。 天心也同時發現，本草品彙經要的其中一個編撰者，居然跟他小時候看過的九針別訣的作者是同一人。哲三當場提問，這個楚弘是誰啊？這本書怎麼會在大娘那？他該不會是你爹吧？

　　天心、哲三兩人回去找大娘，兩人一搭一唱想要從大娘那邊套出些話來，沒想到大娘守口如瓶，而且居然説要是天心以後在從他面前提到這個名字，從此斷絕母女關係。 　　藏書閣的老太監向保川告密，説何天心借走一套書，保川發現此套書似乎有可能是本草品彙精要。於是跟甫嵩密謀決定要除去哲三，沒想到這些話居然讓湘凝給偷聽見了，湘凝趕緊通知哲三。哲三慌忙之際，帶着半部的本草品彙精要逃了。 天心從大娘那問不到楚弘的消息，於是回太醫院跟冷泉打聽，沒想到冷泉居然跟大娘一樣不承認有這個人。天心另外從資深太醫那打聽到原來楚弘是之前太醫院的太，因為編撰本草品彙精要有誤，而被下令滿門抄斬。 這時候，齡春帶來消息説，保川找到了本草品彙精要，並且馬上就要銷燬了，天心飛快趕去，以肉身擋住不讓保川燒書，眼看保川就要連天心一起燒死的時候，朱歷來了，救了天心一命。還下令不準保川焚燬本草。 天心要朱歷幫忙，寫手諭給户部，好讓他可以追查楚弘的消息。天心循線找到當天替楚弘女兒接生的產婆。得知楚弘的女兒跟天心一樣大，並且發現他們背上居然有一樣的胎記。 天心拿着證據回去找大娘，大娘這才承認天心是楚弘的女兒，並將當年的事情説給天心知道。天心執意要追查出他爹的死因，大娘擔心天心安危，於是將天心關在家中。但當晚，保川便派出錦衣衞去暗殺天心、大娘。兩人趁亂逃出，但大娘卻受了重傷。到處又都是要抓他們的錦衣衞，好在有小石頭搭救，不然天心他們難逃一劫。

　　保川拿着追捕天心時，他們掉下來的九針別訣來找朱歷，要朱歷下令，完成先皇遺願，緝拿天心、大娘到案。朱歷無奈之下，只准保川、甫嵩捉拿他們到案，但不得傷他們半根汗毛。但保川、甫嵩卻假傳聖旨，不但要手下監視京城裏誰買了刀傷藥，更要他們如果發現大娘天心，殺無赦。哲三、湘凝喬裝，在街上找字畫攤臨摹本草品彙精要，兩人差點被官兵發現，還發現街上貼滿了天心跟大娘的通緝畫像。兩人正在納悶的時候，發現了小石頭。小石頭便帶着哲三湘凝去找天心大娘。哲三發現大娘受了重傷，但是苦無藥材可以治療，於是哲三自告奮勇拿了藥方，要回太醫院拿藥材。但哲三才走遠，湘凝、天心才想起來，哲三並不識字。哲三回宮後，找來齡春幫忙抓藥，卻因此被翠環盯上。翠環、保川帶了人馬來抓哲三，並對哲三嚴刑拷打。保川打算折磨哲三，挖掘網注但哲三求仁得仁，坦承當時是他偷了保川的寶貝，保川正要將哲三親手殺死的時候，朱歷來了，並且救了哲三一命。朱歷也因此知道天心的下落。 湘凝為了救哲三，以自己的終身幸福當條件，説服了甫嵩放了哲三。哲三因此獲得釋放，而哲三知道是湘凝做此犧牲才換得他的小命，但還是不改愛開玩笑的本性，惹來茗菁怒斥，哲三這才知道湘凝對他的情意。而天心也決定不再躲躲藏藏，要擊登聞鼓告御狀，替自己的親爹平反冤屈。

　　保川要苡柔去探聽朱歷、天心究竟在搞什麼鬼。苡柔推辭，保川便以知道苡柔是假懷孕為由，要挾苡柔。還要翠環私底下監視苡柔，苡柔表面上順從，實際上，已經在盤算反撲保川的計謀。哲三前去探望湘凝，他發現湘凝的改變後，對湘凝更是虧欠，哲三勸湘凝一走了之，但湘凝堅決不答應，哲三隻能告訴湘凝他住在小石頭的秘密基地，如果湘凝想通了，就來找他。太后叫來朱歷，問天心狀告先帝何事，朱歷無奈説出，太后勃然大怒，要朱歷不許辦理，趁早殺了天心。但朱歷不從，太后見朱歷心意已決，這次朱歷為了正義，狠下心來，第一次不聽太后的命令。朱歷一方面下令要冷泉對本草一書堪誤，一方面又發現九針別訣裏，有着一張挖空的紙卡。保川因為甫嵩放走了哲三，跟甫嵩翻了臉，要甫嵩無論如何都要找出哲三，不然後果自行負責。甫嵩一氣之下心絞痛發作，差點一命嗚呼。甫嵩病情稍稍緩和之後，大徹大悟。不但答應湘凝退隱官場，還不強迫湘凝嫁人。湘凝以為父親開竅了，馬上去通知哲三這個好消息，沒想到甫嵩居然跟蹤湘凝，找到了哲三。哲三以為自己被湘凝出賣，傷心的湘凝當場走人。甫嵩並以小石頭為要挾，要哲三交出本草品彙精要。哲三去字畫攤取回臨摹的本草，將正本交給大娘，要大娘交給朱歷。而哲三打算用臨摹的本草救回小石頭。沒想到過程中小石頭還是受了傷，死在甫嵩手下的刀裏。

　　大娘將本草一書交給了朱歷，並且拜託朱歷一定要救天心。過程中，朱歷無意間發現，本草的序文跟字卡品湊起來，居然露出勿信皇上亡於常命幾個字。哲三隻身來到太師府，打算替小石頭報仇，湘凝為了保護父親，不小心被哲三誤傷成重傷，還要哲三快點逃。哲三雖然逃走了，但是心裏有着無限的愧疚、不安。朱歷從冷泉那邊得知，當年楚弘等人編撰本草一書的事情，而當年前來宣旨的人，正是保川，當年的擬聖旨的人也是甫嵩。朱歷跟苡柔商討，覺得其中有異，決定策反兩人，解開當年的謎底。而這些話都被翠環給偷聽到了，翠環將一切都告訴保川。保川一邊提拔翠環，另一邊要翠環繼續監視苡柔。湘凝受傷非常嚴重，哲三隻好拜託朱歷，讓天心去替湘凝治傷，而天心不計跟甫嵩的前嫌，盡全力治療湘凝，因此感動了甫嵩。甫嵩的心漸漸動搖，這時候李保川前來探望湘凝，甫嵩擔心保川會對湘凝不利，跟保川一拍兩瞪眼，跟保川的關係漸漸惡化，保川甚至想要對甫嵩不利。朱歷也找來甫嵩，對甫嵩對之以情。朱歷講出他所發現的一切，並希望甫嵩可以憑着良心，幫助他解開當年的迷團，還給甫嵩時間考慮，並且給了甫嵩一瓶藥丸，要甫嵩心絞痛發作的時候服用。在天心的治療下，湘凝日漸恢復，哲三得知後前去探望湘凝，湘凝希望哲三可以不要傷害甫嵩，幾經拜託，哲三答應湘凝的要求。

　　本草一書已經確認編撰無誤之後，湘凝的傷勢也漸漸康復，但朱歷為了天心的安全，依然不準天心離開醫護站，朱歷怕天心悶得慌，特別叫齡春來跟天心作伴。齡春一來，便跟天心説起這段日子他所受的委屈，但是他忍辱負重，就是為了能夠再繼續跟天心學醫。而翠環得知消息，向苡柔稟告，打算利用齡春對天心下蛇毒。

　　雖然天心被層層戒護，但翠環的計謀依舊成功。眼看天心就要被下毒而死，齡春情急之下用嘴吸出天心的毒血，自己卻不小心中毒。而齡春臨死前，跟天心説道，雲鶯死的時候，他其實看見苡柔從醫護站出來。朱歷跟苡柔談及齡春之死。苡柔將一切責任都賴給了保川，説自己是被要挾，迫於無奈。連當初天心被灌食黑玉香也是保川的指使，苡柔説自己死不足惜，等龍胎產下，他願意以死謝罪。朱歷當下許諾苡柔，一定會保護他們母子倆的。保川知道甫嵩是來跟朱歷告密，決定要在御書房除去甫嵩，甫嵩過於激動，心絞痛復發，藥丸掉落在地，保川刻意不讓甫嵩吃藥，甫嵩臨死前，將一封信藏在了御書房，然後就這樣死了。朱歷前去慈寧宮，發現太后沒事情。原來太后只是想問天心告御狀的發展。朱歷乘機問太后，先皇是怎麼樣的一個人，又告知太后先皇之死可能不單純，而現在甫嵩正打算告訴他一切的真相。但朱歷趕回去御書房的時候發現，甫嵩已經死了。朱歷在御書房找到甫嵩留下的證據，找來保川詢問。雖然朱歷知道保川跟當年之事一定有關係，但是單憑一封信，無法將保川定罪。苡柔想趁這個機會一併除掉李保川、以後他在後宮、便可隻手遮天。苡柔與朱歷計劃、讓苡柔假死、加深朱歷、保川間的誤會。保川被逼急了。決定對朱歷痛下殺手、不知道自己走入圈套、被朱歷逮個正着。保川願意説出當年秘密、但是要求見太后一面。保川拿出當年聖旨。才知道、原來先帝當時決定廢后、廢太子。保川為了保住太后、才對先帝痛下殺手。朱歷這下難辦、最後決定、判李保川充軍二十年。湘凝自從甫嵩死後，成日鬱鬱寡歡。哲三前來探視，並帶來保川已死的消息。哲三替湘凝打氣，希望湘凝日後可以行善積德，來替甫嵩贖罪。湘凝也在哲三面前，宣泄情緒。哲三也在此時對湘凝許諾，答應湘凝會照顧他一輩子。

　　李保川一死、朱歷便從冷泉那得知、原來苡柔並沒有懷孕。而苡柔也被朱歷發現他想對天心下毒，就此將苡柔軟禁在儲秀閣。太后頭疼又犯了、但是天心這次怎麼治都治不好、天心在本草上發現幾帖藥、加上黑玉香、可以製成一種麻醉藥、讓太后進行開腦手術。手術過後、太后感激天心、決定立天心為後。而苡柔知道這個消息，就在儲秀閣發瘋了……哲三、湘凝最後決定到處行善，天心想要跟哲三他們一塊去，他也可以行醫、幫助百姓。但天心即將跟朱歷成婚，哲三、湘凝婉拒了天心。而大娘見天心有了歸宿，決定跟老陶去江南過日子。朱歷、天心終於可以有情人終成眷屬了。但此時，邊疆傳出戰事。天心一方面無法割捨對行醫的熱忱，一方面也想給朱歷時間去完成的理想，於是天心決定離開皇宮，回到民間行醫助人！當朱歷看見留書的時候，天心已經離開了京師…. 戰事平息！大殿內，文武百官列對兩側，一聲吾皇萬歲萬歲萬萬歲，大臣上前稟告戰事平息，皇上英明，朱歷英明神武的站在大殿上。而遠方，天心揹着背籠，帶着大福，插着紅「拾」字的旗子，心裏説她會回來……然後消失在黃昏裏… 天涯海角、有情人分隔兩地。也許哪天、月老的紅線會再度讓天心、朱歷再度相逢…