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深層過濾膜的纖維層層擠壓，具有網目的結構，經由網目的縫隙能夠將粒子加以捕捉。由於縫隙大小不一，會發生大粒子滲漏但小粒子遭到去除的情形。當濾膜上發生壓力變化或流量變化時，可能會造成被捕捉粒子再度漏出，這是其主要缺點。但深層過濾膜較厚，內外均可捕捉粒子，且較不容易堵塞，具有較大量的去除能力。因此，在純水系統中一般用於去除進水中的鐵鏽等污染物質。優點：濾膜較厚，對污染物的捕捉容量大注意：壓力或流量的變化可能會導致被捕捉粒子再度漏出。主要用在水處理中。