UPGMA

非加權組平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA)是一種較常用的聚類分析方法 ,最早是用來解決分類問題的。當用來重建系統發生樹時 ,其假定的前提條件是:在進化過程中 ,每一世系發生趨異的次數相同 ,即核苷酸或氨基酸的替換速率是均等且恆定的。通過 UPGMA 法所產生的系統發生樹可以説是物種樹的簡單體現 ,在每一次趨異發生後 ,從共祖節點到 2 個 OTU 間的支的長度一樣。因此 ,這種方法較多地用於物種樹的重建。

UPGMA 法在算法上較簡單。聚類時 ,首先將距離最小的 2 個 OTU 聚在一起 ,並形成一個新的OTU ,其分支點位於 2 個 OTU 間距離的 1/ 2 處;然後計算新的 OTU 與其它 OTU 間的平均距離 ,再找出其中的最小 2 個 OTU 進行聚類;如此反覆 ,直到所有的 OTU 都聚到一起 ,最終得到一個完整的系統發生樹。