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系統發生樹

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系統發生樹（英文：Phylogenetic tree）又稱為演化樹（evolutionary tree），是表明被認為具有共同祖先的各物種間演化關係的樹。是一種親緣分支分類方法（cladogram）。在樹中，每個節點代表其各分支的最近共同祖先，而節點間的線段長度對應演化距離（如估計的演化時間）。
中文名
系統發生樹
外文名
Phylogenetic tree
別    名
演化樹

目錄

  1. 1 簡介
  2. 2 樹的種類
  3. ▪ 根
  1. 3 樹的算法
  2. ▪ 矩陣法
  3. ▪ 簡約法
  4. ▪ 最大似然法
  1. ▪ 後驗概率法
  2. 4 參見

系統發生樹簡介

系統發生樹（英語：phylogenetic tree）又稱演化樹或進化樹（evolutionary tree），是表明被認為具有共同祖先的各物種間演化關係的樹狀圖。是一種親緣分支分類方法（cladogram）。在圖中，每個節點代表其各分支的最近共同祖先，而節點間的線段長度對應演化距離（如估計的演化時間）。 [1] 

系統發生樹樹的種類

系統發生樹根

樹可分為有根樹和無根樹兩類。有根樹是具有方向的樹，包含唯一的節點，將其作為樹中所有物種的最近共同祖先。右圖即是一個有根樹，表示了三域系統(Woese 1998)。最常用的確定樹根的方法是使用一個或多個無可爭議的同源物種作為外羣（英文outgroup），這個外羣要足夠近，以提供足夠的信息，但又不能太近以至於和樹中的種類相混。
把有根樹去掉根即成為無根樹。一棵無根樹在沒有其他信息（外羣）或假設（如假設最大枝長為根）時不能確定其樹根。無根樹是沒有方向的，其中線段的兩個演化方向都有可能。 [1] 

系統發生樹樹的算法

系統發生樹矩陣法

近鄰結合法neighbor-joining (NJ)

系統發生樹簡約法

最大簡約法maximum parsimony (MP)

系統發生樹最大似然法

最大似然估計maximum likelihood (ML)

系統發生樹後驗概率法

貝葉斯法 Bayesian

系統發生樹參見

參考資料
  • 1.    Ciccarelli, FD; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science (Pubmed). 2006, 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C. PMID 16513982. doi:10.1126/science.1123061.