TEAM～警視廳特別犯罪搜查本部

一名男性屍體在丸之內西署管轄區內的東京車站花園內被發現.當地警視廳分局判斷此事件非他殺,僅是一樁服毒自殺的普通案件.警視廳搜查一課管理官佐久晉吾覺得當地分局太草率決定接手調查此案.同時,搜查一課13繫系長島野誠,搜查一課13系刑事風間輝樹,加藤善浩,太田文平,中藤卓等人來到丸之內西署並要求當地迅速成立搜查本部.調查期間本部雖受到地檢特搜組的阻撓,但案件最終成功告破。

原法務大臣脅田圭作的妻子被殺.就此次案件搜查本部來到管轄區,佐久晉吾的做法跟話語激怒了管轄區的搜查員,管轄區署長決定不給本部提供任何線索,搜查遇到了阻礙.由於管轄區署長髮話,搜查人員根本不配合本部的調查.搜查人員在工作中被佐久晉吾折服決定配合.此時舊淺草二丁目劇場內又發現了一具男性屍體.這意味着線索又多一個方向.最終佐久晉吾發揮才智讓事件真相浮出水面。

千代田西的管轄區內,清潔工在樹下發現一具男屍.這次案件依然是搜查本部負責.千代田西署刑事課長田村裕司卻想要先搜查本部一步找到犯人.搜查期間,佐久晉吾遇到了以前刑事課朝比奈徹平,朝比奈説自己因為身體不好,一年前就自願調到警務課了.但吃飯的時候佐久從店長那裏得知朝比奈並非因為身體的原因才被調動的.這一問竟牽扯出一年前的舊案及其隱藏在背後的天大秘密,案件的真相漸漸浮出水面。

一名年輕女子慘死在公寓中.與以往地區的警署態度不同,當地管轄區北品川署派人到本部指名邀請佐久晉吾前往受理此次案件,他們有着自己的"秘密"計劃.正當本部搜查員進行調查時,另一名女性被發現死在家中,案發現場與前一名女子很相似.佐久觀察到一些小細節,細微的發現很快把嫌疑人鎖定.警署裏嫌疑人很快承認罪行.正當搜查員們以為案件結案的時候,佐久卻發現兩件案件的兇手並非同一人,最終阻止了另一名犯人逍遙法外。

特萊維連鎖食堂的社長老夫婦在家中被殺害.中野中央警署署長想在開會前推敲一下搜查方案,佐久覺得沒必要,就在會議中直接分了兩個調查小組分別以不同理念調查,惹得當地搜查員不滿以至於搜查員工作不積極.二次搜查會議中,佐久的語言激怒了署長致其憤然摔桌離席,佐久四面楚歌.中央警署署長宣佈此次案件以嫌疑犯死亡而結案.最後,佐久晉吾使用苦肉計把真正犯人逼了出來。

西新宿發生一起重大縱火案,火災致百貨店長志萬屋的職員百瀨健三死亡.這一次,公正交易委員會警察署生活安全部也參與此次案件.搜查前會議中,佐久一反常態,居然讓組裏的島野組長到中井手下做支援.一場委員會犯則審查部副管理官中井則行與搜查本部管理官佐久晉吾之間的對決就此展開.委員會的職員一直向搜查本部施加壓力,本部的搜查工作一直沒進展.新聞頭條爆出委員會辛苦蒐集的情報.中井大怒,懷疑有內奸,但本部的搜查因此有了新的進展,最終使案件水落石出，

一處工地施工的時候挖出一具骷髏,被害者為西崎隆治.本部鎖定此案的嫌疑人為仲正利樹.但此人已移籍congas共和國,改名為帕克·斯卡路納並被授予伯爵.島野去了一趟congas大使館,但無功而返.之後外務省派人來告知搜查本部説他們被congas大館投訴了.想要逮捕仲正唯一的方法就是進行DNA鑑定,證明帕克·斯卡路納和仲正利樹是同一人.隨後本部搜查時發現仲正與一家兒童護養院有密切關係,便率領團隊潛入護養院搜查相關證據.最終佐久完成DNA的鑑定,使得仲正利樹招供.

網上有人發表了關於半年前發生的女研究員被害案的留言.佐久晉吾決定對此案進行二次搜查.島野一行人來到目黑東警察署來蒐集半年前當地警署調查的信息.正當打聽之時,佐久晉吾進來要求當地警官銷燬當年作的嫌疑人畫像.搜查員找到當時的目擊證人詢問,得到的證詞卻含糊不清.隨案件的重新調查,搜查組發現日出造船每個月都會向研究院教授関田的妻子賬户上打入鉅額錢款.佐久來到日出造船詢問,一位職員突然衝出來説出自己知道的情況.真相逐漸明朗化.佐久晉吾來到関田的實驗室重現被害人遇害當天做實驗的場景,逼出兇手，

大日本建設業務課長澤村和也飄屍富士澤湖.佐久晉吾一行人來到死者家中搜集信息.眾多物品中一枚戒指引起了佐久的注意.佐久拿着鑽戒來到死者公司詢問其未婚妻吉崎仁美,女子説戒指並非她所有.佐久看着戒指想到十年前的搶劫殺人案,遇害為大日本建築公司小原會長的妻兒.佐久找到小原會長詢問戒指的事.因牽扯到十年前的舊案,刑事部長把佐久從搜查本部調到了湖玉署.調職不久,司機屋敷突然找到佐久並協助其調查澤村一案,並寄了一封信給小原會長.隨後湖玉署因小原會長挾持人質請求刑事部成立緊急專案組.一場挾持人質的戲把真相演了出來.