Primer Premier

其主要界面是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設計窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。

Primer Premier軟件的主要功能分四種，即引物設計、限制性內切酶位點分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能。前三種為其主要功能。此外，該軟件還有一些特殊功能，其中最重要的是設計簡併引物，另外還有序列"朗讀"、DNA 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。

Primer Premier軟件還可以針對模板DNA 的來源以相應的遺傳密碼規則轉換DNA 和氨基酸序列。軟件共給出八種生物亞結構的不同遺傳密碼規則供用户選擇，有纖毛蟲大核（Ciliate Macronuclear）、無脊椎動物線粒體（Invertebrate Mitochondrion）、支原體（Mycoplasma）、植物線粒體（Plant Mitochondrion）、原生動物線粒體（Protozoan Mitochondrion）、一般標準（Standard）、脊椎動物線粒體（Vertebrate Mito-chondrion）和酵母線粒體（Yeast Mitochondrion）。

Primer Premier軟件有優秀的引物自動搜索功能，同時可進行部分指標的分析，而且容易使用，已被引物設計行業人士認為是一款相當不錯的軟件。