Little Busters! EX

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　　晚上，理樹去學校拿真人忘在班級書桌裏的筆記本，途中在學校的走廊被一位持手槍的少女摁在地上，要求理樹不許回頭地跑向緊急出口離開。幾次槍聲之後，理樹打開大門回到走廊發現掉在地上的那名少女的學生證，原來這個少女的名字叫朱鷺户沙耶。第二天，理樹照着學生證上的信息，去那個班級把學生證交還給了她。之後理樹手機收到了沙耶的一封郵件，要理樹在下一課間休息的時候在屋頂再會……

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　　直枝理樹和朱鷺户沙耶兩人在地下迷宮探索，迷宮內部危險重重，開始理樹錯誤的開門選擇使他們接二連三的中陷阱，到達第三層後，由於沙耶好幾天通宵地努力奮鬥使肚子飢餓，為了以後長時間探索就折返回去準備補給。兩人相約會面了之後一起去買食物，在採購的路上理樹發現沙耶雙眼看着娃娃機就上前詢問，於是兩人開始玩起了娃娃機，沒想到沙耶沒過多久就沉迷住了使裙底風光被理樹一覽無餘。到了深夜，補給完畢的兩人為了尋找秘寶，再次進入了地下迷宮……

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　　直枝理樹和朱鷺户沙耶兩人依舊在迷宮中前進，在理樹的心中不禁想起了一連串的疑問，但兩人的相遇使理樹開始緬懷與沙耶呆在一起的時光，覺得自己很久以前就喜歡沙耶同學了。兩人一起合作解開機關進入到第五層後，遇上了要與他們戰鬥的石像人機關，就在沙耶與石像人戰鬥之時，理樹發現了插在地面上的一把劍，這時沙耶跑到石像人的頭頂上發現這把劍就是鑰匙，於是叫理樹把劍扔給自己，然後用這把劍插進了鑰匙孔解除了機關並且打開了門，但從崩潰的石像人頭頂上墜落到地面的沙耶腳受了傷，理樹就抱着沙耶往門走去……

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　　為了見理樹不斷地去重複相同場景的沙耶，終於又跟遊戲的主人時風瞬挑戰了，挑戰失敗後的沙耶要求最後一次重來。最後一次重來的沙耶與理樹一起進入了迷宮後，漸漸地與理樹的在一起的時間越來缺少了，這是最後一次和理樹開心的時刻了，這時理樹向沙耶告白兩人相互KISS，一起前往時風瞬所在的地方……

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　　有一天，理樹的教室裏來了一隻連棗鈴也沒有見過的黑色的貓。正當理樹他們打量這隻貓時，這隻貓突然跑出教室到笹瀨川佐佐美的腳下，於是佐佐美在安撫這隻貓的時候，正好也被理樹和鈴他們看見，在談話的過程中理樹和鈴發現小毬和佐佐美她們原來認識，佐佐美害羞跑走後小毬就告訴理樹和鈴這隻貓是她和佐佐美一起照顧的，晚上理樹做了一個關於白天出現的這隻貓的夢，起來後的理樹去自動收貨機買飲料，忽然這隻黑色的貓朝理樹走來並纏上了理樹，而後理樹把他帶到宿舍……

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　　在教室上課的理樹忽然發覺曾經一起玩的夥伴都不在了，下課後連電話也打不通使理樹明白了知道實情的人會消失的情況。於是就不把實情告之問自己情況的謙吾。回到宿舍後看見佐佐美在做青椒肉絲，並和佐佐美吃飯的時候得知佐佐美曾經養過一隻貓，但是在搬家的時候就再也找不到那隻貓了，原來佐佐美並不是討厭貓而是不得不討厭貓。晚上睡覺的時候理樹認為這個世界是佐佐美創造出來的，為了幫助佐佐美實現願望打算去告訴謙吾這個世界的實情……

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　　由於運動類社團的活動室要重新分配，理樹他們所在的棒球活動室也是再分配的對象之一，恭介打算讓理樹去給宿管會幫忙來保住一直以來生活的活動室。在房間裏正好遇見二木加奈多和宿管長一起工作，在工作的過程中宿管長藉機出門讓他們單獨二人相處。理樹工作做完之後，加奈多讓理樹出去轉轉不要浪費時間，結果被理樹拒絕。過了一會兒理樹主動去幫忙加奈多的工作，加奈多也只好讓理樹幫忙……

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　　被同學看見滿身是傷疤的加奈多，跑到學校某個樹叢的角落顫抖，連妹妹葉留佳的擔心都不接受，於是理樹給情緒不穩定的加奈多披上自己的外套。滿身是傷疤的傳聞已經遍佈整個學校，加奈多也情緒低落到不予任何人説話了。回房間的理樹與他們一起慶祝成功保住了活動室，但是理樹談到加奈多的時候始終擔心着她。第二天，理樹從葉留佳口中聽到加奈多在課上狀態也不好，於此同時在學校的某一處角落已經安排好加奈多與她的未婚夫見面了……