GO!純情水泳社！

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位於神奈川縣海貓市的縣立海貓商業高等高中，通稱“海商”。不會游泳的高中2年級學生衝浦要，不知為何擔當了這個由性格各異的學生們組成的水泳社的經理。5月的某一天，海邊傳來了有木筏從海里漂來的消息。來到海邊看熱鬧的大家，看到那木筏上有間小屋，而且木筏上還有一個可愛的女孩與一個大叔。要對那個女孩有似曾相識的感覺。

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接受副部長織冢桃子的邀請，亞室加入了水泳社。海商水泳社，有着外表像是初中生的生田蒔輝、巨乳游泳健將靜岡魅玲等個性十足的部員。其中最具特色的是部長碇矢。喜歡剃毛的碇矢，慢慢地開始給亞室剃去多餘的體毛。而且，碇矢還説為了歡迎新部員，勒令所有部員要相互剃毛。想給女生剃毛的男生們暴動起來了。

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每年慣例的三校聯賽。彙集了可愛女生的海商水泳社，引來了大家的目光。尤其是新入部的亞室，受到其他學校的男生的注目。比賽開始了，織冢以200米女子自由泳中第1名的成績開了個好頭。但是受到男性部員的名次拖累，海商水泳社的綜合排名很有可能墊底。這時，備受矚目的亞室站到了跳台上。

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海商水泳社為了培養部員的“協調性”，決定在學校進行集訓。織冢斯巴達式地命令大家練習，大家卻都隨意地各玩各的。在泳池邊，以碇矢為中心開始了燒烤。就在織冢注意到此事的同時，織冢因故發生了異變。風波四起的集訓，正在開始。

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由於木筏小屋被暴風雨摧毀了，亞室和父親決定寄宿在衝浦家。和意識到同居問題的要不同，亞室完全不在意，還是像平常那樣自由奔放。對這種隨意心態感到焦慮的要，不由得訓斥了亞室一番。聽到這些話的亞室露出傷感的表情，離家出走。

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海商迎來了新的轉校生。她就是時尚模特，而且在全國中學聯賽仰泳比賽中獲得二連霸的實力派泳手魚魚户真綾。任性的真綾，是為了跟自己心愛的兒時玩伴要讀上同一所學校才搬家過來的。那樣的真綾，馬上就對亞室燃起對抗的意識。

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有了亞室和真綾這兩股新戰力，織冢對縣大會充滿幹勁。在織冢的號令下，亞室準備起跳入水時，突然一陣風颳過，把亞室頭上的“叉叉”吹走了一隻。亞室變得完全沒有精神。而“叉叉”在空中輕飄飄地飛舞着。海商水泳社的部員們穿着泳裝，為了追回亞室的“叉叉”，在街上奔跑。

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縣大會對3年級學生來説是最後一次了。即使在這種時候，碇矢還在縣大會前一天集合了男性部員打麻將，還擅自試穿女生的泳裝，和往常一樣我行我素。然後，終於迎來了縣大會的那天。在女子更衣室，織冢與因緣的宿敵·四宮大學附屬高中的南條再會。2人的爭吵，把其他部員也牽連進來了這場對決。

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海商水泳社在縣大會上取得重大進步。可是在遠征之前，織冢注意到最重要的經費還很欠缺。織冢前去找學生會商量，卻聽到了有關水泳社亂七八糟的傳聞。與此同時，黃瀨向亞室等人講述了水泳社誕生的秘史。

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參加緒之島祭典的亞室與要走在路上時，不知為何到處都遇上了海商水泳社的部員們。真綾對要和亞室在一起感到煩躁。她認為要不理睬自己的原因是自己的胸部比亞室小，於是離開了大家。

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離關東大會只剩一週。但是，以狀態不佳的織冢為中心，部員們用軟管繫住身子進行遊泳練習，力求在短時間內提高實力。轉眼一週過去了，關東大會前夜，海商水泳社一行人到達了會場附近的旅館。

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海商水泳社迎來了關東大會的第二天。織冢和亞室二人開了個好頭，令第一天的不佳表現如謊話一樣消失。沒能參加比賽的蒔輝和武田也努力為大家打氣。這時，亞室向在混合接力預選賽時同組出賽的玉冢學園的新堂凪打起招呼。

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因為織冢受傷，亞室緊急決定參加女子混合接力決賽。第4水道的海商，其競爭對手有第3水道的四宮大附屬高中，以及第5水道的玉冢學園。在碇矢和蒔輝的聲援下，決賽終於開始了。