BAKUMATSU

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　　時值幕末。是憂心日本的未來，遵循各自的信念奮勇前進的志士們燃燒靈魂的時代。長州的風雲人物高杉晉作和搭檔桂小五郎一起，試圖潛入幕府海軍的船艦。目標是據説擁有“操縱時間之力”的傳説秘寶“時辰儀”。高杉耳聞正是幕府要將那股力量據為己用，“那種做法太無趣了！”於是他企圖破壞時辰儀——

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　　在巨城須佐之男裏跟高杉對峙的人，是跨越時間被帶來的須佐之男十二將之一，真田幸村。高杉在城堡深處的工廠裏，看見在先進發達的技術背後，依然遭到虐待的人民身影。並且無限齋的口中，還突然冒出高杉的老師吉田松陰所説的話。情緒激動的高杉，正打算與無限齋展開激鬥，然而——另一方面在城外，出現為了保護各自重要的事物，展開行動的志士們——

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　　高杉逃出巨城須佐之男跟桂、坂本、以藏會合。坂本正在尋找跟時辰儀同樣擁有“跨越時間之力”的“晴明”這個男人。對於坂本揚言想借助晴明之力回到過去創造新時代，高杉表示反對。坂本由於意見相左離開了基地，高杉想起在長崎的某段記憶。另一方面，正在京都街道上探聽的坂本和以藏面前，出現了事件的核心人物晴明——

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　　桂在躲藏的打鐵店裏，近距離看到鎮民為暴政所苦，因而再次於內心發誓，要早日從無限齋手中奪回時辰儀，讓鎮民從恐懼中解脱。然後表示“有個好點子”的高杉提議的竟是加入新選組的作戰計劃！桂漂亮突破入隊的劍術考試，得到近藤、土方、沖田等人認可正式成為了新選組隊士，展開了偽新選組隊士的生活。

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　　坂本和以藏入侵須佐之男城，與新選組隊士們互相對峙。桂接下以藏的一擊，讓近藤當場躲過。以藏離開以後，沖田識破桂的真面目，兩人之間展開認真的對決。另一方面，在須佐之男城的禁閉室裏，高杉遇見了遭到囚禁的帝。帝告訴了不曉得他真實身份而一心嘗試要將人從禁閉室裏救出來的高杉，前往無限齋所在居室的路線。

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　　慶喜、烝與身為御庭番的阿霞，在潛伏地點的鞍馬寺度過了短暫的平穩生活。某天，潛入“巨城須佐之男”的阿雹那邊，由負責傳令的貓頭鷹“毛豆泥丸”送來了一封密信。上頭寫的是無限齋現在用不了時辰儀，以及得儘早找出「晴明」將其藏匿在安全地方的事。在那樣的慶喜等人面前，須佐之男十二將之一-武藏坊弁慶卻攔住了他們的去路。

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　　高杉和桂發現將武器彈藥運送到須佐之男城的蒸汽火車。為了偵察，兩個人一路前往大坂。然而剛到達，他們就發現了新選組的一番隊組長沖田。於是迅速潛入火車。但是宿敵新選組副長土方卻在那裏！土方毫不留情地把高杉從列車上踹下去。高杉和桂自小便一起行動，而拆散那樣的兩人，窮途末路的危機在鐵軌上展開。

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　　廣大水池環繞之下的金色舍利殿“金閣寺”。坂本和以藏把無限齋叫出來，提出了一筆大膽的交易！然而為了在那裏抹殺坂本他們，新選組的沖田、齋藤等人的身影暗中逼近。無限齋為了測試坂本透露的“時辰儀之力”，透過新選組將以藏當成人質，並且無情地將他沉入水池中，在逐漸失去的意識之中有如走馬燈一般，以藏想起跟坂本之間的往事。

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　　慶喜等人得到“在琵琶湖西邊發現了晴明”的消息，為了救他而緊急前往目的地。與決定成為無限齋的部下的近藤分道揚鑣，山崎離開了新選組，但宛如在命運的指引下，他跟近藤重逢了。另一方面，高杉和桂完成了對付機關人偶的裝置，但高杉在回到藏身處時，遭到土方等新選組的人闖入並逮捕。無限齋的身影則出現在於飛船中醒來的高杉面前。

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　　近藤、沖田和小藤結束。除此之外，也有人説：“這是一件很重要的事情。”“獄門島”。而在“黑蛇”的神秘男子引導之下，近藤等人進行了危機。那個男人的真正的身份，是因為在飛船上開始進入小島的高杉的作品。讓我跑去的小島而合作的四人，其他的生命命運是怎樣的！？

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　　在獄門島的比賽過後，晴明的身體忽然浮上空中發出光芒。高杉受到激流的亮光吞噬，清醒過來便發現那裏是安政五年的萩城城下町。以吉田松陰為首，他和懷念的同門生久坂玄瑞、伊藤俊輔等人重逢。另一方面，同樣受到亮光吞噬的桂，在裏頭遇見了晴明。然後高杉再次跨越時間，飛到了安政六年吉田松陰處決的瞬間。若是現在就救得了松陰老師，可是那樣一來就跟無限齋一樣了。出現在因糾結搖擺不定的高杉面前的則是……

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　　高杉和桂在時間激流中，目睹無限齋的真面目。目標是決戰之地，巨城須佐之男。一如既往勸諫高杉的桂，與坂本、慶喜等人的身影出現了。另一方面在城裏，只見近藤等人的新選組也各自有所動作。再加上時辰儀宛如擁有“意志”一般，開始冒出詭異的黑色瘴氣。此時爆炸聲突然響遍須佐之男城。如今，活在風雲劇變下的志士們，賭上生存之道的戰鬥，終於迎來最終局面！