BAKUMATSU CRISIS

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　　“我們還有該做的事情”高杉晉作和桂小五郎替吉田松陰掃完了墓。為了將操縱時間的密寶-時辰儀弄亂的時間流回歸原本正確的時間流，他們回到了京都。此時大地發出巨響天空裂開，從“時空裂縫”中出現理應毀壞的時辰儀。擁有了“意志”的時辰儀，開始陷入失控狀態！然後身為命中註定的宿敵阻擋在他們面前的，是在上次的戰鬥中，失去了副長土方歲三的新選組！！而從局長近藤勇口中得知，竟然出現了新的“無限齋”。

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　　“最近在京都接連收到目睹‘鬼火’的情報”高杉和桂尋找着消失的時辰儀，他們從同樣在追蹤時辰儀下落的德川慶喜那邊，接下找出傳言真相的委託。另一方面，重新統治巨城須佐之男，身邊帶着左右手神秘少年森蘭丸的”第二代無限齋”，也讓部下新選組去尋找時辰儀和鬼火的關係。為何新選組就算再次易主，也要為第二代無限齋效勞呢……在接二連三的混亂當中，空中再次出現時空裂縫！！一片火紅熊熊燃燒的物體，它的真面目是——！？

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　　坂本龍馬告訴高杉和桂“在洛外的某個村子裏，村民遭到來歷不明的東西襲擊接連喪命”。為了搜索時辰儀，桂在京都陸續蒐集關於離奇事件、超常現象的情報，他為了確認傳言正打算前往村子調查，然而不知怎的高杉卻一反常態，態度消極。在龍馬的推薦下，桂於是帶上以藏前去。這組特殊搭檔被捲入的不可思議事件，以及新的須佐之男十二將的真面目究竟是……！？

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　　“如果土方先生出現的話，就狠狠揍他一拳吧”新選組一番隊組長沖田總司，回想起在須佐之男事變中消失的土方。新選組為了搜索時辰儀，再次與高杉他們對峙。此時，時辰儀從時空裂縫中現身了。沖田拿到時辰儀的那一瞬間，整個人頭下腳上的被吸進了打開的大裂縫裏！醒來的沖田所在的地方，是不存在巨城須佐之男的京都。而那裏有着另一個池田屋！“強制搜索！！”循着聲音的來源，他看見了土方的身影。

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　　“我們結束偵察回來了！”德川家的御庭番阿霞和阿雹結束巨城須佐之男的密探任務，今天也精神飽滿地回到了慶喜他們的身邊。帝遠遠看着年紀還小即使滿身傷痕髒污卻仍拼命完成任務的兩人。某天，阿霞和阿雹對在附近遊玩的孩子手上的金平糖十分感興趣。帝為了她們兩人，隻身一人出門去京都大街。她們兩人擔心帝於是追了上去。另一方面，在她們身後，晃動着新須佐之男十二將詭異的身影！？

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　　“最近桂的樣子怪怪的”時辰儀的氣息消失後，這陣子桂似乎開始獨自進行調查時辰儀。高杉很在意他的行動，於是開口找龍馬商量。高杉堅持要遵從亡師吉田松陰的教誨，和桂一起拿回時辰儀“讓時間回到正確的流向”。然而那是否真是“正確”的事情呢。就在被龍馬問到啞口無言之際，他們兩人忽然感到有奇怪現象而到了外頭。接着發現……他們周遭的時間停止了！！高杉提議趁此機會闖進巨城須佐之男。而他的目的是……

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　　“如果就這樣拿到時辰儀，讓時間回覆原本的流向……”桂推測龍馬是不是拿到了時辰儀，於是向龍馬坦白了無論如何都希望比高杉早拿到它的原因。龍馬即使明白桂的心情，還是徹底岔開了話題，然而他的手中卻握著時辰儀。另一方面晴明告訴了高杉“時辰儀是我製作的”，時辰儀是怎樣誕生的呢？為了確認真相，晴明用他不可思議的力量回到了過去，在那裏的是年幼的帝和晴明――

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　　“他打算用時辰儀做什麼！”桂知道龍馬得到了時辰儀的事。桂追問以藏目的為何，兩人激烈地交手了一番。然而不一會兒，時辰儀啓動倒轉了時間。以藏對龍馬不把時辰儀當回事的態度感到疑惑，而在兩人發生小衝突之際，遭到時辰儀的光芒吞噬，看見了意想不到的未來。而感應到時辰儀氣息的高杉，則逼問着持續做出詭異舉動的桂。另一方面，慶喜透過山崎企圖與近藤接觸。對於未來，慶喜有深藏心中的熾熱信念。

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　　“他們兩人是跟我們很有緣的對手呢”沖田與新選組等人發現了龍馬與以藏的潛伏地點，而無限齋也出現在那。另一方面，為了不讓時辰儀被搶走，龍馬和以藏兵分二路，但接下來卻被無限齋和新選組逼到絕境。就算為了照顧倒下的山崎，慶喜也想趕緊救出帝而尋求高杉和桂，但他們兩人仍舊沒和好。在開始變得錯綜複雜的關係背後，近藤對得到了時辰儀的無限齋所説的話是……

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　　“阿歲…！”近藤看見眼前痛苦的無限齋，用懷念的名字呼喚他。然而出現在那裏的森蘭丸，卻以對主人造反的罪名將其逮捕。另一方面，為了救出帝，高杉等人再次入侵巨城須佐之男。在地牢的更深處……在那裏等待着他們的是……撿回一命的以藏，和龍馬為了奪回時辰儀展開行動。然後桂終於坦白説出一直以來藏在內心的想法。

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　　“京都…消失了…？”須佐之男十二將等人消失以後，出現在高杉他們眼前的是一片空空如也的荒野。此時，晴明説出了驚人的事實。巨城須佐之男竟然整座城飛到了過去！！高杉與再次現身的無限齋互相對峙。砍破的面具下是一張熟悉的臉……接着巨城須佐之男連同爆炸聲一起改變了型態。另一方面，坂本龍馬注視着消失的巨城須佐之男的遺蹟，手上緊緊地握著時辰儀。

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　　“你別想繼續向前走！”和巨神須佐之男合而為一，無限齋向巨椋池進攻。為了阻止他創造戰亂世界的野心，高杉、桂、慶喜和新選組毅然決然挺身而出。就算受傷、倒下，也絕對不會改變意志！長久以來志士們受到無法重來的命運（unresettablecrisis）擺佈，如今終於將要迎來尾聲！圍繞着時辰儀，眾人各自的想法邁向的結局是——然後在那命運的未來，在新的時代裏……