1664年

1月，萊布尼茨完成了論文《論法學之艱難》，獲哲學碩士學位。

2月，清政府以武昌、漢陽、黃州、安陸、德安、荊州、襄陽、鄖陽八府歸湖廣巡撫管轄。以長沙、衡州、永州、寶慶、辰州、常德、嶽州七府，郴、靖二州歸偏沅巡撫管轄。是月，添設湖廣按察使司按察使、駐紮長沙府。

2月，金、廈陷，時鄭氏宗族部將多降清，惟馮錫範與陳永華、洪旭等隨侍無猜，同還東寧。

3月，鄭經在接連戰敗後，眾心離散，鎮營多叛，諸軍乏糧，銅山再難堅守，於是，他與陳永華、馮錫範等率餘眾，退歸台灣。

3月，查理二世把長島賜予約克公爵。

3月19日，命湖廣右佈政，移駐長沙，管轄長沙、寶慶、衡州、永州、辰州、常德、嶽州等七府及郴、靖二州。

4月，由於明確了管轄範圍，偏沅巡撫周召南疏報，嶽州、長沙、寶慶、永州等十二府州共開墾土地一千二百一十二頃三十六畝。湖廣巡撫劉兆麟疏報，安陸、荊州等十府州陸續墾田一千八百零七頃四十五畝。清初墾田的迅速發展，與劃分轄地直接相關。

4月，松月（上海市吳淞江以南地區）人民亡明後裔朱光輔（即朱二官）、朱拱橺（即朱日生）起義，稱周王，有封職、寶印、札付、號旗等。園頓教、涅盤教、拜空教、大乘教等江南教徒紛紛參加起義。松江知府張羽明發覺後，逮捕總兵金仲美等八十餘人，全部凌遲處死。復興大獄，株連者不計其數。獨朱光輔、朱拱橺嚴緝而未獲。張羽明企圖通過殘酷鎮壓這次起義而得以高升，然而，時過未久，他也被革職。

4月，巴海與副都統海塔、傅格率民在今寧安鎮建新城。

五月

5月，清政府設承德、開原、鐵嶺三縣，添設奉天府丞等官，改遼陽為遼州，會同海鹽、蓋平，均屬奉天府。改廣寧為府，添設通判、推官等職，設廣寧縣、寧遠州，屬廣寧府，俱令奉天府府尹管轄。次年元月，又改奉天所屬錦縣為錦州府，廣寧府改為廣寧縣，屬錦州府。

5月，莫里哀作品演給國王看，觸怒了巴黎大主教。迫於強大的宗教壓力，劇作停演。

8月30日，清廷下令嚴禁私自買贖流放寧古塔、盛京等處的叛逆家屬。

9月26日，清廷開始對湯若望等耶穌會士審訊。參加公審者有吏、禮部的幾十名大員。

文學家錢謙益逝世，錢謙益（1582－1664）。謙益字受之，號牧齋、蒙叟，常熟人。著有《初學集》、《有學集》等，編有《列朝詩集》。有藏書樓名絳雲樓，順治七年失火燒燬。謙益妾柳如是（1618—1664），號河東君、靡蕪君，能詩畫。

9月，張倉水遇害殉國。生於明萬曆48年(公元1620年)6月，，他是明末眾多抗清英烈中的傑出代表人物，一直與鄭成功、袁崇煥、史可法、李定國、陳子龍、黃道周等英雄齊名，其剛烈正氣，則可與南宋末年之文天祥相媲美。

10月25日，意大利著名物理學家托里拆利逝世。

李來亨以死抗清：康熙三年（1664），原明末大順農民起義軍，只有李來亨率部眾堅守茅麓山，奮力抗清。是年，清軍集結二十萬人，三路進兵。大敗後，將滿漢三省兵“分汛連營，樹立木城，挑塹排樁，密匝圍之。”同年六月和閏六月，李來亨兩次親自率將士出擊，力圖衝破清軍的封鎖，但由於雙方實力懸殊，李來亨又孤軍作戰，更無援軍，未能取勝。當雙方相持到九月時，農民軍糧食用盡，清軍重重圍困。李來亨自知不能久存，但他鎮靜自若，大義凜然，在會集了眾將、安排好農民軍的撤離等事後，當月二十四日，舉火焚燒了山寨，並和妻子、親隨等人投火自焚，寧死不屈。李來亨部的三萬餘名戰士，被俘者僅一百五十人。