龍飛定點

龍飛海底站位於海平面下140米，為日本第二深的車站（僅次於吉岡海底站）。車站位於青函隧道本州端，車站名稱雖有“海底”二字，但實際上車站仍位在本州陸地上，而非津輕海峽海底。龍飛海底站與吉岡海底站的興建原因均是作為青函隧道發生事故時的緊急避難場所，配置線路維護基地，以及安裝維持隧道運作的器械。

車站的兩座側式月台沿隧道兩側而建。由於只用於緊急疏散乘客，月台寬度極為狹窄，僅有不到一人寬。且由於青函隧道是未來北海道新幹線的必經之路，月台的長度足以容納16節長的新幹線列車。

車站開放參觀時，每天有2對“白鳥／超級白鳥”號列車停靠本站。列車長會利用緊急裝置打開2號車廂的車門供參觀的乘客上下車。過往快速“海峽”號運行時則打開列車行駛方向的第一個車廂（往函館方向是1號車廂，往青森方向則是12號車廂）的車門。

由於只在緊急疏散時使用，因此一般旅客無法在該站上下車，只有在車站開放參觀期（每年4月30日至11月10日）參加“海底車站觀光行程”，搭乘指定班次的旅客可以在本站上下車。

體驗坑道站連接龍飛海底站，設有來往本站和地面的青函隧道紀念館的纜車線，稱為青函隧道龍飛斜坑線。此路線原是開挖青函隧道時的一個導坑，也是施工時輸送人員、物資及器材的路線。此外亦有樓梯可通往地面，由本站至地面約1300級。

雖然龍飛海底站停用，但青函隧道紀念館及纜車線則仍然開放。遊人仍可乘坐併到達體驗坑道參觀，但不能夠前往JR緊急月台。

設於本站附近的橫取基地，是維修用車輛的待避、停泊線，並用作存放維修隧道設施的物資。現時（2013年）只有上行線的橫取基地正在使用，隨着北海道新幹線動工，下行線未來將啓用。

避難所是在緊急時收容隧道內列車上的乘客，等待救援。避難所可容納1000人，並設有以下設施：

此外，考慮到開放參觀時的安排，避難所內也展示青函隧道興建時的相關圖片與説明。