魔法少女奈葉

　　奈葉與由諾初次相遇。平凡的小學三年級學生高町奈葉，在學校歸來的途中突然聽到求助聲。並發現了一隻受傷的雪貂，將其送往了獸醫醫院。

當天夜裏，再次聽到求助聲的奈葉趕到醫院後，再次見到了正被巨大黑影襲擊的雪貂。從“會説話的雪貂”尤諾接受了魔導器“旭日之心”，變成了魔法少女。但是她卻面對黑影的挑戰…

　　在結合自身的魔力與“旭日之心”一起將黑影擊退，並將其本體“聖石之種”成功封印，併成功封印第二個“聖石之種”第21號。奈葉認識尤諾之後，對他的挫折和肩負的責任感到難望，決定志願幫助他。“聖石之種”侵蝕小狗引起了異變，趕到現場的奈葉意外得不使用啓動口令便發動了“旭日之心”，併成功封印第三個“聖石之種”第16號。

　　奈葉漸漸習慣了“聖石之種”的收集工作，此日深夜在學校成功封印第四個 “聖石之種”第20號。奈葉的父親高町士郎是“翠屋”咖啡店老闆兼翠屋JFC足球隊教練，他的足球隊的守門員少年所持有的“聖石之種”和女友一起發動，造成大規模破壞影響。 奈葉發動探索魔法，魔導器變化為射擊模式後，使用了新的遠距離射擊魔法“天神烈破”成功封印第五個“聖石之種”第10號。

　　奈葉和菲特初次相遇 在月村鈴鹿家中參加茶會的奈葉，發現了被小貓發動的“聖石之種”所產生變“大”的影響。在奈葉剛一變身時，菲特出現。菲特在擊暈奈葉後封印了“聖石之種”第14號。

　　奈葉和菲特的使魔艾爾芙初次相遇，以及再次遭遇菲特 在奈葉家人和朋友一起前往海鳴市温泉遊玩時，“聖石之種”被髮動了。當奈葉剛趕到時菲特已經完成了封印。 然後，兩人就對峙起來，但是奈葉明顯落入下風，最後還被迫使旭日之心排出了一顆“聖石之種”。

　　 由於菲特的出現讓奈葉深感迷惘，使身邊的朋友感到毫無理解，就連月村忍也非常關心。

晚上，菲特和艾爾芙使用魔法強制發動聖石之種，聖石之種第14號剛一發動奈葉和菲特就搶着封印，但都未成功。　　

奈葉以前很理解艾爾芙的心情，但並不理解菲特的心情，隨之為演變成戰鬥衝突。最終雙方魔導器都被損壞，並引發次元震。

　　 4月27日,為了查明小規模次元震的原因，時空管理局艦船“阿斯拉”開始向奈葉所在的世界進發。 由於不滿菲特對“聖石之種”的收集速度，母親普蕾西亞嚴厲的體罰了菲特。

在海鳴臨海公園，“聖石之種”第7號接觸一棵樹而發動，奈葉和菲特壓制聖石之種後。剛要戰鬥時，被克洛諾·哈洛温執行官介入並阻止。

　　 奈葉與菲特初次遇見克洛諾 在成功阻止第7號“聖石之種”之後，克洛諾進行了介入並阻止菲特和奈葉展開的戰鬥。該“聖石之種”被克洛諾回收。

阿斯拉艦長琳蒂提督和克洛諾得知此事後，晚上，奈葉與尤諾分別出於約定和責任的要求協助收集聖石之種。經過琳蒂同意後，兩人臨時入局。

　　 由於時空管理局的支援，奈葉的“聖石之種”收集工作進行的非常順利。

轉移到阿斯拉之後10天的時間裏。奈葉收集到了第8號、第9號、第12號三顆，而菲特收集到了第2號、第5號兩顆，還剩下最後的六顆。

但是，同時發動六顆“聖石之種”的菲特陷入了危機，奈葉不惜違反命令出手相救。

最後在兩人的合作下，六顆 “聖石之種”被成功封印。但是普蕾西亞的次元跳躍魔法擊中菲特和艦船阿斯拉。雙方再次陷入緊張狀態，最終以艾爾芙和克洛諾分別捕獲三顆後結束。

　　 由於艾爾芙不忍心菲特被普蕾西亞虐待，最終發生衝突，被攻擊重傷逃走後，掉落到奈葉所住的世界，退化成大型犬後被愛利莎收養。

對與偶然前來訪問的奈葉和尤諾，和隨後監視的克洛諾，艾爾芙以“解救菲特”為條件，向眾人説明了整個事件的詳細情況。

隨後阿斯拉的任務即轉換為了逮捕普蕾西亞，而奈葉則接受了解救菲特的任務。並在海鳴臨海公園開始了與菲特之間的戰鬥。

　　 雙方賭上所擁有的全部“聖石之種”進行了最終戰鬥。最後，奈葉集中魔力炮“星光爆裂”命中菲特後獲得勝利。而普蕾西亞的攻擊擊中菲特，奪走全部 “聖石之種”，暴露了自己的所在地。 時空管理局局員前去逮捕普蕾西亞，並在那裏見到阿利西亞。

在得知真相的菲特，陷入絕望。與此同時，普蕾西亞不惜引發 “次元斷層”的代價想要和阿利西亞一起前往遺忘之地“阿魯哈扎”。

　　以克洛諾、奈葉、尤諾三人為首，時空管理局武裝局員們執行了時之庭院突入作戰。

本來已經崩潰的菲特，漸漸恢復。菲特決心結束自己的過去，而前往“時空庭院”向普蕾西亞解釋自己終究還是她的女兒。並與奈葉合作，成功消滅強大的敵人。

但是已經瘋狂的普蕾西亞並未聽進，最終和阿利西亞的遺體一起掉落在無盡的裂縫。菲特又被剛趕來的奈葉救走。

　　 事件結束後，奈葉在本事件中成功解決獲得表彰，而菲特在本事件中引發次元犯罪而逮捕，前往時空本局進行審判。菲特和奈葉單獨見面時，菲特想要回應奈葉“成為朋友”的願望，卻對此一無所知，奈葉告訴菲特如何做朋友，只要“首先從互相呼喚對方名字開始”，就會成為好朋友。兩人約定了一定要再次相見後，交換了束髮帶，踏上了離別的旅途。