複製鏈接
請複製以下鏈接發送給好友
https://baike.baidu.hk/item/餘巖/19691054
複製
複製成功

餘巖

（四川大學生命科學學院副教授）

鎖定
餘巖，四川大學博士，四川大學生命科學學院副教授，博士生導師。主要從事計算生物學、生態學、進化生物學等方面的研究。 [1] 
中文名
餘巖
國    籍
中國
民    族
漢 [1] 
出生地
江蘇省徐州市 [1] 
出生日期
1986年2月20日 [1] 
畢業院校
四川大學 [1] 
學位/學歷
博士
職    業
教師 [1] 
專業方向
計算生物學、生態學 [1] 
職    務
四川大學生命科學學院博士生導師 [1] 
學術代表作
Zhang, Z., Xie, P., Guo, Y., Zhou, W., Liu, E., & Yu, Y.* (2022). Easy353: A tool to get Angiosperms353 genes for phylogenomic research. Mol Biol Evol, 39(12), msac261 [2] 
Yu, Y., Blair, C., & He, X. (2020). RASP 4: Ancestral State Reconstruction Tool for Multiple Genes and Characters. Mol Biol Evol, 37(2), 604-606. doi:10.1093/molbev/msz257 [3] 
職    稱
副教授

目錄

  1. 1 學術兼職和稱號
  2. 2 人物經歷
  3. 3 研究方向
  1. 4 研究內容
  2. 5 獲獎稱號
  3. 6 教學工作
  1. 7 科研項目
  2. 8 學術論文

餘巖學術兼職和稱號

第十五批四川省學術和技術帶頭人後備人選、環境損害司法鑑定專家、國家自然科學基金通訊評審專家、教育部學位論文通訊評議專家、四川省海外高層次留學人才。The Innovation 雜誌青年編委，The Innovation Life 雜誌編委。 [1] 

餘巖人物經歷

2007/9 - 2012/6，四川大學，植物學，博士
2003/9 - 2007/6，四川大學，生物技術，學士
2014/3 - 2015/9，Duke University and North Carolina State University，Visiting scholar
2012/7 - 2015/12，四川大學，生命科學學院，講師
2015/12 - ，四川大學，生命科學學院，副教授 [1] 

餘巖研究方向

計算生物學、生態學、進化生物學、植物經典分類學、植物系統與分子進化、歷史生物地理、進化軟件與算法、自然科技資源平台建設、資源植物保護與利用、外來入侵植物等 [1] 

餘巖研究內容

研究聚焦大數據的前沿領域，緊跟國家戰略需求，從事生命科學和計算機科學交叉學科的研究，提出分子標記提取和物種起源擴散的多種理論方法並開發了相關工具，成果應用於細菌/病毒的起源與傳播路徑、動植物的遷移和擴散、環境氣候對物種的影響等領域。作為第一作者或通訊作者在MBE, MPE, MER 等進化生物學和頂生態學級期刊上發表了系列SCI論文20餘篇，共計發表論文30餘篇，其中3篇第一作者論文入選ESI高被引，2篇單篇他引大於500次，ESI總被引2000餘次。研究成果“西南地區特色類羣的生物多樣性研究”獲得2020年度教育部自然科學二等獎。主持國家自然科學基金面上項目（2項）、青年項目、四川省基礎條件平台項目等各級項目10項300餘萬，參編十三五規劃教材《藥用植物學》，參編工具書《中國維管植物科屬志》和《中國維管植物科屬詞典》，副主編《四川濕地植物彩色圖譜》和《園林綠化常見植物識別與應用》；開發了“物種形態學測量系統”、“植物野外調查”等多個軟件，獲得軟件著作權6個，專利1個。 [1] 

餘巖獲獎稱號

2024 四川省學術與技術帶頭人後備人選 [1] 
2023 四川大學 好未來教學名師 [1] 
2022 四川大學 課堂教學質量優秀獎 [1] 
2021 四川大學 四川大學教學成果二等獎 排名(1/10) [1] 
2020 中華人民共和國教育部 自然科學二等獎 排名（2/5） [1] 
2019 四川省 海外高層次留學人才 [1] 
2018 四川大學 大學生創新創業教育優秀指導教師 [1] 
2017 四川大學 優秀實習指導教師 [1] 
2016 四川大學 優秀學業指導教師 [1] 
2015 四川大學 課堂教學質量優秀獎 [1] 
2014 四川大學 青年骨幹教師 [1] 

餘巖教學工作

主講《生物學計算機基礎》、《基因組與進化》、《生物分類學與機器學習》、《生物科學野外綜合實習》、《普通生物學實驗》等本科課程。 [1] 
參講《從硅基到碳基：信息技術和文明再造》、《返本開新：中醫藥的傳統與未來》、《科幻文學：想象的未來與超越的現實》等本科課程。 [1] 
參講《宏觀生物學》、《高級組學分析》、《系統發育方法與軟件》等研究生課程。 [1] 

餘巖科研項目

國家科技基礎資源調查專項，2022FY101000，具有潛在藥用價值的中藥資源調查——新物種的評估與複核子課題（四川大學），2022/10-2025/10，在研，50萬，主持 [1] 
國家自然科學基金面上項目，32271552，基於淺層基因組測序的系統發育方法學研究及其在芹亞科的應用，2023/01-2026/12，在研，64.8萬，主持 [1] 
國家自然科學基金面上項目，32071666，柴胡屬(Bupleurum L.)物種多樣化的時空分佈格局研究，2021/01-2024/12，在研，69.6萬，主持 [1] 
四川省中醫藥科學技術研究專項，2019PC002，全國第四次中藥資源普查2019年外業調查研究（新龍縣、爐霍縣、白玉縣），2019/7-2020/12，已結題，40萬，主持 [1] 
四川省科技基礎條件平台項目，2018TJPT0027，四川省自然保護區植物標本資源共享平台建設，2018/1-2020/12，已結題，30萬，主持 [1] 
United Board for Christian Higher Education in Asia，A Practical Bridge to Bring Environmentalism from University to Rural Areas，2018/04-2019/03，已結題，3.49萬, 主持 [1] 
國家科技基礎條件平台建設項目，2005DKA21400-1，中國大學校園植物網的構建與示範——四川大學，2017/09-2018/12，已結題，4萬，主持 [1] 
國家自然科學基金青年基金，31500188，基於轉錄組的花瓣狀苞片遺傳調控機制和演化模式的研究，2016/01-2018/12，已結題，25.2萬，主持 [1] 
國家自然科學基金面上項目，31270241，中國葱屬的分子系統學與細胞地理學研究 ，2013/01-2016/12，已結題，參加 [1] 
國家科技基礎條件平台建設項目,2005DKA21403-JK，教學標本標準化整理、整合及共享試點，2012/01-2012/12，250萬，已結題，參加 [1] 
國家自然科學基金面上項目，30670146，國產獨活屬的細胞地理學與分子進化研究，2007/01-2009/12，已結題，參加 [1] 
科技部基礎性研究專項重點項目，2007FY110100，青藏高原特殊生境下野生植物種質資源的調查與保存，2008/01-2012/12，已結題，參加 [1] 
依託種質資源庫的植物DNA條形碼研究，中國科學院大科學裝置開放研究項目，2010/01-2010/12，已結題，參加 [1] 
國家科技基礎條件平台建設項目,2005DKA21403-JK，教學標本標準化整理、整合及共享試點，2006/01-2008/12，已結題，參加 [1] 
國家教育部博士點基金資助項目，獨活屬及其近緣類羣的分子系統學與進化研究，2004/01-2006/12，已結題，參加 [1] 

餘巖學術論文

發表SCI論文36篇，其中一作和通訊20篇，其中被ESI評為高被引（Highly cited）論文3篇，一作和通訊總SCI引用次數2000餘次。 [1] 
Liu C, Tang Z, Li L, Kang Y, Teng Y*, Yu Y.* (2024). Enhancing Antimicrobial Resistance Detection with MetaGeneMiner: Targeted Gene Extraction from Metagenomes. Chinese Medical Journal, Accept [1] 
Xie, P., Guo, Y., Teng, Y., Zhou, W., & Yu, Y.* (2024). GeneMiner: A tool for extracting phylogenetic markers from next-generation sequencing data. Mol Ecol Resour, 24(3), e13924. doi:10.1111/1755-0998.13924 [1] 
Liu, L., Wang, Q., Zhang, Z., He, X., & Yu, Y.* (2023). MATO: An updated tool for capturing and analyzing cytotaxonomic and morphological data. The Innovation Life, 1(1), 100010-100011-100010-100017. [1] 
Zhang, Z., Xie, P., Guo, Y., Zhou, W., Liu, E., & Yu, Y.* (2022). Easy353: A tool to get Angiosperms353 genes for phylogenomic research. Mol Biol Evol, 39(12), msac261. [1] 
Zhou, Y.-y., Si, Y.-h., Zhang, Z., Wang, Q.*, & Yu, Y.* (2021). Codonopsis atriplicifolia (Campanulaceae), a new species from western Sichuan, China. Phytotaxa, 512(3), 197–204. [1] 
Li, Q. Q.#, Yu, Y.#, Zhang, Z. P., & Wen, J. (2021). Comparison among the chloroplast genomes of five species of Chamaerhodos (Rosaceae: Potentilleae): phylogenetic implications. Nordic Journal of Botany, 39(6). [1] 
Wen J# , Yu Y#, Xie D, Peng C, Liu Q, Zhou S, He X. A transcriptome-based study on the phylogeny and evolution for taxonomic controversial subfamily Apioideae (Apiaceae). ANNALS OF BOTANY. 2020. 125(6): 937-953 DOI: 10.1093/aob/mcaa011. [1] 
Yu Y*, Blair C, He X*. RASP 4: Ancestral State Reconstruction Tool for Multiple Genes and Characters. MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION. 2020. 37:604-606. (IF=16.24, High cited) [1] 
Zhou, S. L., Xu, C., Liu, J., Yu, Y., Wu, P., Cheng, T., & Hong, D.-Y. (2020). Out of the Pan‐Himalaya: Evolutionary History of the Paeoniaceae Revealed by Phylogenomics. Journal of Systematics and Evolution. doi:10.1111/jse.12688 [1] 
Xie, D. F., Yu, Y., Deng, Y. Q., Li, J., Liu, H. Y., Zhou, S. D., & He, X. J. (2018). Comparative Analysis of the Chloroplast Genomes of the Chinese Endemic Genus Urophysa and Their Contribution to Chloroplast Phylogeny and Adaptive Evolution. Int J Mol Sci, 19(7). doi:10.3390/ijms19071847 [1] 
Tan, J., & Yu, Y. (2018). The complete chloroplast genome of Pimpinella rhomboidea var. tenuiloba. Mitochondrial DNA Part B, 3(1), 101-102. [1] 
Liu, H.-Y., Yu, Y., Deng, Y.-Q., Li, J., Huang, Z.-X., & Zhou, S.-D. (2018). The Chloroplast Genome of Lilium henrici: Genome Structure and Comparative Analysis. Molecules, 23(6). doi:10.3390/molecules23061276 [1] 
Liu, H.-Y., Li, J., Xie, D.-F., He, X.-J., Yu, Y., & Zhou, S.-D. (2018). The complete chloroplast genome of Nomocharis pardanthina. Mitochondrial DNA Part B, 3(1), 103-104. [1] 
Yu, Y.*, Xiang, Q.*, Manos, P. S., Soltis, D. E., Soltis, P. S., Song, B. H., Cheng, S., Liu, X., Wong, G. (2017). Whole-genome duplication and molecular evolution in Cornus L. (Cornaceae) - Insights from transcriptome sequences. PLoS One, 12(2), e0171361. [1] 
Xie, D. F., Li, M. J., Tan, J. B., Price, M., Xiao, Q. Y., Zhou, S. D., Yu, Y.*，He, XJ* (2017). Phylogeography and genetic effects of habitat fragmentation on endemic Urophysa (Ranunculaceae) in Yungui Plateau and adjacent regions. PLoS One, 12(10), e0186378 [1] 
Deng, Y.-Q., Wen, J., Yu, Y.*, & He, X.-J.* (2017). The complete chloroplast genome of Angelica nitida. Mitochondrial DNA Part B, 2(2), 694-695. doi:10.1080/23802359.2017.1383198 [1] 
Altınordu, F., Peruzzi, L., Yu, Y.*, & He, X. (2016). A tool for the analysis of chromosomes: KaryoType. Taxon, 65(3), 586-592. [1] 
Yu, Y., Harris, A. J., Blair, C., & He, X. (2015). RASP (Reconstruct Ancestral State in Phylogenies): a tool for historical biogeography. Molecular Phylogenetics and Evolution, 87, 46-49. (High cited) [1] 
Call, A., Sun, Y.-X., Yu, Y., Pearman, P. B., Thomas, D. T., Trigiano, R. N., . . . Xiang, Q.-Y. J. (2015). Genetic structure and post-glacial expansion of Cornus florida L. (Cornaceae): integrative evidence from phylogeography, population demographic history, and species distribution modeling. Journal of Systematics and Evolution, 15(6), 1137-1146. doi:10.1111/jse.12171 [1] 
Wang, Z.-X., Downie, S. R., Tan, J.-B., Liao, C.-Y., Yu, Y., & He, X.-J. (2014). Molecular phylogenetics of Pimpinella and allied genera (Apiaceae), with emphasis on Chinese native species, inferred from nrDNA ITS and cpDNA intron sequence data. Nordic Journal of Botany, 32(5), 642-657. doi:10.1111/j.1756-1051.2013.00343.x [1] 
Wang, Q., Wang, X. Q., Sun, H., Yu, Y., He, X. J., & Hong, D. Y. (2014). Evolution of the platycodonoid group with particular references to biogeography and character evolution. J Integr Plant Biol, 56(10), 995-1008. doi:10.1111/jipb.12203 [1] 
Liao, C., Downie, S. R., Li, Q., Yu, Y., He, X., & Zhou, B. (2013). New Insights into the Phylogeny of Angelica and its Allies (Apiaceae) with Emphasis on East Asian Species, Inferred from nrDNA, cpDNA, and Morphological Evidence. Systematic Botany, 38(1), 266-281. [1] 
Ali, S. S., Pfosser, M., Wetschnig, W., Martinez-Azorin, M., Crespo, M. B., & Yu, Y. (2013). Out of Africa: Miocene dispersal, vicariance, and extinction within Hyacinthaceae subfamily Urgineoideae. J Integr Plant Biol, 55(10), 950-964. doi:10.1111/jipb.12065 [1] 
Liao, C.-Y., Downie, S. R., Yu, Y., & He, X.-J. (2012). Historical biogeography of the Angelica group (Apiaceae tribe Selineae) inferred from analyses of nrDNA and cpDNA sequences. Journal of Systematics and Evolution, 50(3), 206-217. doi:10.1111/j.1759-6831.2012.00182.x [1] 
Ali, S. S., Yu, Y., Pfosser, M., & Wetschnig, W. (2012). Inferences of biogeographical histories within subfamily Hyacinthoideae using S-DIVA and Bayesian binary MCMC analysis implemented in RASP (Reconstruct Ancestral State in Phylogenies). Ann Bot, 109(1), 95-107. doi:10.1093/aob/mcr274 [1] 
Yu, Y., Downie, S. R., He, X., Deng, X., & Yan, L. (2011). Phylogeny and biogeography of Chinese Heracleum (Apiaceae tribe Tordylieae) with comments on their fruit morphology. Plant systematics and evolution, 296(3-4), 179-203. [1] 
Yu, Y., Harris, A. J., & He, X. (2010). S-DIVA (Statistical Dispersal-Vicariance Analysis): A tool for inferring biogeographic histories. Molecular Phylogenetics and Evolution, 56(2), 848-850. (High cited) [1] 
Li, Q. Q., Zhou, S. D., He, X. J., Yu, Y., Zhang, Y. C., & Wei, X. Q. (2010). Phylogeny and biogeography of Allium (Amaryllidaceae: Allieae) based on nuclear ribosomal internal transcribed spacer and chloroplast rps16 sequences, focusing on the inclusion of species endemic to China. Ann Bot, 106(5), 709-733. doi:10.1093/aob/mcq177 [1] 
Feng, T., Downie, S. R., Yu, Y., Zhang, X., Chen, W., He, X., & Liu, S. (2009). Molecular systematics of Angelica and allied genera (Apiaceae) from the Hengduan Mountains of China based on nrDNA ITS sequences: phylogenetic affinities and biogeographic implications. Journal of Plant Research, 122(4), 403-414. doi:10.1007/s10265-009-0238-4 [1] 
Wang, Q.-Z., He, X.-J., Zhou, S.-D., Wu, Y.-K., Yu, Y., & Pang, Y.-L. (2008). Phylogenetic inference of the genus Bupleurum (Apiaceae) in Hengduan Mountains based on chromosome counts and nuclear ribosomal DNA ITS sequences. Journal of Systematics and Evolution, 46(2), 142-154. doi:10.3724/sp.j.1002.2008.07107 [1] 
Xue, H.-G., Zhou, S.-D., He, X.-J., & Yu, Y. (2007). Molecular authentication of the traditional Dai medicinal plant Croton caudatus. Planta Medica, 73(6), 611-613. doi:10.1055/s-2007-967197 [1] 
Xue, H.-G., Zhou, S.-D., He, X.-J., & Yu, Y. (2007). Karyotype in fifteen populations belonging to thirteen species of Euphorbia (Euphorbiaceae) in China. Acta Phytotaxonomica Sinica, 45(5), 619-626. doi:10.1360/aps06043 [1] 
Song-Dong, Z., Xing-Jin, H., Yan, Y., & Jie-Mei, X. (2007). Karyotype studies on twenty-one populations of eight species in Allium section Rhiziridium. Acta Phytotaxonomica Sinica, 45(2), 207-216. doi:10.1360/aps06023 [1] 
參考資料