隕落星辰

Tom挑選了六名自由戰士組成行動小組，執行一項危險的搶運食物行動。在此期間，Hal看到外星人帶着一羣被奴役的孩子往第二獨立團的方向前進，他的弟弟Ben就在其中。Hal想救Ben，但Tom勸他暫時以大局為重。七人小組偷偷潛入一家倉庫，炸掉了守護倉庫的重甲戰士並殺死了一個突擊者，帶着滿滿一車的食物和飲用水返回了營地。

第二獨立團在阿克頓城外設立了新的營地，民兵們住在空房子裏，而平民只能在荒郊野外搭建帳篷。Glass醫生請求Weaver上尉讓平民輪流到屋子裏過夜，她説：我們又不是白吃白喝，洗衣服、做飯、縫縫補補，這些都是我們的事!但Weaver反駁道：幾年以後，當那些突擊者被消滅殆盡，或者被送回那毫無疑問很難看的母星球，我們會考慮平民問題的。

Tom等人前往外星人控制區營救Ben，但卻無功而返。很多人央求Tom幫他們救回被外星人綁架的孩子，Glass醫生建議他們把孩子們的照片和信息貼在學校(第二獨立團的暫住地)的公告欄裏，以方便任何外出的行動小組隨時留意。

為了尋找更多的摩托車來增強第二獨立團的偵察力量，Tom和他的團隊決定冒險深入敵佔區。但這次他們並非瞎子摸象，因為Pope稱他知道一個好地方。他們在Pope描述的車店裏大有收穫，但一羣突擊者的突然出現打亂了他們的計劃。更糟的是，突擊者還帶來了幾名全副武裝的青少年奴隸。與此同時，Harris醫生和Anne為如何從外星人身上收集更多情報發生爭執。

Hal構想出一個拯救被俘青少年的大膽計劃，但實施這項計劃需要冒極大的風險(滲透進敵人的大本營)。在一場突如其來的悲劇發生之後，Anne有了一個新的發現——Hal的營救方案究竟是成功還是失敗，與Anne的這個發現密切相關。

第七獨立團的軍事領袖Terry Clayton上尉來到第二獨立團營地，警告稱外星人即將發動一次全面侵襲。Clayton建議把營地裏所有的孩子交給他帶去一個安全地點，成年人則留下來阻擊敵人。一些父母包括Tom強烈反對Clayton的提議，Tom和Weaver必須權衡他的提議究竟是好心還是別有用心。此外，接受Clayton的提議就意味着骨肉分離，他們願意嗎?

Hal開始懷疑被Clayton稱作安全庇護所的農莊背後隱藏着陰謀。Mike偶然發現了一個可怕的真相，令他和Hal不得不面對意料之外的敵人。為了保護第二獨立團的孩子，Hal決定奪取控制權。與此同時，當Sarah就要臨盆的時候，外星人即將對第二獨立團營地發動新一輪攻擊。Weaver下令集體疏散，並親自幫助Anne接生。很顯然接生是一件遠比打仗麻煩的事情!

Weaver的行為變得十分詭異，導致Tom和Hal在一次偵察行動中與Weaver發生衝突。與此同時，Pope利用烹飪技術創造出一種可以殺死突擊者的新式武器。Anne在對一具突變者屍體進行解剖時有了令人震驚的發現。Tom和Hal發現一個獨身女人(Blair Brown扮演)，對方提出一種奇特的生存理論，Tom和Hal不敢輕易相信她。被外星人俘獲的Karen本集再次出現。

第二獨立團即將遵照Porter上校的命令向外星人基地發動攻擊，然而內部關係的驟然緊張可能給第二獨立團帶來大麻煩，甚至可能導致第二獨立團分裂。Anne將自己的發現(Ben有可能變身)私底下告訴Tom，Tom感覺難以接受。

Weaver領導幾個戰鬥小組正面阻擊外星人，Tom留在後方保護平民安全撤離。然而一處重大安全隱患將威脅到所有人的命運——無論是士兵還是平民。Tom面臨一個艱難抉擇，而這可能幫助他最終發現外星人光顧地球以及他們俘虜人類青少年的真實目的。

距離上一季結尾(Tom登上外星入侵者的飛船)已經過去三個月時間。Weaver仍然是第二獨立團的指揮官，Anne繼續擔當隨團醫生的重任。他們經歷了更多的戰鬥，也瞭解到更多與外星人有關的信息。Pope成了“狂暴戰”士(Berserkers)的指揮官——他們由Weaver不信任的一羣人組成，但他們仍然隸屬於第二獨立團。Tom突然回到第二獨立團，所有人都對他忠誠感到懷疑。與此同時，Ben不斷挑戰Hal的權威，導致這兩兄弟的矛盾進一步加深。

與外星人在一起的痛苦回憶讓Tom惶恐不安，他擔心外星人對他的大腦動過手腳。負責審訊Tom的Pope抓住這個機會來打擊他，在第二獨立團中到處散播對他不利的言論。與此同時，Ben對突擊者越來越憎恨。敵人即將發動新一輪攻擊，第二獨立團找到一座舊橋，希望能順利渡河抵達安全地帶。

第二獨立團進駐一座機場的機庫，但糟糕的通風狀況令Anne開始擔心大家的健康問題。與此同時，“狂暴戰士”計劃除掉Tom。第二獨立團失去一名成員，但一名神秘來訪者給情緒低落的第二獨立團帶來了新的希望。

Ben和Hal在巡邏途中發現一個男孩。他們試圖幫助他，結果卻弄丟了摩托車(被偷了)。在尋找摩托車的過程中，他們發現了一個令人震驚的大秘密。與此同時，Matt遇到危險，Weaver與某個家人重逢。

一個熟悉的面孔重返第二獨立團，但他的來意是個謎。與此同時，第二獨立團俘虜一個突擊者並將其帶回營地。Maggie向Hal敞開心扉説出了自己的過去，Hal與Maggie之間的距離越來越近。

Hal偶然發現了一羣被摘除軛具的孩子的屍體，其中有他認識的人。Tom和Anne的感情加速升温。Weaver的健康狀況惡化。Tom發現Weaver可能向大家隱瞞了一個重要秘密——為了保護所有人。

Ben被一個他信任的人出賣，身處險境。Tom抓住另一個俘虜。Weaver向Matt提供了一份工作，希望能鼓舞他振作，讓他感覺自己有點用處。第二獨立團的成員被困在一棟建築的地下室裏，然而雪上加霜的是，他們被迫同時面對新的敵人。

第二獨立團向查爾斯頓地區進發，但有些人仍在為最近的犧牲事件而悲傷。Weaver獲悉更多Tector在外星人入侵之前的背景信息。Matt對第二獨立團最近發現的一名受到軛具控制的女孩很有好感。

第二獨立團遇到新的人類倖存者，Tom與自己以前的導師Arthur Manchester教授(Terry O'Quinn)重逢。但在這種非常時期，沒有人知道誰值得信任，誰會在背後捅刀子。Maggie意識到Pope不打算在第二獨立團中待太長時間。Tector的軍人意識開始顯現。

突擊者大軍快速靠近剛剛會合的抵抗勢力，然而抵抗勢力做出了令人震驚的舉動。與此同時，Tom獲悉足以改變命運的重要信息，而第二獨立團將面對到目前為止最可怕的威脅。

故事時間已經過去七個月，Tom Mason被查爾斯頓人民選為新美利堅合眾國的總統，而Dan Weaver上尉也榮升上校。為了營救在一個礦坑裏打工的受奴役的地球青少年，抵抗軍決定發動一次大規模的突擊行動。負責看守礦坑的重甲戰士和突擊者全部被擊潰，一切看起來都很順利。

Ben Mason和他的搭檔來到一處山頭偵察Espheni的生產基地。Espheni以附近一座核電站為能量來源大批量建造超級重甲戰士，許多受奴役的人類青少年因為感染核輻射而死亡。

在外星人入侵兩週年紀念日到來之際，查爾斯頓的居民正忙着為另一次毀滅性的攻擊做好防禦準備。一個令人意想不到的狙擊手發動令人意想不到的襲擊，在新美國政府內部引發各種質疑和猜測。Hal確信他已經知道間諜的真實身份。Anne對Alexis的擔憂與日俱增。

查爾斯頓的居民正忙着為TOM和沃爾姆人的首領進行談判，然而TOM不知道的是他的兒子和醫院的醫生都是叛徒。

Anne把女子Alexis的基因拿去檢驗了，發現ALexis的基因中混入了外星人的部分，Alexis已經不是人類了。隨後Anne和Alexis被外星人擄走。Hal的女朋友開始發現Hal的不正常了。

當本集開始的時候，Tom Mason得知Anne和Alexis被Karen綁架，然而更讓他難以接受的是……他的女兒Alexis不知為何帶有一半外星基因！Hal Mason衝動地要立刻去救Anne和Alexis，但被Marina和Weaver上校阻止。

Tom和他的三個兒子踏上了救援Anne和Alexis之路，而途中因遭到皮克特一家的攔截失去了武器，另一邊被沃爾姆人救回查爾斯頓的昔日美國總統被間諜醫生所殺。拿回自己的武器的Tom因發現外星人於是返回提醒皮克特。

劇集開頭，彷彿一切都沒有發生，Tom還是過着正常的生活。直到他一直被引導回答去紐約、芝加哥、波士頓、傑克遜維爾的哪一個，感到不對勁的Tom終於醒了，並發現自己被Karen捉了。他的三個兒子都回到了查爾斯頓，在外星人防禦罩打開的時候Tom也趁機逃走了。

蘿狄斯安裝的炸彈爆炸，炸傷了魚頭外星人。然後她又安裝爬藤炸彈摧毀了大樓，正當大家努力救援受困人員時，Tom受到啓發，找出了間諜——蘿狄斯。

Tom他們打開了防護網,沃爾姆人的飛船也到了,但是沃爾姆人卻要將Tom他們遷到巴西。最後，科考奇放了他們並返還了武器。之後有遇到並殺死了Karen，而且Anne和Alexis也回來了。

Ghost In the Machine在查爾斯頓的外圍地區，Mason一家人和第二獨立團的其他倖存者以為他們安全了……但一種新的Espheni戰爭機器迅速打破了短暫的寧靜。這種可怕的東西是第二獨立團以前從未見過的，他們在敵人的攻擊之下傷亡慘重，Mason一家人失散了。現在他們每個人都必須建立新的人際關係，學會新的生存技能。糟糕的是，他們將面對比Espheni更可怕的新威脅

The eye Anne的游擊隊沒日沒夜地趕路，有些人因體力不支而癱倒在地。一個突擊者偵察兵突然出現，Anne開槍將其打傷。通過Denny的“翻譯”，Anne瞭解到外星人正在對人類的青少年進行“再教育”，以便讓他們儘快融入“混血兒”領導的新秩序。Anne堅信這個突擊者所説的“混血兒”就是Lexi，於是憤怒地殺死了它，仍然與它進行意識連接的Denny痛苦地倒在地上。Denny醒來後告訴Anne“每當他們説道混血兒的時候，突擊者就感覺非常恐懼”、“西方一團黑暗”。Anne相信Lexi就在西方，她將帶領游擊隊向西進發。

Exodus

Tom和第二獨立團精心策劃了一個逃離Espheni集中營的方案。與此同時在中國城，Maggie從Ben口中得知Lexi隱瞞了一個可怕的秘密，於是公開向Lexi提出質疑。在Espheni青年營中，Matt試圖勸説Mira放棄危險的逃跑行動。Anne和她的游擊隊在森林中長途跋涉，Anne突然回憶起自己和Karen（Jessy Schram）在Espheni中心塔樓上的發生的一件事，關於Lexi的驚人真相終於曝光。

Evolve or die Tom和第二獨立團的倖存者逃離Espheni集中營之後決定前往Volm藏身地尋求庇護,這導致Volm和人類的關係更加緊張.Tom和Weaver,Cochise啓程尋找Matt,留下Hal維持秩序.與此同時在中國城內,Anne終於與Lexi團聚,但她很難接受眼前的事實.6個月前還是個小女孩的Lexi如今已經長成一個成熟女性.

Mind wars

從Espheni青年營救出Matt之後,Tom在樹林裏遇到兩個神秘的陌生人.他們襲擊他和他的家人,隨後讓他踏上一條充滿暴力的危險旅程.Hal試圖帶領倖存的Volm和第二獨立團成員前往一個看似安全的地方,但他們獲得成功的可能性非常小.Lexi和Anne難以統一意見,這產生了危險的結果.

在經過數月的分離之後,Tom終於與家人和第二獨立團重聚了.但是Tom的喜悦只維持了很短的時間——因為Lexi的混血DNA給她帶來一場健康危機.這場危機導致家庭成員之間發生矛盾.當他們為Lexi的健康狀況而犯愁的時候,他們之間的裂痕也越來越明顯.為了救女兒,Anne決定採取極端手段.

Lexi變得比以前更強大,也更冷血無情.Tom和第二獨立團必須與Volm團結協作才能阻擋大舉進犯的Espheni軍隊.這是該劇到目前為止規模最大,場面最狀況,結果最慘烈的一場戰鬥.

擊退外星人的大規模進攻之後,第二獨立團必須從廢墟上重新爬起來收拾殘局.Maggie為生存而戰(她被倒塌的廢墟砸中,可能從此癱瘓),Hal則為Maggie而戰.與此同時,Tom和Dingaan(Treva Etienne)與第二獨立團的其他人失散了.他們被埋在沉重的碎石之下,一艘敵軍飛船是他們獲救的唯一希望

第二獨立團的成員打算挖掘出被射落的Espheni轟炸機,與此同時,Tom和一支小分隊跟隨Volm前往一個秘密資源儲存處尋找能加快挖掘進程的裝備.他們在路上遇到了一個朋友,但他們不知是否該信任她.留在營地裏的Ben教Maggie掌握控制「新能力」的方法,他們的關係因此變得越來越親密.Pope和Sara繼續吵嘴,結果引發了一場他們可能永遠無法恢復元氣的爭鬥.

Tom和第二獨立團的剩餘成員決心學會駕駛Espheni轟炸機——這將是他們摧毀Espheni能量核心的計劃中的關鍵步驟.他們採取抽籤的方式來決定由誰執行這項危險的任務.眼看死亡近在眼前,一些長期隱藏的矛盾終於暴露出來,許多人相互間發生激烈對峙.在解決這些矛盾之後,第二獨立團變得比以前更加團結.

Tom開始執行摧毀Espheni能量核心的任務,但Lexi的迴歸令情況變得複雜.一架轟炸機出現故障之後,Lexi被迫採取極端手段來拯救她父親的性命……同時也拯救她自己.與此同時,第二獨立團的其他成員擔心被燒傷的Espheni領主隨時會對他們發動新一輪全面攻擊.

確保人類生存下去的重任全都落在Tom和Lexi肩上,他們必須擊敗Tom的死敵並設法摧毀Espheni的能量核心才能獲得成功.與此同時,一種新型的,更加可怕的Espheni炸彈被投向第二獨立團藏身的中國城,第二獨立團的成員全都失去了行動能力,只能乖乖地束手就擒,等待他們的將是「被改裝成人類突擊者」的厄運.