重神機潘多拉

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　　在新翔龍市近郊的簡易房裏居住着的劉雷昂，與妹妹可依一起過着安穩的日子。作為量子反應堆研究者的雷昂，為了能夠對抗由於“翔龍危機”而突然出現在世界各處的特異進化生物B.R.A.I，在持續着獨自一人的研究。但是，一場意料不到的大型B.R.A.I的襲擊，改變了雷昂他們的命運。

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　　引發了機器的全新力量，從而打倒了大型B.R.A.I的雷昂。雷昂的這個研究成果甚至可能會毀滅新翔龍市。超級引擎（hyperdrive）——那是為了對抗日益持續着高速進化的B.R.A.I的最後手段。親眼見識了這份力量的凱恩，對雷昂提出了某個建議。

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　　超級引擎（hyperdrive）——那是雷昂想出來的人類對抗B.R.A.I的殺手鐧。公主親眼見識到了僅憑1台MOEV就打倒了大型B.R.A.I的力量後，馬上下令對雷昂所使用的系統進行量產化。但是雲傑對雷昂開發的系統抱有疑心。雲傑提出了嚴格的條件，決定進行超級引擎的引入測試……

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　　在幾天前出現的大型B.R.A.I，對新翔龍市展開了侵入進攻。在接連突破了絕對防禦戰線的強大力量面前，發起了總體戰後感到無計可施的新翔龍軍。面對即將抵達新翔龍市的大型B.R.A.I，雲傑決定使用超大型量子炮“無極炮”。但是，雷昂對這決策表示反對，不顧自己生死地坐上了MOEV，奔赴了戰場。

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　　新翔龍市的大型運輸機不知道被誰給破壞了。雷昂看了機體的殘骸後，推測了是在運輸機上空的鳥型B.R.A.I的所為。雖然雲傑以不符合現實為由否定了那個推測，但是雷昂反駁道B.R.A.I是以超越想象的速度在進化着的存在。就在這時，Mr.GOLD、西格、萬昊、福4個人正在謀劃對新翔龍市展開侵入進攻。

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　　坤靈的仇人萬昊，駕駛者飛行型B.R.A.I鳳雛出現了。為了與之對抗，雷昂建議安裝超級引擎以強化坤靈的機體。但是，坤靈以“我連自己體內的龍都還未能馴服”為由拒絕了。就在這時，鳳雛自己切掉了受傷的翅膀，實現了進一步的進化。

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　　為了某個事件，潘多拉小隊的成員們潛入了新翔龍市區。雖然發生了可依也跟來了的意外事故，但是各自都展開了調查。然而，一位神秘少女正在暗中注視着他們。這時，雷昂察覺到了量子反應而開始追蹤。沒想到在到達的地點，那位少女——菲歐娜正在等待着他。

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　　新翔龍市發生的一系列狙擊槍襲事件。從能在人羣中精確地擊殺目標的技術、無法判明其狙擊地點等可以推斷出是個很厲害的狙擊手所為。雲傑猜測應該不是單純的恐怖分子，可能是B.R.A.I，便向潘多拉小隊發出了調查的指示。但是道格不知為何沒什麼幹勁。

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　　在潘多拉小隊的成立典禮上，公主被擊倒了。懷疑道格於這件事有關聯的雷昂，在搜索着他的行蹤。另一邊，凱恩想起了以前讓自己吃了不少苦頭的百發百中暗殺者“虎眼”。然後，雖然確信了道格正是“虎眼”，但是按理説對公主的暗殺不會失手。究竟公主的命運會如何，而後道格的真意是……？

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　　在背後操縱B.R.A.I一系列事件的是，Mr.GOLD。他曾經是在翔龍有着很高名氣的家族，因為黑幕被公主曝光而失去了立足之地。因此他與公主結下了深仇大恨。然後，新的B.R.A.I的身影正在接近着新翔龍市。正在苦於迎戰的潘多拉小隊，在這其中有着以深邃的眼神盯着敵人的格倫……

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　　黑暗引擎（darkdrive）引發了B.R.A.I更進一步的進化。能夠創造出如此程度的系統的人物沒有幾個。但是雷昂卻知道這個人物。他就是吳龍博士。作為量子反應堆的研究負責人的吳龍，是雷昂初次感到“絕對贏不了他”的天才科學家。然而吳龍應該在翔龍危機中就已經身亡了……

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　　在新翔龍市的周邊地區爆發了神秘疾病“赤死病”，難民們想進入新翔龍市。是選擇避免疾病在市內的蔓延，還是選擇接收這些難民……在無法得出結論的情況下，潘多拉小隊在進行着救援行動。過程中，凱恩拿着一張照片到處詢問着難民們。照片裏的是，凱恩分散的妻子和兒子……

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　　由於B.R.A.I反覆的襲擊，翔龍的反應堆陷入了不安定的狀態。看到雷昂説道不安穩的原因在於反應堆中樞的核心，公主的表情突然變得暗淡。下定決心的公主，帶着雷昂來到了自己的老家。公主的家族與翔龍世代共存，並一直在保護着某樣東西。據説是連世界都能創造的，公主一族的秘密到底是……？

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　　由於Mr.GOLD在遠程操縱的巨型百足B.R.A.I，新翔龍市遭到了重創。這個B.R.A.I不僅是破壞街道，而且還留下了奇怪的抽象雕塑，也加深了謎團。公主決定使用無極炮，而雷昂為了將B.R.A.I引到軌道上而出擊。然後無極炮瞄準了百足B.R.A.I。

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　　輸給了百足B.R.A.I的雷昂他們，好不容易成功逃脱。為了緊急處理MOEV，他們來到了雷昂和可依以前在郊外居住的簡易房。然而，與一刻也想盡早回到戰場的道格和坤靈相反，雷昂卻對剛剛的敗北無法忘懷。喚回了陷入了絕望深淵中的雷昂的是，他曾經與可依立下的“約定”……

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　　由於雷昂、坤靈和道格三人的配合攻擊，潘多拉小隊總算是把Mr.GOLD的猛攻給擊退了。就在新翔龍市恢復了短暫的和平的時候，只有雷昂至今還不見蹤影。就在這時，雷昂在追蹤微弱的量子反應的過程中，與GOLD一派的西格相遇了。原來是西格為了將雷昂引誘出來而故意放出微弱的量子反應。究竟西格的本意是什麼……？

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　　就在新翔龍市在進行着復興工程的時候，人們卻不見公主的身影。原來是雲傑擔心公主的身體狀況而採取了絕對安靜的休養措施。然而理應在指揮着的公主不在難免會引起市民們的恐慌。雲傑決定自己來指揮復興工作的同時，讓坤靈扮成公主的樣子，從而解決問題。坤靈為了演好公主，進行了嚴酷的特訓……

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　　由於B.R.A.I接二連三的襲擊，新翔龍市陷入了嚴重的糧食危機。雖然在儲備基地殘留有剩下的些許糧食，但是運輸部隊在途中被人襲擊了。就在潘多拉小隊全員出動擔任運輸部隊的護衞的時候，身份不明的敵人出現了。就在雷昂在解析敵人的攻擊模式的時候，他捕捉到了神秘的量子反應。雷昂判斷出這是西格所設下的陷阱後，以驚人的處理速度解析出了敵人的位置信息。

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　　在與西格的戰鬥中，雷昂受了重傷。然而雷昂身體並沒有出現大量出血，也沒有發現任何的異常狀況。雖然雷昂推測是多重給次元的自己為他抗了傷害，但後來還是住院檢查了。對住院生活感到厭煩枯燥的他希望能早日出院，在某天的檢查中經歷了不可思議的事情。然後，異變也開始在道格和坤靈的身上發生……

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　　就在新翔龍市持續着物資不足狀況的時候，終於得到了其他防衞都市的補給。雖然潘多拉小隊的成員都很令人放心，但是雲傑一想到“如果B.R.A.I又出現的話就只能拜託了雷昂他們了”，露出了神情複雜的表情。由於經歷了反覆的hyper化，雷昂他們的身體會出現怎樣的症狀呢……就像是在嘲笑雲傑的這般危機感一樣，一座防衞都市突然消失了……

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　　“告訴我，雛菊的花語是什麼”神秘的B.R.A.I傳達給道格的話語，喚醒了他無比寶貴的記憶。動搖的道格射出的一擊偏離了衞星激光的炮身，導致無法造成致命傷害。就在潘多拉重整陣勢準備再度展開反擊的過程中，雷昂感覺到了道格身上細微的變化。道格在撫摸艾米麗婭的同時，回憶起了那段已經失去的過去……

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　　在與B.R.A.I衞星和艾米麗婭B.R.A.I的戰鬥中，道格戰死了。然而連悲傷的時間都只只能是短暫的，公主擔憂起了新的危機。迄今為止一直在抑制着“混沌”的菲歐娜的氣息從四面山消失了。然而菲歐娜所鎮守的四面山，本身就是多重次元。因此，面對親自前往去救援的公主，雷昂和坤靈提出了幫忙的請求。

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　　大量B.R.A.I突然開始了對新翔龍市的侵略進攻。雖然格倫率領都市防衞軍進行迎擊，雷昂卻提出停止攻擊的請求。聽從了這一發言而停止了攻擊後，B.R.A.I開始了產卵。B.R.A.I的一切行動都是為了產卵的自衞行動。雷昂將卵回收並進行了分析後，親眼目睹B.R.A.I那令人驚人的進化速度。

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　　由於與P1過度的同步，雷昂的意識被多重次元所吞噬了。菲歐娜為了拯救雷昂而決定使用混沌之力進入雷昂的意識。與此同時，雷昂正在滿月的海岸邊目睹着螃蟹進化成B.R.A.I的光景。在那裏站着的是，本應在翔龍危機中身亡的吳龍……雷昂在與吳龍的對話中，得知了“混沌”所帶來的進化深淵。

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　　在雷昂和坤靈的面前，本應戰死了的道格出現了。但是這只是道格被艾米麗婭B.R.A.I奪取了身體而已。最終道格的hyperdrive和艾米麗婭的darkdrive發生了強烈的共鳴，光芒也逐漸變得耀眼。那個光芒讓P1、P3的hyperdrive，甚至是“混沌”也產生了反應，西格那可怕的陰謀也終於浮出水面。

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　　整個世界都被“黑色光芒”所籠罩，人類正在面臨着前所未有的危機。B.R.A.I的屍骸組合而成的巨大B.R.A.I正在尋求着“混沌”發起了進攻，而西格則對雷昂如果打破這一絕境非常感興趣。然而雷昂卻以超乎想象的起死回生戰術進行反擊，終於到達了西格的面前。守護世界的最終作戰到底是什麼？然後遺留在世界上的最後希望又是什麼？