自身引導法

合成的單鏈cDNA 3'端能夠形成一短的髮夾結構,這就為第二鏈的合成提供了現成的引物,當第一鏈合成反應產物的DNA:RNA雜交鏈變性後利用大腸桿菌DNA聚合酶Ⅰ Klenow片段或反轉錄酶合成cDNA第二鏈,最後用對單鏈特異性的S1核酸酶消化該環,即可進一步克隆。但自身引導合成法較難控制反應，而且用S1核酸酶切割髮夾結構時無一例外地將導致對應於mRNA 5'端序列出現缺失和重排,因而該方法目前很少使用。