第三次衝擊

時間設定是在2016年3月，SEELE和NERV關於人類補完計劃的分歧最終演變為“戰爭”，SEELE藉助戰略自衞隊之手佔領了地下都市（Geo Front），並摧毀了NERV本部，然後通過九台EVA量產機以及初號機強行進行了人類補完計劃。

首先，進行人類補完計劃是SEELE的願望，補完計劃的最終目的是消除人類的心之壁，讓人類迴歸黑之月。而補完的時候則會發生第三次衝擊，也就是説發生第三次衝擊並不是SEELE的最終目的，它只是伴隨着補完計劃的進行而發生的，或者説此時的第三次衝擊是補完計劃的一部分~至於使徒（寄宿者亞當靈魂的渚薰 ）接觸亞當（植入碇源渡手中的胚胎）後而引發的第三次衝擊，它並不能帶來補完計劃的最終結果（人類的心之壁消除，迴歸黑之月），只是單純的滅亡人類，所以才要消滅使徒，這是進行補完計劃的前提~

其實補完的方式不止一種，而我們在舊世紀劇場版EOE中看到的是莉莉絲（肉體+靈魂）+亞當（肉體+靈魂）+9台量產+朗槍+初號機（擁有生命之果和智慧之果）+真嗣的自由意志的這種形式來進行補完計劃~也就是亞當和莉莉絲缺一不可~

人類遺傳因子與亞當的接觸實驗引發了第二次衝擊，亞當不是初號機，初號機複製自Lilith（但是沒有S2機關，與人類接觸不會引發衝擊，具有同等的戰鬥力）。

源度把亞當胚胎（被加持從SEELE那偷出來交給元度）植入了自己右手，這是因為亞當的胚胎裏含有生命之果，在第三次衝擊中的關鍵（成為神）。

LILITH為執行者，而真嗣則作為“神之子”做出選擇，結局是LILITH發出的反A.T力場中和了全人類的A.T力場，引發了第三次衝擊，並使全人類化為“LCL之海”，唯有碇真嗣和明日香得以保持完整形態。而“LCL之海”是在人類失去了維繫身體的作用力後所化為的沒有形態的“生物”。在第十七使徒渚薰的一些提示下，人類被證實為第十八使徒，即為吞食了智慧之果的人類，因為自身的A.T力場微弱而分散成一個個的個體，每個人都擁有一部分智慧之果，第三次衝擊即為人類的迴歸，成為整體的“使徒”。

第3次衝擊的具體微觀表現是，人會見到自己最想見到的幻想，然後肉體化為LCL，靈魂被Lilith吸收融為一體。