神秘博士第三季

　　瑪莎 Jones所在的醫院內有外星逃犯藏身，整座醫院被宇宙警察送到月球，逃犯用一種特殊的方式暫時隱藏了自己的種族，而非人類的博士卻被警察追趕。氧氣就快要用完了，博士用犧牲自己的方式迫使逃犯中計，及時令醫院回到地球。(法師第二次出現）

　　博士和瑪莎回到了過去觀看瑪莎的偶像莎士比亞的戲劇，竟然發現就要上映的是傳説中不存在的《愛情勝利》，上映之時，女巫從舞台上飛出，原來莎士比亞被控制，戲中的台詞都是解除女巫封印的詞語。在莎士比亞不斷創造的新詞語下，女巫被再次封印。

　　博士和瑪莎來到五十億零五十三年後的新地球的第十五紐約，卻只看到地下城的貧民窟和一望無際停滯的車流，瑪莎被其中一輛車劫走，博士為救瑪莎也搭上了某輛車。Boe之臉為了拯救城市，將自己最後的生命轉化為能量，臨終前Boe之臉告訴博士他最大的秘密——You Are Not Alone（你並不孤單）。【Boe之臉第三次出現並死亡】

　　博士和瑪莎回到了大蕭條時期的美國，看到了帝國大廈正在建築中，旁邊的公園則住滿了失業的人羣，有人説公園裏的人不斷減少，每天都有人失蹤。博士決定一探究竟，沒想到又是戴立克的一個陰謀。

　　戴立克成功的與人類融合，而且還擁有了人類的感情，博士就想和人型戴立克合作，改造戴立克一族。但是其他戴立克卻殺死了人型戴立克。最後博士和瑪莎以及一名英勇的美國人合力瓦解了戴立克的陰謀。

　　英國的一名著名教授製作了一套返老還童的機器，成功從70多歲的老人變成一個20、30多歲的年輕人。但DNA不穩定使教授發生變異，他變成了一隻巨大的蠍子怪，殺死了自己的合作伙伴。後來在約會瑪莎的妹妹的時候再次變身，還失去理智到處殺人，最終被博士阻止。

　　博士和瑪莎在太空旅行的途中誤上了一艘使用違禁手段的採礦船，而船再過42分鐘後就會墜入太陽。在船上有兩個人不知何故體温不斷提高，並且變得極度兇殘危險。後來博士才發現原來這裏的太陽實際上是一種生命體，由於採礦船實際上在挖掘生命體的核心，所以它要報復船上的人。最後船上的人打開倉庫丟棄所有太陽物質後終於脱險。

　　博士為了躲避宇宙中的一個嗜血家族而令自己變成人類，將所有記憶和力量隱藏在一隻懷錶裏，化名約翰·史密斯(John Smith)在英國的一家著名大學當老師，瑪莎則成了他的黑人女僕，博士還和學校裏的護士長墜入愛河。然而外星人還是追來了，學校附近不斷有人被抓去做這個家族的寄生者，而被外星人控制的稻草人四處攻擊學生，更嚴重的是懷錶丟了。

　　博士的身份暴露了，然而人類博士卻不敢面對，他放不下約翰·史密斯的生活和愛情。後來一名學生把懷錶交給博士，博士終於打開懷錶，釋放自己的一切記憶與能量。最終博士制裁了嗜血家族的四名人員：父親被用矮星之核做的鏈條綁起來，母親推進一個正在坍縮的星系視界，妹妹被放到了鏡子中的世界，而哥哥則變成了一個稻草人，至今仍在守望英國的土地。而且他們四個都得到了他們所想要的——永生。這時家族才明白，其實博士完全有能力對付他們，原先的逃跑躲避只是博士太仁慈，不想傷害他們。

　　一名英國女生Sally Sparrow在一所“鬼屋”探險時撕開牆紙，牆上竟然有她的名字，還寫着“快逃，小心石像”的字眼。於是她第二天與一位朋友一同再來，她聽見門鈴響去開門，而她的朋友卻突然消失了。這時門外進來一位自稱是她的朋友的孫子的人給了她一封信，信上説“你看到這封信的時候我剛剛消失了，到樓上拿走天使手中的鑰匙，小心石像……”後來她找到了她朋友的哥哥，從17盤錄像中找到了博士説的話，她趕緊到警視廳報案，結果那個幫助他的警探也回到了過去，他們再次遇到時他已經年老得即將死去。原來博士和瑪莎因為接觸了天使石像，被石像困在過去，博士希望Sally幫忙把塔迪斯送到過去。Sally和Larry再次來到鬼屋，四個天使窮追不捨。最後她在博士的指導下，終於把塔迪斯送到了過去，同時讓天使成為了真正的石像。（本集獲2008年雨果獎最佳戲劇表現短片）

　　博士和瑪莎把塔迪斯停到了卡迪夫的時間裂縫上補充能量，一直在卡迪夫等着博士的傑克·哈克尼斯在博士離開的前一刻出現牢牢抓住塔迪斯，並被帶去了宇宙末日。傑克用博士被砍下的舊手（見第一季特別篇）追蹤博士。博士向傑克解釋當初羅斯把他復活過來是用了時間的力量，使得他成為了時間軸上一個不變的定點，不會年老不會死亡，這完全違反了自然定律。博士一行人在那裏遇到了負責研究該火箭的教授亞納YANA（即YOU ARE NOT ALONE“你並不孤單的”的英文簡寫)，在教授的請求下，博士答應幫助修好了火箭。而瑪莎發現教授居然有一個和博士一模一樣的懷錶，教授受到懷錶的威脅而打開了懷錶，變回了時間領主族人。原來他竟然是博士以前的族人法師Master，法師搶走了他迪斯Tardis，把博士一行人留在了宇宙末日。博士無法可施，只能在最後一刻鎖定塔迪斯的座標和時間，使它只能往返於21世紀的地球和宇宙末日。

　　博士一行人回到了地球，發現所有人都在打一種不知含義的四節拍拍子，還發現自己錯過了首相大選，新首相竟然就是化名為薩克森的法師！法師為了抓住博士，在全國通緝博士三人。可是法師已經在地球一段時間了，參與了大天使衞星網絡以及勇氣號航天飛船的製造。在成為了首相之後，他殺死了所有的內閣，並帶來一種新的生物，還捉走了瑪莎的所有家人（這一集中發現瑪莎的母親和一羣聯邦調查員一起，原來是法師安排的）、博士和傑克，博士發現所謂的新生物竟然是宇宙末日的人類！原來法師將塔迪斯改裝成了謬誤機，法師不殺死博士，而是令博士加速老化了900年，並把他關在一個籠子裏。法師把全地球的人當做奴隸為他製造武器，準備挑起宇宙大戰。

　　瑪莎用一年的時間走遍了世界，説是要拿走為了防止時間族威脅地球而製造的4種化學藥劑，據説混合後可以殺死時間族並且令他們不再復活。然而最後一種藥劑尚未得到，瑪莎卻被捉住了。在法師為宇宙大戰的爆發倒數時，所有人類一起高呼：博士！博士！博士！地球人心靈的力量，加上大天使網絡，讓博士重獲新生。博士原諒了法師，而法師的夫人向他開了一槍。法師將死時博士緊緊抱住他道：“快重生，我們是最後的時間領主，別留下我一個！”可是法師説道：“那一次，我聽到了戰鼓的聲音，我一生註定是一個戰士，我也只有像戰士一樣死去才能帶來和平。”(每一個時間領主幼年時都要面對一個未經淬鍊的時空，他們中有的會得到啓示，有的會逃跑，有的會瘋掉，法師見到後瘋了；而博士則是逃跑了) 最後博士火葬了法師，當他再次邀請瑪莎一起旅行，瑪莎婉拒了他。Boe之臉的真正身份將在這一集揭曉。